The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
11
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sequence length |
55
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structure length |
55
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Chain Sequence |
b'ELVLALYDYQEKSPREVTMKKGDILTLLNSTNKDWWKVEVNDRQGFVPAAYVKKL'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
Spectrin alpha chain, brain
|
| publication title |
Crystal Structure of the alpha spectrin SH3 domain at pH 9
rcsb |
| source organism |
Gallus gallus
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| molecule tags |
Structural protein
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| total genus |
11
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| structure length |
55
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| sequence length |
55
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-05-06 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00018 | SH3_1 | SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1E6H A; 2F2V A; 1K1Z A; 3I35 A; 2KEA A; 1YWP A; 3REA B; 1TUC A; 1V1C A; 1T0H A; 4J9B A; 2EKH A; 4KRT A; 4RTZ A; 1UTI A; 1UUE A; 4JPB W; 1E7O A; 4R0K A; 4RTV A; 2HEQ A; 2YT6 A; 2LJ3 A; 4F17 A; 2PTK A; 2GGR A; 2L3Q A; 1PNJ A; 2AKL A; 3NGP A; 2JXB A; 2KRM A; 1WXB A; 1AZG B; 1H3H A; 1SRL A; 1U5S A; 1QLY A; 1SEM A; 3FJ5 A; 3VS3 A; 3SEM A; 2EYX A; 4X1V A; 4Y92 A; 1KFZ A; 1NG2 A; 3VS7 A; 2L3P A; 4RTT A; 3VS5 A; 4FSS A; 2DVJ A; 2CSQ A; 5HCK A; 1ZSG A; 2RQW A; 4Z89 A; 2JTE A; 2ED1 A; 3JV3 A; 5FWB A; 1QKX A; 1X69 A; 3QWY A; 2MCN A; 2NWM A; 1WDX A; 2I0N A; 1AD5 A; 2EYY A; 2D1X A; 2LMJ A; 1RUW A; 3NPF A; 1UJ0 A; 2O88 A; 5IHN A; 1ZUY A; 5IXB A; 2GQI A; 2X3X D; 4JJD A; 4EIK A; 1AWJ A; 1MV0 B; 5IXF A; 2VWF A; 4ZNX A; 4DEY A; 1JQQ A; 4RTU A; 1W70 A; 2JMC A; 2DLP A; 4HCK A; 1GCP A; 1ARK A; 3H0H A; 1SHF A; 2DRK A; 2JM9 A; 4RTX A; 2C0O A; 1UJY A; 4RTW A; 2DL4 A; 3KFV A; 2FRW A; 4HVW A; 4AFZ C; 1AWO A; 4AFQ C; 1PHT A; 1GRI A; 2M0Y A; 2D8H A; 4Z8A A; 1EFN A; 4LE9 A; 1CKA A; 1UEC A; 1X6G A; 2XMF A; 2KYM A; 2A36 A; 2AZS A; 4RUG A; 2GTJ A; 1X6B A; 1ABO A; 2LP5 A; 2KT1 A; 1ZBJ A; 1KIK A; 1M8M A; 1OEB A; 2EYW A; 2FPE A; 1VYV A; 2EGC A; 3ZL7 C; 1NM7 A; 1SRM A; 3LH5 A; 3C0C A; 2EGE A; 4ESR A; 1BB9 A; 3VRY A; 4OMM A; 2AKK A; 3EG1 A; 2CUD A; 1HJD A; 1WXT A; 4OML A; 1AVZ C; 3M0P A; 3RBB B; 1KJW A; 3H0F A; 4RTY A; 3NHN A; 2J6K A; 1UGV A; 1WA7 A; 4Z88 A; 2D8J A; 2L0A A; 1GFD A; 3H41 A; 2K6D A; 1WXU A; 2EW3 A; 2CRE A; 2EQI A; 2DA9 A; 3NMZ C; 2KE9 A; 4GBQ A; 4HVV A; 4A63 B; 2KRO A; 1K0X A; 2CT3 A; 2J6F A; 1PKT A; 3EHQ A; 1QCF A; 1G2B A; 1M3C A; 1G83 A; 2SRC A; 2G6F X; 1K76 A; 2RPN A; 2KRN A; 1K9A A; 1PRL C; 4OMN A; 5I11 A; 2DL7 A; 2J6O A; 4K11 A; 1LCK A; 1BBZ A; 1WI7 A; 1VA7 A; 2HSP A; 4IIO A; 1NLP C; 4F16 A; 1U06 A; 2BZ8 A; 2JT4 A; 4D8K A; 3SHW A; 2K2M A; 1SSH A; 2PZ1 A; 3PVL A; 2VKN A; 2JW4 A; 1KSW A; 1AZE A; 2IIM A; 2ESW A; 1X27 A; 2FPF A; 3QWX X; 1ZX6 A; 3M0U A; 1FYN A; 2RN8 A; 2GBQ A; 3EHR A; 2VVK A; 1WIE A; 2RQR A; 1RI9 A; 1YCS B; 2PNI A; 3EG2 A; 2YSQ A; 1NEB A; 3VS2 A; 2C0T A; 1S1N A; 1WYX A; 1MV3 A; 2B86 A; 3UA7 A; 2OJ2 A; 1HD3 A; 1QWE A; 4JZ3 A; 2BZX A; 3H0I A; 4J9F A; 1B07 A; 2YDL A; 1CSK A; 2YUN A; 2SEM A; 1E6G A; 1WLP B; 2JM8 A; 1T3L A; 1RLQ C; 1OOT A; 1RLP C; 3VS0 A; 3GBQ A; 4J9C A; 1XOV A; 3M0R A; 2DX1 A; 4ORZ A; 3A98 A; 3RNJ A; 4LN2 A; 1FMK A; 2FEI A; 2GNC A; 2LQN A; 3ULR B; 2LJ0 A; 1H92 A; 2FO0 A; 2K7A A; 2O31 A; 2RF0 A; 1VYU A; 1HSQ A; 1M27 C; 2KT8 A; 4J9D A; 4QT7 A; 4AFS C; 2DL3 A; 2YUQ A; 2DF6 A; 3REB B; 3TSZ A; 1ABQ A; 2H8H A; 1AWW A; 2CSI A; 3UA6 A; 2L3S A; 2ECZ A; 1JU5 C; 2ABL A; 2O9S A; 1CKB A; 2RQV A; 2O9V A; 2EYZ A; 1NYF A; 3I5S A; 1SPK A; 2ENM A; 2BZY A; 2CT4 A; 2DBM A; 2CH4 A; 1GBR A; 1JXO A; 1UG1 A; 3M0Q A; 3EGU A; 2GTO A; 2DL5 A; 1GCQ A; 2QDL A; 2MIO A; 2HBW A; 1ZLM A; 1M3B A; 2DBK A; 1OV3 A; 1X2K A; 2RNA A; 2OAW A; 1BU1 A; 1IO6 A; 1UHC A; 2DL8 A; 1AOJ A; 2CH4 W; 1QWF A; 3O5Z A; 4CC7 A; 3U23 A; 2F2X A; 1ZUU A; 2EPD A; 1GL5 A; 4DEX A; 2JMA A; 2FRY A; 2YUO A; 4OMP A; 4HVU A; 5IHK A; 2MOX A; 2HDA A; 2DNU A; 4WCI A; 2X3W D; 2K79 A; 2LZ6 B; 4AG2 C; 1UDL A; 1NLO C; 1K4U S; 2F2W A; 1YNZ A; 1A0N B; 2W10 A; 1OPK A; 1UE9 A; 1W6X A; 2FPD A; 2LJ1 A; 2EVR A; 5ECA A; 1X43 A; 4JZ4 A; 2J06 A; 1SHG A; 2KRS A; 2CDT A; 4AG1 C; 4J9G A; 5IH2 A; 2KYB A; 3IQL A; 3THK A; 2LX7 A; 2A28 A; 5IHI A; 3UAT A; 2DRM A; 2E5K A; 2JS2 A; 4CC3 A; 1Y0M A; 4D8D A; 4GLM A; 1B3Q A; 4AFU C; 2AZV A; 2RQT A; 1GFC A; 2KNB B; 3TVT A; 5L23 A; 4LNP A; 1AWX A; 1MUZ A; 5I22 A; 2M51 A; 1TUD A; 1M3A A; 2LQW A; 1N5Z A; 2C0I A; 1K0S A; 1PRM C; 4F14 A; 2JS0 A; 2EBP A; 2RMO A; 2AK5 A; 1NYG A; 2P4R A; 3TSW A; 1PKS A; 4JJC A; 2FG0 A; 1YP5 A; 4E6R A; 2YUP A; 2J7I A; 5GJW B; 4IIM A; 4J9I A; 4OMQ A; 2KXD A; 4OMO A; 1YN8 A; 3VRZ A; 1UHF A; 1GBQ A; 2V1R A; 2RQU A; 2ED0 A; 3PE0 A; 5GJV B; 2K9G A; 1T3S A; 2D0N A; 1U3O A; 2OI3 A; 1JXM A; 2DMO A; 1T0J A; 2KBT A; 2DM1 A; 1QKW A; 3I9Q A; 4CC4 B; 4JJB A; 1OPL A; 2DE0 X; 1TG0 A; 2V1Q A; 2DIL A; 4HXJ A; 3I5R A; 3VS4 A; 1UFF A; 1NEG A; 4M4Z A; 5EC7 A; 5FW9 A; 3R6N A; 2KGT A; 3UF4 A; 1AEY A; 2L2P A; 1W1F A; 1WFW A; 2O2O A; 4LUD A; 1VYT A; 3VS1 A; 1I07 A; 1WX6 A; 1Z9Z A; 1ZUK A; 3EG3 A; 2ROT A; 3VS6 A; 3EG0 A; 4CC2 A; 1I1J A; 3CQT A; 2DYB A; 2ROL A; 2NUZ A; 1Y57 A; 4J9E A; 2LCS A; 1BK2 A; 2DJQ A; 1GCQ C; 1JO8 A; 2HCK A; 1J3T A; 3PVQ A; 1X2Q A; 1H8K A; 4LUE A; 1I0C A; 2W0Z A; 3M0T A; 2KXC A; 2BTT A; 2LNH B; 1PWT A; 1YWO A; 2EGA A; 2J05 A; 2CUB A; 1M30 A; 5FWC A; 1JEG A; 2A08 A; 2KR3 A; 2A37 A; 3M0S A; 1Z9Q A; 2K3B A; 4J9H A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2KEA A; 1YWP A; 1OUL A; 1WJS A; 1V29 B; 2EKH A; 2JNG A; 4JPB W; 2CP3 A; 1M1K C; 2YT6 A; 3SWN B; 3QDR B; 2X4Y A; 1D3B B; 2LJ3 A; 1WJQ A; 2L3Q A; 4O6J A; 1AZG B; 1DJ7 B; 3QUI A; 3OS5 A; 3M55 A; 2E3I A; 1KFZ A; 5LJ5 j; 1Y96 A; 3SD4 A; 4M77 D; 1VIF A; 2RQW A; 3QO3 A; 4JLI A; 2JTE A; 4Z89 A; 1M1K U; 2O4X A; 5FWB A; 2RI2 A; 3QWY A; 3V7C A; 5HKC A; 2NWM A; 1FX7 A; 2ZCF B; 4E7J A; 1AD5 A; 1M5Q 1; 2EYY A; 4A54 A; 4ZGE B; 3PIP A; 3LWI A; 3NPF A; 4N4H A; 2EYQ A; 1KD1 R; 2CP6 A; 2DK3 A; 2HNI A; 2CZ1 B; 3JCM b; 2OTJ A; 2X3X D; 4EIK A; 4R55 A; 4ZNX A; 1JQQ A; 1W70 A; 4PJO C; 3VV0 A; 4M77 G; 1LPL A; 1SHF A; 2V8I A; 2C0O A; 1YCY A; 4IUR A; 1UJY A; 3JB9 F; 3A8O B; 2L8D A; 5CQX A; 2X35 A; 2ZAE A; 4M78 A; 4HVW A; 1YI2 Q; 4AFQ C; 4E7I A; 5L8R E; 1VQM A; 5KYX B; 2DZ9 A; 3FC3 A; 1CKA A; 1UEC A; 1X6G A; 3V8K A; 2A36 A; 2VXF A; 1M2O A; 1ABO A; 5GMK i; 1ZBJ A; 1KIK A; 5J39 A; 2R57 A; 1VYV A; 3EG9 B; 1NM7 A; 3PFS A; 5GAN h; 5GAM h; 4BE0 A; 2EGE A; 4ESR A; 3VRY A; 1U8R A; 4DQ2 A; 1PM3 A; 2HQH A; 4NL2 A; 1XTD A; 2A0F B; 1WXT A; 1VQ6 T; 2YRV A; 4P5N A; 3CC2 A; 3LWH A; 2JTM A; 1UGP B; 2DKG A; 2J6K A; 1WJR A; 4Z88 A; 1D1A A; 1GFD A; 3RMS A; 2CRE A; 4C0Z A; 1Q81 R; 3WVD B; 4B9W A; 2ZPI B; 2X4W A; 1KQS A; 2KRO A; 4M78 D; 2RJD A; 2CT3 A; 1Q7Y C; 1WQ7 A; 1HYO A; 1QCF A; 2QQ9 A; 1M3C A; 2FB7 A; 4M75 B; 4IUT A; 2BE7 D; 2XID A; 1YHQ Q; 2VB6 A; 5CIU A; 1ZBX A; 1WI7 A; 4IIO A; 1Q7Y U; 1NLP C; 1OZ2 A; 1YIT T; 1K9M C; 1R8O B; 4IUV A; 2EQU A; 4D8K A; 1SSH A; 1KG1 A; 3EFO A; 1KSW A; 1QQJ A; 5GAO r; 2IIM A; 4OGC A; 4F7U A; 3CCM T; 3QYH B; 2FHD A; 3AHU A; 1K9M U; 2GBQ A; 2RQR A; 3JRZ A; 1H3Z A; 1RI9 A; 3QHS A; 1RI0 A; 5C0M A; 4DOW A; 3M59 A; 4A4K A; 4CI0 C; 5I2S A; 5HK0 A; 1Q82 R; 2B86 A; 4HA8 A; 4EMK B; 4HKE A; 5CKB A; 4PLI A; 3G71 T; 1IGU A; 3H0I A; 3CC4 Q; 4M7A G; 3INZ A; 2KDS A; 1TWB A; 2SEM A; 1E6G A; 1VQP Q; 2CGH A; 1VQ8 Q; 2JM8 A; 5M9O A; 1VQO T; 4BE2 A; 1OOT A; 3CD6 Q; 4J9C A; 1YJ9 A; 4KGV B; 3CPW P; 5CKH A; 5GAO n; 4LN2 A; 5D7U A; 2FEI A; 2RO0 A; 3PT9 A; 1N27 A; 1VQ4 Q; 1YJW Q; 2LJ0 A; 3CCR Q; 4OGE A; 2FO0 A; 1Q86 R; 2RF0 A; 1VYU A; 4X34 A; 4F04 B; 3JCM d; 4M77 C; 4J9D A; 1M8V A; 4QT7 A; 2DL3 A; 3H6Z A; 2DF6 A; 2COY A; 2M16 A; 3CCE A; 3N5B B; 4TVR A; 3ER0 A; 1AWW A; 1BCM A; 4BI8 B; 1NYF A; 1VQN T; 1SPK A; 3EGD B; 3L2Q A; 2ENM A; 3P8D A; 1S72 Q; 5KYW A; 2BKD N; 2DBM A; 3CCU T; 5KYY B; 3M0Q A; 5DLO A; 3EGU A; 2GTO A; 2LC4 A; 2F5T X; 1VQK T; 1MND A; 1RL2 A; 1X2K A; 5KYN A; 4MML A; 3BY7 A; 5LJ5 d; 1IO6 A; 4JRQ A; 1O75 A; 5J26 A; 3A8L B; 2CH4 W; 2RK1 A; 3CCJ Q; 1M1G A; 1NPP A; 4DOV A; 1ZUU A; 2EPD A; 3DB3 A; 2CZ0 B; 2JMA A; 4HVU A; 4DBQ A; 2FZC B; 4JRI A; 2MOX A; 3JCM e; 4KH0 B; 2K79 A; 2YHT A; 3SDZ A; 4AG2 C; 3RMQ A; 1NLO C; 1K4U S; 2JZ2 A; 2NLU A; 2W10 A; 1W6X A; 3LGL A; 5FU6 B; 2EVR A; 3OS2 A; 5ECA A; 2J06 A; 1SHG A; 1TSF A; 2QDY B; 2DD5 A; 2KYB A; 1M1F A; 1BI0 A; 2CZ6 B; 2DRM A; 3L42 A; 4C8Q A; 3EGX A; 5GAN g; 1TH7 A; 1RAG B; 1GFC A; 4XU3 A; 4LNP A; 4C5H A; 1AWX A; 4GLK A; 1BCO A; 3MEU A; 4IKF A; 5LJ5 e; 2RHX A; 1OX8 A; 2EAY A; 5I2M A; 3V8L A; 4F14 A; 5FLX E; 3MHX A; 1MMG A; 1KD1 C; 2FZK B; 4M78 C; 1YI2 A; 3MEV A; 3CC7 Q; 4HCZ A; 4MZM A; 2MMP A; 3PE0 A; 1Y96 B; 1EZZ B; 1T3S A; 2D0N A; 2E65 A; 1SF9 A; 2DMO A; 2KBT A; 2NUT A; 1QKW A; 3I9Q A; 1KD1 U; 8ATC B; 4CC4 B; 4JJB A; 2RD1 A; 4X9D A; 2DE0 X; 2DIL A; 1VQM Q; 3VS4 A; 1MNE A; 4M4Z A; 3R6N A; 2E6N A; 3UF4 A; 2DD4 A; 1VQ9 Q; 3I56 Q; 3M53 A; 1ZUK A; 1Z9Z A; 5DY9 A; 2LQK A; 2P0K A; 2ROT A; 2JN0 A; 4OB3 B; 4GY5 A; 3JB9 D; 4JS5 A; 5FRM A; 3JCM J; 2CYZ B; 3NFC A; 3A5Z B; 3JB9 J; 2OTL Q; 5HK3 A; 4YTL A; 5KYU A; 3MPU B; 1X75 C; 1TXQ A; 2DPP B; 3P8H A; 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1AHJ B; 1G3S A; 3BDU A; 2DL4 A; 2NUP A; 1R0C B; 1VQ4 A; 1YJW A; 3C4S A; 2FRW A; 1PHT A; 1GRI A; 1Y07 A; 4LE9 A; 1AT1 B; 5C6S A; 2VUB A; 1WZO A; 4UC4 A; 1Q82 U; 2LP5 A; 4KUL A; 1M8M A; 1SKU B; 5GAN 8; 3VYH B; 4LDX A; 4J6W A; 3LH5 A; 3C0C A; 3VJP A; 1RAE B; 1Q86 C; 3A8G B; 2AKK A; 1S72 A; 2K3Y A; 3MP8 A; 4M77 A; 3H8Z A; 1ZSZ A; 1HJD A; 2MK5 A; 1EIF A; 1QVG A; 3M0P A; 3M57 A; 2LT1 A; 2QGG A; 3G6E T; 3EH2 A; 3SWN C; 2RM4 A; 3TU4 K; 1KQ1 A; 3OYH A; 4DBR A; 5GAN f; 1VQ6 Q; 1Q86 U; 4M7D E; 4C0D B; 3CCJ A; 5CKF A; 1G5V A; 2K6D A; 4C92 B; 4C92 F; 2DA9 A; 4FT4 A; 2KE9 A; 2YRD A; 4GBQ A; 2LX9 A; 4HVV A; 3M5A A; 4A63 B; 2R5M A; 3BW1 A; 1K0X A; 4X9C A; 2J6F A; 2DTI A; 3EHQ A; 5LJ3 h; 3A8H B; 3CXC S; 2SRC A; 4A4G A; 2G6F X; 2VV5 A; 1PRL C; 5I11 A; 3M56 A; 4XTV A; 3LLR A; 5CR2 A; 2XHC A; 2DL7 A; 4OB0 B; 1BBZ A; 2R58 A; 2QK0 A; 1VA7 A; 2HSP A; 4KBM B; 2WSC E; 2P4T A; 4C8Q C; 2HL5 C; 4Z02 A; 3QZ5 B; 2PVD B; 2AIR B; 3FJP A; 3VUZ A; 5CKD A; 2K2M A; 1M90 R; 2PZ1 A; 2VKN A; 1YIT Q; 3OYY A; 5IT9 E; 1YIJ A; 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