The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
12
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sequence length |
66
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structure length |
66
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Chain Sequence |
MVLEYGEAIAKFNFNGDTQVEMSFRKGERITLLRQVDENWYEGRIPGTSRQGIFPITYVDVIKRPL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
Sorbin and SH3 domain-containing protein 1
|
| publication title |
Structural investigation of the interaction between the tandem SH3 domains of c-Cbl-associated protein and vinculin
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Homo sapiens
|
| molecule tags |
Signaling protein
|
| total genus |
12
|
| structure length |
66
|
| sequence length |
66
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-07-11 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00018 | SH3_1 | SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1W1F A; 1OPL A; 1SSH A; 2D0N A; 3NPF A; 4D8D A; 3VS7 A; 1GCQ C; 1OV3 A; 2KGT A; 3I5S A; 1UHF A; 4Z88 A; 1RLP C; 2SEM A; 2J7I A; 3TSZ A; 2DBK A; 4F17 A; 2L3S A; 1X43 A; 3VRZ A; 2C0T A; 5IHK A; 1FMK A; 4AFU C; 2VVK A; 2ED0 A; 4JZ4 A; 2ROT A; 3H0I A; 1WI7 A; 2D8H A; 2FEI A; 3GBQ A; 1OPK A; 2CDT A; 1NEG A; 2P4R A; 4Y92 A; 4RTX A; 1QLY A; 1UJY A; 4AG2 C; 4F16 A; 2DM1 A; 3TVT A; 1JXO A; 5L23 A; 5IXB A; 2CH4 A; 2LCS A; 1A0N B; 3RNJ A; 1NM7 A; 1PRL C; 2YSQ A; 1I07 A; 1ZUK A; 5ECA A; 1M30 A; 3PE0 A; 1ZBJ A; 2K3B A; 4X1V A; 1MUZ A; 1J3T A; 1UGV A; 2L0A A; 2RN8 A; 1YWP A; 2PTK A; 2JM8 A; 2KT1 A; 1N5Z A; 1WXU A; 4ORZ A; 3H0F A; 1PNJ A; 1I1J A; 2IIM A; 2A28 A; 2B86 A; 3M0T A; 1VA7 A; 2CRE A; 2GGR A; 4RTY A; 3THK A; 1ARK A; 2DYB A; 2RQW A; 2HBW A; 4JPB W; 1CSK A; 1T3S A; 3VS4 A; 2MCN A; 2K7A A; 5I11 A; 2DRM A; 4LE9 A; 2ECZ A; 1RUW A; 2OI3 A; 4JJB A; 1B07 A; 1GFC A; 1U06 A; 3PVL A; 5FWC A; 1TUC A; 1M27 C; 1K76 A; 1E6H A; 1H3H A; 3LH5 A; 2EYZ A; 2GTJ A; 4J9I A; 2EVR A; 4E6R A; 2GNC A; 2HSP A; 3VS5 A; 4J9C A; 4OMQ A; 2W0Z A; 3O5Z A; 3UAT A; 2KE9 A; 1PHT A; 5HCK A; 2J06 A; 4ZNX A; 2DBM A; 1CKB A; 1G83 A; 1UEC A; 3SEM A; 3KFV A; 1ZUY A; 5IHI A; 2C0I A; 1UDL A; 2J6K A; 1PRM C; 4CC7 A; 1S1N A; 1PKS A; 2FPF A; 1ZLM A; 1BK2 A; 2A08 A; 1YNZ A; 4J9E A; 3A98 A; 1QKW A; 1SHG A; 3M0P A; 2DX1 A; 2RMO A; 2KXD A; 4AFZ C; 2SRC A; 2EGE A; 1RLQ C; 2LJ3 A; 3EGU A; 1QWF A; 4OMP A; 1K1Z A; 1I0C A; 1MV0 B; 1TG0 A; 4LNP A; 4GBQ A; 4GLM A; 4RTZ A; 4OMN A; 3TSW A; 1SPK A; 2BZY A; 2KRS A; 2D8J A; 5FW9 A; 1JXM A; 3EHR A; 4AFS C; 4RUG A; 2EYX A; 1CKA A; 1HJD A; 2J05 A; 3EG3 A; 2RF0 A; 5GJV B; 1Y0M A; 2KR3 A; 2DVJ A; 2CSI A; 2DF6 A; 1WIE A; 1WLP B; 2DIL A; 2ED1 A; 2KEA A; 1GBQ A; 1H92 A; 2F2X A; 2ENM A; 2BZX A; 1KFZ A; 3CQT A; 2LNH B; 1PKT A; 4FSS A; 2CT4 A; 1TUD A; 3I9Q A; 2ESW A; 3C0C A; 1PWT A; 2DRK A; 2V1R A; 1HSQ A; 1JU5 C; 4DEX A; 2AZS A; 1E6G A; 1SRL A; 3QWY A; 4OMO A; 2CSQ A; 1W70 A; 5EC7 A; 1U5S A; 2I0N A; 4LUD A; 1YN8 A; 4RTU A; 2LX7 A; 2FPE A; 3UA6 A; 2FG0 A; 4JJC A; 1M3B A; 4HVW A; 5FWB A; 5IHN A; 2MOX A; 4DEY A; 2C0O A; 2EGC A; 3VS1 A; 2O88 A; 1T0H A; 1AWJ A; 3RBB B; 1HD3 A; 4HXJ A; 1K0S A; 1GRI A; 1K0X A; 1SEM A; 2KRM A; 3EG2 A; 2RQT A; 4JJD A; 3JV3 A; 1GBR A; 2F2W A; 4OML A; 2LZ6 B; 1Z9Q A; 3M0Q A; 1UE9 A; 4IIO A; 1AVZ C; 2K6D A; 3I5R A; 1GCP A; 2KXC A; 1SRM A; 2QDL A; 3ZL7 C; 2EKH A; 1NLP C; 2HDA A; 2XMF A; 3M0U A; 2EW3 A; 5I22 A; 3FJ5 A; 2DL3 A; 4F14 A; 4AG1 C; 2CUB A; 2H8H A; 2LJ0 A; 1NEB A; 3ULR B; 2KYB A; 3VS2 A; 3QWX X; 2CUD A; 1JO8 A; 1KJW A; 4CC2 A; 1AWO A; 4QT7 A; 1JEG A; 1XOV A; 1G2B A; 3EG1 A; 3VS0 A; 3EG0 A; 1QKX A; 2K9G A; 4Z89 A; 1ZX6 A; 1AZG B; 1FYN A; 1BU1 A; 2YT6 A; 2ABL A; 2NUZ A; 3M0S A; 1M3A A; 2DJQ A; 1X2Q A; 2F2V A; 1GL5 A; 2OJ2 A; 1RI9 A; 1X6B A; 2E5K A; 1VYV A; 2DMO A; 2L3Q A; 3EHQ A; 2OAW A; 2KYM A; 2JMA A; 2VWF A; 1WDX A; 2FRW A; 2AKK A; 2AZV A; 4J9F A; 4CC4 B; 1AWW A; 4RTW A; 2DL7 A; 2KRN A; 1UG1 A; 1T3L A; 2AK5 A; 1EFN A; 2GQI A; 1BB9 A; 1NYG A; 1AD5 A; 1SHF A; 2JXB A; 3IQL A; 2DL8 A; 1W6X A; 1AWX A; 4HCK A; 1ZUU A; 2W10 A; 3REA B; 1X69 A; 2O31 A; 1KSW A; 1AZE A; 1WFW A; 3NMZ C; 2BTT A; 2JTE A; 1B3Q A; 2RQU A; 2VKN A; 3VS3 A; 1VYU A; 2O9V A; 2AKL A; 2CH4 W; 1T0J A; 4CC3 A; 3I35 A; 4Z8A A; 1E7O A; 4AFQ C; 1BBZ A; 4J9D A; 2KT8 A; 4R0K A; 2DE0 X; 2O9S A; 2MIO A; 3SHW A; 2FPD A; 2EBP A; 2M0Y A; 2O2O A; 2DL5 A; 1K4U S; 2EYW A; 2FRY A; 4KRT A; 3H0H A; 4K11 A; 2NWM A; 2CT3 A; 1ABO A; 2J6F A; 2A36 A; 1UJ0 A; 3PVQ A; 2DA9 A; 2EPD A; 1WXT A; 2JMC A; 2HEQ A; 1GCQ A; 1Z9Z A; 3REB B; 1UHC A; 2KNB B; 1WXB A; 4J9B A; 2YUO A; 2GBQ A; 2BZ8 A; 2ROL A; 1YP5 A; 5GJW B; 2YUP A; 5IXF A; 5IH2 A; 4M4Z A; 2LJ1 A; 1H8K A; 1JQQ A; 1ABQ A; 1M3C A; 1UTI A; 4RTV A; 2JW4 A; 1X6G A; 1MV3 A; 2LQW A; 2PNI A; 2J6O A; 1OEB A; 2D1X A; 1VYT A; 2A37 A; 3VRY A; 2PZ1 A; 1UUE A; 2KRO A; 1QWE A; 2JT4 A; 4LUE A; 1QCF A; 1WYX A; 4RTT A; 1WX6 A; 1NYF A; 1M8M A; 2M51 A; 4EIK A; 2G6F X; 4LN2 A; 3NGP A; 2EQI A; 2L2P A; 2JS2 A; 2RPN A; 4A63 B; 4D8K A; 1IO6 A; 2K2M A; 2DLP A; 2DNU A; 3UF4 A; 2YUQ A; 4HVU A; 2RQV A; 1V1C A; 1AEY A; 2EGA A; 2KBT A; 4HVV A; 1AOJ A; 2JM9 A; 1GFD A; 2V1Q A; 2RQR A; 1OOT A; 1LCK A; 1U3O A; 4ESR A; 2HCK A; 2YUN A; 2LQN A; 4OMM A; 2LMJ A; 3R6N A; 1NG2 A; 2L3P A; 1KIK A; 1X27 A; 4J9H A; 3UA7 A; 1YWO A; 3U23 A; 1WA7 A; 2DL4 A; 2JS0 A; 1UFF A; 1Y57 A; 3NHN A; 2RNA A; 1YCS B; 2EYY A; 2GTO A; 2K79 A; 1X2K A; 1NLO C; 3H41 A; 4J9G A; 2X3W D; 2LP5 A; 2YDL A; 2X3X D; 1K9A A; 3VS6 A; 3M0R A; 4IIM A; 4JZ3 A; 1ZSG A; 2FO0 A; 4WCI A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1KQ2 A; 4QQD A; 1VIF A; 1GCQ C; 4OGC A; 3I5S A; 5GAO m; 1KQS P; 1QW1 A; 2J7I A; 2LC4 A; 2A0F B; 4F17 A; 2NUP B; 2JN0 A; 3A1P A; 1VQ6 A; 1Q81 U; 1RAI B; 1Q81 R; 1VQL Q; 4FYY B; 1M2V B; 3S3M A; 1NJI U; 2VVK A; 2KK4 A; 1NJI R; 2FEI A; 2GFU A; 1NEG A; 2M9U A; 1QLY A; 4F16 A; 2HL3 A; 5L23 A; 4BB7 A; 5IXB A; 3JCM b; 2CH4 A; 1A0N B; 3RNJ A; 1X01 A; 1I07 A; 3KXT A; 4M75 B; 1M30 A; 3PE0 A; 4J6W A; 4JRK A; 1C0M A; 1QCN A; 3MP8 A; 1J3T A; 3TU4 K; 1Y07 A; 3QPH A; 8AT1 B; 2HQH A; 3CMA Q; 2KT1 A; 2V8K A; 1N5Z A; 1VOM A; 3AT1 B; 3H0F A; 1PNJ A; 1I1J A; 2XD0 A; 3L1A A; 2A28 A; 2V8I A; 3UDC A; 4DBR A; 1S72 A; 1VA7 A; 4XTX A; 2CRE A; 4XU0 A; 2DYB A; 2QTV A; 1QCO A; 2LQK A; 4JPB W; 3CD6 T; 2H3J A; 3A5Z B; 5C0M A; 2R5A A; 5KCO A; 3JRZ A; 4E7H A; 2JOY A; 2QQB A; 4MML A; 1BKB A; 2ECZ A; 4PNO A; 4IUR A; 4BE0 A; 2OX7 A; 2DPP B; 1E6H A; 2LT4 A; 1ZA2 B; 2YRD A; 1MMD A; 4B6M A; 2JTM A; 3J80 E; 1VIE A; 4B9X A; 4RCC A; 2NUT A; 1YCY A; 2GNC A; 2HSP A; 4II1 A; 4L5G A; 5CKD A; 4CRI A; 3MEU A; 3FEO A; 3CPW P; 1Q95 G; 2FZG B; 1I81 A; 3MP6 A; 3BFM A; 4E7S A; 3CCS Q; 2NYS A; 3KFV A; 5LJ5 g; 3OS1 A; 1ZUY A; 2CP0 A; 4A53 A; 1YIT A; 2L5Q A; 4EMH A; 3NTI A; 5D6X A; 3JB9 D; 1IHV A; 1WQ7 A; 1VQ9 A; 1ZLM A; 1BK2 A; 2A08 A; 1R77 A; 2RI2 A; 4C8Q F; 1YNZ A; 2D6F A; 4C0D C; 4J9E A; 1X75 C; 3A98 A; 2DX1 A; 5J3B A; 1RLQ C; 3I55 A; 3UPU A; 1QWF A; 1D1C A; 4GBQ A; 4FW2 A; 4GLM A; 4M78 F; 1QVG P; 3JCM W; 3E19 A; 4F04 B; 4RTZ A; 2A7Y A; 4DBH A; 4OMN A; 1SPK A; 2IVW A; 4C8Q G; 2QAZ A; 4LXC A; 5FW9 A; 3QBY A; 4AFS C; 5FU6 B; 1R0B G; 2EYX A; 2WSC E; 1HJD A; 1H3Z A; 2J05 A; 3V8K A; 5GAN 2; 3L2W A; 1KHI A; 1O9S A; 5GAN f; 2VV5 A; 4M78 G; 2KEA A; 1H92 A; 2F2X A; 4C5H A; 2DD4 A; 4M77 F; 4BE1 A; 3LLR A; 2QYZ A; 1TXQ A; 3G71 A; 3OS0 A; 3FDR A; 1Y7X A; 1TUD A; 3HP9 A; 3S6W A; 2RO0 A; 5FRO A; 1UGQ B; 2DRK A; 3DLM A; 4BY6 C; 2M02 A; 6AT1 B; 1JU5 C; 3CPF A; 2YWW A; 5GAO r; 1LJO A; 4BDZ A; 1QMC A; 5HK0 A; 4LDY A; 1JRI A; 1YJW A; 1BIA A; 5FU7 C; 4V2S A; 3GLX A; 4M77 G; 1JJ2 S; 2LX7 A; 4M7A F; 2CP6 A; 5CVI A; 5FWB A; 2C0O A; 4E47 A; 1T0H A; 2O88 A; 2QG9 B; 1AWJ A; 4E2F B; 3RBB B; 4JRQ A; 3FIF A; 1K0S A; 4BI8 B; 2E70 A; 2COY A; 1SEM A; 1Q82 U; 3CCE Q; 1M2O A; 3RIR A; 2QTX A; 5GAN h; 1Q82 R; 3CD6 Q; 2RK1 A; 1I5L A; 1TWB A; 4IIO A; 3EFO A; 5GAO l; 2K6D A; 2CZ6 B; 4D6W A; 2PVG B; 2EKH A; 4ZGD B; 3M0U A; 3MEA A; 3FJP A; 2CUB A; 2H8H A; 2P0P A; 3CME T; 5LJ3 f; 1K9M C; 3J7A F; 2KYB A; 4LDW A; 3LWI A; 5I2S A; 2G3R A; 4NL3 A; 4ZTJ A; 3SB2 A; 2CUD A; 1KJW A; 4FL6 A; 4QT7 A; 1W2B S; 1XOV A; 1JB0 E; 4YTL A; 1Y71 A; 3QHS A; 3EG0 A; 2K9G A; 2WSF E; 2EQM A; 4JS4 A; 3JCM c; 1EX4 A; 1BU1 A; 2F2V A; 1WJR A; 3C12 A; 2RM4 A; 2OTJ T; 1GL5 A; 1RI9 A; 1PC0 A; 3RES A; 5D6W A; 2A3L A; 3R6O A; 1WDX A; 2FRW A; 1G3W A; 2AKK A; 2DJZ A; 3EAE A; 3NTH A; 2DO3 A; 4J9F A; 4PFO A; 4O6J A; 1BB9 A; 2K3Y A; 4PJM A; 2X51 A; 3EGD B; 1NPR A; 1AT1 B; 2I2L A; 3IQL A; 4OB2 B; 3EGD A; 5LJ3 h; 5GAM j; 3QXE B; 4M7D G; 3KUF A; 1R8O B; 2LT1 A; 1WFW A; 1AZE A; 1MND A; 1OI1 A; 2IG0 A; 3QO3 A; 8ATC B; 3RKY A; 3CCV Q; 5D7U A; 2VC8 A; 1T0J A; 4ZTF A; 2MPX C; 3I35 A; 1WHG A; 3S3O A; 4J9D A; 1VQK A; 5CKF A; 2DFU A; 4KGZ B; 3JB9 J; 3QJ6 A; 2EJF A; 3SHW A; 1MGQ A; 5A2Q E; 2O2O A; 1VQ6 T; 4KRT A; 4K11 A; 3P8B B; 1M1K C; 4KGX B; 1MMG A; 2J6F A; 3O8V A; 1Q7Y U; 5J26 A; 3PVQ A; 2DA9 A; 2JUF A; 3CCM T; 1Q7Y R; 2HEQ A; 1ZSZ B; 1P92 A; 1VQ5 T; 3REB B; 3X28 B; 1WXB A; 4J9B A; 2VXE A; 2GBQ A; 2ROL A; 1YP5 A; 5CO7 A; 2XG8 D; 2OAU A; 1OU8 A; 1KD1 C; 4IUQ A; 3RDV A; 4EMG A; 1M3C A; 2MMP A; 4MMK A; 2EFI A; 2ZZD A; 1OX8 A; 2LQW A; 5GMK h; 1FWZ A; 2ZGW A; 2EQU A; 2EYQ A; 3SD4 A; 2ZCF B; 1QWE A; 2JT4 A; 3GIB A; 1WYX A; 2RJE A; 1NYF A; 2VXF A; 2M51 A; 2FL7 A; 3MEW A; 1D3B A; 3PNW C; 1S72 T; 2JS2 A; 1LVK A; 3L2U A; 2DNU A; 3M9Q A; 4C92 D; 4HVU A; 4HT9 A; 2HKN A; 4A54 A; 1AOJ A; 2KVQ G; 4OF1 A; 3CME Q; 3CCL A; 2QA4 Q; 4X9D A; 4C5I A; 4ELZ C; 3ME9 A; 2QK0 A; 5LJ5 f; 1GFD A; 4M75 G; 1U3O A; 1LCK A; 4ESR A; 3J81 E; 1N27 A; 2YUN A; 3MKD A; 2LQN A; 3FC3 A; 2MWO A; 3HRT A; 3HSB A; 3R6N A; 2L3P A; 4J9H A; 3UA7 A; 3U23 A; 1Y96 B; 2JS0 A; 4M77 B; 2X4J A; 3NHN A; 3ZFJ A; 3LWH A; 1YCS B; 2EYY A; 2GTO A; 2PQW A; 1X2K A; 4J9G A; 2BUD A; 5CQX A; 3VS6 A; 3M0R A; 7AT1 B; 1SF9 A; 3CBM A; 4JRP A; 3BDU A; 3NPF A; 1SSH A; 3OYL A; 3JB9 I; 1UHF A; 2K2V A; 4M7A B; 3MET A; 2LQ8 A; 3TSZ A; 2DBK A; 5KYW B; 1YIT T; 1H64 1; 3SFM A; 2L3S A; 2FZK B; 3SDZ A; 2C0T A; 3GOX A; 3INZ A; 2DER A; 1FMK A; 1M1F A; 2EQJ A; 5LJ5 h; 1VQ9 T; 1K8A C; 2ROT A; 3OW2 S; 2QEX T; 3JB9 F; 3T9N A; 5I2M A; 3G6E T; 3I55 T; 3TVT A; 5CKE A; 3HKS A; 4MDX A; 2K3X A; 3VYG A; 4BE2 A; 3CCU A; 2XIC A; 2LCS A; 2YSQ A; 2MF2 A; 2O4X A; 2C06 A; 4Y28 E; 3JB9 G; 5ECA A; 1VQ6 Q; 2K3B A; 4X1V A; 1MUZ A; 2L0A A; 5IAY A; 1YWP A; 2KSS A; 1WPY A; 5FLX E; 4C92 C; 2GQV A; 2CZ0 B; 4QQG A; 4BDY A; 3LH0 A; 3JCM J; 1ARK A; 5KYU B; 4J5Y A; 3G71 T; 5AT1 B; 4HKE A; 3MCA B; 3VS4 A; 2K7A A; 4OB3 B; 2DRM A; 2OTJ A; 3TEE A; 2OI3 A; 1M27 C; 4CI0 C; 5CKB A; 2HBP A; 2EYZ A; 4XQ3 A; 1PD0 A; 4PL6 A; 2R57 A; 1S72 Q; 4J9C A; 2LTO A; 2F69 A; 3CCR A; 3F70 A; 2CP2 A; 1YIJ A; 3UAT A; 1WGS A; 2PU9 B; 4PKC C; 1SG5 A; 2E5Q A; 5HCK A; 1N8R C; 2J06 A; 2DBM A; 1YJ9 A; 3MO8 A; 3H6Z A; 4PFP A; 2HAX A; 1O75 A; 4PJO D; 2C0I A; 1UDL A; 2J6K A; 1PRM C; 4QKU A; 1PKS A; 3UWN A; 2DK3 A; 3PFS A; 3CBO A; 1K73 C; 1SHG A; 1PG5 B; 1MMN A; 3PMI A; 1QVF A; 1YI2 T; 2SRC A; 2VYT A; 2RB6 A; 2LJ3 A; 2RK2 A; 4OMP A; 4HCC A; 1TG0 A; 2QGG A; 2YLB A; 2DTH A; 2BZY A; 2LDM A; 4F7U A; 1JXM A; 1QQJ A; 3X20 B; 1QP3 A; 2B8A A; 2ZAE A; 3CCM A; 3ASK A; 5GAM g; 1YIT Q; 1VQ5 A; 3EG3 A; 1VQP A; 2RF0 A; 4C0D B; 1VQ9 Q; 2HNI A; 2E3H A; 2DF6 A; 2XU8 A; 3CBP A; 4EMK C; 3QUI A; 1WLP B; 1GBQ A; 3OW2 A; 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