The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
12
|
sequence length |
56
|
structure length |
56
|
Chain Sequence |
ELVLALYDYQEKSPDEVTMKKGDILTLLNSTNKDWWKVEVNDRQGFVPAAYVKKLD
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Understanding the polymorphic behaviour of a mutant of the alpha-spectrin SH3 domain by means of two 1.1 A structures
rcsb |
| molecule tags |
Signaling protein
|
| source organism |
Gallus gallus
|
| molecule keywords |
Spectrin alpha chain, brain
|
| total genus |
12
|
| structure length |
56
|
| sequence length |
56
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2010-03-03 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00018 | SH3_1 | SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2GGR A; 1X6B A; 4Z8A A; 2LZ6 B; 2F2V A; 2M51 A; 1W6X A; 4HVV A; 2GBQ A; 2EQI A; 1NYG A; 1QKX A; 1UJ0 A; 1Y57 A; 1X2Q A; 3I5R A; 1UHC A; 2CUB A; 4LUE A; 2EYY A; 2V1R A; 2ESW A; 2KGT A; 1JEG A; 2KXD A; 1B3Q A; 3ZL7 C; 4RTV A; 1M27 C; 2L0A A; 1X43 A; 2KYM A; 4Y92 A; 1JU5 C; 1N5Z A; 4OMM A; 4RUG A; 2J6K A; 5I22 A; 2BZY A; 3UAT A; 1T3L A; 1WXT A; 2JW4 A; 1PNJ A; 2DBK A; 4HCK A; 2GTO A; 1E6H A; 2K6D A; 1OPL A; 3I5S A; 2FG0 A; 1CSK A; 2KT8 A; 1BK2 A; 2YDL A; 1PKT A; 2OI3 A; 2EVR A; 1AVZ C; 2DJQ A; 2JM9 A; 2V1Q A; 1CKA A; 1KJW A; 2JMC A; 4J9D A; 3NGP A; 3UA6 A; 4WCI A; 5GJV B; 1JO8 A; 2O88 A; 2W10 A; 2YSQ A; 3O5Z A; 4LNP A; 1X27 A; 2GNC A; 2RPN A; 2DL4 A; 2K2M A; 4JZ4 A; 1K9A A; 4IIM A; 2JT4 A; 3REB B; 2BZ8 A; 3I9Q A; 1AWX A; 2AZS A; 1YCS B; 2X3W D; 3QWY A; 5I11 A; 1BU1 A; 1YWO A; 1SSH A; 2CH4 W; 1MV0 B; 2RMO A; 2JS2 A; 1GCQ A; 2VKN A; 1QWE A; 2KRM A; 3EG1 A; 1TG0 A; 4A63 B; 3UF4 A; 4RTT A; 2D8J A; 3M0Q A; 4J9H A; 4CC2 A; 4AFZ C; 1HJD A; 2DVJ A; 1H8K A; 2EYW A; 4OML A; 2AZV A; 3JV3 A; 1M3B A; 2CT4 A; 4AFQ C; 4AG1 C; 2DL3 A; 1T0H A; 1OOT A; 1QWF A; 4Z88 A; 2PNI A; 1PRL C; 2D8H A; 1WX6 A; 2DE0 X; 2LX7 A; 2G6F X; 1I07 A; 2RF0 A; 5IXB A; 1BBZ A; 1UG1 A; 4F17 A; 2C0O A; 4J9E A; 4OMO A; 2KYB A; 2YUN A; 2RQR A; 1UE9 A; 2RQV A; 2O31 A; 4ZNX A; 2KT1 A; 2L3Q A; 1U3O A; 1Z9Q A; 1ZSG A; 3H0H A; 3TSW A; 4OMQ A; 1UJY A; 4M4Z A; 3VS7 A; 2L3P A; 2K9G A; 1I1J A; 3EG2 A; 1V1C A; 2DLP A; 1ZUK A; 2KR3 A; 5FWB A; 2K3B A; 2XMF A; 1NYF A; 4OMP A; 4KRT A; 2JM8 A; 1ZUU A; 2LCS A; 1VYT A; 1SHF A; 1VYV A; 1B07 A; 1NM7 A; 2EGE A; 4OMN A; 1GCP A; 3PVL A; 4E6R A; 2F2W A; 1W70 A; 1ABO A; 1AD5 A; 1K76 A; 1PWT A; 3M0S A; 4EIK A; 2LQW A; 1UDL A; 2ED1 A; 2NUZ A; 2RNA A; 1AEY A; 3VS4 A; 3C0C A; 4F16 A; 1UEC A; 2GTJ A; 2X3X D; 3H0F A; 1JXO A; 2LJ0 A; 2KRS A; 2ROL A; 1QCF A; 3VS1 A; 2LQN A; 2ROT A; 2A37 A; 1PKS A; 4ORZ A; 2YUQ A; 1YWP A; 2C0I A; 1NG2 A; 2OAW A; 1AZG B; 1WLP B; 1WA7 A; 2F2X A; 2A36 A; 1QKW A; 1GFC A; 2J05 A; 2O9S A; 4IIO A; 1JXM A; 2HCK A; 1AZE A; 1NEB A; 1ZUY A; 3NPF A; 2K7A A; 1TUD A; 1ABQ A; 2BZX A; 2P4R A; 4J9G A; 4DEX A; 2DL5 A; 1RI9 A; 1TUC A; 2K79 A; 3I35 A; 1JQQ A; 2YT6 A; 1ZBJ A; 2OJ2 A; 2HBW A; 5ECA A; 4GLM A; 2W0Z A; 1NLP C; 1NLO C; 1UUE A; 4JZ3 A; 2NWM A; 1WFW A; 1H3H A; 3UA7 A; 1Y0M A; 1T0J A; 2L2P A; 1UGV A; 1M3A A; 5IH2 A; 4RTZ A; 1I0C A; 1GBQ A; 2DX1 A; 1SRL A; 2J6O A; 2CUD A; 2RQW A; 3H41 A; 2DIL A; 1T3S A; 4D8K A; 2KE9 A; 1BB9 A; 4JJC A; 4J9C A; 3TVT A; 1SHG A; 1YN8 A; 2PZ1 A; 1SEM A; 2A28 A; 3IQL A; 1E6G A; 2RN8 A; 1FYN A; 1VA7 A; 5IHK A; 1RLP C; 1WXU A; 2C0T A; 1Z9Z A; 1M30 A; 1W1F A; 4QT7 A; 4Z89 A; 2JTE A; 1J3T A; 1EFN A; 2CRE A; 2DF6 A; 4J9F A; 1PHT A; 1XOV A; 2KNB B; 1GL5 A; 2YUO A; 1SRM A; 2MIO A; 3ULR B; 2LMJ A; 3SEM A; 4AFU C; 1LCK A; 1ZLM A; 2J7I A; 1QLY A; 3VS5 A; 4DEY A; 1E7O A; 2FRY A; 2KBT A; 5HCK A; 1K4U S; 3U23 A; 2M0Y A; 2CT3 A; 1AWJ A; 2MCN A; 4F14 A; 2D0N A; 1ARK A; 2VVK A; 2LJ3 A; 1IO6 A; 1M8M A; 2AKK A; 2O2O A; 1GRI A; 2GQI A; 2RQU A; 4CC7 A; 2D1X A; 3H0I A; 5IXF A; 2RQT A; 2DRM A; 2FPD A; 2LJ1 A; 2J06 A; 1WI7 A; 2I0N A; 3RNJ A; 3FJ5 A; 1G83 A; 2FPF A; 2EKH A; 1U06 A; 3A98 A; 3THK A; 1UFF A; 1AOJ A; 2CSQ A; 2CDT A; 2SRC A; 2J6F A; 3PVQ A; 1RUW A; 1AWW A; 2EGC A; 2BTT A; 2O9V A; 4X1V A; 2LP5 A; 4LN2 A; 4RTX A; 2KXC A; 4R0K A; 2EGA A; 3M0U A; 1FMK A; 1X6G A; 1WYX A; 3REA B; 1NEG A; 1K1Z A; 2IIM A; 5FW9 A; 2JMA A; 3VRZ A; 1MUZ A; 1ZX6 A; 3R6N A; 3EGU A; 2EBP A; 4J9B A; 1G2B A; 2DA9 A; 3NMZ C; 2DM1 A; 2KRO A; 1GFD A; 1MV3 A; 1SPK A; 1RLQ C; 4CC4 B; 4HVU A; 2JXB A; 2CH4 A; 2DRK A; 2DL8 A; 4K11 A; 2ECZ A; 2HEQ A; 2QDL A; 2DBM A; 1KIK A; 2L3S A; 2FPE A; 4LUD A; 1S1N A; 2ABL A; 2B86 A; 3QWX X; 3EG0 A; 3VS6 A; 4AFS C; 5FWC A; 3KFV A; 4RTY A; 1GCQ C; 2EW3 A; 2DNU A; 4RTW A; 1UHF A; 1KSW A; 1YNZ A; 2A08 A; 3M0P A; 5EC7 A; 1M3C A; 1OEB A; 4CC3 A; 2FRW A; 4FSS A; 1OV3 A; 2HDA A; 2EYX A; 2PTK A; 1HD3 A; 3EHR A; 2DL7 A; 1VYU A; 2H8H A; 5IHN A; 3VS3 A; 4AG2 C; 2EPD A; 5L23 A; 3LH5 A; 2ENM A; 5GJW B; 2LNH B; 2DMO A; 3SHW A; 4HXJ A; 1WIE A; 1WXB A; 1PRM C; 1X69 A; 2JS0 A; 2AKL A; 3M0R A; 1OPK A; 2FEI A; 4JJB A; 4JPB W; 2SEM A; 1CKB A; 1UTI A; 1K0S A; 2EYZ A; 1A0N B; 2CSI A; 1HSQ A; 2KRN A; 4RTU A; 3EHQ A; 1KFZ A; 2MOX A; 2HSP A; 3EG3 A; 4LE9 A; 3RBB B; 2DYB A; 4HVW A; 1K0X A; 4D8D A; 3CQT A; 1U5S A; 2FO0 A; 2ED0 A; 2KEA A; 3M0T A; 3VRY A; 2YUP A; 3NHN A; 2E5K A; 3VS0 A; 4ESR A; 1GBR A; 3PE0 A; 4JJD A; 1X2K A; 2VWF A; 3TSZ A; 1WDX A; 3GBQ A; 4J9I A; 1AWO A; 2AK5 A; 3VS2 A; 5IHI A; 1YP5 A; 1H92 A; 4GBQ A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1BYM A; 2GGR A; 1FMW A; 2MAM A; 2KI7 A; 4C0D C; 4C8Q C; 2OAU A; 2GBQ A; 2HMA A; 2P0P A; 1N9S A; 1D3B B; 1Y57 A; 3EGD B; 4C92 D; 4M75 D; 2CUB A; 3OYL A; 3VKI A; 4LUE A; 4M77 E; 4M78 C; 1JEG A; 1B3Q A; 5GAN d; 3JCM g; 1QVF A; 1M27 C; 4X9C A; 1X43 A; 1JU5 C; 1JJ2 P; 2A3L A; 3LGF A; 3JB9 I; 5GAN j; 4OMM A; 3LWI A; 1IHV A; 5I22 A; 2DK3 A; 3UAT A; 3M58 A; 1T3L A; 2JW4 A; 4HCK A; 2CP3 A; 2GTO A; 1E6H A; 1BK2 A; 2JTM A; 4XQ3 A; 3L2Q A; 2DJQ A; 2JM9 A; 2V1Q A; 1CKA A; 1TSF A; 2HQE A; 3V8K A; 3NGP A; 1YJN Q; 4O5V A; 3V7S A; 1VQK A; 4PL6 A; 5LJ5 e; 5KYW A; 2O88 A; 2DTH A; 1QVG A; 2YSQ A; 5LJ5 f; 1XJW B; 3EGD A; 1WNL A; 3OYC A; 2V26 A; 5J39 A; 1ZBX A; 2JT4 A; 3HKS A; 1I5L A; 1PSE A; 4JRP A; 2MYS A; 4M7A C; 1AWX A; 4F7U E; 4M7D F; 1H3Z A; 1YWO A; 2QQR A; 2RMO A; 2QGG A; 1YIJ T; 2E5Q A; 3S3N A; 3LW5 E; 4CC2 A; 2K2V A; 2JVV A; 2DVJ A; 1YJW Q; 3CC4 Q; 2AZV A; 4M7D G; 3JV3 A; 4BY6 B; 2CT4 A; 1Q7Y R; 4WF2 A; 2LT4 A; 1QWF A; 4LD6 A; 2L89 A; 3X25 B; 1PRL C; 4KGX B; 1Y71 A; 1VQ4 Q; 1I07 A; 3BFM A; 1KD1 U; 2A7Y A; 3R6O A; 2YUN A; 2RI5 A; 2M0O A; 1D0Y A; 2HBP A; 3CC7 A; 2KT1 A; 3TSW A; 5GAO n; 1YCY A; 2E1H A; 4OMQ A; 1VQM T; 3QSU A; 2H3J A; 4C92 E; 1VQ9 T; 5LJ5 h; 5FU7 C; 2K9G A; 1H64 1; 4XTU A; 3OYA A; 3EG2 A; 1YJ9 A; 1NBE B; 4BDY A; 1ZUK A; 2KR3 A; 5FWB A; 4V2S A; 4L5G A; 1PC0 A; 3VYG A; 1VQN T; 1UGR B; 3RR6 A; 4N4H A; 5CO7 A; 2JM8 A; 5DY9 A; 3SB2 A; 3BDL A; 4E7L A; 4KBM B; 3EAE A; 3JCM b; 3NTK A; 1WHH A; 3CCE T; 3OYD A; 3M0S A; 1KQS A; 4HT9 A; 3E2U A; 1AEY A; 4J7I A; 1HXD A; 2KRS A; 4MDW A; 1UGP B; 2ROT A; 1X01 A; 3JRZ A; 3FC3 A; 2YUQ A; 2DER A; 1WLP B; 5EG2 A; 1VQ5 Q; 1WA7 A; 4PJO B; 2F2X A; 1QKW A; 1JRI A; 1VQK T; 2ZPE B; 4IUQ A; 5GAM h; 4JRK A; 2LT1 A; 4YTL A; 3L2U A; 4M75 F; 2K7A A; 1ABQ A; 5GMK e; 1QVP A; 2P4R A; 1YJ9 Q; 1LOJ A; 2Y4X A; 1RI9 A; 5IT9 E; 2K79 A; 2YT6 A; 3H9N A; 1NLP C; 4M75 G; 4LDY A; 4BI4 A; 1VIE A; 1WFW A; 3J80 E; 3EGX B; 3CCJ T; 3DLL A; 1C0M A; 3HHT B; 1VQ8 A; 4RTZ A; 1I0C A; 2QDY B; 1RL2 A; 2E4H A; 2DX1 A; 4IUR A; 4OB3 B; 2RK2 A; 3OA6 A; 5CK9 A; 4D8K A; 2CZ0 B; 4JJC A; 4PJO A; 4J9C A; 5CKH A; 3CBP A; 3G4S Q; 3EH2 A; 3PFS A; 2JTF A; 5GMK i; 2DEQ A; 2XI9 A; 2A28 A; 4PFP A; 4C0D B; 1S72 Q; 4C8Q B; 1RLP C; 1WXU A; 3M59 A; 4ZGJ B; 4RCC A; 2C0T A; 1KD1 C; 4FSX A; 3CCU A; 3QII A; 3QHS A; 4Z89 A; 1G3Y A; 5I2M A; 2E10 A; 4M78 B; 1J3T A; 2CRE A; 1XOV A; 1GL5 A; 2QTX A; 3HFN A; 3QDF A; 4AFU C; 2JNG A; 4IUU A; 3C12 A; 2J7I A; 1M1G A; 2FRY A; 2DYI A; 2QYZ A; 5HCK A; 2Y4Y A; 4NL2 A; 3U23 A; 2LC4 A; 1K4U S; 3C4S A; 2V8I A; 4FT4 A; 2MK5 A; 1OI1 A; 4PJJ A; 2MCN A; 1PCX A; 2D0N A; 1ARK A; 1D1C A; 1Q7Y U; 5AYF A; 1VQ8 Q; 3CC2 A; 2OX7 A; 2RQU A; 4CC7 A; 3QJ6 A; 2NUP B; 3L2V A; 3WXM B; 3THK A; 2KMT A; 4FYY B; 3RES A; 3MCA B; 1IGU A; 2ZPG B; 1RUW A; 1IGQ A; 1AWW A; 1BIA A; 2F1L A; 4HCZ A; 4M7A B; 1MND A; 4Z02 A; 1NEG A; 4BD3 A; 4EMH A; 2HQX A; 3R6N A; 2ZPB B; 2QG9 B; 3WVE B; 3HTR A; 3TQ7 P; 2CS7 A; 2VAS A; 2EYQ A; 1SPK A; 3JCM W; 7AT1 B; 4HVU A; 3JCM h; 3V7C A; 2DJZ A; 1B34 B; 3G7Z A; 2HEQ A; 2QDL A; 1KIK A; 3DKM A; 1VUB A; 4QQ6 A; 2B86 A; 5CQY A; 3EG0 A; 2O01 E; 5CCA A; 3A8H B; 5FU7 B; 3ZBD A; 4BE1 A; 1R0B G; 4JDS A; 3MEV A; 4RTW A; 1C6V X; 4XTZ A; 4J6X A; 1YNZ A; 2A08 A; 1ACM B; 3GIB A; 3FRN A; 1MHN A; 4NOY A; 4FSS A; 2LVM A; 1SKU B; 4OMF B; 4AT1 B; 2DO3 A; 2PTK A; 2YLB A; 3OYB A; 1QP2 A; 3QYH B; 3VS3 A; 5IHN A; 3A1P A; 3FLG A; 4AG2 C; 5GJW B; 2LNH B; 3SHW A; 4HXJ A; 1WIE A; 2AKL A; 1OPK A; 4JPB W; 2VV5 A; 1UTI A; 1JB0 E; 3RKY A; 4M7D A; 1B34 A; 1RAB B; 1VQ6 T; 5FRN A; 1OZ2 A; 4ZTJ A; 2E70 A; 2RJC A; 4D8D A; 5I2S A; 2E6Z A; 1U5S A; 2LTO A; 3M57 A; 3CEY A; 3VRY A; 2QQA A; 1Q7Y C; 1RAE B; 4FYX B; 3VS0 A; 1RAH B; 2GFA A; 3VUB A; 3OS0 A; 1UEB A; 5HK3 A; 4QW2 A; 1AWO A; 1UB4 A; 5LJ3 g; 1H92 A; 1VQP T; 4GBQ A; 1X6B A; 2P0Q A; 2M51 A; 1O75 A; 2HNI A; 2MMP A; 1W6X A; 4HVV A; 1QKX A; 1ZA1 B; 3JB9 H; 1PD0 A; 4BDZ A; 1XNI A; 2COY A; 2NUT A; 4J5Y A; 2R5M A; 4Q5W A; 4QVZ A; 3CXC P; 2V1R A; 2ESW A; 2KGT A; 1YFN A; 4RTV A; 1Q81 R; 2JUF A; 3EFR A; 2EQU A; 1NJI R; 1N5Z A; 4A4G A; 4ELZ C; 4ME7 A; 1WXT A; 3OSS C; 3UWN A; 4M77 D; 1K9M R; 1OPL A; 2YRV A; 1V29 B; 1PKT A; 2K5I A; 3URG A; 2EVR A; 1AVZ C; 5A0G A; 1KJW A; 4WCI A; 2QQS A; 2HKN A; 3O5Z A; 4OGC A; 4FU6 A; 2RPN A; 5GAN 6; 2K2M A; 4C8Q E; 2DFU A; 1K9A A; 3KUF A; 5KE3 A; 4ATO A; 3G71 A; 2GFU A; 4M75 A; 3SDZ A; 2AZS A; 5GAN g; 4PJL A; 1YCS B; 2X3W D; 2XIC A; 2XG8 D; 1SSH A; 4M78 E; 1YHQ A; 4MML A; 2L8D A; 4OP0 A; 1QWE A; 2KRM A; 1TG0 A; 4JRQ A; 1HJD A; 2WSF E; 2EQM A; 1AHJ B; 3T9N A; 4LDX A; 4IUP A; 4AG1 C; 1AT1 B; 3OW2 P; 2DL3 A; 4Z88 A; 5I21 A; 2PUK B; 5KH6 A; 2K57 A; 1YIJ A; 2D8H A; 1WX6 A; 3SWN C; 4GLK A; 1WZO A; 1KQ2 A; 2LX7 A; 2RF0 A; 4PNO A; 1Y07 A; 2C0O A; 2LX9 A; 4J9E A; 3ZFJ A; 5C6S A; 2M02 A; 1YI2 A; 2L3Q A; 1ZSG A; 1U8R A; 2HQH A; 2CYZ B; 1OU9 A; 5HY6 A; 2JOY A; 1IZ6 A; 1P92 A; 1V1C A; 4QQG A; 4OB2 B; 2K3B A; 4LXC A; 4PK4 A; 1NYF A; 4OMP A; 1VQM A; 3P8B B; 5C0M A; 4KRT A; 3CCR T; 1VQ9 A; 1PD1 A; 1VOM A; 4M7A E; 5A2Q E; 5FRM A; 3TRE A; 3QJY A; 2DTO A; 2CZ1 B; 2EGE A; 4OMN A; 3PVL A; 5KYW B; 2QEX Q; 1W70 A; 1VQN A; 5DLQ E; 1UDL A; 1WQ7 A; 3C0C A; 3CCQ Q; 1UGS B; 1QMC A; 3H0F A; 1JXO A; 2LQK A; 3G6E T; 3ME9 A; 2FHD A; 3PTA A; 3CCE A; 1PKS A; 3OY9 A; 4KT0 E; 2C0I A; 1YIT T; 4DQ2 A; 1NG2 A; 4TVR A; 2FZK B; 4IKF A; 3CCS Q; 4DBH A; 1GFC A; 2J05 A; 1N6A A; 1F1B B; 1JXM A; 4BAC A; 5GAN 2; 1AZE A; 5GMK j; 2HKQ B; 1NEB A; 1ZUY A; 1VQO T; 2I2L A; 1JJ2 S; 2EFI A; 2DL5 A; 1TUC A; 1JQQ A; 1BCM A; 3G71 T; 2OJ2 A; 1G3T A; 5ECA A; 1NLO C; 1UUE A; 1VQ9 Q; 4KH1 B; 1YHQ T; 2RM4 A; 2QA4 T; 3GNG A; 3FEO A; 1Q81 U; 1K73 R; 1T0J A; 1WPY A; 2L2P A; 1NJI U; 1TH7 A; 5GMK m; 4M77 F; 5GMK l; 4EMG A; 3CCJ A; 2PVG B; 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