The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
2
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sequence length |
56
|
structure length |
56
|
Chain Sequence |
ELVLALYDYQEKSPREVTMKKGDILTLLNSTNKDWWKVEVNDRQGFVPAAYVKKLD
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structure of a protein determined by solid-state magic-angle-spinning NMR spectroscopy
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Gallus gallus
|
| molecule tags |
Structural protein
|
| molecule keywords |
SPECTRIN ALPHA CHAIN, BRAIN
|
| total genus |
2
|
| structure length |
56
|
| sequence length |
56
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2002-07-25 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00018 | SH3_1 | SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2DE0 X; 2X3W D; 4FSS A; 4J9C A; 2KT1 A; 1WFW A; 2JM9 A; 3TSZ A; 3KFV A; 1M3B A; 2AZV A; 1NEB A; 2RPN A; 1UTI A; 3H0H A; 2DL7 A; 1SRL A; 2HCK A; 1QKX A; 4Z88 A; 2KYM A; 4RUG A; 2YSQ A; 1ARK A; 4HVV A; 1E7O A; 1NG2 A; 1WXU A; 2DLP A; 4Y92 A; 1UHC A; 3LH5 A; 2DJQ A; 1UE9 A; 3NGP A; 1WLP B; 2H8H A; 2D8J A; 2YT6 A; 3UA6 A; 3SHW A; 2EYW A; 2J6K A; 4F14 A; 1BBZ A; 4RTU A; 1MV0 B; 1RUW A; 1NYF A; 4DEX A; 2L3S A; 2KYB A; 2DBM A; 2I0N A; 3VS1 A; 5IHK A; 4CC7 A; 1ZBJ A; 5FWB A; 1WI7 A; 1UGV A; 4ORZ A; 1GBQ A; 3REA B; 2C0T A; 2CSQ A; 2FRW A; 1J3T A; 1Z9Z A; 1I0C A; 2DL3 A; 1WA7 A; 2KR3 A; 2VVK A; 4LUE A; 2LQW A; 2LQN A; 1VYV A; 2HSP A; 2YUO A; 1JQQ A; 2KNB B; 3EHQ A; 3M0U A; 1YWO A; 2DNU A; 1NEG A; 1SEM A; 1M3C A; 2EYZ A; 4J9E A; 5GJW B; 4J9D A; 4DEY A; 1QWF A; 4AFS C; 4D8D A; 4OMO A; 2KBT A; 3THK A; 4QT7 A; 1VYT A; 3ZL7 C; 3TVT A; 1AEY A; 1E6G A; 1QKW A; 3EGU A; 3VS7 A; 1K0X A; 1NLO C; 2LJ0 A; 5FWC A; 2GTJ A; 4HVW A; 2FEI A; 2SRC A; 1UG1 A; 1MV3 A; 5HCK A; 1GFD A; 1AD5 A; 2GQI A; 1QCF A; 1M27 C; 2EBP A; 2ENM A; 3VRY A; 4F17 A; 2DL4 A; 2DRK A; 4WCI A; 1MUZ A; 4AG2 C; 5L23 A; 1VYU A; 2O9V A; 1JU5 C; 2KRS A; 4OMP A; 3FJ5 A; 2KRO A; 1S1N A; 2QDL A; 1KJW A; 4X1V A; 2DL8 A; 1Z9Q A; 1IO6 A; 3TSW A; 1WIE A; 4ZNX A; 3RBB B; 2ABL A; 3I5R A; 1ZX6 A; 1SSH A; 1T0H A; 3VS3 A; 1H92 A; 3H41 A; 1UJ0 A; 2NUZ A; 2YUQ A; 4RTT A; 1K4U S; 2V1R A; 2KE9 A; 5GJV B; 1X69 A; 2MCN A; 1KSW A; 1BU1 A; 2DMO A; 4RTY A; 1UDL A; 2O31 A; 2J6F A; 4CC4 B; 2KRN A; 2AKL A; 1B3Q A; 1QWE A; 1GL5 A; 2YDL A; 4J9B A; 2NWM A; 4OMQ A; 3EG2 A; 2L0A A; 4JZ4 A; 1TG0 A; 1AWW A; 1GRI A; 1ZUU A; 3UA7 A; 2IIM A; 2AK5 A; 1K1Z A; 1OPL A; 2FO0 A; 3VS0 A; 3H0F A; 4LUD A; 2C0I A; 2C0O A; 2JXB A; 2K79 A; 3REB B; 3ULR B; 5IHN A; 1H8K A; 1ZSG A; 1W6X A; 2KRM A; 2FPD A; 4KRT A; 4R0K A; 1ZUK A; 3VRZ A; 2GNC A; 4HCK A; 2CH4 W; 1M8M A; 1I1J A; 2G6F X; 4CC2 A; 2JMC A; 1B07 A; 2LZ6 B; 2RMO A; 2CSI A; 5ECA A; 3VS5 A; 2MIO A; 2K3B A; 2D0N A; 2DL5 A; 1RLQ C; 1GFC A; 1X2K A; 1YNZ A; 2FPF A; 4HVU A; 3VS6 A; 3M0R A; 2VKN A; 1PHT A; 2DIL A; 5EC7 A; 1AOJ A; 2CT4 A; 4M4Z A; 3C0C A; 1CSK A; 4Z89 A; 1SPK A; 2J6O A; 2CUB A; 1NLP C; 2HBW A; 2BZ8 A; 2AKK A; 3M0Q A; 3M0T A; 1WYX A; 1AVZ C; 1BK2 A; 1GBR A; 1GCQ C; 2O2O A; 1NM7 A; 1TUD A; 2F2W A; 2LJ3 A; 5FW9 A; 3NMZ C; 2EKH A; 3EG3 A; 2DYB A; 2K6D A; 1ZUY A; 1CKA A; 1FMK A; 3UF4 A; 1PRL C; 4AFQ C; 4AFU C; 2BZX A; 4IIM A; 4RTW A; 2JMA A; 2JM8 A; 3GBQ A; 2BTT A; 1YP5 A; 2P4R A; 2OAW A; 4J9F A; 2JT4 A; 3UAT A; 2GGR A; 2FG0 A; 2KGT A; 2RQR A; 3QWX X; 2PTK A; 1U3O A; 2X3X D; 2K7A A; 2HDA A; 2MOX A; 1FYN A; 1T0J A; 1W1F A; 4CC3 A; 5IH2 A; 1HJD A; 1SRM A; 1K9A A; 3PVQ A; 4J9H A; 1H3H A; 2EGA A; 4RTZ A; 4OML A; 3I35 A; 4OMN A; 2B86 A; 2DX1 A; 2J06 A; 1HSQ A; 3PE0 A; 1A0N B; 1UJY A; 1X27 A; 1OPK A; 1PKT A; 4AG1 C; 4GBQ A; 1G83 A; 1JXM A; 4LNP A; 2RF0 A; 1QLY A; 4D8K A; 1AZG B; 2RN8 A; 1GCP A; 1N5Z A; 1LCK A; 1PWT A; 2CDT A; 2E5K A; 3VS4 A; 1GCQ A; 1JXO A; 1U5S A; 2LX7 A; 4IIO A; 2K2M A; 2EGC A; 1CKB A; 1ABQ A; 2KEA A; 2DRM A; 3NPF A; 2ECZ A; 2RQW A; 2V1Q A; 2ROT A; 3R6N A; 2A08 A; 1ABO A; 2PNI A; 1T3S A; 2O88 A; 1KFZ A; 1V1C A; 2KXC A; 3A98 A; 1HD3 A; 2OI3 A; 3H0I A; 1OOT A; 1M30 A; 2L3Q A; 2F2X A; 1PNJ A; 4GLM A; 5IXF A; 1XOV A; 2HEQ A; 1OEB A; 4JJD A; 3NHN A; 2GBQ A; 2EVR A; 1K0S A; 1SHF A; 2AZS A; 2EYY A; 1VA7 A; 2KXD A; 4J9I A; 2JS2 A; 4ESR A; 2GTO A; 2LP5 A; 2F2V A; 2PZ1 A; 1E6H A; 2ED0 A; 4Z8A A; 2W0Z A; 1UFF A; 4LE9 A; 2DBK A; 1Y57 A; 1G2B A; 3EG1 A; 2M0Y A; 3VS2 A; 1X43 A; 1EFN A; 5IXB A; 1KIK A; 2LNH B; 2JS0 A; 2OJ2 A; 3I5S A; 1YN8 A; 2EQI A; 4JJB A; 1SHG A; 3EHR A; 5I11 A; 2LJ1 A; 3O5Z A; 4JZ3 A; 1M3A A; 2RQV A; 1JO8 A; 1WXB A; 5IHI A; 2XMF A; 2DVJ A; 4JPB W; 1UEC A; 1ZLM A; 1YWP A; 1K76 A; 2A37 A; 2SEM A; 3I9Q A; 2ESW A; 4RTV A; 3U23 A; 4K11 A; 2JTE A; 1U06 A; 4HXJ A; 2A36 A; 2FRY A; 4AFZ C; 3SEM A; 4JJC A; 2ED1 A; 2K9G A; 1Y0M A; 4OMM A; 1NYG A; 3M0S A; 1AWX A; 1TUC A; 2YUN A; 1OV3 A; 5I22 A; 2L3P A; 2J05 A; 2LCS A; 1I07 A; 1AWO A; 1RLP C; 2CH4 A; 4LN2 A; 4F16 A; 1WX6 A; 1PRM C; 1JEG A; 2W10 A; 4RTX A; 1YCS B; 2LMJ A; 2O9S A; 2YUP A; 2BZY A; 2DF6 A; 2L2P A; 3EG0 A; 4A63 B; 2CRE A; 2D1X A; 1W70 A; 3IQL A; 1AZE A; 1UHF A; 2CT3 A; 2A28 A; 2JW4 A; 2CUD A; 1X6B A; 2VWF A; 2DA9 A; 4EIK A; 1T3L A; 1X6G A; 2DM1 A; 2RNA A; 4E6R A; 4J9G A; 1UUE A; 1X2Q A; 2M51 A; 2FPE A; 1WDX A; 3CQT A; 2EW3 A; 2EYX A; 3JV3 A; 2D8H A; 2EGE A; 3M0P A; 2KT8 A; 2EPD A; 3RNJ A; 2ROL A; 1PKS A; 1WXT A; 1RI9 A; 2RQT A; 3PVL A; 2RQU A; 3QWY A; 2J7I A; 1BB9 A; 1AWJ A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2DE0 X; 3I55 Q; 2X3W D; 1I8F A; 3OYI A; 4NOY A; 4PK4 A; 1OI1 A; 4ELZ C; 3HKS A; 2LQK A; 1M3B A; 3MCA B; 1UTI A; 1QVF P; 1SRL A; 2YSQ A; 4BD3 A; 4HVV A; 1NG2 A; 4N4I A; 2DLP A; 4Y92 A; 5EG2 A; 1RAC B; 1VQ9 T; 3A8O B; 5A2Q E; 3UPU A; 2YXY A; 2DJQ A; 1WLP B; 1UGS B; 4PJO D; 3C12 A; 3VYH B; 1TU0 B; 2K3Y A; 4DBH A; 4M75 F; 4RTU A; 1MV0 B; 4M7D B; 3HRU A; 3CCE A; 1MMD A; 1K73 R; 1IRX A; 2E3I A; 3QXE B; 5IHK A; 2FYK A; 4CC7 A; 2EQJ A; 5FWB A; 2CSQ A; 2E10 A; 2DXU A; 1Z9Z A; 5KYU B; 5IN1 A; 4DBR A; 1Q81 U; 1YBY A; 2EJF A; 4RCC A; 2XID A; 3M57 A; 1QWF A; 4D8D A; 3JRZ A; 2KBT A; 4DOW A; 4QT7 A; 1VYT A; 5FLX E; 3ZL7 C; 3TVT A; 3OYH A; 1AEY A; 3EGU A; 1NLO C; 5FRN A; 4BDZ A; 5DLO A; 2GTJ A; 4PJO G; 1KD1 R; 2SRC A; 4C92 D; 1ZA1 B; 1QVF S; 5HCK A; 1GFD A; 2L89 A; 1AD5 A; 3QO3 A; 1M27 C; 4F17 A; 3VRY A; 1ZBX A; 2QTX A; 3RKX A; 3J80 E; 4QVD A; 2IG0 A; 1XQH A; 4JRI A; 3SDZ A; 5DM7 R; 4M7D F; 2GFA A; 2KRO A; 3MPU B; 1VQM Q; 1KHI A; 1KJW A; 4R56 A; 1Z9Q A; 2F1L A; 1NE8 A; 1VQO T; 2B8A A; 1WIE A; 5GAN g; 4J83 A; 5KE2 A; 3I5R A; 4LDU A; 5M9O A; 1ZX6 A; 1SSH A; 2FHD A; 1WHM A; 2KY9 A; 1UJ0 A; 1B34 B; 2YUQ A; 3CCL T; 4MDW A; 5CR2 A; 2FL7 A; 3NTH A; 4D6W A; 5GJV B; 3J81 E; 1VQ5 Q; 5FU7 C; 3L2Z A; 3G71 Q; 2J6F A; 2OX7 A; 2KRN A; 4PJO A; 4OB0 B; 2NWM A; 2C06 A; 1IGQ A; 3EG2 A; 1VQL Q; 3CC7 Q; 3CCE T; 3QJ6 A; 4JUV A; 1TG0 A; 3JB9 H; 1KK7 A; 4BI3 A; 3CCU A; 4ANJ A; 1NJI R; 2JJ9 A; 3PMI A; 2K2V A; 2PQW A; 1EX4 A; 1EZZ B; 3UA7 A; 3LGL A; 4R55 A; 5GAM d; 1K1Z A; 2Z0W A; 3VS0 A; 3OYL A; 4ZTF A; 4LUD A; 2K79 A; 5AYF A; 1C1A A; 3MEA A; 4OF1 A; 2KRM A; 2MF2 A; 2D6F A; 1G3T A; 2FPD A; 2QQR A; 4M7A B; 2X35 A; 4M75 C; 3VRZ A; 4HCK A; 4A4H A; 2G6F X; 3X28 B; 2JMC A; 2VUB A; 2LZ6 B; 1KC8 C; 4M78 B; 5LJ3 j; 4EPC A; 2K3B A; 1RLQ C; 1YNZ A; 2VKN A; 3X24 B; 4ZGE B; 3OS2 A; 1PHT A; 2QA4 A; 2DIL A; 4LD9 K; 1PD0 A; 3GOX A; 3C0C A; 3CME T; 1Y96 B; 2RI5 A; 3PMT A; 4M78 G; 2ZPI B; 1JB0 E; 2OTJ A; 1NLP C; 2HBW A; 2JVV A; 3T9N A; 1TSF A; 3OYF A; 3PIP A; 2V26 A; 3CC4 A; 1TUD A; 2DTI A; 4M7D G; 2HL3 A; 3WXM B; 4M75 D; 3TRE A; 3LWH A; 2DYB A; 4C92 F; 2CP7 A; 3KBG A; 3UF4 A; 1VQP Q; 3AT1 B; 4AFQ C; 3TU4 K; 2F5T X; 4A4K A; 3EAE A; 4KGX B; 4RTW A; 2R5M A; 1TOV A; 5CO7 A; 3OQ5 A; 4BY6 C; 2GGR A; 2KGT A; 2RQR A; 4EMG A; 2E6Z A; 3G4S T; 4XQ3 A; 2MOX A; 1SRM A; 2QQA A; 3HRS A; 2K57 A; 4J6Y A; 1K9A A; 5GMK i; 2DO3 A; 4E7Z A; 4WF2 A; 3CCJ Q; 4J7I A; 3FDR A; 4OML A; 1WHL A; 1K73 C; 4BI4 A; 1OX9 A; 1WHG A; 1Q7Y C; 2J06 A; 1HSQ A; 4HT9 A; 5GAN 6; 2FB7 A; 1G3W A; 2MWP A; 1BCO A; 3VJP A; 3FB9 A; 3P8B B; 5HKC A; 1VQM A; 4BUG A; 3G6E T; 1D0Y A; 4M77 A; 4LNP A; 1QLY A; 2CP6 A; 1TXQ A; 5KYY B; 1GCP A; 3JB9 J; 2MK5 A; 3CCQ A; 2VGM A; 1YHQ A; 4F7U B; 1I4K 1; 3OA6 A; 2ECZ A; 2XKO C; 2RQW A; 2ZPF B; 3GP8 A; 2ROT A; 2OAU A; 5D6Y A; 3R6N A; 1WHH A; 3S3N A; 1RAF B; 1JJ2 S; 2R57 A; 3PFS A; 4E7K A; 1PG5 B; 2IVW A; 1LJO A; 1YIT A; 2KXC A; 1HD3 A; 3M53 A; 2VXE A; 1OOT A; 1M30 A; 3UT1 A; 3ASK A; 3G4S Q; 3RES A; 2E70 A; 3PGG A; 4M7D C; 4GLM A; 2ZPE B; 1XOV A; 2CZ6 B; 4JJD A; 2EVR A; 2MAM A; 1K0S A; 2KXD A; 1M1G A; 1VA7 A; 2F2V A; 1U8R A; 4KBM B; 1YIJ Q; 4Z8A A; 2W0Z A; 1UFF A; 3CCS A; 3SWN B; 1Y57 A; 1WJS A; 3EG1 A; 3RUX A; 2ZCF B; 5CK9 A; 2M0Y A; 4JS5 A; 1X43 A; 1EFN A; 1D0X A; 3GIB A; 1Y71 A; 3I56 T; 2COZ A; 1K8A C; 4J5Y A; 3JCM J; 1M1F A; 3J7A F; 4FT2 A; 3I5S A; 1YN8 A; 2EQI A; 1N27 A; 2XI9 A; 1SHG A; 5GAO n; 4JJN K; 4HCZ A; 1M3A A; 2RQV A; 3EG9 A; 1TUG B; 5CQX A; 1ZLM A; 4F7U F; 3LWI A; 4XU0 A; 5LJ5 f; 1IGU A; 2CZ7 B; 1D09 B; 1U06 A; 5DLQ E; 1M5Q 1; 2LX9 A; 2QXF A; 4AFZ C; 2ED1 A; 4DBQ A; 4KH0 B; 2P0P A; 5GAO l; 4VUB A; 3EG9 B; 5DY9 A; 1ACM B; 3CEY A; 5GAN j; 1I07 A; 2M02 A; 1RLP C; 4QW2 A; 3CCL A; 1PRM C; 4HA8 A; 3CCR Q; 4RTX A; 4KGV B; 1VQP A; 3X25 B; 2WSC E; 1N8R R; 4C8Q A; 3NTK A; 2DF6 A; 1ZQ1 A; 1R0C B; 3RIR A; 3RER A; 2KQW A; 1M90 C; 2CUD A; 4XTZ A; 1KC8 U; 1T3L A; 1X6G A; 2DFU A; 1BI2 A; 4J9G A; 3M54 A; 2M51 A; 2RHZ A; 1UB4 A; 2EGE A; 3M0P A; 1IXD A; 2EPD A; 3RNJ A; 1PKS A; 1WXT A; 3L2W A; 1QW1 A; 3QWY A; 1S72 Q; 5GAN f; 4FYV B; 1GBQ A; 2BE7 D; 1AWJ A; 2JTF A; 2QK0 A; 3M9Q A; 4FSS A; 1WFW A; 1MHN A; 3TSZ A; 2XK0 A; 3CPW S; 2XD0 A; 3TCJ A; 4FL6 A; 1M2V B; 3QPH A; 3KFV A; 4M7D D; 2M0O A; 3JB9 G; 2AZV A; 3LH0 A; 2F5K A; 2RPN A; 2YRV A; 2DL7 A; 1VIE A; 1QKX A; 2CKK A; 4QQG A; 4M7A D; 1ARK A; 4V2S A; 2QTV A; 1WXU A; 3OYB A; 4M7D A; 2NUP A; 1K8A R; 3QDR B; 2X4J A; 2D8J A; 5GAN 3; 3JCM Q; 5AT1 B; 2L5Q A; 3QYG B; 1YIT Q; 2D0Q B; 1BBZ A; 1VQN Q; 3OB9 A; 2KSS A; 1RUW A; 3RMS A; 4QVC A; 4DEX A; 2OTL T; 2I0N A; 1RL2 A; 2RK1 A; 1HXD A; 3CME Q; 4HCC A; 3JCM f; 1ZBJ A; 1UGV A; 4ZN3 A; 1Q7Y U; 4M75 A; 2DD4 A; 4C8Q E; 5GAO q; 2FRW A; 1J3T A; 1C0M A; 1RAD B; 3CXC A; 1I0C A; 1VQ5 T; 4LDX A; 2HKQ B; 3E2U A; 3JCM d; 2LQN A; 1VYV A; 3OY9 A; 2EQM A; 2VC8 A; 2YUO A; 4LXC A; 3A8H B; 3M0U A; 3VUB A; 3CCS T; 2EYZ A; 4J9E A; 4OMF B; 3Q1J A; 5GJW B; 4EDU A; 4J9D A; 2RH2 A; 4OMO A; 4II1 A; 5FRM A; 1TH7 A; 5GAO m; 3V8J A; 1E6G A; 1QKW A; 3OYY A; 3VS7 A; 1VQ4 T; 2DD5 A; 3HRT A; 4PFP A; 2FEI A; 1M2O A; 4M7A E; 4A4G A; 3UDC A; 1KQ1 A; 1VQ7 Q; 1FWZ A; 1Q86 C; 2ENM A; 4PJN A; 4EMK C; 1M4Z A; 4WCI A; 1MUZ A; 1YI2 T; 3E9F A; 1VYU A; 1JU5 C; 1YFN A; 2O9V A; 1PD1 A; 2K5F A; 2Y90 A; 4J6W A; 4ZNX A; 2EAY A; 3GNF B; 4L5G A; 2DZ9 A; 3HFO A; 3SB2 A; 4M7D E; 3RKW A; 1H92 A; 2NUZ A; 4IUU A; 1K4U S; 1X69 A; 4FYY B; 2DMO A; 4RTY A; 2O31 A; 3JB9 F; 4KUL A; 2AKL A; 1B3Q A; 3CC2 T; 1QVF A; 4J9B A; 4QQ6 A; 4C8Q F; 4M78 E; 5FU7 B; 3TEE A; 3H9N A; 2E6N A; 1AWW A; 1ZUU A; 1MND A; 2AK5 A; 1OPL A; 1VQ6 A; 2DK3 A; 2QG9 B; 1MNE A; 4JLI A; 2C0O A; 2GQV A; 3ULR B; 3SD4 A; 5IHN A; 5HK0 A; 1SF9 A; 1ZSG A; 1QVP A; 2BKD N; 2K5L A; 3VYG A; 2DTO A; 3JB9 I; 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