The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
13
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sequence length |
74
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structure length |
74
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Chain Sequence |
b'VTTEFLSDIIGKTVNVKLASGLLYSGRLESIDGFMNVALSSATEHYESNNNKLLNKFNSDVFLRGTQVMYISEQ'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Cryo-EM structure of the yeast U4/U6.U5 tri-snRNP at 3.7 angstrom resolution.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
U4 snRNA
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| molecule tags |
Transcription
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| total genus |
13
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| structure length |
74
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| sequence length |
74
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2015-12-15 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| 6 | PF01423 | LSM | LSM domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5GAM j; 3PGG A; 3EFR A; 4HT9 A; 1TH7 A; 2DTH A; 4PNO A; 2RB6 A; 3V7C A; 5GMK h; 5GAN 3; 2E10 A; 1I8F A; 2DTO A; 4F7U F; 4QVD A; 4A54 A; 4XU2 A; 4XU1 A; 5GAN g; 4M75 A; 4M75 E; 1YCY A; 5GAN f; 2DTI A; 4C8Q A; 4PJO F; 4C92 C; 4EMH A; 3JCM Q; 2EAY A; 4QVC A; 4OP0 A; 1M8V A; 1BIB A; 5LJ5 j; 4M78 A; 4M78 E; 4PJO D; 3GIB A; 1HXD A; 4M7D B; 1B34 A; 5GAN 7; 4M7D E; 2CGH A; 3QHS A; 3QO3 A; 3FB9 A; 4X9C A; 5GAO q; 2DKG A; 4N0A A; 5GAM d; 3SB2 A; 1X01 A; 2RD1 A; 2EJ9 A; 4M75 G; 4EMG A; 3JCM d; 1I4K 1; 4C8Q C; 5GAN j; 4XTX A; 1D3B B; 3FJP A; 3SWN B; 3JCM V; 4M77 A; 4M77 E; 4M78 G; 5LJ5 g; 4M7D D; 4J6W A; 3JCM X; 3QUI A; 5GAN 8; 3JB9 F; 2VXE A; 3JB9 D; 4M7D G; 4WF2 A; 5GAO m; 1U1T A; 2E41 A; 3JCM c; 1LOJ A; 1WNL A; 3L2Z A; 2YLB A; 3M4G A; 3BW1 A; 5GAO l; 4XTY A; 4F7U B; 4N0A C; 4C8Q D; 5LJ5 d; 4M7A F; 3HSB A; 4F7U E; 5GAN 5; 4XU3 A; 5LJ3 e; 3JB9 J; 4M7A D; 4PJO B; 1LNX A; 4M77 G; 1U1S A; 2FYK A; 4NOY A; 1N9R A; 4XQ3 A; 3JCM J; 5GAN 4; 4JUV A; 3L1A A; 2HNI A; 5GAN d; 5LJ3 h; 4MMK A; 4M7D A; 1LJO A; 1H64 1; 3INZ A; 4C92 F; 3JCM e; 4XTV A; 2DZC A; 4V2S A; 4Y91 A; 4F7U G; 4C92 D; 2E1H A; 4M75 C; 3BY7 A; 2E65 A; 2E64 A; 4JRK A; 4EMK B; 5GAO r; 3RES A; 1D3B A; 3JCM h; 4M78 C; 4MML A; 3SWN A; 1WPY A; 2DXT A; 1KQ1 A; 2VC8 A; 1M5Q 1; 3BDU A; 2QTX A; 5LJ3 f; 3V8K A; 3HFN A; 2FB7 A; 4J6X A; 5CAI A; 5GMK j; 5GAO p; 4C8Q F; 4M7D C; 1JRI A; 1MGQ A; 4M75 D; 4M7A B; 5GAO n; 3RER A; 1BIA A; 4M78 F; 4F7U A; 2K57 A; 1N9S A; 2DJZ A; 3JCM P; 4M78 D; 4M77 C; 4PJO A; 4PJO E; 1I5L A; 2DVE A; 3JB9 G; 2RA2 A; 4J6Y A; 5LJ3 j; 5GAN 6; 4HT8 A; 1Y96 B; 3V7S A; 4HA8 A; 5GAM e; 3JB9 H; 4NL2 A; 4C92 B; 4XTU A; 2RM4 A; 5GMK l; 4X9D A; 4M77 F; 1HK9 A; 4M7A G; 4XU0 A; 4M77 D; 5DY9 A; 2ZGW A; 2DXU A; 2JN0 A; 5GAM h; 1KQ2 A; 4PJO G; 2DEQ A; 4PJO C; 3JCM b; 3RIR A; 4XTW A; 3RKX A; 3V8L A; 4EMK A; 2I2L A; 5LJ3 g; 3RUX A; 5LJ5 e; 2EWN A; 4M75 B; 4XTZ A; 4M75 F; 4C8Q B; 3JB9 I; 1JBM A; 4RCB A; 4RCC A; 4C92 G; 3JCM W; 4C8Q E; 4M78 B; 3QSU A; 3RKW A; 4M7A A; 4M7A E; 5LJ3 d; 3V8J A; 5GAM g; 1B34 B; 5LJ5 h; 3HFO A; 4JLI A; 1WQ7 A; 2EJF A; 3JCM g; 5GAM f; 4M7D F; 5GAN e; 4A53 A; 3JCM f; 1WQW A; 4DQ2 A; 2YLC A; 3SWN C; 2DZ9 A; 4JRI A; 4EMK C; 5I21 A; 3RKY A; 5GMK i; 4NL3 A; 3AHU A; 2EJG A; 5GMK m; 3BFM A; 5GAN 2; 1Y96 A; 4J5Y A; 1I81 A; 4C8Q G; 4M77 B; 2YHT A; 5GMK e; 3V7R A; 3EFS A; 2VXF A; 4C92 E; 3VU3 C; 4C92 A; 5GAN h; 4M7A C; 3FIF A; 2Y90 A; 5LJ5 f; #chains in the Genus database with same CATH topology 2DO3 A; 4HT9 A; 1UJY A; 1UGP B; 1O9S A; 3E9G A; 4JZ3 A; 2DK3 A; 4FSX A; 1VQO Q; 2EGE A; 1YI2 A; 2COZ A; 3H6Z A; 2MOX A; 3FB9 A; 1OPL A; 2CP0 A; 1RL2 A; 4LDV A; 4AMC A; 4EPC A; 3SB2 A; 4ME7 A; 2IIM A; 1WA7 A; 3G71 Q; 2M51 A; 3RMS A; 4M77 A; 2EQI A; 3A1P A; 4RTW A; 3JCM X; 1D09 B; 1T3S A; 4E7I A; 4PFP A; 3DKM A; 1HYO A; 1WI7 A; 1W2B P; 2COY A; 1PKT A; 1Q86 C; 2E6Z A; 1I07 A; 4JRP A; 4J9E A; 2XG8 D; 2BKD N; 2RK2 A; 2QA4 A; 2E65 A; 1YIJ A; 4JJC A; 1S72 A; 4GY5 A; 2HZY A; 4PL6 A; 1WPY A; 2EQM A; 4YTL A; 2VC8 A; 2EVR A; 3C12 A; 2DYB A; 2V26 A; 2C0O A; 1G3Y A; 3G1J A; 3WVE B; 2ZPE B; 5GAM e; 3VKI A; 1JJ2 A; 1Z9Z A; 2DMO A; 1AWX A; 2KXD A; 5KE2 A; 3EGU A; 3RKX A; 2DE0 X; 1NM7 A; 3FJ5 A; 5LJ5 e; 4C5E A; 1G3S A; 1EX4 A; 5I2M A; 2ZAE A; 1JEG A; 1VQ9 Q; 2KT8 A; 2F5T X; 2CP7 A; 3RKY A; 4C0G A; 1X69 A; 3KUF A; 3VUZ A; 2RJD A; 3RR6 A; 3SEM A; 1U5S A; 2HCK A; 2Y90 A; 5KYU B; 5GAM j; 1Q86 R; 5CK9 A; 1KSW A; 2DRK A; 2L8D A; 1YJW Q; 2V8K A; 4HCZ A; 1YJN A; 1M8V A; 5LJ5 j; 3NMZ C; 4ZN1 A; 2RHY A; 2KYM A; 3KBG A; 2D8J A; 4IUP A; 2QEX Q; 1AWW A; 2DKG A; 3CMA Q; 2JTM A; 2OAU A; 3PT9 A; 1M90 C; 3L2W A; 1FYN A; 2L89 A; 3QUI A; 3OMG A; 2XK0 A; 2DRM A; 1VQ6 T; 1JO8 A; 3OBW A; 3VS7 A; 1Y57 A; 2YLB A; 1IRE B; 4KUI A; 1QVF S; 3JB9 J; 2QQ9 A; 4M77 G; 3NHN A; 3VJP A; 4IKF A; 3I5S A; 3L1A A; 1X2Q A; 4ATO A; 4KUL A; 5HY6 A; 4A4K A; 1VQL Q; 2EIF A; 4JRK A; 3M5A A; 1LVK A; 2JNG A; 4JZ4 A; 4II1 A; 4J7F A; 3VS2 A; 1KQ1 A; 2PTK A; 4ANJ A; 3TSZ A; 4J6X A; 2DL8 A; 1BI1 A; 3E1S A; 4M78 F; 5FRN A; 3JCM P; 2DJZ A; 1Q95 G; 1XQH A; 2HD0 A; 3M0U A; 2NUP B; 4PJO E; 3CCE A; 1I5L A; 3DLM A; 2PVG B; 3MEU A; 3VS1 A; 1VQ5 A; 3TCJ A; 1KHC A; 4OB2 B; 2DXU A; 1G5V A; 5GAM h; 2HKN A; 4J7I A; 3CBO A; 3RIR A; 4EMK A; 3G4S T; 3VRZ A; 2DFU A; 2C0T A; 2FPE A; 1RAH B; 1VQ4 T; 1JBM A; 2VB6 A; 1O75 A; 2CSI A; 1SRM A; 1VQO A; 4PFZ A; 5LJ5 h; 1M90 R; 1WQ7 A; 1GXI E; 4EMK C; 5GMK i; 3QZ5 B; 3G71 A; 5FU7 C; 1UGS B; 2L3S A; 4RTX A; 1WX6 A; 4B9X A; 1VQ8 T; 1I8F A; 1PD0 A; 4ELZ C; 4E7S A; 4PJN A; 4MZT A; 3JAM E; 4QQ6 A; 1W2B S; 4Y28 E; 1R77 A; 3CME T; 2K3B A; 1RAD B; 3M0P A; 1TS9 A; 5GAM d; 4LN2 A; 1IHW A; 2MAM A; 1I4K 1; 1NZ9 A; 1D1C A; 3M56 A; 1M1K U; 2LCC A; 3OYH A; 1WHG A; 1PCX A; 4LDY A; 3OB9 A; 3CME A; 4XTY A; 1XOV A; 5LJ5 d; 4F7U E; 1JXO A; 5M9O A; 4HXJ A; 2DNU A; 4DBQ A; 1N6A A; 2O4X B; 1H64 1; 2DZC A; 1C0M A; 2NLU A; 1QVG P; 1X6G A; 5CKH A; 2RF0 A; 2ATC B; 4UC4 A; 4JRQ A; 1JXM A; 1T0J A; 2QQR A; 1M5Q 1; 5D7U A; 4C8Q F; 8AT1 B; 1Q82 U; 1BIA A; 3PE0 A; 1VQ9 A; 1PM3 A; 4JJD A; 4KH0 B; 3X24 B; 2AZS A; 2D0Q B; 3UA7 A; 3CCL Q; 3G6E T; 3L2U A; 2DVE A; 3O8V A; 3CC2 Q; 3CCS T; 2ZGW A; 4Q5W A; 2AT1 B; 2MYS A; 3GLX A; 1RAI B; 4A4E A; 1ZBX A; 2JUF A; 3RUX A; 1D0Z A; 2RN8 A; 3CC7 T; 4J9B A; 3GF5 A; 3JCM W; 3VYH B; 1WJQ A; 2M0O A; 2QQA A; 1GBQ A; 4JLI A; 2QEX A; 5ECA A; 2YSQ A; 4JRI A; 2JS2 A; 3CMA A; 3VS5 A; 3BFM A; 4X34 A; 1UHC A; 5GMK e; 2P4R A; 3V7R A; 4KBM B; 4E7K A; 3VU3 C; 4FYV B; 3CCQ A; 2KI7 A; 5KYX B; 2C06 A; 4FYX B; 5GAN f; 2K4Y A; 2HSP A; 4KRT A; 5GAN 7; 4HVU A; 3X28 B; 5GAO q; 3R6O A; 3EHQ A; 1VQL A; 1ZUU A; 2ZPI B; 3X20 B; 1X6O A; 2E70 A; 1X2K A; 2VGN A; 4AG1 C; 3A8O B; 1PWT A; 1RLP C; 2E12 A; 5KYU A; 1U1T A; 3HTR A; 1PSE A; 2O9S A; 1UE9 A; 4ZTF A; 1K9M R; 2A0F B; 2M1H A; 3UDC A; 3JCM J; 3I55 T; 1M9S A; 3S6W A; 2OTL Q; 3JCM e; 4RG8 A; 5FLX E; 1JJ2 P; 4BY6 C; 4M75 C; 1OZ3 A; 2ABL A; 1ZUK A; 3I55 A; 3EGD B; 3RES A; 5IAY A; 1IZ6 A; 1RUW A; 1R0C B; 4BE2 A; 3GNF B; 2YWW A; 4M78 D; 2RQR A; 1AHJ B; 3P8D A; 4R55 A; 2X9H A; 4XTU A; 3VS6 A; 1E6G A; 2L3Q A; 2QYZ A; 3CXC S; 1VOM A; 2EBP A; 4PJL A; 3PTA A; 1BU1 A; 4K11 A; 2BZX A; 2MMP A; 2X3W D; 1QP3 A; 3JB9 I; 1GRI A; 3LLR A; 2DET A; 1VQK Q; 2QDL A; 4LDX A; 1JQQ A; 2MK5 A; 4M7A E; 2AKL A; 1H92 A; 3HHT B; 3NTI A; 2EJF A; 2HAX A; 2FHD A; 4A53 A; 3JCM f; 2NUP A; 4HCC A; 2R5M A; 2DIL A; 2HQE A; 4C8Q G; 2YHT A; 3EFS A; 2V1Q A; 4DA4 A; 1UTI A; 4JJB A; 1WHK A; 2DL4 A; 1W1F A; 1V29 B; 2J6K A; 1KC8 U; 3VRY A; 5GMK h; 4FIB A; 1AZE A; 2JS0 A; 4DBF A; 4QVD A; 5FWB A; 2FVU A; 1YCY A; 3LX7 A; 1GCP A; 4PJO F; 3SDZ A; 1TG0 A; 2JW4 A; 4OP0 A; 1M3B A; 1K0X A; 4FM4 B; 2FZK B; 1ACM B; 1AD5 A; 4PKC C; 1VQN T; 2O01 E; 4CC2 A; 2RMO A; 3A8G B; 2LX9 A; 2K5I A; 2P0K A; 3EG2 A; 2QXF A; 4XTX A; 2CYZ B; 4Y92 A; 3WXM B; 2PVO B; 4J6W A; 1BCM A; 1M3C A; 2ENM A; 1K1Z A; 2E41 A; 1P92 A; 3BW1 A; 3EH2 A; 1Y0M A; 4XU3 A; 1UJ0 A; 3R6N A; 3CCL A; 4BI8 B; 4DEY A; 4GLK A; 4ZN3 A; 2LDM A; 1PD1 A; 2BZ8 A; 3CC2 A; 2YRD A; 1OYX A; 3I56 Q; 3CCR Q; 5GAO r; 2KNB B; 3JCM h; 2K5F A; 2KVQ G; 3MJX A; 1OZ2 A; 1NE8 A; 1I1J A; 3BDU A; 2CZ6 B; 1WXB A; 5GAO n; 4BD3 A; 2J6O A; 1N9S A; 1Q81 U; 1ZSZ B; 4AFZ C; 1NBE B; 2O4X A; 3OBY A; 2DL5 A; 4XU0 A; 1PRL C; 2ZPG B; 1FWZ A; 5IHI A; 1S1N A; 2LJ1 A; 4FW1 A; 2GCX A; 5D6X A; 3V8L A; 1V76 A; 3QXE B; 2KXC A; 2CT4 A; 2EWN A; 4IUU A; 1QVF P; 3LGL A; 5FRM A; 4M78 B; 2XDP A; 5GAM g; 3VUB A; 1B3Q A; 3SWN C; 2RQW A; 1VQP T; 1UGV A; 5GAN 2; 3MEW A; 4RTV A; 4D8K A; 1YJ9 T; 2CUD A; 5LL6 S; 4L5G A; 5HK0 A; 1JU5 C; 1N8R U; 2E10 A; 2D8H A; 4XU2 A; 2K3X A; 3J81 E; 4R56 A; 1UEB A; 2G3R A; 2BZY A; 1T0H A; 2O31 A; 4WCI A; 1YHQ Q; 2V8J A; 1KHI A; 4FT4 A; 2R57 A; 3GIB A; 2MI6 A; 3HP9 A; 2A7Y A; 3S3N A; 5J39 A; 3QHS A; 2GTJ A; 2ZZD A; 3HRU A; 1RI0 A; 2RD1 A; 1SHG A; 2K9G A; 2NUT B; 1JJ2 S; 1QCN A; 3CQT A; 1M27 C; 1M8M A; 3NTH A; 1VYV A; 5GAO m; 2KYB A; 1YI2 T; 2MWO A; 1WHH A; 4J83 A; 5KYX A; 4XQ3 A; 3CD6 Q; 3CPW A; 3QWY A; 1MV0 B; 3DB4 A; 2EKO A; 1K73 C; 2E3I A; 2X4W A; 2DPP B; 1FX7 A; 3CCV Q; 2XDD A; 1Y7X A; 2X35 A; 1TUG B; 3EG9 B; 2J05 A; 1A0N B; 3L2V A; 1KFZ A; 1KJW A; 2CZ1 B; 1VQK A; 5IH2 A; 1C6V X; 5FWC A; 2QA4 T; 1J3T A; 1YIJ T; 4M77 C; 1S72 T; 3H0H A; 3MP8 A; 2OTJ Q; 1G2B A; 2CZ7 B; 2CP3 A; 1SG5 A; 2LCL A; 2EPD A; 2J06 A; 2DL7 A; 4BB7 A; 3Q1J A; 2DD4 A; 2GF7 A; 2JN0 A; 4OMN A; 4O5V A; 3M0S A; 1W6X A; 2I2L A; 3BE3 A; 3EGD A; 1BBZ A; 4TVR A; 2KSS A; 3M55 A; 5KCH A; 1CSK A; 2HEQ A; 2HQX A; 4C8Q B; 4JPB W; 3TVT A; 4GLM A; 4M7D F; 4E7Z A; 5D6W A; 3M57 A; 4KT0 E; 4HCK A; 2L3R A; 2DLP A; 3LH0 A; 2LJ3 A; 1BB9 A; 1PNJ A; 2P0P A; 5DLQ E; 3CCU Q; 4B9W A; 5CVI A; 2BTT A; 1X27 A; 5IXF A; 1NPR A; 1R8O B; 2E4H A; 2RNA A; 3D7S B; 4CC4 B; 3LWH A; 1BK2 A; 4E2F B; 2SEM A; 4A54 A; 1H8K A; 4M75 E; 4DOW A; 2Y4X A; 1B07 A; 3A8M B; 3ASK A; 4OMO A; 4PJO D; 1AWJ A; 1KC8 C; 1K73 R; 2J7I A; 3QKJ A; 4PJJ A; 3ZEH A; 5DM7 R; 4A63 B; 2FRW A; 3A8L B; 3I56 A; 3CCR A; 2RH2 A; 1AZG B; 1VYT A; 1YJN T; 1Q7Y C; 1VQM Q; 2RHU A; 5GAN 8; 1SSF A; 3EH1 A; 3J7A F; 4WF2 A; 1LOJ A; 4OVA A; 2GTO A; 4M7A F; 3GBQ A; 3GP8 A; 3HSB A; 3PNW C; 1BKB A; 1TU0 B; 3CBP A; 1NEB A; 4J9I A; 2DD5 A; 3OSS C; 2VV5 A; 5GAN 4; 2E5Q A; 2EQK A; 4Z89 A; 2QK0 A; 4RTY A; 1I0C A; 2X3X D; 1TWB A; 2BUD A; 1YCS B; 1IO6 A; 2ZPH B; 3MET A; 3URG A; 2DXB A; 2D1X A; 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