The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
6
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sequence length |
66
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structure length |
66
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Chain Sequence |
PPIGPKRGAKVKILRQESYWYKGTGSVVTVDQDPNTRYPVVVRFNKVNYANVSTNNYALDEVEEVK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
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| publication title |
The structure of plant photosystem I super-complex at 2.8 angstrom resolution.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Photosynthesis
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| total genus |
6
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| structure length |
66
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| sequence length |
66
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2015-02-09 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| E | PF02427 | PSI_PsaE | Photosystem I reaction centre subunit IV / PsaE |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2AHJ B; 4Y28 E; 4ZGE B; 3A8M B; 3A8L B; 4OB1 B; 1AHJ B; 2ZZD A; 2DXB A; 2ZPG B; 2PU9 B; 4OB0 B; 2CZ0 B; 2D0Q B; 2DPP B; 3X20 B; 2ZPI B; 3WVD B; 2O01 E; 2WSC E; 1UGP B; 5L8R E; 2PUK B; 2WSE E; 2PVD B; 2DD4 A; 3X24 B; 4OB2 B; 1PSE A; 2PUO B; 4XK8 E; 2QDY B; 3QYH B; 4FM4 B; 3HHT B; 4L6V 5; 2ZPE B; 1GXI E; 3QXE B; 1JB0 E; 1PSF A; 3VYG A; 4ZGD B; 3QZ9 B; 4OB3 B; 2ZPF B; 4RKU E; 2DD5 A; 3X25 B; 3A8O B; 2CZ7 B; 2PVO B; 3QYG B; 1UGR B; 2ZCF B; 2DXC A; 3VYH B; 3QZ5 B; 1UGQ B; 1UGS B; 1V29 B; 3WVE B; 1DJ7 B; 1QP2 A; 2ZPB B; 2WSF E; 3X26 B; 3LW5 E; 2ZPH B; 1IRE B; 4KT0 E; 2PVG B; 3A8G B; 2CZ1 B; 2CYZ B; 4ZGJ B; 3A8H B; 1QP3 A; 3X28 B; 2CZ6 B; #chains in the Genus database with same CATH topology 4OP0 A; 1I81 A; 1RAH B; 4RTX A; 3JCM V; 5DLQ E; 3CMA A; 4BDZ A; 2LC4 A; 1D0X A; 1WYX A; 3PT9 A; 2QAS A; 3M0U A; 4QW2 A; 1KD1 C; 2LP5 A; 5GMK j; 3NHN A; 3CCE T; 2EQJ A; 2JN0 A; 4C0D C; 3EG9 B; 3ER0 A; 2K7A A; 2EWN A; 3X20 B; 1K9M C; 2Z0W A; 3I55 A; 1NBE B; 3CC4 A; 3JCM W; 3OS2 A; 4MMK A; 3DKM A; 1VQK T; 3OYD A; 4F7U B; 4XU0 A; 1CKB A; 2X4Y A; 3Q1J A; 2XD0 A; 2QDY B; 5KYU A; 3QKJ A; 1H3Z A; 4Z8A A; 5FWC A; 3L2V A; 2A37 A; 2DZ9 A; 1YBY A; 1YI2 A; 4OGC A; 4JPB W; 3G6E A; 5GAN g; 4M78 E; 4HVU A; 4J8O A; 4A54 A; 3GOX A; 2LTO A; 4QQD A; 2D9T A; 4XU1 A; 2LNV A; 3VS1 A; 1GBR A; 3S3N A; 1EZZ B; 4Q5W A; 2YUN A; 4MZM A; 1I0C A; 2KY9 A; 1Y0M A; 1X01 A; 3CCQ Q; 3JB9 F; 4QVD A; 2KNB B; 4C92 B; 3R6N A; 1TS9 A; 1WQW A; 3HRT A; 1VQO Q; 3ZEH A; 3PGG A; 3JRZ A; 2E5Q A; 4OGE A; 1U3O A; 2WSF E; 4M7A E; 1AWO A; 1A0N B; 1GCP A; 1OZ2 A; 1VYU A; 4KT0 E; 5LL6 S; 3RBB B; 2OX7 A; 4A4H A; 4B6M A; 4JS5 A; 4HCB A; 1O9S A; 2VYT A; 2BKD N; 2K6D A; 3VRY A; 3CCJ T; 3RES A; 5GAO n; 4A53 A; 1SEM A; 2KRM A; 4RTT A; 3RUX A; 3HRS A; 4C0F A; 2HQH A; 1VQM A; 1XNI A; 4PKC C; 1HD3 A; 3EG3 A; 2GQV A; 2J06 A; 2MF2 A; 4RTW A; 5FU6 B; 1WDX A; 2L3S A; 2GBQ A; 2F2V A; 3CMA T; 1ZBX A; 4AT1 B; 2HBP A; 4ESR A; 4IUU A; 1RI9 A; 3X24 B; 3BFM A; 4PJM A; 2VXE A; 1IB8 A; 2FZG B; 1LCK A; 2LT4 A; 4RTZ A; 3I55 T; 3CC4 T; 2DYI A; 3VJP A; 2CRE A; 2D1X A; 1K8A R; 2DJQ A; 3VYG A; 4ZGD B; 3HRU A; 3I35 A; 1G5V A; 5CCA A; 2YUQ A; 4IUQ A; 4M78 F; 3MJX A; 1QQJ A; 3M0T A; 4LXC A; 4RTV A; 2LRQ A; 2E3H A; 2DD5 A; 4M7D F; 2FHD A; 3X25 B; 3RKY A; 4R0K A; 6AT1 B; 1WFW A; 2RQT A; 1YI2 T; 4PK4 A; 1YJW Q; 4GBQ A; 2CT4 A; 2DL7 A; 2E64 A; 4PFP A; 4HA8 A; 4E7L A; 1YJ9 A; 4FYY B; 5CR2 A; 4WTO B; 1FMV A; 3QZ5 B; 1K73 C; 2NLU A; 4DEX A; 4B9W A; 4LDX A; 3MCA B; 7AT1 B; 5GAO q; 2R5A A; 3WVE B; 4O6J A; 2KRS A; 2HQE A; 2JS2 A; 2ZPB B; 3SWN B; 4FIB A; 2ZPH B; 1KQS A; 3TCJ A; 3CQT A; 2BE7 D; 4HXJ A; 3J80 E; 2BIV A; 5GAO p; 2KVQ G; 3AT1 B; 1IGU A; 2RJE A; 2KT8 A; 3OB9 A; 1VQ5 Q; 1XTD A; 2AHJ B; 1MND A; 4M77 B; 2IPO B; 4LE9 A; 4C0G A; 4M75 C; 1Z9Q A; 4OF1 A; 4RCC A; 5I11 A; 2VAS A; 2O9V A; 4D8D A; 3UA6 A; 1WXU A; 2HSE B; 1WHL A; 4QKU A; 3FIF A; 3OYG A; 4WCI A; 2K79 A; 3RMS A; 1OPK A; 5FU7 B; 2YDL A; 1T3L A; 1CSK A; 1BKB A; 1LPL A; 4BE1 A; 4M75 A; 1VQM T; 3G4S A; 1Q82 R; 4AFQ C; 2B8A A; 1UGP B; 4EIK A; 1Q81 U; 4PLI A; 3EH1 A; 5L23 A; 4M7A G; 1N27 A; 3REB B; 2F5K A; 2O31 A; 2CS7 A; 1S72 A; 1KQS S; 5GAN 5; 5GJV B; 1M27 C; 5IXB A; 1D0Z A; 3M59 A; 1WLP B; 3H8Z A; 4BI8 B; 3CCM A; 2M0O A; 4J9D A; 2DBM A; 1AWJ A; 2YXY A; 2K2V A; 3RKW A; 2MOX A; 4Z89 A; 1E6G A; 1NEG A; 5GAO r; 5GAN 4; 3G1J A; 2EQU A; 3C94 A; 3EHQ A; 2FPF A; 2C0T A; 2YHT A; 2PVO B; 2L2P A; 1AZE A; 2DE0 X; 3QO3 A; 2Y4X A; 3M57 A; 3L2Q A; 4ATO A; 3NTK A; 4BI3 A; 5IT9 E; 3CCL Q; 1ZSZ A; 2JMC A; 2MPX C; 3LH5 A; 1VUB A; 1IXD A; 3SD4 A; 4FYW B; 4X9C A; 3OY9 A; 1YJ9 T; 3ZBD A; 2JJ9 A; 1O75 A; 4C8Q F; 5IAY A; 4JLG A; 3RNJ A; 2A28 A; 3X28 B; 5GAN e; 2CZ6 B; 4HCC A; 2JTF A; 1QVG S; 2AKL A; 1NM7 A; 4J7F A; 4PJO F; 3I5R A; 3CBP A; 1PC0 A; 4M75 E; 2K3X A; 3MEV A; 1N9S A; 4QQG A; 2HAX A; 4XTU A; 2DA9 A; 4IUP A; 3EGD B; 1BYM A; 3OS1 A; 1QCN A; 1QVF P; 1WHH A; 3PFS A; 3FLG A; 1Y57 A; 4JLI A; 3CPW A; 1QKW A; 2HNI A; 3NTI A; 4XTX A; 2QQB A; 4Z02 A; 4FT4 A; 2SRC A; 3G4S T; 1IHV A; 3QUI A; 2EGE A; 3CC2 A; 3FJ5 A; 3TQ7 P; 2EFI A; 2KBT A; 2KRN A; 3NGP A; 3QXE B; 1Q86 R; 2RJF A; 1JB0 E; 1U06 A; 2QEX A; 2XU8 A; 3M0P A; 2EYX A; 5CVI A; 3EFO B; 2O4X B; 1G2B A; 5J39 A; 3UPU A; 1AEY A; 4BDY A; 3I5S A; 4KGX B; 1S72 T; 1PCX A; 2ROL A; 4C92 D; 4NL3 A; 3N5B B; 3M4G A; 2A36 A; 4YTL A; 2B86 A; 2EYQ A; 3CCM T; 2RHI A; 3CCS T; 4QT7 A; 4A4K A; 4J9F A; 5KYN A; 2ZCF B; 3HFO A; 3UWN A; 1G8X A; 1UGQ B; 2Y4Y A; 4JZ4 A; 1X75 C; 1NEB A; 2GF7 A; 4XTV A; 1WX6 A; 4EMG A; 3JCM g; 4BB7 A; 1QCO A; 1QP2 A; 4A63 B; 1G3T A; 2X51 A; 2RHU A; 1B3Q A; 1RAF B; 1UJ0 A; 1VQ8 A; 3RIR A; 5CKE A; 3HTR A; 2QI2 A; 1W70 A; 2V1Q A; 2QQR A; 2DXU A; 2F69 A; 4N4I A; 5DM7 R; 2LMJ A; 1PHT A; 2L3P A; 3UA7 A; 5GAN f; 2EGA A; 3G7Z A; 1I1J A; 3MP6 A; 4N4G A; 1VQ4 Q; 2PU9 B; 2D0N A; 3I9Q A; 2FL7 A; 2X35 A; 2E4H A; 5AYF A; 1TWB A; 2DLP A; 2P4R A; 4JZ3 A; 5GAN d; 3P8B B; 1FWZ A; 1VQ9 T; 2ECZ A; 1ZHI A; 4V2S A; 1OU9 A; 4A4E A; 1M2O A; 2EJF A; 2W0Z A; 4E7H A; 1MGQ A; 3CXC P; 1FMK A; 5GAM g; 3GIB A; 2JOY A; 2VB6 A; 1BCO A; 1AOJ A; 3QBY A; 1I5O B; 3QJ6 A; 3ME9 A; 3ZL7 C; 1PSF A; 2KAF A; 4FW2 A; 2XDP A; 1Y96 A; 1VQP Q; 4DOV A; 4R56 A; 2L0A A; 1X6B A; 1NJI U; 2AIR B; 3CC2 T; 3E19 A; 2OAU A; 1K8A C; 3LX7 A; 2I2L A; 2LQK A; 2XID A; 4M75 G; 2HKN A; 3M0S A; 1E6H A; 2K3B A; 1B34 A; 2QEX T; 1PRM C; 2FG0 A; 3C0C A; 4OVA A; 1GBQ A; 2XHC A; 2GCX A; 3JCM X; 3EAE A; 2JNG A; 3OW2 A; 1N8R U; 1AWW A; 1PWT A; 2DET A; 1I5L A; 4Y91 A; 2KMT A; 3M4Y A; 3HL8 A; 4M7D C; 3TEE A; 1MNE A; 3VU3 C; 1ZSG A; 2NUT A; 1VQL Q; 3FDR A; 1UGS B; 4PNO A; 2O88 A; 1WXT A; 2LCC A; 3QDF A; 2H3E B; 4DQ2 A; 1WJS A; 1M30 A; 4M77 D; 5C6S A; 2CT3 A; 3L2U A; 4M7D A; 2J05 A; 5GAN 2; 3QDR B; 2X3W D; 2VKN A; 5EC7 A; 4E2F B; 4M7A B; 1W2B S; 1OX9 A; 1IZ6 A; 5KCH A; 2EW3 A; 3CCJ Q; 2RHX A; 2DFU A; 1SRL A; 2RJC A; 3OYK A; 2FZK B; 4OB1 B; 3CCR A; 1IO6 A; 2ZZD A; 2DXB A; 4P5N A; 1R77 A; 1S1N A; 1BK2 A; 1M1K U; 2DNU A; 2DYB A; 1UFF A; 1C6V X; 3QSU A; 3T9N A; 4EMK C; 4OB0 B; 3WXM B; 5GAN 6; 3H9N A; 5L8R E; 1QCF A; 1W4S A; 2DD4 A; 3TU4 K; 1OQK A; 2NUP A; 4OB2 B; 1Q82 C; 4C0D B; 5KYU B; 1KQ1 A; 2RJD A; 1TUG B; 1WZO A; 4EMK A; 2BZY A; 2RA2 A; 1QW1 A; 3I55 Q; 4N4H A; 2X4W A; 3OMC A; 2QGG A; 3CD6 T; 2BE9 B; 3M58 A; 3OYM A; 1ZA2 B; 3GPL A; 4J6W A; 1RAD B; 2HSP A; 3TRE A; 3OQ5 A; 2M16 A; 3BE3 A; 1UUE A; 1VQ6 A; 3OYA A; 1FMW A; 4BD3 A; 3CBM A; 2DEU A; 1WQ7 A; 2KXC A; 3URG A; 3G6E Q; 2E6N A; 1KD1 U; 1KHC A; 1WHM A; 4C5H A; 3M56 A; 3QYG B; 3VS6 A; 1PKT A; 3UF4 A; 3P8D A; 1K9M U; 4M7D E; 3J7A F; 2XG8 D; 1RL2 A; 2EQI A; 3JV3 A; 5KCO A; 2DJZ A; 4A4G A; 3CME Q; 2ED0 A; 2YRC A; 2YLC A; 3PMT A; 3QWY A; 2MYS A; 1R0B G; 4PL6 A; 1GCQ C; 3RDV A; 2MIO A; 2E10 A; 1X69 A; 3THK A; 4KUD K; 3EG0 A; 2YLB A; 4FSS A; 2HBW A; 1K76 A; 1AHJ B; 4C8Q C; 3GNF B; 2F2W A; 2MWO A; 3OYN A; 2DZC A; 2RI5 A; 2VGM A; 1B07 A; 1GCQ A; 3KBG A; 3OYE A; 2GFU A; 4ZTF A; 3CCR T; 2CZ0 B; 3LGF A; 4PLL A; 4PJO C; 1T0J A; 4HCZ A; 4C8Q A; 5CK9 A; 2LDM A; 1MMN A; 3CC7 T; 1YJN A; 5CIU A; 2PUK B; 3JCM e; 2FZC B; 2GTJ A; 4PJL A; 1GRI A; 1JBM A; 2QQS A; 1Q7Y R; 1RAB B; 4PJO A; 2ABL A; 2E3I A; 3INZ A; 3MP8 A; 3JB9 G; 2V8J A; 2LJ0 A; 1NG2 A; 5CKF A; 1JXO A; 1ZX6 A; 3EG1 A; 1HSQ A; 2XIC A; 1KFZ A; 3RR6 A; 3PIP A; 4IUR A; 5IN1 A; 3R6O A; 1U5S A; 2LCS A; 4ME7 A; 1K9A A; 5GMK m; 1CKA A; 3FJP A; 5IHI A; 1UHC A; 1VQ6 T; 8ATC B; 2DXT A; 3OYB A; 1BIB A; 1C1A A; 1H3H A; 2NWM A; 5J3B A; 1EFN A; 5GAM e; 1YIT Q; 3LW5 E; 1WA7 A; 3GBQ A; 3BY7 A; 3VKI A; 1H64 1; 1VQN Q; 1RAE B; 2CZ1 B; 5HY6 A; 3NFC A; 4KH0 B; 1QP3 A; 5KYX A; 2RI2 A; 3S6W A; 4RMO A; 1SSF A; 1XOV A; 3O8V A; 4JUV A; 1BCM A; 3OSS C; 2KI7 A; 2JVV A; 4X34 A; 3OYH A; 3UDC A; 5CO7 A; 2C06 A; 1YIJ Q; 2JMA A; 2OJ2 A; 3BDU A; 1OZ3 A; 1WJQ A; 5A0D A; 4C8Q E; 1P92 A; 1M8M A; 2YWW A; 2OTL Q; 4JDS A; 2RQR A; 3EHR A; 2EIF A; 1YJW A; 4M75 B; 4JJC A; 2OAW A; 3VS4 A; 2XDB A; 2VUB A; 4RTU A; 4AFZ C; 4M78 G; 1BBZ A; 1FXX A; 1VOM A; 2DTH A; 3M54 A; 4GLM A; 4M7D G; 4PJO E; 2WSE E; 1KC8 R; 1G3S A; 1OUL A; 5I2S A; 1PSE A; 3A98 A; 4CC3 A; 1K73 U; 2JW4 A; 4MZP A; 3RKX A; 5GAN j; 3TSZ A; 4ANJ A; 2OI3 A; 1YJN T; 3PVQ A; 3CCU A; 3SWN C; 1ZUU A; 1BIA A; 2P84 A; 4E7S A; 1VQO T; 1ZBJ A; 2VGN A; 4OML A; 3TVT A; 4MZT A; 1VQ5 A; 4M77 C; 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2JM9 A; 2Y90 A; 2DEQ A; 1BI3 A; 5FWB A; 1ZA1 B; 1MMG A; 2DRK A; 1V1C A; 1VQ5 T; 4CI0 C; 2DMO A; 2DM1 A; 2K5I A; 1D0Y A; 1UGR B; 2FRY A; 4PJO G; 2O2O A; 1RAC B; 1V76 A; 3LWH A; 3CCV T; 2HL5 C; 2CH4 W; 1U1S A; 5LJ5 g; 2QTX A; 4E47 A; 2YUO A; 1YHQ Q; 2XI9 A; 2CYZ B; 2DK3 A; 1HYO A; 2L3R A; 2V8I A; 1SG5 A; 4UC4 A; 4E7J A; 4CRI A; 1OX8 A; 5LJ3 g; 3KXT A; 1G83 A; 4ZGE B; 1YWP A; 4J6X A; 4J6Y A; 3G71 A; 1VQ8 Q; 3CPW S; 2NYS A; 1TXQ A; 2K5F A; 4LDV A; 2RB6 A; 3LWI A; 1RAI B; 3V8J A; 2L5Q A; 2EYZ A; 3DB4 A; 2DPP B; 2QG9 B; 4LDU A; 4JJB A; 2KSS A; 2O4X A; 4J9C A; 2XK0 A; 5FRO A; 4IKF A; 2C0O A; 4EDU A; 4IUT A; 4NOY A; 3HHT B; 4FCY A; 2XDD A; 5CQY A; 2EJG A; 3CCE Q; 1Y96 B; 2P0K A; 3NTH A; 1Q7Y C; 4MML A; 2K9G A; 1BI0 A; 3M53 A; 3M55 A; 1JEG A; 1TSF A; 3FRN A; 1VQK Q; 3CD6 A; 1B34 B; 2MMP A; 2JUF A; 4LUE A; 2KYB A; 1X2K A; 2KK4 A; 2CP3 A; 1Q81 R; 2IIM A; 3E9F A; 4D8K A; 1M9S A; 2CZ7 B; 3RMQ A; 2KGT A; 4R55 A; 4M77 F; 2YRD A; 1NYG A; 3VUB A; 5CAI A; 1VQ4 A; 4XTZ A; 2M9U A; 3PE0 A; 1MMD A; 2DXC A; 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