The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
17
|
sequence length |
110
|
structure length |
110
|
Chain Sequence |
GSSGSSGRSLQLDKLVNEMTQHYENSVPEDLTVHVGDIVAAPLPTNGSWYRARVLGTLENGNLDLYFVDFGDNGDCPLKDLRALRSDFLSLPFQAIECSLARIASGPSSG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Solution structure of the TUDOR domain of Tudor and KH domain containing protein
rcsb |
| molecule keywords |
Tudor and KH domain-containing protein
|
| molecule tags |
Rna binding protein
|
| source organism |
Homo sapiens
|
| total genus |
17
|
| structure length |
110
|
| sequence length |
110
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2006-03-30 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3OYK A; 4ZTJ A; 4BE0 A; 1H3Z A; 2RJE A; 3MP1 A; 2MWO A; 1MHN A; 2M1H A; 4BDZ A; 4PLI A; 2RJD A; 2L89 A; 5KE3 A; 2EFI A; 4QVZ A; 3OYJ A; 2RHY A; 3M9Q A; 1KHC A; 2RO0 A; 3LGL A; 5J26 A; 4A4E A; 4C5H A; 2RJF A; 3LGF A; 2WAC A; 3OYC A; 4QQG A; 2NLU A; 2BKD N; 4BD3 A; 2XDP A; 3DLM A; 2O4X A; 2O4X B; 3OS0 A; 4N4I A; 3OYE A; 2R57 A; 4LD6 A; 2D9T A; 2LVM A; 3OYF A; 3FEO A; 2BIV A; 3QII A; 5C0M A; 3EAE A; 4B9X A; 2K3X A; 4PLL A; 2JTF A; 4B9W A; 2K3Y A; 5KE2 A; 4RG2 A; 2RHU A; 2QQS A; 3OQ5 A; 3S3N A; 1WGS A; 1G5V A; 3PFS A; 2RI3 A; 2LRQ A; 2HQE A; 4C5E A; 4NS5 A; 2GF7 A; 3O8V A; 3OYG A; 2EQJ A; 2JZ2 A; 2X4X A; 4BE1 A; 2RI5 A; 3L2U A; 4E7L A; 3MEW A; 3QKJ A; 3H6Z A; 4II1 A; 2E5Q A; 4IUP A; 4QQ6 A; 4A4G A; 3S3O A; 3NTI A; 3OYM A; 3KUF A; 4UC4 A; 4C5G A; 2G3R A; 3MEA A; 2YRV A; 3F70 A; 4Z02 A; 4IUT A; 4E7H A; 4E7K A; 2EKO A; 3E9G A; 2EQK A; 2PQW A; 2L8D A; 3UWN A; 3PMI A; 3OMG A; 4L59 A; 2LDM A; 2RJC A; 4Q5W A; 3L2Q A; 2X35 A; 3OYL A; 2P0K A; 3MP8 A; 3MP6 A; 3NTK A; 5KCH A; 2GFU A; 1WJR A; 2R58 A; 2X4Y A; 3ZEH A; 5M9O A; 2GFA A; 2RHX A; 4HCZ A; 4IKF A; 2BUD A; 3FDR A; 3LH0 A; 2RI2 A; 5KH6 A; 3P8D A; 4BE2 A; 3L2V A; 2LTO A; 2MWP A; 3L2R A; 4CRI A; 3OS1 A; 3QJ6 A; 5CIU A; 3C4S A; 4OVA A; 1N27 A; 2LCC A; 2VYT A; 2E6N A; 3OYN A; 4IUU A; 3OA6 A; 4BDY A; 5FRO A; 2XK0 A; 3OYA A; 2X4W A; 2L3R A; 2EQM A; 1WJQ A; 4FL6 A; 3MEV A; 3CEY A; 3ME9 A; 4FU6 A; 5KCO A; 1OZ3 A; 2DIG A; 3MO8 A; 3LX7 A; 4N4H A; 2DIQ A; 3PMT A; 2RHZ A; 4C5I A; 5FRN A; 4QW2 A; 1RI0 A; 2F5K A; 1WJS A; 2DAQ A; 4IUQ A; 3OYD A; 3ASK A; 1OI1 A; 3Q1J A; 3FLG A; 2R5A A; 3DB3 A; 3DB4 A; 4A4H A; 2HQX A; 4N4G A; 3P8H A; 3MET A; 4X34 A; 2R5M A; 1SSF A; 2RHI A; 4ZTF A; 3L42 A; 4GY5 A; 3L2W A; 3OB9 A; 2QQR A; 4E7J A; 3SD4 A; 3BDL A; 3E9F A; 3QBY A; 3OYI A; 4BAC A; 3S3M A; 5D6W A; 4QQD A; 5D6X A; 1XNI A; 2B8A A; 2CKK A; 4IUV A; 3FC3 A; 4E7I A; 3LLR A; 3MEU A; 5IN1 A; 1OYX A; 4A4F A; 5C6S A; 3LYI A; 3NTH A; 3OYB A; 3S6W A; 2EQU A; 2IG0 A; 5J39 A; 5IAY A; 3OMC A; 3H8Z A; 3OYH A; 5D6Y A; 2M0O A; 2M16 A; 2FHD A; 4IUR A; 3UT1 A; 5FRM A; 3PNW C; 1OZ2 A; 3GOX A; 3OS2 A; 4EDU A; 4PL6 A; 3OY9 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1R0B G; 1MGQ A; 4ZTJ A; 1M2V A; 1WXU A; 5KE3 A; 3V8J A; 4F7U B; 5DM7 R; 3LGL A; 1RAB B; 3CCR T; 1K9A A; 3RKW A; 3QII A; 3EAE A; 2ROL A; 2K3Y A; 1WGS A; 2L0A A; 4J83 A; 1AOJ A; 2HBW A; 2QXF A; 1QP2 A; 2EQJ A; 2X4X A; 1YI2 A; 3QKJ A; 1IRX A; 4CC3 A; 4IUP A; 4UC4 A; 1YIT Q; 2CP5 A; 5CO7 A; 4A63 B; 2VXF A; 3UWN A; 7AT1 B; 1N6A A; 3CC2 A; 4DOV A; 3ZEH A; 2X3X D; 3M5A A; 1VQO Q; 1LCK A; 2RHX A; 2CZ7 B; 2JMA A; 5LJ3 h; 2AK5 A; 5GAM f; 3X26 B; 1M90 C; 5KH6 A; 3L2V A; 2HSE B; 4KRT A; 4D8D A; 1BBZ A; 2Y4Y A; 3BFM A; 1QMC A; 3A8L B; 1VQL T; 2XG8 D; 5FRO A; 3CCE T; 2OAU A; 2L3R A; 1ZBX A; 4BI4 A; 1RLP C; 1ZLM A; 4E47 A; 4PJO A; 1NEG A; 4YTL A; 1QCO A; 3JCM h; 1QVG P; 3Q1J A; 5A2Q E; 2JTM A; 2JW4 A; 2MMP A; 3LW5 E; 1WNL A; 3S3M A; 1EZZ B; 1I81 A; 3LLR A; 5GAO m; 1JQQ A; 5GAN 8; 2HMA A; 3OMC A; 3MCA B; 5L8R E; 4M78 B; 1OU8 A; 1MV3 A; 5GMK l; 1CKB A; 1TTH B; 3OY9 A; 4HCC A; 2BZY A; 4FT4 A; 1YNZ A; 1W2B P; 4ELY C; 1SPK A; 3JB9 J; 2L3Q A; 4PFP A; 3OYC A; 2CH4 A; 4ZGJ B; 2M9U A; 2O4X A; 1SEM A; 1YJW A; 2L5Q A; 2R57 A; 4M7D F; 2XID A; 3FEO A; 4L5G A; 1RAF B; 2MIO A; 2NUP A; 1M90 U; 1M5Q 1; 1UJY A; 1UG1 A; 3PVL A; 1LPL A; 6AT1 B; 3SWN A; 3EG2 A; 1K0X A; 4NL2 A; 2D8J A; 2E5Q A; 1KQ2 A; 2GQV A; 5CVI A; 2QAZ A; 3OSS C; 2BE7 D; 4HVU A; 4M7A D; 1VIE A; 4R0K A; 3CC7 Q; 2RH2 A; 3J7A F; 2K4Y A; 1X75 C; 1YHQ Q; 1YI2 T; 1HSQ A; 1PM3 A; 3VS5 A; 1RLQ C; 5KCH A; 1M2O A; 1AWX A; 4L6V 5; 4JRK A; 3VS0 A; 4J9B A; 2RI2 A; 5KYN A; 4C92 G; 4M75 B; 3CC2 T; 1UE9 A; 4JUV A; 2E64 A; 3QSU A; 5AT1 B; 3MEV A; 5KCO A; 5GAN h; 4WF2 A; 3LX7 A; 4GLM A; 2CDT A; 2DL3 A; 2F5K A; 2DAQ A; 3FJP A; 4IUQ A; 3VRZ A; 4HVV A; 4Z88 A; 4MMK A; 4AFS C; 1X2K A; 2HQH A; 1VQ7 Q; 3HTR A; 3HPW A; 1TOV A; 2F1L A; 1AT1 B; 1YN8 A; 2B8A A; 4XU1 A; 1I8F A; 1KQS P; 3TCJ A; 2CT4 A; 4LN2 A; 2M0O A; 2MYS A; 4XU2 A; 1WLP B; 1I5O B; 4X1V A; 4M77 G; 4BE0 A; 3FRN A; 2RJD A; 1Y0M A; 3M9Q A; 2EJ9 A; 3CCV Q; 4BY6 B; 3OS0 A; 1UHC A; 4C0D C; 1YIJ A; 3HSB A; 1U3O A; 1YJN Q; 1TS9 A; 5KYY B; 2SEM A; 1NZ9 A; 4J9F A; 2LCL A; 4J6X A; 1ZSG A; 2A08 A; 2HQE A; 1NLO C; 2LZ6 B; 1Z9Q A; 4AFU C; 2V1Q A; 3CME Q; 4BE1 A; 4OMO A; 1YJW T; 2ZPE B; 2DET A; 2O2O A; 4FCY A; 4F14 A; 2DK3 A; 2KQW A; 4O5V A; 3CXC A; 2QEX Q; 1ZBJ A; 3OMG A; 1V29 B; 3L2Q A; 3OYL A; 4BUG A; 4F16 A; 1G3W A; 4JRI A; 4PJO F; 3GLX A; 2D0Q B; 2FRY A; 3FDR A; 4M78 D; 4FIB A; 2DLP A; 3WXM B; 3G1J A; 4J9H A; 5CKD A; 3MKD A; 2E6N A; 4C8Q B; 3CCU A; 1OQK A; 1IB8 A; 4M75 E; 1WDX A; 1AZG B; 2EQM A; 4E7Z A; 2HCK A; 3E19 A; 2PZ1 A; 2DIG A; 2H3E B; 2GTJ A; 4AG1 C; 1ARK A; 2DL8 A; 2ENM A; 3JV3 A; 2P84 A; 2LMJ A; 4QW2 A; 1WHJ A; 1VQ6 A; 2RK1 A; 2W10 A; 4V2S A; 3P8H A; 3MET A; 2NYS A; 2R5M A; 4ESR A; 5GAM h; 1RAD B; 2JM9 A; 3OYI A; 1ZA1 B; 1K76 A; 2L3S A; 4E7I A; 4JJD A; 1NG2 A; 2JVV A; 1H8K A; 2SRC A; 1IRE B; 1O9S A; 4KGX B; 2K57 A; 3JCM P; 3D7S B; 1I07 A; 2DD4 A; 1UUE A; 3UT1 A; 1QP3 A; 4M7A F; 1R77 A; 1QVG S; 2L3P A; 3MP1 A; 4M7D C; 5IXB A; 4XTX A; 3RER A; 1GCQ C; 2EAY A; 1IZ6 A; 1WX6 A; 3QWY A; 1WHH A; 2YWW A; 5HK0 A; 2D9T A; 3SHW A; 4M75 D; 5LJ5 d; 1IGQ A; 3PIP A; 4KGZ B; 3M56 A; 1G5V A; 3PFS A; 4XU0 A; 2LRQ A; 4NS5 A; 3L2U A; 2AHJ B; 1GFD A; 1T0H A; 2HAX A; 1YIJ T; 1E6H A; 1CSK A; 3S3O A; 4MDX A; 3QHS A; 1Q81 C; 3EG9 A; 2FZC B; 3G6E Q; 2QTX A; 2RJC A; 4LDX A; 2YT6 A; 4HKE A; 2DXU A; 1YCY A; 2DJQ A; 2RMO A; 3I56 A; 1YJ9 A; 3OS1 A; 2XKO C; 2FPE A; 3EH1 A; 1WQW A; 4OMQ A; 2XK0 A; 1G3T A; 1B34 B; 1WJQ A; 2PVG B; 3CEY A; 2DX1 A; 2AT1 B; 4LE9 A; 4VUB A; 3JB9 F; 1RI0 A; 3HRS A; 5EG2 A; 3VV0 A; 3ASK A; 3OYD A; 4ANJ A; 2DNU A; 3EFO A; 3CCU T; 4LUD A; 2KI7 A; 3I5R A; 3NFC A; 2V8I A; 1BIB A; 2DTI A; 3L2W A; 2CUD A; 3RES A; 2RB6 A; 1A0N B; 2EPD A; 4QQD A; 4CC2 A; 1D1C A; 4IUV A; 1S1N A; 3TSZ A; 5C6S A; 1VQ6 T; 5HK3 A; 1PG5 B; 2KE9 A; 5IAY A; 5GAN e; 5GJW B; 2CSQ A; 2PVO B; 5KYU A; 4PL6 A; 5I11 A; 1YIT A; 1OX9 A; 5HCK A; 4C92 A; 3VYH B; 1W6X A; 3VS3 A; 5GMK i; 1NLP C; 1BI2 A; 3NMZ C; 5DLO A; 4OB0 B; 1VQO A; 3CCM T; 2PTK A; 2CYZ B; 3OYE A; 5CKB A; 2A28 A; 5C0M A; 1KQS S; 1LNX A; 4J9I A; 2JTF A; 2JM8 A; 3UPU A; 4C8Q D; 4RG2 A; 2ZPG B; 1QW1 A; 1S72 Q; 2VC8 A; 1VQK Q; 2F2W A; 4FYY B; 4FSS A; 4F7U G; 3G71 A; 4FW1 A; 1X43 A; 2L8D A; 5FWB A; 5LJ5 j; 3G4S Q; 4M77 A; 4M7D E; 3VUZ A; 2CZ6 B; 2ZPI B; 9ATC B; 2E3H A; 3EG0 A; 2KYB A; 3CCJ Q; 1M3C A; 2ZPB B; 4KT0 E; 3JCM Q; 3HP9 A; 2K3B A; 2KVQ G; 1BK2 A; 3OYY A; 2E12 A; 1YWP A; 2XDD A; 3MPU B; 1IHW A; 4PNO A; 4CI0 C; 2DZ9 A; 5FU6 B; 1GRI A; 4PJO B; 3I56 T; 3FIF A; 3CCE A; 5GMK m; 1MMG A; 3OW2 A; 1YJ9 T; 1GCQ A; 2DEQ A; 4ZN1 A; 3ZFJ A; 1SSF A; 3IQL A; 4ZTF A; 1K8A R; 4JPB W; 5LJ5 g; 3E9F A; 3QBY A; 4M7A C; 5CQX A; 1QLY A; 3X24 B; 1JXO A; 1RAC B; 3CXC S; 2EW3 A; 4EMH A; 4EMK B; 1FMK A; 2WSC E; 2DER A; 3OBW A; 2DKG A; 3HFO A; 4RUG A; 1OZ2 A; 3BE3 A; 4PK4 A; 1C6V X; 4R56 A; 1VQ9 Q; 2QG9 B; 1R8O B; 3OYK A; 1ZHI A; 3HL8 A; 3CC7 A; 1FXX A; 1X2Q A; 2LC4 A; 1BB9 A; 1WXT A; 4CC7 A; 5GAM e; 2RHY A; 2RO0 A; 1YP5 A; 5J26 A; 4JS4 A; 1ZX6 A; 2QI2 A; 4LD9 K; 1Q7Y U; 2OTL Q; 2O4X B; 1YIT T; 5CCA A; 2RM4 A; 1KC8 U; 4B9W A; 5GAN 5; 1WQ7 A; 5FU7 B; 1D0Z A; 1FMV A; 3CCS Q; 4M78 G; 2O9S A; 3SWN B; 1VQO T; 2FZG B; 4HXJ A; 1XJW B; 1ZSZ B; 1M8V A; 4A54 A; 2XIC A; 2RQU A; 3MEA A; 2DBK A; 3OSV A; 3RR6 A; 4TVR A; 2LDM A; 2COY A; 5GMK j; 3KBG A; 3MP6 A; 4QVC A; 1D1B A; 5I2S A; 2X4Y A; 2ZZD A; 3QG1 A; 3JSC A; 2RQR A; 1BI1 A; 4LNP A; 3G71 T; 3SEM A; 3GNF B; 2DRM A; 2QK0 A; 2D8H A; 3CPW A; 1TXQ A; 1MMN A; 2DXB A; 2KY9 A; 3OS5 A; 1QKW A; 5HKC A; 5GAO r; 3QZ5 B; 4LDY A; 1OOT A; 1QWE A; 1UTI A; 4RTX A; 3CCV A; 2KMT A; 4PJO E; 4C92 F; 2RHI A; 2HBP A; 3M0T A; 1I5L A; 3EGX A; 4WCI A; 3RMS A; 1YJN A; 2I0N A; 1YCS B; 1KG1 A; 3GF5 A; 2YXY A; 2K9G A; 1F1B B; 2VAS A; 3CPF A; 1GBR A; 5IN1 A; 4ZGD B; 1OYX A; 3CME A; 2KT8 A; 4M75 G; 2EYQ A; 1FWZ A; 2C06 A; 1BYM A; 2M16 A; 3GOX A; 4JJN K; 1JO8 A; 2KAF A; 1PNJ A; 1R0C B; 3CCQ Q; 2FL7 A; 2F2X A; 1KJW A; 2EGA A; 2EFI A; 4QVZ A; 3CCR Q; 2C0T A; 2DD5 A; 4BD3 A; 3M0P A; 3LWH A; 3H0I A; 3CC7 T; 2LT4 A; 4M77 F; 3TQ7 P; 3PIO A; 2HL5 C; 2OJ2 A; 1K8A U; 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4Z8A A; 4BB7 A; 5CQY A; 1BIA A; 4Y28 E; 1RAE B; 2C0O A; 2RQW A; 1KD1 R; 2RI5 A; 3QPH A; 2KGT A; 1BCM A; 2LX9 A; 2FPD A; 3EG9 B; 5FLX E; 3A1P A; 4DQ2 A; 3F70 A; 1JRI A; 4IUT A; 4OML A; 1VQ4 T; 1YI2 Q; 3EHR A; 2CRE A; 2EJF A; 3NTK A; 2DYI A; 2WSF E; 3N5B B; 1HJD A; 2BE9 B; 5J3B A; 4IKF A; 4GBQ A; 1M1K R; 3P8D A; 3CC2 Q; 4PFZ A; 4MZP A; 2LQN A; 1D0X A; 1TUG B; 3P8B B; 4IUU A; 1H3H A; 3JCM d; 4C92 C; 3OYA A; 5GAN 7; 1AWO A; 2JNG A; 2BTT A; 3I55 T; 4M78 A; 2OTJ T; 2O31 A; 4N4H A; 1M8M A; 2ECZ A; 2FRW A; 2RHZ A; 1LOJ A; 4FYV B; 2GCX A; 4J7F A; 4A4H A; 4GY5 A; 3U23 A; 4C0D B; 2QQR A; 2DRK A; 5GAO l; 3C95 A; 3URG A; 3QJY A; 2IPO B; 3M0U A; 3CXC P; 2CT3 A; 1VQK A; 5KYU B; 1KD1 C; 2BZX A; 2M1H A; 5LJ3 e; 2L89 A; 4M77 C; 8AT1 B; 1B3Q A; 2PVD B; 2YHT A; 1VUB A; 3CPW S; 1OU9 A; 1Y96 A; 3G6E T; 3X28 B; 3TRE A; 2YUQ A; 4LD6 A; 2LVM A; 2K3X A; 2QA4 Q; 2DF6 A; 3VS6 A; 3EHQ A; 1K73 U; 3CCM A; 4KH1 B; 5CKE A; 3JCM e; 4FYW B; 3TU4 K; 2JZ2 A; 1M1K C; 4OMM A; 1Q82 U; 4M75 A; 5IH2 A; 2EKO A; 3E9G A; 1IO6 A; 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