The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
15
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sequence length |
57
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structure length |
57
|
Chain Sequence |
KRYRAVYDYSAADEDEVSFQDGDTIVNVQQIDDGWMYGTVERTGDTGMLPANYVEAI
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Human SH3 domain of protein LASP1
rcsb |
| source organism |
Homo sapiens
|
| molecule tags |
Transport protein
|
| molecule keywords |
LIM and SH3 domain protein 1
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| total genus |
15
|
| structure length |
57
|
| sequence length |
57
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2009-06-30 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF14604 | SH3_9 | Variant SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2DA9 A; 1WDX A; 1MUZ A; 2H8H A; 4WCI A; 2KBT A; 4RTY A; 1MV3 A; 1ZUU A; 2QDL A; 2GQI A; 2DX1 A; 2FRY A; 4HVV A; 2KT1 A; 3LH5 A; 4E6R A; 1T3S A; 2VVK A; 3VS2 A; 1T0H A; 2DBM A; 5ECA A; 1ABO A; 3VS1 A; 1E6H A; 2V1Q A; 1WFW A; 3CQT A; 1AWX A; 1T0J A; 1ZUK A; 3REA B; 1QLY A; 2ECZ A; 1M27 C; 1A0N B; 1ABQ A; 1UHC A; 1TUD A; 2KE9 A; 3M0Q A; 1KFZ A; 4DEX A; 1QWE A; 1UJY A; 3NHN A; 1YCS B; 1UGV A; 2FO0 A; 1AZG B; 1RI9 A; 1TG0 A; 2JMC A; 2AK5 A; 2D1X A; 4J9E A; 1G83 A; 4LNP A; 3VS0 A; 2ESW A; 3A98 A; 1NM7 A; 4HVU A; 2DVJ A; 3PE0 A; 2BTT A; 2CSQ A; 4J9C A; 1SHF A; 1AZE A; 1KIK A; 2K2M A; 2DF6 A; 1ZSG A; 2D8J A; 3TVT A; 2RPN A; 1FMK A; 2O88 A; 1K4U S; 4GBQ A; 1OPK A; 1HD3 A; 1M3B A; 2EGC A; 4RTW A; 4J9H A; 1H8K A; 1SHG A; 1HJD A; 2FEI A; 4QT7 A; 1K0X A; 2P4R A; 5IXF A; 1QWF A; 2DL5 A; 4AFZ C; 1ARK A; 1Y57 A; 3VS4 A; 2DNU A; 4X1V A; 1B07 A; 1WLP B; 2KNB B; 1YN8 A; 3M0R A; 2KEA A; 1UG1 A; 4AG2 C; 3EG1 A; 1UHF A; 3FJ5 A; 2VKN A; 1E6G A; 1XOV A; 1AEY A; 3EG2 A; 1NLO C; 1K1Z A; 3H0F A; 4AFU C; 1UE9 A; 2FRW A; 2LNH B; 1OV3 A; 1VYU A; 2DMO A; 2KYB A; 2JT4 A; 1M3C A; 3UA6 A; 2CH4 A; 4JJB A; 1FYN A; 1QKW A; 4IIO A; 5HCK A; 2EQI A; 3I5R A; 2JS2 A; 2GGR A; 2K7A A; 2CUB A; 1WI7 A; 4CC4 B; 1EFN A; 2I0N A; 2DJQ A; 2J6K A; 2KXC A; 1K9A A; 1MV0 B; 4J9D A; 2E5K A; 1OEB A; 1W6X A; 2A37 A; 2RN8 A; 1UDL A; 1U06 A; 1YNZ A; 2RF0 A; 2BZY A; 5IHI A; 2LQW A; 3NMZ C; 2ROL A; 4Z8A A; 2HSP A; 2LCS A; 3U23 A; 2C0I A; 2ED1 A; 3R6N A; 4JZ3 A; 1K0S A; 1GFD A; 3SEM A; 1V1C A; 1GCQ C; 1X2K A; 2L3S A; 2FPF A; 2KXD A; 4F16 A; 4KRT A; 2RQV A; 2OI3 A; 4R0K A; 2AZS A; 1ZLM A; 2D8H A; 2OAW A; 3KFV A; 3M0T A; 2DL8 A; 1NEB A; 2YUQ A; 4J9B A; 1SRL A; 2O2O A; 1I0C A; 2D0N A; 3I35 A; 5FWB A; 5IH2 A; 3GBQ A; 4A63 B; 1BU1 A; 1AD5 A; 1AVZ C; 4OMP A; 2L3P A; 2EYZ A; 2JTE A; 3O5Z A; 1NLP C; 4HCK A; 2EYY A; 2F2V A; 2YDL A; 3EHR A; 3VS3 A; 2MIO A; 3THK A; 1NYF A; 2L0A A; 2FPE A; 2V1R A; 2A28 A; 2K79 A; 1GFC A; 1ZUY A; 4J9G A; 2MOX A; 1I1J A; 1X69 A; 3SHW A; 1UUE A; 2YUO A; 3M0S A; 4OMQ A; 2NWM A; 4IIM A; 1NYG A; 3UA7 A; 2LMJ A; 1WXU A; 4D8K A; 5GJW B; 1PRM C; 2J06 A; 1X27 A; 2DRK A; 1U5S A; 5FWC A; 1BBZ A; 2K3B A; 1GBQ A; 3I9Q A; 2GTJ A; 2DIL A; 2F2X A; 1LCK A; 2O9S A; 3TSW A; 3RBB B; 1PRL C; 1WXB A; 4Z88 A; 1PKS A; 1SPK A; 4HXJ A; 2KT8 A; 4CC7 A; 4RTU A; 3TSZ A; 1IO6 A; 2K6D A; 1N5Z A; 1M30 A; 2ABL A; 1PHT A; 2JMA A; 4Z89 A; 1PKT A; 2SEM A; 1OOT A; 2BZX A; 4Y92 A; 1SEM A; 1CKB A; 1AOJ A; 1SSH A; 3PVL A; 1JXO A; 1Z9Z A; 4CC3 A; 2M0Y A; 1Y0M A; 4RTX A; 2PTK A; 1WIE A; 4LUD A; 3EG0 A; 1E7O A; 2EKH A; 1G2B A; 2DBK A; 4RTV A; 3H0I A; 4ZNX A; 2DM1 A; 2LJ0 A; 2CUD A; 1PWT A; 1T3L A; 4AG1 C; 1Z9Q A; 2KRM A; 3REB B; 3I5S A; 2CRE A; 2KR3 A; 4JJD A; 2F2W A; 1RUW A; 2EGE A; 1JU5 C; 2M51 A; 2JS0 A; 2XMF A; 1UTI A; 2C0O A; 2MCN A; 2ENM A; 1M3A A; 2J7I A; 2YUN A; 5FW9 A; 2JW4 A; 2AZV A; 1JQQ A; 2EBP A; 2DYB A; 1JEG A; 3JV3 A; 1SRM A; 1WA7 A; 2YSQ A; 2DL3 A; 2ED0 A; 1X6B A; 4FSS A; 2C0T A; 4RTZ A; 4ESR A; 2SRC A; 1GCP A; 4CC2 A; 1WYX A; 2CSI A; 1BB9 A; 2EYX A; 3H0H A; 3UAT A; 1AWW A; 1BK2 A; 2CH4 W; 1ZX6 A; 3VS7 A; 4AFS C; 1B3Q A; 3EGU A; 3M0P A; 4AFQ C; 1WXT A; 1GL5 A; 5IXB A; 4J9F A; 1X6G A; 2LP5 A; 1VYV A; 1KSW A; 2HDA A; 2NUZ A; 2CT3 A; 2DL7 A; 5EC7 A; 3EHQ A; 4RUG A; 3IQL A; 1GBR A; 3H41 A; 4OMO A; 2O9V A; 2GBQ A; 1PNJ A; 1K76 A; 2EW3 A; 2IIM A; 2KRS A; 2AKL A; 2K9G A; 2LZ6 B; 3QWX X; 4RTT A; 1NG2 A; 4GLM A; 1QKX A; 1X2Q A; 2CT4 A; 1CSK A; 2JM8 A; 1ZBJ A; 2A08 A; 2GNC A; 1NEG A; 3NPF A; 2HEQ A; 1VA7 A; 1JXM A; 2HBW A; 2LQN A; 2DLP A; 4EIK A; 4M4Z A; 2GTO A; 2LX7 A; 2YT6 A; 3QWY A; 2VWF A; 4K11 A; 1UJ0 A; 1YWO A; 4DEY A; 3ULR B; 1CKA A; 1U3O A; 5I22 A; 1W70 A; 4LN2 A; 1KJW A; 2JXB A; 2X3X D; 1GRI A; 2LJ1 A; 1YWP A; 2KYM A; 2J6O A; 2RQR A; 3RNJ A; 2FG0 A; 2EGA A; 5I11 A; 1RLQ C; 4OMN A; 2A36 A; 3PVQ A; 5GJV B; 1UFF A; 3NGP A; 3VS6 A; 1AWO A; 1AWJ A; 3VS5 A; 2ROT A; 5IHK A; 1QCF A; 1HSQ A; 2RMO A; 2G6F X; 4D8D A; 2AKK A; 2X3W D; 2O31 A; 4OMM A; 3VRY A; 1TUC A; 2RQU A; 1WX6 A; 2HCK A; 3VRZ A; 2B86 A; 2EYW A; 1H92 A; 2RQW A; 2OJ2 A; 2L3Q A; 3M0U A; 1OPL A; 3C0C A; 2KRN A; 2DRM A; 2KRO A; 1VYT A; 2PNI A; 5L23 A; 2YUP A; 2RQT A; 1H3H A; 1W1F A; 3ZL7 C; 2J6F A; 2KGT A; 4JPB W; 4F17 A; 4HVW A; 1X43 A; 2L2P A; 2JM9 A; 5IHN A; 4F14 A; 2EPD A; 2J05 A; 1I07 A; 2DE0 X; 2FPD A; 4ORZ A; 1YP5 A; 1JO8 A; 2DL4 A; 2BZ8 A; 1S1N A; 2CDT A; 2W10 A; 1RLP C; 2EVR A; 1GCQ A; 2PZ1 A; 3EG3 A; 4JJC A; 4LE9 A; 4LUE A; 1UEC A; 2W0Z A; 2RNA A; 2LJ3 A; 1M8M A; 4JZ4 A; 1J3T A; 3UF4 A; 4J9I A; 4OML A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1C0M A; 2K5I A; 4RTY A; 5GAN 7; 2GQI A; 3MP6 A; 2PUK B; 3CMA A; 1QVG A; 1XJW B; 3ZFJ A; 4M7A G; 1BI0 A; 1VIF A; 5D6Y A; 1WQW A; 3VS2 A; 3CCE T; 1T0H A; 2YWW A; 1VQ8 A; 1RAI B; 1YHQ A; 3L2V A; 3MJX A; 4M77 A; 2E1H A; 1YIJ Q; 2V1Q A; 4N4I A; 3CQT A; 1AWX A; 3MHX A; 4FT2 A; 3REA B; 1IRE B; 3E19 A; 4N0A A; 1H64 1; 2ECZ A; 1QVG P; 2XG8 D; 1S72 Q; 1VQ8 T; 3JCM X; 1UHC A; 4OGC A; 1KFZ A; 4DEX A; 5LJ5 f; 1QWE A; 3OYK A; 3M9Q A; 1UJY A; 1AZG B; 2E6N A; 2LDM A; 1TG0 A; 2EJ9 A; 2JMC A; 2NLU A; 4Y28 E; 3DLL A; 1KC8 R; 2D6F A; 3VS0 A; 1NM7 A; 4KT0 E; 1XNI A; 2DVJ A; 2PVG B; 1KHI A; 3FJP A; 1XQH A; 2LC4 A; 3VUZ A; 2HNI A; 3BDL A; 2DEU A; 4GBQ A; 4O6J A; 1HD3 A; 4E7H A; 4RTW A; 1WNL A; 5D7U A; 4FT4 A; 4C8Q A; 1H8K A; 4R56 A; 4AT1 B; 1ZSZ C; 1K0X A; 5CAI A; 4AFZ C; 1NJI R; 2KSS A; 4M78 D; 2KNB B; 2KY9 A; 5GAN d; 4PJO E; 2E41 A; 2M9U A; 4AG2 C; 3EG1 A; 3FJ5 A; 1C1A A; 2RHI A; 1Q82 R; 2X35 A; 1E6G A; 2LVM A; 1K73 C; 1AEY A; 3EG2 A; 1Y7X A; 3JCM V; 1Q81 U; 3J7A F; 2EYQ A; 3TEE A; 4PJL A; 1OV3 A; 1YFN A; 2KYB A; 2JT4 A; 3CXC A; 3UA6 A; 3A8G B; 4FCY A; 1QKW A; 2G3R A; 3SWN A; 2EWN A; 5IN1 A; 2QEX Q; 3CXC S; 2JS2 A; 3CEY A; 2K3X A; 4C8Q D; 3CCS A; 4CC4 B; 1EFN A; 4BUG A; 2F5T X; 2Y4X A; 3CCS Q; 1ZSZ A; 2RN8 A; 1U06 A; 1YJ9 Q; 5GAN 3; 3NMZ C; 2EIF A; 2MWO A; 4M77 F; 5LJ3 g; 2EQK A; 4PJO C; 4C92 A; 2LX9 A; 3CCQ Q; 4XAX B; 3OB9 A; 1VQ5 Q; 2QQR A; 3RUX A; 3QJ6 A; 3OYL A; 4BE2 A; 1YIJ A; 2RI3 A; 2Z0W A; 2R58 A; 4C8Q G; 2L3S A; 2RQV A; 3VYH B; 4R0K A; 4C92 E; 1VQL T; 3RMQ A; 1YIJ T; 2D8H A; 2LRQ A; 3D7S B; 5FLX E; 4QVZ A; 2E6Z A; 5DLO A; 5CIU A; 1X6O A; 1I0C A; 4FYW B; 2COY A; 3EGX A; 3F70 A; 3M58 A; 3GBQ A; 1OX8 A; 3ME9 A; 2NYS A; 1LOJ A; 2PU9 B; 2JTE A; 4N4G A; 4M7A B; 1M4Z A; 2DD5 A; 2P0P A; 3M4Y A; 2F2V A; 1YIT T; 3DKM A; 1NYF A; 4KGZ B; 4BE0 A; 2L0A A; 4XU0 A; 1GFC A; 5GAO q; 1VQN Q; 3DLM A; 2CZ1 B; 1I1J A; 3V7S A; 1UUE A; 2E12 A; 4E7J A; 2ZPH B; 2DAQ A; 2NWM A; 4IIM A; 4A4K A; 4ZGE B; 4OB0 B; 4FW1 A; 3EG9 A; 2ZPF B; 4OB2 B; 2J06 A; 4M7D F; 1TXQ A; 2VV5 A; 1RAB B; 2JTM A; 2RO0 A; 3CD6 Q; 4AMC A; 1VQP A; 5J3B A; 3PGG A; 4IUQ A; 2BE7 D; 1NBE B; 1LCK A; 2O9S A; 4Z88 A; 4NL2 A; 3QDF A; 2EQJ A; 4RTU A; 3CCR Q; 3TSZ A; 4EMK C; 2M1H A; 3CD6 T; 1IO6 A; 1PHT A; 3LYI A; 4XU1 A; 5I21 A; 3E2U A; 2H3E B; 1AOJ A; 4BDZ A; 1JXO A; 2ZAE A; 4XTZ A; 4RTX A; 2KVQ G; 2DJZ A; 2FHD A; 1WIE A; 4LUD A; 2F69 A; 3M54 A; 4IUV A; 3G4S Q; 3H0I A; 5L8R E; 3QBY A; 4X34 A; 1PWT A; 1T3L A; 1Q81 C; 3LGL A; 1M2O A; 3JCM e; 4JJD A; 2F2W A; 1JU5 C; 2RI5 A; 2XIC A; 5CQY A; 1I5O B; 1UTI A; 2C0O A; 2ENM A; 2FVU A; 1Y96 B; 2L89 A; 2E65 A; 4BY6 B; 1JQQ A; 1WJR A; 1JEG A; 1QVF A; 3JB9 I; 2CP2 A; 5FU7 B; 3GNF B; 4JDS A; 4ELZ C; 1D3B A; 5CKF A; 2DKG A; 4X9D A; 2DL3 A; 4M75 A; 4C5H A; 4M7A A; 5D6W A; 5KYX A; 4C0F A; 4CC2 A; 1WYX A; 3HTR A; 5A2Q E; 3N5B B; 1D1B A; 2L8D A; 4KUL A; 2EYX A; 3H0H A; 2F5K A; 3CCV T; 2CH4 W; 4AFS C; 2QA4 A; 2L3R A; 2LTO A; 1PCX A; 1WXT A; 4J9F A; 1MHN A; 3A8O B; 4FYY B; 4R55 A; 3O8V A; 4EMK B; 2NUZ A; 5HKC A; 2CT3 A; 2RJD A; 4BDY A; 4RUG A; 2OAU A; 4OMO A; 2M16 A; 7AT1 B; 1PNJ A; 3FIF A; 2LZ6 B; 3QWX X; 1I81 A; 4OVA A; 1NG2 A; 2CT4 A; 2A08 A; 1NEG A; 1YIT A; 1RL2 A; 4B6M A; 3M5A A; 3LX7 A; 5CR2 A; 2OTJ T; 2FZG B; 2O01 E; 2FYK A; 3WVD B; 3OY9 A; 1IHW A; 2KK4 A; 4QW2 A; 1KK7 A; 3X24 B; 1VOM A; 4DEY A; 3CC4 A; 3OW2 S; 3VU3 C; 4M7A C; 4B9X A; 4LN2 A; 1TS9 A; 4A53 A; 2JXB A; 1GRI A; 2NUP B; 5DM7 R; 3PT9 A; 1IZ6 A; 2FG0 A; 3MPU B; 1FMV A; 4XU3 A; 2ZZD A; 2WSE E; 3RIR A; 3PVQ A; 2GF7 A; 1G5V A; 1UFF A; 3RKW A; 1R8O B; 3ASK A; 1Q95 G; 3SWN C; 3CC4 Q; 3VS5 A; 4F7U F; 5IHK A; 1QCF A; 2VUB A; 1UEB A; 5GAM e; 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4D6W A; 3SWN B; 2VYT A; 2WAC A; 3OYJ A; 1PSF A; 4XQ3 A; 3CCQ T; 5HK3 A; 1RAA B; 4JLI A; 2FEI A; 1VQ7 T; 4M75 D; 4A4G A; 4M7A D; 3RR6 A; 1W2B S; 1OZ2 A; 2ZGW A; 1Y57 A; 1SSF A; 5GAN 2; 1B07 A; 1BYM A; 1WLP B; 1YN8 A; 2KEA A; 3RES A; 3A8M B; 1UG1 A; 3C94 A; 3MP1 A; 3CCQ A; 1PSE A; 3QYH B; 5GAO p; 3OYC A; 3SD4 A; 3H0F A; 3ZEH A; 3EH2 A; 4BE1 A; 3CCL A; 2P0Q A; 4JJN K; 2DMO A; 2MAM A; 5GAN j; 2CH4 A; 4PJO F; 4PJO B; 2ATC B; 2QQS A; 3AHU A; 2KDS A; 5HCK A; 1YHQ Q; 4WF2 A; 4M77 D; 3C4S A; 3P8B B; 2RB6 A; 4MZM A; 2EQI A; 3I5R A; 4EPC A; 3CCU T; 4M78 C; 2EFI A; 2QQA A; 4BI4 A; 1WI7 A; 4MZP A; 2KXC A; 3L2R A; 1MV0 B; 2E5K A; 1OEB A; 1W6X A; 3M56 A; 4E7S A; 1RAF B; 4M7D G; 4RG8 A; 1YNZ A; 2RF0 A; 5GAN 4; 2LQW A; 2QG9 B; 1RI0 A; 2ROL A; 5KYN A; 1RAH B; 2HQE A; 3U23 A; 5KYU B; 5GAN e; 1K0S A; 4QQG A; 5KCO A; 1KQS P; 4C92 G; 1OQK A; 2BUD A; 1X2K A; 2FPF A; 2KXD A; 4JRI A; 3JB9 H; 1MMN A; 2RD1 A; 5FU6 C; 2HSE B; 5GAM f; 1TU0 B; 3AT1 B; 1MMA A; 3M0T A; 2YUQ A; 3MCA B; 4OMF B; 3CC2 T; 4M78 A; 4TVR A; 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