The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
15
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sequence length |
57
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structure length |
57
|
Chain Sequence |
KRYRAVYDYSAADEDEVSFQDGDTIVNVQQIDDGWMYGTVERTGDTGMLPANYVEAI
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Human SH3 domain of protein LASP1
rcsb |
| source organism |
Homo sapiens
|
| molecule tags |
Transport protein
|
| molecule keywords |
LIM and SH3 domain protein 1
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| total genus |
15
|
| structure length |
57
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| sequence length |
57
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2009-06-30 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF14604 | SH3_9 | Variant SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2C0I A; 3EHR A; 2ED0 A; 2RN8 A; 1NG2 A; 2X3W D; 1RLQ C; 2MOX A; 2YDL A; 4AFS C; 2RQW A; 1YWO A; 4K11 A; 1UDL A; 3H0I A; 1HJD A; 2EPD A; 1M27 C; 1E6G A; 2RQR A; 1BU1 A; 2BZY A; 3I5R A; 1AZG B; 2GTJ A; 1GCP A; 2FRW A; 5IXF A; 1T3S A; 2JMA A; 4FSS A; 4HCK A; 1M3C A; 2FPD A; 4JPB W; 4LUE A; 1M8M A; 2KXC A; 5I22 A; 2KBT A; 2SRC A; 1VA7 A; 2VKN A; 3O5Z A; 3REA B; 2J6F A; 1MUZ A; 1W1F A; 1CKA A; 1X2Q A; 1Z9Z A; 1A0N B; 2DL8 A; 3UF4 A; 2CSI A; 2KNB B; 1AEY A; 2FEI A; 1QWF A; 1PRL C; 4F17 A; 2CSQ A; 3NMZ C; 3TSZ A; 1AWO A; 2YT6 A; 1VYV A; 2JM8 A; 1K9A A; 3VS3 A; 1NLP C; 1PNJ A; 2ED1 A; 5EC7 A; 3VS1 A; 2DRK A; 2DYB A; 2VWF A; 2DNU A; 3TVT A; 2GTO A; 1RI9 A; 3M0S A; 4Z88 A; 2JS2 A; 2EGE A; 2K9G A; 1V1C A; 3LH5 A; 1BB9 A; 5IXB A; 1KIK A; 2AZS A; 2DL7 A; 4J9H A; 2FG0 A; 1ZLM A; 4DEX A; 1EFN A; 4RTY A; 3ULR B; 2KE9 A; 1GCQ C; 1T0H A; 1LCK A; 2EQI A; 1WX6 A; 1T3L A; 2AZV A; 3PVL A; 2KRN A; 1TUD A; 2EVR A; 1ZBJ A; 3JV3 A; 2LNH B; 2DE0 X; 2K7A A; 1X2K A; 1FMK A; 2KRM A; 4HXJ A; 2ROT A; 1UJ0 A; 1PHT A; 2CT3 A; 1BBZ A; 1PKS A; 3EHQ A; 1SRL A; 2H8H A; 3RNJ A; 2AKL A; 2EYY A; 4HVU A; 1GFC A; 1CSK A; 4J9B A; 2LJ0 A; 2J7I A; 1GRI A; 2FRY A; 1SSH A; 2M51 A; 4RUG A; 2B86 A; 4J9C A; 3VRY A; 2DBM A; 3FJ5 A; 4IIM A; 1AWW A; 1G83 A; 1UJY A; 3NPF A; 3M0U A; 1JXO A; 2DX1 A; 2DA9 A; 2DL5 A; 1Y57 A; 2VVK A; 1XOV A; 1YP5 A; 3VS4 A; 1SRM A; 2FPE A; 4J9E A; 1TUC A; 3KFV A; 1AOJ A; 2PZ1 A; 1K0S A; 2LQW A; 4AFQ C; 2DMO A; 2YSQ A; 3UA7 A; 2L3P A; 1HSQ A; 2YUQ A; 4J9D A; 1W6X A; 2LJ1 A; 3R6N A; 2FO0 A; 3I5S A; 1UHF A; 3IQL A; 1YWP A; 1VYU A; 2KRS A; 1YN8 A; 1NYG A; 4CC3 A; 3EG2 A; 3VS0 A; 2KYM A; 4ORZ A; 2LJ3 A; 2GGR A; 2ENM A; 2JW4 A; 3RBB B; 2KRO A; 4E6R A; 2MIO A; 1PWT A; 2O31 A; 3EG3 A; 4OMM A; 2JM9 A; 4RTU A; 1UG1 A; 2EYZ A; 2C0O A; 4GBQ A; 2OJ2 A; 1K1Z A; 1OEB A; 4DEY A; 3QWY A; 2IIM A; 4A63 B; 2EYW A; 3M0P A; 4F14 A; 1WXB A; 4AFZ C; 2G6F X; 1U3O A; 4LNP A; 1KJW A; 2L2P A; 3UA6 A; 1H92 A; 2YUP A; 2ECZ A; 4OMP A; 2A28 A; 1M30 A; 2DRM A; 2JT4 A; 4CC7 A; 1GBR A; 4JZ4 A; 4KRT A; 4RTW A; 3SEM A; 2AK5 A; 2ROL A; 1UUE A; 4AG2 C; 2PNI A; 3U23 A; 2JXB A; 2RF0 A; 2O9S A; 2K6D A; 2W10 A; 2L3Q A; 1GCQ A; 2DJQ A; 4HVW A; 2YUN A; 2W0Z A; 1JU5 C; 4CC2 A; 5IH2 A; 3REB B; 4IIO A; 2A37 A; 1G2B A; 2YUO A; 4R0K A; 4ZNX A; 4HVV A; 4Y92 A; 1OV3 A; 1Z9Q A; 1PRM C; 3H0F A; 1I1J A; 1B07 A; 2K79 A; 3VS2 A; 2J06 A; 1KFZ A; 4F16 A; 2GQI A; 3SHW A; 4J9I A; 1U06 A; 2RQT A; 4D8K A; 3C0C A; 1ZUY A; 1Y0M A; 2EW3 A; 2HBW A; 4OMN A; 3VRZ A; 1WXT A; 2EKH A; 1BK2 A; 1PKT A; 2DVJ A; 1SPK A; 2V1R A; 1IO6 A; 2KGT A; 2OAW A; 2JTE A; 1WDX A; 5IHK A; 2NWM A; 2F2X A; 1W70 A; 1NYF A; 2FPF A; 3H41 A; 2OI3 A; 2X3X D; 4LN2 A; 4JJD A; 4D8D A; 4OML A; 2RPN A; 1WFW A; 2DL4 A; 2RQV A; 1WYX A; 1J3T A; 2KXD A; 1SHG A; 2NUZ A; 3H0H A; 2LP5 A; 2O88 A; 2LMJ A; 3GBQ A; 1UGV A; 4X1V A; 3A98 A; 2D8J A; 2KEA A; 3NHN A; 2LCS A; 1MV0 B; 1UTI A; 1X27 A; 2V1Q A; 2CRE A; 2CT4 A; 1AD5 A; 2A36 A; 1ZUK A; 2I0N A; 1NM7 A; 2EYX A; 2DBK A; 1OOT A; 2LQN A; 4J9G A; 5FWC A; 5GJV B; 2O9V A; 4LUD A; 1QLY A; 5GJW B; 2KT1 A; 1AWX A; 4OMO A; 1X6B A; 1I0C A; 1QKW A; 2L3S A; 2KT8 A; 4AG1 C; 1E6H A; 2RQU A; 2AKK A; 2J6O A; 2LX7 A; 1JO8 A; 4M4Z A; 1GBQ A; 3I35 A; 3VS5 A; 1HD3 A; 2J05 A; 1S1N A; 2P4R A; 3THK A; 2GBQ A; 1WLP B; 4RTV A; 4OMQ A; 2HSP A; 1JEG A; 1UHC A; 2D0N A; 1OPK A; 1WA7 A; 2DL3 A; 1KSW A; 1H3H A; 1M3A A; 1ARK A; 2EGA A; 2O2O A; 1MV3 A; 2ABL A; 1RLP C; 4AFU C; 1WXU A; 1I07 A; 2J6K A; 2DM1 A; 2K3B A; 5L23 A; 2ESW A; 1UFF A; 1K76 A; 1X6G A; 1B3Q A; 1QWE A; 1UE9 A; 1WIE A; 4GLM A; 4LE9 A; 3UAT A; 1JQQ A; 1ABQ A; 5IHI A; 4EIK A; 3M0R A; 4JJB A; 1N5Z A; 2XMF A; 3TSW A; 2HEQ A; 2DF6 A; 1NEG A; 2DLP A; 1ZSG A; 2LZ6 B; 3VS7 A; 1K4U S; 3CQT A; 3VS6 A; 5ECA A; 1K0X A; 2BZ8 A; 1TG0 A; 3EGU A; 5HCK A; 2M0Y A; 2D1X A; 1CKB A; 4Z89 A; 1T0J A; 3NGP A; 3QWX X; 2SEM A; 2QDL A; 1GFD A; 1M3B A; 2KYB A; 1RUW A; 5I11 A; 2KR3 A; 1SEM A; 2JMC A; 4JJC A; 2RNA A; 5IHN A; 3EG0 A; 1ZUU A; 2F2W A; 4J9F A; 5FW9 A; 1AWJ A; 4RTT A; 2CDT A; 2L0A A; 1U5S A; 2JS0 A; 2PTK A; 2CUB A; 2CH4 W; 2RMO A; 1AVZ C; 4QT7 A; 2A08 A; 3EG1 A; 2C0T A; 1YNZ A; 3PE0 A; 2EBP A; 1QKX A; 2MCN A; 1FYN A; 2CUD A; 1GL5 A; 4JZ3 A; 3M0Q A; 3ZL7 C; 4WCI A; 2GNC A; 5FWB A; 3I9Q A; 1UEC A; 2CH4 A; 1E7O A; 1OPL A; 1WI7 A; 2F2V A; 1QCF A; 1NLO C; 2K2M A; 1X69 A; 2E5K A; 2BZX A; 1ZX6 A; 1JXM A; 1AZE A; 1X43 A; 3PVQ A; 1SHF A; 4CC4 B; 2EGC A; 4ESR A; 2HCK A; 2D8H A; 2DIL A; 3M0T A; 1VYT A; 2BTT A; 1YCS B; 4RTZ A; 1ABO A; 4Z8A A; 2HDA A; 1NEB A; 4RTX A; 1H8K A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3CCL Q; 3M59 A; 3EHR A; 3M57 A; 3MEA A; 2ED0 A; 1VQ8 Q; 2RN8 A; 2D9T A; 2X3W D; 1RLQ C; 1VQP Q; 4LDY A; 1C0M A; 1YWO A; 4K11 A; 5CKE A; 1Y71 A; 2H3E B; 1M27 C; 1E6G A; 5LJ3 d; 4JDS A; 2RQR A; 4KH0 B; 4A4G A; 2FRW A; 5IXF A; 1TWB A; 2JMA A; 4FSS A; 3OS0 A; 3ME9 A; 2FPD A; 2E3H A; 5GAN 4; 4OB3 B; 3NTI A; 3O5Z A; 3REA B; 3SWN C; 1W1F A; 1CKA A; 2DL8 A; 3G71 Q; 3UF4 A; 4XTV A; 2KNB B; 2EFI A; 1AEY A; 2FEI A; 4DQ2 A; 3S6W A; 1PRL C; 4BUG A; 2F1L A; 4M75 G; 4LD6 A; 1AWO A; 3TSZ A; 4PFO A; 1Q82 R; 2YT6 A; 3JSC A; 2E12 A; 3OYI A; 1FWZ A; 3FIF A; 4OF1 A; 4PFP A; 3JCM g; 4QKU A; 1WJQ A; 3TVT A; 3QYH B; 2E64 A; 3GPL A; 1RI9 A; 3RDV A; 2KI7 A; 2EGE A; 2KDS A; 1QVF P; 3L2U A; 2AZS A; 2QTX A; 2K5F A; 1M1K C; 3HRS A; 1XNI A; 2LT1 A; 4FYY B; 4XU1 A; 8AT1 B; 2KE9 A; 5J3B A; 2XHC A; 1S72 Q; 1G5V A; 1WQW A; 2K5I A; 1UGP B; 1WX6 A; 5CQX A; 3JB9 I; 1YI2 T; 2AZV A; 2KRN A; 5GAM f; 5CKD A; 3FC3 A; 3QZ5 B; 3JV3 A; 2CS7 A; 2DE0 X; 1K73 C; 2E65 A; 2L8D A; 5D6Y A; 1I81 A; 1PKS A; 3OYC A; 3FEO A; 3EHQ A; 1IRE B; 4C8Q B; 4M7A D; 2QA4 A; 1VQ4 A; 4DBF A; 2LT4 A; 1GFC A; 1CSK A; 1Q81 C; 2LJ0 A; 1GRI A; 2FRY A; 3OYE A; 2DBM A; 2XID A; 3A1P A; 4XTW A; 2V26 A; 3HPW A; 3CPW P; 3RMS A; 3CC7 T; 3NPF A; 2Y4X A; 1KG1 A; 3X25 B; 1WNL A; 4FIB A; 3CCU A; 4BDY A; 2HAX A; 1BYM A; 3QII A; 3EFO A; 2DL5 A; 2VVK A; 1AOJ A; 2PZ1 A; 5GAN 8; 1K0S A; 1I5O B; 3QDF A; 4AFQ C; 4C0F A; 3UA7 A; 2L3P A; 4J9D A; 4L5G A; 1D1C A; 2E1H A; 1Q81 R; 1YHQ Q; 2ATC B; 3LLR A; 1UHF A; 3I56 T; 1VYU A; 4CC3 A; 5LJ3 f; 3CCL T; 3CMA A; 3EG2 A; 1KQS A; 3CCV T; 1X6O A; 2GGR A; 2ENM A; 1RI0 A; 2O31 A; 2DTO A; 4RTU A; 6AT1 B; 3F70 A; 3V8J A; 1VIF A; 4M7A G; 1K1Z A; 3L2V A; 1Y96 B; 4BI4 A; 4FL6 A; 2EYW A; 3M0P A; 4A63 B; 1HK9 A; 2X4Y A; 3S3N A; 4J6W A; 4M7D C; 1UEB A; 2JT4 A; 2CP0 A; 2ZCF B; 4CC7 A; 1GBR A; 5KYX A; 4JZ4 A; 4KRT A; 2JZ2 A; 4E7I A; 1VQ6 T; 2AK5 A; 2GFU A; 2KAF A; 3QHS A; 2PNI A; 3U23 A; 2HZY A; 2JXB A; 5D7U A; 1RAA B; 3I56 A; 2L3Q A; 2HL3 A; 1JU5 C; 2K2V A; 1WHM A; 4IIO A; 1G2B A; 2YUO A; 2VV5 A; 1OV3 A; 1PRM C; 1NE8 A; 2K79 A; 3G6E A; 1OQK A; 7AT1 B; 5DLO A; 5KYU A; 4J9I A; 3KXT A; 5LJ3 j; 2MAM A; 5CKH A; 1S72 A; 4C92 G; 2LCL A; 2QQA A; 2FB7 A; 2VUB A; 2I2L A; 4QW2 A; 1LOJ A; 2EKH A; 4KH1 B; 3QG1 A; 3H9N A; 5KYU B; 1IO6 A; 2RD1 A; 3WVE B; 2KGT A; 4MZT A; 3OYD A; 2DTH A; 2QQS A; 1X75 C; 3E2U A; 1JB0 E; 2CP2 A; 1ACM B; 4D8D A; 3I55 A; 2KMT A; 1QP3 A; 4PJN A; 4XTX A; 4OML A; 3UPU A; 2PQW A; 1Y96 A; 4A54 A; 2DL4 A; 2WAC A; 2YRV A; 2COY A; 4JUV A; 2EKO A; 1M9S A; 1UGV A; 1KD1 C; 3G4S T; 2KEA A; 1D1A A; 1YHQ T; 4A4E A; 2DEU A; 2R58 A; 2A36 A; 5KYX B; 1ZUK A; 3PNW C; 2EQJ A; 2LQN A; 1OOT A; 5FWC A; 1K8A C; 3PFS A; 3CME T; 5FU7 B; 2FL7 A; 1I0C A; 4JJN K; 1QKW A; 4M7D D; 1M90 R; 1OU8 A; 3OYF A; 2LX7 A; 2CZ0 B; 2PVD B; 2BE9 B; 4M4Z A; 2GCX A; 4IKF A; 3J81 E; 5I2M A; 1SKU B; 2RHI A; 3CPF A; 3I35 A; 2J05 A; 1S1N A; 3QDR B; 4NL2 A; 1G3S A; 2GBQ A; 4RTV A; 1JEG A; 1JRI A; 2HSP A; 3SWN B; 3EGD B; 2DAQ A; 2NUT B; 2DL3 A; 2GQV A; 2OTJ T; 4O6J A; 4RMO A; 1DJ7 B; 3Q1J A; 3FLG A; 1RLP C; 1G3Y A; 1MND A; 2YLB A; 2YXY A; 5LJ3 h; 1MMA A; 1QWE A; 1VUB A; 3LH0 A; 3P8D A; 4GLM A; 1JQQ A; 4LDX A; 2B8A A; 5KH6 A; 2E41 A; 2QK0 A; 4FT4 A; 4JRK A; 4EIK A; 2X51 A; 2YRC A; 1N5Z A; 2HEQ A; 2DF6 A; 2CP6 A; 1NEG A; 2LZ6 B; 1K4U S; 1P92 A; 1VQ5 Q; 2CKK A; 2EQM A; 2VXE A; 3O8V A; 1K0X A; 2QQ9 A; 3WVD B; 1UGR B; 1VQ5 T; 3GIB A; 1Q7Y R; 4Z89 A; 1TU0 B; 4EPC A; 1K73 U; 2ZAE A; 2QDL A; 3S3O A; 1KC8 U; 3L42 A; 1RUW A; 1V29 B; 2KR3 A; 1SEM A; 4JJC A; 3EAE A; 2P0Q A; 5CCA A; 4J9F A; 1AWJ A; 4JS4 A; 4C8Q F; 3BFM A; 1ZA1 B; 2CUB A; 4C92 B; 2MWP A; 4B6M A; 2A08 A; 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1K8A R; 4WF2 A; 3CCM T; 1BKB A; 1X2K A; 2BUD A; 1FMK A; 1M2V A; 2KRM A; 4HXJ A; 1NBE B; 1TOV A; 2VXF A; 2NUP B; 2H8H A; 3MPU B; 3RNJ A; 4F7U F; 5LJ3 g; 4HVU A; 4PFZ A; 1VQ7 Q; 4M77 D; 3J7A F; 4M77 B; 2B86 A; 4J9C A; 1BIA A; 1G83 A; 1TS9 A; 1IGQ A; 1TTH B; 3RUX A; 3UDC A; 5A0D A; 1XOV A; 1SRM A; 2OTJ A; 2OX7 A; 4M77 G; 2X35 A; 1MMN A; 4ZGE B; 1K9M R; 4VUB A; 2DMO A; 1HSQ A; 4CI0 C; 4HCC A; 3R6N A; 3PIP A; 2FO0 A; 1G3W A; 3BDL A; 4N4H A; 3IQL A; 1VQM T; 1YWP A; 2KRS A; 5CR2 A; 1YN8 A; 1NYG A; 5DM7 R; 3QPH A; 4BI8 B; 3NTH A; 2CP5 A; 2IG0 A; 2AIR B; 4M78 A; 3VS0 A; 2PU9 B; 2DIG A; 2KYM A; 3EFR A; 3PIO A; 2JW4 A; 2P0K A; 3RBB B; 3GF5 A; 2MIO A; 1PWT A; 1RAH B; 3EG3 A; 2IVW A; 2JM9 A; 4EMK B; 2EYZ A; 3TU4 K; 3LX7 A; 1ZSZ A; 3DB3 A; 2P84 A; 4KGZ B; 1S72 T; 2G6F X; 2MK5 A; 4N4G A; 1H92 A; 1OX9 A; 2ECZ A; 4M75 D; 9ATC B; 2XI9 A; 1SF9 A; 1ZBX A; 2JTF A; 4WTO B; 2ZPI B; 4RTW A; 4OGE A; 2LCC A; 3R6O A; 3G71 A; 2EAY A; 1YJ9 A; 1R8O B; 5J39 A; 1FMW A; 4IUV A; 2XKO C; 1PSF A; 2RHY A; 2K6D A; 2KQW A; 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