The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
9
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sequence length |
80
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structure length |
66
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Chain Sequence |
AILDLAKYKDSKIRVKLMGGKLVIGVLKGYDQLMNLVLDDTVEYMNARKLGLTVIRGTILVSLSSA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
Pre-mRNA-splicing factor 8
|
| publication title |
The 3.8 angstrom structure of the U4/U6.U5 tri-snRNP: Insights into spliceosome assembly and catalysis
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Transcription
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| total genus |
9
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| structure length |
66
|
| sequence length |
80
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2015-12-23 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| g | PF01423 | LSM | LSM domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2JN0 A; 5GMK i; 1HK9 A; 4MML A; 1I5L A; 4N0A A; 3BDU A; 5GAO l; 2DTI A; 4M7D D; 4QVD A; 3JB9 F; 4XTY A; 2DXT A; 5GAN h; 3GIB A; 1I4K 1; 1D3B B; 4N0A C; 3JCM J; 3JCM V; 3JCM P; 4M7A C; 4V2S A; 5LJ3 f; 2VXF A; 4M78 B; 4C8Q B; 3JB9 G; 4RCC A; 2DJZ A; 5I21 A; 3JCM g; 1JBM A; 4PJO G; 4XU0 A; 4M7D B; 4NL2 A; 4C8Q E; 4XU1 A; 4M78 E; 4M77 F; 2DZC A; 4M75 D; 4F7U F; 1KQ1 A; 4C92 D; 2DVE A; 2YHT A; 4M7A F; 4M77 G; 5LJ3 h; 4M7D E; 3JCM X; 1WNL A; 2DEQ A; 5GAM g; 4MMK A; 3QSU A; 3L2Z A; 2RB6 A; 4J6Y A; 5LJ5 f; 3JB9 J; 4OP0 A; 3SWN A; 4HA8 A; 3V7S A; 5GMK m; 3VU3 C; 5LJ5 d; 3V7C A; 1B34 B; 2DXU A; 4M75 B; 4XTZ A; 5GAN d; 3QUI A; 1U1T A; 3HSB A; 3JB9 D; 3RIR A; 5GAN 8; 4F7U A; 2HNI A; 3BFM A; 3BW1 A; 1MGQ A; 5GAN 3; 4M75 E; 4M7A A; 1LJO A; 2I2L A; 4A53 A; 5GMK h; 4PJO D; 5LJ5 h; 3JCM f; 1U1S A; 2DTH A; 2E64 A; 1D3B A; 2FB7 A; 3JB9 H; 4NOY A; 2RA2 A; 4X9C A; 4J6W A; 5GAN 7; 4M77 D; 4X9D A; 5LJ3 d; 2CGH A; 4C8Q C; 3FB9 A; 4M78 C; 2DZ9 A; 5CAI A; 2ZGW A; 5LJ5 e; 5GAN e; 5GAM f; 5GAO m; 3INZ A; 4PJO B; 3JCM h; 1LNX A; 4HT8 A; 5GAM d; 1YCY A; 5GAN 6; 4M7D C; 5LJ5 j; 5GAN j; 3RUX A; 4F7U G; 3V8K A; 4PJO E; 1WPY A; 4M7A G; 3RKX A; 1Y96 A; 4XTV A; 3AHU A; 3RER A; 4C8Q F; 2Y90 A; 4M78 F; 4EMK B; 4JUV A; 2EJF A; 5GAM h; 5GAO n; 1WQ7 A; 4C92 B; 2K57 A; 2YLB A; 3EFS A; 5GAO p; 5LJ3 e; 2DTO A; 4M7D F; 4WF2 A; 4M75 C; 3EFR A; 3RKY A; 3RKW A; 3V8L A; 4C92 C; 5GAO q; 4C92 E; 5LJ3 j; 2EWN A; 4DQ2 A; 4XQ3 A; 3JCM c; 3JB9 I; 5GAM e; 5GAO r; 3RES A; 3JCM d; 2FYK A; 2RD1 A; 4RCB A; 4XU2 A; 4C8Q A; 4M78 A; 2E65 A; 1N9S A; 5GAM j; 4J6X A; 3JCM b; 3HFO A; 4M75 F; 4M7A D; 4J5Y A; 5GMK e; 4PNO A; 4A54 A; 4M7D A; 3SWN B; 4XTW A; 4JRK A; 5DY9 A; 4Y91 A; 1LOJ A; 5GMK j; 5GAN 4; 4PJO C; 2EJG A; 4XU3 A; 4M77 B; 2DKG A; 1I81 A; 1JRI A; 4XTX A; 4EMG A; 4F7U B; 5GAN g; 5GAN 2; 5LJ5 g; 1KQ2 A; 5GAN 5; 4M7A B; 1TH7 A; 4M77 C; 3JCM e; 3HFN A; 4M77 E; 4EMK A; 1B34 A; 3FJP A; 4M75 A; 2VC8 A; 1BIA A; 3L1A A; 3M4G A; 3BY7 A; 2EAY A; 4JLI A; 4M78 G; 4C8Q G; 4C92 A; 4EMK C; 1N9R A; 3QO3 A; 4M7A E; 4PJO F; 3PGG A; 1I8F A; 4M7D G; 4HT9 A; 1X01 A; 2YLC A; 5LJ3 g; 3JCM Q; 5GMK l; 3JCM W; 3FIF A; 2E10 A; 2EJ9 A; 1HXD A; 4XTU A; 4NL3 A; 3SB2 A; 1WQW A; 2E1H A; 4C92 F; 4EMH A; 4QVC A; 2QTX A; 2RM4 A; 3QHS A; 1Y96 B; 4PJO A; 5GAN f; 4M75 G; 2E41 A; 3V7R A; 4C92 G; 1M8V A; 3V8J A; 2VXE A; 1BIB A; 4C8Q D; 4M78 D; 4JRI A; 3SWN C; 4F7U E; 1M5Q 1; 4M77 A; 1H64 1; #chains in the Genus database with same CATH topology 2J7I A; 2X4Y A; 3VUB A; 3TSZ A; 1PWT A; 4CC2 A; 3JCM J; 1NJI R; 4BE2 A; 3KBG A; 4D6W A; 2E3H A; 2O9V A; 4JRQ A; 3WVE B; 2EQI A; 4M75 D; 4FT2 A; 1WJR A; 2XI9 A; 3M0T A; 3CBO A; 2A7Y A; 3VRY A; 3G71 Q; 3QSU A; 3M0P A; 1YFN A; 1VUB A; 5LJ5 f; 1K73 R; 2EW3 A; 2SEM A; 2ZPI B; 1WXT A; 2HKN A; 5CQY A; 1VQ7 Q; 3C0C A; 2HL5 C; 4C5G A; 2HAX A; 3CMA Q; 1VQO A; 1M90 R; 4XAX B; 4JS4 A; 3R6O A; 2ZGW A; 1W2B S; 1SSH A; 2NUP A; 2GF7 A; 1KJW A; 2K6D A; 3V8K A; 4PJO E; 2VB6 A; 1Y96 A; 1M9S A; 2RJD A; 2YRD A; 3M4Y A; 2JXB A; 1QVP A; 3VS0 A; 1ZX6 A; 2KSS A; 4CC3 A; 1MMG A; 3OYC A; 5DLQ E; 4EPC A; 4HCB A; 4HCK A; 1GXI E; 4PLI A; 2D0Q B; 2CUD A; 5GAM j; 4BE1 A; 1M2V B; 2QDL A; 4M75 F; 5KYU B; 4M7A D; 2E6Z A; 2XG8 D; 2F5K A; 4Y91 A; 4FYX B; 4JS5 A; 4B6M A; 2GTO A; 1M30 A; 5C6S A; 1UE9 A; 3X26 B; 4J83 A; 1K73 U; 3OYK A; 3JCM e; 1SPK A; 4M77 E; 4EMK A; 3MEW A; 3OW2 P; 1PRM C; 4YTL A; 2PZ1 A; 5LJ3 g; 5GMK l; 1TXQ A; 4IKF A; 1PHT A; 1M90 U; 2R57 A; 2BZY A; 3FEO A; 2QTV A; 2BE7 D; 2VYT A; 1YI2 A; 2LCC A; 4LD9 K; 5HK0 A; 1RAI B; 3PTA A; 3FRN A; 3CBP A; 4RG8 A; 3ZBD A; 2XU8 A; 1OX9 A; 3CCE T; 5IHN A; 4LN2 A; 3T9N A; 4BI3 A; 4C0Z A; 1S72 Q; 1Q81 R; 1HD3 A; 3MKD A; 3EGU A; 3S3O A; 1TG0 A; 4M7A F; 2F5T X; 5GAM g; 1FX7 A; 1BI2 A; 1QVG P; 4HA8 A; 5LJ5 d; 3QUI A; 1U5S A; 4DEY A; 4RTX A; 4F7U A; 1EX4 A; 4FL6 A; 1YIT A; 4PJN A; 3KFV A; 1WIE A; 2DTH A; 2JUF A; 1JU5 C; 3VS4 A; 1YJ9 T; 4AFU C; 3UA7 A; 1VYV A; 2COZ A; 3CCU Q; 1OX8 A; 2JT4 A; 1UB4 A; 5IHK A; 2DL8 A; 1YCY A; 4A4G A; 3SHW A; 1VQO Q; 3EH1 A; 3RMQ A; 2DIQ A; 1WHJ A; 2A0F B; 5GAO p; 3QWX X; 5D6W A; 3M9Q A; 1M2O A; 1SHF A; 1QCF A; 2LT1 A; 4RTV A; 2XDP A; 3TQ7 P; 2PVD B; 2RD1 A; 1ZBX A; 3SFM A; 1KIK A; 1W1F A; 1Q81 U; 3OBW A; 2E5Q A; 5GJW B; 1R8O B; 2V26 A; 5KCO A; 4PJO C; 1I81 A; 4BE0 A; 4ANJ A; 1FWZ A; 3A8O B; 3HHT B; 5D6X A; 2F69 A; 2VC8 A; 1BIA A; 3Q1J A; 3I35 A; 1VQM A; 3CC7 A; 2D8H A; 2BZX A; 2JM8 A; 1QCN A; 2XIC A; 3H0H A; 4JJN K; 1HXD A; 2EFI A; 2NUT B; 2HQX A; 2RNA A; 4RG2 A; 2RQU A; 1VQK A; 1NLO C; 2RI2 A; 2L5Q A; 1O9S A; 1H64 1; 5GMK i; 1W2B A; 4B9X A; 2J6F A; 4XTY A; 1YI2 Q; 5KYY B; 3JCM V; 1VQ5 T; 3DB3 A; 4E47 A; 1W6X A; 2DET A; 1KD1 C; 1K9M R; 4M7D B; 1PC0 A; 4OMN A; 2VAS A; 2KE9 A; 1G3W A; 1X43 A; 2QA4 A; 2X4J A; 1M2V A; 2KR3 A; 2ED0 A; 5KYU A; 2YSQ A; 4IUT A; 4OP0 A; 1YWO A; 3M55 A; 1NLP C; 4F16 A; 3PMI A; 2YUN A; 1GBQ A; 1X6B A; 4IUQ A; 4RTY A; 1YJW T; 1LJO A; 5LJ5 h; 2I0N A; 1M1K U; 1D3B A; 2FPF A; 1QWF A; 2RK2 A; 4J6W A; 4X9D A; 2F1L A; 3M0S A; 1YIT Q; 2F2X A; 5DM7 R; 4E7K A; 2K3B A; 2M51 A; 3I9Q A; 1Z9Q A; 3R6N A; 2B86 A; 1ZLM A; 3RMS A; 2CT4 A; 3A8M B; 1AWO A; 1I5O B; 3CC2 T; 2KYM A; 1H3H A; 3KXT A; 5CKE A; 4C92 C; 3EG2 A; 1OZ3 A; 2J6O A; 2P4R A; 2FZC B; 2LJ1 A; 2RHU A; 1QVG A; 1DJ7 B; 1KK7 A; 3L2Q A; 4OB1 B; 1UTI A; 4ZN3 A; 2EGA A; 3EHQ A; 3M57 A; 1MV0 B; 2IG0 A; 5KCH A; 3MP8 A; 4F7U E; 2HMA A; 1OU8 A; 1T0J A; 2CUB A; 1I8F A; 2CSQ A; 1PM3 A; 1QQJ A; 3UPU A; 3M54 A; 1VQM Q; 1VQ4 A; 3CC7 Q; 4PFO A; 4QVC A; 1XOV A; 2SRC A; 3BDL A; 2JTE A; 2VGN A; 5I11 A; 3G71 T; 2PNI A; 2CSI A; 5FRM A; 4QVD A; 1Q82 U; 2FPE A; 1VQK Q; 3CBM A; 2CH4 W; 2RO0 A; 2LX9 A; 3SEM A; 3OS0 A; 4PJO G; 2KBT A; 4XU0 A; 1VQ7 T; 2M02 A; 2PUK B; 3A98 A; 1KQ1 A; 3CMA T; 1WNL A; 2LTO A; 1W70 A; 2VVK A; 3E1S A; 5DLO A; 2K2M A; 3VRZ A; 1QWE A; 1O75 A; 2QA4 Q; 1JQQ A; 1U1S A; 1D0Y A; 2KRN A; 4L6V 5; 2X4W A; 2HZY A; 4KH1 B; 2HDA A; 4CC4 B; 3FB9 A; 3A5Z B; 1Z9Z A; 5GAN e; 1ZA2 B; 1VQ5 A; 3QXE B; 3OYE A; 3TU4 K; 2LX7 A; 1K4U S; 3EFO A; 3EG3 A; 1WPY A; 3CCQ A; 2RPN A; 3OYF A; 2CZ1 B; 2EIF A; 2FRW A; 4J9D A; 4C92 B; 4JJB A; 3E9F A; 1X75 C; 2NYS A; 3JCM c; 1N27 A; 5KYY A; 2BTT A; 4JLG A; 5J39 A; 4FW1 A; 3EGD A; 1WGS A; 3M0R A; 2QEX A; 5GMK e; 3JSC A; 4M7D A; 1TUC A; 5A2Q E; 4JRK A; 2LZ6 B; 2EJG A; 2DRM A; 5HKC A; 2X3X D; 3HRS A; 2LRQ A; 1QP2 A; 1UGS B; 2HQH A; 1N9R A; 2O31 A; 2DL3 A; 1PSE A; 1RI9 A; 3OYL A; 3E19 A; 4DOW A; 4OMM A; 1S72 T; 3V7R A; 2JVV A; 4C92 G; 1Q86 R; 1XNI A; 2HD0 A; 4M78 D; 3OSV A; 4HKE A; 1IHW A; 5I2S A; 5AT1 B; 1VQ4 Q; 2LQK A; 2DD4 A; 5IHI A; 2LJ3 A; 5IN1 A; 2L2P A; 3UAT A; 3J80 E; 1JJ2 P; 4V2S A; 1FXX A; 1D0X A; 1SSF A; 3MEV A; 1VQ9 Q; 2KDS A; 2KEA A; 2LNH B; 3CPW S; 2E5K A; 1YN8 A; 2K5I A; 4AFZ C; 2DEQ A; 4MMK A; 4PJL A; 4IIO A; 5J3B A; 2AK5 A; 3CCR A; 3VU3 C; 4M75 B; 1Y7X A; 3RIR A; 3LGF A; 1VQO T; 3OMC A; 2JNG A; 5D7U A; 2DD5 A; 3JCM f; 1WLP B; 4M77 D; 1AT1 B; 2KGT A; 3CPW P; 3QYH B; 4RKU E; 3QII A; 5GAN j; 2D6F A; 5KYX B; 4ZGD B; 1KQS P; 4M78 F; 4EMK B; 1NPR A; 5GAO n; 1BI0 A; 1Q86 U; 5LJ3 e; 3RKY A; 3CCQ Q; 2COW A; 5CQX A; 1BU1 A; 2PUO B; 2MWO A; 1PCX A; 4XU2 A; 4OB2 B; 1N9S A; 2CP6 A; 1K8A R; 2CP3 A; 5CKD A; 2CH4 A; 4MDW A; 5GMK j; 3CCS A; 1RLP C; 2J06 A; 4OMQ A; 4EMG A; 4XTX A; 1MNE A; 5GAN 5; 3OS1 A; 1H8K A; 4M7A B; 2QEX Q; 4KT0 E; 4F14 A; 2LCS A; 1KD1 U; 1IGQ A; 3L1A A; 4JLI A; 2R58 A; 1Q7Y C; 2DXB A; 2AZV A; 1EIF A; 3H6Z A; 4HT9 A; 2BKD N; 3QG1 A; 2RHI A; 4C5E A; 2O88 A; 1TTH B; 2C0I A; 1WHL A; 1YI2 T; 4KUL A; 3JCM W; 2EJ9 A; 3QHS A; 2HSP A; 2L0A A; 3ZEH A; 1M8V A; 3V8J A; 3M53 A; 4C8Q D; 2ZPE B; 4KBM B; 3I55 A; 1UEB A; 1HK9 A; 1W4S A; 4QQD A; 2ECZ A; 3S3M A; 2FVU A; 4OML A; 3JCM P; 4ZTJ A; 3HL8 A; 1NE8 A; 1RAH B; 4M7D E; 3REA B; 2IPO B; 1YIT T; 4LDY A; 5CK9 A; 1RI0 A; 3JB9 D; 4QT7 A; 4CRI A; 1JO8 A; 4KGZ B; 2DM1 A; 4XK8 E; 3CCR Q; 4X9C A; 2DMO A; 3WXM B; 3DLM A; 2DAQ A; 1G2B A; 3G1J A; 1VQL A; 4LE9 A; 2DZ9 A; 2RHX A; 3EHR A; 2E70 A; 4Z8A A; 4F7U G; 1N8R C; 4HCC A; 4E7S A; 1BCO A; 4C8Q F; 2EJF A; 2ZPG B; 3DKM A; 3PIP A; 3CCU A; 3FLG A; 1VOM A; 3EFR A; 5LJ3 j; 1J3T A; 1X2K A; 4ATO A; 1VA7 A; 2QGG A; 1UGQ B; 5HY6 A; 3SWN B; 2RQV A; 2DIG A; 3ZL7 C; 5DY9 A; 3L2R A; 2E6N A; 4NS5 A; 1VQM T; 3CC7 T; 1N6A A; 3CCL A; 2K9G A; 1D09 B; 1D0Z A; 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3QO3 A; 2V8I A; 2FO0 A; 1VQ4 T; 2QQA A; 3CCL Q; 4JJD A; 5CKH A; 3X24 B; 1MHN A; 1YNZ A; 2QTX A; 1IXD A; 5KE2 A; 1VQ9 T; 2EYW A; 4E2F B; 5GAN f; 1UGR B; 3AT1 B; 1WFW A; 1K1Z A; 1YIJ Q; 2H3J A; 3QZ9 B; 2BIV A; 1M3A A; 4QVZ A; 1MMN A; 1M1K R; 4LUD A; 2DXT A; 2YRV A; 2KQW A; 3CD6 Q; 2VXF A; 1ACM B; 2AKL A; 4LDX A; 2DJZ A; 3A8G B; 4OGC A; 2HBP A; 3NPF A; 1ZSG A; 4M4Z A; 4MZT A; 3GF5 A; 3EFO B; 4II1 A; 1KFZ A; 1BYM A; 1QLY A; 3SWN A; 1Y71 A; 1IO6 A; 3LH5 A; 3V7C A; 1B34 B; 4RTU A; 2QQ9 A; 4BY6 C; 2ZAE A; 1R0B G; 4BAC A; 4M75 E; 2I2L A; 2XKO C; 3RBB B; 4AG1 C; 3JV3 A; 2OI3 A; 2M0O A; 4KRT A; 3JB9 H; 2K79 A; 2KI7 A; 3EGD B; 2CKK A; 5LJ5 e; 3CCQ T; 1VQ8 A; 2QG9 B; 2GQI A; 1UHF A; 2LNV A; 1OUL A; 3CEY A; 3M5A A; 2Z0W A; 1Q7Y U; 1UDL A; 3G6E Q; 3OW2 A; 4PLL A; 4AT1 B; 2LDM A; 2CRE A; 4IUU A; 4WF2 A; 1YP5 A; 2QEX T; 3SDZ A; 1M8M A; 2EYQ A; 2GQV A; 4RCB A; 3JAM E; 3MPU B; 3EH2 A; 2BE9 B; 3MJX A; 2F2V A; 3QBY A; 2EQM A; 2JJ9 A; 1AWX A; 4XTW A; 2MAM A; 2A08 A; 2DKG A; 1IZ6 A; 1MV3 A; 4KUI A; 1Q82 R; 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