The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
15
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sequence length |
57
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structure length |
57
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Chain Sequence |
KRYRAVYDYSAADEDEVSFQDGDTIVNVQQIDDGWMYGTVERTGDTGMLPANYVEAI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Transport protein
|
| source organism |
Homo sapiens
|
| publication title |
Human SH3 domain of protein LASP1
rcsb |
| molecule keywords |
LIM and SH3 domain protein 1
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| total genus |
15
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| structure length |
57
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| sequence length |
57
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2009-06-30 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF14604 | SH3_9 | Variant SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3QWX X; 4ORZ A; 1CKA A; 2BTT A; 2JM8 A; 4IIO A; 2W10 A; 3O5Z A; 1UHF A; 3CQT A; 1X6G A; 2JT4 A; 2MOX A; 1PRM C; 5ECA A; 2GTJ A; 2K9G A; 2HDA A; 1HJD A; 3NPF A; 1NM7 A; 1OV3 A; 2FRW A; 3I5R A; 3H0F A; 1X2Q A; 2KRO A; 3VS0 A; 2ABL A; 4JJC A; 2HBW A; 2SEM A; 3M0S A; 2K6D A; 1WDX A; 1T3L A; 3IQL A; 1E6H A; 1WA7 A; 2K7A A; 2EQI A; 1OEB A; 2KE9 A; 2DYB A; 1K76 A; 2YUQ A; 1K0S A; 2L3P A; 3PVL A; 2K79 A; 1K4U S; 1SPK A; 1PHT A; 4HCK A; 4LNP A; 3VS1 A; 2BZY A; 1WIE A; 2YSQ A; 2KRN A; 4CC3 A; 1ZUK A; 4OMQ A; 4CC4 B; 2LCS A; 1NEG A; 2AZV A; 2O31 A; 1CSK A; 4F16 A; 2DA9 A; 4GBQ A; 4Z89 A; 3M0Q A; 3I35 A; 4J9B A; 2ECZ A; 2ED1 A; 2DL8 A; 3VS3 A; 1ZBJ A; 3SHW A; 2AZS A; 2LX7 A; 4OMP A; 4RTT A; 4AFQ C; 4K11 A; 2D8J A; 1G83 A; 1HD3 A; 1ZSG A; 2DE0 X; 2K2M A; 1CKB A; 2L2P A; 4Z88 A; 2HCK A; 1GBR A; 1WI7 A; 4D8K A; 2KR3 A; 1AEY A; 1X43 A; 3LH5 A; 2MCN A; 3EG2 A; 3ZL7 C; 2A08 A; 1EFN A; 2J7I A; 2PNI A; 4F17 A; 2BZ8 A; 1WYX A; 1X27 A; 5HCK A; 1JQQ A; 2KT1 A; 2DNU A; 2G6F X; 2LQN A; 1TUC A; 1H3H A; 2C0I A; 1SRL A; 3R6N A; 1LCK A; 2YUP A; 2JS0 A; 2EGA A; 1GFC A; 4ESR A; 4E6R A; 2JS2 A; 1VA7 A; 1SHF A; 2AKL A; 2J06 A; 3UA7 A; 1QKX A; 1UE9 A; 1NG2 A; 2KRS A; 2EYX A; 4RTY A; 1VYV A; 3U23 A; 2OI3 A; 2EYZ A; 1AOJ A; 2D1X A; 5FW9 A; 1MV3 A; 1UG1 A; 2DF6 A; 1RLQ C; 2GGR A; 1UTI A; 3ULR B; 1OPK A; 2KGT A; 3EGU A; 1ZLM A; 3NGP A; 3THK A; 2EPD A; 1U5S A; 2AK5 A; 1MUZ A; 4ZNX A; 3REA B; 1GCQ A; 2RF0 A; 1AWX A; 1KFZ A; 2AKK A; 4RTV A; 3H41 A; 2IIM A; 2C0T A; 2KEA A; 3M0U A; 2DL7 A; 1WX6 A; 2M0Y A; 4J9C A; 2ROL A; 2FG0 A; 2DL3 A; 2L3Q A; 1K0X A; 3I5S A; 2RN8 A; 1BU1 A; 1Y57 A; 2DIL A; 2VWF A; 3VRY A; 4LE9 A; 4AG1 C; 4JZ3 A; 1PRL C; 3FJ5 A; 1FMK A; 1G2B A; 4IIM A; 2RQU A; 4HXJ A; 2KXD A; 2NUZ A; 1ZUU A; 2J6O A; 3M0T A; 2CSI A; 4LN2 A; 4HVU A; 2EBP A; 1PWT A; 2ED0 A; 2KNB B; 2V1Q A; 2KBT A; 2LJ0 A; 1UDL A; 1V1C A; 2CT4 A; 4JJB A; 1W6X A; 2VVK A; 1Z9Z A; 2YT6 A; 4WCI A; 2GNC A; 1QWF A; 2FRY A; 2J6K A; 1UEC A; 2CUB A; 1PKT A; 2X3W D; 1X6B A; 5IH2 A; 4JJD A; 2CRE A; 1JEG A; 2W0Z A; 1ABO A; 1QLY A; 5IXB A; 2DL4 A; 3UAT A; 2EW3 A; 2FO0 A; 2PZ1 A; 3I9Q A; 1T0H A; 3EG0 A; 2D8H A; 1JO8 A; 4R0K A; 5EC7 A; 1JXO A; 1UJY A; 2CSQ A; 1NLP C; 1RLP C; 4OMO A; 1YN8 A; 1M30 A; 2DJQ A; 3RBB B; 1NYF A; 1YCS B; 1M3C A; 3VRZ A; 1AZG B; 2LQW A; 1YP5 A; 1YWO A; 3EG3 A; 2RQR A; 2JW4 A; 1RUW A; 4DEX A; 4F14 A; 2LNH B; 2DX1 A; 2LZ6 B; 2EYY A; 1XOV A; 4LUE A; 1YWP A; 1S1N A; 2CT3 A; 1GBQ A; 3GBQ A; 2O9S A; 4M4Z A; 4Y92 A; 4AG2 C; 2EGE A; 1AD5 A; 2CUD A; 1M3B A; 2YUN A; 1VYT A; 2RPN A; 2YDL A; 2EKH A; 1W1F A; 2ESW A; 4Z8A A; 2C0O A; 2LJ1 A; 1JU5 C; 4AFS C; 5L23 A; 1NYG A; 1H92 A; 2P4R A; 2GBQ A; 1H8K A; 1GRI A; 4KRT A; 4JZ4 A; 1B3Q A; 1SRM A; 1PKS A; 4J9G A; 1GCQ C; 2J6F A; 1KSW A; 1M3A A; 1Y0M A; 1NEB A; 2JMA A; 3EG1 A; 1X69 A; 4OMM A; 3JV3 A; 3UA6 A; 2O88 A; 1MV0 B; 2A37 A; 3H0H A; 2X3X D; 3PVQ A; 2NWM A; 4RTZ A; 1QCF A; 1OPL A; 5IHK A; 2DVJ A; 4RTX A; 1I0C A; 4X1V A; 1K1Z A; 2F2V A; 2PTK A; 2F2X A; 4EIK A; 2JMC A; 2DL5 A; 4GLM A; 1JXM A; 1WXB A; 2O2O A; 2QDL A; 4AFZ C; 4RTU A; 2RQT A; 2XMF A; 4FSS A; 2F2W A; 3VS4 A; 2LMJ A; 1N5Z A; 1M8M A; 3VS2 A; 1OOT A; 2M51 A; 2E5K A; 4RTW A; 1AZE A; 2CH4 W; 2LP5 A; 1GFD A; 4J9F A; 3SEM A; 2O9V A; 1KJW A; 3UF4 A; 2K3B A; 2JM9 A; 2HEQ A; 4J9I A; 1U3O A; 1I1J A; 2DM1 A; 1E7O A; 1K9A A; 2RQW A; 1ABQ A; 3KFV A; 2A36 A; 4J9E A; 3QWY A; 1SHG A; 5FWB A; 2RMO A; 3TSW A; 1J3T A; 3NHN A; 1E6G A; 1ZUY A; 1X2K A; 2KXC A; 4HVW A; 1HSQ A; 1SSH A; 1T0J A; 1AVZ C; 2EYW A; 4A63 B; 1AWW A; 1WXU A; 5I22 A; 2GTO A; 1RI9 A; 1QWE A; 1ZX6 A; 2YUO A; 4CC2 A; 1A0N B; 2KT8 A; 1U06 A; 4CC7 A; 2ENM A; 3RNJ A; 2EGC A; 2B86 A; 5FWC A; 2KRM A; 5GJV B; 2J05 A; 2L0A A; 4JPB W; 1ARK A; 1IO6 A; 4J9D A; 3EHR A; 4J9H A; 1WXT A; 2A28 A; 1TG0 A; 1AWJ A; 3PE0 A; 2DLP A; 2HSP A; 2KYM A; 2MIO A; 2DBM A; 2EVR A; 4AFU C; 2D0N A; 2LJ3 A; 1TUD A; 1AWO A; 2RNA A; 2OJ2 A; 3TVT A; 2DRM A; 1BK2 A; 1PNJ A; 1UJ0 A; 3TSZ A; 1BB9 A; 4LUD A; 1UUE A; 3A98 A; 2KYB A; 2SRC A; 1W70 A; 2FPF A; 2VKN A; 5I11 A; 1UHC A; 1KIK A; 1WFW A; 2FPD A; 1UGV A; 2V1R A; 3VS6 A; 4RUG A; 1FYN A; 3VS7 A; 2DMO A; 4OMN A; 2GQI A; 2JXB A; 3NMZ C; 4QT7 A; 3EHQ A; 3C0C A; 2ROT A; 1WLP B; 3VS5 A; 2FPE A; 4HVV A; 2CH4 A; 2DBK A; 1GCP A; 1BBZ A; 3M0R A; 1UFF A; 3REB B; 2L3S A; 4OML A; 1GL5 A; 1B07 A; 1M27 C; 1QKW A; 1YNZ A; 5IXF A; 3M0P A; 4D8D A; 2FEI A; 1Z9Q A; 2RQV A; 1NLO C; 2I0N A; 2JTE A; 1VYU A; 2DRK A; 5IHI A; 5IHN A; 1T3S A; 1I07 A; 4DEY A; 5GJW B; 2BZX A; 3H0I A; 2H8H A; 2OAW A; 1SEM A; 2CDT A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3L2Q A; 4ORZ A; 3O5Z A; 1N27 A; 2V8K A; 5ECA A; 1HJD A; 5GAN 5; 2NUT A; 3ZFJ A; 4XTW A; 2FRW A; 3H6Z A; 1WHH A; 2EJ9 A; 2E70 A; 2LCC A; 4JJC A; 2P0K A; 3OS0 A; 2PVO B; 2VC8 A; 3P8B B; 2HBW A; 1OZ2 A; 3CCM A; 1N9S A; 3LLR A; 2E6Z A; 3KUF A; 4EMK B; 1K76 A; 2L3P A; 3GF5 A; 1W2B S; 4PJL A; 5KYY A; 1K4U S; 4QVZ A; 3L2Z A; 3OYM A; 1VQK Q; 4N4H A; 3G4S Q; 3RMS A; 3VS1 A; 4N0A C; 2YSQ A; 4CC3 A; 4L59 A; 4OMQ A; 1OX9 A; 1SSF A; 3NFC A; 4CC4 B; 4PJO C; 3JCM f; 5DLO A; 1QVF S; 2AZV A; 2O31 A; 3PIP A; 1O75 A; 1PCX A; 4M7D F; 5M9O A; 4C5E A; 1K8A R; 4Z89 A; 3M0Q A; 1M90 U; 3CCV A; 2ECZ A; 4FIB A; 3JSC A; 4C8Q G; 4XU1 A; 1Q81 C; 3MP6 A; 4K11 A; 1QVG A; 2E4H A; 4GY5 A; 5KYX B; 2EJF A; 2RJE A; 1X43 A; 1I8F A; 1D1B A; 3GNG A; 1ZSZ A; 4X9D A; 2LQN A; 4PJM A; 2DXB A; 1Q82 C; 2XDB A; 1HK9 A; 2IPO B; 2RA2 A; 3R6N A; 1KD1 C; 1LCK A; 4ZN3 A; 5GAM h; 2JS0 A; 2K5F A; 4JLI A; 2XID A; 2JS2 A; 3EGX A; 1SHF A; 2YXY A; 3CCQ T; 1RL2 A; 3TRE A; 1UGP B; 3MCA B; 4DBQ A; 1OQK A; 1LVK A; 4RTY A; 2QGF B; 5HKC A; 1WNL A; 3CCL T; 2OI3 A; 4BI3 A; 5CKH A; 2EYZ A; 5KCH A; 1YIT Q; 2DXT A; 4IUQ A; 1RAD B; 2R5M A; 2DF6 A; 4M75 E; 2ZAE A; 3ULR B; 1OPK A; 3PMT A; 5CKD A; 1ZLM A; 3NGP A; 3OQ5 A; 2AK5 A; 1SKU B; 4F7U B; 1MUZ A; 3REA B; 5CK9 A; 4CI0 C; 5KH6 A; 1YJ9 Q; 1N6A A; 4KGX B; 1KFZ A; 4KGZ B; 4HKE A; 1HYO A; 3N5B B; 3M9Q A; 3H41 A; 1NJI C; 2VXE A; 2K4Y A; 1Q7Y U; 5DM7 R; 3BDL A; 3I5S A; 4IUV A; 4JRP A; 3CCE Q; 1M2V A; 5GMK e; 4JZ3 A; 3EH2 A; 3FJ5 A; 2X9H A; 3PT9 A; 1FMK A; 4IIM A; 2RQU A; 1IRE B; 1W2B P; 3M0T A; 2EBP A; 3E9F A; 2DTI A; 1VQ4 A; 3EGD B; 1D1A A; 1QVF P; 3A5Z B; 2GNC A; 1QWF A; 2FRY A; 2CUB A; 1PKT A; 4C92 E; 1X6B A; 4PJO F; 5IH2 A; 4JJD A; 3CCU T; 3RKW A; 3WXM B; 1XQH A; 2X4W A; 4FYW B; 3A8M B; 4A4E A; 1RLP C; 4OMO A; 1KHI A; 1M30 A; 3RBB B; 3ME9 A; 1M3C A; 3VRZ A; 4R56 A; 2LQW A; 2RJC A; 5GAO m; 4MZT A; 1QVG P; 1VIF A; 1RUW A; 2LNH B; 4J8O A; 2WSE E; 2EYY A; 2V8J A; 4C5G A; 2DIG A; 1XOV A; 3G71 T; 2CT3 A; 3CCQ A; 4E7J A; 1MNE A; 3GBQ A; 3HFO A; 4AG2 C; 4Y92 A; 2EGE A; 1Q86 U; 1VYT A; 2EKH A; 2ESW A; 4LXC A; 4Z8A A; 3RKY A; 2C0O A; 2CZ1 B; 5L23 A; 4RG2 A; 8ATC B; 1H92 A; 2P4R A; 4PJN A; 2BUD A; 5CCA A; 3RIR A; 4JZ4 A; 1BIB A; 1PKS A; 4J9G A; 3CC2 T; 5GAO p; 5GMK i; 3M59 A; 3SWN A; 1TOV A; 1X69 A; 5GAN j; 3H0H A; 1RAF B; 3PVQ A; 5CO7 A; 2JTM A; 4FL6 A; 4X1V A; 4DA4 A; 2QEX T; 1K1Z A; 3CD6 T; 2F2V A; 3LGL A; 1VQO T; 3OYK A; 4M7D B; 1WXB A; 3HHT B; 4XTZ A; 2XK0 A; 5GAN g; 4JRK A; 4AFZ C; 3EG9 A; 2RQT A; 4II1 A; 3VS2 A; 1N8R R; 4KBM B; 4HT9 A; 4MZM A; 3OYB A; 2LVM A; 2DET A; 1OUL A; 4J9F A; 2O9V A; 3JCM Q; 4KUD K; 5GAN 3; 4A4F A; 1V29 B; 4JUV A; 2FL7 A; 1B34 B; 4ZGE B; 4M75 G; 2FYK A; 2MPX C; 1Q81 U; 3FRN A; 3H8Z A; 5GMK h; 4D6W A; 3OW2 A; 1ZUY A; 3CCQ Q; 1X2K A; 2JUF A; 1X01 A; 1OU8 A; 3CCL Q; 3JCM P; 5I22 A; 2JNG A; 5I21 A; 2GTO A; 1RI9 A; 4BE2 A; 1QWE A; 1ZX6 A; 3X28 B; 1MMD A; 3MET A; 4HT8 A; 3RNJ A; 2EGC A; 5LJ3 f; 2E6N A; 1Q82 U; 4M7D D; 2KRM A; 2J05 A; 2QG9 B; 2CS7 A; 1WPY A; 1ARK A; 1IO6 A; 1VOM A; 4J9D A; 4F7U E; 3EHR A; 1BKB A; 2PQW A; 2FZK B; 3OYG A; 4NS5 A; 2QYZ A; 1Y07 A; 2DAQ A; 2DJZ A; 7AT1 B; 2EQK A; 2NUP B; 2DLP A; 3MJX A; 3CC2 A; 2MIO A; 2EJG A; 1C6V X; 4PFZ A; 2F5K A; 2ZZD A; 1OX8 A; 2LX9 A; 2DBM A; 2D0N A; 2QDY B; 1TUD A; 4M7A C; 2RNA A; 1LNX A; 5A0L A; 3QUI A; 4OB1 B; 4C92 G; 1JJ2 S; 2HMA A; 4ANJ A; 1WJS A; 3A98 A; 2SRC A; 4FYY B; 2FPF A; 5LJ5 f; 3CD6 A; 3LH0 A; 1SG5 A; 1VQO A; 1VQ5 Q; 2FPD A; 1M1K C; 4MML A; 4M77 A; 3VS6 A; 3OYY A; 1FYN A; 2DMO A; 5FU7 C; 1I5O B; 5FRN A; 4AMC A; 5GAM j; 2HKN A; 2DEU A; 2JXB A; 4PJO B; 2CZ7 B; 3CCU Q; 1WLP B; 2LT4 A; 3M58 A; 5KCO A; 4ZN1 A; 2CH4 A; 2X4Y A; 2DBK A; 4ZGJ B; 2YLB A; 3I56 A; 3MEW A; 4XTX A; 3CME T; 3A8G B; 2QTV A; 3M0P A; 3OYE A; 1D0Z A; 4J5Y A; 2EQM A; 3HP9 A; 5GAM g; 5IHN A; 3QDF A; 2RI2 A; 4BE1 A; 3H0I A; 2OAW A; 4RKU E; 1PD0 A; 1OU9 A; 4C0F A; 1CKA A; 2HD0 A; 3EFO B; 2JM8 A; 3G71 Q; 2W10 A; 5I2S A; 2ZPH B; 2LNV A; 2MOX A; 3ASK A; 4JRQ A; 2GTJ A; 2K9G A; 2HDA A; 3NPF A; 4MDW A; 1UGQ B; 4IUR A; 2MWO A; 1B7T A; 2PU9 B; 1UGS B; 2EFI A; 2CZ6 B; 1NM7 A; 3I5R A; 3E1S A; 1FMV A; 1X2Q A; 2DD4 A; 2KRO A; 2ABL A; 4C5I A; 2ZPE B; 1MND A; 2RD1 A; 5GAN f; 1VQN T; 1M1F A; 2E12 A; 2K7A A; 2EQI A; 3UPU A; 2GFU A; 2HBP A; 1VQ9 A; 2QQB A; 2KE9 A; 1K0S A; 2QAS A; 1LJO A; 1TTH B; 3QZ9 B; 2JOY A; 1PHT A; 4HCK A; 4C8Q C; 2L8D A; 1MGQ A; 1U1S A; 1WIE A; 2QEX Q; 1EX4 A; 2JN0 A; 2R57 A; 3CC7 A; 1VQO Q; 3RR6 A; 3CCM T; 3AHU A; 3VYH B; 4M7D E; 2DXU A; 2JJ9 A; 1CSK A; 4F16 A; 2DA9 A; 4QQD A; 2D6F A; 4GBQ A; 4J9B A; 4E47 A; 4M7A F; 1ZA1 B; 1ZBJ A; 3SHW A; 1EIF A; 2QA4 T; 4AFQ C; 2K57 A; 1ZSG A; 1VQP A; 2PUK B; 2MI6 A; 1CKB A; 1S72 A; 1GBR A; 1WI7 A; 2KR3 A; 1AEY A; 3HSB A; 3J7A F; 2RM4 A; 2HQH A; 3JCM W; 2J7I A; 2E3H A; 2EIF A; 2PNI A; 3CCV T; 5IT9 E; 4JLG A; 3V7C A; 1X27 A; 4M77 G; 1YJW A; 3KBG A; 2KT1 A; 4RMO A; 5KYW B; 1KHC A; 2DER A; 4HA8 A; 2C0I A; 2Z0W A; 3CME A; 2O4X B; 2DO3 A; 1SRL A; 5FU6 C; 1RAB B; 2V8I A; 2YUP A; 1GFC A; 4ESR A; 3JAM E; 4F7U G; 1KC8 R; 1VA7 A; 1K73 C; 3QKJ A; 1UE9 A; 1WQ7 A; 1R0B G; 4E7L A; 3MHX A; 1RAI B; 3JCM e; 1R0C B; 2DZC A; 1VQ7 Q; 1AOJ A; 1UG1 A; 3CXC A; 3CCJ T; 2LDM A; 1UTI A; 2KGT A; 1BIA A; 1U5S A; 2FVU A; 3HKS A; 2NLU A; 1I4K 1; 3QPH A; 2WAC A; 1AWX A; 3MO8 A; 2AKK A; 1K9M C; 2E3I A; 1Y7X A; 4LDW A; 1UEB A; 2AHJ B; 2L5Q A; 4RTV A; 1WGS A; 1D0Y A; 4ELZ C; 2RK1 A; 1VQN A; 2DL7 A; 5CKE A; 3CMA A; 2ROL A; 1FMW A; 2MAM A; 5CVI A; 1ZQ1 A; 4A53 A; 2CP3 A; 3VRY A; 4AG1 C; 2EWN A; 2GFA A; 1G2B A; 4XTU A; 2KXD A; 1C0M A; 4M78 E; 1IZ6 A; 2ED0 A; 1UDL A; 2CT4 A; 4C8Q F; 4HCC A; 3OSS C; 2HZY A; 4PJO E; 3QZ5 B; 4WCI A; 4PLL A; 2QA4 A; 1M4Z A; 2J6K A; 3PGG A; 4B9W A; 5GMK j; 3V7S A; 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