The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
11
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sequence length |
55
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structure length |
55
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Chain Sequence |
ELVLALYDYQEKSPREVTMKKGDILTLLNSTNKDWWKVEVNDRQGFVPAAYVKKL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Structural protein
|
| source organism |
Gallus gallus
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| publication title |
Crystal Structure of the alpha spectrin SH3 domain at pH 9
rcsb |
| molecule keywords |
Spectrin alpha chain, brain
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| total genus |
11
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| structure length |
55
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| sequence length |
55
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-05-06 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00018 | SH3_1 | SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4J9D A; 4F14 A; 2D0N A; 1U06 A; 2M51 A; 4OMP A; 1NYF A; 1I07 A; 2V1Q A; 5FW9 A; 2EGE A; 5IXF A; 2O9S A; 2D8H A; 4LNP A; 3I5R A; 1CSK A; 1OEB A; 5L23 A; 4RTX A; 4Z88 A; 4RUG A; 2EYW A; 1PHT A; 2EGC A; 2J7I A; 3VS1 A; 3R6N A; 2PZ1 A; 3CQT A; 1W70 A; 2DIL A; 1JEG A; 1AZE A; 1YWO A; 1Z9Q A; 1H3H A; 4Y92 A; 1ZUU A; 2A28 A; 2C0T A; 1UGV A; 4OMQ A; 4OMM A; 1CKA A; 2EYX A; 3GBQ A; 2DLP A; 3REB B; 3NPF A; 4JPB W; 1QWF A; 1H92 A; 4LUE A; 3TVT A; 1AOJ A; 2AZS A; 4F16 A; 2BZ8 A; 1UG1 A; 2KYB A; 4D8D A; 2HBW A; 1JQQ A; 2EGA A; 2OI3 A; 1UHC A; 3REA B; 2RQV A; 1GL5 A; 1GBQ A; 2LCS A; 2A08 A; 1JO8 A; 2DX1 A; 1I1J A; 1VYT A; 2VVK A; 1WXT A; 2LZ6 B; 2KE9 A; 1PRM C; 3M0R A; 3VRY A; 2JT4 A; 2CH4 W; 3VS2 A; 2DE0 X; 4LE9 A; 1AVZ C; 2YUN A; 2CSI A; 1M30 A; 1MUZ A; 1OV3 A; 2KT1 A; 2A36 A; 4J9G A; 4LN2 A; 1HSQ A; 3UA7 A; 1YWP A; 2ESW A; 1OOT A; 2GTJ A; 3TSZ A; 2J6F A; 1K4U S; 1M3A A; 2FEI A; 1E7O A; 2LX7 A; 5HCK A; 1X43 A; 2YUO A; 3NGP A; 3H41 A; 1ZLM A; 1YCS B; 2I0N A; 3NMZ C; 1QCF A; 2MCN A; 3PE0 A; 4CC2 A; 3I5S A; 2F2W A; 1WXB A; 2KRS A; 1S1N A; 3M0T A; 1N5Z A; 2RNA A; 2RF0 A; 2KXD A; 1H8K A; 2DBK A; 1UFF A; 2K79 A; 1BB9 A; 4F17 A; 2AKK A; 1WFW A; 2CH4 A; 1WDX A; 3O5Z A; 2D1X A; 3VS0 A; 4EIK A; 2DJQ A; 4J9H A; 2DRM A; 2M0Y A; 5GJV B; 1W6X A; 4DEY A; 1X2Q A; 2SEM A; 1UTI A; 3H0I A; 2VKN A; 4E6R A; 2L0A A; 2X3W D; 2KRN A; 3EG3 A; 2KGT A; 2XMF A; 4GBQ A; 5ECA A; 3I9Q A; 2ROT A; 4WCI A; 2EW3 A; 4J9B A; 2LJ0 A; 4A63 B; 1M3B A; 2JXB A; 2D8J A; 1M27 C; 4J9I A; 2HDA A; 1ABQ A; 1MV3 A; 1SHF A; 3EHR A; 2FG0 A; 1TUD A; 1GCQ A; 1E6G A; 4ESR A; 2BZX A; 1UDL A; 1NM7 A; 2KBT A; 4CC4 B; 4HVU A; 3FJ5 A; 2C0I A; 1ZX6 A; 2G6F X; 2OAW A; 1NG2 A; 1PKS A; 2LJ3 A; 4M4Z A; 5EC7 A; 2B86 A; 2GNC A; 2DBM A; 2K7A A; 3M0U A; 5I11 A; 4OMN A; 1W1F A; 2A37 A; 2O88 A; 2JTE A; 3EG1 A; 1QKX A; 2HEQ A; 3I35 A; 4J9F A; 4RTV A; 2FPD A; 3RNJ A; 1I0C A; 3M0Q A; 1ABO A; 3TSW A; 1SRM A; 2SRC A; 1ZUK A; 2EYY A; 2C0O A; 5IXB A; 4JJC A; 1X6G A; 2K6D A; 1YN8 A; 2ABL A; 1ZBJ A; 2L2P A; 3U23 A; 1PNJ A; 1NEG A; 2AZV A; 1UEC A; 1AWX A; 1SHG A; 2FRW A; 4JJB A; 4X1V A; 4CC7 A; 2J05 A; 3NHN A; 4HCK A; 1VYV A; 3UA6 A; 4R0K A; 2LNH B; 5FWB A; 3EGU A; 1WIE A; 2DA9 A; 3ZL7 C; 1UUE A; 2EPD A; 2L3P A; 3ULR B; 1M8M A; 1EFN A; 1U3O A; 1E6H A; 3H0F A; 1GCP A; 3JV3 A; 4RTY A; 1T0J A; 3EG0 A; 1CKB A; 2P4R A; 1UE9 A; 1WA7 A; 1GBR A; 3PVL A; 1UJ0 A; 2KT8 A; 5IHI A; 1X27 A; 2RPN A; 1AWO A; 1QLY A; 1IO6 A; 2ED0 A; 3RBB B; 1MV0 B; 2DMO A; 2KRM A; 4AFZ C; 2PNI A; 1NLP C; 4HVW A; 1K0S A; 2J6K A; 2KEA A; 1HD3 A; 2RN8 A; 2FRY A; 2O2O A; 2AKL A; 2KYM A; 2RMO A; 5IH2 A; 2CUD A; 4AFU C; 1PWT A; 4IIM A; 1Y57 A; 2LQN A; 2ED1 A; 1WYX A; 1VA7 A; 4JJD A; 4ZNX A; 1SPK A; 2JS0 A; 1Y0M A; 4QT7 A; 3LH5 A; 3C0C A; 1WXU A; 1OPL A; 4AG2 C; 1A0N B; 1WX6 A; 3SEM A; 2LMJ A; 2OJ2 A; 2DNU A; 4KRT A; 4K11 A; 2FO0 A; 1AEY A; 2IIM A; 4RTW A; 2E5K A; 3VS5 A; 2JM9 A; 3H0H A; 5IHK A; 1JU5 C; 2BTT A; 2MIO A; 3VS4 A; 2YUQ A; 1GFC A; 1LCK A; 2YSQ A; 1RUW A; 5I22 A; 2CT3 A; 1RLP C; 1V1C A; 4JZ3 A; 1WLP B; 2VWF A; 1PKT A; 1BBZ A; 4FSS A; 4OML A; 3SHW A; 2YT6 A; 1GFD A; 1QWE A; 4JZ4 A; 2PTK A; 2L3Q A; 1Z9Z A; 2RQU A; 3THK A; 3EG2 A; 2J6O A; 2CSQ A; 1KFZ A; 1GRI A; 4AFS C; 5FWC A; 1FYN A; 1KSW A; 1K9A A; 1WI7 A; 2RQR A; 2JM8 A; 1T3L A; 1JXO A; 1AD5 A; 1G2B A; 2DL7 A; 3M0P A; 3M0S A; 4IIO A; 3VS6 A; 2DYB A; 2J06 A; 1JXM A; 1SEM A; 3A98 A; 2EVR A; 3VS3 A; 2L3S A; 5GJW B; 5IHN A; 3VRZ A; 2KNB B; 4Z89 A; 4J9C A; 3VS7 A; 2FPF A; 3QWX X; 1RI9 A; 1SSH A; 4Z8A A; 1B3Q A; 1SRL A; 2NUZ A; 2KXC A; 4J9E A; 1RLQ C; 2EBP A; 4AFQ C; 4RTT A; 2DL8 A; 2F2V A; 1FMK A; 2LJ1 A; 3QWY A; 1ARK A; 2CUB A; 4RTU A; 1PRL C; 2FPE A; 3EHQ A; 1XOV A; 4RTZ A; 2K2M A; 2DM1 A; 3KFV A; 2CT4 A; 2QDL A; 1AWJ A; 2JS2 A; 2ROL A; 2DL5 A; 1ZUY A; 2YUP A; 2DL4 A; 2EKH A; 3PVQ A; 2K9G A; 1NLO C; 2BZY A; 2HCK A; 4HXJ A; 2JMA A; 1YNZ A; 2GQI A; 2GBQ A; 2JMC A; 4AG1 C; 1YP5 A; 2ENM A; 2MOX A; 2RQW A; 2W0Z A; 1B07 A; 3UF4 A; 1K1Z A; 4D8K A; 1KIK A; 1OPK A; 4CC3 A; 1BU1 A; 2O9V A; 2CRE A; 4OMO A; 2HSP A; 1UJY A; 2LQW A; 4DEX A; 2K3B A; 2GGR A; 2AK5 A; 2KRO A; 1ZSG A; 2X3X D; 2NWM A; 1GCQ C; 1K76 A; 2DVJ A; 2RQT A; 4ORZ A; 1T0H A; 2DRK A; 4LUD A; 1TUC A; 1TG0 A; 2F2X A; 2V1R A; 1VYU A; 2GTO A; 2EYZ A; 1NYG A; 2DF6 A; 1KJW A; 1G83 A; 1T3S A; 1QKW A; 2KR3 A; 1BK2 A; 1X6B A; 2W10 A; 1X69 A; 2H8H A; 2ECZ A; 2CDT A; 1K0X A; 1X2K A; 1U5S A; 1AZG B; 1J3T A; 4GLM A; 2YDL A; 2O31 A; 2JW4 A; 2LP5 A; 2DL3 A; 1AWW A; 3IQL A; 2EQI A; 1HJD A; 1NEB A; 1UHF A; 1M3C A; 3UAT A; 4HVV A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4M78 A; 2QQS A; 2D0N A; 5GMK h; 3NFC A; 3LWH A; 5GAN 5; 5IXF A; 1VQ9 A; 2XDD A; 4LNP A; 1CSK A; 4ZGE B; 1PHT A; 4DBQ A; 1OUL A; 5GAN j; 1D1C A; 2J7I A; 2DTO A; 2RI5 A; 2PZ1 A; 2DIL A; 2R5A A; 1ZUU A; 2A28 A; 3CCL T; 1UGV A; 4ANJ A; 2HNI A; 4QQG A; 3NPF A; 4D6W A; 2A0F B; 5FU7 C; 4LUE A; 5KYY B; 1QVF A; 1AOJ A; 1VQM T; 5KYU B; 2EYQ A; 1N8R C; 1UG1 A; 4A4E A; 2RM4 A; 5CKB A; 4A53 A; 4XU0 A; 3REA B; 2RI3 A; 3G6E T; 3GNG A; 5J39 A; 2A08 A; 5GMK i; 1RAH B; 1JO8 A; 1VQL T; 1I1J A; 3L2V A; 2VVK A; 1JJ2 S; 3JCM g; 1K9M C; 1MNE A; 1YJ9 A; 3M0R A; 3VRY A; 1XTD A; 1WJR A; 1I4K 1; 4LE9 A; 1VQ4 Q; 2MK5 A; 4M7A G; 1Q82 C; 1OV3 A; 1XNI A; 2J6F A; 3PIO A; 1M3A A; 1KD1 U; 2RB6 A; 5HCK A; 1X43 A; 2YUO A; 3NGP A; 3JCM f; 1Q7Y R; 3NMZ C; 1QCF A; 1MND A; 3OMG A; 3LW5 E; 2E65 A; 1YJW Q; 3A1P A; 4HA8 A; 4E7I A; 2HL3 A; 3RKY A; 2ZPI B; 1Q81 U; 2RNA A; 3V7S A; 1I8F A; 1H8K A; 2DBK A; 4RG2 A; 1BB9 A; 5DLO A; 1WJS A; 1JBM A; 3L2R A; 3SWN B; 3EG9 B; 1WDX A; 2VB6 A; 4PLL A; 1M1K U; 3E1S A; 2FZK B; 4J9H A; 1PSF A; 4C8Q G; 2DRM A; 2SEM A; 2WSE E; 5CQY A; 1VQ7 A; 4E6R A; 3OYK A; 4GBQ A; 1BKB A; 4C8Q C; 5CVI A; 3L2U A; 1IHW A; 2XDP A; 4RMO A; 1K8A U; 3GLX A; 3OYD A; 3M53 A; 4N0A C; 3CC7 T; 1C6V X; 1Y96 B; 1YHQ T; 2P0P A; 2H3E B; 2QA4 A; 3H9N A; 1UGR B; 5D6W A; 3V8K A; 1UDL A; 1NM7 A; 3CME A; 5DLQ E; 1VQ9 T; 2FL7 A; 2E64 A; 1R0B G; 2L8D A; 2G6F X; 2ZPH B; 1PKS A; 3CPW S; 3A8M B; 4PFZ A; 1U1S A; 2B86 A; 4PJM A; 2PUK B; 4A4K A; 3CCJ A; 1KD1 R; 1WHG A; 2KDS A; 2O88 A; 4B9W A; 2HEQ A; 1N6A A; 2FPD A; 4XTV A; 2VUB A; 2QTV A; 3CC2 Q; 1ABO A; 2M02 A; 2SRC A; 1ZUK A; 4KH0 B; 1Q81 R; 3CCM T; 3SFM A; 1QCN A; 2DFU A; 5CR2 A; 1NZ9 A; 3JB9 F; 4J6W A; 1BCM A; 4FU6 A; 4A4F A; 2Z0W A; 3O8V A; 2AZV A; 1UEC A; 3G4S A; 1M1K R; 1SHG A; 4N0A A; 5HK0 A; 4C92 G; 4NL3 A; 1YJ9 T; 4M7A E; 2J05 A; 4HCK A; 4WF2 A; 4R0K A; 3ZL7 C; 2EPD A; 1LNX A; 4PJL A; 4C92 C; 4KT0 E; 2AT1 B; 4PK4 A; 4O5V A; 4RG8 A; 3CCR Q; 1EFN A; 1U3O A; 3H0F A; 1T0J A; 1GBR A; 4A4H A; 3CCQ T; 5IHI A; 1Q7Y C; 1AWO A; 2RPN A; 4ZTF A; 2KRM A; 3JCM b; 1NLP C; 1PCX A; 1K0S A; 5I21 A; 1ZA2 B; 1HD3 A; 2EFI A; 2KYM A; 3OYG A; 2DXB A; 2CUD A; 1EX4 A; 3EH2 A; 1UB4 A; 1TH7 A; 3S3O A; 1X6O A; 4LD9 K; 1Y57 A; 2O01 E; 1LVK A; 5LJ3 h; 3RER A; 1PM3 A; 1I81 A; 3Q1J A; 3QYH B; 1Y0M A; 5I2S A; 3C0C A; 2JTF A; 1A0N B; 5GAO p; 4C8Q E; 3OYY A; 2K5I A; 1AEY A; 3KBG A; 4M7D B; 2E5K A; 2JM9 A; 5IHK A; 4L5G A; 3M54 A; 1VQ7 T; 4XTX A; 2DK3 A; 4C0D C; 3CMA A; 1RUW A; 3JCM e; 1V1C A; 4F04 B; 2BKD N; 1BIA A; 2R5M A; 4LDX A; 1BBZ A; 1GFD A; 1WHK A; 3HKS A; 1QWE A; 2XDB A; 2KQW A; 1WQ7 A; 3VYG A; 2L3Q A; 4C92 A; 5HK3 A; 4M7D F; 2CP6 A; 2DVE A; 2CSQ A; 2J6O A; 1GRI A; 1VQO Q; 2QA4 T; 2V26 A; 1WI7 A; 3C4S A; 1JXO A; 2DL7 A; 3M0P A; 1UEB A; 5LJ5 j; 3CME T; 1JXM A; 3MO8 A; 1YIJ A; 2DD4 A; 3L2Z A; 2EAY A; 3VRZ A; 2FPF A; 3QWX X; 1WHM A; 2QYZ A; 4X9C A; 1B3Q A; 2KXC A; 1WPY A; 4J9E A; 3CCJ T; 2EBP A; 2ZPF B; 4RTT A; 2DL8 A; 2F2V A; 1KQ2 A; 2LJ1 A; 3VKI A; 3M4G A; 3VJP A; 3S3M A; 1IHV A; 1Y96 A; 5GAO q; 4RTU A; 2FPE A; 3EHQ A; 1XOV A; 3MKD A; 2V8I A; 2EQM A; 2XIC A; 2YHT A; 1Q81 C; 2MF2 A; 3OYE A; 1ZBX A; 3CCV A; 4CI0 C; 1V29 B; 3OYN A; 2HQE A; 2KMT A; 2IG0 A; 3JB9 D; 2FZG B; 1M1K C; 3G4S T; 2VYT A; 3L42 A; 2HCK A; 2A3L A; 3PFS A; 1YJN Q; 1FWZ A; 5LJ3 g; 3J80 E; 1YP5 A; 2ENM A; 2RQW A; 4HT9 A; 1B07 A; 3JCM Q; 1VQN T; 1K1Z A; 7AT1 B; 4M75 G; 1BU1 A; 2P0K A; 3P8H A; 4PJO C; 2LQW A; 1UJY A; 2E5Q A; 5KE2 A; 1AT1 B; 1QMC A; 5GMK l; 1WGS A; 1D09 B; 4M75 C; 2RH2 A; 5LJ3 f; 3JSC A; 3F70 A; 4E7S A; 3CCL Q; 1GCQ C; 1MHN A; 4MZP A; 3RES A; 2ZPG B; 3BDL A; 1ZA1 B; 4ME7 A; 4JS5 A; 3CBM A; 4M77 G; 3HTR A; 1VQM Q; 2DRK A; 2H3J A; 1TUC A; 4M78 B; 1VYU A; 4OP0 A; 4M77 C; 4JDS A; 4RCC A; 3G6E Q; 4FW2 A; 3RKW A; 1VQL Q; 2DPP B; 1QKW A; 1M1G A; 3LX7 A; 3CC4 Q; 1K9M U; 2OX7 A; 4XTW A; 3CMA T; 2A7Y A; 1D1B A; 1U1T A; 4PL6 A; 1C0M A; 1OU9 A; 1IXD A; 1MMD A; 3RUX A; 2OTL A; 2JOY A; 1J3T A; 4GLM A; 3GOX A; 1YI2 T; 2LP5 A; 3CCE A; 3LYI A; 2XG8 D; 1D1A A; 4M7D D; 2CP0 A; 2EQI A; 1HJD A; 4ELZ C; 2OTJ A; 1NEB A; 4PJO A; 1NJI U; 2C06 A; 5GAN h; 4HVV A; 1B7T A; 2QG9 B; 2DXU A; 4F14 A; 1U06 A; 1WJQ A; 4OMP A; 1VQ8 A; 1G3W A; 2EGE A; 3L1A A; 1ACM B; 3QDF A; 1W2B S; 3I5R A; 2LDM A; 4J7F A; 5FLX E; 2EYW A; 2RJD A; 2GCX A; 2EGC A; 2R58 A; 3ZFJ A; 3VS1 A; 2KY9 A; 1JEG A; 2F5T X; 1G5V A; 1QW1 A; 4JLI A; 4N4I A; 2C0T A; 2CGH A; 4OMQ A; 1PD1 A; 3RDV A; 2DKG A; 3JB9 J; 5IN1 A; 4JPB W; 1QWF A; 1H92 A; 4C5I A; 3CCV T; 1VQ6 Q; 4XTY A; 2KYB A; 3UDC A; 2HBW A; 4L59 A; 5IAY A; 4BE1 A; 1YIT A; 2LCS A; 1RAE B; 3OS5 A; 4LXC A; 2E70 A; 5FU7 B; 1WXT A; 1QVG P; 2P4T A; 1VQ9 Q; 4M75 E; 4JRP A; 3RR6 A; 3OW2 A; 2JT4 A; 2PQW A; 3HRS A; 3VS2 A; 3ME9 A; 1AVZ C; 2KSS A; 1D0Z A; 4MDW A; 2JNG A; 4KUI A; 1IRX A; 3QZ9 B; 4R56 A; 1LJO A; 4J9G A; 4LN2 A; 1YWP A; 1UGS B; 2ESW A; 1OOT A; 3G71 A; 1E7O A; 1GXI E; 1IB8 A; 1OX8 A; 1ZLM A; 1NJI R; 3RMQ A; 2M16 A; 3JB9 H; 3PE0 A; 4CC2 A; 4M77 E; 1BI2 A; 1VOM A; 2F2W A; 2M9U A; 4J6Y A; 1YFN A; 4DQ2 A; 3M0T A; 3CEY A; 3CCM Q; 2RF0 A; 2KXD A; 4X34 A; 3CD6 A; 2K79 A; 3MET A; 2LCL A; 2MPX C; 5GAN g; 2AKK A; 2COZ A; 1MMG A; 2MAM A; 2CH4 A; 2D1X A; 3M55 A; 2DJQ A; 2LVM A; 1YJ9 Q; 2M0Y A; 5GJV B; 1W6X A; 4FL6 A; 4DEY A; 3VU3 C; 4OB1 B; 1QVG A; 2X3W D; 1OX9 A; 2OTL T; 5LJ3 e; 2VGM A; 5GAN f; 2RHI A; 2ROT A; 1VQK A; 1MMN A; 2LT1 A; 4WCI A; 2RI2 A; 2EW3 A; 3QSU A; 2LQ8 A; 3QII A; 1KK7 A; 4F7U G; 4A63 B; 3CBO A; 1Q7Y U; 3CCQ Q; 2D8J A; 2OTJ T; 4J9I A; 2R57 A; 4OGC A; 1SHF A; 1IGU A; 2FZC B; 1D0Y A; 4KGZ B; 4PLI A; 1E6G A; 2PVO B; 4IUQ A; 2KBT A; 1VQ8 T; 4C8Q B; 1TU0 B; 2NYS A; 4KUL A; 1ZX6 A; 2E6Z A; 5KYW A; 1LPL A; 1H3Z A; 1O75 A; 2ZPB B; 2QGF B; 1XQH A; 4PJN A; 3EG1 A; 1QKX A; 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