The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
2
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sequence length |
56
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structure length |
56
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Chain Sequence |
ELVLALYDYQEKSPREVTMKKGDILTLLNSTNKDWWKVEVNDRQGFVPAAYVKKLD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
SPECTRIN ALPHA CHAIN, BRAIN
|
| publication title |
Structure of a protein determined by solid-state magic-angle-spinning NMR spectroscopy
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Gallus gallus
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| molecule tags |
Structural protein
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| total genus |
2
|
| structure length |
56
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| sequence length |
56
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2002-07-25 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00018 | SH3_1 | SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2CUB A; 3EGU A; 3UF4 A; 1BU1 A; 4LUE A; 4HXJ A; 1UGV A; 2DVJ A; 2O88 A; 4J9H A; 2DBK A; 2KR3 A; 2DL4 A; 2LJ3 A; 1K76 A; 2KBT A; 2CT4 A; 2LQW A; 2ROL A; 1J3T A; 1RI9 A; 1M27 C; 1ABQ A; 2KXD A; 3EG1 A; 3LH5 A; 4CC3 A; 2B86 A; 3VS0 A; 2M51 A; 1SSH A; 2EGE A; 3SHW A; 1QKX A; 1Z9Q A; 3VRY A; 3ULR B; 1OPK A; 2ROT A; 1W1F A; 2JT4 A; 4RTY A; 5ECA A; 4RTT A; 1UHF A; 1X43 A; 2DMO A; 3UA7 A; 1M3A A; 5GJV B; 2O9V A; 1T3L A; 1K0X A; 1V1C A; 2EVR A; 1QWE A; 1U06 A; 2YSQ A; 1I07 A; 1Y0M A; 2FO0 A; 2A36 A; 1VYT A; 2BZY A; 4J9G A; 2FRW A; 2V1Q A; 2G6F X; 1AWX A; 2JM8 A; 4J9B A; 2AKK A; 3VS1 A; 2OAW A; 3I5S A; 1KFZ A; 1PHT A; 2ED1 A; 2VKN A; 5GJW B; 1U5S A; 2DL5 A; 1PNJ A; 3C0C A; 1AZE A; 1JEG A; 2C0O A; 3QWX X; 2YUQ A; 2EW3 A; 2F2V A; 2HDA A; 1H92 A; 1I1J A; 1NEG A; 2DM1 A; 1U3O A; 3PE0 A; 3PVQ A; 2L2P A; 2F2X A; 1OOT A; 2KRO A; 1X2K A; 1CKB A; 2DBM A; 2DA9 A; 4AFS C; 5L23 A; 2EKH A; 4OMQ A; 4Y92 A; 4Z89 A; 2D0N A; 4J9F A; 2J6K A; 1UUE A; 2L3P A; 3M0U A; 1ZUU A; 3M0R A; 1YNZ A; 1WLP B; 2CSI A; 1SRM A; 3O5Z A; 5FWC A; 3H0F A; 1QWF A; 1EFN A; 2C0T A; 2MIO A; 4J9I A; 2J6O A; 2D8H A; 2PNI A; 4FSS A; 4JJB A; 5IH2 A; 2NUZ A; 2KNB B; 2MOX A; 3EHR A; 2LNH B; 3EHQ A; 5I11 A; 1QCF A; 1JQQ A; 1WIE A; 4LUD A; 1PRL C; 1T3S A; 2RF0 A; 5FW9 A; 5FWB A; 1OV3 A; 1A0N B; 4QT7 A; 2MCN A; 1K0S A; 4AFQ C; 1OEB A; 2A28 A; 4K11 A; 3QWY A; 1GCQ C; 2NWM A; 1IO6 A; 2K2M A; 2JS2 A; 1KJW A; 1I0C A; 1GRI A; 2QDL A; 2DLP A; 2GTJ A; 1SRL A; 2AZV A; 2ED0 A; 2OI3 A; 1WI7 A; 1FMK A; 2EQI A; 3VS6 A; 1JU5 C; 1CKA A; 1JXM A; 3NHN A; 4AG1 C; 2KXC A; 1VA7 A; 2LCS A; 1WX6 A; 1X6B A; 1WFW A; 1RLP C; 2EYW A; 1HD3 A; 2PZ1 A; 4EIK A; 1RUW A; 2F2W A; 5IHN A; 2K7A A; 4CC2 A; 5IXF A; 1KIK A; 3NGP A; 1UJY A; 2DX1 A; 1T0J A; 2EGA A; 2DL3 A; 2J7I A; 2YUO A; 2L3S A; 4IIM A; 4RUG A; 1GFC A; 2C0I A; 4X1V A; 4GLM A; 2M0Y A; 1XOV A; 1CSK A; 1PWT A; 3RNJ A; 3REB B; 2D8J A; 2GNC A; 2YDL A; 2W0Z A; 2L3Q A; 4RTV A; 2KT8 A; 2RQU A; 3PVL A; 2LQN A; 1YWP A; 2KRS A; 1E6G A; 3VS2 A; 3VRZ A; 3A98 A; 2HSP A; 2ENM A; 2A37 A; 2JTE A; 3H41 A; 4OMO A; 2DNU A; 1JXO A; 1GCP A; 2BZX A; 1NYF A; 2D1X A; 1SHF A; 1KSW A; 4LN2 A; 2J06 A; 1GBR A; 2KRM A; 2KYB A; 1B07 A; 4JPB W; 2YUN A; 1M3B A; 2ESW A; 3U23 A; 1ZX6 A; 2DYB A; 2EPD A; 1LCK A; 2RQR A; 2KRN A; 2L0A A; 1Z9Z A; 3EG3 A; 2HBW A; 3IQL A; 3SEM A; 2AKL A; 3NMZ C; 4HVU A; 2HEQ A; 1G2B A; 2ECZ A; 2KGT A; 1AD5 A; 2K6D A; 2O31 A; 3TSW A; 3RBB B; 4WCI A; 2EYZ A; 2K3B A; 2FEI A; 4JZ3 A; 1HJD A; 1FYN A; 4LE9 A; 2PTK A; 3M0T A; 1YWO A; 3I5R A; 3TVT A; 1HSQ A; 1NLP C; 2LJ1 A; 1NLO C; 3REA B; 2DJQ A; 3VS4 A; 1TUC A; 1X69 A; 1ABO A; 1QLY A; 1GCQ A; 1SPK A; 5HCK A; 2DE0 X; 4ESR A; 1X27 A; 3THK A; 4RTW A; 1X6G A; 1AZG B; 2RMO A; 2EBP A; 4JJD A; 2J05 A; 2H8H A; 1AVZ C; 2DL7 A; 2YT6 A; 4F14 A; 2GTO A; 1X2Q A; 1UG1 A; 2CDT A; 1AOJ A; 3I9Q A; 2CRE A; 4HVV A; 3UAT A; 2GBQ A; 4D8K A; 1BB9 A; 1UTI A; 3VS7 A; 1UE9 A; 2FPD A; 5IXB A; 2FG0 A; 1YCS B; 4JJC A; 5EC7 A; 2VWF A; 1MV0 B; 1E6H A; 3H0I A; 1E7O A; 4OMP A; 4ORZ A; 4AFU C; 2DIL A; 2KT1 A; 3KFV A; 2E5K A; 1K1Z A; 2DRM A; 4AG2 C; 1G83 A; 2DL8 A; 2IIM A; 4E6R A; 1RLQ C; 2RQT A; 1M8M A; 2JMA A; 1WXU A; 2OJ2 A; 2GQI A; 3VS5 A; 2CT3 A; 3EG0 A; 1Y57 A; 1PKT A; 2AZS A; 2KYM A; 4J9E A; 1S1N A; 1GBQ A; 2RQW A; 4OML A; 2O2O A; 2DRK A; 2BTT A; 1PKS A; 1M30 A; 4J9D A; 4RTU A; 2FPE A; 4CC4 B; 2CH4 W; 2AK5 A; 1MUZ A; 1UEC A; 4RTZ A; 2RQV A; 3M0Q A; 4LNP A; 2FRY A; 4RTX A; 2DF6 A; 4F16 A; 1NYG A; 5I22 A; 2LX7 A; 3NPF A; 1QKW A; 4HVW A; 3I35 A; 2GGR A; 1UFF A; 2X3X D; 1ZLM A; 2JXB A; 4Z88 A; 3FJ5 A; 4D8D A; 1H8K A; 2JMC A; 1AEY A; 1WA7 A; 4F17 A; 2ABL A; 2LMJ A; 1PRM C; 2CSQ A; 2K79 A; 4J9C A; 1N5Z A; 1W6X A; 1GL5 A; 1AWO A; 1GFD A; 4M4Z A; 2LZ6 B; 1M3C A; 2A08 A; 2RPN A; 1JO8 A; 1AWW A; 1TG0 A; 1UDL A; 1NG2 A; 1ZBJ A; 2JM9 A; 2CUD A; 1ZSG A; 2J6F A; 2VVK A; 2XMF A; 3M0P A; 1WYX A; 4HCK A; 4KRT A; 2RNA A; 1MV3 A; 2X3W D; 2JW4 A; 1NEB A; 4IIO A; 2V1R A; 3ZL7 C; 3M0S A; 1BBZ A; 4A63 B; 1AWJ A; 1SHG A; 5IHI A; 1K9A A; 2LJ0 A; 3GBQ A; 1YN8 A; 2EGC A; 1ZUK A; 2K9G A; 2KEA A; 1UJ0 A; 1WXB A; 3EG2 A; 2EYY A; 2P4R A; 3UA6 A; 2LP5 A; 3H0H A; 3R6N A; 1OPL A; 3JV3 A; 2KE9 A; 4CC7 A; 1ARK A; 1VYU A; 4GBQ A; 4DEX A; 2RN8 A; 4JZ4 A; 1H3H A; 4OMM A; 1T0H A; 1BK2 A; 4ZNX A; 3VS3 A; 1NM7 A; 2YUP A; 3TSZ A; 2CH4 A; 2FPF A; 5IHK A; 3CQT A; 2SRC A; 2SEM A; 1WXT A; 2O9S A; 1B3Q A; 2BZ8 A; 2EYX A; 2I0N A; 4DEY A; 4R0K A; 2HCK A; 1K4U S; 2W10 A; 2JS0 A; 1ZUY A; 1WDX A; 1VYV A; 1UHC A; 4OMN A; 1YP5 A; 4AFZ C; 4Z8A A; 1W70 A; 1SEM A; 1TUD A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3CXC P; 1UEB A; 4FU6 A; 3UF4 A; 4MZT A; 3OYA A; 2F5K A; 2FVU A; 1UGV A; 1D09 B; 2PUK B; 1VQ7 A; 4OB0 B; 3MP8 A; 2D9T A; 2L89 A; 4J9H A; 2KR3 A; 3URG A; 5KYU B; 3JRZ A; 3JCM X; 3SFM A; 1J3T A; 4GLK A; 4C8Q A; 5LJ3 d; 3GNF B; 2D6F A; 2BE9 B; 3JCM d; 3OS0 A; 3VS0 A; 2RI2 A; 1O9S A; 3SHW A; 4M77 E; 3HSB A; 3CC7 T; 5HK3 A; 2OTJ A; 4RTY A; 2EJG A; 3FC3 A; 2NUP B; 2QQS A; 1LJO A; 4J7F A; 1F1B B; 2LTO A; 3CXC S; 4E7K A; 5GJV B; 5FU6 B; 2O9V A; 1T3L A; 2QI2 A; 1QWE A; 2VXE A; 2YSQ A; 3LWI A; 5GAO l; 1VYT A; 1YJW A; 3CC4 T; 2V1Q A; 1PSE A; 1YJW T; 2D0Q B; 2AKK A; 5LJ3 e; 3JCM e; 1KFZ A; 2RO0 A; 5GAN d; 2ED1 A; 2VKN A; 5GJW B; 4IUP A; 2DL5 A; 1JEG A; 2YUQ A; 1VQL A; 2FYK A; 1YJ9 Q; 1VQL T; 1C1A A; 3FLG A; 2VYT A; 1KQ2 A; 2HSE B; 5DM7 R; 2WAC A; 3PE0 A; 3JCM V; 2IPO B; 2KRO A; 4WF2 A; 1X2K A; 1Y71 A; 2MWP A; 4OMQ A; 2MF2 A; 2OTL Q; 2D0N A; 3QII A; 2J6K A; 2L3R A; 4FIB A; 4A54 A; 3QSU A; 1MNE A; 8ATC B; 4RMO A; 1YBY A; 3O5Z A; 4MZM A; 5FWC A; 3E1S A; 2YRV A; 2D8H A; 4FSS A; 3CCQ T; 5IH2 A; 4FL6 A; 5GAO n; 2E6Z A; 2JUF A; 2LNV A; 2LQK A; 2BKD N; 3EHR A; 5I11 A; 3I56 A; 1WIE A; 4QVZ A; 1T3S A; 3I56 T; 5FW9 A; 1I8F A; 5FWB A; 4O6J A; 4QT7 A; 1K0S A; 1TOV A; 2V8K A; 5I21 A; 4OVA A; 4XTW A; 2COY A; 5GMK i; 2MPX C; 3EAE A; 2DLP A; 3J81 E; 1K9M C; 2H3J A; 2AZV A; 1WI7 A; 2FHD A; 4M7D E; 2EQI A; 2PUO B; 1YHQ Q; 4EMK A; 1IGQ A; 3VS6 A; 3G4S Q; 2ZAE A; 4HCZ A; 3OYF A; 1VQP Q; 1CKA A; 1MMD A; 3NHN A; 5GAM e; 2KXC A; 3RIR A; 3P8H A; 4Z02 A; 2XDD A; 4DBR A; 1Q7Y C; 1VIF A; 3JAM E; 4N0A A; 4M75 C; 1HD3 A; 1I4K 1; 2HKQ B; 2Y4X A; 3ZFJ A; 2F2W A; 5FLX E; 4EIK A; 3OB9 A; 1KIK A; 1I5O B; 2DX1 A; 3M56 A; 2EGA A; 2L3S A; 1NJI U; 2C0I A; 1Y07 A; 4X1V A; 2HQH A; 5LJ5 j; 3WVD B; 3L2V A; 3QZ5 B; 1KQS A; 5LJ5 g; 5GAN 5; 3UDC A; 1W2B P; 1YJ9 A; 3CCU Q; 3A8L B; 3QG1 A; 1C6V X; 3OS2 A; 5GAM h; 3OYH A; 4A4F A; 1E6G A; 2A3L A; 5IT9 E; 2HSP A; 2XDP A; 1N27 A; 2ENM A; 2OTL A; 1R8O B; 2JTE A; 4DQ2 A; 1KD1 R; 1YI2 T; 2D1X A; 3HTR A; 2CP6 A; 1YIT T; 5DLQ E; 1NJI R; 2E1H A; 3VKI A; 4JPB W; 1W2B S; 4MDX A; 1W4S A; 1QCN A; 3U23 A; 2DYB A; 2YWW A; 5A0D A; 2L0A A; 1BI3 A; 2E3I A; 2HBW A; 1WJQ A; 3IQL A; 1EIF A; 4BE0 A; 3NMZ C; 4HVU A; 4BDZ A; 3M4G A; 1G2B A; 2ECZ A; 1AD5 A; 2K6D A; 4ZGJ B; 2O31 A; 3TSW A; 3RBB B; 1HK9 A; 2DVE A; 4LE9 A; 1IHV A; 2QG9 B; 3TVT A; 1HSQ A; 3RMQ A; 2DEU A; 3A8H B; 1NLO C; 1YHQ A; 2DEQ A; 3QJY A; 3G4S A; 4C92 D; 4OB2 B; 4A4H A; 1YHQ T; 1VQP A; 1ABO A; 3LGF A; 3G71 Q; 1VQP T; 5A0L A; 3JCM Q; 1X27 A; 1X6G A; 1AZG B; 2EBP A; 2J05 A; 3S3M A; 3RR6 A; 4KGV B; 3BW1 A; 1X2Q A; 4KH1 B; 5GMK e; 1AOJ A; 1WZO A; 2CRE A; 4HVV A; 1WQ7 A; 4L6V 5; 3UAT A; 5LJ5 f; 1D3B B; 3VS7 A; 1UE9 A; 2RI3 A; 2YXY A; 3MJX A; 4JJC A; 5EC7 A; 2DD5 A; 2XKO C; 4JRK A; 1E6H A; 1BYM A; 1IHW A; 2F5T X; 4ORZ A; 3FIF A; 1K73 U; 3OS5 A; 3G1J A; 1K1Z A; 2DL8 A; 4J6X A; 2COZ A; 3CCU A; 4M7A D; 3C12 A; 3CCU T; 4E6R A; 1VQ9 T; 5KCH A; 1WXU A; 2OJ2 A; 4JJN K; 2GQI A; 2JN0 A; 3OYG A; 4QVC A; 4M78 G; 3V8K A; 1VQK Q; 1Y57 A; 1PKT A; 5L8R E; 2KYM A; 5GMK h; 2QDY B; 1S1N A; 2O2O A; 4HCB A; 2LDM A; 1M30 A; 4E7H A; 3EFO B; 1NPP A; 1UEC A; 1U1T A; 2QTX A; 3CPW A; 4F16 A; 1SG5 A; 5I22 A; 2DZ9 A; 4RCC A; 1K73 R; 3I35 A; 2EKO A; 2M02 A; 4E2F B; 4M75 E; 5LJ3 j; 3QJ6 A; 3MEU A; 1H8K A; 3M9Q A; 4F17 A; 4LDV A; 1PRM C; 4QW2 A; 1BI2 A; 1ACM B; 3JCM g; 2YRC A; 1GL5 A; 4C8Q B; 4M7D F; 2LZ6 B; 1M3C A; 2A08 A; 4KUI A; 4OGC A; 2LT4 A; 1ZBJ A; 2CUD A; 4F7U F; 2DTH A; 1OUL A; 2XMF A; 1QVG A; 4FT2 A; 4C8Q D; 1WYX A; 3GOX A; 4C92 G; 2X3W D; 3M4Y A; 3G71 A; 4LD6 A; 2JW4 A; 4LDU A; 3RUX A; 3G71 T; 5CK9 A; 2PU9 B; 2QTV A; 2P84 A; 4XK8 E; 4N4I A; 1SHG A; 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2DM1 A; 2KAF A; 3M5A A; 2F2X A; 1ZA2 B; 1X01 A; 2QA4 A; 3PGG A; 2DBM A; 2Z0W A; 4AFS C; 3L2Q A; 4Y92 A; 4J9F A; 3L42 A; 5CIU A; 1M1F A; 1ZUU A; 4ME7 A; 4YTL A; 4JS5 A; 1Q7Y R; 4M7A A; 1SRM A; 2C0T A; 1Q86 C; 4J9I A; 1IGU A; 4JJB A; 5EG2 A; 1OX8 A; 2KNB B; 2LNH B; 3AHU A; 1IXD A; 3EHQ A; 1WHJ A; 2RK1 A; 3TCJ A; 5GAM f; 5FRN A; 3MCA B; 2HL3 A; 4JS4 A; 2CZ1 B; 3CCL A; 2MCN A; 4AFQ C; 3TEE A; 4B6M A; 1OEB A; 4C5G A; 2A28 A; 2XIC A; 3QWY A; 5GAN 7; 2DXT A; 3QO3 A; 1FMW A; 1EZZ B; 1IO6 A; 1MMN A; 3LX7 A; 1RI0 A; 5GMK j; 3FDR A; 3GNG A; 4OP0 A; 1TUG B; 1YJN T; 1RAE B; 3QBY A; 1D0Y A; 2BUD A; 3FJP A; 2ED0 A; 3I55 Q; 3F70 A; 2XHC A; 1KC8 R; 1X6O A; 5GAO r; 3FEO A; 1G5V A; 1JJ2 P; 2WSE E; 1VA7 A; 3X28 B; 1VQ7 T; 1OX9 A; 2CP7 A; 3JB9 H; 3X24 B; 1WX6 A; 1X6B A; 2VC8 A; 1WFW A; 1RUW A; 2BE7 D; 2MK5 A; 2YRD A; 3NGP A; 2NLU A; 3C4S A; 2QEX A; 2FZK B; 2QEX T; 2J7I A; 2YUO A; 2DET A; 4M77 G; 1GFC A; 2X35 A; 4GLM A; 4N4H A; 4BDY A; 2OTJ T; 1QW1 A; 4JUV A; 1R77 A; 1PWT A; 2EQK A; 2RHU A; 3JB9 I; 2VGN A; 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