The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
11
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sequence length |
55
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structure length |
55
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Chain Sequence |
ELVLALYDYQEKSPREVTMKKGDILTLLNSTNKDWWKVEVNDRQGFVPAAYVKKL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal Structure of the alpha spectrin SH3 domain at pH 9
rcsb |
| source organism |
Gallus gallus
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| molecule tags |
Structural protein
|
| molecule keywords |
Spectrin alpha chain, brain
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| total genus |
11
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| structure length |
55
|
| sequence length |
55
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-05-06 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00018 | SH3_1 | SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2K79 A; 1JXM A; 1K76 A; 3NMZ C; 4J9G A; 2DBK A; 1GRI A; 2ED0 A; 2DVJ A; 2LNH B; 4CC7 A; 2HDA A; 4D8K A; 2RQR A; 3KFV A; 1JQQ A; 2OJ2 A; 2J05 A; 4LN2 A; 1JEG A; 1FMK A; 2DL5 A; 2DRM A; 1H92 A; 2JMC A; 2YUN A; 2KBT A; 1RUW A; 4DEY A; 1X2K A; 2DM1 A; 1ZBJ A; 1WDX A; 1GFD A; 1K1Z A; 1ZX6 A; 4RTY A; 4OMP A; 3RBB B; 4RTW A; 2HSP A; 3EG2 A; 1UG1 A; 2CSQ A; 1OPK A; 1OOT A; 1CKA A; 1KJW A; 3M0S A; 2D1X A; 3NPF A; 1UEC A; 1WX6 A; 2D8J A; 4FSS A; 5I22 A; 1AVZ C; 1OPL A; 1M27 C; 3M0Q A; 2YUO A; 2YUQ A; 1AWO A; 1E6G A; 1WIE A; 2M51 A; 1X69 A; 1UJ0 A; 4IIM A; 3VS7 A; 2CH4 W; 4K11 A; 2HBW A; 2AZS A; 2LJ3 A; 1ARK A; 1RLP C; 4CC4 B; 1QLY A; 4ZNX A; 2LCS A; 2EBP A; 2L3Q A; 1VYU A; 2BZY A; 2EGA A; 1I07 A; 1TUC A; 2NUZ A; 4Z88 A; 4RTU A; 1NEB A; 2CUB A; 5IHI A; 1NEG A; 4QT7 A; 1M3A A; 3PVQ A; 4J9D A; 2SRC A; 1W70 A; 2ABL A; 2DRK A; 1PNJ A; 3PE0 A; 4Z89 A; 2YDL A; 4LNP A; 1PHT A; 1MUZ A; 2D8H A; 2RMO A; 4F14 A; 2C0I A; 2G6F X; 2KT8 A; 2JT4 A; 1SPK A; 2JMA A; 2EGE A; 2V1R A; 4CC2 A; 1SEM A; 2F2X A; 2CT4 A; 1W1F A; 3ZL7 C; 2AK5 A; 1BK2 A; 2K3B A; 2O9S A; 1JO8 A; 2FEI A; 3EGU A; 2AKL A; 1SRL A; 3VRZ A; 4J9I A; 3H0H A; 3QWY A; 2DE0 X; 5GJW B; 3VS6 A; 1AWX A; 2YSQ A; 3REA B; 2DJQ A; 4Z8A A; 1WI7 A; 4OMM A; 1A0N B; 3UA7 A; 3REB B; 3M0P A; 4AFZ C; 1X27 A; 2J7I A; 3M0U A; 2D0N A; 4D8D A; 5IHN A; 3RNJ A; 5EC7 A; 1UGV A; 2AKK A; 3TSW A; 1M3C A; 2GTJ A; 2JS0 A; 1X6G A; 1AOJ A; 4HXJ A; 1BBZ A; 2DL7 A; 1KFZ A; 1CKB A; 2A36 A; 4AFQ C; 1T0H A; 4LE9 A; 1VYV A; 4AFS C; 3VS0 A; 1AZE A; 2A08 A; 4J9B A; 2LQN A; 3R6N A; 1PKS A; 3VS2 A; 2LQW A; 2LP5 A; 2EW3 A; 4ESR A; 5I11 A; 3VS3 A; 3QWX X; 1WXB A; 1VYT A; 3IQL A; 4LUD A; 1Z9Q A; 2OI3 A; 1UFF A; 4AG1 C; 4R0K A; 1X2Q A; 2LJ1 A; 1PRM C; 1E7O A; 1TUD A; 3EG1 A; 3JV3 A; 5ECA A; 2ED1 A; 4JJD A; 2V1Q A; 4HCK A; 1QCF A; 1CSK A; 1YNZ A; 2DLP A; 4RTV A; 2DL3 A; 1J3T A; 1WA7 A; 2JW4 A; 2MOX A; 2RQU A; 1LCK A; 2B86 A; 2W0Z A; 2YUP A; 2QDL A; 2CSI A; 4GLM A; 1S1N A; 1YWP A; 3EHQ A; 3EHR A; 2OAW A; 1K0X A; 1IO6 A; 3A98 A; 2MCN A; 5IH2 A; 2GBQ A; 2K9G A; 4DEX A; 1Y57 A; 5IXF A; 2IIM A; 1UJY A; 2O88 A; 2KXC A; 4J9H A; 1U06 A; 1BB9 A; 1Y0M A; 2FPE A; 3VS4 A; 1MV3 A; 4RTX A; 1BU1 A; 3H0I A; 4RUG A; 1U5S A; 5FWB A; 5L23 A; 3FJ5 A; 3C0C A; 2ECZ A; 1I0C A; 2H8H A; 2ROT A; 5IHK A; 1X43 A; 1I1J A; 2LJ0 A; 1YCS B; 3NGP A; 2AZV A; 2DYB A; 2VWF A; 3LH5 A; 3H0F A; 1ZUU A; 1T3S A; 2PNI A; 3SHW A; 3TVT A; 1NM7 A; 2RQV A; 1UTI A; 5GJV B; 4OMQ A; 3I5R A; 1SHF A; 2EVR A; 2KNB B; 3I9Q A; 1HJD A; 3SEM A; 1PWT A; 2L2P A; 1ZUK A; 1NLP C; 2BZ8 A; 1ABO A; 2FRW A; 1V1C A; 4J9C A; 2KRO A; 2JM9 A; 1GL5 A; 1Z9Z A; 2RPN A; 1UHF A; 1GFC A; 1GBQ A; 1ABQ A; 2J6F A; 2VVK A; 4A63 B; 2X3W D; 1H3H A; 4F17 A; 2EYZ A; 2F2W A; 1B3Q A; 2RQT A; 3VS5 A; 1NG2 A; 3ULR B; 4E6R A; 2DA9 A; 2J6O A; 1W6X A; 2KE9 A; 2GGR A; 1AWW A; 1QWE A; 1ZSG A; 3CQT A; 4AG2 C; 1GCQ A; 1M3B A; 2FPF A; 4AFU C; 4GBQ A; 1WFW A; 2O31 A; 2L0A A; 2HEQ A; 1ZLM A; 2CRE A; 1UDL A; 2KGT A; 1QWF A; 1TG0 A; 2VKN A; 1HD3 A; 4F16 A; 1NLO C; 1B07 A; 1GCP A; 1WXT A; 2CDT A; 1MV0 B; 1GCQ C; 1N5Z A; 1QKX A; 4OMN A; 2FRY A; 2KRN A; 2O2O A; 1AZG B; 2EYX A; 2ENM A; 4EIK A; 2GQI A; 2PZ1 A; 2CUD A; 2F2V A; 4IIO A; 1JU5 C; 1UE9 A; 3UAT A; 3VS1 A; 4OMO A; 4JZ4 A; 2CT3 A; 1RI9 A; 4LUE A; 1H8K A; 2RN8 A; 1G83 A; 2GNC A; 5IXB A; 2YT6 A; 1OEB A; 1EFN A; 2JXB A; 1M8M A; 4J9E A; 4JPB W; 4Y92 A; 1SHG A; 2PTK A; 1U3O A; 1UHC A; 2W10 A; 4HVV A; 4JJC A; 2KYB A; 2CH4 A; 2K2M A; 1PRL C; 2K7A A; 1UUE A; 1WLP B; 3NHN A; 4HVU A; 2XMF A; 1XOV A; 5FWC A; 5HCK A; 1JXO A; 2DBM A; 1T3L A; 4ORZ A; 2DMO A; 1HSQ A; 1E6H A; 2L3P A; 4HVW A; 2KRM A; 2KXD A; 2FG0 A; 2L3S A; 2RF0 A; 4RTT A; 3UA6 A; 2JTE A; 1ZUY A; 4RTZ A; 1YN8 A; 3I35 A; 3O5Z A; 4J9F A; 2M0Y A; 1WYX A; 3U23 A; 2GTO A; 2LZ6 B; 2FPD A; 2LX7 A; 2EKH A; 3GBQ A; 2EYY A; 4JJB A; 1PKT A; 3EG3 A; 1RLQ C; 1QKW A; 2RQW A; 2NWM A; 2KRS A; 1YP5 A; 2DL8 A; 2EYW A; 5FW9 A; 1NYF A; 2JM8 A; 1AWJ A; 2EQI A; 2A28 A; 4OML A; 2SEM A; 2KR3 A; 2K6D A; 2BTT A; 4WCI A; 1NYG A; 3H41 A; 2DIL A; 2P4R A; 4CC3 A; 1FYN A; 2HCK A; 1GBR A; 1YWO A; 3EG0 A; 2KYM A; 2LMJ A; 3M0T A; 4M4Z A; 2EGC A; 2BZX A; 1KIK A; 1VA7 A; 2FO0 A; 2I0N A; 1AEY A; 2DL4 A; 3TSZ A; 1G2B A; 2ESW A; 1X6B A; 1KSW A; 2ROL A; 2E5K A; 1OV3 A; 1SRM A; 4JZ3 A; 4KRT A; 2C0O A; 2EPD A; 2DNU A; 2X3X D; 2MIO A; 2A37 A; 1WXU A; 2DF6 A; 1K0S A; 3VRY A; 1T0J A; 2O9V A; 2KEA A; 3PVL A; 2J06 A; 1SSH A; 2J6K A; 2KT1 A; 4X1V A; 3M0R A; 2DX1 A; 3THK A; 3I5S A; 1K9A A; 2C0T A; 2RNA A; 1K4U S; 1AD5 A; 3UF4 A; 1M30 A; 2JS2 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1JXM A; 3JSC A; 3NMZ C; 4R55 A; 1GRI A; 2IG0 A; 1R0C B; 3ME9 A; 3TEE A; 2JVV A; 4IUU A; 4XTV A; 3OYI A; 3CCS T; 3CCJ T; 1RAI B; 1YJN A; 3S3M A; 1H92 A; 2YUN A; 3J81 E; 3S6W A; 2HKN A; 2DM1 A; 2E10 A; 2VUB A; 3FDR A; 3OSV A; 4BDZ A; 2P0Q A; 1OX8 A; 3CC2 A; 1ACM B; 2BKD N; 3V8L A; 1S72 Q; 5GAN j; 1F1B B; 2CSQ A; 2JTF A; 4M7D D; 5FU7 C; 3M0S A; 5KCO A; 4PJO C; 3GNF B; 4FSS A; 3EGD B; 3PNW C; 4L6V 5; 5GAM h; 2YUO A; 2YUQ A; 5CR2 A; 5KCH A; 1E6G A; 2QK0 A; 2DXU A; 4PJN A; 1OU8 A; 3VYG A; 4WF2 A; 1RAB B; 4IIM A; 3SB2 A; 3OB9 A; 2LJ3 A; 3H6Z A; 5LJ5 e; 1ARK A; 5FLX E; 1YI2 T; 2NUT A; 2JUF A; 4ZNX A; 4QW2 A; 2EBP A; 5CKE A; 5GAN f; 2OTJ T; 3JCM X; 4M77 F; 4LD6 A; 1M2V A; 4QT7 A; 4J83 A; 3PVQ A; 4EMK A; 3CCU A; 2SRC A; 2XDD A; 4EPC A; 4RKU E; 4XU3 A; 2XI9 A; 4NS5 A; 4LNP A; 3MP6 A; 2QTV A; 4KH0 B; 4ZGJ B; 3MEV A; 1M90 R; 2MF2 A; 2G6F X; 3JCM d; 1SPK A; 4ZGE B; 4J6X A; 2EGE A; 3MEU A; 2V1R A; 1SEM A; 2V8I A; 2OAU A; 1EIF A; 3GNG A; 2K3B A; 4QQG A; 1N8R U; 4DQ2 A; 1JO8 A; 4XAX B; 5GAM f; 5A0D A; 1SRL A; 2VXF A; 2DO3 A; 3H0H A; 4RG2 A; 4M7D C; 5LJ5 j; 2DE0 X; 1H64 1; 3QHS A; 5CAI A; 2EKO A; 4C0D B; 4Z8A A; 2K4Y A; 4OMM A; 4IKF A; 1YFN A; 3REB B; 2OTL T; 2J7I A; 3M57 A; 1JJ2 P; 4C0G A; 2DXT A; 4BDY A; 3HSB A; 4XTX A; 1VQP Q; 3E19 A; 3RKY A; 2X35 A; 4ZGD B; 1UGV A; 2GTJ A; 4PL6 A; 3JCM h; 3CC4 Q; 1VQN T; 1BBZ A; 3DLM A; 2DIG A; 2F1L A; 2MK5 A; 4PJO D; 4LDX A; 1BI0 A; 1VYV A; 2KQW A; 2RJD A; 1WHG A; 4AFS C; 1YI2 A; 1IXD A; 2A08 A; 3BW1 A; 1PKS A; 3JB9 F; 1KHC A; 2LDM A; 2EW3 A; 4BI8 B; 1WJQ A; 1WXB A; 3ZFJ A; 1MGQ A; 1VYT A; 3CCV Q; 2QA4 Q; 3SFM A; 3QYG B; 1R0B G; 4M75 G; 4M77 B; 1PSF A; 3D7S B; 1PRM C; 2B8A A; 2OX7 A; 2K2V A; 3CCU Q; 5GAM d; 3OS5 A; 2ED1 A; 3M55 A; 3M58 A; 4HCK A; 1U8R A; 3OS0 A; 1J3T A; 2JW4 A; 4MZM A; 5GAN e; 4NL3 A; 2YLC A; 1VQK A; 2EJG A; 1LVK A; 2W0Z A; 3EHR A; 1M1K U; 1FMW A; 1K8A R; 2QQR A; 1Y57 A; 1UJY A; 3JB9 G; 4J9H A; 1SKU B; 2GQV A; 2FPE A; 3ZBD A; 3VS4 A; 4A54 A; 4OF1 A; 1YIT Q; 1OZ2 A; 1BU1 A; 1ZQ1 A; 2FZG B; 3JCM P; 2RB6 A; 4C5E A; 4XTW A; 3FJ5 A; 2MYS A; 3BDL A; 2ECZ A; 2H8H A; 3CCV A; 2ROT A; 4BB7 A; 3A8L B; 1X43 A; 1I1J A; 4PFZ A; 1VQO Q; 5LJ3 j; 2AZV A; 2IVW A; 1WJS A; 1BKB A; 3OW2 S; 4PNO A; 3LH5 A; 3P8H A; 1K8A C; 1ZUU A; 1AHJ B; 8AT1 B; 1N9S A; 3TVT A; 1PC0 A; 1Q86 C; 2MWO A; 2RQV A; 2OTJ A; 4M78 A; 4F7U G; 1VQM T; 7AT1 B; 2EVR A; 3I9Q A; 1PWT A; 4HKE A; 4DBR A; 3FC3 A; 1ZUK A; 3CPW P; 2PU9 B; 4M75 E; 3MP8 A; 1S72 A; 1B34 B; 1Z9Z A; 3EH1 A; 4C8Q E; 3J7A F; 1WHH A; 1UHF A; 4A4G A; 3PIP A; 1GBQ A; 5I2S A; 2J6F A; 2VVK A; 2X3W D; 1H3H A; 4EMH A; 2RQT A; 4C5H A; 2DFU A; 2M0O A; 2HD0 A; 1M5Q 1; 5LJ3 f; 1NE8 A; 1AWW A; 1BI2 A; 1NBE B; 3VYH B; 2QGF B; 1GCQ A; 4C92 D; 2M1H A; 2O31 A; 3CBM A; 1ZLM A; 2WSC E; 2JN0 A; 1NLO C; 1D3B A; 1ZA1 B; 3NTK A; 1VQ8 A; 2M16 A; 1GCP A; 1WXT A; 4FW1 A; 3G6E A; 3G4S T; 3LWH A; 3V7R A; 1HXD A; 2KRN A; 3EGX A; 2EYX A; 4M78 E; 2QA4 T; 3I55 T; 3VS1 A; 3RKW A; 4JZ4 A; 4PFP A; 4LUE A; 3QZ9 B; 5KYX A; 2VYT A; 3KBG A; 1G83 A; 2QEX Q; 1U1T A; 5LL6 S; 1OEB A; 4JRP A; 2PTK A; 3OYE A; 4LDY A; 4E7I A; 2KYB A; 2CH4 A; 2K2M A; 1PRL C; 3QG1 A; 4OVA A; 5GMK m; 3G4S Q; 1WLP B; 4HVU A; 5FWC A; 8ATC B; 1RAE B; 1QQJ A; 5LJ3 g; 1QVG A; 4EMK B; 2DMO A; 3UWN A; 1VQ6 T; 2L3P A; 2RF0 A; 5HK3 A; 5LJ3 d; 3I35 A; 3O5Z A; 4J9F A; 2DKG A; 1D3B B; 3N5B B; 5IN1 A; 1PM3 A; 1XNI A; 2XID A; 2EKH A; 3GBQ A; 2QEX T; 2EYY A; 4M77 A; 3CC4 T; 1NJI U; 4BE2 A; 2FHD A; 1QKW A; 1VQK T; 4DA4 A; 3EFS A; 2KRS A; 3EAE A; 3OYD A; 4E7J A; 2ZZD A; 3CME A; 2FYK A; 3PIO A; 4MDW A; 1NYF A; 1LPL A; 3CC4 A; 1AWJ A; 1UGQ B; 2A28 A; 1PD0 A; 3RKX A; 1NYG A; 3PFS A; 3QBY A; 4FT2 A; 2HCK A; 2COY A; 5LJ5 h; 4M4Z A; 1KIK A; 4N0A A; 3CMA A; 4JLI A; 2WAC A; 3CME T; 1X6B A; 2ESW A; 4XTZ A; 4IUR A; 4M7D F; 1K73 U; 3ER0 A; 2C0O A; 2K5F A; 2K5L A; 3VUZ A; 4O5V A; 2A37 A; 5D6Y A; 3X24 B; 1WXU A; 2DF6 A; 4C8Q D; 4F04 B; 1K0S A; 1T0J A; 1I4K 1; 2RHY A; 2KEA A; 3DB4 A; 1GXI E; 3HHT B; 3A8H B; 1BI3 A; 4BY6 C; 1SSH A; 2MPX C; 3A1P A; 4X1V A; 2Z0W A; 2H3J A; 4M75 D; 3I5S A; 2D9T A; 1ZHI A; 2C0T A; 4IUP A; 4J6W A; 3QJ6 A; 1K4U S; 1AD5 A; 2RO0 A; 2QEX A; 2K79 A; 1DJ7 B; 1MMN A; 4J9G A; 4O6J A; 4J8O A; 2DVJ A; 4CC7 A; 2RQR A; 1NJI R; 2DIQ A; 4HA8 A; 3CEY A; 1Q82 U; 4M77 C; 1YHQ A; 2OJ2 A; 4LN2 A; 4M78 D; 4Z02 A; 3L2R A; 1R77 A; 2E4H A; 3VV0 A; 3JCM e; 2GCX A; 1X2K A; 2R5A A; 1Q81 C; 1WDX A; 4Q5W A; 3G7Z A; 2F5K A; 2O4X A; 1Q7Y C; 1PSE A; 3TU4 K; 4RTY A; 2RI3 A; 3A8G B; 1JRI A; 4TVR A; 2MWP A; 1ZBX A; 4PJM A; 2HSP A; 4OMF B; 1YJ9 T; 3R6O A; 1CKA A; 3NTI A; 1KD1 U; 2HQE A; 3NPF A; 1OI1 A; 3RR6 A; 1EZZ B; 1WX6 A; 1LOJ A; 2L8D A; 1AVZ C; 2K5I A; 1AWO A; 5GAO n; 5LJ5 d; 4HCC A; 2XKO C; 4M7A B; 4JDS A; 2NUP A; 1WIE A; 3JCM g; 2M51 A; 3M53 A; 1UJ0 A; 3CC7 A; 3VS7 A; 4K11 A; 2HBW A; 1SF9 A; 3LYI A; 3PT9 A; 1RLP C; 3OMC A; 5CK9 A; 3QZ5 B; 1ZSZ B; 5KE2 A; 4Z88 A; 4RTU A; 2CUB A; 5IHI A; 1NEG A; 1M3A A; 2XG8 D; 1SG5 A; 4J9D A; 1TOV A; 1W70 A; 3I56 A; 3DLL A; 1VQ4 A; 4KGZ B; 3MO8 A; 4Z89 A; 2YDL A; 4KBM B; 4XQ3 A; 3O8V A; 2FB7 A; 1PHT A; 2D8H A; 3CCV T; 2RMO A; 4OGE A; 2FZC B; 3RIR A; 2K3X A; 4OB1 B; 3CCJ Q; 4QVZ A; 5GAN 2; 2F2X A; 2CT4 A; 2P4T A; 3SWN B; 2AK5 A; 5DY9 A; 1RAA B; 2FEI A; 1TS9 A; 4J9I A; 4B9W A; 3M9Q A; 5GJW B; 4OGC A; 1VUB A; 2YSQ A; 2C06 A; 3TCJ A; 4NL2 A; 1BYM A; 4ZTF A; 3JCM c; 3CCE Q; 2EYQ A; 1QP2 A; 3EFO B; 1I5O B; 1VOM A; 3CCR T; 2A7Y A; 2ZPH B; 1G3W A; 3HTR A; 3M0U A; 5GAN 3; 3QSU A; 4M7D G; 2PVD B; 1BCO A; 3FLG A; 5EC7 A; 2AKK A; 2RM4 A; 2JS0 A; 1BIB A; 4N4H A; 2QAZ A; 1YIT A; 3HFN A; 1D1B A; 4GY5 A; 1AOJ A; 1AT1 B; 2DL7 A; 5GMK h; 4XTY A; 4M78 B; 1KFZ A; 4FT4 A; 3GP8 A; 3L2V A; 4ATO A; 2QYZ A; 2CZ7 B; 4X9D A; 3URG A; 4J9B A; 3I56 T; 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