The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
19
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sequence length |
95
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structure length |
95
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Chain Sequence |
PSSNGPLEGTRGKLKNKPRDRGTSPPQRAVEEFDDGEKVHLKIDPSVPNGRFHPRFDGQTGTVEGKQGDAYKVDIVDGGKEKTIIVTAAHLRRQE
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structures of deacylated tRNA mimics bound to the E site of the large ribosomal subunit
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
23S ribosomal rna
|
| molecule tags |
Ribosome
|
| total genus |
19
|
| structure length |
95
|
| sequence length |
95
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2003-08-27 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | Ribosomal protein L21 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3G4S Q; 1KC8 R; 1Q7Y R; 1KD1 R; 3CCE Q; 1NJI R; 1VQ7 Q; 3I55 Q; 2OTJ Q; 1VQM Q; 1M1K R; 1VQ6 Q; 3CPW P; 1VQN Q; 1Q86 R; 1W2B P; 1K73 R; 3CCS Q; 2QA4 Q; 1VQL Q; 1YHQ Q; 1Q82 R; 3CMA Q; 1YJW Q; 1YI2 Q; 3CME Q; 1KQS P; 1VQ4 Q; 3CCL Q; 3CCU Q; 3CXC P; 1YIT Q; 3CC4 Q; 1YIJ Q; 1VQO Q; 1S72 Q; 1VQK Q; 3CC2 Q; 1QVF P; 3OW2 P; 3CCJ Q; 1Q81 R; 1VQ5 Q; 2QEX Q; 3I56 Q; 1VQP Q; 1VQ8 Q; 2OTL Q; 3CC7 Q; 1K9M R; 1VQ9 Q; 1YJN Q; 1JJ2 P; 3G6E Q; 3CCV Q; 1K8A R; 3CCQ Q; 3CCM Q; 1QVG P; 1YJ9 Q; 3CCR Q; 1N8R R; 1M90 R; 3G71 Q; 3CD6 Q; #chains in the Genus database with same CATH topology 4E47 A; 4PK4 A; 1FXX A; 4FU6 A; 2R5A A; 1ARK A; 4IIM A; 2P0K A; 2DIQ A; 1WPY A; 2LMJ A; 1BU1 A; 2COY A; 2XIC A; 1R8O B; 3QSU A; 1YWP A; 5KYX B; 2QGG A; 3M0R A; 1VIF A; 3OYG A; 5L23 A; 3OYK A; 2K57 A; 3DB4 A; 4F17 A; 5D6W A; 3CBO A; 3QZ5 B; 1JXM A; 5KH6 A; 2X35 A; 1M3C A; 4HVU A; 1N8R U; 2HEQ A; 4IKF A; 4A4E A; 2CP0 A; 2F2V A; 1WLP B; 3H0H A; 5CKD A; 5GAN 8; 4F7U B; 3QPH A; 4DEX A; 2Y4Y A; 3TSW A; 1T0H A; 2DM1 A; 4PJO G; 4KGX B; 4J7F A; 3X26 B; 3JCM P; 4J9H A; 4BAC A; 1LOJ A; 1JU5 C; 2PUK B; 1KC8 R; 1VQ4 T; 1S72 T; 2VXF A; 1RAB B; 2QK0 A; 1QQJ A; 1QCO A; 4Z02 A; 3I56 T; 1GRI A; 2OTL T; 4AFS C; 4M75 D; 3TCJ A; 5GAM h; 4NL2 A; 4C8Q C; 3HSB A; 2L3P A; 2DA9 A; 1G5V A; 1AHJ B; 4FYW B; 5FWB A; 1AEY A; 2A36 A; 1WXT A; 3FIF A; 2VUB A; 3OYB A; 3PVQ A; 2AKK A; 2A08 A; 2EQU A; 2RB6 A; 3LYI A; 1LNX A; 2KGT A; 1PRL C; 2V8I A; 3KFV A; 4N4H A; 1B3Q A; 2E3H A; 3HRT A; 3HL8 A; 1F1B B; 3QBY A; 4PJO E; 4KUD K; 2C06 A; 2EBP A; 1WHM A; 4KH1 B; 3KUF A; 3TSZ A; 4L59 A; 1NLO C; 1G3W A; 4XAX B; 1PWT A; 1M8M A; 2RO0 A; 5GAM g; 2HCK A; 4HT8 A; 2QQB A; 4KRT A; 2JXB A; 3FB9 A; 2EQI A; 3TEE A; 2I0N A; 1P92 A; 2EQK A; 2CZ1 B; 1R0C B; 1M5Q 1; 3NTK A; 1VQ4 Q; 3VYH B; 3G71 T; 1S72 Q; 4Z8A A; 2H3J A; 3CC2 A; 3I56 Q; 4C92 G; 2OTL Q; 1VQ7 T; 4LDY A; 2J6O A; 5I21 A; 1QWF A; 4Y91 A; 4QQD A; 2YXY A; 1X43 A; 3E2U A; 4M78 F; 2SRC A; 3QWY A; 1ZSZ B; 3SWN C; 3EG1 A; 1D0X A; 2HDA A; 2GF7 A; 2DO3 A; 2QEX Q; 4PJL A; 2M16 A; 2XDP A; 5GMK m; 4M7A F; 3WVE B; 3MKD A; 4A4K A; 1WQ7 A; 3CD6 A; 4ZGD B; 4IUR A; 4XTY A; 1K0S A; 3OW2 A; 1FMW A; 1N9S A; 1WYX A; 3M9Q A; 1OEB A; 2LC4 A; 4K11 A; 2L89 A; 2DBK A; 2EJF A; 4OGE A; 4J6W A; 2GFU A; 1KQ2 A; 4A53 A; 3S3N A; 3NPF A; 4Z88 A; 1RAF B; 3G71 Q; 1RAI B; 4FT4 A; 2K3X A; 2R58 A; 4QQ6 A; 2RNA A; 5CKE A; 1VQO T; 3GP8 A; 3HHT B; 4KGZ B; 1HXD A; 2MMP A; 3F70 A; 1MMA A; 4IUV A; 2AZV A; 3IQL A; 1PM3 A; 1UUE A; 3H8Z A; 4RTW A; 1U3O A; 1ZA2 B; 2BUD A; 5FU6 C; 3UPU A; 1FMV A; 2L3R A; 1YJW T; 3OMG A; 4XQ3 A; 5GAN 7; 4OMM A; 1QLY A; 5LJ3 f; 5LJ3 j; 1I0C A; 2F5T X; 2JVV A; 5HKC A; 3PIP A; 3OYH A; 4E7H A; 4JLI A; 5IHN A; 2V1Q A; 1QWE A; 4BE0 A; 2KXC A; 5HK0 A; 4IUT A; 3WVD B; 1K9M U; 1WIE A; 2DLP A; 2RI2 A; 3CCQ A; 3CCV A; 1QVG S; 2KEA A; 2Y90 A; 2EIF A; 3EG9 A; 1TXQ A; 3VS3 A; 4R56 A; 1TS9 A; 5I2S A; 4JZ3 A; 2MIO A; 3V7R A; 3CCS A; 2K2M A; 5A0G A; 1X2Q A; 2RHY A; 1VQO Q; 1FX7 A; 1AD5 A; 4BUG A; 3CC4 A; 4M7D A; 4N4G A; 4HVV A; 2QQA A; 1QVF S; 1AT1 B; 2M9U A; 3I5R A; 4Y28 E; 3RES A; 4ZNX A; 2KDS A; 3HRU A; 1HYO A; 5J26 A; 1WQW A; 4M78 G; 1YJW Q; 2V8J A; 4NS5 A; 2NYS A; 1G3Y A; 4MDW A; 4OGC A; 2OTJ T; 3UT1 A; 4M7A G; 1YWO A; 5CO7 A; 2YSQ A; 4JLG A; 1VQL T; 3QJ6 A; 2JN0 A; 5KE3 A; 2KRN A; 3ULR B; 3M0Q A; 2LCL A; 2DIG A; 2FO0 A; 1M90 U; 3CXC A; 3GBQ A; 1Q95 G; 4LNP A; 2VYT A; 1W2B P; 2IVW A; 1V1C A; 4F16 A; 5IN1 A; 1KK7 A; 4J9I A; 2DK3 A; 1KJW A; 4A4F A; 3CPW A; 4CC3 A; 2CP2 A; 4M78 E; 9ATC B; 3CCM A; 4ANJ A; 1X6G A; 4AG1 C; 4OMF B; 1KD1 U; 2MCN A; 2G3R A; 3HFN A; 1KSW A; 4KH0 B; 4Y92 A; 2K9G A; 4RTY A; 5J3B A; 2YUP A; 2V26 A; 4M7A E; 2VAS A; 4HCZ A; 3FEO A; 5GAO p; 1VQK Q; 3CCU A; 4C0D B; 1ZSZ C; 3RR6 A; 1BI3 A; 2QA4 T; 3RUX A; 4C5H A; 1D1A A; 5DLO A; 2OTJ Q; 4OMO A; 3CCJ T; 5I11 A; 3HKS A; 1Q82 C; 3QDF A; 1VQL Q; 1Q82 R; 3CMA A; 2FZG B; 1OPL A; 1GFD A; 4YTL A; 1PHT A; 1Y71 A; 5AYF A; 1C1A A; 4JPB W; 3QUI A; 1H3Z A; 3LW5 E; 2HKN A; 1YHQ T; 1ZBJ A; 1QVG P; 2QG9 B; 3A98 A; 1Q7Y C; 1D1B A; 2D9T A; 1BCO A; 1ZA1 B; 1M1K R; 1PKT A; 5M9O A; 2OAW A; 3QYH B; 3VS2 A; 2O01 E; 3EG0 A; 4FL6 A; 1E6H A; 1T0J A; 4HXJ A; 2DIL A; 3EG9 B; 1Y96 B; 2DJQ A; 2RJD A; 3L2R A; 2YDL A; 1XOV A; 1QVP A; 4JRI A; 1QVF P; 1Z9Z A; 1SKU B; 1RAA B; 2XK0 A; 2DE0 X; 1TWB A; 2DVE A; 3R6O A; 1B34 A; 1VOM A; 3ME9 A; 4RKU E; 1B07 A; 3M56 A; 3E1S A; 4M7D B; 2CP3 A; 3CQT A; 3QZ9 B; 2LJ0 A; 1NBE B; 2JJ9 A; 1VQ8 T; 5HK3 A; 4RG8 A; 2QA4 Q; 4XU0 A; 1E7O A; 2JNG A; 1IZ6 A; 1ACM B; 5LJ3 e; 4PFO A; 3RIR A; 3DLM A; 3CCJ Q; 1HSQ A; 1WGS A; 1JRI A; 1MND A; 2LT1 A; 2HAX A; 1ABQ A; 1GCP A; 1PNJ A; 4NOY A; 1X75 C; 2EQJ A; 4LD6 A; 1MMN A; 3C4S A; 2DEQ A; 1N6A A; 3CEY A; 2YRV A; 5D7U A; 4F7U F; 3OYF A; 1GBR A; 4M77 A; 4CRI A; 4M78 D; 3JCM Q; 1YHQ Q; 3JCM h; 3RKW A; 1ZX6 A; 2ZCF B; 5GAO n; 1YI2 A; 3VS6 A; 4C8Q E; 2J06 A; 3RBB B; 1MHN A; 3ZL7 C; 1YIJ Q; 4FSS A; 1EIF A; 3VS7 A; 2RN8 A; 5GAO q; 2DX1 A; 3CCE T; 1K8A C; 3M58 A; 5CCA A; 4M7A D; 1JJ2 S; 1KQ1 A; 1O75 A; 2QQ9 A; 8ATC B; 2CZ0 B; 3CME T; 5GAN 2; 3X24 B; 5IH2 A; 3OYN A; 1HJD A; 3OBW A; 2KVQ G; 4ELZ C; 2CZ6 B; 2DYI A; 2ED1 A; 1U5S A; 1UJ0 A; 1FWZ A; 4CI0 C; 2CZ7 B; 5C0M A; 4IIO A; 1D3B A; 3OW2 P; 1Q81 R; 3H6Z A; 1VQ8 Q; 4BDZ A; 2LP5 A; 1SEM A; 3H41 A; 3RMS A; 2ZPH B; 3JCM g; 4DOV A; 2E12 A; 1K73 R; 2K3Y A; 3C95 A; 3M5A A; 2PNI A; 2JS2 A; 1PD1 A; 1AWW A; 2ZGW A; 2PZ1 A; 2QAZ A; 1NPR A; 3QHS A; 2E3I A; 3CC7 A; 2DTI A; 3GNG A; 2RD1 A; 1RI0 A; 3QJY A; 5GAM f; 4MML A; 2MK5 A; 3MP8 A; 4R0K A; 1WHG A; 3UAT A; 2DF6 A; 1IGQ A; 2WSF E; 1KC8 U; 4BY6 B; 3V8K A; 3M0S A; 4R55 A; 5GAO m; 2CKK A; 3G6E T; 4BI8 B; 4V2S A; 4QVC A; 5J39 A; 2XID A; 4E7S A; 3CME Q; 3DLL A; 2COZ A; 2IPO B; 2R5M A; 4PJO A; 2EJ9 A; 5FWC A; 2W0Z A; 2A3L A; 5FRN A; 3NMZ C; 4C0D C; 4N4I A; 5KYU B; 2VWF A; 1N5Z A; 1IGU A; 1MMG A; 3LH5 A; 4A4H A; 2D1X A; 4ME7 A; 2EVR A; 2DRK A; 2P84 A; 1VQM T; 2YLB A; 5L8R E; 2JZ2 A; 1VQN T; 3VS0 A; 3NFC A; 1SSH A; 4C8Q D; 2XMF A; 3PMI A; 1LJO A; 4GBQ A; 1SRL A; 3LWI A; 4JRP A; 2LJ3 A; 5FW9 A; 4F7U G; 2YLC A; 4BDY A; 2RH2 A; 1KG1 A; 2PVD B; 4C0Z A; 1UGQ B; 4PFZ A; 5FU6 B; 2YHT A; 5GMK l; 1YIT Q; 1VQ4 A; 2QXF A; 5A0D A; 3EG2 A; 4RTZ A; 2E64 A; 4M77 B; 2ECZ A; 3I56 A; 3ER0 A; 5CQY A; 3G6E Q; 1JJ2 P; 2OTL A; 4D8D A; 1H92 A; 2XG8 D; 2X4Y A; 3L2Z A; 2V1R A; 1TG0 A; 4EMK A; 3JCM J; 4IUP A; 1FYN A; 1TSF A; 3S3M A; 4M7D C; 1WNL A; 2KBT A; 5KCO A; 2QYZ A; 1M1G A; 5LJ3 d; 2VGM A; 4C92 A; 4JJB A; 4CC4 B; 2ZPB B; 5KE2 A; 4MDX A; 1OV3 A; 4F7U E; 3NTI A; 2X4J A; 1AOJ A; 1JO8 A; 4FYX B; 4A63 B; 5GAN 5; 1KQS A; 2J6K A; 1VQ6 T; 3A8O B; 2DBM A; 2A7Y A; 2H8H A; 2HQH A; 3PVL A; 3P8H A; 1VQM Q; 3CPW P; 1W1F A; 1VQN Q; 3HTR A; 4XTX A; 1HD3 A; 4OMP A; 1BK2 A; 2DXC A; 3O8V A; 2FZK B; 2GCX A; 2MF2 A; 4XK8 E; 3JCM b; 4C0F A; 2KYB A; 2DL4 A; 2BKD N; 2GQV A; 2DNU A; 2E70 A; 1OYX A; 2K6D A; 2DEU A; 4QW2 A; 5KCH A; 4RUG A; 1BIB A; 4E7K A; 5DY9 A; 2NUT B; 1UJY A; 1UDL A; 3O5Z A; 4FYV B; 1VQ7 A; 2VV5 A; 2QEX T; 2O2O A; 3ASK A; 2WAC A; 2HSE B; 1YP5 A; 1AVZ C; 1SSF A; 1VYU A; 2E5Q A; 3OYJ A; 2ED0 A; 4OB2 B; 4PJJ A; 3RDV A; 2HL3 A; 2NLU A; 4X9D A; 2FYK A; 1BI1 A; 1X01 A; 2KQW A; 3T9N A; 1ZSG A; 1VQ9 A; 5CKH A; 1WHL A; 1UGS B; 2KT8 A; 3CCL T; 4AFQ C; 5D6Y A; 4A54 A; 4QT7 A; 4J9E A; 5D6X A; 2ROT A; 4LD9 K; 3A8L B; 2RHX A; 4QKU A; 1TUD A; 5LL6 S; 1VQ6 Q; 1ABO A; 3A8M B; 3OYE A; 1QP2 A; 3FJP A; 1A0N B; 4ZN1 A; 3URG A; 4PLI A; 1JXO A; 2YWW A; 3M0U A; 1D09 B; 1NJI C; 2DL3 A; 4MZP A; 3RKX A; 4O6J A; 2DAQ A; 2K7A A; 2E41 A; 3OSS C; 3VJP A; 1M2V B; 3EAE A; 1IHV A; 1WXU A; 4BY6 C; 3V8J A; 1VQO A; 1Y0M A; 3JB9 D; 3SD4 A; 4ZTJ A; 2OJ2 A; 3H9N A; 2FEI A; 1SHG A; 2E4H A; 4HCC A; 4M75 C; 1RLQ C; 2JS0 A; 3M0T A; 3EGX A; 3M55 A; 2DKG A; 1Y57 A; 1QCF A; 3QDR B; 1W6X A; 3Q1J A; 3MCA B; 4XU1 A; 1W2B S; 1MV3 A; 4XTV A; 2X4W A; 4EMK B; 1YJW A; 4JUV A; 3CCL Q; 3CCR T; 4RTV A; 1GBQ A; 1PG5 B; 3LLR A; 4Q5W A; 3MP1 A; 3FRN A; 4C92 B; 2M1H A; 3E9F A; 4OB3 B; 2E5K A; 4P5N A; 3A8H B; 1YBY A; 2FZC B; 1T3S A; 3MPU B; 1OZ3 A; 1RAG B; 4J9G A; 2HQX A; 2R57 A; 1W70 A; 4PL6 A; 5CKF A; 2GGR A; 2LZ6 B; 4QQG A; 1VQ5 T; 2GQI A; 3G4S T; 2BIV A; 3QO3 A; 1Y7X A; 2JMC A; 4M77 C; 1TUC A; 2HL5 C; 2YRC A; 2FRW A; 1NLP C; 1WHK A; 4E2F B; 4GLK A; 2KR3 A; 2NUZ A; 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3BE3 A; 2MPX C; 4PLL A; 1B7T A; 3GIB A; 2VVK A; 4TVR A; 3QII A; 1X6O A; 5FRM A; 5CR2 A; 3DB3 A; 4B9W A; 5GAM d; 2RF0 A; 1YHQ A; 1M27 C; 1OU8 A; 4LE9 A; 3OYI A; 4E7L A; 3JCM c; 2MWO A; 3OW2 S; 4UC4 A; 2DMO A; 4EMG A; 1TU0 B; 3X20 B; 2M0O A; 2QTX A; 3HP9 A; 2HNI A; 1RI9 A; 1Q86 C; 2EWN A; 1QMC A; 1VYT A; 2DD5 A; 3JCM X; 2O88 A; 1PSF A; 4E6R A; 5LJ3 h; 1QW1 A; 1IXD A; 1N9R A; 2EGE A; 1JB0 E; 2O4X A; 1K9M C; 2F5K A; 1JBM A; 4EMK C; 1Q81 U; 1VQ8 A; 3CCV Q; 3THK A; 1NEB A; 4FIB A; 2LX7 A; 2CYZ B; 5I22 A; 2A0F B; 8AT1 B; 1Q7Y R; 3QKJ A; 3QWX X; 1YIJ T; 1M9S A; 2NUP A; 4M75 A; 2PQW A; 4C92 C; 1K73 U; 1BBZ A; 2DXT A; 2DET A; 3SDZ A; 1VIE A; 2DTH A; 4C8Q G; 2EYW A; 3OBY A; 5EG2 A; 2C0O A; 2KSS A; 1WI7 A; 1VA7 A; 1KIK A; 1BIA A; 4RTX A; 3CCE A; 5LJ3 g; 3E19 A; 1VQP T; 7AT1 B; 2BE9 B; 4B6M A; 4M77 F; 3SEM A; 5FRO A; 2KXD A; 4JDS A; 2EYQ A; 3CME A; 2V8K A; 4DA4 A; 2C0I A; 2W10 A; 3JB9 F; 4DBQ A; 2HMA A; 2ZAE A; 2L8D A; 1M90 C; 5IHI A; 3BDU A; 4A4G A; 4FCY A; 2LVM A; 2LRQ A; 1QKX A; 3INZ A; 1M30 A; 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