The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
2
|
sequence length |
56
|
structure length |
56
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Chain Sequence |
b'ELVLALYDYQEKSPREVTMKKGDILTLLNSTNKDWWKVEVNDRQGFVPAAYVKKLD'
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
SPECTRIN ALPHA CHAIN, BRAIN
|
| publication title |
Structure of a protein determined by solid-state magic-angle-spinning NMR spectroscopy
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Gallus gallus
|
| molecule tags |
Structural protein
|
| total genus |
2
|
| structure length |
56
|
| sequence length |
56
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2002-07-25 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00018 | SH3_1 | SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2L3S A; 1WXB A; 4AFQ C; 2PTK A; 1MUZ A; 1PWT A; 1RUW A; 1NG2 A; 1JU5 C; 1UHC A; 2J6O A; 2GTO A; 4KRT A; 2EYZ A; 1SRL A; 1S1N A; 2PZ1 A; 5IHK A; 4RTT A; 1X69 A; 1HSQ A; 2K3B A; 1YCS B; 1PNJ A; 2GBQ A; 2K2M A; 2A37 A; 2RQW A; 1WXT A; 1X43 A; 2JM8 A; 2P4R A; 2C0T A; 2DL8 A; 1KIK A; 1RI9 A; 2BZY A; 2BZX A; 2FRW A; 3THK A; 4ZNX A; 1H8K A; 2MOX A; 2HBW A; 3NPF A; 4OML A; 4LUE A; 1YNZ A; 2L0A A; 2HDA A; 2KR3 A; 4LN2 A; 1E6H A; 1WX6 A; 3REA B; 3REB B; 1QWE A; 2RQU A; 3I5R A; 1Z9Z A; 3VS0 A; 2V1R A; 2EW3 A; 2KRO A; 2MCN A; 2LX7 A; 2FPD A; 1UUE A; 2CUB A; 2JS0 A; 1MV0 B; 2DVJ A; 3I35 A; 2RNA A; 1CKB A; 3QWX X; 4JJB A; 2LQN A; 3CQT A; 4J9F A; 1H3H A; 1OPK A; 2QDL A; 2JMC A; 4J9C A; 2X3X D; 2JTE A; 2MIO A; 2JM9 A; 2B86 A; 4WCI A; 1GBR A; 2OI3 A; 4F17 A; 4HVW A; 2KEA A; 1Z9Q A; 1BB9 A; 1HJD A; 2L2P A; 2DX1 A; 2D8J A; 4RTW A; 1KFZ A; 1A0N B; 5GJV B; 2KXD A; 2EBP A; 2C0I A; 4Z8A A; 2KBT A; 2DL4 A; 4EIK A; 2KNB B; 2LNH B; 3M0T A; 1NLO C; 3O5Z A; 1TUD A; 4CC3 A; 4JJC A; 1NYG A; 2FPE A; 4J9E A; 2RPN A; 4J9D A; 4OMN A; 2EVR A; 4AFU C; 1JXO A; 1UTI A; 2KE9 A; 2L3Q A; 1AOJ A; 4RTV A; 5GJW B; 1BK2 A; 4IIM A; 1SEM A; 2BTT A; 2DBM A; 4Z88 A; 2JS2 A; 1UGV A; 2V1Q A; 5I11 A; 4HCK A; 2DYB A; 2ESW A; 4K11 A; 3VS4 A; 1ABO A; 2LQW A; 3ZL7 C; 2KGT A; 2M0Y A; 2DRM A; 3EGU A; 1GCQ A; 1RLP C; 2M51 A; 2FEI A; 1BU1 A; 1T0J A; 1I0C A; 3SHW A; 4RTZ A; 2YT6 A; 2L3P A; 2K79 A; 1ZUY A; 2FRY A; 2RMO A; 4Y92 A; 3UA7 A; 4D8D A; 2HCK A; 2GGR A; 1AZG B; 1V1C A; 1WI7 A; 4DEY A; 4LNP A; 3RBB B; 2H8H A; 3EHR A; 4F14 A; 4HVU A; 1WYX A; 2DL3 A; 2KXC A; 1ZSG A; 2EPD A; 2ENM A; 4LE9 A; 3PVL A; 1UFF A; 1XOV A; 1GCP A; 2J6K A; 2LJ0 A; 1YWP A; 1PKT A; 1SRM A; 4RTX A; 1JQQ A; 1FYN A; 3H0H A; 1OOT A; 3JV3 A; 1QCF A; 4RUG A; 5IXB A; 1CKA A; 2LMJ A; 3VS1 A; 1K1Z A; 5HCK A; 1AWX A; 4DEX A; 3UAT A; 1W6X A; 2CUD A; 2EGC A; 4ORZ A; 1PHT A; 1E7O A; 1M30 A; 4JZ4 A; 2AK5 A; 1NEB A; 1NEG A; 2D0N A; 2G6F X; 1X2K A; 4OMO A; 1X6G A; 2NWM A; 1UJY A; 2YUN A; 1UJ0 A; 2EGE A; 1ZX6 A; 5FWC A; 2CH4 A; 3M0Q A; 1MV3 A; 2FO0 A; 2DE0 X; 5FW9 A; 3VS7 A; 5IH2 A; 2F2W A; 3TSW A; 3IQL A; 3EG0 A; 4GLM A; 1K76 A; 2DRK A; 3VS5 A; 3VS6 A; 2GTJ A; 2EYW A; 2D8H A; 1GBQ A; 2OJ2 A; 4J9H A; 1AZE A; 1QLY A; 4OMM A; 2CDT A; 4GBQ A; 1N5Z A; 4R0K A; 5ECA A; 4CC7 A; 3R6N A; 1BBZ A; 2K6D A; 4J9I A; 4AG1 C; 1FMK A; 3GBQ A; 2NUZ A; 3U23 A; 4CC4 B; 2EKH A; 2F2X A; 1WFW A; 2YSQ A; 2ED1 A; 1WA7 A; 1W1F A; 2J7I A; 1W70 A; 3M0P A; 2F2V A; 2EYY A; 2YDL A; 2KRN A; 2J06 A; 3SEM A; 2W0Z A; 2FG0 A; 1GCQ C; 2DA9 A; 3VRZ A; 1PKS A; 4AFS C; 1SHF A; 5IXF A; 2JT4 A; 1SSH A; 2ECZ A; 2RQV A; 1ABQ A; 2XMF A; 2YUQ A; 1SPK A; 1M3C A; 4QT7 A; 2CT4 A; 2X3W D; 2A08 A; 1CSK A; 2DJQ A; 1OV3 A; 2PNI A; 3I9Q A; 3EG1 A; 1ZUK A; 2JMA A; 2RN8 A; 2RF0 A; 2CSI A; 2JXB A; 2DMO A; 2KT1 A; 2J6F A; 1EFN A; 2LZ6 B; 2K7A A; 4HVV A; 5L23 A; 1VYU A; 3VRY A; 2DNU A; 4IIO A; 3H0F A; 1U3O A; 3H41 A; 4M4Z A; 1YN8 A; 1I07 A; 4F16 A; 2DBK A; 2J05 A; 3UA6 A; 2LJ1 A; 2VKN A; 3M0S A; 1YP5 A; 1K9A A; 1QKX A; 4OMQ A; 4HXJ A; 1NYF A; 1NLP C; 1WXU A; 1T0H A; 3EHQ A; 2EQI A; 3UF4 A; 1M8M A; 2AZS A; 2SRC A; 1OPL A; 2CH4 W; 1SHG A; 2RQR A; 1HD3 A; 1G83 A; 4J9B A; 1M3B A; 2CT3 A; 2W10 A; 1LCK A; 1AVZ C; 1KJW A; 1JXM A; 2O9S A; 1GFD A; 2VWF A; 1AEY A; 1IO6 A; 3QWY A; 2D1X A; 5I22 A; 1U5S A; 2KT8 A; 1B07 A; 2RQT A; 4CC2 A; 3FJ5 A; 1UDL A; 1I1J A; 1T3S A; 1Y57 A; 2JW4 A; 2KYB A; 1WLP B; 1OEB A; 2A36 A; 1YWO A; 2OAW A; 1M27 C; 3H0I A; 1ARK A; 2SEM A; 2O2O A; 2DLP A; 4LUD A; 3I5S A; 2YUP A; 1K0S A; 2DIL A; 1ZUU A; 4JPB W; 2EYX A; 2LP5 A; 1QWF A; 1AWO A; 1J3T A; 4AFZ C; 2VVK A; 1ZLM A; 4JJD A; 4A63 B; 1K0X A; 2YUO A; 3M0U A; 3M0R A; 1QKW A; 1GFC A; 1H92 A; 4FSS A; 2HSP A; 4X1V A; 1UG1 A; 3RNJ A; 2KRM A; 2AKK A; 1X2Q A; 1U06 A; 2CSQ A; 2DL7 A; 2O9V A; 1TUC A; 1T3L A; 1AWJ A; 3C0C A; 2FPF A; 1PRL C; 3LH5 A; 3NGP A; 1VYT A; 4J9G A; 2HEQ A; 1KSW A; 2AKL A; 1E6G A; 1VA7 A; 2ABL A; 2I0N A; 5IHI A; 1RLQ C; 2KYM A; 1GRI A; 1G2B A; 4RTY A; 5IHN A; 2ROT A; 1Y0M A; 2LJ3 A; 3VS3 A; 2DM1 A; 5EC7 A; 2KRS A; 3PVQ A; 4ESR A; 1NM7 A; 1WDX A; 2BZ8 A; 2O88 A; 2C0O A; 4Z89 A; 1GL5 A; 3TSZ A; 1M3A A; 2O31 A; 1TG0 A; 1X27 A; 3A98 A; 4D8K A; 2IIM A; 3VS2 A; 1UE9 A; 1WIE A; 1JO8 A; 1VYV A; 2GQI A; 2DL5 A; 1PRM C; 4OMP A; 3EG2 A; 1K4U S; 3PE0 A; 3EG3 A; 2ROL A; 1AWW A; 3KFV A; 1X6B A; 2ED0 A; 4E6R A; 4AG2 C; 1UEC A; 3NHN A; 2E5K A; 2LCS A; 2AZV A; 1B3Q A; 5FWB A; 1AD5 A; 2DF6 A; 1ZBJ A; 3ULR B; 1JEG A; 4JZ3 A; 2EGA A; 4RTU A; 1UHF A; 3NMZ C; 2K9G A; 2A28 A; 2CRE A; 3TVT A; 2GNC A; #chains in the Genus database with same CATH topology 5GAM j; 3V8L A; 2J6O A; 1VQ6 Q; 1OX8 A; 5CAI A; 2BE7 D; 2XK0 A; 5KYX A; 4MDX A; 3R6O A; 3CCS T; 2OTJ Q; 2OTL T; 2DTI A; 3CCR T; 2K3Y A; 1NJI C; 1QVF P; 4GY5 A; 2K2M A; 5KE3 A; 4Y28 E; 2JM8 A; 1I8F A; 2P4R A; 1IGQ A; 4RCC A; 3X28 B; 2P0P A; 2FHD A; 1VQO T; 3EFO A; 2LDM A; 1RI9 A; 2ZPE B; 2BZX A; 4KGV B; 2MOX A; 1QVG S; 4OVA A; 5FU6 C; 3CCM A; 1YNZ A; 3JCM Q; 1WZO A; 1WX6 A; 3REB B; 1H3Z A; 5LJ5 j; 3VS0 A; 1TWB A; 2XDP A; 3I35 A; 4JJB A; 3G4S T; 4PJO A; 2HKN A; 4C8Q C; 5HKC A; 5KYY B; 3F70 A; 1VQN T; 4II1 A; 4WCI A; 1GBR A; 4HCC A; 1LOJ A; 4LDV A; 1KFZ A; 1A0N B; 5GJV B; 4EMK B; 2EBP A; 2CGH A; 4PFZ A; 2GFA A; 5GAN 4; 1VQP Q; 2DL4 A; 4MZM A; 1JB0 E; 2HNI A; 1NLO C; 1Q86 C; 1KQS P; 1Q7Y C; 1TUD A; 3OSV A; 4JJC A; 3G71 T; 5KE2 A; 2FPE A; 1S72 A; 4J9E A; 4OMN A; 2QG9 B; 3D7S B; 3SB2 A; 1AOJ A; 2DBM A; 1Q95 G; 3A8G B; 2RI2 A; 3RKW A; 5IN1 A; 2JS2 A; 1UGV A; 3QZ9 B; 3E1S A; 3TU4 K; 5C0M A; 4F7U F; 3JCM c; 2EKO A; 3CCL T; 1BU1 A; 2JUF A; 1D1A A; 5M9O A; 1YBY A; 1RAE B; 3HFN A; 4PJO G; 2HCK A; 2YHT A; 3CME T; 1QVG A; 2GGR A; 2PVG B; 5FU6 B; 4DEY A; 4B6M A; 2K2V A; 4HVU A; 1G3S A; 2DL3 A; 1OYX A; 4LXC A; 1YJN Q; 4FT2 A; 4LE9 A; 4IKF A; 2LRQ A; 2DZ9 A; 1MMN A; 4M75 F; 4RTX A; 2KMT A; 1OOT A; 1QP2 A; 2E4H A; 5GMK h; 3OBW A; 3G6E Q; 4RUG A; 1YIJ Q; 1VQL T; 2LMJ A; 2RA2 A; 2MYS A; 1WHM A; 1W6X A; 5DLQ E; 4B9X A; 4JZ4 A; 2AK5 A; 1YHQ A; 4M7A B; 1NEB A; 4OMO A; 5LJ3 j; 2E6Z A; 3OMC A; 2CS7 A; 1KHI A; 2K5F A; 1K9M U; 3HSB A; 1UJ0 A; 1ZX6 A; 2QEX T; 2CH4 A; 1NPP A; 4XU1 A; 2R57 A; 1MV3 A; 1KK7 A; 1W2B P; 5FW9 A; 3OY9 A; 2JTF A; 1FWZ A; 2KY9 A; 1NE8 A; 3VS7 A; 2D6F A; 4ZGE B; 2QTV A; 3CCV Q; 2KAF A; 2RI3 A; 2O01 E; 3VS5 A; 3RER A; 2D8H A; 4J9H A; 3M53 A; 4NL3 A; 1ZA1 B; 4OMM A; 2CDT A; 3L2Z A; 2ZCF B; 4GBQ A; 1N5Z A; 1G3Y A; 4C0F A; 3R6N A; 3I55 T; 1JBM A; 1OUL A; 1G5V A; 2YXY A; 2P0K A; 3C4S A; 1NBE B; 2HQE A; 2LVM A; 4FYX B; 4C92 B; 5KYW B; 2ED1 A; 1WA7 A; 3OS2 A; 2YRD A; 3HKS A; 2EYY A; 3GLX A; 1G3W A; 1QVP A; 1LVK A; 1FX7 A; 4M7A E; 1TS9 A; 4ATO A; 2P84 A; 2VV5 A; 2J06 A; 3SEM A; 1VQ8 T; 3RR6 A; 1GCQ C; 3CCM Q; 2DA9 A; 1QW1 A; 4AFS C; 1SHF A; 4C8Q A; 2JT4 A; 2RQV A; 2D0Q B; 3OS5 A; 2RJF A; 4J83 A; 3AHU A; 4QT7 A; 1D3B A; 2WSE E; 2CT4 A; 1EX4 A; 4YTL A; 1SKU B; 1VQM A; 2IVW A; 3EG1 A; 5GAN 2; 1HK9 A; 4KUL A; 3CCU A; 1LPL A; 5CCA A; 5L8R E; 2FZG B; 2CP0 A; 3QYG B; 2RJC A; 2J6F A; 3L2V A; 3FC3 A; 5KH6 A; 4HVV A; 3FLG A; 3Q1J A; 1VYU A; 3VRY A; 1BI3 A; 3JRZ A; 4N0A C; 4C92 E; 3FB9 A; 1YN8 A; 3I56 Q; 4F16 A; 2DBK A; 3UA6 A; 1S72 Q; 3MJX A; 4OF1 A; 2MF2 A; 1K9A A; 3OYH A; 3GPL A; 3HPW A; 1NYF A; 4M75 C; 3A8M B; 1D0Y A; 4A4K A; 2QK0 A; 1O75 A; 1K9M R; 1KG1 A; 1WHH A; 2DXC A; 2SRC A; 1OPL A; 3UT1 A; 3CCS A; 2OTL A; 2RQR A; 1HD3 A; 3CCR A; 1M8V A; 1TXQ A; 2CT3 A; 2DER A; 2W10 A; 1AVZ C; 4C8Q G; 3HRU A; 2HMA A; 1GFD A; 2VWF A; 1VQO A; 1G8X A; 2D1X A; 5GAO q; 5GAO r; 4LD6 A; 2FYK A; 1UGS B; 2QQS A; 3QZ5 B; 9ATC B; 4HCB A; 4HKE A; 1OEB A; 2A36 A; 1X01 A; 1OI1 A; 2KVQ G; 5GAN e; 4E2F B; 4PNO A; 4QKU A; 3G4S A; 2GF7 A; 1K0S A; 4JPB W; 1AWO A; 2VVK A; 8AT1 B; 4JJD A; 1OX9 A; 2CP7 A; 1VQN A; 4A63 B; 2RJD A; 3HFO A; 2XKO C; 4M78 F; 3BY7 A; 4F7U B; 1Y71 A; 1UGR B; 1FMV A; 1GFC A; 1H92 A; 2HSP A; 1VIE A; 1BCO A; 3PIP A; 3QHS A; 1YHQ Q; 1U06 A; 2O9V A; 3X20 B; 3C0C A; 3S6W A; 1MGQ A; 3LGF A; 3MEU A; 4OB2 B; 2PUO B; 3M5A A; 4J9G A; 1Q82 C; 1YI2 Q; 2LX9 A; 2AKL A; 3G71 A; 1YIT T; 1TTH B; 1VA7 A; 4C0G A; 1WHJ A; 5KYU B; 5HK3 A; 2KYM A; 1G2B A; 4M75 B; 2XU8 A; 1Y0M A; 4M78 D; 4A4F A; 2XDD A; 1NM7 A; 1IZ6 A; 3MPU B; 4J6X A; 4FYW B; 1GL5 A; 1M3A A; 1X27 A; 3M57 A; 1R77 A; 1KC8 U; 4OB3 B; 4C0Z A; 2BIV A; 1PRM C; 2D9T A; 3CCL A; 3CCE T; 1ZSZ C; 5GAN h; 5CR2 A; 1AWW A; 1TU0 B; 4JJN K; 1V76 A; 3FEO A; 2ZGW A; 2QA4 Q; 2AHJ B; 3NHN A; 4F7U E; 5GAN f; 3CME A; 4DA4 A; 3HTR A; 5FWB A; 1D09 B; 2DF6 A; 1ZBJ A; 1JEG A; 1RAF B; 4C5I A; 4JZ3 A; 2EGA A; 1VQ9 Q; 4RTU A; 1UHF A; 3NMZ C; 3S3O A; 4BE1 A; 1UB4 A; 2HD0 A; 2CZ6 B; 2L3S A; 3JB9 J; 4IUV A; 1MUZ A; 1UHC A; 1JU5 C; 4IUU A; 2RH2 A; 1VQL A; 3MHX A; 4M75 E; 2CYZ B; 2X9H A; 1VQM Q; 5IHK A; 1BIA A; 4V2S A; 1HSQ A; 3JCM g; 2K3B A; 3WXM B; 5CVI A; 4LDY A; 5CKF A; 4PLL A; 1PNJ A; 2GBQ A; 2VAS A; 2RQW A; 3OMG A; 4KGZ B; 4N0A A; 1DJ7 B; 1X43 A; 2QEX A; 2DL8 A; 5IT9 E; 1KIK A; 4VUB A; 2Z0W A; 1TUG B; 3QXE B; 5GAO p; 3LH0 A; 5EG2 A; 4LUE A; 2DD5 A; 2R5M A; 3KXT A; 1QWE A; 5D6W A; 1Z9Z A; 2MCN A; 1VQ7 T; 2JS0 A; 1MV0 B; 3CQT A; 4J9F A; 2K57 A; 1H3H A; 1OPK A; 2JMC A; 1KD1 R; 3CCS Q; 1ZSZ B; 4BE2 A; 2OTL Q; 5GAM g; 3PIO A; 3I55 A; 2BUD A; 4MZT A; 2OI3 A; 4KH0 B; 4M78 C; 4F17 A; 5CK9 A; 2KEA A; 1B7T A; 3ME9 A; 1Z9Q A; 1BB9 A; 1HXD A; 1VQO Q; 2L2P A; 2DX1 A; 3HRS A; 1PCX A; 2C0I A; 3CMA T; 1VQ8 A; 4QQ6 A; 4IUP A; 1M2V A; 2LNH B; 3M0T A; 1UEB A; 3H6Z A; 1C0M A; 1KC8 R; 5KCH A; 4WTO B; 3OYG A; 3OBY A; 3OYY A; 3G4S Q; 2RPN A; 2EVR A; 5DLO A; 1UTI A; 3QUI A; 1XTD A; 4J5Y A; 4IIM A; 2BTT A; 2VXE A; 3E9F A; 4Z88 A; 4M7D F; 1NZ9 A; 4M7A D; 1VQN Q; 3QBY A; 4HCK A; 2ESW A; 3QJ6 A; 4K11 A; 5LJ5 g; 2WSF E; 3V7R A; 3VS4 A; 1ABO A; 1V29 B; 3EGU A; 2KSS A; 1RLP C; 3MEV A; 2FEI A; 2E70 A; 2M02 A; 2O4X A; 4ZTF A; 4LDW A; 2K79 A; 2JZ2 A; 2YWW A; 5HK0 A; 2RHX A; 3CC2 Q; 1AZG B; 2AT1 B; 2QTX A; 1M9S A; 3S3M A; 4HA8 A; 1B34 A; 3EHR A; 3QKJ A; 3G71 Q; 1RAC B; 2KXC A; 5GMK m; 2EPD A; 1M1G A; 2ENM A; 1UFF A; 2ZAE A; 1XOV A; 1GCP A; 2LJ0 A; 1YWP A; 1PKT A; 8ATC B; 1LJO A; 3HHT B; 2PVD B; 2V26 A; 3H0H A; 1QCF A; 3PNW C; 4M78 B; 1WQ7 A; 4C92 D; 1Y07 A; 4O6J A; 5A0D A; 4PLI A; 3CCL Q; 5HCK A; 3JCM e; 3UAT A; 2CUD A; 5A2Q E; 3CME Q; 2NYS A; 3L1A A; 5GMK j; 2MK5 A; 3EGX A; 2RK1 A; 1UJY A; 4ZGD B; 5I21 A; 3CCJ Q; 3LW5 E; 3CCQ T; 2RJE A; 2DE0 X; 2COZ A; 3FJP A; 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