The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
8
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sequence length |
59
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structure length |
59
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Chain Sequence |
APWATAEYDYDAAEDNELTFVENDKIINIEFVDDDWWLGELEKDGSKGLFPSNYVSLGN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structural, functional, and bioinformatic studies demonstrate the crucial role of an extended peptide binding site for the SH3 domain of yeast Abp1p
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Actin-binding protein
|
| molecule tags |
Structural protein
|
| source organism |
Saccharomyces cerevisiae
|
| total genus |
8
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| structure length |
59
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| sequence length |
59
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2008-06-12 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00018 | SH3_1 | SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4AFS C; 2RPN A; 1JEG A; 1OPL A; 1UEC A; 1ABQ A; 2V1Q A; 1U5S A; 3A98 A; 2ROL A; 2PZ1 A; 2AKK A; 1E6G A; 1YNZ A; 2KR3 A; 4WCI A; 2DL8 A; 4RTT A; 2SEM A; 4OMO A; 1I07 A; 2DA9 A; 1HD3 A; 2LJ3 A; 2JXB A; 2CRE A; 2EKH A; 1QKW A; 2K79 A; 2DE0 X; 1PHT A; 1M3B A; 2FEI A; 2RQT A; 3RNJ A; 2CSQ A; 1AD5 A; 2EGE A; 4CC2 A; 1NM7 A; 1QWE A; 1UE9 A; 4HCK A; 4JJC A; 2FO0 A; 2FPD A; 2O88 A; 1K4U S; 2FPE A; 1K1Z A; 2MOX A; 2LX7 A; 1NEB A; 3VS0 A; 2JS2 A; 4K11 A; 2KT8 A; 3REA B; 2RQW A; 2LJ0 A; 1GL5 A; 4J9G A; 4E6R A; 4JJD A; 4KRT A; 4AG2 C; 2PTK A; 2EYZ A; 1KFZ A; 2MIO A; 2CUD A; 1GRI A; 4LNP A; 2GQI A; 1K9A A; 1X69 A; 3REB B; 2KRS A; 2RMO A; 3GBQ A; 1W6X A; 1T0J A; 2DBK A; 1E7O A; 4Z89 A; 3I9Q A; 1H3H A; 3SEM A; 1FMK A; 2FG0 A; 3H0I A; 3FJ5 A; 1RUW A; 2H8H A; 2A28 A; 1X2Q A; 4QT7 A; 2K9G A; 3PE0 A; 1SPK A; 1MV0 B; 1H92 A; 1XOV A; 4DEX A; 3VS1 A; 2LJ1 A; 1J3T A; 4RTX A; 1M8M A; 4LUE A; 1ZSG A; 2LQN A; 2OAW A; 2EGA A; 2RQV A; 1WXB A; 2DL5 A; 1QLY A; 3ULR B; 2ED0 A; 1M30 A; 5L23 A; 2JM8 A; 1GCQ C; 1WXT A; 4LN2 A; 4AFQ C; 1GBR A; 1YP5 A; 4CC7 A; 4Z88 A; 2GTO A; 4JJB A; 1PKT A; 2DRK A; 1ZBJ A; 3ZL7 C; 1AEY A; 4EIK A; 2KXD A; 3VRY A; 3NHN A; 1ZUK A; 4OML A; 1RLP C; 1RLQ C; 2KGT A; 2L3S A; 2OI3 A; 3NPF A; 5GJW B; 4JPB W; 2KRM A; 1K0S A; 3KFV A; 1GFC A; 3H41 A; 3EG1 A; 4ESR A; 3I5S A; 4J9F A; 2QDL A; 1G83 A; 4RTV A; 1UUE A; 1WIE A; 3QWX X; 1SRL A; 1GFD A; 1WA7 A; 2JMC A; 4OMM A; 2M0Y A; 4R0K A; 1GBQ A; 3M0R A; 2LZ6 B; 2AK5 A; 2LP5 A; 2X3X D; 2XMF A; 1SEM A; 2CUB A; 2EVR A; 2HCK A; 2LNH B; 2MCN A; 1UJ0 A; 2YSQ A; 4RTY A; 2D8H A; 2CT3 A; 2K6D A; 5IH2 A; 1BBZ A; 3EHQ A; 4AG1 C; 1RI9 A; 2DYB A; 4OMN A; 4DEY A; 4JZ3 A; 2ED1 A; 4AFU C; 2M51 A; 1HJD A; 1H8K A; 2RQU A; 2HBW A; 2DVJ A; 1QKX A; 3VS5 A; 1AWW A; 1SSH A; 2K2M A; 3LH5 A; 2DM1 A; 2J6K A; 2J7I A; 1WI7 A; 4J9D A; 3TSZ A; 1BB9 A; 1UGV A; 1WDX A; 2KBT A; 1V1C A; 2KYB A; 3EG0 A; 3M0P A; 1KSW A; 2ABL A; 2EQI A; 1M3A A; 1QWF A; 2HSP A; 1UDL A; 4F16 A; 1JQQ A; 2I0N A; 5IHI A; 3M0S A; 1K0X A; 5ECA A; 1UHC A; 5FWC A; 2ECZ A; 1SHG A; 2JM9 A; 1UFF A; 2KNB B; 1AWO A; 2CT4 A; 2DL7 A; 4IIO A; 3H0H A; 4RTZ A; 3JV3 A; 1VYU A; 1I0C A; 2KRO A; 2A37 A; 1Z9Z A; 2D1X A; 3C0C A; 2GBQ A; 4RTW A; 1PKS A; 2DRM A; 1SRM A; 1PRM C; 2DBM A; 2KYM A; 3EGU A; 2JMA A; 2HEQ A; 1N5Z A; 3EG2 A; 1U06 A; 1SHF A; 2DX1 A; 2RF0 A; 2RNA A; 3UA6 A; 1VA7 A; 2D0N A; 3THK A; 4OMP A; 2F2X A; 2YUN A; 4D8D A; 3VS4 A; 1TUD A; 1WXU A; 4A63 B; 1S1N A; 4GBQ A; 2EW3 A; 5IHK A; 1OV3 A; 1VYV A; 2P4R A; 3H0F A; 3TSW A; 1JU5 C; 2JTE A; 4J9E A; 2L0A A; 2J06 A; 2E5K A; 2NUZ A; 5I22 A; 2KE9 A; 5FWB A; 2DIL A; 2PNI A; 3IQL A; 1NEG A; 1TUC A; 1YN8 A; 2EGC A; 1T3S A; 2K7A A; 1AWX A; 2IIM A; 3O5Z A; 1W1F A; 2J6O A; 1GCP A; 2AZV A; 2KEA A; 1NLO C; 4Y92 A; 2CH4 A; 2O9S A; 1X2K A; 4HXJ A; 1KIK A; 1WX6 A; 1WLP B; 1MV3 A; 3NGP A; 3UA7 A; 2VWF A; 2DLP A; 3I5R A; 4J9B A; 1AZE A; 1T3L A; 3UAT A; 1AOJ A; 4AFZ C; 3VRZ A; 1UJY A; 1M27 C; 3VS3 A; 1WYX A; 4HVU A; 2V1R A; 2AKL A; 2O31 A; 1LCK A; 3NMZ C; 4ORZ A; 3M0Q A; 1AZG B; 2G6F X; 1ZX6 A; 4J9I A; 2ENM A; 1UHF A; 3VS2 A; 1I1J A; 2DL3 A; 2O2O A; 2DJQ A; 1CKB A; 1PWT A; 1BK2 A; 2O9V A; 2A36 A; 2FPF A; 1WFW A; 2EYY A; 2ESW A; 4LUD A; 1ABO A; 2L2P A; 4F14 A; 1Y57 A; 3R6N A; 2LQW A; 1QCF A; 1IO6 A; 1UTI A; 2DNU A; 2FRY A; 4JZ4 A; 2CDT A; 1T0H A; 2LMJ A; 2YDL A; 5HCK A; 2F2V A; 2EBP A; 2EPD A; 2C0O A; 2JW4 A; 3RBB B; 1U3O A; 3VS6 A; 1PRL C; 1TG0 A; 2HDA A; 1NYG A; 2SRC A; 1X6B A; 4ZNX A; 1E6H A; 1NYF A; 3TVT A; 1PNJ A; 2L3Q A; 1CSK A; 2W10 A; 3VS7 A; 1ZLM A; 1OOT A; 1EFN A; 1OEB A; 2NWM A; 2KT1 A; 1MUZ A; 3EHR A; 1BU1 A; 2CH4 W; 5EC7 A; 2GNC A; 1YCS B; 1CKA A; 2RN8 A; 5IHN A; 2DMO A; 3PVL A; 4FSS A; 1NLP C; 2YUO A; 2EYW A; 5FW9 A; 3CQT A; 2C0T A; 4F17 A; 4J9C A; 2YUQ A; 4HVV A; 3M0U A; 1OPK A; 1X27 A; 2VKN A; 2BZX A; 2X3W D; 1X6G A; 2LCS A; 4Z8A A; 1VYT A; 1X43 A; 1ZUY A; 1Z9Q A; 1JXO A; 4IIM A; 4HVW A; 1G2B A; 1YWP A; 2J6F A; 3EG3 A; 1ARK A; 2VVK A; 1YWO A; 2YUP A; 4X1V A; 2ROT A; 1GCQ A; 2YT6 A; 4LE9 A; 3QWY A; 2GGR A; 2F2W A; 2JS0 A; 1FYN A; 2KRN A; 4GLM A; 2DL4 A; 4OMQ A; 2RQR A; 2FRW A; 2OJ2 A; 1K76 A; 2A08 A; 2K3B A; 4RUG A; 1W70 A; 1HSQ A; 2B86 A; 2AZS A; 1ZUU A; 2W0Z A; 1NG2 A; 2CSI A; 2BZY A; 2DF6 A; 5IXF A; 1JXM A; 2D8J A; 2BTT A; 1KJW A; 2JT4 A; 4CC3 A; 4RTU A; 3U23 A; 1B3Q A; 1AVZ C; 1B07 A; 1JO8 A; 5GJV B; 3UF4 A; 4J9H A; 2L3P A; 1UG1 A; 3M0T A; 2GTJ A; 2J05 A; 3I35 A; 4D8K A; 5I11 A; 2EYX A; 4CC4 B; 1A0N B; 1M3C A; 2C0I A; 2KXC A; 4M4Z A; 1Y0M A; 3PVQ A; 3SHW A; 1AWJ A; 2BZ8 A; 5IXB A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1X75 C; 5CKH A; 4YTL A; 2VGN A; 2V1Q A; 1U5S A; 2PZ1 A; 2R57 A; 1MHN A; 1BI2 A; 2MWP A; 4WCI A; 4OMO A; 3OYC A; 2WSF E; 2CRE A; 2K79 A; 1IZ6 A; 5LJ5 f; 3JCM b; 4JJC A; 2VAS A; 1M8V A; 1SF9 A; 2FPE A; 4KBM B; 5LJ5 g; 1NEB A; 1VQ5 T; 3OYK A; 3CCU T; 3BDL A; 4X9C A; 3X24 B; 1D0Y A; 4FW1 A; 4PJO D; 4VUB A; 4MZT A; 1AHJ B; 2WAC A; 2OTL A; 4DQ2 A; 3TRE A; 2P4T A; 3G4S A; 3A5Z B; 2CZ1 B; 2DO3 A; 3G7Z A; 4LNP A; 1X69 A; 1RAC B; 2KRS A; 1RUW A; 1EZZ B; 1X2Q A; 4PLI A; 4QT7 A; 2K9G A; 4JUV A; 1SPK A; 4JDS A; 2ZCF B; 1LVK A; 3VS1 A; 5LL6 S; 2DVE A; 2K5L A; 1J3T A; 2E1H A; 2NYS A; 1Q7Y C; 3S3O A; 1M8M A; 3QKJ A; 1ZSG A; 2YRV A; 3CCR Q; 2JUF A; 2X4X A; 1M30 A; 5FU7 C; 1YHQ A; 2PUK B; 2BE9 B; 1GCQ C; 2JM8 A; 5GAN f; 1QVF P; 1SSF A; 1MMN A; 3A1P A; 1PD1 A; 4L6V 5; 4EMK A; 2DRK A; 5GAN g; 1Y71 A; 4EIK A; 1HXD A; 3HRT A; 2KRM A; 3VUZ A; 3KFV A; 3EG1 A; 1MND A; 4J9F A; 3RKX A; 2QDL A; 2K3X A; 4RTV A; 5FLX E; 3E9F A; 3C94 A; 2VYT A; 3X20 B; 2RJE A; 2BE7 D; 2M0Y A; 3M56 A; 1GBQ A; 3QJ6 A; 5GAM j; 2AK5 A; 3ZBD A; 2KK4 A; 3M54 A; 4PJO G; 1ZBX A; 1ZSZ B; 3TU4 K; 2CUB A; 1QCO A; 4OB3 B; 2OTL Q; 1UJ0 A; 4PJO B; 2QQB A; 4OMF B; 2KMT A; 2CT3 A; 3G4S Q; 1RAE B; 5GAM h; 3QSU A; 2JOY A; 3A8G B; 1QKX A; 2DD5 A; 1AWW A; 1SSH A; 1NJI U; 1N9S A; 2X4Y A; 1WI7 A; 2LVM A; 2OAU A; 1YIT T; 1BYM A; 2ABL A; 5CIU A; 3CPW S; 3MEU A; 1QWF A; 4XTX A; 1F1B B; 3UWN A; 2RJC A; 4F16 A; 1JQQ A; 1RAD B; 4EMH A; 5IHI A; 4KGX B; 3PTA A; 2F5T X; 5FWC A; 4J7F A; 2LCC A; 2JM9 A; 5GAN 3; 1YHQ Q; 4C8Q C; 1XQH A; 5GAN 5; 4BY6 C; 3I56 A; 3H0H A; 4RTZ A; 5GAO n; 3OW2 P; 4LDV A; 2GBQ A; 3OYH A; 4M7A F; 3L2R A; 2JZ2 A; 3QZ5 B; 5HK3 A; 2DBM A; 3EGU A; 2JMA A; 4Y91 A; 4ZN1 A; 3JCM c; 2HEQ A; 1U06 A; 2FYK A; 2RF0 A; 2RNA A; 2D0N A; 5A0D A; 3EH2 A; 2MF2 A; 1TUD A; 4A63 B; 3CCV Q; 1KD1 R; 4GBQ A; 3OYL A; 2XHC A; 5IHK A; 3CCE T; 1M2V A; 2P4R A; 2MI6 A; 3TSW A; 2ZAE A; 4J9E A; 2DXT A; 4M78 A; 2RD1 A; 5I22 A; 3I55 T; 4E7Z A; 4M78 E; 3S3M A; 2KVQ G; 1N6A A; 5M9O A; 1IB8 A; 1C1A A; 3HFO A; 4X34 A; 2EGC A; 1U1T A; 2P84 A; 4MML A; 4Q5W A; 2IIM A; 1IRX A; 3CME T; 3M55 A; 1NLO C; 4J6X A; 2CH4 A; 4Y92 A; 4II1 A; 1NE8 A; 4PNO A; 1WX6 A; 5L8R E; 5CAI A; 1MV3 A; 3MO8 A; 2VWF A; 1I4K 1; 3MP6 A; 2DLP A; 1S72 T; 2L5Q A; 1M2O A; 1C0M A; 3CD6 T; 2VXF A; 2QQA A; 1YJN T; 3VS3 A; 3MPU B; 4EMK C; 3CCS T; 1WYX A; 3RUX A; 4OGC A; 4RCC A; 3EGD A; 3RMQ A; 1YJW A; 3CMA A; 3M4G A; 1EIF A; 1QVG P; 5CKD A; 2ENM A; 2LCL A; 1JB0 E; 1I1J A; 3I56 Q; 2O2O A; 1TUG B; 2QQS A; 1CKB A; 5A0L A; 1BK2 A; 1SKU B; 1I8F A; 4LD6 A; 3URG A; 3OS0 A; 2P0Q A; 2QXF A; 4LUD A; 2L2P A; 4F14 A; 1Y57 A; 5GAN 2; 2FVU A; 3OB9 A; 1TS9 A; 1JRI A; 4C8Q F; 2DNU A; 1T0H A; 3ZFJ A; 2YDL A; 2EBP A; 4OF1 A; 5KE2 A; 3QBY A; 2V26 A; 3RBB B; 1U3O A; 2RO0 A; 4F7U F; 1IGU A; 6AT1 B; 2DKG A; 3OMG A; 3OYY A; 3CCM T; 4BDY A; 4M7D E; 3JCM V; 1G8X A; 2IVW A; 1VQN T; 1E6H A; 5KYN A; 4B9W A; 2I2L A; 2L3Q A; 3J81 E; 2E6N A; 3CCL A; 2CP6 A; 1XTD A; 1OOT A; 3TEE A; 2B8A A; 2R58 A; 1MUZ A; 3EHR A; 3EGX B; 3C4S A; 2RN8 A; 4KGV B; 3QZ9 B; 4FSS A; 4PFP A; 1NLP C; 3OS5 A; 4M77 D; 2YUO A; 2C0T A; 3RIR A; 1B7T A; 4J9C A; 2YUQ A; 1QMC A; 3MKD A; 1X27 A; 3GPL A; 1KD1 C; 2WSE E; 3OYD A; 1X6G A; 2E4H A; 1BI3 A; 1FXX A; 1VYT A; 1Y7X A; 4JLG A; 1Z9Q A; 1PC0 A; 3LGL A; 1YJW Q; 2VVK A; 1YWO A; 3CMA Q; 1ZSZ A; 1Q81 C; 3QWY A; 2JS0 A; 1VQK T; 4PJO A; 2KRN A; 3EG9 A; 2RQR A; 5GAM f; 4PJO E; 2EFI A; 3HSB A; 2K3B A; 2NUT B; 1QVF A; 4RUG A; 1Q95 G; 2ZZD A; 4FSX A; 1H64 1; 2B86 A; 2AZS A; 1Q82 U; 2W0Z A; 1FMV A; 1VQ7 A; 1D1A A; 3OSS C; 3MP8 A; 2COZ A; 2DFU A; 1JXM A; 3OS1 A; 1YFN A; 5GAN 4; 2D8J A; 1RAA B; 4C5G A; 4CC3 A; 5GAO r; 5CR2 A; 2XID A; 1VQL A; 3U23 A; 1W2B P; 4FT2 A; 1R77 A; 1M1K C; 3QUI A; 1WHL A; 3V7C A; 1BCM A; 3M0T A; 3UDC A; 3I35 A; 2MYS A; 7AT1 B; 4A4H A; 3P8D A; 1TSF A; 4FT4 A; 3SDZ A; 5D7U A; 1K8A U; 3EH1 A; 2CZ0 B; 1A0N B; 2C0I A; 1Y0M A; 4J83 A; 4M77 G; 1AWJ A; 4MDX A; 3DLL A; 4OB1 B; 4M77 B; 1JEG A; 2RPN A; 5KYU B; 3CC4 T; 1OPL A; 1UEC A; 4FYY B; 3DKM A; 1VQ4 A; 3A98 A; 1FMW A; 1HYO A; 5KCH A; 2DL8 A; 2SEM A; 2KQW A; 1ZA2 B; 2LJ3 A; 2PUO B; 1QKW A; 1MNE A; 1WJR A; 3RNJ A; 2DE0 X; 1PHT A; 1M3B A; 2FEI A; 2DIG A; 4ZTF A; 4CC2 A; 1NM7 A; 1UE9 A; 2FO0 A; 2FPD A; 2JN0 A; 2O88 A; 2FZG B; 5GAN 6; 3JB9 D; 2X4J A; 4IUP A; 1YIJ Q; 3X28 B; 3FB9 A; 3RMS A; 2RQW A; 2LJ0 A; 2V8J A; 2DYI A; 4BI8 B; 3OW2 A; 2PTK A; 2EYZ A; 2FZC B; 2MIO A; 2ZPE B; 1KHC A; 1VQ7 Q; 1N9R A; 2M16 A; 3A8M B; 5CKF A; 1OX8 A; 3J7A F; 2RMO A; 2XU8 A; 2E12 A; 2DBK A; 1QQJ A; 1E7O A; 1VQL Q; 3I9Q A; 1FMK A; 2FG0 A; 2FHD A; 4C5E A; 4PJM A; 3D7S B; 1H92 A; 1VQ9 T; 1XOV A; 1KC8 C; 4J6Y A; 4RTX A; 3CCJ T; 3Q1J A; 4M7A E; 2OAW A; 2KY9 A; 2EGA A; 4A4E A; 5GMK m; 3HPW A; 1Y07 A; 1O75 A; 3ULR B; 3UPU A; 5L23 A; 2HNI A; 4O5V A; 1ZSZ C; 1WXT A; 3QXE B; 5KH6 A; 1VQ4 Q; 3RDV A; 1V29 B; 5GAO l; 2F5K A; 4PJO C; 3RR6 A; 1BI1 A; 1YP5 A; 3T9N A; 1ZBJ A; 3ZL7 C; 1AEY A; 1UGR B; 1RLP C; 3NPF A; 5KCO A; 1YI2 A; 4M7D D; 2D0Q B; 3H41 A; 1C6V X; 4ESR A; 5CKE A; 1UGP B; 3OSV A; 1FWZ A; 3PGG A; 4BE2 A; 1VUB A; 1NJI R; 3JCM g; 3S3N A; 3QWX X; 4FIB A; 1SRL A; 3OYB A; 4R0K A; 3M0R A; 4IUT A; 1QVG A; 2X3X D; 3O8V A; 3HRU A; 2LNH B; 1QVF S; 2KI7 A; 3LX7 A; 1VQO T; 1VQM A; 1K73 U; 4PL6 A; 5IH2 A; 1BBZ A; 4R55 A; 4OB0 B; 5AT1 B; 5GAN 7; 4JZ3 A; 1VQ8 Q; 2H3E B; 2M51 A; 1H8K A; 2RQU A; 3CXC A; 3RES A; 2K2M A; 2LQK A; 3CCQ A; 1NPR A; 1RAG B; 2VB6 A; 4JRP A; 2J7I A; 4J9D A; 4HT9 A; 3TSZ A; 1BB9 A; 4BE1 A; 1MGQ A; 1V1C A; 2X51 A; 4FM4 B; 1M90 U; 1KSW A; 2EQI A; 3JCM X; 4ME7 A; 2HSP A; 2CS7 A; 3BDU A; 3EGD B; 3HFN A; 2HQX A; 2I0N A; 3V8K A; 4MMK A; 4XK8 E; 1UHC A; 3G6E T; 2DK3 A; 1UFF A; 2RI3 A; 2NUT A; 1KHI A; 4E7I A; 4IIO A; 2K5I A; 4C92 G; 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