The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
10
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sequence length |
60
|
structure length |
60
|
Chain Sequence |
b'ETKFVQALFDFNPQESGELAFKRGDVITLINKDDPNWWEGQLNNRRGIFPSNYVAPYNSN'
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Solution Structure, Dynamics and Thermodynamics of the Native State Ensemble
of Sem-5 C-Terminal SH3 Domain
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
SEX MUSCLE ABNORMAL PROTEIN 5
|
| source organism |
Caenorhabditis elegans
|
| molecule tags |
Signaling protein
|
| total genus |
10
|
| structure length |
60
|
| sequence length |
60
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2001-10-18 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00018 | SH3_1 | SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2LQW A; 2O9S A; 2DX1 A; 3M0S A; 1YWP A; 2GTO A; 1YNZ A; 2YT6 A; 1VYV A; 1X69 A; 1SHF A; 1UFF A; 4JZ3 A; 1JQQ A; 4GLM A; 1SSH A; 1NYG A; 1PHT A; 2FPF A; 3EGU A; 1J3T A; 2KYM A; 2O9V A; 1OPK A; 2PNI A; 1ZUY A; 4ORZ A; 3UF4 A; 1W70 A; 2HEQ A; 2MOX A; 1BB9 A; 4R0K A; 2KRM A; 3M0R A; 3IQL A; 1UGV A; 2DM1 A; 2KNB B; 2BZX A; 1GL5 A; 2DL4 A; 2MCN A; 1M8M A; 1PKS A; 3I5R A; 1IO6 A; 1VA7 A; 3UA6 A; 2DL5 A; 2J6O A; 4J9C A; 4OMM A; 4OMQ A; 1X27 A; 4JJB A; 3EG1 A; 1ABO A; 4HVV A; 4CC7 A; 3H0H A; 3NHN A; 2CUB A; 5HCK A; 2D8J A; 2CT3 A; 2KT1 A; 4J9B A; 3R6N A; 5IH2 A; 4JJD A; 2K2M A; 2KBT A; 3H0I A; 3M0Q A; 2RQW A; 1W1F A; 2W10 A; 2LJ1 A; 1MUZ A; 2A08 A; 2JS2 A; 4RTV A; 3O5Z A; 2GBQ A; 2RNA A; 2DL7 A; 1TG0 A; 2LJ0 A; 1CSK A; 2DIL A; 1UDL A; 2JM9 A; 2L2P A; 4D8K A; 4RTW A; 2JW4 A; 1H3H A; 2LP5 A; 2A28 A; 4CC4 B; 1JU5 C; 3TSW A; 2LX7 A; 3RBB B; 4K11 A; 2KRN A; 1WX6 A; 3VS1 A; 4RTT A; 2AKK A; 3KFV A; 1AZG B; 1K0X A; 1QWF A; 2KRS A; 1KJW A; 1MV0 B; 4OMO A; 1Z9Z A; 3THK A; 1AWO A; 1PRM C; 2BZY A; 2JMC A; 2RQV A; 1A0N B; 4LUD A; 3GBQ A; 1SRM A; 2DBK A; 1JO8 A; 1QKW A; 1WLP B; 2ROL A; 1FMK A; 4KRT A; 2IIM A; 1SEM A; 5I22 A; 1I1J A; 1TUD A; 2DL3 A; 4Y92 A; 3QWX X; 4AFS C; 2OAW A; 2L3P A; 3A98 A; 2LZ6 B; 1QKX A; 2EGA A; 2CSQ A; 2CDT A; 2XMF A; 2VKN A; 2D0N A; 3PVQ A; 2E5K A; 3C0C A; 2DBM A; 2EBP A; 2CSI A; 3EHQ A; 1Z9Q A; 1AD5 A; 1E6H A; 4Z8A A; 2KXC A; 3I35 A; 2VVK A; 4J9F A; 2EYY A; 2ED0 A; 1JEG A; 1NLO C; 2JMA A; 1CKB A; 2BTT A; 1GCP A; 4ESR A; 2RF0 A; 1MV3 A; 2GGR A; 1SPK A; 2O2O A; 3SEM A; 1UE9 A; 1NEG A; 1S1N A; 2JM8 A; 1UHF A; 3VS2 A; 4F14 A; 5GJW B; 4HXJ A; 1QWE A; 1N5Z A; 4CC2 A; 1EFN A; 2LNH B; 2F2X A; 2V1Q A; 1M3C A; 3REB B; 4DEX A; 1WIE A; 2X3W D; 2ECZ A; 4HVW A; 2EW3 A; 2J05 A; 2ROT A; 5IHN A; 4IIO A; 2RPN A; 2FPD A; 2AZV A; 1UUE A; 3JV3 A; 2F2W A; 2HDA A; 4AG1 C; 2W0Z A; 2K9G A; 2YUN A; 4RUG A; 1UJY A; 4IIM A; 3LH5 A; 3UAT A; 4LNP A; 4GBQ A; 2HBW A; 3EG2 A; 4WCI A; 2EGC A; 3PVL A; 2DL8 A; 1WFW A; 2H8H A; 1K0S A; 1E7O A; 1K9A A; 2X3X D; 1QCF A; 1NG2 A; 2AZS A; 2NWM A; 1KFZ A; 3FJ5 A; 1AWX A; 4OMP A; 1UEC A; 1Y57 A; 4JPB W; 3M0T A; 1H8K A; 2L3Q A; 2YSQ A; 1FYN A; 1BU1 A; 2FG0 A; 2D8H A; 4Z89 A; 2J6F A; 4AFU C; 1GCQ A; 2RQT A; 1TUC A; 1GCQ C; 2ENM A; 1AZE A; 1RLQ C; 2KXD A; 1RUW A; 2KYB A; 1K76 A; 1G2B A; 2A36 A; 1PRL C; 2QDL A; 2FEI A; 4D8D A; 5FWC A; 1OPL A; 2GNC A; 1ZX6 A; 2OJ2 A; 2KRO A; 1PNJ A; 1K4U S; 3QWY A; 1AOJ A; 5L23 A; 2HSP A; 4AFZ C; 3VS5 A; 1X6B A; 4LN2 A; 5ECA A; 4EIK A; 2CRE A; 1XOV A; 1SRL A; 4HCK A; 3M0P A; 2G6F X; 3TVT A; 1SHG A; 3PE0 A; 2C0I A; 3NPF A; 2SEM A; 1AWJ A; 1M3A A; 2KT8 A; 2FRW A; 1WYX A; 1UTI A; 4QT7 A; 3VS7 A; 2ESW A; 1ABQ A; 2EYX A; 4JZ4 A; 2DE0 X; 1VYU A; 2JT4 A; 2DVJ A; 1WA7 A; 3U23 A; 1AWW A; 1HD3 A; 2KE9 A; 2DF6 A; 4ZNX A; 4A63 B; 4HVU A; 2FPE A; 2L3S A; 2YDL A; 1UHC A; 4F16 A; 1VYT A; 3UA7 A; 1HSQ A; 2K79 A; 2GQI A; 1UG1 A; 4JJC A; 2ABL A; 2D1X A; 2M0Y A; 3NMZ C; 4J9D A; 2A37 A; 1Y0M A; 2C0T A; 2AK5 A; 3REA B; 1NEB A; 3ULR B; 2PZ1 A; 1T0H A; 4J9H A; 3VRZ A; 2RQR A; 1AEY A; 2LJ3 A; 2C0O A; 2JXB A; 2F2V A; 3H41 A; 4E6R A; 1U06 A; 2CT4 A; 2DYB A; 4RTZ A; 5FW9 A; 1YCS B; 1ARK A; 4RTY A; 1H92 A; 3VS6 A; 1YP5 A; 2KR3 A; 1K1Z A; 2PTK A; 2YUP A; 1T3L A; 4J9G A; 2JTE A; 2J6K A; 1M27 C; 1LCK A; 1RI9 A; 1X2Q A; 4OML A; 1AVZ C; 2CH4 A; 3I9Q A; 4F17 A; 2M51 A; 1T0J A; 2JS0 A; 1UJ0 A; 1JXO A; 5FWB A; 1V1C A; 2O88 A; 3EG3 A; 3VRY A; 1GRI A; 2K7A A; 3VS0 A; 1M3B A; 2NUZ A; 3RNJ A; 5IHK A; 3SHW A; 2EPD A; 2KEA A; 1I07 A; 1WXU A; 2EGE A; 1ZBJ A; 1WXT A; 2CUD A; 2FO0 A; 1NM7 A; 4LE9 A; 2FRY A; 1ZUK A; 1T3S A; 1U5S A; 4CC3 A; 2SRC A; 2GTJ A; 2J7I A; 1WI7 A; 2B86 A; 2LCS A; 2ED1 A; 1GFD A; 3H0F A; 1JXM A; 1X43 A; 1ZLM A; 1G83 A; 3TSZ A; 2HCK A; 2LMJ A; 1PKT A; 2L0A A; 3ZL7 C; 1OOT A; 1GBQ A; 3EG0 A; 2V1R A; 2RQU A; 2K6D A; 2YUQ A; 2DRK A; 1HJD A; 2AKL A; 3I5S A; 5EC7 A; 2EVR A; 1BBZ A; 1ZUU A; 2MIO A; 1YWO A; 1GBR A; 1OEB A; 1WXB A; 4X1V A; 4M4Z A; 5IXF A; 2EYW A; 2LQN A; 2RMO A; 5IXB A; 1KIK A; 1KSW A; 2CH4 W; 2VWF A; 2J06 A; 4Z88 A; 1B3Q A; 4FSS A; 2DJQ A; 1RLP C; 1U3O A; 3VS4 A; 2P4R A; 1NLP C; 2I0N A; 4LUE A; 1M30 A; 4J9E A; 1X6G A; 5GJV B; 2BZ8 A; 4OMN A; 4AG2 C; 1I0C A; 1X2K A; 2KGT A; 1WDX A; 5IHI A; 4AFQ C; 4RTX A; 3CQT A; 2DRM A; 2DA9 A; 5I11 A; 1E6G A; 4DEY A; 2DMO A; 1QLY A; 1YN8 A; 1W6X A; 3EHR A; 2EKH A; 3NGP A; 1BK2 A; 4RTU A; 1PWT A; 1B07 A; 2OI3 A; 2DNU A; 1GFC A; 1NYF A; 1ZSG A; 2RN8 A; 4J9I A; 3VS3 A; 2EYZ A; 1OV3 A; 3M0U A; 2EQI A; 2DLP A; 1CKA A; 2O31 A; 2YUO A; 2K3B A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3HSB A; 2DX1 A; 1QP3 A; 2E70 A; 2GTO A; 1YNZ A; 2ZPB B; 3LWH A; 3V7C A; 7AT1 B; 1HYO A; 2K5I A; 2QAS A; 1PHT A; 3EGU A; 4BI4 A; 2KYM A; 3JCM c; 2COZ A; 2PNI A; 3GPL A; 1ZUY A; 4ORZ A; 1UGR B; 2E12 A; 1DJ7 B; 1D1A A; 1UGV A; 4RG8 A; 1D09 B; 2ZPG B; 3JB9 G; 3JCM X; 2LX9 A; 1KK7 A; 2RHY A; 2CGH A; 1IXD A; 3HFO A; 2XD0 A; 4QVZ A; 5A2Q E; 1VA7 A; 3MEW A; 1X27 A; 4OMQ A; 5GAO r; 4N0A C; 5CVI A; 3NHN A; 4LDU A; 2D8J A; 4J9B A; 1NZ9 A; 2R58 A; 5DY9 A; 4ANJ A; 1W1F A; 4R55 A; 5C0M A; 1X01 A; 5GAN j; 1MUZ A; 3O5Z A; 4A53 A; 2HKN A; 1VQ5 Q; 2GBQ A; 2IVW A; 2DL7 A; 1H3Z A; 4PK4 A; 2L5Q A; 2LJ0 A; 1CSK A; 3OYY A; 2K5F A; 2K5L A; 3SD4 A; 1QVG S; 2E6N A; 3C4S A; 4D8K A; 1OI1 A; 4FT2 A; 1KQ2 A; 3L42 A; 3C95 A; 4PFZ A; 5LJ3 e; 2P84 A; 2KRN A; 4A4H A; 1AZG B; 1K0X A; 1QWF A; 3M58 A; 2JN0 A; 1LOJ A; 2KRS A; 3C12 A; 1Z9Z A; 3A8M B; 4M75 E; 4KGZ B; 4LUD A; 4F7U B; 5CCA A; 2DBK A; 1QKW A; 1WZO A; 3OYM A; 4XU3 A; 1B34 B; 4QQG A; 1I5O B; 4KRT A; 2IIM A; 4BE2 A; 4Y92 A; 4AFS C; 1U8R A; 5FRM A; 4DOV A; 2A3L A; 2QQR A; 4JUV A; 1QKX A; 1RAG B; 4RG2 A; 2K3Y A; 2VKN A; 1OZ2 A; 1I5L A; 2DBM A; 2EBP A; 1KQ1 A; 2CZ1 B; 4J7I A; 1E6H A; 5CKE A; 1VQ7 Q; 1AHJ B; 1N9S A; 4ZGE B; 3EGX A; 1P92 A; 5KH6 A; 3PTA A; 1JEG A; 2YLC A; 2QTV A; 3KBG A; 1GCP A; 1FX7 A; 1PSF A; 4LXC A; 2O2O A; 4AMC A; 1S1N A; 3G6E Q; 1UHF A; 2XID A; 3VS2 A; 2DK3 A; 1QWE A; 5GMK j; 1N5Z A; 4MML A; 3VU3 C; 4CC2 A; 1EFN A; 4F7U F; 1FMW A; 4DEX A; 1EX4 A; 1WIE A; 4HVW A; 1MND A; 3L2Q A; 1BI1 A; 2ROT A; 2K3X A; 3JB9 H; 2K57 A; 1M8V A; 2CP7 A; 1F1B B; 3BE3 A; 2F2W A; 3P8H A; 2CP0 A; 4AG1 C; 3TU4 K; 1Q86 R; 2FYK A; 2VUB A; 4RUG A; 4JRI A; 1QVF S; 3UAT A; 4JLI A; 5GAN 3; 3OSV A; 5IN1 A; 5LJ3 h; 4JJN K; 2OX7 A; 3HFN A; 2EGC A; 1V76 A; 2DL8 A; 3V8L A; 5KE3 A; 1WFW A; 3M4G A; 2DFU A; 1VQO Q; 3OMC A; 2YHT A; 4L59 A; 3HRU A; 3VKI A; 4C92 A; 1VUB A; 1LPL A; 1QVG A; 3L2Z A; 2NWM A; 1KFZ A; 3QHS A; 3FJ5 A; 3OW2 S; 1UEC A; 3PGG A; 1N6A A; 2MYS A; 1FYN A; 3L2V A; 4BDZ A; 3QJY A; 4FYW B; 2IPO B; 1VIE A; 1VOM A; 3KUF A; 3RIR A; 1AZE A; 1UGS B; 1PD1 A; 1TXQ A; 2EJF A; 4KUD K; 1UB4 A; 4A4K A; 4M7A E; 5LJ5 h; 2RJE A; 3TRE A; 2FEI A; 1M1K C; 1YJW Q; 2GCX A; 2EQK A; 1OPL A; 2GNC A; 4BD3 A; 2LRQ A; 1YI2 Q; 2KQW A; 1TH7 A; 2LT1 A; 3VV0 A; 4HA8 A; 4EIK A; 4PLI A; 3CBM A; 1TOV A; 1OU8 A; 2X4J A; 4C92 D; 2EJ9 A; 4J6X A; 4M78 E; 3NPF A; 2DJZ A; 2HKQ B; 2NUP B; 1AWJ A; 3ZFJ A; 2FRW A; 5FRO A; 2ESW A; 4GY5 A; 3CC7 T; 2ZGW A; 2G3R A; 4JZ4 A; 1D0Y A; 4ZN1 A; 1VYU A; 4FM4 B; 3SB2 A; 2QEX A; 4ZNX A; 1YJN T; 4HVU A; 2QA4 Q; 1OX8 A; 5KCO A; 1Q82 U; 2QGF B; 1UHC A; 5GAO n; 1VYT A; 2K79 A; 1KHI A; 1UG1 A; 2OTJ A; 4MZT A; 3PIP A; 3NMZ C; 2YRD A; 3OB9 A; 1YJN A; 1AT1 B; 2VGM A; 4PJL A; 3GP8 A; 4C8Q B; 4PFP A; 3VRZ A; 3DB3 A; 3A8O B; 3CCQ A; 1AEY A; 2DTH A; 1KD1 R; 2HQH A; 4Y28 E; 4E6R A; 1QVF A; 5GAN g; 1U06 A; 1YHQ T; 3P8B B; 2RH2 A; 3L2R A; 4RTZ A; 4QW2 A; 1OZ3 A; 2ZPI B; 3LX7 A; 2QYZ A; 3CC2 A; 2QQB A; 3EG9 A; 1NPP A; 1YIT A; 3OS0 A; 1SG5 A; 1WGS A; 8AT1 B; 2VB6 A; 1V1C A; 3PIO A; 2PVO B; 2O88 A; 4M75 A; 3VS0 A; 1M3B A; 4FYX B; 4RKU E; 1YIJ A; 2MWO A; 3RNJ A; 2E65 A; 2EPD A; 1YJ9 T; 1I07 A; 2FZG B; 1WXU A; 1BI3 A; 2EGE A; 2CYZ B; 4E7H A; 3MP6 A; 2RJD A; 1WXT A; 2QDY B; 2DER A; 4C8Q F; 1ZUK A; 2KVQ G; 3H9N A; 5D6X A; 1M1G A; 1K73 C; 2GTJ A; 3CCL Q; 2ED1 A; 2YRV A; 1JXM A; 4XTW A; 1G83 A; 1FWZ A; 4OB3 B; 4C8Q C; 3A1P A; 4EMK B; 3CME Q; 1Q82 R; 1GXI E; 1FMV A; 1M9S A; 2RQU A; 2YUQ A; 2V8I A; 4EPC A; 3CCS Q; 2BE9 B; 4X34 A; 1JBM A; 2K4Y A; 4C5G A; 1BBZ A; 5KYW B; 1WXB A; 1QVP A; 1S72 T; 1YBY A; 2DXT A; 3CMA Q; 2IG0 A; 4M75 D; 4C92 G; 5GMK i; 1KSW A; 1HXD A; 1IHW A; 2MPX C; 1YFN A; 2VWF A; 5CKF A; 1VQ6 Q; 5CO7 A; 4RCB A; 2DJQ A; 1U3O A; 3MKD A; 3CCE Q; 3MP1 A; 1VQK T; 5HKC A; 4IKF A; 4QKU A; 1X6G A; 1Y96 A; 3CXC P; 5GJV B; 4XTU A; 1I0C A; 2YWW A; 5HY6 A; 1X2K A; 4KT0 E; 4XU0 A; 3CCM T; 2KGT A; 5FU6 B; 1WDX A; 1VQP T; 4Z02 A; 2L89 A; 5IHI A; 4RTX A; 4E7S A; 5I11 A; 1E6G A; 4DEY A; 4OB1 B; 4EMK C; 4LD9 K; 1YN8 A; 4HCC A; 5KYU B; 1K9M R; 3CCJ A; 3M9Q A; 4ZTF A; 2CS7 A; 3CCR T; 4JRK A; 4RTU A; 2OI3 A; 2JVV A; 4DOW A; 2VAS A; 2AHJ B; 4PJO E; 3M0U A; 3J80 E; 1QVF P; 3CCR A; 1WJQ A; 1ZSZ C; 1ACM B; 4C0G A; 1VQ8 A; 4FYV B; 2ZPF B; 2LC4 A; 2LQW A; 3BFM A; 4A4G A; 4M7A A; 3M0S A; 2PUO B; 4JZ3 A; 1OX9 A; 1UFF A; 4QQD A; 2EQU A; 4BAC A; 2DO3 A; 4GLM A; 2O4X A; 1NYG A; 2FPF A; 1VQN A; 2O9V A; 4B6M A; 4KGX B; 4OVA A; 1FXX A; 3EGD B; 1OUL A; 1W70 A; 5D6W A; 4DA4 A; 2KRM A; 5FU6 C; 3M0R A; 3M59 A; 3VUB A; 4M78 A; 2DM1 A; 2CP5 A; 3A8L B; 5GAN f; 2MCN A; 1U1S A; 2RK2 A; 3G1J A; 4C5I A; 1M8M A; 1PKS A; 1SSF A; 1IO6 A; 2CP2 A; 2DL5 A; 2J6O A; 4J9C A; 5LJ3 d; 4HVV A; 1IRX A; 1WHG A; 5LJ3 j; 2QGG A; 5IH2 A; 2QQS A; 4C92 C; 4M7A D; 2GF7 A; 4M75 G; 2JS2 A; 4RTV A; 5GAO m; 3CCV T; 4JDS A; 2RNA A; 2VV5 A; 2HAX A; 1MGQ A; 3QZ5 B; 3RER A; 2JTF A; 1PCX A; 3CCV A; 4RTW A; 2JW4 A; 1H3H A; 3QII A; 2HSE B; 3M4Y A; 3TSW A; 4K11 A; 4PJJ A; 2XDD A; 4M78 D; 1RAA B; 4RTT A; 2WSE E; 4XAX B; 2DIG A; 3THK A; 1PRM C; 2KK4 A; 2JMC A; 4HCB A; 4BI3 A; 1Q86 C; 5LJ5 j; 1M90 U; 1JO8 A; 1WLP B; 4M7D A; 1FMK A; 4FSX A; 3INZ A; 5KYX B; 1TUD A; 3QWX X; 4ATO A; 2OAU A; 3E19 A; 1RAD B; 4MDW A; 2L3P A; 3VJP A; 2EGA A; 4O5V A; 2CSQ A; 2XMF A; 2KAF A; 5FU7 B; 4ME7 A; 4MZP A; 3EHQ A; 2M1H A; 1AD5 A; 2P0K A; 4J9F A; 2EIF A; 3URG A; 1G3W A; 2JMA A; 4ESR A; 3E9G A; 4BY6 B; 2OTL A; 3T9N A; 2RF0 A; 2XIC A; 1MV3 A; 3OY9 A; 4E7I A; 1SPK A; 1Q95 G; 1N8R U; 4QQ6 A; 1NEG A; 1K8A U; 1R77 A; 4HXJ A; 2HBP A; 2LNH B; 4C5H A; 2F2X A; 1TS9 A; 3PT9 A; 1VQ9 T; 1M3C A; 2V8K A; 4M7D D; 2HMA A; 1G3T A; 2EW3 A; 3GNF B; 2RPN A; 3OYL A; 3R6O A; 1UUE A; 3JV3 A; 2HDA A; 1D0X A; 2DEU A; 1UJY A; 4IIM A; 2RK1 A; 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