The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
15
|
sequence length |
57
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structure length |
57
|
Chain Sequence |
KRYRAVYDYSAADEDEVSFQDGDTIVNVQQIDDGWMYGTVERTGDTGMLPANYVEAI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
LIM and SH3 domain protein 1
|
| publication title |
Human SH3 domain of protein LASP1
rcsb |
| source organism |
Homo sapiens
|
| molecule tags |
Transport protein
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| total genus |
15
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| structure length |
57
|
| sequence length |
57
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2009-06-30 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF14604 | SH3_9 | Variant SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2DE0 X; 2YUN A; 1XOV A; 2LQW A; 3I35 A; 4RTU A; 2KXD A; 1JXM A; 1UDL A; 1OOT A; 2OI3 A; 2MCN A; 4CC7 A; 1AEY A; 3EHQ A; 2F2W A; 4Z89 A; 1W1F A; 1K4U S; 2GGR A; 2EGA A; 2EVR A; 1Z9Q A; 2HDA A; 1PHT A; 2JM9 A; 2C0O A; 2K3B A; 4RTZ A; 1AD5 A; 2FPF A; 2ENM A; 1HJD A; 2CSQ A; 2K9G A; 4DEX A; 3GBQ A; 4D8K A; 1PWT A; 3QWY A; 1K0X A; 4R0K A; 3TSZ A; 1W70 A; 1AWO A; 2RN8 A; 2KRN A; 2X3W D; 1SHF A; 2SEM A; 2ROL A; 1JO8 A; 2RQW A; 1AZE A; 1QKX A; 1SRM A; 1A0N B; 4ZNX A; 2O31 A; 3IQL A; 1SPK A; 2DL4 A; 2ED1 A; 1G83 A; 1TG0 A; 4RTW A; 3TVT A; 2YT6 A; 1K9A A; 1QKW A; 1SEM A; 1AZG B; 2ED0 A; 4LE9 A; 3H0H A; 3VS7 A; 2JM8 A; 3O5Z A; 2EGC A; 2YUO A; 1KSW A; 1NLO C; 1NG2 A; 2VKN A; 2FPE A; 4HXJ A; 2OAW A; 3VS1 A; 1GL5 A; 4J9H A; 1U3O A; 4DEY A; 1BBZ A; 3LH5 A; 1X2Q A; 2CH4 W; 2GTO A; 2EGE A; 1RI9 A; 1UJ0 A; 3U23 A; 3REB B; 1YWO A; 2DBM A; 2K79 A; 4Y92 A; 2RF0 A; 1M3C A; 4AFU C; 4J9E A; 3SEM A; 1OPK A; 1H92 A; 3ULR B; 1RLQ C; 1JU5 C; 2FEI A; 1VA7 A; 1VYV A; 3H0F A; 2DIL A; 5I22 A; 2MIO A; 1K76 A; 2A08 A; 1AWJ A; 4F16 A; 3M0R A; 4Z88 A; 2I0N A; 1ZX6 A; 2KNB B; 2DL8 A; 1CSK A; 2PTK A; 2GQI A; 2DNU A; 1YN8 A; 4JZ3 A; 5GJW B; 3I5S A; 1MV3 A; 2C0I A; 1WX6 A; 4J9C A; 1X6B A; 5FW9 A; 2CDT A; 1SRL A; 2X3X D; 1T3S A; 1ZUY A; 1UGV A; 2P4R A; 4F14 A; 3VS0 A; 2O9S A; 4CC2 A; 1NEG A; 2YSQ A; 1KFZ A; 4HVU A; 2HEQ A; 2JW4 A; 2KYB A; 2KR3 A; 2V1R A; 4AFZ C; 3M0U A; 2EBP A; 1UUE A; 3M0P A; 4LUE A; 2FPD A; 2DVJ A; 2CT3 A; 4EIK A; 2K2M A; 2DL5 A; 1T3L A; 2A36 A; 1RLP C; 2JXB A; 2XMF A; 4E6R A; 2E5K A; 4AFQ C; 4Z8A A; 1PNJ A; 2L2P A; 3I5R A; 1BK2 A; 2HSP A; 2ABL A; 1RUW A; 2KRS A; 1I07 A; 3TSW A; 1ZUK A; 1FYN A; 1OPL A; 4OML A; 1OV3 A; 3EG3 A; 1GRI A; 2J7I A; 2SRC A; 3VRY A; 1WA7 A; 1QWE A; 3M0S A; 2BZY A; 1ZSG A; 2YDL A; 4KRT A; 1ZBJ A; 2EYY A; 4RTV A; 1WXB A; 1PKS A; 2G6F X; 5IXF A; 2A28 A; 2DYB A; 2KYM A; 2BZX A; 1GCQ C; 2D8J A; 1X43 A; 2GTJ A; 2RNA A; 1X69 A; 1WLP B; 2F2V A; 2CSI A; 3NGP A; 1X2K A; 3NHN A; 3EGU A; 1ZUU A; 1M30 A; 2K7A A; 2DL7 A; 1UFF A; 2DX1 A; 3VS5 A; 5ECA A; 4JPB W; 1KIK A; 1WFW A; 3A98 A; 1IO6 A; 2BZ8 A; 1U5S A; 3EG2 A; 1NEB A; 4HCK A; 1H8K A; 4A63 B; 2FRW A; 3C0C A; 2LX7 A; 1SSH A; 3M0Q A; 1JXO A; 4ORZ A; 4AFS C; 2DLP A; 3UAT A; 1PKT A; 2EKH A; 4M4Z A; 2M0Y A; 4ESR A; 1UEC A; 2DBK A; 1UJY A; 4OMP A; 2FO0 A; 2KT1 A; 1BB9 A; 1Z9Z A; 1NM7 A; 4OMQ A; 2KT8 A; 2OJ2 A; 3EG1 A; 2D1X A; 1GFD A; 2J06 A; 1GCP A; 3H0I A; 1AWW A; 2O9V A; 1K1Z A; 4J9G A; 4J9B A; 4IIM A; 1UTI A; 4LUD A; 3SHW A; 2HBW A; 2KEA A; 2LJ3 A; 3REA B; 5EC7 A; 4JJB A; 2L0A A; 2IIM A; 3VRZ A; 5IH2 A; 2M51 A; 1TUD A; 2AZV A; 2NUZ A; 2PNI A; 2KXC A; 3VS4 A; 2ECZ A; 5HCK A; 1MUZ A; 1Y0M A; 2H8H A; 5FWC A; 1SHG A; 4LN2 A; 2O2O A; 1I0C A; 2AK5 A; 4OMN A; 2EYX A; 3RBB B; 2O88 A; 1LCK A; 4GBQ A; 4OMM A; 1PRL C; 2RQR A; 2JMA A; 3I9Q A; 2DF6 A; 1WIE A; 3FJ5 A; 3NMZ C; 2RPN A; 2KE9 A; 1NLP C; 3QWX X; 2FRY A; 4JJD A; 2DL3 A; 2J05 A; 3H41 A; 3THK A; 1J3T A; 4J9I A; 1V1C A; 1YCS B; 1UHF A; 1JEG A; 1WYX A; 2B86 A; 1YP5 A; 2KGT A; 1BU1 A; 1M8M A; 2EW3 A; 1TUC A; 1AOJ A; 2DA9 A; 2EYW A; 3VS2 A; 1EFN A; 1PRM C; 1ABQ A; 1UG1 A; 2CUB A; 1I1J A; 4HVW A; 1B3Q A; 1M3A A; 5IHK A; 1GBR A; 1KJW A; 1JQQ A; 4JZ4 A; 4RTY A; 1HD3 A; 2AZS A; 2CH4 A; 1B07 A; 2L3P A; 2CT4 A; 4RTT A; 1T0H A; 2JS2 A; 4FSS A; 1GCQ A; 4GLM A; 2L3Q A; 2GNC A; 1WDX A; 1MV0 B; 1WXU A; 2K6D A; 2ESW A; 2A37 A; 3NPF A; 1U06 A; 3KFV A; 4CC4 B; 1HSQ A; 1VYT A; 2AKK A; 4RUG A; 1UHC A; 1X6G A; 2LQN A; 1VYU A; 2VVK A; 2ROT A; 4F17 A; 4J9D A; 1G2B A; 2NWM A; 4X1V A; 1FMK A; 4JJC A; 2EPD A; 1ABO A; 1ZLM A; 3EG0 A; 1E6G A; 2RQV A; 2CUD A; 3ZL7 C; 4AG2 C; 2QDL A; 2HCK A; 5GJV B; 4HVV A; 2FG0 A; 2EQI A; 1AVZ C; 1E7O A; 2LP5 A; 2JT4 A; 3VS6 A; 2GBQ A; 2C0T A; 2YUQ A; 4AG1 C; 1WXT A; 1OEB A; 2MOX A; 2D0N A; 4CC3 A; 1WI7 A; 2EYZ A; 2RQU A; 3M0T A; 1X27 A; 4J9F A; 4IIO A; 5IHN A; 3R6N A; 1NYG A; 2L3S A; 2W0Z A; 4QT7 A; 2CRE A; 2BTT A; 2DMO A; 2F2X A; 3EHR A; 1YNZ A; 1ARK A; 1AWX A; 5IXB A; 1Y57 A; 2DRK A; 2KBT A; 1H3H A; 2RMO A; 2JMC A; 1M27 C; 2JTE A; 1W6X A; 3PVL A; 1QLY A; 2J6O A; 2YUP A; 4K11 A; 2DM1 A; 5IHI A; 1NYF A; 2DRM A; 2LZ6 B; 1CKA A; 1N5Z A; 3CQT A; 3UF4 A; 5L23 A; 3JV3 A; 2LNH B; 4LNP A; 2LMJ A; 2KRO A; 4OMO A; 1YWP A; 3PVQ A; 1M3B A; 2KRM A; 4WCI A; 2PZ1 A; 1CKB A; 2RQT A; 1QWF A; 2LJ1 A; 2V1Q A; 3VS3 A; 2LCS A; 3RNJ A; 2D8H A; 2DJQ A; 1GFC A; 5I11 A; 3UA7 A; 4D8D A; 3PE0 A; 3UA6 A; 1GBQ A; 2JS0 A; 1T0J A; 1E6H A; 2LJ0 A; 4RTX A; 2J6K A; 1UE9 A; 5FWB A; 1QCF A; 1K0S A; 2J6F A; 2W10 A; 2AKL A; 1S1N A; 2VWF A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2DE0 X; 1VQO A; 2LQW A; 4E47 A; 2DTI A; 2YLB A; 2XDP A; 1UDL A; 3CXC S; 4CC7 A; 5CAI A; 2LVM A; 1AEY A; 4FIB A; 4F7U E; 5KYU B; 4Z89 A; 3S3O A; 1K4U S; 4E7S A; 2EVR A; 5KE2 A; 2JM9 A; 1PHT A; 1PD1 A; 2K3B A; 4A4E A; 1BI1 A; 4RTZ A; 1AD5 A; 2Y90 A; 1YCY A; 3L2U A; 3MEU A; 4PJO G; 4DEX A; 2ZAE A; 1M90 C; 1M1F A; 1ZA1 B; 2RN8 A; 2KRN A; 3OMG A; 2SEM A; 1VQ6 A; 4M7D G; 2KY9 A; 4EMK A; 3RUX A; 1VOM A; 2O31 A; 4E7Z A; 1TOV A; 4M7A D; 4PJL A; 2LDM A; 1R0C B; 3CME Q; 4BY6 B; 2CP3 A; 2NYS A; 3E2U A; 1AZG B; 2ED0 A; 4L59 A; 3H0H A; 3CD6 Q; 3V8L A; 4DBQ A; 2F1L A; 3EGD B; 3O5Z A; 2ZPE B; 2E6Z A; 2DEQ A; 4PJM A; 1D3B B; 2CP2 A; 5DLO A; 2OAW A; 3PGG A; 3VS1 A; 4V2S A; 3MEV A; 5LJ5 g; 4DEY A; 3L2V A; 3LH5 A; 1YHQ Q; 2CH4 W; 1WQW A; 3MP6 A; 2GTO A; 3FRN A; 1XNI A; 3KUF A; 2A0F B; 1MND A; 4PJN A; 1X75 C; 2DZC A; 4A4G A; 2E65 A; 1M3C A; 4J9E A; 3M58 A; 4BE2 A; 3G71 A; 4PL6 A; 1H92 A; 4OB0 B; 1Y96 B; 2FEI A; 2RD1 A; 1VYV A; 2KVQ G; 5CCA A; 4LDW A; 1Q7Y U; 3G4S A; 3MEA A; 1YI2 A; 5L8R E; 3ZEH A; 5GAM e; 2LX9 A; 4Z88 A; 2KNB B; 1N9S A; 2OX7 A; 3VJP A; 2DNU A; 3NFC A; 1F1B B; 2RHX A; 3I5S A; 4JRQ A; 1ZHI A; 1RAC B; 1SRL A; 2E5Q A; 4Z02 A; 1VQM A; 1T3S A; 2CZ6 B; 2DXT A; 1K73 R; 3A8G B; 1SKU B; 3NTH A; 4LDX A; 5KYY A; 2YSQ A; 1M1K C; 4J6X A; 2KYB A; 2V1R A; 1QVF S; 2CT3 A; 1G3Y A; 2K2M A; 2V26 A; 3HSB A; 1T3L A; 2GFA A; 1UB4 A; 4AFQ C; 2O4X B; 3EFR A; 2Y4Y A; 1BK2 A; 1G3S A; 2BE7 D; 2ABL A; 4BDY A; 2RI2 A; 3F70 A; 2DIG A; 3GNF B; 2QQ9 A; 5FU7 B; 3EG3 A; 1GRI A; 1S72 A; 5FRO A; 4KH1 B; 1ZBX A; 1QW1 A; 1BCM A; 2KAF A; 4PJO C; 3M0S A; 3CCR Q; 1ZSG A; 1IRX A; 1VQ6 T; 4EMK B; 2VYT A; 2GFU A; 1WXB A; 2FL7 A; 4M7D C; 2G6F X; 3CXC P; 3HL8 A; 2A28 A; 4ZTF A; 4LD6 A; 1OX9 A; 2E64 A; 4C92 D; 1MHN A; 2XG8 D; 2D8J A; 3G1J A; 3G6E Q; 1IHV A; 4CI0 C; 1ZUU A; 5J39 A; 5KYX A; 2BKD N; 5ECA A; 3O8V A; 1WFW A; 1KIK A; 1VQO Q; 2YRV A; 1IO6 A; 2BZ8 A; 4M75 C; 1QQJ A; 1NEB A; 4A54 A; 1H8K A; 1NBE B; 4A63 B; 3PIO A; 4M75 A; 3GOX A; 4O5V A; 2HSE B; 2LX7 A; 1WGS A; 1VQK T; 1SSH A; 2LQK A; 2YXY A; 3GP8 A; 2DXU A; 2XHC A; 4M78 F; 3N5B B; 2Z0W A; 1PKT A; 3OYC A; 3BW1 A; 3DLM A; 4ESR A; 3CPW A; 2HL3 A; 3MHX A; 5CR2 A; 4M78 G; 2OTL T; 1VQ6 Q; 4ZTJ A; 1BB9 A; 1NM7 A; 4B6M A; 2KT8 A; 3EG1 A; 1GFD A; 1GCP A; 2RHZ A; 4XU0 A; 4J9G A; 4LUD A; 3OYI A; 4M7A A; 3OYE A; 4PKC C; 2PVG B; 3SB2 A; 2QAZ A; 4DBF A; 2DER A; 5M9O A; 2X4X A; 2OTJ T; 2ZZD A; 5GAN 2; 3CCV A; 3VS4 A; 1HYO A; 4LDV A; 4M77 E; 3X20 B; 3PT9 A; 5FWC A; 2PUO B; 2AK5 A; 3OYJ A; 4OP0 A; 5KYY B; 1M1G A; 3QHS A; 3RBB B; 2O88 A; 4GBQ A; 2L5Q A; 3OYD A; 2XDD A; 1WIE A; 3OYM A; 2X51 A; 2FHD A; 3PNW C; 3CC2 T; 3L2W A; 3G71 Q; 5GAN j; 2V8J A; 4JLI A; 4C0D C; 1YCS B; 1JEG A; 1TU0 B; 1ZA2 B; 1XTD A; 2V8I A; 3MCA B; 4KGV B; 5A0D A; 3SWN A; 2CP7 A; 1RAH B; 3RIR A; 3G4S Q; 3HFN A; 1YI2 Q; 1S72 T; 2DA9 A; 2JVV A; 2EYW A; 2HBP A; 2EFI A; 2LT4 A; 2MI6 A; 1EFN A; 2FZC B; 2K2V A; 3CCQ A; 1I1J A; 2MF2 A; 1QCN A; 1QVF P; 4BUG A; 1WHL A; 1Q81 U; 1Q82 R; 2CT4 A; 2RI3 A; 4RTT A; 1VQM Q; 1T0H A; 3H6Z A; 4F04 B; 1LVK A; 1SG5 A; 4DBR A; 2FYK A; 2L3Q A; 1TXQ A; 2K6D A; 1U06 A; 3Q1J A; 4CC4 B; 4A4F A; 1HSQ A; 2AKK A; 2X35 A; 3L2Z A; 5CKD A; 1VQ7 A; 2LQN A; 4F17 A; 1VQ4 T; 4X1V A; 3EG0 A; 2RQV A; 2ZCF B; 2CUD A; 1C0M A; 2QDL A; 2NUT A; 1Q86 R; 1AVZ C; 5GAM d; 2LP5 A; 3OBY A; 3VS6 A; 2EQU A; 4F7U A; 2C0T A; 4AG1 C; 1OYX A; 1RI0 A; 3OW2 A; 1TSF A; 3X24 B; 2MYS A; 2OAU A; 1D09 B; 3CCU T; 2D0N A; 2K3X A; 1FWZ A; 1X27 A; 4M7A B; 5IHN A; 4C92 A; 5KCO A; 2CRE A; 1YNZ A; 5LJ5 e; 1ARK A; 2JTE A; 3EFS A; 1W6X A; 4LDY A; 4LXC A; 4IUV A; 2QEX A; 2DM1 A; 5IHI A; 2M02 A; 4EMG A; 3CQT A; 1KQ2 A; 3UF4 A; 1W2B S; 1NPR A; 1H3Z A; 4EDU A; 4PJO E; 2LNH B; 5HY6 A; 4OMO A; 1YWP A; 3JCM X; 4HCC A; 1I81 A; 1M3B A; 4M7D E; 2JOY A; 1NJI C; 2RQT A; 3LH0 A; 2V1Q A; 2QGG A; 2DJQ A; 2CP6 A; 1G5V A; 1GFC A; 3DB4 A; 1K9M R; 2JTM A; 3FIF A; 3DKM A; 3J7A F; 1ZSZ A; 2QQS A; 3CCS Q; 2LCC A; 1K0S A; 2L3R A; 2QA4 T; 2K4Y A; 5DY9 A; 4XTY A; 3PFS A; 2ZPG B; 3CCQ T; 2RK1 A; 2YUN A; 4FYX B; 4JRI A; 4RTU A; 1IRE B; 2KXD A; 2MCN A; 3CCV Q; 3CPF A; 4XTW A; 2F2W A; 9ATC B; 3UPU A; 1YJN A; 1BYM A; 3CCE T; 3QXE B; 2FPF A; 2ENM A; 1HJD A; 5IT9 E; 2K9G A; 3X25 B; 1MNE A; 2P0Q A; 1WNL A; 3CCL A; 1K0X A; 4R0K A; 1AWO A; 4JLG A; 1VQP A; 2X3W D; 5LJ5 h; 5FU6 C; 3CC7 A; 1R0B G; 4MDW A; 1QKX A; 1VQ7 T; 3GF5 A; 4ZNX A; 2P84 A; 4C5I A; 5CVI A; 1FXX A; 1G83 A; 4RTW A; 3TVT A; 2NUT B; 4MZM A; 1K9A A; 1QKW A; 7AT1 B; 3T9N A; 2VUB A; 4A4H A; 3VS7 A; 2JM8 A; 3JB9 J; 1KQ1 A; 2EGC A; 5GAN g; 2D9T A; 8AT1 B; 3OA6 A; 4GY5 A; 3CMA A; 4C5H A; 1VQN T; 4HXJ A; 3OYB A; 2HL5 C; 5CKE A; 1JJ2 A; 2CYZ B; 1BI3 A; 1KQS P; 1Q81 R; 4DBH A; 4C92 B; 2QTV A; 2EGE A; 1KD1 R; 4C8Q G; 1K73 U; 1RI9 A; 3NTK A; 1UGS B; 1YWO A; 2CZ7 B; 3GLX A; 4NL3 A; 3RES A; 2K79 A; 2XID A; 4L6V 5; 4JUV A; 1MMD A; 3OBW A; 4J5Y A; 3SEM A; 4HCZ A; 2F5K A; 2QAS A; 1JU5 C; 1VA7 A; 1M9S A; 2QTX A; 1BIA A; 3SFM A; 3E19 A; 1K76 A; 5KCH A; 2A08 A; 4F16 A; 2I0N A; 4PJO D; 1AT1 B; 3UT1 A; 3S6W A; 2DO3 A; 5C0M A; 4JZ3 A; 5GJW B; 1B7T A; 3QYH B; 4M7D D; 2QK0 A; 3E9F A; 3OYF A; 4IUU A; 2C0I A; 3LGF A; 1ZSZ B; 5FW9 A; 2CDT A; 2X3X D; 4C5E A; 3CME T; 2RHY A; 3V7C A; 1NEG A; 1KFZ A; 4HVU A; 1RL2 A; 4R55 A; 4BDZ A; 2QGF B; 1P92 A; 2EBP A; 4LUE A; 2MWO A; 3JCM J; 4M75 D; 2DL5 A; 1LJO A; 4FSX A; 2QEX Q; 1D0Y A; 2A36 A; 2DYI A; 2XMF A; 4DQ2 A; 3X26 B; 5GMK h; 3EFO A; 2HSP A; 1YHQ T; 1N8R R; 3OYN A; 3GPL A; 5GAO q; 1QVG A; 1ZUK A; 1FYN A; 3QDR B; 4OML A; 4M77 C; 4M78 E; 2SRC A; 3CCL T; 3VRY A; 5GAO n; 4C0Z A; 4EPC A; 3H9N A; 4BI4 A; 1ZBJ A; 2MAM A; 2EYY A; 4RTV A; 2MWP A; 2LT1 A; 1YJW A; 1PKS A; 3HP9 A; 3QKJ A; 2HQH A; 2BZX A; 2KYM A; 1GCQ C; 1X43 A; 2GTJ A; 3V7R A; 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