The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
11
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sequence length |
55
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structure length |
55
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Chain Sequence |
ELVLALYDYQEKSPREVTMKKGDILTLLNSTNKDWWKVEVNDRQGFVPAAYVKKL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Structural protein
|
| molecule keywords |
Spectrin alpha chain, brain
|
| publication title |
Crystal Structure of the alpha spectrin SH3 domain at pH 9
rcsb |
| source organism |
Gallus gallus
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| total genus |
11
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| structure length |
55
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| sequence length |
55
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-05-06 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00018 | SH3_1 | SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1WX6 A; 3NMZ C; 1ZSG A; 1HSQ A; 2M0Y A; 3VRZ A; 1UFF A; 1MV3 A; 1VA7 A; 2DVJ A; 3NHN A; 1NM7 A; 2DX1 A; 2DLP A; 2NUZ A; 4LNP A; 4ORZ A; 1X27 A; 3EG0 A; 4JPB W; 1ABQ A; 1NLO C; 3VS6 A; 2AKL A; 2KRS A; 3QWX X; 1WXU A; 1GBR A; 2D8H A; 3EG1 A; 1NEB A; 4WCI A; 1UHF A; 4X1V A; 1A0N B; 2D8J A; 1OPK A; 2ENM A; 4HVV A; 3GBQ A; 2ROL A; 2RF0 A; 2O9V A; 2ESW A; 1E6G A; 1XOV A; 3I35 A; 3NPF A; 4OMO A; 1QCF A; 2O31 A; 1OV3 A; 1NEG A; 1GCP A; 3VS1 A; 1AZE A; 2L3Q A; 2KXD A; 1UJY A; 2EYZ A; 2HEQ A; 1ARK A; 4AG1 C; 1W70 A; 1QLY A; 4J9H A; 2FPF A; 2CH4 A; 3EHR A; 3VS0 A; 1Z9Q A; 1LCK A; 1W1F A; 2A36 A; 2LP5 A; 1UEC A; 1ABO A; 2JM9 A; 1JEG A; 2JT4 A; 4OMM A; 4OMN A; 4Z8A A; 1AWO A; 3RNJ A; 2KEA A; 1K4U S; 2CH4 W; 3TSZ A; 2QDL A; 2RQU A; 1KSW A; 4CC7 A; 3VS2 A; 2GTJ A; 3M0T A; 1SEM A; 3M0U A; 1T3S A; 1AWW A; 1YN8 A; 1UGV A; 3REB B; 1UUE A; 2PNI A; 1OPL A; 1U5S A; 2LJ3 A; 2FPE A; 2AZS A; 4JZ3 A; 1K0S A; 3UA6 A; 1BBZ A; 4RTW A; 2RNA A; 3R6N A; 1B07 A; 1JU5 C; 2FO0 A; 4M4Z A; 1NYF A; 1Z9Z A; 2C0T A; 2RMO A; 3C0C A; 4CC2 A; 4F16 A; 2KYM A; 1JXO A; 2LQN A; 2DE0 X; 2YSQ A; 1I1J A; 2KT1 A; 2K9G A; 2BZ8 A; 1M3B A; 1PHT A; 2EGC A; 2CT3 A; 4AFZ C; 3RBB B; 3PE0 A; 2O88 A; 2H8H A; 2C0I A; 2GBQ A; 1JQQ A; 1AD5 A; 4J9F A; 1I0C A; 3VS3 A; 2J6K A; 1UJ0 A; 3UF4 A; 3UAT A; 1BK2 A; 2KGT A; 1X6G A; 2GTO A; 3IQL A; 1TUC A; 4RTY A; 2MOX A; 1SHG A; 1X43 A; 2J05 A; 3CQT A; 2CDT A; 1GFD A; 2JS0 A; 3M0R A; 4OMP A; 3I5S A; 1VYT A; 5IXB A; 2GNC A; 2YUQ A; 4KRT A; 4Y92 A; 3PVL A; 1VYU A; 1KJW A; 2OAW A; 1K0X A; 2RQW A; 5L23 A; 5I22 A; 2EKH A; 2O9S A; 2LCS A; 2EVR A; 2JXB A; 2MIO A; 1NLP C; 2HDA A; 1IO6 A; 1AEY A; 2A28 A; 4HVU A; 4AG2 C; 2DBM A; 1PKS A; 2FRY A; 2J7I A; 1T3L A; 2FG0 A; 2B86 A; 1TG0 A; 2DL3 A; 3TVT A; 3ZL7 C; 3QWY A; 4GBQ A; 1CSK A; 1HJD A; 2YDL A; 1ZX6 A; 3PVQ A; 3NGP A; 2G6F X; 3EHQ A; 1WIE A; 1WA7 A; 2ED0 A; 1Y57 A; 2K2M A; 2YUP A; 5I11 A; 2JMA A; 4AFS C; 2E5K A; 1WFW A; 2J6F A; 3REA B; 2L3P A; 1V1C A; 5IH2 A; 2M51 A; 1NYG A; 1GFC A; 2JTE A; 5EC7 A; 1U06 A; 4RTT A; 1GCQ A; 2DNU A; 1MV0 B; 1ZUK A; 4OML A; 4D8K A; 3EG3 A; 1ZUY A; 2LJ1 A; 1AZG B; 1M3C A; 1WYX A; 4CC4 B; 1MUZ A; 1FYN A; 2PZ1 A; 1M8M A; 2A08 A; 1WXB A; 2EPD A; 1K1Z A; 5IXF A; 2VWF A; 2X3X D; 2XMF A; 2YT6 A; 2D1X A; 2W0Z A; 2K6D A; 1I07 A; 2RQR A; 2EGA A; 4Z88 A; 3UA7 A; 3M0P A; 4JJD A; 3U23 A; 2KYB A; 3VRY A; 2JM8 A; 2L0A A; 4CC3 A; 4LN2 A; 2DBK A; 2KXC A; 1E7O A; 1PKT A; 4J9C A; 4IIM A; 2IIM A; 3JV3 A; 2FRW A; 1RI9 A; 2DF6 A; 1ZUU A; 1UE9 A; 2RPN A; 4DEX A; 3KFV A; 1AOJ A; 3M0Q A; 1N5Z A; 2F2V A; 4EIK A; 4AFQ C; 1UTI A; 1QKX A; 2D0N A; 1QWF A; 2EW3 A; 4GLM A; 4LE9 A; 2EQI A; 2KE9 A; 2F2X A; 4LUE A; 2JW4 A; 4ZNX A; 1ZBJ A; 1CKA A; 4A63 B; 1H8K A; 2KRM A; 2BZY A; 1KIK A; 2DA9 A; 2CUD A; 5FWB A; 2CSQ A; 5FWC A; 4Z89 A; 4K11 A; 1K9A A; 2SEM A; 1Y0M A; 3I9Q A; 1YP5 A; 2CT4 A; 5GJW B; 2DL5 A; 4ESR A; 1BU1 A; 1U3O A; 2LNH B; 5GJV B; 4HVW A; 1S1N A; 2DRM A; 2I0N A; 3VS7 A; 2DMO A; 2K7A A; 1HD3 A; 1FMK A; 2GQI A; 3I5R A; 1G2B A; 1AWX A; 2JS2 A; 2KT8 A; 2DM1 A; 2V1R A; 2EBP A; 1BB9 A; 2DYB A; 2KR3 A; 2EYY A; 2ROT A; 3SEM A; 4HXJ A; 2AKK A; 3ULR B; 2HBW A; 4F17 A; 2RQT A; 1WI7 A; 1VYV A; 4DEY A; 3H0F A; 1WDX A; 2CUB A; 2ECZ A; 4LUD A; 1CKB A; 1UG1 A; 1UDL A; 2KRN A; 4OMQ A; 2AZV A; 1E6H A; 1WXT A; 4J9G A; 1M3A A; 4IIO A; 2BTT A; 2LJ0 A; 2LMJ A; 1KFZ A; 1OEB A; 3VS5 A; 4D8D A; 1TUD A; 1PRM C; 2DIL A; 4HCK A; 3TSW A; 2KBT A; 1YWP A; 2CRE A; 2EYX A; 2PTK A; 2DRK A; 1RLQ C; 1AVZ C; 4J9E A; 1SRM A; 1YCS B; 2VVK A; 2J06 A; 1X2Q A; 2ED1 A; 2HSP A; 1GL5 A; 4JZ4 A; 1B3Q A; 1QWE A; 2DJQ A; 4JJB A; 5ECA A; 1WLP B; 1PRL C; 2MCN A; 1EFN A; 2EGE A; 1SRL A; 3THK A; 1ZLM A; 5HCK A; 3A98 A; 1RLP C; 2OI3 A; 2L3S A; 1JXM A; 2J6O A; 1PWT A; 4RUG A; 2KRO A; 1T0J A; 4RTV A; 3EG2 A; 1X69 A; 4RTU A; 3VS4 A; 1T0H A; 1X6B A; 2F2W A; 2EYW A; 2FPD A; 1K76 A; 1SSH A; 3M0S A; 3O5Z A; 2YUN A; 2O2O A; 2GGR A; 1GCQ C; 5IHN A; 2LZ6 B; 3SHW A; 4J9D A; 2DL4 A; 2JMC A; 3EGU A; 1H3H A; 4FSS A; 1GBQ A; 2ABL A; 3H41 A; 1X2K A; 1M30 A; 4J9B A; 2X3W D; 1UHC A; 3H0I A; 2FEI A; 1NG2 A; 1M27 C; 1SHF A; 2BZX A; 2V1Q A; 4E6R A; 2NWM A; 2YUO A; 2K3B A; 4RTZ A; 5IHI A; 3LH5 A; 1PNJ A; 2RN8 A; 4J9I A; 1H92 A; 2OJ2 A; 2P4R A; 2K79 A; 4QT7 A; 5IHK A; 2DL7 A; 1OOT A; 2SRC A; 1J3T A; 1G83 A; 5FW9 A; 1JO8 A; 2L2P A; 1QKW A; 2RQV A; 3H0H A; 4AFU C; 2C0O A; 4F14 A; 2A37 A; 3FJ5 A; 1W6X A; 2LQW A; 1YWO A; 4R0K A; 4RTX A; 1SPK A; 2LX7 A; 2VKN A; 1AWJ A; 2W10 A; 4JJC A; 1RUW A; 2AK5 A; 1YNZ A; 2KNB B; 2DL8 A; 2HCK A; 2CSI A; 1GRI A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4EMH A; 4KUD K; 3RDV A; 3VRZ A; 1MV3 A; 4OB3 B; 3NHN A; 4QQ6 A; 3OA6 A; 1QVG S; 1ABQ A; 3VS6 A; 2KRS A; 2R5M A; 2KSS A; 1UHF A; 2E6N A; 5KCH A; 1A0N B; 3JB9 J; 1VQ5 Q; 2QQR A; 5C0M A; 3G6E Q; 5KYX A; 2G3R A; 2PQW A; 5KYU A; 3NPF A; 3QXE B; 2NYS A; 3KXT A; 1NEG A; 1NJI C; 1OU9 A; 2KXD A; 3X28 B; 2HEQ A; 4IUV A; 1ZBX A; 1IGQ A; 5HK0 A; 3UDC A; 3QO3 A; 4A54 A; 1YHQ T; 2FPF A; 2CS7 A; 3EFS A; 5GAN j; 4MDW A; 3JCM X; 1ZSZ C; 1Z9Q A; 3H9N A; 4BI3 A; 1NZ9 A; 2K5I A; 1D0X A; 2XID A; 1MND A; 4ZGE B; 2JT4 A; 2XDP A; 4C92 C; 1AWO A; 5CQY A; 4CC7 A; 4A4G A; 4F7U E; 1KQS A; 3M0T A; 3M0U A; 1AWW A; 4N0A C; 2HAX A; 3REB B; 1UUE A; 2K3Y A; 2GFU A; 1PSF A; 3CCS A; 1FWZ A; 2FPE A; 1FMW A; 2HQH A; 1V29 B; 1K0S A; 1VQ8 A; 4KBM B; 2RNA A; 1VIF A; 4M4Z A; 1Z9Z A; 2LVM A; 3C0C A; 4MMK A; 4P5N A; 4M7D E; 1JXO A; 3QZ5 B; 3CCJ Q; 2K57 A; 2YSQ A; 1IRX A; 2EQM A; 5CVI A; 4Y28 E; 5GMK h; 5GAO r; 2HKN A; 1VQN A; 2C0I A; 4J9F A; 1AD5 A; 1KHC A; 1YJN Q; 4EMK C; 4VUB A; 1M9S A; 3FJP A; 3ZFJ A; 2GTO A; 2VC8 A; 5LJ3 e; 4E7Z A; 5CCA A; 4QVZ A; 3HTR A; 4ELY C; 5CKD A; 3MP6 A; 4RTY A; 2MOX A; 1SHG A; 3CME T; 2CDT A; 1GFD A; 2JS0 A; 3CXC P; 4OMP A; 4IUP A; 2ZPH B; 3QG1 A; 3CC4 Q; 1Q82 C; 4WTO B; 4PJO D; 1KJW A; 2RI3 A; 1K0X A; 2RQW A; 3UWN A; 5L23 A; 1K8A U; 2EKH A; 2O9S A; 1I81 A; 2EVR A; 2MI6 A; 5KE3 A; 4M7A G; 2FYK A; 1NLP C; 3OYJ A; 2PU9 B; 2VAS A; 3HRT A; 1ZQ1 A; 2A28 A; 1YJ9 T; 1I8F A; 2XI9 A; 3A1P A; 1PKS A; 3HFN A; 5GAM e; 1ZA2 B; 1IZ6 A; 1NPP A; 2DL3 A; 2K5L A; 2CZ7 B; 3DLL A; 4ZTJ A; 3QWY A; 4M75 A; 3HFO A; 2YDL A; 3JCM V; 2AHJ B; 3GNG A; 2QGF B; 3X20 B; 1N8R U; 4YTL A; 2MWP A; 2ED0 A; 2DTO A; 1YJW A; 4AFS C; 5J26 A; 2DZC A; 2M51 A; 2DO3 A; 2CP5 A; 1VQM A; 4OMF B; 2V26 A; 2JTE A; 5KYX B; 1GCQ A; 4OML A; 1MV0 B; 1ZUK A; 4L59 A; 4M77 F; 4D8K A; 3JCM b; 1PM3 A; 4E7I A; 1FYN A; 2BE7 D; 3OYA A; 3CPW S; 4C92 A; 5GAN d; 2EPD A; 3OYM A; 2NUP A; 4PL6 A; 3TU4 K; 3V8K A; 3N5B B; 4XTU A; 2D1X A; 2O4X A; 2RQR A; 2LNV A; 4Z88 A; 3VYG A; 5GAN 4; 4LD9 K; 3M0P A; 1G3Y A; 2CP6 A; 2KYB A; 4C8Q E; 1YI2 A; 3CCQ Q; 4CRI A; 3H8Z A; 3G71 T; 4RCC A; 4LDX A; 3FC3 A; 4IIM A; 2QA4 Q; 4Q5W A; 1ZUU A; 3OBW A; 4QKU A; 4IUU A; 2DEQ A; 3RMS A; 3OMG A; 2F2V A; 4QVC A; 4C0G A; 1JJ2 P; 2ZPE B; 1UTI A; 2RHU A; 4PJO F; 2D0N A; 3EGX B; 4LE9 A; 2EQI A; 3VU3 C; 1N6A A; 5CKH A; 2KE9 A; 2CKK A; 2F2X A; 4LUE A; 2JW4 A; 3VKI A; 3VJP A; 3SWN B; 1K9M U; 3MKD A; 2X51 A; 1KC8 R; 1IRE B; 2CSQ A; 5DLO A; 4XU2 A; 3CBM A; 3I9Q A; 1YP5 A; 5GJW B; 5GAN 7; 1VIE A; 4BDZ A; 2ZPF B; 2LNH B; 2DRM A; 1KQS P; 2E64 A; 2DMO A; 4PLL A; 2RK1 A; 3BFM A; 1YI2 T; 1WNL A; 1HD3 A; 3OSS C; 2GQI A; 1G2B A; 1VQ5 A; 2V1R A; 1BB9 A; 2KR3 A; 4OGE A; 3G6E A; 2WSE E; 2BKD N; 2JN0 A; 2VUB A; 3GLX A; 3JCM d; 3CD6 Q; 3E2U A; 1WI7 A; 5KYW A; 1VYV A; 3JB9 H; 2CUB A; 3GPL A; 1YHQ Q; 3I55 T; 2YRD A; 1AT1 B; 1I5L A; 1BIA A; 3D7S B; 1KD1 C; 3H6Z A; 3E19 A; 2MYS A; 4FIB A; 3OYE A; 1M1K C; 1OEB A; 4BD3 A; 4D8D A; 4A4H A; 3C4S A; 2COW A; 4M78 C; 2EYX A; 4BE0 A; 1KG1 A; 4HKE A; 4KH1 B; 2DRK A; 2E3I A; 3HKS A; 1PCX A; 5FU6 B; 1VQ5 T; 2VVK A; 2ED1 A; 5C6S A; 4JZ4 A; 2DXU A; 1UGS B; 2DJQ A; 3QZ9 B; 4LDW A; 1PRL C; 1EFN A; 4N4H A; 3A98 A; 2YLB A; 2OI3 A; 1QVF A; 1PWT A; 3CMA T; 4RTV A; 3CCJ A; 3OYD A; 3EG2 A; 1T0H A; 1M90 R; 4PJO A; 3JB9 I; 1UEB A; 1SSH A; 1HXD A; 2YUN A; 2O2O A; 1D3B B; 3GNF B; 1Q95 G; 1YJN A; 3EH1 A; 2FZK B; 3CEY A; 3DLM A; 5GMK e; 4PKC C; 3EH2 A; 4C92 D; 3CME Q; 4FSX A; 4B6M A; 4GY5 A; 1Q86 C; 4HCB A; 5LJ3 g; 1M30 A; 5A0G A; 4CI0 C; 3RKW A; 1UHC A; 4DOW A; 1TS9 A; 3CC4 A; 4M7A A; 2V1Q A; 2NWM A; 2QQA A; 5LJ5 g; 2XDD A; 2M0O A; 4M75 E; 2EQJ A; 1IHW A; 2COZ A; 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3RNJ A; 1WHL A; 1LOJ A; 2RQU A; 1O9S A; 1XNI A; 4JLG A; 1SEM A; 1YN8 A; 4B9W A; 4JLI A; 2DYI A; 3PGG A; 1OPL A; 1YIJ Q; 2PVO B; 3UT1 A; 3JCM h; 1Q82 U; 4X9C A; 2OTL Q; 2VGM A; 4OGC A; 4V2S A; 8AT1 B; 2R58 A; 4PJM A; 2NUT B; 1BBZ A; 4RTW A; 3CCM Q; 2RJE A; 1XJW B; 1IHV A; 2E12 A; 1B07 A; 2V8K A; 3M56 A; 1JU5 C; 1NYF A; 2C0T A; 4II1 A; 4F16 A; 2KYM A; 5GAM f; 4BE1 A; 3M5A A; 1N9R A; 4DOV A; 3QSU A; 4BB7 A; 1OYX A; 3X24 B; 1VQ9 T; 2XD0 A; 4XK8 E; 2EGC A; 2X4X A; 5FRO A; 2RA2 A; 5IN1 A; 3PE0 A; 3A8H B; 3QJY A; 1TWB A; 2O88 A; 5GMK i; 1JQQ A; 7AT1 B; 3QPH A; 2J6K A; 2QA4 T; 4Z02 A; 4E2F B; 3L2V A; 1UJ0 A; 2KI7 A; 4XU1 A; 3UAT A; 3UF4 A; 4OB2 B; 2E70 A; 1VQ4 Q; 1OU8 A; 4OB0 B; 4OVA A; 3IQL A; 4FU6 A; 1TUC A; 1TOV A; 3I55 Q; 4HT9 A; 1YHQ A; 1QVF P; 3S3M A; 2J05 A; 3M0R A; 4JRP A; 3EG9 B; 3RKY A; 5IXB A; 2GNC A; 4JS4 A; 4KRT A; 2DER A; 3AT1 B; 4FYX B; 4PNO A; 2IPO B; 4ZN3 A; 6AT1 B; 2RHY A; 2LCS A; 3SFM A; 2JXB A; 5GAN 3; 2CZ6 B; 4FYW B; 2HDA A; 4A53 A; 3GIB A; 2A7Y A; 2ZAE A; 4F7U B; 2MK5 A; 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