The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
12
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sequence length |
58
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structure length |
58
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Chain Sequence |
NATFGMGDRVRKKSGAAWQGQIVGWYCTNLTPEGYAVESEAHPGSVQIYPVAALERIN
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structure of a type II dihydrofolate reductase catalytic ternary complex.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Oxidoreductase
|
| molecule keywords |
Dihydrofolate reductase type 2
|
| total genus |
12
|
| structure length |
58
|
| sequence length |
58
|
| ec nomenclature |
ec
1.5.1.3: Dihydrofolate reductase. |
| pdb deposition date | 2007-10-16 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2VV5 A; 1VIF A; 1VIE A; 2OAU A; 2GQV A; 3UDC A; 3T9N A; 2RK2 A; 2RH2 A; 2RK1 A; 3SFM A; 2P4T A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2X4W A; 2D0N A; 1P92 A; 1WNL A; 2LCL A; 4IUP A; 3OYD A; 3OY9 A; 3PNW C; 1JJ2 A; 3GIB A; 2KXD A; 1WPY A; 2DVJ A; 2KRN A; 4M78 A; 4AFQ C; 3BFM A; 1Q86 C; 1VQO T; 1QVG S; 2OTJ A; 1QKX A; 3J7A F; 2E10 A; 5GAN 2; 3REA B; 3QJ6 A; 3M57 A; 5HY6 A; 5LJ5 f; 1RAE B; 4Z8A A; 2RJF A; 4PFZ A; 4F16 A; 1K73 R; 1GBQ A; 4II1 A; 1EX4 A; 2FYK A; 3CCU A; 1TUG B; 4HCB A; 4AMC A; 4C92 D; 2OI3 A; 1X75 C; 3BDU A; 2LQN A; 4OMM A; 2CUB A; 3G1J A; 4PJO C; 5DLQ E; 2DET A; 1GFD A; 4N0A A; 2EGC A; 1RLQ C; 2PTK A; 3INZ A; 1ZHI A; 1VQM A; 4E2F B; 2K3B A; 2LVM A; 3D7S B; 2DTH A; 2DIL A; 2QG9 B; 2FL7 A; 2L0A A; 5KCH A; 2LNV A; 1Q82 R; 2LQ8 A; 5GAO q; 1JB0 E; 2VB6 A; 2RHZ A; 7AT1 B; 4RG2 A; 2RI5 A; 1E6G A; 2R58 A; 4ZGJ B; 2HKN A; 1Y96 B; 2LP5 A; 4R55 A; 1ABO A; 5CKB A; 1W2B P; 1UJ0 A; 4R0K A; 3OS5 A; 2E41 A; 4OMQ A; 2ZPE B; 1GCP A; 1Q82 C; 3VS2 A; 4XAX B; 3C4S A; 3OQ5 A; 2FEI A; 4QQD A; 4PJM A; 3SWN A; 2QDY B; 3O5Z A; 2EJF A; 4C0D C; 4JDS A; 1X6G A; 1BU1 A; 4AT1 B; 1YWP A; 1YJW Q; 1GL5 A; 1SG5 A; 1YJN Q; 1K73 U; 1M3A A; 2E6N A; 4RTY A; 1YIT T; 2GFA A; 5HKC A; 2M0O A; 3M0U A; 1BBZ A; 5GMK h; 4M75 B; 3A98 A; 4OB1 B; 5CKF A; 1EZZ B; 1K8A R; 1G5V A; 4EIK A; 5C0M A; 1OQK A; 4ZTJ A; 4LUE A; 4M77 G; 5CVI A; 2NYS A; 1PWT A; 5GMK i; 3H41 A; 3CCE T; 2X35 A; 2K2V A; 1JJ2 P; 5I2S A; 2L5Q A; 3EGX B; 4KGX B; 2RA2 A; 4C92 G; 4J8O A; 3CCR T; 5CR2 A; 3G71 A; 2RI2 A; 3CCL T; 3KBG A; 1GBR A; 4AFU C; 3P8H A; 1RI9 A; 4LXC A; 3M4G A; 5A0L A; 1T0H A; 3L2V A; 4FW1 A; 2EYY A; 2DO3 A; 4M78 D; 3OYN A; 2JUF A; 2CZ6 B; 2QYZ A; 3GPL A; 1AZG B; 1LNX A; 1GRI A; 4QVC A; 1VQ7 Q; 3L2R A; 3A8G B; 3JCM h; 3TVT A; 5A0G A; 2ZPG B; 2HEQ A; 4RTZ A; 5IHK A; 1M1K R; 1M2O A; 1M1F A; 2LX9 A; 3SEM A; 3G6E T; 2DFU A; 1VQ6 T; 3HTR A; 2EBP A; 3KXT A; 3G7Z A; 2AKK A; 4J9E A; 1X6B A; 2OAU A; 3M9Q A; 1M1K C; 2CP0 A; 3CXC S; 1Y0M A; 1K8A U; 3RIR A; 2EYW A; 1TSF A; 8ATC B; 4HCC A; 1WHG A; 1WX6 A; 2KK4 A; 2HL5 C; 2LJ0 A; 1B3Q A; 1YHQ Q; 1QWF A; 1YIT A; 1WDX A; 2RD1 A; 2HQE A; 1M3C A; 4JS5 A; 4FW2 A; 1T3L A; 4M7D B; 1BCO A; 4GLK A; 3M0R A; 2E1H A; 2RQW A; 1VIF A; 4M75 C; 4JZ3 A; 3CCE A; 2XIC A; 1X2Q A; 3I55 Q; 2DTO A; 1G3Y A; 3CCR A; 3E9G A; 5KYU B; 2YSQ A; 3CCL A; 5CQY A; 2FO0 A; 1LCK A; 4M4Z A; 4EMK B; 3LGF A; 5IN1 A; 1UGQ B; 4FYW B; 1FMV A; 2QGF B; 1PNJ A; 3OBY A; 1NJI U; 2E3H A; 2AKL A; 4JLG A; 2WSC E; 4OF1 A; 4IUT A; 2JOY A; 1VA7 A; 2GTJ A; 2NLU A; 3RR6 A; 2RN8 A; 1AWW A; 4FSS A; 1M8V A; 3TU4 K; 2YLC A; 3G6E A; 1VQ6 A; 1GXI E; 4NS5 A; 1D3B B; 2GF7 A; 1YJW T; 1ZBJ A; 1YJN T; 1J3T A; 1ZSZ B; 3HRU A; 1VQP Q; 2DRK A; 1WQW A; 3OB9 A; 1WFW A; 5AYF A; 2JS0 A; 2RH2 A; 1FMK A; 1JRI A; 4A63 B; 2CSQ A; 2C0I A; 3QHS A; 1IGU A; 4DQ2 A; 1WHK A; 1TOV A; 3V8J A; 1I81 A; 3OYY A; 2LC4 A; 4KH0 B; 2HMA A; 2YRV A; 4EMK A; 1S1N A; 5KH6 A; 4M77 F; 3ZEH A; 3EG1 A; 2DL3 A; 2E4H A; 3CEY A; 2QTV A; 3RKY A; 2D0Q B; 2EIF A; 1E7O A; 5A2Q E; 2HKQ B; 2XKO C; 1CKA A; 1N9R A; 4M7D C; 3VUZ A; 1WGS A; 3SDZ A; 2YDL A; 3CCS T; 1S72 Q; 1SSH A; 4N4G A; 1V76 A; 4ZGE B; 2KQW A; 2BZ8 A; 1NEG A; 1H64 1; 1I07 A; 1QCO A; 2RJE A; 1ACM B; 3EFO B; 3OW2 S; 1VQ7 T; 4ESR A; 4KUD K; 2AIR B; 3CPW S; 1QCF A; 2W0Z A; 3QII A; 1IRE B; 5J39 A; 1Y71 A; 4OGE A; 4F7U F; 2QEX T; 2PUK B; 1OU8 A; 3EGD A; 1WLP B; 2RQU A; 1D0Z A; 4KT0 E; 2RQR A; 4WTO B; 1SHF A; 3R6O A; 3L2Q A; 3RBB B; 1M30 A; 2BE7 D; 5FRM A; 1Q7Y U; 1BI3 A; 2PVG B; 4E6R A; 2Y4X A; 2DZ9 A; 2COZ A; 4OMP A; 1O9S A; 4VUB A; 1YJW A; 3SB2 A; 1YJN A; 2CP5 A; 1MMD A; 2YUP A; 1YHQ T; 2Y90 A; 4C5G A; 1M8M A; 1YCY A; 2QXF A; 4J6Y A; 4C0F A; 4M77 E; 1VQO Q; 3OYF A; 1SPK A; 3Q1J A; 3BE3 A; 1ZLM A; 1ZSZ C; 2RM4 A; 1VQ8 Q; 3CCJ Q; 3PTA A; 3WVD B; 1HJD A; 2HD0 A; 4F7U B; 4O5V A; 4P5N A; 1W4S A; 2KT8 A; 3I55 T; 5GAN 6; 3A8L B; 4C92 E; 1OV3 A; 1A0N B; 4OP0 A; 4OB0 B; 4M7A C; 4M75 G; 1U1S A; 3PMI A; 4MMK A; 3I5R A; 2VV5 A; 5D6Y A; 2PZ1 A; 2CP2 A; 3CCS A; 4BY6 C; 4AFZ C; 3ZBD A; 1JO8 A; 1NYG A; 4M77 A; 2HDA A; 4BD3 A; 3EG2 A; 1BI1 A; 4PJO F; 3VV0 A; 1VQ7 A; 1VQL Q; 3GNG A; 4PJL A; 4EMG A; 4OMF B; 2ZCF B; 1VOM A; 4C92 A; 1M27 C; 1LOJ A; 3UF4 A; 4OMN A; 4RTT A; 1MGQ A; 5CKD A; 1I4K 1; 2J6K A; 1VQP T; 1G3W A; 1BYM A; 1Q81 C; 3M56 A; 1YI2 Q; 2OJ2 A; 5L23 A; 1SEM A; 2LTO A; 1NE8 A; 3EG9 A; 1PRL C; 1TU0 B; 3VS6 A; 4KUL A; 1WJR A; 1KFZ A; 3GLX A; 5GAO n; 2GBQ A; 1E6H A; 1LVK A; 3NFC A; 3A5Z B; 1YHQ A; 4HA8 A; 2DMO A; 3M0P A; 3HSB A; 4GBQ A; 4PJO B; 3CCV Q; 4V2S A; 2LCC A; 5M9O A; 1XOV A; 4NOY A; 3VYG A; 2V26 A; 2E12 A; 3EHQ A; 3C0C A; 4O6J A; 5EG2 A; 4DOV A; 5KYW A; 1WJS A; 2A36 A; 3I55 A; 3QSU A; 1SRL A; 1MMA A; 2V8K A; 2R5M A; 4XU3 A; 1YIJ Q; 4QVD A; 2DIG A; 1HD3 A; 4M7D G; 1BB9 A; 4J9G A; 2JTM A; 2JT4 A; 4KBM B; 5IHN A; 2XI9 A; 2IPO B; 1D0X A; 1KQS S; 3L1A A; 2DE0 X; 4FU6 A; 3MKD A; 4JLI A; 2YRD A; 4C8Q F; 5CKH A; 4PLL A; 5CO7 A; 4ELZ C; 3JCM b; 2O88 A; 2EQI A; 1VQ9 Q; 3V8L A; 4K11 A; 2IG0 A; 4C0D B; 1QKW A; 4BI3 A; 2XDP A; 1GFC A; 2LJ1 A; 3PVL A; 4D8D A; 1VIE A; 4ZN1 A; 1KC8 U; 3DB4 A; 4QQ6 A; 1VQ6 Q; 1BK2 A; 2HSE B; 4DEY A; 2G3R A; 3CD6 Q; 3QYH B; 3J80 E; 4JUV A; 3OS1 A; 2VGM A; 2EYX A; 4A4F A; 1OPK A; 2CT4 A; 1WA7 A; 1VQP A; 1CKB A; 4RUG A; 4J9I A; 1IXD A; 2O4X B; 3V7R A; 2JS2 A; 1HXD A; 2AK5 A; 1BI0 A; 2JJ9 A; 2E5K A; 4JS4 A; 3MEW A; 4BAC A; 2BUD A; 4M77 D; 1VQ8 T; 3CCJ T; 1XNI A; 2YT6 A; 3M55 A; 1M2V B; 4C8Q B; 2RQT A; 2LJ3 A; 2QAS A; 3CQT A; 2LDM A; 3QDR B; 3RDV A; 3URG A; 4E7S A; 1XQH A; 1BKB A; 2DXC A; 1WXT A; 2XG8 D; 2X4J A; 1UHF A; 2EQU A; 4ME7 A; 4XQ3 A; 1B07 A; 4NL2 A; 3L2W A; 2KGT A; 3CC2 Q; 2EPD A; 4RMO A; 3OYB A; 2DXB A; 2K4Y A; 2H8H A; 2K7A A; 4DA4 A; 1UFF A; 2LMJ A; 3SFM A; 4F04 B; 2JMC A; 2MAM A; 2DX1 A; 3NGP A; 1U8R A; 2C0O A; 1S72 A; 5KYY B; 2R5A A; 1TTH B; 4JRQ A; 4M75 F; 2YUO A; 2QK0 A; 5AT1 B; 2VC8 A; 3OYI A; 1ZA2 B; 3REB B; 2JTF A; 5J26 A; 1NZ9 A; 2DPP B; 1W70 A; 2JN0 A; 1Q86 U; 1VQL T; 2L3R A; 3E19 A; 2KI7 A; 1R8O B; 2RHI A; 1UGS B; 2LZ6 B; 2X3W D; 5GAO l; 2JW4 A; 3TQ7 P; 3RMQ A; 4JRK A; 2PU9 B; 2FB7 A; 2P4T A; 2QQ9 A; 4KGV B; 2KY9 A; 3QWY A; 1QVG A; 3LYI A; 2B86 A; 1QW1 A; 4N4H A; 2K5L A; 4GLM A; 1YI2 T; 2NUZ A; 1QCN A; 3OYM A; 3S3M A; 4FIB A; 3TEE A; 4TVR A; 4LUD A; 3HL8 A; 2X3X D; 1JBM A; 2DM1 A; 2EFI A; 4HCZ A; 1D1B A; 2VUB A; 3P8D A; 3VRZ A; 1IB8 A; 2QAZ A; 2DL5 A; 4CC7 A; 1SHG A; 1RAD B; 2NUP B; 1HK9 A; 1YBY A; 3QWX X; 4DEX A; 1VQO A; 3JB9 F; 2HSP A; 3CCV T; 1NBE B; 1PM3 A; 2ZPF B; 1VQ8 A; 3CCJ A; 1TH7 A; 1WYX A; 4MZP A; 4J5Y A; 3OMG A; 1K9M C; 1TWB A; 3H0I A; 2E5Q A; 4M75 E; 3PIO A; 1YIJ T; 2DTI A; 3VUB A; 1Q82 U; 2E65 A; 4C8Q C; 1Y96 A; 2NWM A; 1PC0 A; 5HK0 A; 4F14 A; 1B34 B; 2DL8 A; 3C94 A; 4BUG A; 1YP5 A; 5GAO p; 4JRI A; 4E7Z A; 4EDU A; 3CCS Q; 3M0Q A; 4Y91 A; 3H0H A; 4OML A; 1UE9 A; 1UEB A; 1PHT A; 1Y7X A; 4F7U G; 3ZFJ A; 1GCQ C; 1VQ9 T; 2FPF A; 2P84 A; 4M7D F; 2V1Q A; 2HZY A; 4WF2 A; 3V8K A; 5KYN A; 4E7L A; 1N9S A; 2DLP A; 3QO3 A; 1X01 A; 1VQL A; 2BIV A; 3PIP A; 2QEX Q; 1BIA A; 3UA6 A; 2RHY A; 2XD0 A; 1IZ6 A; 1EIF A; 2DVE A; 4M75 A; 3CD6 T; 5FWB A; 2DEU A; 2D9T A; 5LJ3 e; 1D09 B; 2FRW A; 4PFO A; 3LX7 A; 3LW5 E; 1K0X A; 2DEQ A; 3MPU B; 2KNB B; 2PNI A; 1K76 A; 1NYF A; 2M1H A; 3FIF A; 2EGE A; 1YI2 A; 4CI0 C; 4KGZ B; 2CYZ B; 1X6O A; 2P4R A; 1MUZ A; 2BKD N; 3EGX A; 3WXM B; 4ZTF A; 1VQK Q; 1WHH A; 2EWN A; 3PMT A; 3I56 Q; 3GOX A; 1RLP C; 3VYH B; 1QVG P; 1JQQ A; 3OYA A; 2A0F B; 4RTX A; 1ZUY A; 4RTU A; 3JB9 J; 1C6V X; 1VYT A; 4J7F A; 2FG0 A; 2DXU A; 2LX7 A; 5GAO m; 2CP3 A; 4HVW A; 3CCV A; 3CC2 T; 2K3X A; 2O9V A; 2J05 A; 2C0T A; 3OBW A; 5I2M A; 1D1A A; 1R0C B; 4XTV A; 1MV0 B; 1NLP C; 3FJ5 A; 3E9F A; 4DBQ A; 2ED0 A; 4M7D E; 1OX8 A; 1YIJ A; 1M1K U; 2PQW A; 2RNA A; 3NTK A; 2J6F A; 4PJO G; 4Z89 A; 2KYB A; 1K1Z A; 1Y07 A; 3IQL A; 4M7A F; 1X69 A; 3X24 B; 5IXF A; 1KD1 R; 5A0D A; 4E7H A; 4RG8 A; 2ECZ A; 4FT4 A; 2DNU A; 3OYC A; 1VQ9 A; 3JCM J; 4Y28 E; 2RJD A; 1MND A; 3QKJ A; 3S3N A; 8AT1 B; 2P0Q A; 1PSE A; 1QVP A; 3A8H B; 2BZY A; 2YLB A; 2QQR A; 2ENM A; 2CH4 W; 1KD1 C; 4IIM A; 3CPF A; 1QVF A; 4QW2 A; 3VJP A; 1CSK A; 4M7D A; 2GQI A; 3CD6 A; 3VS4 A; 3OS2 A; 5HK3 A; 4FSX A; 4BE0 A; 2ZPI B; 2RHU A; 2KR3 A; 4E7K A; 2NUT B; 3MP6 A; 5LJ3 f; 2KVQ G; 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2HBW A; 2D8J A; 4CRI A; 4A54 A; 4J9C A; 2EW3 A; 1TS9 A; 1U1T A; 1QVF P; 2JTE A; 3JCM P; 2PVD B; 1FX7 A; 2GFU A; 3DKM A; 3BDL A; 3EFO A; 4BB7 A; 2XDB A; 1OZ3 A; 5CQX A; 2F2W A; 1ZSG A; 4J9B A; 1K4U S; 1K9A A; 4RTW A; 1G3T A; 2C06 A; 2KMT A; 1RUW A; 1PCX A; 5KYX B; 2GNC A; 1RAC B; 2YUN A; 1RAG B; 1U5S A; 4PK4 A; 3VS3 A; 4HT8 A; 2JVV A; 4HT9 A; 4AG1 C; 4M7D D; 4JJB A; 4F7U E; 5DY9 A; 3HFN A; 2MWO A; 3OSV A; 3X28 B; 2CKK A; 3M58 A; 1Y57 A; 4CC4 B; 2AZV A; 4J7I A; 1NEB A; 5GAN d; 1G2B A; 1AEY A; 3V7S A; 3JCM c; 1Q81 R; 2V8I A; 1MV3 A; 2X51 A; 3F70 A; 4J6X A; 1IRX A; 2QEX A; 1MMG A; 4A4H A; 2CP6 A; 1YJ9 Q; 2PUO B; 2DER A; 2EYQ A; 5CAI A; 1W2B S; 4A4E A; 4X1V A; 3MHX A; 4ZGD B; 4F7U A; 2KT1 A; 3EG3 A; 2QI2 A; 3OYG A; 2O9S A; 1FMW A; 1F1B B; 3JB9 G; 2MPX C; 3UT1 A; 4BI8 B; 3VRY A; 1OU9 A; 5DLO A; 2WSF E; 1VQK A; 1XJW B; 3I56 A; 1M5Q 1; 4A4K A; 1N6A A; 2QQA A; 5I11 A; 1VQN T; 2FZK B; 4IKF A; 1N8R R; 5I21 A; 5LJ5 e; 5FWC A; 4BE1 A; 2E3I A; 3FRN A; 2EQJ A; 4C0G A; 1ZA1 B; 2D8H A; 2HCK A; 2CZ1 B; 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