The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
12
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sequence length |
89
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structure length |
82
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Chain Sequence |
IKPDETRVKQFLEGFNIETFEMVGTLSNAQGTFALVKGAGGVHRVRVGDYLGRNDGKVVGISKIDVIEIVPWLERPRSLTLK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
PILP PROTEIN
|
| publication title |
Structure of a Domain from the Type Iv Pilus Biogenesis Lipoprotein Pilp, from Pseudomonas Aeruginosa
rcsb |
| source organism |
Pseudomonas aeruginosa pao1
|
| molecule tags |
Biosynthetic protein
|
| total genus |
12
|
| structure length |
82
|
| sequence length |
89
|
| chains with identical sequence |
B, C, D
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2011-01-11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2LNV A; 2IVW A; 2Y4X A; 3OSS C; 2Y4Y A; 2LC4 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1Q81 R; 3M5A A; 4E7Z A; 1OX9 A; 3H9N A; 5A0D A; 2YRC A; 3QZ5 B; 2LMJ A; 2QYZ A; 1VQ9 A; 2QEX T; 1CSK A; 1YI2 T; 3CCR A; 1S72 T; 2JNG A; 5GAN 8; 4FM4 B; 4M77 G; 5GMK h; 1QVF S; 3HL8 A; 5LJ5 d; 2QGF B; 1N8R C; 2Y4Y A; 4M7A E; 3S3M A; 2RH2 A; 1VQ5 A; 4D6W A; 1K8A U; 1UGS B; 1YIJ A; 4L6V 5; 4HT8 A; 4EIK A; 4IUR A; 2YT6 A; 1VQ8 A; 1RAH B; 2DLP A; 3S6W A; 3OYN A; 2EYQ A; 4JJN K; 3SD4 A; 4QVC A; 2YRV A; 5KH6 A; 1HYO A; 3QDF A; 1QVG S; 1YFN A; 3PNW C; 4KUL A; 3JCM f; 1TU0 B; 2RQV A; 2EKO A; 3X20 B; 1YIT Q; 3P8D A; 5CKH A; 3TQ7 P; 3C4S A; 4OB3 B; 2FYK A; 1G3Y A; 5D6W A; 1X75 C; 2JT4 A; 4DEY A; 1B34 A; 2EYX A; 3OW2 A; 1GRI A; 5GJV B; 2VXE A; 2MAM A; 2RJC A; 4O6J A; 1HD3 A; 4J9E A; 3RKY A; 1X2Q A; 5IT9 E; 4AG2 C; 5FLX E; 3CQT A; 1RAC B; 1HK9 A; 4M75 B; 3UA6 A; 1VOM A; 5KYY B; 1H3H A; 4M7A D; 2LTO A; 2C06 A; 5GAN g; 4Y28 E; 2LJ1 A; 1MV0 B; 2O9S A; 2W10 A; 1OPK A; 1SHG A; 3KUF A; 1CKB A; 3SWN C; 1TSF A; 2K4Y A; 4F7U A; 5CKF A; 3AHU A; 1MMG A; 1Q86 C; 2RNA A; 5AYF A; 1Q95 G; 4QVD A; 3I56 A; 1R0B G; 5FWC A; 4KGV B; 1R8O B; 4ZN1 A; 3EG9 B; 1WPY A; 1QCO A; 3UAT A; 2RQW A; 1M2V A; 2GCX A; 3CME Q; 2PQW A; 3O8V A; 2K5I A; 4FSX A; 5FU6 B; 1U5S A; 2E5K A; 2VWF A; 2E12 A; 4FSS A; 2A7Y A; 1H8K A; 4Z02 A; 3HKS A; 3ASK A; 4C0F A; 1H92 A; 5LJ5 j; 2RK2 A; 3WXM B; 3H0I A; 2IIM A; 3L2V A; 3HP9 A; 2GFU A; 3A8H B; 3QJ6 A; 3L2U A; 4J6Y A; 3M9Q A; 1JJ2 A; 3MET A; 3VJP A; 5CKD A; 3CCV A; 2NYS A; 4FYW B; 2E5Q A; 3L42 A; 4PJL A; 5HK3 A; 4XU2 A; 3OYL A; 2CZ6 B; 1BIA A; 3CCE T; 2DZC A; 1SKU B; 1K73 C; 1WXT A; 1G8X A; 4K11 A; 3VRY A; 2RHX A; 3P8H A; 4XQ3 A; 2VAS A; 3EGX B; 2M0Y A; 1D0Z A; 1D09 B; 4N4I A; 2WSF E; 1JXM A; 2PTK A; 2RA2 A; 4HCK A; 4BB7 A; 1RAD B; 5DM7 R; 1VQ9 Q; 2HQE A; 1E6G A; 2MWP A; 1VQK T; 3CCR Q; 5GAN 3; 3EFO B; 1H3Z A; 2DA9 A; 2QA4 T; 2BUD A; 1IB8 A; 2HDA A; 5CR2 A; 4M78 B; 2G6F X; 3GOX A; 1M1G A; 2DEQ A; 2ABL A; 2J06 A; 2JM9 A; 4MZP A; 5CO7 A; 1VYU A; 3OYF A; 1VA7 A; 2CKK A; 1GFD A; 1VQ5 Q; 2FB7 A; 2XU8 A; 1NEG A; 1VUB A; 3FJP A; 4F7U E; 4AFQ C; 2H8H A; 2KRN A; 1U3O A; 1YIJ Q; 5KYW A; 2X4Y A; 3EG0 A; 1KQS P; 1WJS A; 2PU9 B; 4P5N A; 2RQR A; 3I9Q A; 1WQW A; 1VQ7 T; 1EX4 A; 1J3T A; 5KYW B; 1TTH B; 2YLB A; 2ZGW A; 1VQ8 Q; 2Y4X A; 8AT1 B; 3OYM A; 3E9F A; 3EG3 A; 3NMZ C; 5IXF A; 1KHC A; 3L2R A; 1AT1 B; 2X4W A; 1NJI R; 1AD5 A; 2ZZD A; 5GAN h; 1TOV A; 4MDW A; 4FYX B; 4RTY A; 1KD1 C; 2LC4 A; 4OP0 A; 5FRM A; 1NPP A; 1EFN A; 3QSU A; 5LJ5 e; 3M0P A; 1JRI A; 1RLP C; 4RTW A; 3OS0 A; 3VS6 A; 1IRE B; 1K9A A; 3I5S A; 2FG0 A; 3I55 A; 1ZUU A; 4NS5 A; 1BCM A; 2KYB A; 3MPU B; 2O2O A; 1V76 A; 2CP0 A; 3M0U A; 1AEY A; 5LL6 S; 1NJI U; 5GAN 7; 2PZ1 A; 5KCO A; 2KT1 A; 1SF9 A; 2E41 A; 4OB1 B; 3ZEH A; 3M54 A; 1MND A; 1M9S A; 2ZPB B; 2O9V A; 5C0M A; 1AWW A; 3CBP A; 3I56 Q; 5GAO m; 1UGR B; 1VYV A; 3VS7 A; 2MCN A; 5D6Y A; 4E6R A; 4M75 G; 4OMQ A; 2RM4 A; 2KY9 A; 2SEM A; 3MEU A; 1DJ7 B; 4HT9 A; 3LGF A; 4M7D D; 1NYG A; 2J6O A; 3PVQ A; 3LX7 A; 1G3T A; 3HRU A; 2YUQ A; 4LXC A; 1OI1 A; 2L5Q A; 3X26 B; 1GBR A; 1VQ6 T; 1YN8 A; 2KXD A; 2P0P A; 3Q1J A; 3HFO A; 2BE9 B; 2B86 A; 4M77 C; 2LRQ A; 2DNU A; 4PJO E; 4QQD A; 3RBB B; 1K0X A; 5C6S A; 2JOY A; 2D0Q B; 3CCV Q; 3CMA A; 4B6M A; 2HKN A; 3QZ9 B; 4LUD A; 1XTD A; 3CC7 A; 3MJX A; 3JB9 J; 2F1L A; 4BDZ A; 3I35 A; 4HXJ A; 1QWE A; 4PL6 A; 1MV3 A; 2I2L A; 3OY9 A; 2P0K A; 1X6G A; 2K5F A; 4CC3 A; 4EMG A; 2JTF A; 2H3E B; 2DL5 A; 1D1C A; 2KAF A; 1YJW T; 2V8I A; 2DXT A; 1PCX A; 3RUX A; 2EQJ A; 2E6N A; 2EBP A; 1N8R U; 3CD6 A; 4J7F A; 2IVW A; 1AWO A; 2JTM A; 1X43 A; 5GAM f; 4F17 A; 4ZTF A; 2DIL A; 4RG2 A; 2JMA A; 2PVD B; 5FRO A; 2CT3 A; 3G71 T; 1BYM A; 2QQR A; 4FCY A; 1ZSZ C; 2EJ9 A; 5GAO l; 1KQS A; 4ORZ A; 2L3Q A; 5CQX A; 1ZA2 B; 2KI7 A; 1W2B P; 2J6K A; 4PJO D; 4RTZ A; 1QLY A; 3ZFJ A; 1PD1 A; 1Y7X A; 4KT0 E; 4M78 G; 2DJQ A; 1O75 A; 1BK2 A; 2AKL A; 5IHN A; 5GAN 6; 1YCS B; 4MML A; 3C12 A; 4BY6 C; 1VQN A; 5IN1 A; 2OTJ T; 3X28 B; 1I07 A; 1X6B A; 6AT1 B; 2DIG A; 1WZO A; 2CDT A; 3EFR A; 2JS0 A; 3CCU T; 1JQQ A; 3HHT B; 2CGH A; 3I55 Q; 3RMQ A; 3E19 A; 2VGM A; 1H64 1; 1YWO A; 3HPW A; 1IGU A; 4A4F A; 3JCM X; 2EYZ A; 4XU1 A; 2QQ9 A; 2KK4 A; 2KVQ G; 4E7S A; 1YHQ A; 3DKM A; 2R58 A; 5IH2 A; 4AFS C; 4F04 B; 1RLQ C; 3LWI A; 1Y71 A; 2CT4 A; 1I81 A; 2LP5 A; 2VV5 A; 3CC2 A; 2C0T A; 1Q82 R; 4NOY A; 1UTI A; 4E7I A; 1M3A A; 4M7D F; 3NTK A; 4QVZ A; 2XID A; 1JB0 E; 1PHT A; 4HCZ A; 4D8K A; 4BI4 A; 2FRW A; 5FU7 B; 2KBT A; 3NGP A; 3OS5 A; 3GP8 A; 5I2S A; 2PNI A; 1P92 A; 2F2W A; 4FU6 A; 3MP6 A; 4M77 E; 5KE2 A; 2R5A A; 1QCN A; 1NYF A; 1AWX A; 3JB9 D; 2V8J A; 3H6Z A; 3QBY A; 3M0Q A; 2DRM A; 3CMA Q; 3OYH A; 3CC7 Q; 3CPF A; 2X4J A; 4HKE A; 3ZL7 C; 1M3C A; 3F70 A; 4J9B A; 3OYE A; 1JEG A; 9ATC B; 3CXC S; 3VS2 A; 3G4S T; 3A5Z B; 1UDL A; 1QWF A; 4LNP A; 3M0S A; 4RTT A; 1VQM A; 1PNJ A; 1ZUK A; 2L3S A; 2NUT B; 2PUO B; 4CI0 C; 2X51 A; 3V7C A; 1N27 A; 4XAX B; 2LCS A; 4A4H A; 1TG0 A; 2CRE A; 4J9H A; 1WA7 A; 4ZGJ B; 3CD6 Q; 2HSP A; 2RK1 A; 4IUT A; 2JS2 A; 2XG8 D; 1CKA A; 3IQL A; 1E6H A; 1BCO A; 1D0X A; 1VQO T; 4L59 A; 3TRE A; 1M90 C; 1JBM A; 2G3R A; 3GF5 A; 1G3S A; 1QKW A; 4PJO F; 1X27 A; 1W2B A; 5GAN e; 2KDS A; 1T3S A; 3CCS A; 4M77 D; 2YUN A; 2COY A; 2M9U A; 1EIF A; 4GLK A; 5J3B A; 2CSQ A; 2LCC A; 1WXB A; 2MPX C; 1Z9Z A; 3DLL A; 2A0F B; 2CZ0 B; 1K8A R; 4JLI A; 1YP5 A; 4RUG A; 1PG5 B; 2E10 A; 3EG1 A; 1RAG B; 1VQL A; 4F16 A; 1WHH A; 2EGA A; 1VQN Q; 3CCQ A; 2F5T X; 1N9R A; 1M3B A; 3PE0 A; 4M75 C; 2XMF A; 3SHW A; 3EG2 A; 3TSZ A; 1XNI A; 4PLL A; 2RHU A; 2BKD N; 5AT1 B; 2YHT A; 1BBZ A; 4ZGD B; 3HTR A; 1WNL A; 4Y91 A; 3PIP A; 1KK7 A; 3M56 A; 1UE9 A; 1NBE B; 4JLG A; 4EMK B; 4LD9 K; 3QWX X; 1M1K C; 4XTV A; 1VQP A; 1YHQ Q; 1PSF A; 5FRN A; 3I5R A; 4OMM A; 5L8R E; 2DF6 A; 5FU6 C; 3OSV A; 4KGX B; 1WJQ A; 4FW2 A; 4C5I A; 4C8Q A; 3CC2 Q; 4LD6 A; 1KC8 C; 4V2S A; 5CVI A; 4JRQ A; 1Y96 A; 1ZX6 A; 4C8Q B; 3CCL A; 4BUG A; 2QG9 B; 3RKX A; 1MNE A; 2EQM A; 1TH7 A; 4RCB A; 1Y96 B; 5J26 A; 2XDD A; 2DXC A; 2KR3 A; 4M75 A; 3JB9 F; 5KYY A; 2GGR A; 4TVR A; 1YIT T; 3PMT A; 3VRZ A; 1IO6 A; 1KQ1 A; 2EYW A; 4C0D B; 1TUG B; 4QW2 A; 3M53 A; 4E47 A; 3O5Z A; 1GCQ C; 3EG9 A; 4OMF B; 3VKI A; 4MDX A; 4LN2 A; 4Y92 A; 1RI0 A; 1HJD A; 1I1J A; 1UJ0 A; 2EGC A; 1V29 B; 2E1H A; 3QYG B; 4Q5W A; 1M2O A; 2CH4 W; 2GNC A; 3QUI A; 4DEX A; 4RG8 A; 4M78 C; 1VQM Q; 3M55 A; 4RCC A; 4ME7 A; 1X6O A; 2JTE A; 1NE8 A; 3HRS A; 4JRI A; 4QKU A; 1BI0 A; 1TUC A; 2AKK A; 3GNG A; 4XTX A; 5DY9 A; 1FMW A; 2VYT A; 1I4K 1; 3CME T; 1K4U S; 5KCH A; 1B07 A; 3JCM d; 3QJY A; 4HVW A; 5FWB A; 4M77 F; 2KRM A; 1EZZ B; 5HKC A; 1JO8 A; 2COZ A; 2OAW A; 1E7O A; 4M7D B; 5LJ3 f; 3EGX A; 3V7R A; 3CCS Q; 1MGQ A; 2KRO A; 1LJO A; 1GCQ A; 2JJ9 A; 3CCJ A; 4LDY A; 2DD4 A; 1YJN A; 2GBQ A; 4DBR A; 1K9M C; 1F1B B; 1OOT A; 2RPN A; 4R56 A; 1PWT A; 2RJE A; 2DTO A; 2ZAE A; 1FMV A; 3V8L A; 3EFO A; 1Q82 C; 3VYG A; 4QQG A; 1FXX A; 2PVO B; 3H0F A; 2HAX A; 5CKB A; 1XQH A; 2OAU A; 4M78 A; 1YJ9 A; 1VQL Q; 3E2U A; 3FIF A; 4M75 E; 4OGC A; 2MI6 A; 3CCQ Q; 3SWN B; 2CP2 A; 2DIQ A; 2JMC A; 1VQ9 T; 1NLO C; 3MEA A; 3OSS C; 4FW1 A; 3CCR T; 2GTO A; 3VS5 A; 4A54 A; 1WLP B; 3LW5 E; 1VQL T; 2OTL A; 2EAY A; 1JU5 C; 2DE0 X; 5GAO p; 4A63 B; 1QQJ A; 3CCM A; 3ULR B; 1WHK A; 1HSQ A; 5FW9 A; 2EQI A; 4BAC A; 4HCB A; 1TXQ A; 4N4G A; 1VQP Q; 1TUD A; 5L23 A; 1UHC A; 1VQ5 T; 1MHN A; 1ZUY A; 2GQI A; 5EC7 A; 4C92 B; 2XDB A; 2LT1 A; 1YIJ T; 1UGV A; 2YSQ A; 2QGG A; 3ME9 A; 3E9G A; 2LT4 A; 2C0O A; 4PJO B; 1I0C A; 2D6F A; 2HL3 A; 1K0S A; 2QQS A; 4JZ4 A; 3OBW A; 1VQ8 T; 2V1R A; 3CCL Q; 1YNZ A; 2CH4 A; 2JZ2 A; 2QTX A; 1IHV A; 4M7A F; 3M59 A; 3ER0 A; 4R0K A; 4EMH A; 3OW2 S; 3VS3 A; 1QVF P; 1SRM A; 5GAN f; 5A0L A; 1GBQ A; 1Q7Y R; 3PGG A; 1RAF B; 3PIO A; 3U23 A; 3L2Q A; 4C8Q G; 3MHX A; 2W0Z A; 4ELZ C; 5D6X A; 2VKN A; 1S1N A; 3VUZ A; 2YWW A; 3H41 A; 1OU8 A; 1AVZ C; 2F5K A; 5CAI A; 1W1F A; 4A4K A; 3N5B B; 1ZA1 B; 1IHW A; 1Q81 C; 3G6E A; 2CP3 A; 1K8A C; 3EGU A; 4E2F B; 1R77 A; 3VUB A; 5HY6 A; 4BD3 A; 1Q7Y U; 2V1Q A; 2NUP B; 2D0N A; 1QVG P; 3I56 T; 1NEB A; 1OU9 A; 1M8V A; 1RL2 A; 1UJY A; 3INZ A; 4FIB A; 2QTV A; 4LDU A; 2D9T A; 2L2P A; 3V8K A; 2VVK A; 3OYK A; 2HBP A; 1U1T A; 4WCI A; 3SB2 A; 1JJ2 S; 5J39 A; 4A4G A; 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2FPF A; 4PFO A; 1UB4 A; 4Z88 A; 4Z89 A; 3BFM A; 2MK5 A; 1Q86 U; 4PJO G; 4F7U F; 2X3W D; 3R6O A; 3LH5 A; 3JCM P; 3OA6 A; 5GAM d; 1ACM B; 3A8O B; 3EAE A; 3LYI A; 2QAS A; 2HSE B; 2VGN A; 4PKC C; 3LGL A; 3I55 T; 3FRN A; 4LDV A; 2ENM A; 2WSC E; 3MCA B; 1BI1 A; 4J9I A; 4UC4 A; 5HCK A; 2EWN A; 1PC0 A; 3RMS A; 2DXU A; 1W6X A; 3G6E Q; 3QWY A; 3EHQ A; 5DLQ E; 1GL5 A; 1D1B A; 4LUE A; 1QVG A; 1W70 A; 4DOV A; 1ZSZ B; 4EDU A; 1FX7 A; 2RD1 A; 4QQ6 A; 3RR6 A; 3JCM W; 3MEV A; 2FL7 A; 3FEO A; 3JCM g; 1OUL A; 3M58 A; 3JB9 H; 3BW1 A; 2ZPI B; 2MMP A; 2K5L A; 1TWB A; 4IIM A; 1K73 U; 4OGE A; 3KXT A; 1B3Q A; 3CC4 A; 3GIB A; 4CC2 A; 1FMK A; 4VUB A; 2K6D A; 3VS4 A; 1VIF A; 2FZK B; 3A8M B; 1AZG B; 3BDU A; 4BE1 A; 3TU4 K; 2O88 A; 2KT8 A; 5DLO A; 2EJG A; 1NZ9 A; 2K2V A; 2DYB A; 2M16 A; 2FHD A; 3T9N A; 2MYS A; 2EFI A; 4M7A B; 1WIE A; 3OYD A; 2QXF A; 2LNV A; 2NUT A; 3CMA T; 1NJI C; 1M1F A; 1SSH A; 2F2V A; 3CC7 T; 1ZLM A; 4Z8A A; 3LWH A; 1T0H A; 5LJ5 f; 3DB3 A; 4C0Z A; 4HVU A; 4OF1 A; 1KJW A; 2DEU A; 3FC3 A; 1D0Y A; 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