1EX4A

Hiv-1 integrase catalytic core and c-terminal domain
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
215
structure length
212
Chain Sequence
SSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTIHTDNGSNFTGATVRAACDWAGIKQEDGIPQSQGVVESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKGGIGGYSAGERIVDIIATDIQTKELQKQITKIQNFRVYYRDSRNSLWKGPAKLLWKGEGAVVIQDNSDIKVVPRRKAKIIRD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structure of the HIV-1 integrase catalytic core and C-terminal domains: a model for viral DNA binding.
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
molecule tags Viral protein
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 49
structure length 212
sequence length 215
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2000-04-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00552 IN_DBD_C Integrase DNA binding domain
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.30.30.10 Mainly Beta Roll SH3 type barrels. Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral 1ex4A02
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1ex4A01
3HK2A 1L5UA 3AO4A 1XWLA 1RTJA 4DTUA 1IKYA 1JLQA 4DSIA 3VN5A 1TL3A 2D5RA 4E19A 4ID1A 3PY8A 3MEDA 1RTHA 2HB5A 2X6NA 2YKNA 2ZD1A 3HM9A 3SZ2A 4KAZA 4I9QA 1KCFA 2B4JA 4CEQA 3SUOA 4OGCA 4BWMA 4F3TA 4J2AA 3IRXA 4HUFA 1BCOA 4DSJA 1RTDA 2G8IA 1TGOA 3AO1A 4PA1A 2Y1JA 4CJVA 3HVTA 1W9HA 3FFIA 1XI1A 1ZBFA 4RW7A 4B9TA 4LSLA 4CJPA 3AO5A 3V4IA 4Z4IA 3AVBA 2FBYA 3TAEA 3OY9A 4IG0A 3RMCA 1X1PA 4DFPA 2Z1JA 2E4LA 3OYFA 1T05A 2JLEA 2B6AA 4AHSA 1NKCA 2BGGA 1U48A 5DK5A 2OZSA 2QXFA 1QSSA 1C0UA 4J2DA 2WONA 3CQ8A 1RT6A 1C1CA 4CF0A 4GVMA 5J2QA 1BL3A 3LP1A 4FJHA 1UA1A 3S3OA 3LALA 3C6UA 1EX4A 1RTIA 4CCHA 1T7PA 4AHRA 1RT3A 3KIOA 1T03A 3O3FA 5CY4A 2HVIA 2PYJA 3QNNA 4KHNA 3TAPA 3G0ZA 1GOCA 2YNIA 3MEGA 4O55A 4HCBA 3B6OA 3EY1A 2A1SA 1D9DA 1GOAA 3OYMA 4E3SA 4F3OA 1RBRA 2E6LA 1T8EA 2FBVA 2D0AA 4CK1A 4M3TA 4W5OA 3M8QA 4FJMA 4FW2A 4KV8A 1BISA 1D5AA 4CHOA 3LZIA 2KW4A 2RN2A 3L3UA 1BHLA 1RT7A 1W0HA 1S1TA 3M8RA 2O4IA 2VG6A 4FJ9A 1RDAA 4Y1CA 4AHUA 4G1QA 3ZSYA 2DTUA 5SZTA 3ZSZA 1RBTA 2YKMA 5SWMA 4FK2A 2KFZA 1LWCA 3S3NA 4CF1A 4IFVA 1WSGA 1FKPA 3AVCA 4RW4A 3VQBA 1QSLA 2G8HA 1EKEA 3VQCA 5D3GA 3HVRA 1X9WA 4E7IA 1ZBIA 4OPKA 3KKSA 4DSEA 1KFDA 1K6YA 4JRPA 3DOLA 4IBNA 1I3AA 3BGRA 4CK3A 3ZSWA 4FM1A 3RMDA 5HBMA 3TARA 2HNYA 4EZ6A 4Z4EA 3SJJA 4AHTA 3DI6A 4YFUA 3NGZA 3LWLA 2QKBA 3OS2A 4DQPA 3C95A 5FRMA 4FZYA 4B9MA 3O3HA 3JYTA 2F96A 1IHVA 3TABA 3KLHA 3MECA 3NGYA 4AHCA 3MXMA 1KTQA 4W5RA 2XY7A 4CJSA 1NJZA 3ZSRA 3PX6A 1LAVA 1XC9A 2ZE2A 3NH1A 2X6SA 3VQEA 4M3UA 4AH9A 1Q9YA 2VWKA 3U6FA 5J2MA 1CXUA 2HHWA 3D45A 1HNIA 2WOMA 1HJRA 2XY8A 1FK9A 4M45A 4CEBA 4E89A 4DTRA 4C8OA 4F2RA 1BIUA 3AVMA 3K58A 3RR7A 4DQIA 4B3OA 4CEEA 1SKSA 1LWEA 4O5BA 5HRNA 4ELTA 4KTQA 1IG9A 1VSLA 4O44A 2GBZA 2Z1IA 4XIUA 4IKFA 3P1GA 3QEXA 1ASWA 2X74A 4MFBA 2Q3SA 3O4QA 1XHZA 3V6DA 2XY6A 3A2FA 1B92A 4KB0A 3KLIA 4I9LA 1U04A 4CJFA 5FDLA 3SYZA 3SQ1A 3TAQA 3UIQA 4O4GA 4N5SA 4FJIA 4AHVA 4CHNA 1RT2A 4B9NA 2P5GA 3LPUA 2DFEA 4OVLA 4DTNA 1S6QA 1ZBUA 3T19A 3SI6A 4KI4A 1L3VA 1QSYA 4F2SA 3QEPA 4I7FA 2FBXA 3L8BA 4KFBA 1NK4A 3QETA 4OLAA 4FJ8A 3QIPA 1BGXT 1TKZA 2YHAA 1RDBA 3DM2A 1D8YA 3I0RA 4CJ3A 1X9SA 2BDPA 3AVFA 4CGFA 4FLYA 4PUOA 1HQUA 4GW6A 2Z1HA 1S6PA 3AVGA 3OYAA 3L2UA 1ZYQA 4CIFA 1NK5A 2HHSA 1HQEA 1WAFA 1KFSA 1C0MA 5HROA 2G8VA 1RCHA 1KRPA 3V1QA 4JLHA 1Z26A 3DMJA 4C8NA 2BANA 4Z4HA 2GV9A 5KI6A 3U3GA 3ZSQA 1JLBA 4CHPA 1N6QA 1REVA 4AILC 3HXMA 3I0SA 4H4MA 3OVNA 3OYGA 3CM6A 3TAFA 3SPYA 2YHBA 3WNHA 4Z4CA 1TVRA 1L3TA 3CFRA 4ZTJA 2DY4A 3L2WA 1RT4A 3SUQA 3O4NA 4I2PA 2DFHA 3CG7A 2OYQA 1KVAA 3OJSA 4HUGA 2OPRA 2KZMA 4FLXA 1IO2A 1BCMA 1BI4B 3PO4A 1D9FA 4DTSA 3ZT2A 4DF8A 4N56A 3LP2A 2ATQA 4KB1A 5JS1A 4J2BA 1YTAA 2PY5A 1L3SA 3NH2A 2ZQBA 4RW8A 4Z0UA 1FXXA 3S3MA 3NF7A 4N41A 2XO7A 4E1MA 2D0CA 1S1VA 1SKRA 2HHVA 3V9ZA 2RKIA 2X78A 3ZT0A 4E7HA 3RWUA 1JL2A 3NBPA 3L2RA 3V81A 2KFNA 4CGGA 1TKXA 4CJTA 4CJQA 1SL1A 4FW1A 3V9SA 5D7UA 1CXQA 3AV9A 4EP4A 3OYLA 4CGDA 3VA3A 4CJ4A 1ASVA 3VQ4A 4C8KA 4CEAA 4CJUA 2IOCA 1IKWA 3AA4A 3G10A 3P5JA 4N47A 3V9XA 3T3FA 3TWHA 4CJKA 3NE6A 3DYAA 3LZJA 1C6VA 4FLWA 4B8CA 3EYZA 1TV6A 3EZ5A 1VSKA 2OPPA 4FK0A 1RDCA 4H4OA 5KGXA 4ELVA 2HHTA 1KVCA 1UOCA 3KJVA 1WAJA 3KLEA 3RMAA 1L3UA 2HMIA 4DSKA 4KHWA 4CJWA 4M42A 3C6TA 3LANA 3OS1A 4CJ5A 4B9SA 3THVA 3AO3A 4DMNA 1LW2A 5HRSA 3DLHA 5KRSA 4C8LA 4W5NA 3B6PA 1CZBA 4RW9A 1IKVA 3O3GA 3HP6A 1WLJA 4CHYA 4KI6A 1B9DA 4DU1A 4DFMA 4OKKA 4CERA 1SKWA 3HL8A 3KK3A 1JXEA 1NK6A 4W5QA 3LDSA 3SUNA 3KK2A 1RBVA 4JS4A 3SQ2A 4DSFA 1GOBA 1VSFA 2YNGA 1WSJA 3SPZA 3LWMA 1YVUA 4LD0A 2XRIA 4DTXA 4KRFA 2YV0X 1WN7A 1KLMA 3ALYA 2I5JA 2YNHA 3H08A 1WSIA 1Z25A 3AVLA 1A5XA 5EU7A 4HCCA 1S1XA 2DFFA 3AO2A 5T7BA 2A1RA 1JXBA 3AVHA 3QEWA 4M3WA 3V1RA 4DTOA 4IDKA 1SV5A 4CK2A 3VQDA 1QTMA 1XHXA 1VSMA 3ZSXA 1EETA 3K5MA 4Y1DA 5K14A 3TI0A 4FZZA 2NUBA 4IFYA 5I3UA 4FVMA 1YT3A 5CYQA 2D0BA 2Y1IA 2PYLA 3WNGA 4B9LA 4Z4GA 1NOZA 2IGIA 1JLEA 3NGIA 3QLHA 4ZHRA 1SUQA 1ITGA 3QO9A 1I39A 3DRSA 4I2QA 4KKOA 4KTZA 4OJRA 3VQPA 1JL1A 2EHGA 3DLRA 3DOKA 4CFBA 1ZBLA 1NKEA 3LP3A 2PZSA 4BDPA 3VQ5A 4KO0A 4C8MA 3AVJA 3ZSOA 4B8AB 4BE2A 4CGIA 2F8SA 1J53A 1QE1A 5KRTA 3IG1A 4JRQA 1SL2A 2OPQA 1A5WA 3K59A 3SV4A 3V9WA 3KKRA 4KTWA 4Q0BA 3ZT1A 4CFAA 3TAGA 4OLBA 4E1NA 1NKBA 4LH4A 4BACA 4FYDA 5KTQA 1S9EA 2B5JA 1LW0A 4F4KA 4FJJA 2R7YA 3VA0A 5I42A 2OPSA 3OYCA 3CM5A 3HT3A 4KREA 1TAUA 1TK5A 1NJYA 3DLGA 4PWDA 4R5PA 3C94A 3OYEA 3K57A 2KZZA 3VQQA 3LP0A 1U4BA 1RNHA 4ELUA 4FJ7A 4WE1A 1RBSA 4ICLA 1VSDA 4FLUA 1S5JA 5C42A 4CECA 1JLGA 3HPOA 3NF6A 2ITGA 4FLZA 4CFCA 3DLKA 2VG7A 2FC0A 4HUEA 5HP1A 4DG1A 2KQ2A 2E6MA 4RW6A 1C6VX 1EP4A 3OJUA 4BE1A 4DS4A 1N5YA 4CEDA 1MU2A 3NHGA 5E41A 4QCLA 2IS3A 1HPZA 1S1UA 5CZ1A 4BWJA 2OA8A 4K8ZA 3MAQA 2Z1GA 4CF8A 1JLFA 3AVNA 1TK0A 1NK8A 3HO1A 1Y97A 4DTPA 4CGHA 5J2PA 4CGJA 4DWIA 5KGWA 1BI4A 1QS4A 1X9MA 3PX4A 1O1WA 1U45A 3DLBA 1C0TA 4NCBA 4N76A 3T1AA 3SQ4A 4CJEA 3QESA 2LSNA 4OKJA 3RMBA 3ISNC 3NH0A 3CFPA 2AJQA 3LAKA 3JSMA 4DQRA 4KHQA 2G8WA 1RT5A 3HSTB 3CYMA 3ULDA 1IKXA 1ZBHA 3OYIA 2IAJA 5HRPA 4Q5VA 4ID5A 4FLTA 4DLEA 3PUFA 2HHXA 4CHQA 2XY5A 2JGUA 4DQQA 5J1EA 1LAWA 2XHBA 3MXJA 2IDOA 2P1JA 4CJLA 1WNSA 4DSLA 3OYKA 1A5VA 2GUIA 4PY5A 2HW3A 1VRTA 1SL0A 4CE9A 4CEFA 4UQGA 4KPYA 4BDZA 4E0DA 1CLQA 3V1OA 5CZ2A 4B9UA 3QIOA 4DFJA 1S1WA 1R0AA 2HHUA 4QAGA 5J2NA 4M3YA 5HRRA 1TL1A 3RR8A 3F73A 4FM0A 1VSIA 3IS9A 4MQ3A 4FLVA 3NF8A 4ZTFA 3VQ8A 3WNFA 4W5TA 1NK0A 3DRPA 3VQ9A 3VQAA 2BE2A 1VRUA 4NCGA 3KTQA 3AVIA 3LAMA 4CJRA 1JLCA 1NK7A 1VSHA 1UAXA 1Q8IA 4OGEA 4YNQA 2EX3A 1RILA 1WSFA 3OYBA 4GMJB 3MEEA 3E01A 1HMVA 5CYMA 5C25A 1UWBA 4DTMA 3OS0A 3L2VA 3SCXA 4FJGA 4NCAA 3DRRA 4B9VA 5FRNA 1VSJA 1HRHA 3NDKA 3NAEA 4HTUA 2ETJA 4CIEA 3OYJA 3TAMA 4CIGA 4CEZA 1DLOA 2G8KA 2OZMA 3U3YA 1QQCA 3RRHA 2VWJA 1NJWA 3BDPA 4HVJA 1WSHA 3AVKA 3SQ0A 3OYHA 5HLFA 4KHYA 3K2PA 4CEOA 4KHUA 4PQUA 1HYVA 3PV8A 4K8XA 5JS2A 3TR8A 1CZ9A 1KVBA 3NCIA 1NOYA 4LSNA 3KD1E 3MXIA 1J5OA 3AA5X 4BDYA 4FZXC 4E7JA 3HPGA 4FCYA 3CFOA 2FBTA 4CFDA 3HYFA 1C1AA 4M3RA 1U47A 1NK9A 3VQ6A 3L2QA 4FJKA 4DF4A 1DTTA 2HNZA 1YTUA 2HHQA 4B08A 2P51A 4TSXA 4DTJA 5FROA 3KLFA 2QKKA 3NF9A 3SV3A 4FJNA 1KSPA 1QHTA 5C24A 4L8RB 3K5NA 1IHWA 3ZT4A 1B9FA 4FXDA 1KLNA 3DLEA 2O4GA 2G8FA 1BQMA 3RRGA 2W42A 2RPIA 4DU4A 1C1BA 3ASMA 4IG3A 4E7KA 1G15A 1QMCA 4DS5A 2QK9A 4LH5A 3ZSVA 4E7LA 4DQSA 4OPJA 1EXQA 1LWFA 4O0IA 2HVHA 4FJLA 1UA0A 4CESA 3QERA 3S9HA 4CF9A 4DLGA 3KD5E 1JKHA 3ZCMA 3RTVA 1TK8A 4EZ9A 4Z4FA 3V9UA 4LY7A 3PO5A 1JLAA 2VG5A 4DFKA 1TKDA 3ZT3A 1RBUA 1VSEA 4CF2A 4M41A 1Q9XA 1TKTA 3KLGA 3QEIA 5DMRA 1F21A 1HYSA 1J54A 3SUPA 3AVAA 4KHSA 1IH7A 1BIZA 3M8SA 4JS5A 2HNDA 3I8DA 3K5LA 3QNOA 1ASUA 2P5OA 1U49A 3HP9A 3VQ7A 3HJFA 1J9AA 4CHZA 1LV5A 1RDDA 3WNEA 4HHTA 4J2EA 3AA2A 4M3ZA 2G8UA 1FKOA 4OKEA 2YNFA 3ITHA 4FJXA 4H8KA 3M8PA 3NFAA 3AA3A 4RG8A 4BE0A 2KTQA 3KK1A 4O0JA 1BQNA 1NJXA 4FM2A 4DU3A 1DTQA 1TAQA 3IAYA 4QOZB 3SNNA 2F8TA 4FK4A 3D0PA 1VK0A 3HPHA 2RF2A 3L3VA 1HYZA 4NYNA 3OYDA 3QINA 4FJ5A 4NYFA 3K5OA 3LPTA 3PX0A 3TANA 3OYNA 3F9KA 4F8RA 3P83D 2IC3A 1HNVA 1S9GA 4M3XA 1WSEA 3QEVA 1RT1A 4EP5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2QTDA 1RAFB 3A5LC 3AO4A 4WFBL 1UGRB 3FJPA 4J9FA 1RTJA 4DTUA 3G71A 1TL3A 4FM4B 1N27A 2G3RA 2EW3A 4L59A 5KYUA 2D5RA 3UKRB 3MX5A 4X9DA 4ELYC 5AFUA 3HM9A 1Q81O 4KAZA 2X6NA 2YKNA 3CCEA 4JN4A 3MN5A 1KCFA 2B4JA 4B3TK 4BRAA 4BWMA 4DV3K 3W3DA 4F3TA 3JB9D 2F7TA 1K4US 5LJ3j 5LJ3d 3OQ5A 2VV5A 5KYXB 4LE9A 2BZYA 4H0YB 5LL6Z 3QZ9B 2L2PA 3QPHA 1BIAA 4FOEA 4BRIA 1YJWT 4U67L 3RMQA 3V4IA 1JJ2S 3DXKA 5KYYB 3OY9A 2PAVA 4IG0A 3RMCA 3PIOA 1NE8A 1X1PA 2YUNA 2Z1JA 4J7IA 1M8MA 3VPZA 3TSWA 1X2KA 4M77A 4DCHA 3CCSN 4B1XB 2BGGA 1S22A 1SQKA 3CEYA 2RJCA 2PVOB 2QXFA 3CPWP 3NFCA 4FO0A 4BC4A 1YITN 2R5MA 4J2DA 4A4GA 2QA4A 4ZGJB 2ABLA 4EIAA 1I81A 2JT4A 1NJIR 1EX4A 2BUPA 1JB0E 1X3NA 4WF9L 1VQ5N 2EGEA 5CY4A 1M1KC 5KYNA 1TS9A 3LH5A 5D6YA 4JJDA 1VQKA 1DT9A 3QNNA 3TAPA 3VENA 4FL6A 1H3ZA 3BDUA 2K4YA 3B6OA 3CXCM 5IXBA 4IUVA 2B86A 4M7DA 2FF3B 2PBDA 2JWLA 1I07A 2QEXT 4BQZA 4F3OA 2E6LA 3GOXA 1YP5A 2RF0A 3V8JA 5GMKh 1YJWQ 1T8EA 1V1CA 2WSFE 1EIFA 3EFOA 4CK1A 1SKUB 5GANf 1X6OA 5IHNA 2RQVA 3DB4A 4O8KA 1D3BB 1PC0A 3CCJN 1BHLA 1RT7A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2QTD A;  1RAF B;  3A5L C;  3AO4 A;  4WFB L;  1UGR B;  3FJP A;  4J9F A;  1RTJ A;  4DTU A;  3G71 A;  1TL3 A;  4FM4 B;  1N27 A;  2G3R A;  2EW3 A;  4L59 A;  5KYU A;  2D5R A;  3UKR B;  3MX5 A;  4X9D A;  4ELY C;  5AFU A;  3HM9 A;  1Q81 O;  4KAZ A;  2X6N A;  2YKN A;  3CCE A;  4JN4 A;  3MN5 A;  1KCF A;  2B4J A;  4B3T K;  4BRA A;  4BWM A;  4DV3 K;  3W3D A;  4F3T A;  3JB9 D;  2F7T A;  1K4U S;  5LJ3 j;  5LJ3 d;  3OQ5 A;  2VV5 A;  5KYX B;  4LE9 A;  2BZY A;  4H0Y B;  5LL6 Z;  3QZ9 B;  2L2P A;  3QPH A;  1BIA A;  4FOE A;  4BRI A;  1YJW T;  4U67 L;  3RMQ A;  3V4I A;  1JJ2 S;  3DXK A;  5KYY B;  3OY9 A;  2PAV A;  4IG0 A;  3RMC A;  3PIO A;  1NE8 A;  1X1P A;  2YUN A;  2Z1J A;  4J7I A;  1M8M A;  3VPZ A;  3TSW A;  1X2K A;  4M77 A;  4DCH A;  3CCS N;  4B1X B;  2BGG A;  1S22 A;  1SQK A;  3CEY A;  2RJC A;  2PVO B;  2QXF A;  3CPW P;  3NFC A;  4FO0 A;  4BC4 A;  1YIT N;  2R5M A;  4J2D A;  4A4G A;  2QA4 A;  4ZGJ B;  2ABL A;  4EIA A;  1I81 A;  2JT4 A;  1NJI R;  1EX4 A;  2BUP A;  1JB0 E;  1X3N A;  4WF9 L;  1VQ5 N;  2EGE A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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