The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
12
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sequence length |
55
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structure length |
55
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Chain Sequence |
ELVLALYDYQEKSPREVTMKKGDILTLLNSTNKDWWKVEGNGRQGFVPAAYVKKL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Structural protein
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| source organism |
Gallus gallus
|
| publication title |
Crystal Structure of the alpha spectrin SH3 domain double mutant V46G-D48G
rcsb |
| molecule keywords |
Spectrin alpha chain, non-erythrocytic 1
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| total genus |
12
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| structure length |
55
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| sequence length |
55
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2016-02-29 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00018 | SH3_1 | SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2AK5 A; 5I22 A; 2EYY A; 1M3B A; 4FSS A; 4R0K A; 3H0H A; 3I35 A; 4RTT A; 4AFS C; 2QDL A; 4Z89 A; 3PE0 A; 1X27 A; 1K4U S; 1T3S A; 3UAT A; 3PVQ A; 4AFU C; 1UGV A; 4WCI A; 2LX7 A; 1M3C A; 1TG0 A; 2W10 A; 1QWE A; 2HCK A; 1SRM A; 1YN8 A; 2KT1 A; 1ZX6 A; 4LE9 A; 1IO6 A; 3NPF A; 3VRY A; 4Z8A A; 2O9S A; 2JMC A; 2YDL A; 2C0T A; 4GLM A; 2EVR A; 1BBZ A; 3A98 A; 2EBP A; 3JV3 A; 1HSQ A; 2FO0 A; 1K9A A; 1K1Z A; 2RQV A; 3VS1 A; 1UDL A; 3R6N A; 3NHN A; 2RQU A; 2CSQ A; 2BTT A; 1BK2 A; 3REA B; 4RTU A; 2PNI A; 1PHT A; 2JM8 A; 2E5K A; 1B3Q A; 1N5Z A; 5GJV B; 2LNH B; 4AG1 C; 1PKS A; 2DL3 A; 2CRE A; 1E6G A; 5L23 A; 1KIK A; 2EGE A; 1NYF A; 3M0Q A; 2LCS A; 1AZG B; 1GL5 A; 1ZBJ A; 1TUC A; 2EGA A; 2K6D A; 2ENM A; 4J9C A; 1NEB A; 2KBT A; 2OJ2 A; 1VA7 A; 2ABL A; 4HXJ A; 1QKW A; 4RTY A; 1ZUU A; 5GJW B; 2LMJ A; 2KGT A; 2RN8 A; 1G83 A; 2JXB A; 1CKA A; 2ROT A; 3H41 A; 1Z9Q A; 2EW3 A; 2D1X A; 1W6X A; 1KJW A; 2RQT A; 1X2K A; 2A28 A; 2FPE A; 2KR3 A; 4F17 A; 4ESR A; 1UTI A; 2A37 A; 2O9V A; 2EPD A; 3UF4 A; 2DE0 X; 1YCS B; 4LUD A; 4D8K A; 2L3S A; 1MV3 A; 1SHG A; 3M0R A; 4RUG A; 1QLY A; 3REB B; 1ABO A; 1T0J A; 4A63 B; 3H0I A; 2AKL A; 2AKK A; 2LQN A; 2DL7 A; 4OMM A; 3ZL7 C; 1Y57 A; 4ORZ A; 1UUE A; 1FYN A; 1NLP C; 2KNB B; 1WA7 A; 1I0C A; 3CQT A; 4M4Z A; 2EYZ A; 2KRS A; 2M0Y A; 4F14 A; 2AZV A; 2IIM A; 4RTW A; 1T3L A; 1K0X A; 5I11 A; 2RPN A; 3KFV A; 2VVK A; 3C0C A; 1VYT A; 3EG3 A; 4OMN A; 3UA6 A; 1HJD A; 2F2X A; 2HDA A; 1UJY A; 1K0S A; 5IHN A; 5EC7 A; 1W70 A; 2K2M A; 2GTO A; 1AD5 A; 5FW9 A; 3SHW A; 1X69 A; 1HD3 A; 1OPK A; 2A08 A; 1PRM C; 4JJC A; 2KRO A; 1SRL A; 2YUQ A; 3M0T A; 2LJ3 A; 4CC2 A; 3I5S A; 1T0H A; 1I07 A; 1W1F A; 2DVJ A; 1WI7 A; 1RI9 A; 3TSW A; 1WXB A; 2JMA A; 1AWJ A; 2RF0 A; 2FRY A; 1M8M A; 1GFD A; 4RTX A; 2LQW A; 4QT7 A; 1GCQ C; 2YT6 A; 2HEQ A; 2KYM A; 1AWO A; 2FEI A; 2L3Q A; 1YNZ A; 3VS6 A; 2GBQ A; 2W0Z A; 2J6F A; 3EGU A; 2KYB A; 2KEA A; 2CT4 A; 2P4R A; 3ULR B; 2MIO A; 1Z9Z A; 2KRM A; 2C0I A; 4K11 A; 3EHQ A; 4JJB A; 3I5R A; 4LNP A; 5IHI A; 2YUO A; 1X6B A; 2YSQ A; 1BB9 A; 3EG2 A; 1NLO C; 1ABQ A; 1QCF A; 3QWX X; 1OEB A; 2F2V A; 1WYX A; 2AZS A; 2J06 A; 1UHF A; 1JEG A; 3RNJ A; 1GBQ A; 2X3W D; 3THK A; 3GBQ A; 2VWF A; 3I9Q A; 4HVW A; 1H92 A; 2J6K A; 4AFZ C; 3VS0 A; 2D8H A; 2FPD A; 2NUZ A; 1H3H A; 3NMZ C; 2G6F X; 4J9D A; 2K9G A; 2D0N A; 2DA9 A; 2CH4 A; 4JZ3 A; 2DBM A; 1SSH A; 2HSP A; 4J9F A; 2CUB A; 1PRL C; 3M0S A; 3VS3 A; 2FG0 A; 1CKB A; 1PNJ A; 4J9I A; 2O88 A; 1PKT A; 1YP5 A; 3VRZ A; 4CC3 A; 1E7O A; 4HCK A; 1JO8 A; 2JTE A; 4AG2 C; 1XOV A; 4D8D A; 1JXM A; 2ESW A; 2EGC A; 1QWF A; 1JXO A; 1AWW A; 4LUE A; 2KT8 A; 2CSI A; 4JZ4 A; 2DRK A; 2JS2 A; 2RQW A; 3EG1 A; 1UG1 A; 1X2Q A; 5FWC A; 1EFN A; 1LCK A; 2J7I A; 1G2B A; 3U23 A; 5IH2 A; 2X3X D; 2EQI A; 2RMO A; 3M0P A; 2FRW A; 1GRI A; 2O2O A; 3VS4 A; 1M30 A; 1UEC A; 2MCN A; 2I0N A; 4CC7 A; 2FPF A; 2DL8 A; 2DM1 A; 4J9G A; 2OI3 A; 1VYV A; 1SEM A; 2EYW A; 1FMK A; 4CC4 B; 3FJ5 A; 4OML A; 2A36 A; 1OPL A; 4DEY A; 2K3B A; 2D8J A; 2LZ6 B; 1S1N A; 2BZX A; 2CUD A; 4RTZ A; 4RTV A; 2L0A A; 1I1J A; 4IIM A; 2CDT A; 2DBK A; 2JT4 A; 1GFC A; 1NM7 A; 1B07 A; 4JPB W; 1NG2 A; 1Y0M A; 2JM9 A; 4HVV A; 1MUZ A; 2GTJ A; 4J9H A; 4ZNX A; 1WFW A; 1YWO A; 1UHC A; 1GBR A; 2K79 A; 2MOX A; 3NGP A; 3IQL A; 1M3A A; 2F2W A; 2J6O A; 2ED0 A; 4Z88 A; 3TSZ A; 2HBW A; 4GBQ A; 2LJ1 A; 2M51 A; 1OOT A; 4AFQ C; 2JW4 A; 2KXC A; 2DMO A; 1ARK A; 2DX1 A; 2YUN A; 2SRC A; 2VKN A; 1V1C A; 1NYG A; 1MV0 B; 2LP5 A; 2LJ0 A; 1JU5 C; 2ED1 A; 2EYX A; 2KXD A; 2ROL A; 2PZ1 A; 2DYB A; 1RUW A; 2DNU A; 1WXT A; 3M0U A; 5IXF A; 3H0F A; 2JS0 A; 1U3O A; 2K7A A; 1SHF A; 3LH5 A; 1CSK A; 2DL4 A; 2PTK A; 1JQQ A; 4KRT A; 4LN2 A; 1AZE A; 2BZY A; 4E6R A; 1KFZ A; 1WX6 A; 2YUP A; 1AOJ A; 2ECZ A; 2NWM A; 3VS5 A; 4IIO A; 1WIE A; 2EKH A; 1QKX A; 3EHR A; 1UFF A; 5IHK A; 1J3T A; 5ECA A; 1RLQ C; 1U5S A; 1E6H A; 5IXB A; 2V1R A; 2L3P A; 1AVZ C; 2DJQ A; 3SEM A; 2DL5 A; 3EG0 A; 3UA7 A; 4EIK A; 1ZSG A; 2CH4 W; 2XMF A; 2DLP A; 1U06 A; 1UJ0 A; 1ZLM A; 2DRM A; 4OMQ A; 2C0O A; 4JJD A; 4F16 A; 1KSW A; 4Y92 A; 4OMO A; 1A0N B; 2GNC A; 2B86 A; 3PVL A; 1GCP A; 2KRN A; 1GCQ A; 2RNA A; 2SEM A; 1ZUY A; 1WDX A; 1TUD A; 2KE9 A; 3RBB B; 2J05 A; 4OMP A; 2OAW A; 2DF6 A; 1WXU A; 3VS7 A; 2DIL A; 4X1V A; 2CT3 A; 4HVU A; 2RQR A; 3VS2 A; 1H8K A; 4J9E A; 4DEX A; 4J9B A; 1AWX A; 1YWP A; 5FWB A; 1UE9 A; 1VYU A; 1K76 A; 1BU1 A; 1WLP B; 2H8H A; 2L2P A; 1SPK A; 3O5Z A; 1AEY A; 1ZUK A; 1RLP C; 3QWY A; 5HCK A; 1X6G A; 2V1Q A; 2GQI A; 1PWT A; 1NEG A; 1M27 C; 2BZ8 A; 2GGR A; 3TVT A; 1OV3 A; 2O31 A; 1X43 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1WQ7 A; 3QJY A; 4L59 A; 4HCC A; 1R0B G; 4E7J A; 2M0O A; 4AFS C; 2K5L A; 4IUU A; 3TU4 K; 1K4U S; 2QQS A; 1SSF A; 3EGX B; 5GMK e; 2KY9 A; 3G4S A; 1YN8 A; 2YLC A; 2QQ9 A; 4DBF A; 2O9S A; 2JMC A; 2YDL A; 2C0T A; 4GLM A; 4KH0 B; 1BBZ A; 4O6J A; 3CME T; 3JV3 A; 3UDC A; 5HY6 A; 1HSQ A; 1VQP Q; 4J6Y A; 2RQV A; 3VS1 A; 3R6N A; 3C95 A; 1JB0 E; 2CSQ A; 1BK2 A; 2E10 A; 4RTU A; 2PNI A; 1PHT A; 3NTI A; 3FLG A; 2E5K A; 5GJV B; 9ATC B; 4AG1 C; 1ZSZ C; 2DL3 A; 1E6G A; 4M7A G; 4M7D D; 2EGE A; 2LCS A; 3G71 A; 1PSF A; 1DJ7 B; 1ZBJ A; 1ZBX A; 4A54 A; 2E5Q A; 2QAS A; 1FX7 A; 4J9C A; 3FJP A; 1VIF A; 6AT1 B; 5AT1 B; 2RK1 A; 1I81 A; 1YFN A; 4NOY A; 2P0Q A; 1JJ2 S; 2CZ0 B; 2JXB A; 3JRZ A; 4X34 A; 2FZC B; 2ROT A; 1YIJ A; 1Z9Q A; 2D1X A; 2E4H A; 2EIF A; 2CZ6 B; 3V8J A; 1X2K A; 1MND A; 2BE9 B; 2A3L A; 2QA4 A; 2KR3 A; 3NTH A; 3OYH A; 4ESR A; 1UTI A; 3CCV A; 2I2L A; 2EQJ A; 4D8K A; 2VAS A; 5KE3 A; 4NL3 A; 5LJ3 h; 2KQW A; 2FYK A; 2XDB A; 3REB B; 4RMO A; 4E7K A; 4C92 D; 1PD0 A; 2VGM A; 2RH2 A; 3I56 A; 3ASK A; 2QTV A; 4XK8 E; 1JJ2 P; 3WXM B; 1RAD B; 2RA2 A; 1FMV A; 2KRS A; 2M0Y A; 2AZV A; 3TQ7 P; 1TOV A; 1VQ4 A; 4RTW A; 1T3L A; 3FRN A; 1PD1 A; 3KUF A; 2JN0 A; 4F04 B; 3UWN A; 2QG9 B; 4M75 B; 1YHQ Q; 1HJD A; 3M9Q A; 2HDA A; 1K0S A; 2E64 A; 5GAN h; 3CXC S; 1WHH A; 1W70 A; 2ATC B; 2GTO A; 1X69 A; 1OU8 A; 3HHT B; 2KRO A; 2YUQ A; 3M0T A; 2PU9 B; 1T0H A; 4QVZ A; 1BI2 A; 1IRE B; 3EH1 A; 2E1H A; 3H6Z A; 5GAN 2; 2LQ8 A; 1WXB A; 1B34 A; 1QVG S; 1AWJ A; 2F5K A; 2K2V A; 2ZZD A; 4RTX A; 2LQW A; 1K8A R; 2QI2 A; 5GAN g; 1AWO A; 4XQ3 A; 1K8A U; 2FEI A; 2KI7 A; 3CPW A; 4M78 F; 2HD0 A; 2W0Z A; 1K73 R; 2D0Q B; 3GOX A; 4BY6 B; 3MP6 A; 5D7U A; 3X28 B; 1G3S A; 1K73 U; 2CT4 A; 3BW1 A; 3VUZ A; 1Z9Z A; 2KRM A; 5GAN 6; 2X35 A; 4K11 A; 2RJF A; 1MMA A; 2DEQ A; 5GAO n; 2YSQ A; 4M75 F; 5LJ5 j; 1ABQ A; 2AT1 B; 1OEB A; 2F2V A; 2ZPB B; 1U8R A; 3VYH B; 3JCM c; 1JEG A; 1UHF A; 3RNJ A; 1GBQ A; 1VQ5 A; 3H9N A; 1RI0 A; 1VQ6 A; 1RAI B; 2J6K A; 4AFZ C; 1QVG P; 3OY9 A; 3LLR A; 1VQP A; 2E3H A; 1K8A C; 3NTK A; 4E7I A; 4J9D A; 3OBW A; 3CC2 Q; 5GAM h; 3HFO A; 1K73 C; 1YHQ T; 2BKD N; 5HK3 A; 3M0S A; 4JRK A; 1PNJ A; 3L1A A; 3VRZ A; 5FRN A; 1E7O A; 4M78 A; 4Y91 A; 1JO8 A; 4EDU A; 2LX9 A; 4QQD A; 4HCB A; 1XOV A; 2XI9 A; 1QWF A; 3L42 A; 3QPH A; 1XJW B; 2NYS A; 3P8B B; 3JCM V; 5C6S A; 1M90 R; 4EMH A; 5LL6 S; 4JZ4 A; 1M90 U; 1R0C B; 3EG1 A; 3ZBD A; 5J39 A; 1C6V X; 3QBY A; 3DLL A; 1NBE B; 2HKQ B; 2IG0 A; 5FU7 B; 4HCZ A; 2X3X D; 2XK0 A; 2LNV A; 2EQI A; 4M78 E; 4N4I A; 3HTR A; 3CMA Q; 2YXY A; 2KK4 A; 2MCN A; 2I0N A; 2FPF A; 1VQM T; 4B6M A; 4M75 E; 1G3T A; 2JUF A; 1KQ1 A; 1YJN T; 1EZZ B; 2KSS A; 1M90 C; 4OML A; 1WHJ A; 3QII A; 3KBG A; 4TVR A; 2NUT A; 4DEY A; 1YI2 A; 3A8M B; 2D8J A; 1U1S A; 1HYO A; 3QSU A; 2BZX A; 2L0A A; 2DK3 A; 3OA6 A; 1NPP A; 2CDT A; 2DBK A; 3CCJ Q; 4PKC C; 5CKB A; 3CCU T; 4M78 C; 4JPB W; 1JRI A; 1NG2 A; 4EMK B; 1QP3 A; 2RHY A; 4ZNX A; 4JUV A; 4PJL A; 2K79 A; 2MOX A; 1O75 A; 1EIF A; 3PGG A; 4IKF A; 1M3A A; 4M75 C; 1YBY A; 2LJ1 A; 2M51 A; 4C5I A; 1BIA A; 4AFQ C; 2JW4 A; 4LD6 A; 1I5O B; 5DLQ E; 5LJ3 j; 3VYG A; 2RHZ A; 3EFO B; 3EGD B; 1YJW Q; 5HKC A; 3RDV A; 1V1C A; 2LP5 A; 3L2Q A; 2OTJ Q; 3OYI A; 4A4K A; 2P0K A; 3SD4 A; 1RUW A; 4BE2 A; 3M0U A; 3OMG A; 5IXF A; 3H0F A; 4YTL A; 4JLG A; 3ZFJ A; 1U3O A; 2DXC A; 4C8Q D; 4M7A B; 3RMS A; 3G7Z A; 4LN2 A; 2LT4 A; 2ECZ A; 3MEV A; 3VS5 A; 4BB7 A; 4BY6 C; 2VV5 A; 1VQL T; 2QXF A; 2PQW A; 5GAN 4; 4FCY A; 5ECA A; 2COW A; 1E6H A; 2L3P A; 1AVZ C; 2XDD A; 3P8H A; 3JAM E; 1N27 A; 5GAN j; 3EG0 A; 4KGX B; 1ZSG A; 2CH4 W; 4C0F A; 5KYX A; 3MP1 A; 2EAY A; 1M1K R; 3CC2 A; 2L5Q A; 2P0P A; 3OYN A; 2DTO A; 1U06 A; 2WSE E; 3M57 A; 1M1K U; 3EG9 B; 2ZPE B; 1M2V B; 3CD6 Q; 1MMG A; 4GLK A; 2DXB A; 4OB1 B; 3GLX A; 4PFZ A; 1QW1 A; 4WTO B; 4Y92 A; 2QDY B; 1GCP A; 3X24 B; 5M9O A; 1X01 A; 2RNA A; 1Y96 B; 2Y4X A; 2EYQ A; 2K3X A; 1TUD A; 5LJ5 f; 4BUG A; 4M78 G; 4VUB A; 1VOM A; 3MEA A; 4DOV A; 3MO8 A; 3CBP A; 2CT3 A; 4HVU A; 3VS2 A; 5KCH A; 1KG1 A; 4MMK A; 4QW2 A; 3D7S B; 4J9B A; 3BFM A; 1OYX A; 3CCR Q; 5IT9 E; 2OTJ T; 1VYU A; 1K76 A; 3F70 A; 1WLP B; 3JB9 I; 1WGS A; 3OYF A; 1M1K C; 3CCQ A; 2GFA A; 1I5L A; 2HSE B; 2ZAE A; 2EWN A; 1AEY A; 3J80 E; 2DFU A; 4PJO A; 2D9T A; 3QWY A; 1IZ6 A; 3OYE A; 4LDW A; 3CXC A; 1PWT A; 3CMA A; 2BZ8 A; 2CZ7 B; 1WHG A; 2HNI A; 3LWI A; 4F7U A; 8ATC B; 3UT1 A; 5I22 A; 5GAO p; 1ZSZ B; 2DD4 A; 2LDM A; 4R0K A; 5EG2 A; 3N5B B; 3PE0 A; 1T3S A; 3PVQ A; 3M4Y A; 1UGV A; 5CQX A; 2LX7 A; 1M3C A; 1QWE A; 2KT1 A; 5CAI A; 1BI1 A; 3CPW S; 3CD6 T; 3EFS A; 4XTV A; 4KUI A; 1Q81 R; 4ZN3 A; 3QKJ A; 3E19 A; 5KYW A; 1Q81 U; 4EPC A; 3G71 Q; 3HRU A; 3CCJ A; 4E7H A; 3OS0 A; 1VQ8 T; 3S3N A; 3RES A; 1ZHI A; 2FO0 A; 1K9A A; 1K1Z A; 1RL2 A; 2NLU A; 2RQU A; 2BTT A; 2CP7 A; 1N9S A; 2M9U A; 1TUG B; 1PKS A; 3CCR T; 2CRE A; 2XID A; 3NFC A; 1NYF A; 2G3R A; 1GL5 A; 4KGV B; 2QEX Q; 2X4Y A; 1WJR A; 2QA4 Q; 1YJW A; 2EGA A; 2DZ9 A; 3CPW P; 2RB6 A; 3CCV Q; 1Q81 C; 3GF5 A; 1NE8 A; 2KBT A; 2OJ2 A; 1VA7 A; 3G4S T; 4XTW A; 2M16 A; 4CRI A; 2KGT A; 2LC4 A; 1MMD A; 3M59 A; 3EH2 A; 3H41 A; 2RQT A; 3I56 Q; 3GP8 A; 2A28 A; 5CKH A; 2CZ1 B; 1Q86 U; 2DE0 X; 1YCS B; 1RAB B; 4LUD A; 1VQ4 Q; 3RER A; 2CP2 A; 1MHN A; 2ZPI B; 1SHG A; 5LJ3 f; 5KCO A; 4M78 D; 2HBP A; 2H3E B; 2AKK A; 2LQN A; 3G71 T; 4OMM A; 4ZGJ B; 3CC7 Q; 1NLP C; 2KNB B; 1I0C A; 3CQT A; 4M75 D; 3LWH A; 2EYZ A; 4F14 A; 3CCE A; 3ME9 A; 3MEU A; 5LJ5 g; 3S3M A; 2A0F B; 2E12 A; 3KFV A; 1YIJ T; 3EG3 A; 3L2R A; 3UA6 A; 2WSC E; 2QA4 T; 5CR2 A; 2F2X A; 3CCV T; 5GAN f; 3LYI A; 2K2M A; 4E7Z A; 1AD5 A; 2LVM A; 2MK5 A; 3OB9 A; 3OW2 S; 3MP8 A; 3AHU A; 3BDU A; 3I5S A; 5DY9 A; 2QQA A; 4A4E A; 3L2U A; 2MI6 A; 3I56 T; 3C12 A; 4PJO G; 5A0D A; 2BIV A; 1RI9 A; 2RD1 A; 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