The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
6
|
sequence length |
68
|
structure length |
68
|
Chain Sequence |
GSSGSSGKVFRALYTFEPRTPDELYFEEGDIIYITDMSDTNWWKGTSKGRTGLIPSNYVAEQSGPSSG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
Osteoclast stimulating factor 1
|
| publication title |
Solution Structure of the SH3 Domain of Human osteoclast stimulating factor 1 (OSTF1)
rcsb |
| source organism |
Homo sapiens
|
| molecule tags |
Signaling protein
|
| total genus |
6
|
| structure length |
68
|
| sequence length |
68
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2005-04-25 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00018 | SH3_1 | SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2J6F A; 4CC3 A; 1X6G A; 2OI3 A; 4GLM A; 4EIK A; 3VRY A; 2W0Z A; 2DE0 X; 2VVK A; 1X27 A; 2EGC A; 3VS2 A; 1SHF A; 1ZUY A; 1UG1 A; 2L3S A; 1PKS A; 2QDL A; 5IHK A; 2C0I A; 1V1C A; 2MOX A; 2FPD A; 4RUG A; 3NPF A; 2KXD A; 1BK2 A; 2O31 A; 1T3S A; 2MCN A; 1W70 A; 3KFV A; 2EYX A; 4ORZ A; 1QLY A; 1W1F A; 4HXJ A; 1A0N B; 4JPB W; 1U5S A; 2RNA A; 2IIM A; 1ZUU A; 2J6K A; 5FWC A; 5I11 A; 1UHC A; 2D8H A; 2BZX A; 2AK5 A; 3TSZ A; 2RQT A; 1ZLM A; 1K4U S; 3EGU A; 1WX6 A; 5HCK A; 2JS0 A; 4OMP A; 4F14 A; 5FW9 A; 1JQQ A; 3EG3 A; 3NHN A; 2GTJ A; 1I07 A; 1ARK A; 2LQW A; 2BZY A; 1E6G A; 3VS6 A; 1WXT A; 2K7A A; 2I0N A; 4F17 A; 2K2M A; 1UTI A; 4OMQ A; 5GJV B; 3IQL A; 4OML A; 4J9D A; 1AEY A; 1YWO A; 4ZNX A; 2DA9 A; 1NLP C; 1W6X A; 3TVT A; 1UJ0 A; 2HCK A; 2LCS A; 4JJD A; 2ROL A; 3H0I A; 1EFN A; 3CQT A; 2JTE A; 1G2B A; 1GBR A; 2FRY A; 1J3T A; 4LNP A; 1UFF A; 2DVJ A; 1OPK A; 1T0H A; 1AZG B; 3I5R A; 2F2X A; 1TUD A; 2LJ3 A; 4JJB A; 4DEY A; 1TUC A; 2KNB B; 4HVU A; 2K3B A; 2ECZ A; 2JM9 A; 1AZE A; 1M27 C; 2RQR A; 1T3L A; 2D1X A; 2DMO A; 2KT8 A; 1WA7 A; 1UEC A; 2LNH B; 2DM1 A; 3H0H A; 1NM7 A; 2D8J A; 2O9V A; 1MV3 A; 2DIL A; 1QWE A; 4Y92 A; 2DRM A; 2EVR A; 2DL8 A; 2SEM A; 1I0C A; 1BBZ A; 3QWY A; 1QKW A; 2C0T A; 2CSI A; 1TG0 A; 2D0N A; 3VS5 A; 1GRI A; 2K6D A; 1JU5 C; 2MIO A; 1KIK A; 2KGT A; 3NMZ C; 1HD3 A; 1ZX6 A; 1UE9 A; 2EPD A; 2M51 A; 4A63 B; 2EW3 A; 3QWX X; 4KRT A; 1H3H A; 2A08 A; 3I9Q A; 4LUD A; 1HJD A; 3SHW A; 3VS7 A; 1HSQ A; 4D8K A; 1CKB A; 1SRL A; 2RMO A; 1ABO A; 2KBT A; 2RQW A; 1GCQ A; 1PNJ A; 1UJY A; 2KR3 A; 5GJW B; 4RTT A; 3VS4 A; 1AWW A; 2ENM A; 4OMO A; 2J7I A; 2FEI A; 1FYN A; 1NYF A; 2YUN A; 3M0R A; 4J9B A; 2EGA A; 1GCQ C; 5IH2 A; 2OJ2 A; 3C0C A; 4IIO A; 2RN8 A; 1GL5 A; 2W10 A; 2L2P A; 1SSH A; 2CUB A; 4AFQ C; 2YSQ A; 3PVQ A; 3ULR B; 2CT4 A; 2YUP A; 1Y0M A; 5IXB A; 3H0F A; 1K76 A; 2HEQ A; 2KEA A; 1YCS B; 2GTO A; 2JXB A; 2JMA A; 1AWJ A; 1XOV A; 4RTX A; 3TSW A; 1ZBJ A; 3REB B; 3VS1 A; 2PTK A; 2A37 A; 2RF0 A; 4RTU A; 1WFW A; 2PNI A; 1KSW A; 4X1V A; 3EHR A; 3R6N A; 1M3C A; 1Z9Q A; 2FO0 A; 2V1Q A; 4WCI A; 2NWM A; 2DF6 A; 2F2W A; 2JS2 A; 2LX7 A; 1N5Z A; 2JMC A; 3U23 A; 4D8D A; 1IO6 A; 1AWX A; 2C0O A; 3VRZ A; 3THK A; 1M3B A; 3M0T A; 1UGV A; 2DLP A; 4K11 A; 4Z89 A; 2DL4 A; 3GBQ A; 2ESW A; 3EG1 A; 2EBP A; 2FPE A; 2KRN A; 1AWO A; 1YWP A; 3LH5 A; 2LMJ A; 4LUE A; 2DX1 A; 1M3A A; 2J6O A; 2BZ8 A; 2CRE A; 2LP5 A; 4CC4 B; 1YP5 A; 2CH4 A; 2SRC A; 3PE0 A; 3RNJ A; 1SPK A; 4CC2 A; 3JV3 A; 2OAW A; 1K0X A; 1Y57 A; 2A36 A; 1YNZ A; 2DBM A; 4ESR A; 2YUQ A; 1GFC A; 4LN2 A; 2GGR A; 2FPF A; 2BTT A; 1U06 A; 1FMK A; 4OMM A; 3UAT A; 1ABQ A; 4RTW A; 4AG1 C; 2CT3 A; 1OV3 A; 2EQI A; 2EYZ A; 2XMF A; 1UHF A; 1WXB A; 2ROT A; 2KE9 A; 4JZ3 A; 1UUE A; 2P4R A; 2KRO A; 3EHQ A; 1H8K A; 3M0Q A; 1SHG A; 4DEX A; 2CH4 W; 4OMN A; 2A28 A; 4HCK A; 2LJ0 A; 1OOT A; 4JJC A; 1X43 A; 2AKK A; 1K0S A; 4QT7 A; 2DRK A; 2PZ1 A; 3EG2 A; 1PWT A; 3RBB B; 4GBQ A; 1K9A A; 4LE9 A; 1MV0 B; 2KYM A; 4J9G A; 2G6F X; 2AKL A; 4J9E A; 5IXF A; 2HSP A; 1VYU A; 2KYB A; 2H8H A; 1X6B A; 1BU1 A; 3REA B; 1WXU A; 2DYB A; 4AG2 C; 2LJ1 A; 1QWF A; 1U3O A; 2J05 A; 2KRM A; 1NLO C; 2EYW A; 1SRM A; 2LZ6 B; 2YDL A; 3I5S A; 3ZL7 C; 2YT6 A; 2KXC A; 1H92 A; 4CC7 A; 2KRS A; 1WI7 A; 2JW4 A; 3M0S A; 2EYY A; 1OEB A; 1ZSG A; 4R0K A; 2LQN A; 1YN8 A; 4IIM A; 1S1N A; 2JM8 A; 3M0P A; 4Z8A A; 1UDL A; 2GBQ A; 5ECA A; 2CDT A; 2HBW A; 4RTV A; 4FSS A; 2FG0 A; 2CSQ A; 2GNC A; 4Z88 A; 1PRL C; 2EGE A; 1NEB A; 3A98 A; 3VS3 A; 4RTZ A; 4JZ4 A; 1VYV A; 2V1R A; 3SEM A; 4J9C A; 1ZUK A; 2M0Y A; 1LCK A; 4J9F A; 1MUZ A; 1E6H A; 5IHN A; 1E7O A; 5L23 A; 2JT4 A; 4J9H A; 1I1J A; 2AZV A; 2ABL A; 3VS0 A; 1SEM A; 5I22 A; 2RQV A; 2F2V A; 4HVW A; 1GCP A; 1WYX A; 1PHT A; 4M4Z A; 1T0J A; 3H41 A; 5FWB A; 1QCF A; 2B86 A; 5IHI A; 1AOJ A; 1GBQ A; 3EG0 A; 2DL5 A; 2NUZ A; 2DJQ A; 2DNU A; 4AFZ C; 2L3P A; 1GFD A; 1JXM A; 2GQI A; 4J9I A; 1X2K A; 1VA7 A; 3FJ5 A; 4F16 A; 1WLP B; 2YUO A; 1JXO A; 3PVL A; 2O9S A; 1NG2 A; 1X69 A; 1CSK A; 2HDA A; 2CUD A; 1NEG A; 2VWF A; 1NYG A; 1JO8 A; 2DL3 A; 1WDX A; 2DL7 A; 2ED1 A; 3I35 A; 4RTY A; 3UA7 A; 4AFS C; 1B07 A; 2E5K A; 1QKX A; 1B3Q A; 1KFZ A; 1RLQ C; 3UF4 A; 2ED0 A; 2L0A A; 1K1Z A; 2K79 A; 5EC7 A; 2J06 A; 2DBK A; 3O5Z A; 2O2O A; 1JEG A; 2K9G A; 2X3X D; 3NGP A; 2RQU A; 1WIE A; 1M30 A; 4E6R A; 2RPN A; 2KT1 A; 1PKT A; 1BB9 A; 1M8M A; 2VKN A; 1RUW A; 1G83 A; 1VYT A; 1OPL A; 1AVZ C; 1Z9Z A; 2FRW A; 3M0U A; 2AZS A; 1RI9 A; 2L3Q A; 1KJW A; 4HVV A; 1X2Q A; 2O88 A; 1AD5 A; 2EKH A; 2X3W D; 4AFU C; 1PRM C; 3UA6 A; 1RLP C; 1CKA A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2L5Q A; 4HCZ A; 3LX7 A; 4N0A C; 2MAM A; 4EIK A; 2W0Z A; 3PIO A; 3CCM Q; 2QAS A; 1X27 A; 2EFI A; 4M77 F; 4MZM A; 3BW1 A; 1ZUY A; 1M2V B; 1PKS A; 1V1C A; 1V76 A; 2EJF A; 2FPD A; 1BK2 A; 3CMA T; 2V26 A; 3OW2 S; 1W2B A; 3KFV A; 3CME A; 2EYX A; 1OUL A; 1QLY A; 2QI2 A; 4HXJ A; 1YJ9 A; 3C12 A; 2BZX A; 2AK5 A; 4JRP A; 2ZAE A; 3VU3 C; 2D9T A; 4PK4 A; 5CVI A; 8ATC B; 3VJP A; 1VQ4 A; 3CCQ Q; 1VQM T; 3BDL A; 1H3Z A; 5CR2 A; 3Q1J A; 3M53 A; 1TU0 B; 5HY6 A; 2I0N A; 2R57 A; 2BE7 D; 3MP8 A; 2K2M A; 3EGX B; 2K57 A; 4OMQ A; 2EKO A; 1Q95 G; 3ZBD A; 4BE0 A; 2HQH A; 2M1H A; 2EWN A; 2DA9 A; 2LCS A; 5GMK m; 3MEV A; 2DTH A; 4ANJ A; 3CQT A; 2L89 A; 4F7U B; 1M2O A; 4QVD A; 2XD0 A; 2E3H A; 4J83 A; 4LNP A; 3SFM A; 4M78 G; 3S6W A; 1UFF A; 1ZSZ A; 4J5Y A; 5I21 A; 1VQN Q; 3I5R A; 2CP3 A; 5EG2 A; 4JJB A; 2MWP A; 4DEY A; 1TUC A; 1AZE A; 1XQH A; 1T3L A; 2D1X A; 1PD0 A; 2LNH B; 2DM1 A; 3H0H A; 2D8J A; 1K73 U; 3G6E A; 1BI3 A; 3CCJ T; 2DRM A; 1I0C A; 1BBZ A; 3L42 A; 2C0T A; 2CSI A; 1LOJ A; 1GRI A; 3QDR B; 1JU5 C; 3UDC A; 1KD1 C; 3DKM A; 4L59 A; 3QPH A; 1UGS B; 2E10 A; 2CZ1 B; 1UE9 A; 2M51 A; 5CQY A; 1VQL T; 1R0C B; 2GCX A; 4IUU A; 3CC7 A; 3S3O A; 1IZ6 A; 1KHC A; 3SHW A; 3VS7 A; 3TRE A; 1K8A R; 2MMP A; 5CKD A; 1VQ5 A; 1NBE B; 5J26 A; 4M77 G; 4R55 A; 5AYF A; 4Y91 A; 4D8K A; 1CKB A; 3FLG A; 2RMO A; 2KK4 A; 1UJY A; 1TH7 A; 1M90 U; 4IUR A; 5GJW B; 3PGG A; 2Z0W A; 4ZTF A; 5KCO A; 1PM3 A; 3OS1 A; 2LNV A; 2DEU A; 3CBO A; 3C94 A; 2DER A; 3I56 A; 1NYF A; 2EAY A; 4J9B A; 1GCQ C; 2PU9 B; 4IIO A; 1GL5 A; 1SSH A; 5IAY A; 2BUD A; 5LJ5 e; 2YSQ A; 3PVQ A; 2HBP A; 2WSC E; 2XU8 A; 2L3R A; 1YI2 Q; 2NLU A; 3ULR B; 2O01 E; 2NUP A; 3CCU T; 1Q82 U; 5L8R E; 3E9F A; 4N4I A; 1K76 A; 2E1H A; 2DAQ A; 2HL5 C; 1M9S A; 2RK2 A; 3P8D A; 4JS5 A; 2KEA A; 3FIF A; 2DJZ A; 2JXB A; 1IRX A; 3JCM X; 1RL2 A; 2BE9 B; 1AWJ A; 1QMC A; 3TSW A; 1ZBJ A; 4J6Y A; 3ZFJ A; 1MMN A; 2A37 A; 3OBW A; 1D1C A; 1KSW A; 4X1V A; 2QEX Q; 2FO0 A; 3A8H B; 2P0P A; 3HTR A; 2F2W A; 3X26 B; 2JMC A; 1WJQ A; 1KC8 U; 1AWX A; 3SWN B; 4A53 A; 4KT0 E; 3JCM h; 1UGV A; 4Z89 A; 2ESW A; 4JRK A; 2KRN A; 3MHX A; 3G4S T; 3CXC S; 4C92 A; 4LUE A; 4E47 A; 1Q86 U; 1M3A A; 3QKJ A; 4CC4 B; 2K4Y A; 2QDY B; 1M1K R; 4QQD A; 3CME Q; 2ATC B; 2CH4 A; 2RA2 A; 1YJ9 Q; 4CC2 A; 3JB9 D; 1M90 C; 2LQ8 A; 1YNZ A; 5FU6 B; 1QVG S; 2FPF A; 4OMM A; 3ER0 A; 5LJ3 h; 3UAT A; 1VQ4 Q; 1ABQ A; 3GF5 A; 4AG1 C; 2CT3 A; 1IHV A; 3C95 A; 2PUO B; 1WXB A; 4OP0 A; 4EMK A; 1TOV A; 5LJ3 g; 2PUK B; 4B9W A; 4KGZ B; 3EHQ A; 2QTX A; 4PFZ A; 3OMC A; 1EX4 A; 4RG8 A; 4HCK A; 2LJ0 A; 3O8V A; 4JJC A; 2AKK A; 1K0S A; 4C92 F; 2PZ1 A; 3A5Z B; 1JB0 E; 2E41 A; 4LD6 A; 4LE9 A; 3KXT A; 1VQ9 A; 2G6F X; 4ZN3 A; 4J9E A; 5IXF A; 1QVF S; 4DBR A; 5FLX E; 2DXC A; 2HSE B; 5GAN 8; 4ELY C; 2H8H A; 1YHQ T; 5J3B A; 1BU1 A; 4MZT A; 2RHU A; 5FRM A; 2LJ1 A; 1QWF A; 4ZGE B; 5C0M A; 4KUL A; 3R6O A; 3ZL7 C; 2KXC A; 1VIF A; 1ZSG A; 5KYU A; 1VQM A; 5FRO A; 1KC8 C; 3G6E Q; 1YN8 A; 2KI7 A; 4J8O A; 3OYN A; 1S1N A; 2JM8 A; 1QP2 A; 2YLB A; 5GAM h; 3L1A A; 2CSQ A; 2GNC A; 1PRL C; 2EGE A; 3A98 A; 5GAN 5; 2QTV A; 4C8Q B; 3OSV A; 3SEM A; 3PNW C; 5GAM g; 2M0Y A; 5CO7 A; 3OYB A; 3EGD B; 4WTO B; 4LD9 K; 2NUT A; 3CC7 Q; 1OU9 A; 4ZGJ B; 5KE3 A; 1IXD A; 1YCY A; 2RQV A; 1VQ5 Q; 1D0Y A; 4M4Z A; 3E2U A; 3G7Z A; 4M7D B; 3M56 A; 4J6X A; 5IHI A; 3QBY A; 5IN1 A; 1NJI C; 2EQM A; 3HRT A; 3OS0 A; 4KH0 B; 2DNU A; 3MP6 A; 3QYG B; 4IUQ A; 3WVD B; 1JXM A; 3E19 A; 3CCJ A; 5LJ5 d; 1X2K A; 4M75 E; 2X9H A; 3I56 Q; 1WLP B; 4OB1 B; 4F04 B; 1X69 A; 1CSK A; 2HDA A; 2X4Y A; 1NEG A; 2VWF A; 1NYG A; 2ED1 A; 3I35 A; 2LCC A; 3UA7 A; 4PNO A; 3T9N A; 4AFS C; 3NTK A; 1B3Q A; 3OYI A; 3UF4 A; 4PJO E; 1K1Z A; 4A4H A; 5DLO A; 1MGQ A; 1N27 A; 3X25 B; 3FB9 A; 2O2O A; 2K9G A; 3NGP A; 2RJD A; 4C92 G; 3SWN C; 5A2Q E; 5FRN A; 5GAO q; 1D1A A; 1X01 A; 3CC2 A; 1YJW T; 4N0A A; 2MPX C; 5CKF A; 4M7A B; 4GY5 A; 1X75 C; 5LJ5 f; 2L3Q A; 1KJW A; 1X2Q A; 2EKH A; 2IPO B; 2E3I A; 3CCR T; 3JSC A; 4E7I A; 1CKA A; 2FB7 A; 1BCO A; 1IGU A; 4AMC A; 1X6G A; 2OI3 A; 5GAN d; 1M5Q 1; 3A8G B; 5FU6 C; 2E65 A; 2RI2 A; 2DE0 X; 4JUV A; 4A4K A; 1MMA A; 3CCU A; 3VS2 A; 3BE3 A; 3M4Y A; 1SHF A; 2MOX A; 2RM4 A; 1VQP T; 3L2V A; 2PVD B; 4NL3 A; 1G3Y A; 3OYF A; 4QVC A; 2O31 A; 2K5L A; 2MCN A; 4PL6 A; 4ORZ A; 1A0N B; 1U5S A; 2BIV A; 2E4H A; 2IIM A; 2RNA A; 1ZUU A; 4BI4 A; 5I11 A; 3MET A; 2JNG A; 3L2U A; 2XI9 A; 4ZTJ A; 4CRI A; 1Q7Y R; 4OMF B; 3JCM W; 3PTA A; 3OQ5 A; 2FZK B; 3EGU A; 2JVV A; 3UT1 A; 2JS0 A; 4OMP A; 5GAN f; 1QCO A; 1JQQ A; 2GTJ A; 2XK0 A; 3LGL A; 1WJR A; 2BZY A; 3OYM A; 3VS6 A; 1WXT A; 3G4S A; 1VQ9 Q; 4B9X A; 2RHY A; 1YIJ A; 2DTI A; 1XTD A; 1UTI A; 3QHS A; 4C8Q D; 1G3W A; 1RAF B; 1W6X A; 3OYJ A; 2K5I A; 1UJ0 A; 3JRZ A; 3CCV A; 2JTE A; 4XU2 A; 5GAO n; 4C8Q C; 2DVJ A; 2QGF B; 1VQM Q; 5KE2 A; 2MYS A; 1MMD A; 5C6S A; 2LJ3 A; 4E7L A; 4HVU A; 4M7D D; 3OS2 A; 2ECZ A; 2JM9 A; 3EFR A; 3UWN A; 2QA4 T; 3QYH B; 2DMO A; 2CYZ B; 1Y07 A; 2ZPG B; 1WA7 A; 3JCM P; 5D6X A; 1MV3 A; 1RAA B; 2DIL A; 2CP6 A; 1YFN A; 4XTX A; 4M7D C; 1TG0 A; 1TUG B; 2V8K A; 2R58 A; 3EG9 B; 3VUB A; 1KIK A; 1ZHI A; 1B7T A; 2LC4 A; 3NMZ C; 2A0F B; 4M77 E; 2JOY A; 1K73 R; 1YHQ A; 5GMK e; 2QYZ A; 4A63 B; 3V7R A; 3QWX X; 3I9Q A; 4LUD A; 3J80 E; 1HJD A; 3OMG A; 2FZG B; 2CGH A; 2XDP A; 4X9D A; 5KYW A; 2ZPH B; 3CCJ Q; 1BI1 A; 1GCQ A; 3FC3 A; 1PNJ A; 1NPR A; 4QKU A; 3M59 A; 4LDV A; 3QO3 A; 1AWW A; 1KD1 U; 5GMK j; 4M7A D; 5GAO r; 2ENM A; 2JTM A; 2J7I A; 5CKE A; 2RHZ A; 3HFN A; 4FT2 A; 2COW A; 2P0Q A; 3MJX A; 3NTI A; 5HKC A; 4FU6 A; 4P5N A; 5IH2 A; 1M90 R; 2OJ2 A; 4EPC A; 2RN8 A; 2L2P A; 5GAN 7; 1K9M U; 4M7A C; 4AFQ C; 1BI2 A; 2XDB A; 3QZ5 B; 3A8O B; 4OB0 B; 5IXB A; 1RAB B; 1Y71 A; 3CCS A; 3URG A; 1N9R A; 1M2V A; 3G1J A; 1YCS B; 3CC2 Q; 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