The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
15
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sequence length |
57
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structure length |
57
|
Chain Sequence |
KRYRAVYDYSAADEDEVSFQDGDTIVNVQQIDDGWMYGTVERTGDTGMLPANYVEAI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
LIM and SH3 domain protein 1
|
| publication title |
Human SH3 domain of protein LASP1
rcsb |
| source organism |
Homo sapiens
|
| molecule tags |
Transport protein
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| total genus |
15
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| structure length |
57
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| sequence length |
57
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2009-06-30 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF14604 | SH3_9 | Variant SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2A08 A; 3NMZ C; 1OPK A; 2JMA A; 1JEG A; 4HXJ A; 1FYN A; 1T3S A; 3NPF A; 2D8J A; 2O9V A; 2PZ1 A; 1QWF A; 1RI9 A; 3LH5 A; 2A37 A; 1PRM C; 1UEC A; 2ENM A; 3M0U A; 2AZV A; 2YUP A; 1GCQ C; 2KT8 A; 2C0O A; 2FRW A; 2K9G A; 2L3P A; 1WYX A; 1WA7 A; 4ESR A; 2FEI A; 1SSH A; 1QKW A; 4JJD A; 2ECZ A; 1PHT A; 5HCK A; 1GBR A; 1M3B A; 2DF6 A; 2BTT A; 1KSW A; 4AFQ C; 2CDT A; 1I07 A; 1UUE A; 1AZG B; 3THK A; 2DM1 A; 1YNZ A; 2D8H A; 1SRM A; 1UGV A; 4D8K A; 2OAW A; 2EGA A; 1U3O A; 2YUN A; 2DBK A; 1YCS B; 2EW3 A; 4DEX A; 1NYG A; 2DIL A; 2JS0 A; 2PTK A; 3M0P A; 2VKN A; 4DEY A; 2KT1 A; 1MV3 A; 2CH4 A; 2CSI A; 3I35 A; 1UG1 A; 2O88 A; 1H8K A; 2LNH B; 2J6K A; 1VYT A; 2YT6 A; 3TSW A; 3FJ5 A; 1X27 A; 1H3H A; 2K79 A; 4FSS A; 2K3B A; 4LNP A; 1N5Z A; 1ZUY A; 2DL4 A; 1AZE A; 5EC7 A; 2M51 A; 2E5K A; 1IO6 A; 1YN8 A; 2I0N A; 1ZUK A; 3ZL7 C; 2JXB A; 1HJD A; 1BB9 A; 2F2X A; 4R0K A; 2YDL A; 4RTX A; 4J9H A; 1GL5 A; 2QDL A; 1E6G A; 2FRY A; 4KRT A; 2EGC A; 2KEA A; 3UF4 A; 1U06 A; 1YWO A; 4Z89 A; 2ED0 A; 2CUD A; 1I1J A; 3H0F A; 5ECA A; 2LZ6 B; 3A98 A; 1UFF A; 3EHQ A; 4LUE A; 2LMJ A; 2X3W D; 1GCP A; 2P4R A; 1W1F A; 2DL3 A; 2CT3 A; 2CRE A; 1NEB A; 2KBT A; 1GFC A; 2M0Y A; 4LUD A; 4RTU A; 1QCF A; 1E6H A; 2AK5 A; 4OMM A; 4RTT A; 2VWF A; 2HCK A; 2YUO A; 1NLP C; 1VA7 A; 2CH4 W; 3EGU A; 4F16 A; 2J6F A; 1SHG A; 3VS6 A; 2JTE A; 2JMC A; 4OMP A; 5FWC A; 2EGE A; 1ZSG A; 2KXD A; 1K9A A; 1X2Q A; 1M8M A; 5FW9 A; 1WI7 A; 2LX7 A; 1MUZ A; 2GGR A; 2KGT A; 2XMF A; 1Z9Z A; 2RQU A; 2SRC A; 2ROL A; 2HEQ A; 3TSZ A; 5IXB A; 4OMQ A; 2CSQ A; 4JJB A; 4WCI A; 2CUB A; 1B3Q A; 3M0T A; 2DMO A; 1RLQ C; 3H0H A; 3JV3 A; 4RUG A; 1GRI A; 4HCK A; 2A36 A; 2W0Z A; 1SEM A; 1FMK A; 5IH2 A; 4K11 A; 2ED1 A; 4F17 A; 3NGP A; 1WXB A; 3VRY A; 1X6B A; 2A28 A; 4A63 B; 2L0A A; 1TG0 A; 4Y92 A; 1E7O A; 1W70 A; 1BU1 A; 4J9D A; 4RTV A; 2X3X D; 4EIK A; 1U5S A; 1G2B A; 1BBZ A; 2L3Q A; 2MIO A; 4LE9 A; 1AD5 A; 2GQI A; 1VYU A; 2EPD A; 4AFU C; 5L23 A; 3SEM A; 1NG2 A; 3M0R A; 1X2K A; 4GBQ A; 4RTW A; 4AFS C; 3EG2 A; 3UA7 A; 1Y0M A; 4M4Z A; 1K1Z A; 4J9G A; 2O31 A; 2NWM A; 3RBB B; 4CC2 A; 1CKB A; 4J9E A; 1ABO A; 1JXO A; 2BZ8 A; 2K6D A; 2FG0 A; 4IIM A; 2LQN A; 1QKX A; 2RQT A; 5IHI A; 1W6X A; 4OMN A; 3RNJ A; 3UAT A; 1JXM A; 2KR3 A; 1SPK A; 4J9I A; 3M0S A; 2KXC A; 1NEG A; 3ULR B; 1HSQ A; 2AZS A; 1B07 A; 2H8H A; 2D0N A; 1ABQ A; 1UE9 A; 1T0J A; 2EKH A; 1M3C A; 1RUW A; 1YWP A; 1NM7 A; 4OMO A; 1ARK A; 1WDX A; 1H92 A; 4RTZ A; 4JPB W; 2DL5 A; 2JS2 A; 4QT7 A; 1UDL A; 1AWJ A; 1WX6 A; 2DA9 A; 5I22 A; 2JM8 A; 2RPN A; 3VS7 A; 2YUQ A; 1X43 A; 4JJC A; 3VS2 A; 3R6N A; 1ZUU A; 1OEB A; 1JU5 C; 4IIO A; 5IHN A; 2GNC A; 1ZBJ A; 2PNI A; 1OPL A; 4AG1 C; 3EG1 A; 2OI3 A; 3VS5 A; 1K4U S; 3GBQ A; 4RTY A; 1AWW A; 2RMO A; 3VRZ A; 2IIM A; 3PVQ A; 4J9B A; 4F14 A; 2RQW A; 1M3A A; 2JT4 A; 5FWB A; 1X6G A; 2W10 A; 2ABL A; 1UJY A; 5IXF A; 2J06 A; 1GBQ A; 2DRK A; 1OV3 A; 2LJ0 A; 1WXT A; 1PNJ A; 1SRL A; 3H0I A; 1QWE A; 4LN2 A; 3SHW A; 1JQQ A; 2C0I A; 3VS0 A; 2DE0 X; 2DNU A; 2ESW A; 4HVW A; 2F2V A; 2MCN A; 2FPD A; 1MV0 B; 2J7I A; 2RN8 A; 2HBW A; 3I5R A; 3VS1 A; 1UHC A; 1WIE A; 2VVK A; 4J9C A; 2CT4 A; 2OJ2 A; 1BK2 A; 3M0Q A; 2L2P A; 2L3S A; 1UHF A; 1ZLM A; 2FO0 A; 2SEM A; 1M30 A; 4ZNX A; 2RF0 A; 1HD3 A; 1UJ0 A; 1T0H A; 5IHK A; 1KJW A; 1CKA A; 2F2W A; 2KNB B; 1PKS A; 2KRM A; 1CSK A; 3PE0 A; 4AG2 C; 2C0T A; 2EYY A; 2DRM A; 2KRS A; 2DL7 A; 1GFD A; 1K0S A; 2DBM A; 3VS3 A; 2EVR A; 4CC3 A; 1V1C A; 3EG3 A; 2DLP A; 1PRL C; 3KFV A; 5GJW B; 4JZ3 A; 4ORZ A; 3U23 A; 2KE9 A; 2V1Q A; 1AOJ A; 3VS4 A; 3I9Q A; 2YSQ A; 3O5Z A; 2AKL A; 2EQI A; 2LJ3 A; 2HDA A; 1NYF A; 2BZX A; 1ZX6 A; 1X69 A; 5I11 A; 2G6F X; 3REB B; 3CQT A; 4Z88 A; 2EBP A; 2KRN A; 4HVU A; 4E6R A; 1K0X A; 4D8D A; 1YP5 A; 2D1X A; 2LP5 A; 1AWO A; 2RQV A; 4OML A; 1AVZ C; 2J6O A; 2ROT A; 2GTJ A; 3REA B; 3EG0 A; 1WFW A; 2B86 A; 4GLM A; 2V1R A; 1Z9Q A; 2DL8 A; 2LQW A; 2LCS A; 1I0C A; 1VYV A; 3QWX X; 1RLP C; 1XOV A; 1OOT A; 2EYZ A; 2K7A A; 4J9F A; 1G83 A; 2RNA A; 2EYX A; 1EFN A; 2KYB A; 1UTI A; 2LJ1 A; 4JZ4 A; 2JW4 A; 3UA6 A; 2DVJ A; 2GTO A; 1KIK A; 2KRO A; 4CC7 A; 2KYM A; 2DJQ A; 1TUD A; 2NUZ A; 1M27 C; 2O9S A; 3I5S A; 4X1V A; 1NLO C; 1TUC A; 2DYB A; 3C0C A; 2K2M A; 3EHR A; 3NHN A; 4Z8A A; 1WLP B; 1S1N A; 1JO8 A; 2DX1 A; 2RQR A; 3IQL A; 1J3T A; 1AEY A; 4HVV A; 3PVL A; 1SHF A; 1KFZ A; 2FPF A; 1PKT A; 5GJV B; 1T3L A; 2FPE A; 1AWX A; 3H41 A; 1Y57 A; 2JM9 A; 2HSP A; 1A0N B; 1LCK A; 3QWY A; 2MOX A; 3TVT A; 2BZY A; 2EYW A; 1GCQ A; 2AKK A; 2O2O A; 4AFZ C; 1PWT A; 1K76 A; 4CC4 B; 1QLY A; 1WXU A; 2J05 A; 2GBQ A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1ZHI A; 2A08 A; 2RJD A; 2XID A; 1OPK A; 1Q82 C; 1QVF A; 3KBG A; 5A2Q E; 1FYN A; 2O9V A; 2WAC A; 2RJF A; 3MKD A; 2PZ1 A; 2V8K A; 4M7A B; 3PTA A; 5D6Y A; 1UEC A; 3NFC A; 3M0U A; 2AZV A; 3OW2 P; 2D6F A; 2L3P A; 1YJ9 T; 2OTL A; 4A4K A; 3N5B B; 2DF6 A; 3MPU B; 1KSW A; 3BDU A; 2BUD A; 2CDT A; 4KGV B; 1NE8 A; 1I07 A; 3THK A; 1YNZ A; 2XI9 A; 2D8H A; 4D8K A; 2M1H A; 3G6E Q; 4BY6 B; 1M5Q 1; 2HQE A; 1VQ5 T; 3G6E T; 3OYB A; 2CSI A; 1O75 A; 4M75 G; 1NJI U; 2FB7 A; 1UG1 A; 4E7I A; 2QI2 A; 2HL5 C; 2V26 A; 2O88 A; 3QSU A; 1H8K A; 2LNH B; 3CPW P; 1S72 Q; 5GAM f; 4LNP A; 1N5Z A; 2DL4 A; 3HFN A; 2XKO C; 2M51 A; 1IO6 A; 2ZPB B; 5DM7 R; 5FU7 C; 4X34 A; 2P84 A; 5KE2 A; 1BCO A; 4RTX A; 4M7A G; 1VQ8 Q; 1GL5 A; 2IG0 A; 3OY9 A; 2CYZ B; 5AT1 B; 4KRT A; 2EGC A; 1YWO A; 1KD1 R; 3H0F A; 4XU1 A; 2LZ6 B; 3L2R A; 1KQS A; 4LUE A; 2AIR B; 4M77 F; 1GCP A; 2P4R A; 3INZ A; 1VIF A; 3I55 Q; 1VQ8 T; 2KBT A; 4RTU A; 3J7A F; 1QCF A; 4PJO F; 3CXC A; 5KCO A; 3QII A; 2RJC A; 3OYF A; 2YUO A; 1NLP C; 3EGU A; 4F16 A; 2LQK A; 4F04 B; 2RI5 A; 3I55 T; 2DTI A; 2VGM A; 2QTV A; 1ZSG A; 1VUB A; 2HMA A; 1X2Q A; 3E1S A; 4DBH A; 2QQS A; 3QDF A; 2KGT A; 4M75 A; 1KD1 C; 1N27 A; 4LXC A; 1LOJ A; 2C06 A; 2DIG A; 2HEQ A; 3TSZ A; 4KUL A; 2CSQ A; 4JJB A; 4WCI A; 1YI2 T; 1B3Q A; 5FU6 C; 1RLQ C; 2JJ9 A; 1BI3 A; 2LT4 A; 4IUQ A; 1FMK A; 5HKC A; 1MMA A; 2DEU A; 1PCX A; 4PFP A; 4A54 A; 1YJN A; 4M75 C; 2A28 A; 4M7A A; 2MMP A; 2L0A A; 1Y96 A; 1TG0 A; 4Y92 A; 2OAU A; 4M78 F; 3GP8 A; 1E7O A; 2K3Y A; 1PD0 A; 2LRQ A; 2QGF B; 4BI3 A; 2X3X D; 4LDW A; 3CCE T; 1BBZ A; 1X75 C; 1K9M R; 3GPL A; 1AD5 A; 1KHI A; 5CQY A; 2X4X A; 1NG2 A; 1VQO A; 4WTO B; 4HCB A; 3M0R A; 4M7A C; 1H3Z A; 5M9O A; 4M4Z A; 4J9G A; 3RBB B; 4CC2 A; 1CKB A; 1ABO A; 2BZ8 A; 3VUZ A; 4MDW A; 4KGX B; 4LD9 K; 3RMS A; 4A53 A; 2KSS A; 2L5Q A; 1QKX A; 2RQT A; 5IHI A; 1VQ9 A; 3L2Q A; 1K9M C; 2LDM A; 1SPK A; 4J9I A; 3M0S A; 2KXC A; 1WJR A; 2EQU A; 4BY6 C; 3ULR B; 2FVU A; 4C8Q F; 1P92 A; 1B07 A; 2H8H A; 2D0N A; 3JCM W; 1VQM T; 2DPP B; 1M3C A; 4QQG A; 1YWP A; 4C92 F; 1NM7 A; 4OMO A; 2HD0 A; 1M90 U; 1OZ2 A; 4EDU A; 4QT7 A; 3VJP A; 1WX6 A; 2DA9 A; 4QVZ A; 2QDY B; 2NLU A; 2X51 A; 1JB0 E; 3PT9 A; 1JU5 C; 2ZPE B; 4IIO A; 3CBP A; 3OQ5 A; 1MNE A; 5GAN 8; 1RAI B; 3EG1 A; 3LH0 A; 1K4U S; 1VQ7 Q; 5GAN 4; 4RTY A; 2ATC B; 1OI1 A; 3JCM g; 2IIM A; 2M0O A; 4C8Q E; 3PVQ A; 1EX4 A; 2MWP A; 3JB9 I; 1O9S A; 4C92 E; 1TU0 B; 4OB3 B; 2ABL A; 2HSE B; 1S72 A; 3UPU A; 2J06 A; 3QYG B; 3FEO A; 1PNJ A; 1QWE A; 4LN2 A; 1JQQ A; 2CGH A; 4M77 B; 2O01 E; 4CRI A; 2DE0 X; 1BYM A; 4HVW A; 5GAN g; 5CQX A; 1WNL A; 5GAM h; 3ZEH A; 3JCM X; 2HBW A; 3I5R A; 4PJO B; 3V8K A; 3GF5 A; 5GAN 5; 3OYE A; 1UHC A; 3EFS A; 1U1S A; 3RKX A; 3GNF B; 1M1F A; 3CCU Q; 5LJ5 j; 1VQ4 Q; 2L3S A; 3E9G A; 1Q86 R; 3DLM A; 1VQ6 Q; 5CR2 A; 5KCH A; 1ZLM A; 2SEM A; 2K5I A; 3CCS Q; 1LNX A; 3CCU T; 5IHK A; 1YJW A; 4E47 A; 2F2W A; 1VQ4 T; 1VQ6 T; 1NBE B; 3HPW A; 2Y90 A; 3PNW C; 4C0Z A; 1B7T A; 1D0X A; 1WPY A; 4AG2 C; 3RDV A; 4QVD A; 3QKJ A; 2C0T A; 1FXX A; 4ZGJ B; 2EVR A; 3EG3 A; 3URG A; 2VXF A; 3LWI A; 1W4S A; 2HNI A; 1AOJ A; 4X9D A; 1W2B S; 3TEE A; 3FJP A; 2YSQ A; 2HDA A; 3V7R A; 2YLC A; 1VQP A; 4OB0 B; 3MEA A; 4M78 B; 3QBY A; 2FZK B; 1EZZ B; 1C0M A; 3CCL A; 2JOY A; 3A8M B; 2R58 A; 2JVV A; 2DD4 A; 1QVG P; 1IB8 A; 4M77 G; 3OYJ A; 1RAG B; 2J6O A; 2DEQ A; 1OX8 A; 2GTJ A; 4PJO G; 3CCJ Q; 3FIF A; 4JUV A; 2DL8 A; 1N6A A; 2F5T X; 1RAH B; 1OU8 A; 3OMC A; 4PKC C; 2JW4 A; 3LGF A; 2E3I A; 4NL2 A; 1KK7 A; 5GAO l; 4LDX A; 2DVJ A; 1MGQ A; 2KRO A; 1Q7Y U; 3JCM P; 2RHU A; 2DJQ A; 4FIB A; 4BDY A; 4C8Q B; 3HTR A; 5A0G A; 5GAN j; 1NLO C; 2K2M A; 3EHR A; 4ZTJ A; 3L42 A; 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4F7U E; 2CH4 A; 2XD0 A; 3M58 A; 1WJS A; 2FZC B; 3OS1 A; 1FMW A; 3E9F A; 3HRT A; 2J6K A; 1MMD A; 3M56 A; 3TSW A; 3FJ5 A; 1H3H A; 2K3B A; 1JJ2 S; 4R56 A; 3Q1J A; 4M78 C; 3KUF A; 1WHH A; 1OZ3 A; 2E5K A; 2I0N A; 1ZUK A; 2OTJ A; 2JXB A; 1HJD A; 1BI0 A; 2F2X A; 1SG5 A; 3OYG A; 2YDL A; 1GXI E; 3CCR Q; 3DLL A; 4BE2 A; 2FRY A; 4V2S A; 4Z89 A; 3PFS A; 5CVI A; 2ED0 A; 2CUD A; 1I1J A; 5ECA A; 3A98 A; 2OX7 A; 1W1F A; 2DL3 A; 2HQH A; 1NEB A; 2M0Y A; 3CCR T; 1Q95 G; 4C8Q A; 1E6H A; 2YRC A; 3A5Z B; 2AK5 A; 4RTT A; 2L89 A; 4C92 A; 3R6O A; 6AT1 B; 1KD1 U; 2MI6 A; 2CH4 W; 3OSV A; 2J6F A; 1R77 A; 2JMC A; 1PC0 A; 2KXD A; 1YIJ A; 1XJW B; 1M8M A; 5FRN A; 4JRK A; 1V76 A; 4MZT A; 1WI7 A; 4IUR A; 2XMF A; 3LGL A; 4VUB A; 4C8Q C; 2KAF A; 4FCY A; 2L8D A; 3JCM Q; 2ROL A; 2E6Z A; 4OGC A; 4XU0 A; 4C92 C; 4ZN1 A; 5L8R E; 1D0Y A; 3M0T A; 5DLO A; 1YJ9 Q; 5FRM A; 3X26 B; 3H0H A; 4KH0 B; 2YLB A; 3RIR A; 3WVD B; 3QDR B; 1Y96 B; 5LJ3 j; 3CME A; 1SEM A; 4ZGE B; 5IH2 A; 5GAN 2; 3OYY A; 3CCM Q; 1W2B A; 1AHJ B; 4C0G A; 4JS4 A; 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