1EX4A

Hiv-1 integrase catalytic core and c-terminal domain
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
215
structure length
212
Chain Sequence
SSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTIHTDNGSNFTGATVRAACDWAGIKQEDGIPQSQGVVESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKGGIGGYSAGERIVDIIATDIQTKELQKQITKIQNFRVYYRDSRNSLWKGPAKLLWKGEGAVVIQDNSDIKVVPRRKAKIIRD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structure of the HIV-1 integrase catalytic core and C-terminal domains: a model for viral DNA binding.
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
molecule tags Viral protein
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 49
structure length 212
sequence length 215
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2000-04-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00552 IN_DBD_C Integrase DNA binding domain
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.30.30.10 Mainly Beta Roll SH3 type barrels. Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral 1ex4A02
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1ex4A01
5D3GA 1FKPA 4F8RA 2FBYA 2D5RA 5CYMA 5J1EA 4DF4A 3H08A 4CEAA 3OYDA 1Y97A 1ZBUA 4DLGA 1D9FA 3OYHA 4B9UA 3LAKA 3WNFA 3OYAA 2I5JA 3S9HA 1RDAA 3BGRA 4W5NA 4FLXA 2BANA 3V9WA 1BISA 1S1UA 1IKYA 2HHQA 2G8HA 2F96A 4CECA 4CJ4A 2PYJA 4FLTA 4HUEA 1J9AA 2KZMA 3P5JA 4Z4IA 3NH0A 1K6YA 1BGXT 2W42A 2XY5A 3M8QA 1BQMA 3VQ4A 1XI1A 4CFAA 4BWMA 2BDPA 2YNFA 3VA3A 4CJSA 1SKSA 3QO9A 4G1QA 3LZIA 1Q9XA 3KD5E 2Z1GA 4KAZA 3MEEA 4RW8A 3L2UA 3QNNA 5J2PA 3TAGA 4E7HA 1HJRA 5K14A 3NGIA 3SPYA 4K8ZA 3S3MA 3SV3A 3OYKA 2HNDA 3EZ5A 2KW4A 2O4GA 4FW1A 3NH2A 3K59A 3WNEA 3NDKA 4O0JA 3L2QA 4FM1A 4DTMA 5HP1A 2YKNA 4F4KA 3CFPA 4N5SA 1JLGA 3PY8A 4RW7A 3VQBA 1Q8IA 3VQ9A 3QETA 4ELUA 3OYEA 1C1AA 3C94A 1RT5A 3O3HA 3LDSA 1ASVA 3AVJA 4C8LA 1T7PA 4IG3A 2B6AA 1O1WA 4TSXA 4FZYA 2IS3A 5HROA 1JL1A 3M8PA 5FROA 4E19A 2OPQA 4HUFA 3T1AA 1NK4A 2F8SA 1NJWA 4DTPA 4FJMA 4PA1A 4B9MA 1ZYQA 1T05A 1U48A 1RBRA 2YKMA 1VSJA 2XHBA 4F3OA 3HXMA 1RDDA 1VK0A 4AILC 2RKIA 1NK0A 1JXEA 2AJQA 4C8KA 4DMNA 1WAFA 4CJVA 1Z26A 1KVBA 4KHSA 2ITGA 1C6VX 1TGOA 3VQDA 4AHTA 4Q5VA 3MAQA 3TAFA 1VSEA 1NKBA 2LSNA 4BDYA 1EKEA 1TK0A 1KTQA 4Z4EA 4CFCA 4Y1CA 3K5NA 3A2FA 3RRHA 3LP0A 1KCFA 1LWCA 3S3OA 1KVCA 1XWLA 2IAJA 4CJTA 3ZSWA 4YNQA 4KHYA 3KLEA 1C0MA 2HNYA 3VN5A 4AHVA 3KK3A 3DMJA 3LWMA 3OYNA 3KLHA 1IKXA 5E41A 3CM6A 4CJ5A 2HHVA 3AVGA 4DF8A 1RT7A 1WSHA 3ZSOA 2YNHA 3OYMA 4HHTA 2QK9A 4KREA 1QE1A 1CXQA 1YTAA 1RT2A 2FBXA 4CIGA 3OYLA 1BL3A 3IAYA 4DG1A 3HT3A 3M8RA 1NJZA 1C6VA 2G8FA 2G8WA 2X78A 3SPZA 4MFBA 5CZ2A 1I3AA 1TKTA 4FJKA 4W5QA 1QSSA 4I2QA 1TKDA 1C0TA 3DLHA 2WONA 1D9DA 1B92A 3P1GA 1ZBLA 2PZSA 1EP4A 2G8UA 1N5YA 4CCHA 3VQPA 4IKFA 1L3SA 4B9SA 5J2MA 3PO4A 4NCAA 1FXXA 1XHZA 5JS1A 1YTUA 3TAMA 4Q0BA 3KK2A 4RW6A 1SL1A 2HHTA 4KFBA 3AVIA 4NYNA 2GUIA 4N47A 3NAEA 1NJYA 3PX4A 3AVCA 3I8DA 4M3TA 1HMVA 1RBVA 2YNIA 3OYGA 5HBMA 4FJ9A 4FVMA 4KHUA 1IH7A 4OPKA 4DSEA 1LWEA 3PUFA 5DK5A 2PY5A 5KRSA 3V4IA 1HYZA 4GW6A 4RW9A 4CJPA 2X6NA 4CHYA 4CJRA 4KI6A 1C1BA 3LP2A 2EHGA 3LPTA 4JRQA 1IHVA 1J54A 3DYAA 2OA8A 5KTQA 4O44A 4E7KA 5HRNA 2ZE2A 2OPPA 3OYIA 2DTUA 1WLJA 1WSIA 2VG5A 3C6TA 3S3NA 3O3GA 4FLUA 4DSIA 2HMIA 4PWDA 1BHLA 2IGIA 3AA3A 4FW2A 1DTQA 4DLEA 3QERA 4ZTJA 3ZSXA 3KD1E 3SZ2A 3HSTB 1HPZA 3VA0A 4O5BA 3U3GA 5HLFA 1X9SA 4CIEA 1GOCA 3U3YA 4Y1DA 3JYTA 3AA4A 3HK2A 2OZMA 4DTNA 4YFUA 3C6UA 4CK3A 4DU1A 1SV5A 1KVAA 3AA5X 2ATQA 5EU7A 3PX6A 3NF9A 4ICLA 1L3TA 3ITHA 4CGDA 3CYMA 1TL3A 1KLMA 1RT3A 1TK8A 1VSHA 5HRSA 4W5RA 3K5LA 4FJJA 4NCGA 5HRPA 3PV8A 1HYSA 3KLFA 3O4NA 2YHAA 1WSFA 3DLEA 2XRIA 4CGIA 4LD0A 1LV5A 1EETA 1UA0A 4BDPA 4DU4A 3NGYA 4J2EA 3OYFA 4PQUA 3NF7A 1S1XA 2ZD1A 4F3TA 4FJ8A 1U45A 1NK7A 4CK1A 4FJXA 3ZSVA 4KB0A 1ZBIA 4O0IA 4IBNA 3TWHA 1A5WA 1CXUA 3G0ZA 4CERA 2FC0A 2R7YA 1VSIA 1LAWA 1BI4A 4B8CA 4ZHRA 3OYBA 4E3SA 4FJNA 4RG8A 2HVIA 4NYFA 3TAQA 2D0AA 3BDPA 4Z4GA 2P51A 5HRRA 5C24A 3HVTA 3NE6A 3IS9A 3F73A 4JS4A 3SV4A 3MEGA 3QESA 1U47A 3AO3A 2X6SA 4FLYA 4PUOA 1S5JA 4DFJA 4CF0A 1FK9A 1JLAA 3NF8A 3HL8A 1UA1A 4IG0A 4Z4HA 1NKCA 1VSDA 4CHOA 3DI6A 1UOCA 4I2PA 5FDLA 2IOCA 4LY7A 4CJWA 3ALYA 3ZSQA 4FCYA 4KB1A 3RR8A 3ISNC 3O3FA 3MEDA 3SQ0A 4H4OA 4DTOA 1LW2A 4FK2A 2HHWA 4KPYA 4AHRA 4I9QA 3THVA 5CY4A 5KGXA 3NGZA 1KLNA 2HVHA 2EX3A 4KRFA 4OGCA 1RBSA 3B6PA 3L2RA 4NCBA 1LWFA 1VSMA 1HQUA 4ID1A 4JLHA 4F2RA 1X9WA 2OZSA 3F9KA 4JRPA 1NK6A 2IDOA 5KRTA 4CEFA 1EXQA 3DRPA 1HNVA 3AO2A 4DQPA 4CJFA 3RMAA 4OLBA 5D7UA 4Z4FA 1BCOA 3UIQA 4B3OA 3ZT3A 3V1OA 4DSKA 2G8VA 2NUBA 3RRGA 4FLZA 1L5UA 4OKJA 3QEPA 4M45A 2KFZA 3ZT2A 3T3FA 3LAMA 3OS1A 1W0HA 3L2WA 2VWJA 2Y1JA 4OLAA 4M42A 2DFEA 1ASWA 1QMCA 3HVRA 2X74A 3SUNA 4FZZA 3DRSA 4W5TA 4JS5A 4DSFA 2HHXA 3SCXA 4CGGA 2BGGA 3OS2A 4CHPA 1S1VA 1VSLA 5J2QA 4OKKA 5SZTA 1BQNA 3D45A 1R0AA 4DFMA 2G8KA 4J2AA 4HTUA 3HM9A 2BE2A 1GOAA 3HPHA 1T03A 1S9EA 4N56A 3AVKA 4CEBA 3QEVA 1CZBA 1WNSA 3OJSA 3TAEA 1YVUA 4EZ9A 1GOBA 4OJRA 1HYVA 1LAVA 3AVMA 2FBVA 1NK8A 1RNHA 1NK9A 1KRPA 1BIZA 4OPJA 3HP6A 1TKXA 1A5XA 2XY8A 3SQ4A 4J2BA 3NBPA 4E1MA 4DQIA 1G15A 2D0CA 1WN7A 2XY7A 3AO4A 4H8KA 1LW0A 3NCIA 1C0UA 3M8SA 4CJQA 4ID5A 3VQ7A 3KKRA 1D5AA 1JL2A 3V1QA 1CZ9A 1IO2A 1TL1A 4IFVA 1S1WA 1TKZA 3O4QA 3V1RA 4CFDA 4CJKA 3V9ZA 2P1JA 1NOYA 1DLOA 3ZSZA 1SL2A 1JLEA 3AO5A 4CEDA 1X9MA 1WAJA 1Z25A 2A1RA 5FRNA 4FJHA 3CFOA 3KK1A 3TR8A 3DLBA 4CF2A 1HQEA 4J2DA 3KLGA 4B9LA 3CQ8A 4CJ3A 4I9LA 2GBZA 2KZZA 2WOMA 4Z0UA 2P5OA 1QQCA 4FLVA 4E7JA 4DTUA 1WSGA 3K2PA 4FJ7A 1VRUA 2YV0X 3QIPA 1KSPA 2F8TA 3LWLA 4DU3A 1S6PA 3QIOA 1QSYA 3WNGA 3MXJA 4WE1A 1ITGA 1MU2A 3OYCA 1RT4A 1SL0A 1RTHA 1B9DA 1U04A 1VRTA 2GV9A 3QEIA 2JLEA 4FJLA 4M3WA 1JLCA 2P5GA 4FK4A 1Q9YA 1JLQA 3HYFA 3QEWA 1U49A 2B4JA 4B9NA 4DTSA 3MXMA 2RPIA 1BCMA 2E6LA 1EX4A 5I3UA 1SKWA 1A5VA 3LPUA 4CEEA 1UWBA 1UAXA 3LZJA 4KKOA 3RMCA 3ZCMA 3LANA 3LP1A 4RW4A 5SWMA 4W5OA 3SJJA 1RBUA 3NFAA 3K58A 4KHQA 4CHQA 4BDZA 1TAUA 2RN2A 3ZT4A 3HP9A 4HVJA 2PYLA 1DTTA 2HNZA 3EY1A 3K57A 4AHCA 1ZBHA 3TI0A 1NKEA 5FRMA 1RBTA 5KI6A 3K5MA 4N41A 2OPSA 5DMRA 1JXBA 3AVLA 2DFHA 2YHBA 3MECA 5T7BA 4CK2A 1L3VA 5CYQA 4EZ6A 4ELTA 4E1NA 2QXFA 3DLKA 4GMJB 3U6FA 4CF8A 3VQQA 4FZXC 3QINA 4OKEA 3TANA 3K5OA 1IKVA 1L3UA 2Q3SA 2KFNA 1HRHA 3RTVA 4KTQA 3QNOA 1IG9A 2KQ2A 3KIOA 3QEXA 3SI6A 1T8EA 4CEOA 1KFDA 1RTJA 1REVA 4CJUA 1CLQA 3OY9A 4IDKA 4ELVA 1N6QA 3C95A 3OYJA 1FKOA 3SQ2A 4E0DA 3AVBA 4MQ3A 1SUQA 4CGHA 4CJEA 4B8AB 3HO1A 2VWKA 1NOZA 2E4LA 1TVRA 4FK0A 4KTWA 4CFBA 4E89A 3V9XA 4KTZA 4OVLA 3D0PA 4LSLA 1S6QA 4E7IA 2JGUA 3TABA 2HW3A 1ZBFA 4B08A 3KTQA 3RWUA 5JS2A 4F2SA 3HPOA 3NH1A 3VQ6A 1RDBA 5I42A 3MXIA 4M3XA 4N76A 3DLGA 3G10A 3ZSRA 4C8NA 2XO7A 4DTRA 1VSKA 4DS4A 3ZT0A 1B9FA 4LSNA 3IRXA 1F21A 3L3UA 4CESA 4EP5A 4CEZA 4IFYA 3T19A 4DTXA 3KLIA 1SKRA 4M3UA 4HUGA 1JLFA 1D8YA 4HCCA 4L8RB 3HPGA 3V9UA 1RT1A 4CHZA 3SUQA 1QHTA 4DFKA 5C42A 4UQGA 4FJGA 4ZTFA 1YT3A 4Z4CA 1JLBA 2ETJA 4FM0A 3KKSA 1KFSA 3DOKA 4HCBA 2QKKA 3VQCA 3WNHA 3AVFA 3VQ8A 4QAGA 1ASUA 1J53A 4M3ZA 3SUPA 3L3VA 4LH5A 4CHNA 5C25A 4DTJA 3RMDA 2OYQA 3ASMA 1X1PA 1BI4B 3NF6A 4CF1A 2DY4A 4BWJA 3AV9A 4DQRA 3V6DA 3I0RA 2YNGA 2KTQA 2OPRA 2E6MA 3EYZA 4FYDA 3OJUA 1WSEA 2DFFA 1S9GA 2QKBA 3HJFA 3L2VA 4FLWA 5J2NA 4DQQA 3DRRA 3JSMA 3SYZA 3ZSYA 1U4BA 4M3RA 4I7FA 2D0BA 4CEQA 3V9SA 2O4IA 4DWIA 5CZ1A 4CE9A 2Z1IA 1RT6A 3DLRA 1WSJA 4FM2A 4M3YA 3V81A 4M41A 2Y1IA 4DFPA 1IKWA 3VQAA 1XHXA 3AVNA 1W9HA 4BE1A 2ZQBA 2HB5A 3SUOA 3VQEA 1RCHA 2HHUA 3LALA 4DSLA 2IC3A 3CG7A 4C8OA 1QS4A 1BIUA 4O4GA 3ZT1A 3SQ1A 3OS0A 3L8BA 3TAPA 1TV6A 3DOLA 3VQ5A 3SNNA 4XIUA 3IG1A 3LP3A 4KV8A 1RTDA 1RDCA 4PY5A 1RILA 4AHSA 4BE2A 1J5OA 4CJLA 4QCLA 4E7LA 4H4MA 2VG7A 1XC9A 4KO0A 4O55A 1S1TA 4KI4A 3B6OA 4GVMA 4FXDA 4C8MA 5KGWA 4DSJA 4K8XA 4B9TA 3AA2A 2G8IA 1I39A 4BACA 3DM2A 4BE0A 3RR7A 4DS5A 1NJXA 3CFRA 1TK5A 3CM5A 1IHWA 4EP4A 3PX0A 4QOZB 4LH4A 3ULDA 3TARA 2Z1HA 2A1SA 3QLHA 4CGFA 4R5PA 2VG6A 1QSLA 3OVNA 4AHUA 3I0SA 1QTMA 4KHNA 3AVHA 3E01A 1HNIA 2RF2A 4CGJA 2B5JA 1VSFA 3AO1A 3P83D 3KJVA 3PO5A 1C1CA 4DQSA 2Z1JA 4B9VA 2HHSA 2XY6A 4KHWA 4FJ5A 1JKHA 3FFIA 2FBTA 1TAQA 4FJIA 1NK5A 4CF9A 4CIFA 4OGEA 3NHGA 3RMBA 3AVAA 4AH9A 1RTIA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3VTHA 1OU9A 5J1EA 2LX9A 3P4IA 4DF4A 3OYDA 3OYHA 1Q81C 3DKMA 2I5JA 2ZF5O 3Q7BA 2KRNA 4JKHA 4DR3K 1YIJA 3V9WA 1BISA 1S1UA 1WHMA 2HHQA 4K11A 2F96A 4K0KK 2PYJA 3MEVA 3CXCM 4FLTA 2KY9A 3HPWA 3P5JA 4Z4IA 5AQWA 3OMGA 1KC8R 1BGXT 2XY5A 4J6YA 3M8QA 2MWOA 3VEYA 4NLCA 3ER0A 4JI7K 3X24B 3VA3A 4CJSA 3QO9A 2CH4W 2F9TA 4JD2B 2CSIA 1W2BP 2FLOA 2KXDA 3CJBA 3EKSA 2CREA 4ZNXA 4RW8A 4RWTA 4E7HA 5KYUA 3CCMQ 1HJRA 2L89A 1X3NA 2WUSA 3EKUA 3SPYA 2XG8D 3OYKA 3P39A 1D0XA 3EZ5A 2KW4A 4FW1A 3RRGA 3NDKA 4O0JA 4DTMA 4F4KA 2GTJA 4YTLA 1G2BA 2DPPB 1UB4A 3PMIA 3JCMg 3C94A 2DM1A 1RT5A 3LDSA 1ASVA 1IBKK 3LM2A 1NE8A 3AVJA 2LVMA 4C8LA 5GAEP 4OMNA 2IS3A 1G3WA 1JL1A 4Q5WA 5FROA 4BI8B 3M8PA 2IG0A 3T1AA 2KAFA 4JN4A 3CCJN 2W10A 8AT1B 3THXB 4LN2A 1U48A 4F16A 3RKYA 2YKMA 1QCOA 2O2OA 1B07A 2BTFA 1U6ZA 3FZKA 4BRFA 1VK0A 4AILC 3LWHA 4RTZA 3IUCA 1NK0A 2AJQA 1NEBA 4O5FA 2DL4A 4LDWA 3SD4A 1Z26A 1QVFA 2ITGA 3TAFA 3VQDA 4Q5VA 2P9PB 1KSWA 1UUEA 1VSEA 3OBWA 2LQNA 5GMKl 3P31A 2KVQG 3O08A 4LUDA 1UTIA 2WACA 2F4VK 1YWPA 1KTQA 4CFCA 4BR0A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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