The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
15
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sequence length |
57
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structure length |
57
|
Chain Sequence |
KRYRAVYDYSAADEDEVSFQDGDTIVNVQQIDDGWMYGTVERTGDTGMLPANYVEAI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Human SH3 domain of protein LASP1
rcsb |
| molecule tags |
Transport protein
|
| source organism |
Homo sapiens
|
| molecule keywords |
LIM and SH3 domain protein 1
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| total genus |
15
|
| structure length |
57
|
| sequence length |
57
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2009-06-30 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF14604 | SH3_9 | Variant SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1MUZ A; 2GBQ A; 1PNJ A; 1JQQ A; 4QT7 A; 2BZY A; 1EFN A; 2A08 A; 3PVQ A; 3I35 A; 3IQL A; 4HVW A; 1QWE A; 2J7I A; 1QKW A; 2KYB A; 4LN2 A; 2AZS A; 1YWP A; 3PE0 A; 2FG0 A; 1ZUY A; 1KFZ A; 2J6F A; 2BZX A; 1WDX A; 2FPF A; 1J3T A; 1GFD A; 1RI9 A; 2NWM A; 2ENM A; 2HBW A; 1X27 A; 2YT6 A; 1I1J A; 2KBT A; 2PTK A; 3UAT A; 1SHG A; 2FRW A; 1ARK A; 2RQV A; 1UFF A; 2B86 A; 3O5Z A; 4GLM A; 1ABO A; 1JU5 C; 2LJ1 A; 3JV3 A; 3EG1 A; 4J9C A; 3M0Q A; 2KT8 A; 4OMM A; 2J6K A; 1UEC A; 2ESW A; 2L3S A; 1I0C A; 2FPE A; 2GGR A; 2A37 A; 5I22 A; 2OJ2 A; 1NEB A; 3VS0 A; 1K0X A; 2AZV A; 3M0R A; 1NLO C; 1M3C A; 2A36 A; 1SRM A; 2HDA A; 5ECA A; 2MOX A; 3I5S A; 5GJW B; 2CT3 A; 1WX6 A; 2D8H A; 1ZUK A; 1K76 A; 1VYV A; 2CH4 W; 2EPD A; 3C0C A; 2LCS A; 2DBK A; 4LNP A; 2V1R A; 2J05 A; 4HCK A; 1FYN A; 1PWT A; 2AKK A; 2MCN A; 2GTO A; 1E6G A; 1M8M A; 2KRM A; 2KE9 A; 4ORZ A; 1ABQ A; 2AKL A; 2CRE A; 1AWO A; 4HVV A; 2H8H A; 2KRS A; 1WLP B; 3M0T A; 2P4R A; 1SEM A; 3M0U A; 1Z9Z A; 2D8J A; 1AWJ A; 4JZ4 A; 4CC4 B; 1AWX A; 1BB9 A; 3UA6 A; 1GBR A; 1UHC A; 2DL4 A; 2K79 A; 1JO8 A; 2KRN A; 3H0F A; 1G83 A; 2EGE A; 2RQR A; 4J9F A; 2LQN A; 1Y0M A; 2C0O A; 1E6H A; 2JS2 A; 1U06 A; 3EG3 A; 2X3W D; 2EVR A; 2DL7 A; 2K7A A; 2OI3 A; 1SHF A; 2J06 A; 2YUP A; 1HJD A; 2O9V A; 1MV0 B; 2LNH B; 1I07 A; 2KRO A; 2PNI A; 1N5Z A; 4JJD A; 3VRZ A; 1FMK A; 3UF4 A; 4J9E A; 4RTX A; 1X69 A; 1GCQ A; 2DA9 A; 1U3O A; 2KYM A; 3EGU A; 1WXU A; 5IHK A; 2QDL A; 5FWC A; 1ZX6 A; 5FWB A; 2F2X A; 4RTY A; 2IIM A; 2OAW A; 1AVZ C; 1T3L A; 1NYG A; 2JTE A; 3VS1 A; 2HEQ A; 4OMO A; 4J9D A; 1BBZ A; 1QCF A; 2I0N A; 1KIK A; 1SRL A; 2JW4 A; 3TSW A; 4RTZ A; 3VS4 A; 1H92 A; 1VA7 A; 1WI7 A; 1TUD A; 5IXB A; 3H0H A; 4AFS C; 4CC7 A; 2RQT A; 3ULR B; 2KNB B; 4KRT A; 1AOJ A; 1SSH A; 1JXM A; 2DL5 A; 2EYX A; 4Z89 A; 4J9I A; 1T0H A; 2ECZ A; 2O88 A; 2LX7 A; 3VS7 A; 1PRL C; 3VS2 A; 2F2W A; 2NUZ A; 1UTI A; 1H8K A; 2RMO A; 2LZ6 B; 2CH4 A; 1ZBJ A; 1K4U S; 3QWY A; 4M4Z A; 2LQW A; 2DJQ A; 1CKB A; 1X2Q A; 2AK5 A; 4RTV A; 1GL5 A; 3REA B; 3VS6 A; 1AEY A; 4OMQ A; 4ZNX A; 2K9G A; 1AZE A; 2O2O A; 1HD3 A; 3H41 A; 1W6X A; 4Y92 A; 3VRY A; 2DLP A; 3EHQ A; 4DEX A; 4A63 B; 3M0S A; 2ED1 A; 2FPD A; 1ZSG A; 3RNJ A; 1T0J A; 1NEG A; 2CUB A; 2KGT A; 2GTJ A; 2YDL A; 3GBQ A; 4J9H A; 2A28 A; 2KEA A; 1BK2 A; 2EGC A; 1ZUU A; 2D0N A; 4RTW A; 3H0I A; 4AFQ C; 2DBM A; 4F17 A; 1H3H A; 2MIO A; 3TVT A; 4CC2 A; 1UDL A; 1GRI A; 2F2V A; 1B07 A; 4EIK A; 1UGV A; 3NGP A; 5IHN A; 1PHT A; 3EG2 A; 2ABL A; 4FSS A; 2JM9 A; 3QWX X; 1Z9Q A; 1WXT A; 2LJ0 A; 1SPK A; 2O9S A; 1X43 A; 5FW9 A; 2EGA A; 1CSK A; 1X2K A; 4D8D A; 2DVJ A; 2X3X D; 1WYX A; 2FRY A; 2L2P A; 2VKN A; 4OMN A; 1K0S A; 2V1Q A; 1RLP C; 1NG2 A; 3NPF A; 2K2M A; 1W70 A; 1GFC A; 1NLP C; 3SHW A; 1XOV A; 1UJ0 A; 2DL8 A; 2DX1 A; 4AG1 C; 4D8K A; 2KXC A; 1M30 A; 4Z88 A; 2XMF A; 1U5S A; 3I5R A; 2YUO A; 1RUW A; 1MV3 A; 2RF0 A; 2KT1 A; 1GCP A; 4OMP A; 1UJY A; 1W1F A; 2ED0 A; 2L0A A; 2RN8 A; 1E7O A; 2EYW A; 1CKA A; 2CSI A; 1A0N B; 1QKX A; 4J9B A; 2LMJ A; 3KFV A; 1PRM C; 2SRC A; 2PZ1 A; 4GBQ A; 3NHN A; 2EBP A; 3CQT A; 2DM1 A; 2VVK A; 4LUE A; 4LE9 A; 2DMO A; 4CC3 A; 4JZ3 A; 2EYY A; 3FJ5 A; 1BU1 A; 2LP5 A; 2K3B A; 2G6F X; 2CSQ A; 1M3A A; 4IIM A; 3A98 A; 2CUD A; 1AZG B; 4X1V A; 4F16 A; 4IIO A; 1YNZ A; 2D1X A; 2W0Z A; 2LJ3 A; 2EKH A; 4E6R A; 2DRM A; 2HSP A; 2KXD A; 1NYF A; 2GQI A; 1V1C A; 1YP5 A; 2RQU A; 4RTT A; 2BZ8 A; 1OV3 A; 1X6G A; 2M51 A; 1Y57 A; 2C0I A; 2O31 A; 4F14 A; 3UA7 A; 2L3Q A; 2K6D A; 5I11 A; 2EW3 A; 1S1N A; 3M0P A; 1LCK A; 1RLQ C; 1WIE A; 1UG1 A; 1ZLM A; 4HXJ A; 1K1Z A; 1OPL A; 1UHF A; 2HCK A; 1G2B A; 2YUQ A; 2L3P A; 2M0Y A; 1YCS B; 2JM8 A; 1HSQ A; 4R0K A; 4J9G A; 2JT4 A; 2DNU A; 3PVL A; 2ROL A; 2ROT A; 4ESR A; 1GBQ A; 5IXF A; 1QLY A; 2YUN A; 3TSZ A; 4LUD A; 5L23 A; 2DRK A; 3THK A; 5IHI A; 3REB B; 4AG2 C; 5IH2 A; 1M3B A; 1PKS A; 4Z8A A; 1GCQ C; 2CDT A; 2RNA A; 4WCI A; 2DE0 X; 2FEI A; 1UE9 A; 3EG0 A; 2RQW A; 1YN8 A; 1WXB A; 1T3S A; 1TUC A; 4HVU A; 1IO6 A; 3I9Q A; 3LH5 A; 1NM7 A; 2VWF A; 2DL3 A; 2YSQ A; 1WA7 A; 2JMA A; 2J6O A; 1B3Q A; 1PKT A; 1WFW A; 2C0T A; 3VS3 A; 3NMZ C; 1UUE A; 2EQI A; 1K9A A; 3SEM A; 2BTT A; 1YWO A; 1TG0 A; 3RBB B; 4JJB A; 1KSW A; 4RTU A; 5HCK A; 2FO0 A; 4RUG A; 2E5K A; 2GNC A; 2RPN A; 1AD5 A; 3VS5 A; 1X6B A; 4JJC A; 3EHR A; 1OEB A; 1OOT A; 1VYU A; 1AWW A; 4OML A; 1KJW A; 1OPK A; 2DIL A; 3ZL7 C; 4K11 A; 2SEM A; 2KR3 A; 5GJV B; 2DF6 A; 1JXO A; 3U23 A; 2EYZ A; 1VYT A; 2JS0 A; 2JMC A; 4AFZ C; 2DYB A; 2JXB A; 2CT4 A; 4DEY A; 1QWF A; 4JPB W; 2W10 A; 1JEG A; 5EC7 A; 3R6N A; 4AFU C; 1M27 C; #chains in the Genus database with same CATH topology 3NTH A; 3OYY A; 2MF2 A; 2BZY A; 3G4S Q; 2VV5 A; 5CKE A; 1KHI A; 4IUT A; 1QWE A; 1N27 A; 3OSV A; 4DBR A; 3CCV A; 2XKO C; 2OTJ A; 5KCO A; 2QA4 A; 1ZUY A; 1WGS A; 1WHG A; 2BZX A; 2FPF A; 1VQM A; 5FRN A; 2CZ0 B; 2ENM A; 2M16 A; 3CCM T; 3UAT A; 4N4G A; 2FRW A; 1ARK A; 1MMD A; 3CC2 T; 1RAG B; 1XTD A; 1PC0 A; 2O01 E; 3QBY A; 2ESW A; 4VUB A; 1VQK A; 1KG1 A; 3A8L B; 2D0Q B; 3VS0 A; 3M58 A; 1B34 A; 3CPW A; 2HDA A; 2QK0 A; 2F5K A; 3I5S A; 3LLR A; 2CT3 A; 5GJW B; 3VU3 C; 1ZUK A; 1VYV A; 4BY6 C; 2MK5 A; 1M9S A; 1VQ8 T; 5D6X A; 4BI3 A; 2RJD A; 3H9N A; 3RDV A; 2J05 A; 2E6Z A; 1D0Z A; 2AKK A; 2MCN A; 3MKD A; 4LDU A; 2KRM A; 2X9H A; 2L3R A; 4ORZ A; 1VIF A; 3L2Q A; 4HVV A; 4F7U F; 4M75 E; 2RJF A; 1D1B A; 2XIC A; 2XDD A; 1XJW B; 3JCM c; 1G8X A; 5KH6 A; 2R57 A; 3CCS T; 3X28 B; 1FWZ A; 2R58 A; 2YHT A; 3SWN A; 4E7K A; 2RQR A; 3CEY A; 3VV0 A; 4ELZ C; 4LDY A; 2LQN A; 1JJ2 S; 1E6H A; 2Y90 A; 2JS2 A; 5J39 A; 4XU1 A; 2K5L A; 2K7A A; 5GAN g; 1MMA A; 2DD5 A; 1G3W A; 1MV0 B; 2OX7 A; 1KHC A; 2PNI A; 2DZC A; 1LPL A; 3VRZ A; 3RMS A; 3T9N A; 1EIF A; 2MWO A; 3CC2 A; 1VQP T; 2XI9 A; 4QKU A; 1M1K R; 3LGF A; 2QGF B; 4M7A F; 2KAF A; 1UB4 A; 1WXU A; 1VUB A; 3QYH B; 2QDL A; 1ZX6 A; 2OAW A; 3D7S B; 1AVZ C; 1TSF A; 2COY A; 3CBP A; 3VS1 A; 3CMA Q; 2HEQ A; 3FJP A; 1D0Y A; 3CCU T; 1QCF A; 1VQO T; 1PM3 A; 2I0N A; 4C92 B; 2JW4 A; 1JJ2 A; 1BIA A; 4PFP A; 1TS9 A; 3TSW A; 4JS5 A; 1Q82 U; 1UEB A; 3X20 B; 4QVD A; 3SB2 A; 1VQ8 A; 2COZ A; 4J5Y A; 3ULR B; 1SSH A; 1JXM A; 2QEX T; 2DL5 A; 2EYX A; 2WAC A; 5DM7 R; 4PLI A; 1I8F A; 2ECZ A; 3JCM X; 4C8Q G; 1UTI A; 2CZ6 B; 2RK2 A; 3WVE B; 2RMO A; 4DQ2 A; 1K4U S; 5DLO A; 2DJQ A; 2V26 A; 3VS6 A; 1AEY A; 2L5Q A; 4KH0 B; 3X24 B; 3HRU A; 1D1C A; 1OX8 A; 2K3Y A; 3CCS A; 4C8Q D; 1I81 A; 2AIR B; 4ZTF A; 3PTA A; 4N0A C; 3VRY A; 4A63 B; 3M0S A; 2ED1 A; 3M53 A; 4JRP A; 3QDR B; 4DBQ A; 1NEG A; 1YJW Q; 2KGT A; 3M55 A; 1Y7X A; 3GBQ A; 3KUF A; 2A28 A; 1WQW A; 3TCJ A; 4QVZ A; 4QW2 A; 1BK2 A; 4QQ6 A; 1ZUU A; 5GAO m; 2ZPG B; 4B6M A; 2DBM A; 2DO3 A; 4C8Q A; 4JJN K; 2F2V A; 4PJO B; 1BCO A; 5M9O A; 1VQP A; 3WVD B; 2JM9 A; 3QWX X; 1QVG S; 1Z9Q A; 2IPO B; 3X26 B; 4OGC A; 1SPK A; 1X43 A; 5FW9 A; 2WSC E; 5CIU A; 2EGA A; 3CMA A; 5KE2 A; 1YHQ Q; 1X2K A; 4D8D A; 1Q95 G; 1WYX A; 2FRY A; 2V1Q A; 2LTO A; 4FYW B; 3NPF A; 2KMT A; 3UDC A; 3CCU A; 2PVD B; 1NLP C; 3CPW P; 1VQO A; 4X34 A; 1XNI A; 1XOV A; 1UJ0 A; 2DL8 A; 1U8R A; 4E47 A; 5GAN j; 1M30 A; 1PSE A; 2QAS A; 2XMF A; 4F7U G; 3HRT A; 3EGX B; 3QJY A; 2QEX A; 3CME Q; 4EMG A; 1UJY A; 2L0A A; 3Q1J A; 2LQ8 A; 5CQX A; 1CKA A; 1D09 B; 4J9B A; 3JCM g; 3KFV A; 5GAM h; 2NUP A; 4J8O A; 1K73 U; 1R0C B; 5CR2 A; 4GBQ A; 4PLL A; 3NHN A; 3CQT A; 2DM1 A; 2VVK A; 1QVG A; 4KUD K; 5LJ5 e; 1C0M A; 2DTO A; 4EDU A; 2K3B A; 3JB9 H; 2HL5 C; 5KYW A; 2CUD A; 3AHU A; 3ZEH A; 4F16 A; 2LRQ A; 5GAN d; 2LJ3 A; 2LX9 A; 1W2B P; 2X4X A; 1LJO A; 2NYS A; 3EFR A; 5LJ3 e; 1V1C A; 2RQU A; 4F7U A; 1X6G A; 1PG5 B; 2JNG A; 4X9C A; 4F14 A; 2L3Q A; 3L2Z A; 1RAD B; 3M0P A; 2CZ7 B; 1ZSZ B; 2OTL T; 4HXJ A; 1IZ6 A; 3AT1 B; 4LD9 K; 4M7A G; 1KC8 U; 5GAN 5; 2YUQ A; 2L3P A; 4M78 B; 4PFZ A; 1YCS B; 2PQW A; 1HSQ A; 2OTL Q; 4R0K A; 2ROL A; 1GBQ A; 1YHQ A; 4PJO E; 3HHT B; 4XTX A; 2PUO B; 4Y91 A; 3VKI A; 3V7R A; 4AG2 C; 4J7I A; 2DER A; 4M7A D; 1GCQ C; 1D3B A; 4O5V A; 5CKF A; 2LDM A; 5LJ3 g; 1UE9 A; 3EG0 A; 4KUI A; 1VQ4 Q; 2E4H A; 2KK4 A; 1T3S A; 3CCQ Q; 4BD3 A; 2VWF A; 2MYS A; 4D6W A; 1MMN A; 1JRI A; 2DL3 A; 2YSQ A; 2DXT A; 4M7A A; 1M8V A; 3NMZ C; 2MPX C; 2EQI A; 1K9A A; 1YIT Q; 2BTT A; 1YWO A; 3OS2 A; 3PMI A; 1YCY A; 2NUT B; 4ELY C; 5HCK A; 3RR6 A; 2E5K A; 2GNC A; 3CBM A; 3VS5 A; 2CP6 A; 4HKE A; 2P4T A; 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4A4H A; 3CC4 A; 3CCR A; 4XU3 A; 1WLP B; 3M0T A; 2EQU A; 2JTM A; 2EQJ A; 4FYY B; 1AWX A; 4N4I A; 5LJ5 d; 1BB9 A; 1TUG B; 3LWH A; 1UHC A; 2K79 A; 4KGZ B; 4MZM A; 3MJX A; 2X4Y A; 1Y0M A; 5LJ3 d; 3V7C A; 1WPY A; 3KBG A; 1X01 A; 3EG3 A; 1YJ9 A; 3OSS C; 4FCY A; 3RIR A; 1SHF A; 2E3H A; 2J06 A; 4M7D E; 2HNI A; 1TXQ A; 1K73 R; 8ATC B; 3OYL A; 3UF4 A; 4J9E A; 2CP2 A; 4RTX A; 3G4S T; 1X69 A; 1YFN A; 4M7D C; 2DET A; 3CPW S; 1B34 B; 1YIJ A; 4XTW A; 4BE1 A; 1HXD A; 4XQ3 A; 4A4G A; 4M75 D; 5FWB A; 2QQS A; 2F2X A; 2K5F A; 2JTE A; 4OMO A; 3OYF A; 1D1A A; 1KIK A; 1H92 A; 4RTZ A; 3VS4 A; 3E9F A; 1WI7 A; 2FZC B; 1TUD A; 5IXB A; 2O4X A; 4M77 E; 5I21 A; 4LDV A; 2KNB B; 1KC8 R; 3QPH A; 4Z89 A; 1T0H A; 4AT1 B; 3JCM b; 3OYK A; 1PRL C; 1RAA B; 2RHI A; 1K73 C; 1W2B S; 4HT9 A; 4MDX A; 1S72 Q; 3QWY A; 3FC3 A; 4JRQ A; 4IUV A; 3OW2 P; 2XK0 A; 3A8G B; 3SWN B; 4JLG A; 4OMQ A; 1NZ9 A; 2K9G A; 4KGX B; 2O2O A; 1OQK A; 1LNX A; 4XTV A; 3H41 A; 1W6X A; 2KI7 A; 5KCH A; 3MP8 A; 2JZ2 A; 3L1A A; 5GAN e; 3JB9 F; 4GY5 A; 3TRE A; 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