The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
2
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sequence length |
56
|
structure length |
56
|
Chain Sequence |
b'ELVLALYDYQEKSPREVTMKKGDILTLLNSTNKDWWKVEVNDRQGFVPAAYVKKLD'
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structure of a protein determined by solid-state magic-angle-spinning NMR spectroscopy
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
SPECTRIN ALPHA CHAIN, BRAIN
|
| source organism |
Gallus gallus
|
| molecule tags |
Structural protein
|
| total genus |
2
|
| structure length |
56
|
| sequence length |
56
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2002-07-25 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00018 | SH3_1 | SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2AZV A; 2CSI A; 2E5K A; 3VS0 A; 1WLP B; 4J9G A; 4AFU C; 2HBW A; 1NLO C; 4RTV A; 1OPL A; 2GTJ A; 4ZNX A; 2M0Y A; 4LUD A; 3EG2 A; 2AK5 A; 1WXB A; 3TSZ A; 3I5R A; 1TUD A; 1RUW A; 4OML A; 1W70 A; 3O5Z A; 2KT8 A; 2H8H A; 2CT4 A; 2KXC A; 1U3O A; 2GGR A; 2K3B A; 2HEQ A; 2L0A A; 5ECA A; 3EHQ A; 1TG0 A; 2L3P A; 2LQN A; 3VS7 A; 1WFW A; 3EG1 A; 2EYW A; 2MOX A; 4AG2 C; 1UHC A; 1S1N A; 2J06 A; 1ARK A; 1X43 A; 2MIO A; 2I0N A; 2W0Z A; 4ORZ A; 1WXT A; 1BK2 A; 2DBM A; 1OOT A; 4AFZ C; 1CKB A; 2ECZ A; 2EQI A; 3UAT A; 1HJD A; 2JT4 A; 1X6B A; 4Z8A A; 3ULR B; 3LH5 A; 2P4R A; 2LJ3 A; 3KFV A; 2O31 A; 1Z9Z A; 2D0N A; 4AG1 C; 5IHK A; 2J6F A; 2V1R A; 1RI9 A; 2LQW A; 2YDL A; 1NEB A; 2KE9 A; 1UE9 A; 3SEM A; 1ABO A; 2C0I A; 1YWP A; 1T0H A; 1RLP C; 4RTZ A; 5IXB A; 3M0U A; 1ABQ A; 2EKH A; 2EYX A; 5IXF A; 2O88 A; 5I22 A; 4RTY A; 4OMN A; 4LE9 A; 2CSQ A; 3M0Q A; 2LJ0 A; 1M30 A; 2JS0 A; 2RQW A; 2CUB A; 2RQT A; 4LN2 A; 2SEM A; 2K9G A; 2AZS A; 1NLP C; 4J9I A; 2CRE A; 4HXJ A; 2B86 A; 4HVW A; 1JU5 C; 4FSS A; 3PVQ A; 1BB9 A; 1UGV A; 1SRM A; 2L3Q A; 1X2K A; 2OJ2 A; 1BU1 A; 2ED0 A; 4AFS C; 2SRC A; 1RLQ C; 2LCS A; 1GFC A; 2X3X D; 1X6G A; 3H0H A; 3U23 A; 2K79 A; 2HDA A; 2BTT A; 1AD5 A; 2LMJ A; 2YSQ A; 3REA B; 2LX7 A; 3UA6 A; 1AZG B; 1M27 C; 1GCQ A; 2EYY A; 1ZBJ A; 1QLY A; 1VYU A; 3M0T A; 3PE0 A; 4JZ4 A; 2F2V A; 3EGU A; 5HCK A; 2DIL A; 2K6D A; 1ZX6 A; 1T0J A; 2KGT A; 2LJ1 A; 1AEY A; 3VS4 A; 1M3A A; 4IIO A; 2LP5 A; 2KYB A; 2EGA A; 2EPD A; 2JXB A; 1WX6 A; 2KEA A; 2NWM A; 2J7I A; 2G6F X; 1KJW A; 2L3S A; 2CT3 A; 2J6O A; 1K1Z A; 2ROT A; 3I35 A; 1GRI A; 1X2Q A; 3M0P A; 1SPK A; 2CUD A; 5FW9 A; 4CC7 A; 1HD3 A; 1Y57 A; 1SRL A; 1SSH A; 3VRY A; 4J9F A; 1B3Q A; 2EGC A; 4DEY A; 2J6K A; 1QWF A; 1FMK A; 1ZUK A; 1ZLM A; 1QWE A; 1WA7 A; 4J9D A; 2L2P A; 4M4Z A; 1B07 A; 1QCF A; 3QWY A; 1HSQ A; 1AOJ A; 2FPD A; 2V1Q A; 5EC7 A; 2D8J A; 1J3T A; 2CDT A; 3UA7 A; 2JTE A; 1YNZ A; 2DNU A; 4HCK A; 1WXU A; 3NPF A; 1JO8 A; 2FRW A; 3ZL7 C; 1YWO A; 1AWO A; 1GCP A; 2A37 A; 1YP5 A; 2CH4 W; 4OMP A; 4ESR A; 4CC2 A; 4JJB A; 2DL4 A; 2DRK A; 2KRS A; 1U5S A; 2GNC A; 1G83 A; 1TUC A; 1K0S A; 5GJW B; 2DBK A; 2X3W D; 1N5Z A; 2F2W A; 4E6R A; 1EFN A; 2DA9 A; 2DRM A; 5FWB A; 1WIE A; 2YT6 A; 3TVT A; 1PHT A; 3EG0 A; 1H8K A; 2YUQ A; 1KIK A; 1K4U S; 3NGP A; 4JZ3 A; 1OV3 A; 4J9B A; 1VYV A; 2DVJ A; 2VKN A; 2FEI A; 2D1X A; 3M0R A; 3VS5 A; 3NMZ C; 3JV3 A; 1H92 A; 2ED1 A; 2O9V A; 4KRT A; 2DL7 A; 1NG2 A; 2ESW A; 1OEB A; 2FRY A; 2JM8 A; 1E6G A; 2CH4 A; 2ROL A; 1K76 A; 2A36 A; 3PVL A; 3UF4 A; 3VS2 A; 2KYM A; 1W6X A; 1E7O A; 1E6H A; 2HSP A; 1UJ0 A; 4J9E A; 2RNA A; 1M3B A; 1UUE A; 3VS3 A; 3IQL A; 1VYT A; 2JW4 A; 1GBR A; 1V1C A; 1M8M A; 1UG1 A; 2EBP A; 2PNI A; 2JMA A; 2NUZ A; 1KSW A; 4Z89 A; 4F17 A; 2DX1 A; 2A08 A; 1JEG A; 2EGE A; 2RQV A; 3A98 A; 4JJD A; 4GBQ A; 1VA7 A; 4D8D A; 1Z9Q A; 1XOV A; 2KRN A; 1K0X A; 1PNJ A; 2O9S A; 3FJ5 A; 3VRZ A; 1UEC A; 1GBQ A; 2MCN A; 2HCK A; 4GLM A; 4HVU A; 3EG3 A; 2DL5 A; 2J05 A; 3SHW A; 1W1F A; 2KBT A; 2QDL A; 4LNP A; 4AFQ C; 2IIM A; 2XMF A; 2YUO A; 2JS2 A; 2AKK A; 2KR3 A; 4K11 A; 2M51 A; 2KXD A; 1T3S A; 1SEM A; 3CQT A; 2RF0 A; 2DYB A; 1M3C A; 1UHF A; 2BZ8 A; 2FO0 A; 4IIM A; 4CC4 B; 1GFD A; 1AVZ C; 3C0C A; 4D8K A; 4Z88 A; 1FYN A; 3TSW A; 1NYF A; 1GCQ C; 1JXO A; 1U06 A; 4HVV A; 1MUZ A; 1I0C A; 1WI7 A; 2BZX A; 2FG0 A; 2JMC A; 2EW3 A; 4EIK A; 4X1V A; 1QKX A; 4WCI A; 4J9H A; 2KT1 A; 3I5S A; 5IH2 A; 1MV0 B; 1CSK A; 1H3H A; 1SHG A; 2YUN A; 3H0I A; 2C0T A; 3VS1 A; 1NYG A; 1PKS A; 1PKT A; 2K7A A; 1ZUU A; 1SHF A; 5IHN A; 2DMO A; 2DE0 X; 1X69 A; 3I9Q A; 3R6N A; 1QKW A; 2GBQ A; 4RUG A; 2VWF A; 5I11 A; 2RQU A; 4OMQ A; 1I07 A; 1YN8 A; 1AWJ A; 1WYX A; 3H41 A; 3EHR A; 3VS6 A; 2RMO A; 2OI3 A; 3RNJ A; 4RTX A; 2AKL A; 3NHN A; 2BZY A; 2DL8 A; 4OMO A; 4QT7 A; 2KRO A; 5FWC A; 2EVR A; 4A63 B; 1BBZ A; 2A28 A; 2DJQ A; 1K9A A; 4CC3 A; 2KRM A; 4JPB W; 4RTT A; 2PZ1 A; 1LCK A; 2F2X A; 2DF6 A; 2DLP A; 5L23 A; 2EYZ A; 1NEG A; 2OAW A; 2PTK A; 4OMM A; 4DEX A; 1NM7 A; 1GL5 A; 2FPE A; 3H0F A; 1UDL A; 4R0K A; 1AZE A; 2DL3 A; 1PRM C; 2D8H A; 2ABL A; 4LUE A; 1G2B A; 2W10 A; 2LZ6 B; 2RQR A; 1AWW A; 3QWX X; 4RTW A; 5IHI A; 3THK A; 2KNB B; 4RTU A; 2K2M A; 1KFZ A; 1AWX A; 1JQQ A; 1UJY A; 3RBB B; 1CKA A; 2JM9 A; 1Y0M A; 2LNH B; 4J9C A; 4F14 A; 1I1J A; 1T3L A; 2O2O A; 1IO6 A; 2GTO A; 2DM1 A; 5GJV B; 1ZSG A; 1UTI A; 3REB B; 4F16 A; 1A0N B; 2YUP A; 1YCS B; 2RN8 A; 2VVK A; 1PRL C; 2C0O A; 1JXM A; 2RPN A; 3M0S A; 1ZUY A; 1WDX A; 2FPF A; 4JJC A; 1OPK A; 2GQI A; 1MV3 A; 2ENM A; 3GBQ A; 1UFF A; 4Y92 A; 1PWT A; 1X27 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3G71 A; 1ACM B; 1C6V X; 3JCM c; 3VS0 A; 5GAM h; 4J9G A; 3QDF A; 7AT1 B; 1OPL A; 2M0Y A; 1ZSZ B; 3EGD B; 3M54 A; 1WJQ A; 1V76 A; 1TUD A; 2QEX T; 2QGG A; 3DB4 A; 5KE3 A; 2OX7 A; 4KBM B; 4LD9 K; 4HCC A; 1BI3 A; 1KC8 C; 3N5B B; 2H8H A; 2CT4 A; 4E7H A; 4JLG A; 2L0A A; 1XNI A; 5LJ5 d; 3G4S Q; 2QG9 B; 2L3P A; 2LQN A; 3VS7 A; 1WFW A; 1QP2 A; 1KQ2 A; 2MOX A; 1UHC A; 1OU9 A; 4EMK B; 4KGV B; 1VQ6 T; 3JB9 G; 3KXT A; 1X43 A; 2I0N A; 3QDR B; 3CCS Q; 4II1 A; 2NYS A; 2QQR A; 3OYY A; 3EH2 A; 4E2F B; 1CKB A; 4F7U A; 1RAD B; 2CKK A; 1VQL Q; 2CZ7 B; 1ZA2 B; 3OBW A; 2YRV A; 2JT4 A; 2QA4 Q; 1VQ8 Q; 4FW1 A; 3LH5 A; 2P4R A; 2VUB A; 3V7C A; 1NJI C; 2O31 A; 5GAN j; 4FW2 A; 4PJN A; 3SFM A; 2YDL A; 4LD6 A; 2KE9 A; 4KGZ B; 4OB2 B; 2OTL A; 3J7A F; 3CPW P; 1W2B A; 5LJ3 h; 2K3Y A; 4A4E A; 4IUQ A; 5HK0 A; 2EKH A; 4BE2 A; 5IN1 A; 1N9R A; 5I22 A; 2EIF A; 3G6E Q; 3OMC A; 4EMG A; 3QYG B; 2ATC B; 2AZS A; 1NLP C; 2PVG B; 2CRE A; 1NPR A; 3H9N A; 4ZGD B; 1TH7 A; 2B86 A; 1JU5 C; 3FEO A; 2Z0W A; 3V8K A; 1SRM A; 2HNI A; 2L3Q A; 3DKM A; 2K5I A; 1BU1 A; 5KYX A; 2DTH A; 1BI2 A; 2CP5 A; 4C0F A; 1Y96 A; 2DAQ A; 3U23 A; 3HFN A; 2K79 A; 2HDA A; 2RJF A; 2YSQ A; 1AD5 A; 5FU6 C; 3REA B; 3UWN A; 1VQL T; 5GMK h; 4QVD A; 3QO3 A; 2FL7 A; 3MKD A; 3CCQ T; 3SB2 A; 3CCJ A; 3PE0 A; 4JZ4 A; 2HZY A; 1ZX6 A; 1T0J A; 2KGT A; 4HT8 A; 1AEY A; 5AYF A; 3VS4 A; 1Q86 C; 4M7A C; 1LJO A; 4ELY C; 2EPD A; 2MI6 A; 1WPY A; 3EAE A; 1QCO A; 3P8B B; 2G6F X; 2CT3 A; 3I35 A; 4J7F A; 3OYN A; 2XKO C; 3X28 B; 3M0P A; 5FW9 A; 5M9O A; 3KUF A; 3VRY A; 2R58 A; 1QWF A; 1FMK A; 4JS5 A; 1ZUK A; 8ATC B; 4M75 G; 4Y28 E; 3QSU A; 1KG1 A; 5KCO A; 3QWY A; 4C8Q E; 2FPD A; 3UA7 A; 1YNZ A; 2CZ0 B; 2FVU A; 4FT2 A; 3NPF A; 3JCM X; 2LT4 A; 5J3B A; 2CP6 A; 1W2B S; 3ZL7 C; 3QXE B; 1I4K 1; 1YWO A; 1GCP A; 1M1K R; 1YP5 A; 3G7Z A; 2CH4 W; 5C6S A; 1ZQ1 A; 4C0G A; 1WNL A; 5CKE A; 2DRK A; 2GNC A; 3L2R A; 2RB6 A; 5GAO q; 1G83 A; 4M78 A; 1TUC A; 5GJW B; 2X3W D; 1YJN Q; 4J5Y A; 4E6R A; 1Y71 A; 3CXC A; 2DPP B; 2DRM A; 1WIE A; 2YT6 A; 3TVT A; 4QW2 A; 1BYM A; 1VQ5 A; 2DVJ A; 2HL3 A; 4OGC A; 2FEI A; 3QYH B; 2D1X A; 3GPL A; 4M78 G; 4C8Q F; 4BAC A; 2CGH A; 2RHI A; 3CCR A; 2DIQ A; 4M77 D; 3M9Q A; 2DL7 A; 3ME9 A; 3L2V A; 1KD1 C; 2QI2 A; 1OEB A; 5CR2 A; 4C0D C; 4M7D E; 2HAX A; 3I55 T; 4OF1 A; 1BKB A; 2ROL A; 5A0D A; 3G71 Q; 1M90 R; 3QZ9 B; 1M8V A; 4DOW A; 1W6X A; 1FX7 A; 5J26 A; 3OYI A; 4FYY B; 1E7O A; 1D0X A; 4J9E A; 1M3B A; 2YLC A; 4OB3 B; 1UUE A; 2K2V A; 4A53 A; 2JW4 A; 2PNI A; 1VOM A; 4J6X A; 3OS1 A; 1KHI A; 4Z89 A; 4F17 A; 2C06 A; 1F1B B; 3EFS A; 3OW2 A; 3MJX A; 4LDV A; 2RQV A; 1QVP A; 4JJD A; 3URG A; 3J81 E; 4E7L A; 1XOV A; 3PIO A; 2K4Y A; 4GY5 A; 3Q1J A; 2JJ9 A; 1VIF A; 4GLM A; 5LJ5 h; 1XTD A; 2VYT A; 2Y90 A; 2JVV A; 2KBT A; 4M7D F; 2QDL A; 4LNP A; 5GAN 3; 4BUG A; 2YUO A; 2HL5 C; 5FU7 C; 4PJO C; 4LDU A; 3M5A A; 1S72 T; 3CQT A; 2YWW A; 2HD0 A; 1M3C A; 1I8F A; 5GAO l; 3MHX A; 2FO0 A; 2OTL Q; 2PUO B; 1AVZ C; 4PNO A; 1UB4 A; 3CXC S; 4R56 A; 1I0C A; 4HA8 A; 2EW3 A; 2QYZ A; 4EIK A; 3FLG A; 4J9H A; 1RAB B; 1MV0 B; 1CSK A; 1FXX A; 4C92 A; 1NYG A; 1PKS A; 4ATO A; 1SHF A; 3M4Y A; 5IHN A; 2EAY A; 2DMO A; 1M5Q 1; 1X69 A; 4AT1 B; 1VQ9 A; 1YBY A; 2GBQ A; 3I56 A; 4XU3 A; 3AHU A; 2ZCF B; 3H41 A; 1OQK A; 5KH6 A; 3QII A; 1RAC B; 1UGP B; 1G3T A; 2OI3 A; 3PNW C; 3RNJ A; 4C92 G; 2AKL A; 2HKQ B; 4QT7 A; 2BZY A; 4OMO A; 4A63 B; 5GAM f; 2EVR A; 1I5O B; 4YTL A; 3OYB A; 2KRM A; 2XHC A; 2LRQ A; 4FM4 B; 3CCJ Q; 4IUP A; 2CZ1 B; 2OAW A; 3OW2 S; 4DEX A; 4C5E A; 1GL5 A; 2OTL T; 5I2S A; 3FC3 A; 1AZE A; 2D6F A; 5GAN 8; 4RG8 A; 4DOV A; 3CPW A; 4M7A A; 5CO7 A; 1WHG A; 4JRI A; 2W10 A; 4EDU A; 2F69 A; 4QQ6 A; 1AWW A; 4FU6 A; 3TU4 K; 1VQK A; 5C0M A; 4RCC A; 1JQQ A; 1UJY A; 5KYY B; 2RHX A; 3ZEH A; 2EYQ A; 4J9C A; 5CCA A; 1IB8 A; 1NZ9 A; 3QPH A; 4ZGJ B; 2CZ6 B; 2DM1 A; 3LWI A; 4R55 A; 2D9T A; 1MMN A; 1VQ7 A; 2VVK A; 1K73 C; 5LJ3 f; 4A4G A; 2XK0 A; 2VXF A; 4X9D A; 2VC8 A; 2GQI A; 2F5T X; 2ENM A; 3GF5 A; 3GBQ A; 3VS1 A; 4Y92 A; 3CCJ T; 3PGG A; 1X27 A; 2AZV A; 2DEQ A; 2QK0 A; 1WLP B; 4AFU C; 1OX8 A; 4RCB A; 2YHT A; 3S3O A; 4ZNX A; 4LUD A; 3EG2 A; 3OYE A; 2AK5 A; 2M1H A; 1EX4 A; 4C5G A; 3I5R A; 1VQ5 Q; 1LNX A; 3FB9 A; 4OML A; 1W70 A; 3PFS A; 3L2Q A; 3CCM A; 2Y4X A; 1MGQ A; 1U3O A; 3RUX A; 3UDC A; 4XTV A; 3QKJ A; 3CCR Q; 4C5H A; 5HK3 A; 5ECA A; 3VYG A; 4M75 C; 3M4G A; 1JRI A; 2EYW A; 4HKE A; 4AG2 C; 1S1N A; 2J06 A; 1N8R U; 5GAN 4; 2RJE A; 1Q95 G; 4DBF A; 5DLQ E; 3PMT A; 3S3M A; 4AFZ C; 4F7U E; 2RJC A; 1LOJ A; 3BE3 A; 4KH0 B; 4MZM A; 1SSF A; 5J39 A; 3CPW S; 2ECZ A; 5CQY A; 3UAT A; 1I81 A; 4Z8A A; 3ULR B; 4IUV A; 3JAM E; 3CCV T; 1IRX A; 3E2U A; 3C95 A; 2D0N A; 2V1R A; 5GAM j; 1RI9 A; 5GAO p; 1NEB A; 3JB9 F; 3UT1 A; 2A7Y A; 3I55 A; 1ABO A; 3NTH A; 2C0I A; 1IRE B; 3M55 A; 1VQM T; 3CC4 A; 1FMV A; 3GIB A; 5IXB A; 5A0G A; 3M0U A; 1OUL A; 1B34 B; 1NJI R; 2DER A; 1BCM A; 1VQ5 T; 4LDW A; 1RAG B; 3JCM g; 3M53 A; 2QQ9 A; 4M78 C; 3JCM W; 1X6O A; 2M16 A; 3EFR A; 1M30 A; 4PLI A; 4MZT A; 3WVD B; 1MMD A; 2CUB A; 3JCM J; 2SEM A; 2K9G A; 3MP6 A; 1IXD A; 4BE0 A; 4F7U F; 4HXJ A; 3LGL A; 4HVW A; 5I21 A; 4M7D B; 4XTX A; 1BB9 A; 3CMA T; 3O8V A; 4E7K A; 3GLX A; 5EG2 A; 3MP1 A; 2M0O A; 2OJ2 A; 4HT9 A; 5D6W A; 4AFS C; 2LCS A; 1FWZ A; 1BI1 A; 2BTT A; 1UGS B; 4UC4 A; 2LX7 A; 4M77 A; 2NUT A; 2NUP A; 4E47 A; 4WTO B; 1ZBJ A; 3CD6 A; 3M0T A; 2F2V A; 3EGU A; 3EH1 A; 2K6D A; 3C12 A; 2PUK B; 1QVF P; 5LJ3 j; 3R6O A; 4QKU A; 4MZP A; 3HP9 A; 2EGA A; 3OB9 A; 1VQ9 Q; 2KEA A; 2NWM A; 4M77 G; 3I56 Q; 4C8Q D; 1KJW A; 2H3E B; 1K1Z A; 2ROT A; 4CI0 C; 1GRI A; 1RAF B; 1Q86 R; 4F04 B; 1HD3 A; 4A4F A; 4L5G A; 1Y57 A; 1SRL A; 5IAY A; 4KH1 B; 1ZLM A; 4PJM A; 2EWN A; 1LPL A; 4M4Z A; 2G3R A; 1B07 A; 3RMS A; 2E10 A; 1HSQ A; 3FIF A; 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