The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
12
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sequence length |
61
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structure length |
61
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Chain Sequence |
VRRVKTIYDCQADNDDELTFIEGEVIIVTGEEDQEWWIGHIEGQPERKGVFPVSFVHILSD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Signaling protein
|
| source organism |
Homo sapiens
|
| publication title |
Structural basis of the recognition of the SAMP motif of adenomatous polyposis coli by the Src-homology 3 domain.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
DDEF1_SH3
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| total genus |
12
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| structure length |
61
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| sequence length |
61
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2009-12-14 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00018 | SH3_1 | SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2HCK A; 2QDL A; 4HVV A; 2CUD A; 1E6H A; 2YUN A; 4J9B A; 3REB B; 2YSQ A; 1QKX A; 2RQU A; 1MV0 B; 1HJD A; 1PNJ A; 1GL5 A; 1H92 A; 1H3H A; 1PKT A; 2VKN A; 2L3S A; 3UA6 A; 3UF4 A; 2LCS A; 2VVK A; 4CC7 A; 2K79 A; 4J9G A; 1YWP A; 3NHN A; 2DL3 A; 1QCF A; 5I11 A; 4LE9 A; 5IHI A; 1U3O A; 4QT7 A; 4Y92 A; 5IH2 A; 4LUE A; 3VS0 A; 2A08 A; 2O9S A; 2LQW A; 4J9F A; 1K4U S; 1W6X A; 3VS4 A; 1QWF A; 2FPE A; 2ROT A; 2HEQ A; 2CH4 W; 2O9V A; 1AWW A; 2GQI A; 2KYB A; 3FJ5 A; 1KJW A; 1M30 A; 2F2V A; 2JM9 A; 2CDT A; 4JPB W; 2BZY A; 2ABL A; 4DEY A; 1WI7 A; 3KFV A; 4J9E A; 1OEB A; 2IIM A; 1YP5 A; 2PZ1 A; 2JT4 A; 2HDA A; 2J05 A; 2RN8 A; 3TSW A; 1UG1 A; 2GBQ A; 2E5K A; 2CSI A; 3SEM A; 2J7I A; 4K11 A; 2K9G A; 2BTT A; 2C0I A; 4JJD A; 3TVT A; 2ED0 A; 1K9A A; 4HXJ A; 1KFZ A; 2K2M A; 4A63 B; 3EG3 A; 1ABQ A; 4RTU A; 2EYZ A; 1TG0 A; 4J9I A; 2YUQ A; 2F2X A; 2FG0 A; 1UHC A; 1ZLM A; 2NUZ A; 4LUD A; 2KT8 A; 2JS2 A; 3U23 A; 2PTK A; 1WFW A; 1M27 C; 1G83 A; 1WXB A; 4AFU C; 2JM8 A; 2O88 A; 2DL8 A; 1X43 A; 2K6D A; 3NGP A; 4JJC A; 2ESW A; 1NEB A; 4ZNX A; 1W1F A; 2EGE A; 4RTW A; 2DLP A; 1BBZ A; 2CT4 A; 1GBR A; 1WYX A; 2CRE A; 1WA7 A; 2KT1 A; 3M0S A; 2DE0 X; 1WLP B; 2LQN A; 2K3B A; 1NLO C; 2HSP A; 2DRM A; 2EQI A; 4RTZ A; 1AVZ C; 3VS6 A; 1OPL A; 2KE9 A; 2MCN A; 3RNJ A; 2DBM A; 4ORZ A; 3I5R A; 3NPF A; 2AZV A; 2KRN A; 1ZX6 A; 2L3P A; 3I35 A; 2O2O A; 1VYV A; 2AZS A; 5I22 A; 4J9C A; 2FEI A; 4X1V A; 1JU5 C; 2W0Z A; 1NYF A; 1JXO A; 1U5S A; 1WDX A; 1X6B A; 2J6K A; 2LJ1 A; 2KXD A; 4GLM A; 3VRY A; 2KNB B; 2F2W A; 1AOJ A; 2DX1 A; 2SRC A; 1JEG A; 1CKB A; 1AZE A; 4Z88 A; 2M0Y A; 2KRO A; 1X27 A; 2ROL A; 4JZ3 A; 4IIM A; 1S1N A; 1J3T A; 1EFN A; 2L0A A; 1A0N B; 2EPD A; 4E6R A; 5ECA A; 4HCK A; 2H8H A; 2CSQ A; 1UHF A; 1K0S A; 1ZUY A; 2JS0 A; 2KGT A; 2GTO A; 4JZ4 A; 2EYW A; 1GBQ A; 1QWE A; 2LJ3 A; 5L23 A; 2AKL A; 1SRM A; 5GJV B; 1M3A A; 2D8H A; 1ABO A; 1GRI A; 2YUP A; 2KRM A; 4GBQ A; 1ZBJ A; 3QWY A; 2KEA A; 1BU1 A; 1VA7 A; 3O5Z A; 1JXM A; 3NMZ C; 2KBT A; 4Z89 A; 1NEG A; 2ED1 A; 1UUE A; 1K0X A; 1YWO A; 3H41 A; 4F14 A; 1XOV A; 2D1X A; 2YUO A; 2DL4 A; 2A28 A; 2EGC A; 2LP5 A; 1YCS B; 1AZG B; 2HBW A; 1N5Z A; 1PHT A; 1AD5 A; 1VYU A; 4LNP A; 1BB9 A; 3THK A; 4D8K A; 2G6F X; 1ZUU A; 1UFF A; 1BK2 A; 4RTX A; 3VS1 A; 2DL5 A; 1SEM A; 1JO8 A; 4AFS C; 1SRL A; 2AK5 A; 2C0O A; 2V1Q A; 2DIL A; 2D0N A; 1PRL C; 2DBK A; 1UTI A; 1Y0M A; 2OAW A; 3M0U A; 1GFD A; 2YDL A; 3M0Q A; 2GNC A; 3REA B; 2DL7 A; 2JMC A; 5IXF A; 3PE0 A; 1HD3 A; 4CC2 A; 2DA9 A; 2EYY A; 3H0H A; 4WCI A; 3M0R A; 3VS5 A; 2KR3 A; 2J06 A; 1AEY A; 2RF0 A; 2JMA A; 1RI9 A; 1UJ0 A; 3EG1 A; 2DMO A; 1LCK A; 1WXT A; 4F16 A; 1G2B A; 5IHK A; 4IIO A; 2LZ6 B; 1T3L A; 2DM1 A; 1RLQ C; 3EG2 A; 1QKW A; 3EHQ A; 1KIK A; 4AFQ C; 1PRM C; 5FWC A; 1ZUK A; 3H0I A; 3I5S A; 1UGV A; 1B3Q A; 3CQT A; 2RQV A; 1GFC A; 3UAT A; 3GBQ A; 4OMO A; 4F17 A; 4EIK A; 2O31 A; 2EYX A; 2OJ2 A; 2J6O A; 4HVU A; 1M8M A; 1E7O A; 4RTT A; 2FPD A; 1GCQ C; 2K7A A; 2SEM A; 2EBP A; 2LJ0 A; 3VS3 A; 2BZX A; 1HSQ A; 1X69 A; 5FW9 A; 3UA7 A; 2KRS A; 1NYG A; 5EC7 A; 2JW4 A; 1I07 A; 3JV3 A; 2GTJ A; 3LH5 A; 1H8K A; 2MOX A; 1KSW A; 1FMK A; 1GCP A; 4OMN A; 1FYN A; 1I0C A; 2C0T A; 4RTY A; 2AKK A; 2DNU A; 2EGA A; 2LMJ A; 1SHG A; 2DJQ A; 1E6G A; 1W70 A; 2YT6 A; 1YNZ A; 1PWT A; 2XMF A; 4AFZ C; 2CH4 A; 3SHW A; 2JXB A; 1T0H A; 2W10 A; 3I9Q A; 3VS7 A; 2FRW A; 1MV3 A; 1SHF A; 4KRT A; 1Y57 A; 4OML A; 2A37 A; 1T3S A; 1MUZ A; 1WXU A; 1X6G A; 2X3W D; 1ZSG A; 3ZL7 C; 5IXB A; 2P4R A; 1RLP C; 2BZ8 A; 4RUG A; 2RQR A; 4R0K A; 2EVR A; 3A98 A; 5HCK A; 1OPK A; 2CT3 A; 2RQT A; 1M3B A; 2RQW A; 2RMO A; 4Z8A A; 1T0J A; 2M51 A; 1I1J A; 1X2K A; 2GGR A; 3EGU A; 3H0F A; 1NM7 A; 2J6F A; 4OMP A; 1WIE A; 3R6N A; 4JJB A; 3PVQ A; 3C0C A; 4D8D A; 4CC3 A; 2DRK A; 2DVJ A; 4J9H A; 3VRZ A; 1M3C A; 1B07 A; 2JTE A; 4FSS A; 3EG0 A; 3TSZ A; 1ARK A; 2DF6 A; 2NWM A; 2DYB A; 4DEX A; 1WX6 A; 4LN2 A; 4J9D A; 2FO0 A; 5IHN A; 2LX7 A; 1UEC A; 4OMM A; 2ECZ A; 1RUW A; 2KXC A; 4RTV A; 1VYT A; 2RPN A; 4ESR A; 1IO6 A; 1UE9 A; 2ENM A; 1NG2 A; 2LNH B; 1CKA A; 1Z9Q A; 3EHR A; 3IQL A; 4CC4 B; 1AWJ A; 1NLP C; 1SPK A; 1X2Q A; 3M0P A; 1PKS A; 1AWO A; 4HVW A; 2KYM A; 2L3Q A; 3RBB B; 1UDL A; 2FRY A; 1QLY A; 2X3X D; 2RNA A; 2EKH A; 2B86 A; 2L2P A; 2A36 A; 4AG2 C; 1OOT A; 1JQQ A; 2CUB A; 3M0T A; 1U06 A; 3ULR B; 2VWF A; 5FWB A; 1CSK A; 1YN8 A; 2MIO A; 1Z9Z A; 4OMQ A; 2V1R A; 1TUD A; 1GCQ A; 1OV3 A; 1V1C A; 2EW3 A; 3VS2 A; 1AWX A; 4AG1 C; 2OI3 A; 3QWX X; 3PVL A; 1SSH A; 2FPF A; 1TUC A; 1UJY A; 2D8J A; 5GJW B; 1K1Z A; 2I0N A; 4M4Z A; 1K76 A; 2PNI A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2K4Y A; 2CUD A; 1OU8 A; 3RKY A; 5IAY A; 3CCM A; 3FDR A; 3E1S A; 1QKX A; 3CCU T; 4A4G A; 4JRI A; 1H92 A; 1PKT A; 2VKN A; 1EX4 A; 3M53 A; 2L3S A; 1YJW T; 4PFO A; 3JCM V; 3UF4 A; 2LCS A; 5A0L A; 1U1T A; 1BI1 A; 1PSF A; 2K79 A; 4E7S A; 2XU8 A; 5CIU A; 2DL3 A; 3C94 A; 1QCF A; 5I11 A; 3HP9 A; 1IGU A; 3QZ5 B; 4QT7 A; 3VS0 A; 4JRP A; 4M75 A; 3C95 A; 2DXU A; 2CKK A; 5D6X A; 2P0Q A; 1EIF A; 4IUT A; 3VS4 A; 2FPE A; 4E7L A; 2O9V A; 1AWW A; 4RKU E; 5FU6 B; 2MAM A; 3MKD A; 2J05 A; 6AT1 B; 5J26 A; 4CI0 C; 4BDZ A; 2XDB A; 3CBO A; 3DLL A; 2CSI A; 4KH0 B; 2MI6 A; 2C0I A; 3INZ A; 4N4G A; 2JZ2 A; 1C1A A; 2CYZ B; 3T9N A; 1KFZ A; 1VQM T; 5KYX A; 3EG3 A; 1ABQ A; 2QQB A; 2F1L A; 4J9I A; 4ZN3 A; 2R58 A; 3OYA A; 1KD1 U; 3ER0 A; 2DEQ A; 4M7D G; 1KHC A; 4B6M A; 2YUQ A; 4JLI A; 4WTO B; 1UHC A; 1R0C B; 2NUZ A; 1QVF P; 4NS5 A; 1WFW A; 1D1A A; 3HRS A; 3AT1 B; 2M16 A; 4C8Q A; 3QYG B; 1Q81 C; 1X43 A; 1Q82 C; 3PIP A; 4JJC A; 4M77 A; 3BFM A; 1W1F A; 2L3R A; 3CBM A; 5M9O A; 3JB9 J; 4F7U A; 3RDV A; 1WA7 A; 3M0S A; 2L8D A; 2LQN A; 1IXD A; 1OUL A; 2DRM A; 1XJW B; 3OYK A; 2C06 A; 4OB3 B; 4RTZ A; 1H64 1; 5HK3 A; 1RAA B; 2KRN A; 2FVU A; 1M1F A; 4M7D D; 3I35 A; 2E4H A; 2O2O A; 3S6W A; 1BCM A; 1Y7X A; 5KYW A; 1VQP Q; 3FEO A; 2DZC A; 3RR6 A; 2EKO A; 4C92 E; 2SRC A; 2DX1 A; 4Y28 E; 1KD1 R; 3A8H B; 3JCM X; 2ROL A; 3SB2 A; 4PK4 A; 4M7A G; 3OYC A; 3VJP A; 3V8K A; 4QVZ A; 2YRC A; 5ECA A; 1QP2 A; 2HL5 C; 2H8H A; 5CVI A; 2ATC B; 1K0S A; 2ZPH B; 1F1B B; 1KQ1 A; 4KUI A; 1YJN Q; 4OVA A; 1VQP A; 1GBQ A; 2KY9 A; 5L23 A; 4LXC A; 1SRM A; 2MYS A; 1V29 B; 3SFM A; 5FU7 C; 1M3A A; 1ABO A; 1WNL A; 1GRI A; 1R77 A; 2YUP A; 1VIE A; 4GBQ A; 3QPH A; 2NUP A; 2KBT A; 1NEG A; 2ED1 A; 1YJN A; 1K0X A; 3I55 T; 2YUO A; 2A28 A; 4EDU A; 4FM4 B; 3EH2 A; 2HBW A; 1PHT A; 4LNP A; 2EQK A; 2HQE A; 3OA6 A; 5DM7 R; 2F5K A; 1BK2 A; 2FL7 A; 4RTX A; 2XKO C; 3HTR A; 1JO8 A; 4RCC A; 4AFS C; 2OAW A; 3CCE T; 3P8B B; 4FT2 A; 4DBH A; 4M7D B; 4FYV B; 3V8J A; 3EG9 A; 2VB6 A; 2RJF A; 5I2M A; 3OYI A; 1VQ4 Q; 5KYY B; 4J83 A; 4CC2 A; 3JB9 F; 2DA9 A; 2EYY A; 1N8R C; 1RAF B; 4OF1 A; 4KT0 E; 2JNG A; 2OTJ Q; 4M78 C; 2YRV A; 2JMA A; 1UJ0 A; 2RJC A; 2RHU A; 1LCK A; 2HKN A; 5IHK A; 2Y90 A; 1T3L A; 1KC8 C; 1AHJ B; 3GF5 A; 3A5Z B; 1VQL Q; 1VQ4 A; 1W4S A; 3H0I A; 4KBM B; 2P4T A; 4X9D A; 3M56 A; 3MPU B; 2KK4 A; 5IN1 A; 4HKE A; 1B3Q A; 1VQN Q; 2RQV A; 3JB9 I; 4ELZ C; 5GAO l; 2P0P A; 2OTJ A; 1M1G A; 4F17 A; 4PJO F; 1M2V B; 2X9H A; 2EYX A; 2E70 A; 1E7O A; 2I2L A; 3VU3 C; 3OYF A; 1VQL A; 3OSS C; 3BY7 A; 2HZY A; 2OAU A; 1JB0 E; 2E5Q A; 3CCS T; 2RHZ A; 3VS3 A; 1R8O B; 1VQN A; 2MF2 A; 3QSU A; 3GOX A; 3NTH A; 3LH0 A; 5D7U A; 3UA7 A; 2EAY A; 3SD4 A; 1K73 C; 2JN0 A; 1H8K A; 2CZ6 B; 1TH7 A; 2C0T A; 2EJ9 A; 2DNU A; 2EGA A; 2WSC E; 2JTM A; 1H3Z A; 1E6G A; 1W70 A; 2XMF A; 3KBG A; 2CH4 A; 1MMD A; 3CPW S; 3SHW A; 3L1A A; 4A4K A; 2JXB A; 4JJN K; 3VS7 A; 2L89 A; 3CCL Q; 2A37 A; 2KAF A; 2EJF A; 1NBE B; 2CP5 A; 3CD6 T; 4BAC A; 5KH6 A; 1TTH B; 2EVR A; 2RQT A; 2VC8 A; 1QMC A; 4OGC A; 1VQ7 Q; 5GAO p; 2RQW A; 3OYM A; 3OS1 A; 1X2K A; 2GGR A; 1NM7 A; 1PC0 A; 3E2U A; 1WIE A; 2QA4 T; 3CCL A; 4D8D A; 4CC3 A; 1Y71 A; 3BE3 A; 4J9H A; 1OYX A; 1B07 A; 2D0Q B; 3CC4 T; 3EG0 A; 2DF6 A; 2CP3 A; 5GAN j; 2VXE A; 4XU0 A; 2QEX Q; 1WX6 A; 2DTO A; 2EQM A; 5IHN A; 2LX7 A; 3CCJ A; 4OMM A; 5LJ3 d; 1VQ7 A; 2XID A; 4RTV A; 5KYU B; 4XTY A; 4BD3 A; 4FW1 A; 1ZSZ C; 4XTX A; 2RM4 A; 4MDX A; 4CC4 B; 1NLP C; 1S72 Q; 1X2Q A; 1PKS A; 1YBY A; 1P92 A; 4HVW A; 3RBB B; 3CMA T; 2K3X A; 2Y4X A; 1QLY A; 1QW1 A; 2NUT A; 2RNA A; 2A0F B; 3E19 A; 1R0B G; 2QEX A; 3CPW A; 2A36 A; 3VYH B; 1JQQ A; 5HY6 A; 1K9M C; 1WQW A; 4C0D C; 2V1R A; 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4C8Q F; 1PG5 B; 5GAN e; 2LT4 A; 1UEB A; 4M77 F; 5DLO A; 5GAM e; 3VV0 A; 3VYG A; 1VQ6 A; 2F2X A; 1OZ3 A; 5AT1 B; 3OS5 A; 4F7U F; 2JS2 A; 3U23 A; 1HXD A; 1MGQ A; 4M7A E; 4ANJ A; 5LJ3 g; 2MK5 A; 2O88 A; 1VQ9 T; 2YXY A; 2K6D A; 4VUB A; 2COY A; 1D0Y A; 1D09 B; 1YIT T; 3CME T; 4ZNX A; 2AIR B; 2H3J A; 4II1 A; 3RIR A; 4L5G A; 2GF7 A; 4RTW A; 2FZK B; 2HL3 A; 4DOV A; 4A4F A; 2ZPI B; 3G6E Q; 2CRE A; 3CC7 T; 3L2W A; 3JRZ A; 2CZ0 B; 4FU6 A; 2QAZ A; 1YI2 Q; 2K3B A; 2AHJ B; 1NLO C; 1LNX A; 2EQI A; 3VS6 A; 1YIJ Q; 3CCM T; 4ORZ A; 2BIV A; 3NPF A; 4O5V A; 4KGX B; 2AZV A; 5LJ5 d; 1M90 R; 2AZS A; 1B7T A; 3S3N A; 1JU5 C; 3G6E A; 2W0Z A; 2HQH A; 1X6B A; 4GLM A; 2KXD A; 5GMK h; 2F2W A; 4RCB A; 1JEG A; 1YI2 A; 5CKE A; 3BW1 A; 4M78 G; 3M58 A; 1YFN A; 3M55 A; 4JZ3 A; 1S1N A; 3JAM E; 3OW2 S; 2O4X B; 1YJW Q; 1YIJ A; 2EPD A; 1ZQ1 A; 2XHC A; 2FYK A; 4A4H A; 2CSQ A; 1UHF A; 2RI3 A; 3HPW A; 2X4W A; 2KGT A; 2MWO A; 4PNO A; 4OGE A; 2FZG B; 5CO7 A; 1QWE A; 4PKC C; 4PJO C; 1M1K C; 1N9R A; 4J7I A; 2KRM A; 2DXC A; 1YJW A; 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