The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
7
|
sequence length |
62
|
structure length |
62
|
Chain Sequence |
GRRRVRAILPYTKVPDTDEISFLKGDMFIVHNELEDGWMWVTNLRTDEQGLIVEDLVEEVGR
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
NMR structure of the SH3 domain of human RAS p21 protein activator (GTPase activating protein) 1
rcsb |
| molecule keywords |
Ras GTPase-activating protein 1
|
| molecule tags |
Protein binding
|
| source organism |
Homo sapiens
|
| total genus |
7
|
| structure length |
62
|
| sequence length |
62
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-02-12 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00018 | SH3_1 | SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1K1Z A; 1GFC A; 3KFV A; 1AEY A; 2CUD A; 4F16 A; 2LMJ A; 2HCK A; 2RQU A; 1IO6 A; 2LNH B; 1AOJ A; 2VWF A; 1GRI A; 4OMN A; 1TUD A; 1X6B A; 2NUZ A; 1YN8 A; 2LQN A; 2L0A A; 3R6N A; 1WIE A; 2F2W A; 4HVW A; 2EYY A; 1JXM A; 2M51 A; 2FPD A; 2KEA A; 2VVK A; 4RTW A; 2DE0 X; 2CSI A; 5IHI A; 2F2X A; 2DYB A; 1QKW A; 1RLP C; 1EFN A; 1QKX A; 1ZUU A; 2LJ3 A; 2KNB B; 4HCK A; 1OEB A; 1YWP A; 3VS4 A; 2O31 A; 5ECA A; 3C0C A; 2EVR A; 2DL5 A; 2HEQ A; 2YUN A; 1WDX A; 1UG1 A; 3I35 A; 1H3H A; 2J7I A; 4IIO A; 2AKK A; 3SEM A; 1NYG A; 2FPF A; 2HDA A; 2YUQ A; 2DJQ A; 2OI3 A; 1GBQ A; 5IHN A; 1X2Q A; 1BBZ A; 2HBW A; 4A63 B; 4ESR A; 4J9E A; 2YT6 A; 1GFD A; 5I11 A; 1NM7 A; 2ROT A; 3PVL A; 4RTV A; 2KRO A; 3EG3 A; 1UTI A; 2DIL A; 2DL8 A; 2HSP A; 2LX7 A; 3A98 A; 3FJ5 A; 3ZL7 C; 1Z9Q A; 1K0X A; 3PE0 A; 4J9C A; 1ABQ A; 2A08 A; 1FMK A; 1JO8 A; 3TSW A; 1UEC A; 4J9I A; 1M3A A; 1JXO A; 2IIM A; 3NMZ C; 1M30 A; 2CDT A; 2YSQ A; 1JEG A; 3NPF A; 4Z89 A; 1BK2 A; 1FYN A; 2A37 A; 1HD3 A; 2EW3 A; 4LN2 A; 2DX1 A; 2L2P A; 1XOV A; 2EYZ A; 1K0S A; 1AVZ C; 2FO0 A; 2LZ6 B; 3H0H A; 2C0T A; 4RUG A; 2F2V A; 1T0J A; 2C0O A; 2O9V A; 2MCN A; 2FPE A; 1SHG A; 1PRM C; 4OMM A; 2JM9 A; 2BZX A; 2L3S A; 3I5S A; 1WYX A; 2PTK A; 4ZNX A; 1JQQ A; 2LP5 A; 1QWE A; 2ENM A; 5I22 A; 1WLP B; 4E6R A; 4KRT A; 3EG1 A; 1UFF A; 1G83 A; 4JJD A; 1UE9 A; 1KSW A; 3QWX X; 3U23 A; 4RTZ A; 2P4R A; 3M0Q A; 1RI9 A; 2CT4 A; 4JJB A; 4JZ4 A; 2YUO A; 2A36 A; 4Z8A A; 2EGA A; 1KFZ A; 1AD5 A; 2L3Q A; 4GBQ A; 1U06 A; 3VRZ A; 2B86 A; 2RQV A; 2K9G A; 2JXB A; 4Z88 A; 2RPN A; 4AFU C; 2GTJ A; 2MIO A; 4AFS C; 1UJY A; 1NG2 A; 2L3P A; 4CC4 B; 1U5S A; 1WI7 A; 2DBK A; 1PWT A; 3REA B; 1ABO A; 1VA7 A; 2V1Q A; 2V1R A; 2RNA A; 3O5Z A; 4CC7 A; 4F14 A; 1ZSG A; 1HSQ A; 1J3T A; 1MV0 B; 1MUZ A; 1TUC A; 4RTU A; 1ZLM A; 1AWJ A; 3REB B; 1WFW A; 1PKT A; 1QWF A; 1K4U S; 2AKL A; 2RF0 A; 1K76 A; 2DMO A; 1U3O A; 2C0I A; 1S1N A; 4Y92 A; 3VS1 A; 4AFZ C; 3VS5 A; 1K9A A; 1GL5 A; 1ARK A; 1LCK A; 1B3Q A; 2QDL A; 4OMQ A; 1I1J A; 2GGR A; 1V1C A; 4HXJ A; 1OPL A; 2LQW A; 4J9F A; 1ZBJ A; 2J06 A; 2YUP A; 2EYX A; 2J6F A; 1GBR A; 2KGT A; 1A0N B; 5IH2 A; 4R0K A; 1WX6 A; 2KR3 A; 2SRC A; 1SPK A; 2JT4 A; 3EG0 A; 4D8K A; 1PRL C; 3NGP A; 2X3W D; 2ABL A; 3QWY A; 1AWX A; 2EKH A; 1GCQ A; 3THK A; 1KJW A; 1UDL A; 5L23 A; 2ESW A; 2RMO A; 2W0Z A; 2D0N A; 1Y57 A; 2PZ1 A; 4LUE A; 4OMO A; 1ZUY A; 4HVU A; 3M0T A; 1BB9 A; 2KT1 A; 1AWW A; 1TG0 A; 4DEY A; 2DLP A; 1WA7 A; 5EC7 A; 1PKS A; 3IQL A; 1Z9Z A; 1NLP C; 1W6X A; 1CKA A; 4M4Z A; 2KXD A; 4AG1 C; 1M3C A; 1WXB A; 3UAT A; 2EBP A; 2DF6 A; 5FW9 A; 1SEM A; 3ULR B; 4OML A; 2ROL A; 2CUB A; 1AWO A; 5IHK A; 4WCI A; 4J9B A; 2EGC A; 2D8J A; 2DM1 A; 3RNJ A; 4GLM A; 1W1F A; 2K3B A; 4FSS A; 1YWO A; 3EG2 A; 2BTT A; 1QLY A; 1T3L A; 4D8D A; 1H8K A; 1E6H A; 1NYF A; 1VYT A; 3M0S A; 2RQW A; 2NWM A; 2FRY A; 1ZUK A; 2GBQ A; 2FG0 A; 1B07 A; 2JS0 A; 3EGU A; 2ED0 A; 2YDL A; 2XMF A; 2CSQ A; 1YCS B; 1AZG B; 2X3X D; 3CQT A; 3LH5 A; 1GCP A; 2O88 A; 4DEX A; 2I0N A; 1M3B A; 1WXT A; 1GCQ C; 2DVJ A; 3M0P A; 1RLQ C; 4J9H A; 1PNJ A; 2KRN A; 4RTX A; 3PVQ A; 2D8H A; 1OV3 A; 5GJV B; 3JV3 A; 4OMP A; 2DL7 A; 4LE9 A; 2CH4 A; 2DL3 A; 2GNC A; 5FWC A; 2CRE A; 2JTE A; 3VS3 A; 2LJ0 A; 3VS6 A; 5HCK A; 2VKN A; 1I07 A; 2SEM A; 2JM8 A; 2KE9 A; 1SRM A; 1T3S A; 2O2O A; 1I0C A; 1X69 A; 3H0I A; 2KBT A; 1RUW A; 1M8M A; 1VYV A; 3VS2 A; 2DRM A; 2KT8 A; 4RTY A; 1NEG A; 1X43 A; 3GBQ A; 1SRL A; 2J6O A; 3VS0 A; 2K2M A; 4CC2 A; 2EYW A; 3EHQ A; 4K11 A; 2AZS A; 4ORZ A; 1G2B A; 1MV3 A; 2EPD A; 1E6G A; 1UHF A; 1SHF A; 4QT7 A; 2D1X A; 1N5Z A; 1NLO C; 3I5R A; 3UF4 A; 1ZX6 A; 3H0F A; 3RBB B; 4IIM A; 2LCS A; 2GQI A; 4F17 A; 2KRS A; 4AFQ C; 2DBM A; 2RQT A; 2LJ1 A; 4LUD A; 2G6F X; 2JMC A; 2JS2 A; 2OJ2 A; 2JMA A; 2AZV A; 1X27 A; 3M0R A; 1UHC A; 2A28 A; 3SHW A; 5IXB A; 1VYU A; 1T0H A; 4J9D A; 1QCF A; 1UGV A; 2DNU A; 3EHR A; 1E7O A; 2AK5 A; 2FRW A; 2EQI A; 1SSH A; 2M0Y A; 1JU5 C; 2DA9 A; 3M0U A; 4CC3 A; 1KIK A; 3TSZ A; 2MOX A; 2KYB A; 3UA7 A; 3H41 A; 1OOT A; 2KXC A; 2O9S A; 2W10 A; 2BZY A; 2E5K A; 2K7A A; 5GJW B; 5FWB A; 3VS7 A; 2PNI A; 1OPK A; 1W70 A; 4JZ3 A; 3I9Q A; 1PHT A; 2FEI A; 2J6K A; 3UA6 A; 2KYM A; 3NHN A; 2DL4 A; 1X2K A; 4HVV A; 1HJD A; 2CH4 W; 2J05 A; 2RQR A; 4RTT A; 1X6G A; 2H8H A; 2CT3 A; 1NEB A; 4AG2 C; 1YNZ A; 3TVT A; 1CSK A; 4J9G A; 1H92 A; 2ED1 A; 2K79 A; 1CKB A; 3VRY A; 5IXF A; 2DRK A; 1Y0M A; 4JPB W; 4LNP A; 2BZ8 A; 1M27 C; 4EIK A; 2KRM A; 2EGE A; 1WXU A; 2ECZ A; 1UJ0 A; 4X1V A; 1UUE A; 1AZE A; 2JW4 A; 2OAW A; 2GTO A; 4JJC A; 2RN8 A; 1BU1 A; 2K6D A; 1YP5 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1OYX A; 1JBM A; 1UB4 A; 4M75 A; 4A4E A; 2LMJ A; 2RQU A; 4FYW B; 1VQM T; 2CP0 A; 1G3Y A; 3JCM e; 1QVG P; 4OMN A; 1X6B A; 2WSC E; 2DER A; 4OGE A; 3JSC A; 1PSF A; 2QI2 A; 1QVF P; 2DVE A; 1RL2 A; 2FPD A; 5CQY A; 2VVK A; 4RG8 A; 2LRQ A; 3CEY A; 3OS5 A; 2DK3 A; 1MMA A; 2QEX Q; 2QGF B; 4QQG A; 2MWP A; 5CKD A; 3G6E A; 5ECA A; 2QGG A; 3C0C A; 2DL5 A; 2HEQ A; 1H3H A; 1D3B A; 4C0Z A; 2RHX A; 4M7D G; 3SEM A; 3FC3 A; 2YLB A; 2FHD A; 5LJ5 h; 8AT1 B; 5CVI A; 4QVD A; 5CKH A; 1X2Q A; 4ZGD B; 2HBW A; 2JTF A; 3CMA Q; 3CCS Q; 3CC4 A; 3SWN B; 2A0F B; 3A98 A; 1VQ9 T; 3CCR A; 4F7U B; 1WHH A; 3G71 Q; 3P8D A; 3GOX A; 4PFO A; 1WHK A; 1M30 A; 2P0P A; 3CCV A; 3QYH B; 4M7D E; 3RMQ A; 3LGF A; 2JVV A; 2EW3 A; 1K0S A; 2EYZ A; 3PMT A; 4L6V 5; 2FO0 A; 2LZ6 B; 1VOM A; 3I56 Q; 1N9S A; 2IG0 A; 3JRZ A; 3H6Z A; 4ZN3 A; 3CC7 T; 3CD6 Q; 2FPE A; 1TU0 B; 2COY A; 3EFO B; 3HPW A; 3JB9 J; 1BYM A; 5CR2 A; 4OMM A; 2EJG A; 3M4G A; 2JM9 A; 2BZX A; 3VV0 A; 4BE0 A; 2O4X B; 3I5S A; 1WYX A; 4BAC A; 1EIF A; 1S72 A; 1Q86 U; 3LH0 A; 2M0O A; 2RI3 A; 1WLP B; 2XID A; 2DD5 A; 1VQN Q; 1UFF A; 2R57 A; 4C8Q G; 1KSW A; 1NE8 A; 1IZ6 A; 3QWX X; 4M7A G; 1VQP T; 3CCJ Q; 4QW2 A; 2HKN A; 4FW2 A; 4RTZ A; 1RI9 A; 1TH7 A; 4JZ4 A; 2A36 A; 4Z8A A; 3RER A; 2MI6 A; 4JDS A; 4Y28 E; 1PD1 A; 1U1T A; 2RJD A; 2B86 A; 4HT8 A; 5CK9 A; 4M75 G; 2K9G A; 3A8O B; 2XDB A; 2MIO A; 1B7T A; 4C8Q D; 1UJY A; 2RM4 A; 4CC4 B; 3JCM P; 3G1J A; 2FYK A; 4C8Q E; 3JCM b; 4C5I A; 1M1G A; 3O5Z A; 3SWN A; 1RAH B; 3EH1 A; 3I55 A; 1J3T A; 1MV0 B; 3RUX A; 1MUZ A; 3CME T; 1I8F A; 4F7U A; 1LVK A; 4A4F A; 3CCQ Q; 1WFW A; 1QP2 A; 4M75 E; 1D1B A; 2RF0 A; 4JRI A; 3JCM d; 4PJM A; 4N0A C; 1O9S A; 7AT1 B; 1ZBX A; 1K9A A; 4OB0 B; 4HT9 A; 2QDL A; 4FT4 A; 1ZA1 B; 1OPL A; 2LQW A; 4J9F A; 2YUP A; 5CKF A; 1VIF A; 2BKD N; 1RI0 A; 2QYZ A; 1SPK A; 2JT4 A; 3EFO A; 4D8K A; 2X3W D; 4E47 A; 3TQ7 P; 4ZTJ A; 3MET A; 3QWY A; 1N9R A; 2O4X A; 2LDM A; 3CXC S; 3CBO A; 3THK A; 2G3R A; 3JCM g; 1UDL A; 5L23 A; 1VQK Q; 3G6E T; 2KY9 A; 2D0N A; 2PZ1 A; 4OMO A; 4HVU A; 2D6F A; 4DEY A; 1RAI B; 5AYF A; 5I2S A; 5GAN f; 1YHQ Q; 1M90 R; 1UEB A; 1CKA A; 4C92 F; 4AG1 C; 4J6X A; 2EBP A; 2JOY A; 1OQK A; 8ATC B; 4J5Y A; 5KYW B; 3CCU A; 2ROL A; 1AWO A; 3CC4 T; 3HFO A; 4WCI A; 2DEU A; 4A4H A; 3HKS A; 4C5H A; 2D8J A; 2DM1 A; 1G3S A; 1D1C A; 5FRN A; 1QVG S; 3CCR T; 1K8A R; 4GLM A; 4PNO A; 2PUK B; 3A5Z B; 5GAO n; 2P4T A; 2MWO A; 4OVA A; 2RQW A; 3QDR B; 3CC2 Q; 3CCV T; 2NWM A; 3OB9 A; 2GBQ A; 3NTI A; 1B07 A; 3HL8 A; 3EGU A; 2DET A; 2YDL A; 4A54 A; 4DBR A; 3URG A; 2HMA A; 2X3X D; 4OP0 A; 5KCH A; 3LH5 A; 2DVJ A; 1RLQ C; 3MEA A; 4C0D C; 4RTX A; 3PVQ A; 2XDD A; 2CYZ B; 2D8H A; 2IVW A; 2WSE E; 1OV3 A; 5KYX B; 1S72 T; 4LE9 A; 4XU0 A; 2OTJ Q; 1I07 A; 2SEM A; 3J81 E; 2VXF A; 2DXT A; 2JM8 A; 5LJ5 d; 2QA4 A; 4XU2 A; 2O2O A; 3A1P A; 1I0C A; 1X69 A; 1MMN A; 4JLI A; 2VV5 A; 3MKD A; 3OYD A; 2CP7 A; 2DKG A; 5LJ3 d; 2E64 A; 1YJ9 A; 1VYV A; 2LC4 A; 4F7U G; 3QG1 A; 3VS2 A; 4PJO B; 3MCA B; 4RTY A; 2XU8 A; 1NEG A; 3NFC A; 3GBQ A; 2J6O A; 3C95 A; 5CKB A; 3HSB A; 2MAM A; 4CC2 A; 2EYW A; 2VYT A; 3V8J A; 1M1F A; 5LJ5 g; 1YI2 Q; 3BY7 A; 1G2B A; 1IXD A; 1MV3 A; 2F5K A; 2EPD A; 3UDC A; 5LJ3 g; 5KYW A; 1M90 C; 2R58 A; 3VJP A; 1G3T A; 3UF4 A; 1ZX6 A; 3DLL A; 4PLL A; 4IIM A; 4XK8 E; 3I55 T; 5CAI A; 2LCS A; 5GAN 8; 3OYF A; 2K5I A; 4F7U E; 3SFM A; 2KRS A; 4AFQ C; 5GAM j; 2RQT A; 4P5N A; 2LCC A; 4LUD A; 4AMC A; 2JMC A; 2JS2 A; 2FZC B; 2YLC A; 2V26 A; 3VUZ A; 3L2V A; 1RAA B; 1K8A C; 3MPU B; 3J80 E; 5IXB A; 1VYU A; 1K9M R; 3MEW A; 2EIF A; 4J9D A; 1QCF A; 3JCM X; 1YJN T; 1WJQ A; 2CP6 A; 3I56 A; 2EQI A; 1N6A A; 2DA9 A; 3M0U A; 4ZGE B; 1G3W A; 4C92 C; 1KIK A; 1H64 1; 2QTV A; 4DOW A; 5A0D A; 2BZY A; 4YTL A; 3P8B B; 5KYX A; 1KHC A; 2ZPI B; 5FWB A; 3VS7 A; 2F1L A; 1IRX A; 3CPF A; 4JZ3 A; 1PHT A; 2FEI A; 1YIJ A; 3MEU A; 4N4G A; 1VQL Q; 2KYM A; 2PVD B; 5KYU B; 1HJD A; 3RMS A; 2CH4 W; 2J05 A; 2K5L A; 2MK5 A; 2LQK A; 4XTX A; 1TXQ A; 1CSK A; 2RH2 A; 3OYH A; 3E2U A; 1H92 A; 1Y0M A; 1IHV A; 3CCU T; 1X01 A; 2ECZ A; 2QDY B; 2Y4X A; 1K9M U; 1UJ0 A; 1UUE A; 2GTO A; 2COW A; 2K6D A; 3HFN A; 1YP5 A; 3MEV A; 4QKU A; 2X4W A; 4XU1 A; 1Y7X A; 4BUG A; 5DLO A; 2HCK A; 2DIG A; 1IGU A; 1AOJ A; 2VWF A; 2K4Y A; 3RR6 A; 5GAN e; 9ATC B; 4E7L A; 3L2Q A; 3G4S Q; 1KC8 R; 3S3O A; 4ME7 A; 5CQX A; 4M7A B; 4HVW A; 1JXM A; 2M51 A; 2XHC A; 4HA8 A; 2KEA A; 2OX7 A; 4RTW A; 1VQ9 A; 2DE0 X; 5IHI A; 4PLI A; 1M5Q 1; 2BIV A; 4BD3 A; 1EFN A; 1QKX A; 2LJ3 A; 2KNB B; 1YWP A; 1AT1 B; 2QTX A; 2EVR A; 2YUN A; 4OB3 B; 1WDX A; 4EPC A; 3I35 A; 4IKF A; 1C0M A; 5LJ5 f; 1YIT Q; 1BIA A; 3QBY A; 1YJW Q; 1PC0 A; 2HDA A; 2YUQ A; 1K9M C; 2EKO A; 5LJ3 f; 5FU6 C; 1OU8 A; 1IB8 A; 1M1K U; 2RI5 A; 2A7Y A; 2QEX T; 1YJ9 T; 1ZSZ C; 4OB1 B; 5I11 A; 3PVL A; 4RTV A; 1NZ9 A; 3EG3 A; 2ZPG B; 2HSP A; 2LX7 A; 3FJ5 A; 1BKB A; 4MMK A; 3PE0 A; 3LX7 A; 1ABQ A; 1DJ7 B; 2A08 A; 1M3A A; 1JXO A; 3CPW A; 3M56 A; 5KYU A; 3BW1 A; 3OY9 A; 5GAN 4; 1R0B G; 1F1B B; 4RKU E; 3X24 B; 1FYN A; 4KH0 B; 1HD3 A; 1XOV A; 2C0T A; 3CCS T; 4C0F A; 3OYM A; 4RUG A; 1KQ2 A; 3A8L B; 2YRV A; 4LDY A; 2F2V A; 1T0J A; 3CPW P; 2ZGW A; 5IAY A; 1KK7 A; 1RAG B; 5GMK m; 3G71 T; 2K3Y A; 1VQ5 Q; 2XD0 A; 4E7I A; 3KUF A; 3OYI A; 4EMH A; 4ZNX A; 1M1K C; 3OBY A; 1JQQ A; 2LP5 A; 2ENM A; 1BIB A; 3SB2 A; 5EG2 A; 4C0D B; 5KYN A; 4N0A A; 1KQS A; 1VQ7 Q; 1G5V A; 1G83 A; 4E7J A; 1UE9 A; 3H9N A; 3I56 T; 3ME9 A; 1Y07 A; 1VQO Q; 3U23 A; 3C94 A; 2BE9 B; 1Q82 R; 3JCM J; 1W4S A; 5J39 A; 1KFZ A; 1AD5 A; 4R56 A; 3O8V A; 3CBP A; 3BDL A; 1KQS P; 3RKW A; 4Z88 A; 1WJS A; 4II1 A; 2GTJ A; 2KSS A; 4AFU C; 1YIJ T; 3VKI A; 1U5S A; 2GF7 A; 4PJO D; 3QII A; 2Y90 A; 1ABO A; 4ZGJ B; 3CBM A; 4E2F B; 3FB9 A; 3L2W A; 4PJO E; 4CC7 A; 1ZSG A; 4PJN A; 4RTU A; 2JTM A; 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