The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
11
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sequence length |
55
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structure length |
55
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Chain Sequence |
ELVLALYDYQEKSPREVTMKKGDILTLLNSTNKDWWKVEVNDRQGFVPAAYVKKL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
Spectrin alpha chain, brain
|
| publication title |
Crystal Structure of the alpha spectrin SH3 domain at pH 9
rcsb |
| source organism |
Gallus gallus
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| molecule tags |
Structural protein
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| total genus |
11
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| structure length |
55
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| sequence length |
55
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-05-06 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00018 | SH3_1 | SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1NYG A; 4D8K A; 4EIK A; 1MUZ A; 2LP5 A; 2XMF A; 3C0C A; 2RPN A; 2DA9 A; 2KXC A; 1SHG A; 3IQL A; 2NWM A; 3PE0 A; 4J9H A; 2YUP A; 2JM8 A; 2VWF A; 1J3T A; 1YWP A; 2L0A A; 1M3C A; 3I5S A; 2YSQ A; 2K3B A; 4LUE A; 1U3O A; 1EFN A; 2YT6 A; 3H41 A; 1WXT A; 4RTX A; 2JS2 A; 1H3H A; 2AKL A; 2JMA A; 2OI3 A; 1AZE A; 2KEA A; 2DRM A; 2RQV A; 2EQI A; 2QDL A; 2CRE A; 1VYV A; 3TSW A; 1LCK A; 2KT8 A; 2LNH B; 4J9E A; 3PVL A; 2EYZ A; 2RQW A; 1M3A A; 2O31 A; 2YUN A; 1PHT A; 1GCQ C; 1K1Z A; 2FO0 A; 2PTK A; 3NPF A; 3RNJ A; 2LJ0 A; 1K9A A; 3H0I A; 4JJB A; 2OJ2 A; 4R0K A; 2JT4 A; 2F2W A; 2JMC A; 2RF0 A; 3M0S A; 1UE9 A; 1GL5 A; 1E6G A; 2C0O A; 3I35 A; 2DX1 A; 1WFW A; 4LNP A; 1YCS B; 3I9Q A; 2EYW A; 1RLP C; 4J9D A; 3EG3 A; 5IHI A; 1GFD A; 1T3S A; 4ZNX A; 1X69 A; 1K0X A; 1ZUK A; 2KRN A; 1G83 A; 1W6X A; 2DMO A; 4IIO A; 2E5K A; 3FJ5 A; 1E7O A; 1UHC A; 2F2X A; 2GNC A; 2KRO A; 2W10 A; 2AZV A; 4FSS A; 1AEY A; 5IH2 A; 2ENM A; 1U5S A; 1AWJ A; 2K7A A; 2KNB B; 1SPK A; 4LUD A; 1BB9 A; 1N5Z A; 2A08 A; 1UJ0 A; 3VS7 A; 1UDL A; 3NHN A; 1VYT A; 2CSI A; 4J9I A; 2JM9 A; 5FW9 A; 5GJV B; 1KJW A; 4RTT A; 1SRL A; 1WDX A; 4KRT A; 2DL7 A; 2DE0 X; 2DJQ A; 4F16 A; 2NUZ A; 4HVV A; 2L3P A; 1WYX A; 2C0T A; 1CKA A; 2K6D A; 1NEG A; 1FYN A; 1W70 A; 1GFC A; 2DL8 A; 2FRW A; 4AFU C; 4Z88 A; 1T3L A; 5HCK A; 3U23 A; 1M27 C; 3UA6 A; 1WLP B; 4RUG A; 2D0N A; 1GBR A; 2DF6 A; 2RQU A; 5ECA A; 4AFQ C; 2KYB A; 3EHR A; 2ESW A; 2K79 A; 3VS3 A; 1I1J A; 1UJY A; 2YUO A; 3EG0 A; 2SRC A; 2I0N A; 2HEQ A; 1PKT A; 2DBK A; 1UUE A; 2AK5 A; 1X6G A; 3NMZ C; 4Z89 A; 4J9B A; 1BU1 A; 2JTE A; 4HVU A; 2CSQ A; 4DEY A; 3I5R A; 2PNI A; 1UFF A; 1AZG B; 1UGV A; 1OEB A; 2FPE A; 1HD3 A; 3VS6 A; 3EHQ A; 3M0P A; 1IO6 A; 1ZUY A; 2FG0 A; 5IXB A; 2O9S A; 4F17 A; 2ECZ A; 2OAW A; 4QT7 A; 2LMJ A; 3TVT A; 3VS4 A; 3NGP A; 2K2M A; 1GCP A; 3H0H A; 1NG2 A; 2DL5 A; 4HCK A; 2KRS A; 2IIM A; 1ABQ A; 2MCN A; 1B3Q A; 2LJ1 A; 1BBZ A; 3M0Q A; 1QLY A; 1K4U S; 4ORZ A; 2BTT A; 3GBQ A; 2DRK A; 1YNZ A; 4CC7 A; 1PKS A; 1G2B A; 2ED1 A; 4RTZ A; 1PRM C; 2RQR A; 3REA B; 1X6B A; 3RBB B; 1JQQ A; 2AZS A; 2DIL A; 2EGE A; 5FWC A; 2SEM A; 2VKN A; 1SRM A; 4K11 A; 1UG1 A; 2YDL A; 1WA7 A; 2EYX A; 3SEM A; 3M0U A; 2LJ3 A; 2YUQ A; 3ULR B; 2LX7 A; 5IXF A; 2EYY A; 1NYF A; 4CC3 A; 1YN8 A; 2GQI A; 1WX6 A; 4OMN A; 2J06 A; 2ED0 A; 3QWX X; 1X43 A; 1S1N A; 1GRI A; 4JJC A; 1Y0M A; 2GBQ A; 2CT4 A; 4CC4 B; 2X3X D; 2L3Q A; 4JJD A; 4HXJ A; 1V1C A; 2HCK A; 2ROL A; 2X3W D; 2D1X A; 5FWB A; 2KRM A; 2HSP A; 1WI7 A; 2DM1 A; 1T0J A; 2PZ1 A; 2CUD A; 2RNA A; 1A0N B; 2W0Z A; 3EG2 A; 1YP5 A; 1TG0 A; 1ZUU A; 2EVR A; 2RQT A; 5IHK A; 3LH5 A; 1UHF A; 2CT3 A; 3SHW A; 1ZBJ A; 1JXM A; 4GLM A; 1K0S A; 2M51 A; 1OPL A; 4OML A; 1XOV A; 3VRZ A; 4F14 A; 1Y57 A; 1NLP C; 2DVJ A; 1AD5 A; 2EPD A; 2LQN A; 4J9C A; 1JEG A; 3PVQ A; 1ZSG A; 3THK A; 1MV3 A; 1W1F A; 1KFZ A; 4OMQ A; 3M0T A; 1X2Q A; 4AG1 C; 1SHF A; 1K76 A; 2O88 A; 1AVZ C; 2O9V A; 1JXO A; 4OMO A; 2ABL A; 3UAT A; 3EGU A; 1VYU A; 1WIE A; 2FRY A; 1TUD A; 2BZ8 A; 1U06 A; 2A36 A; 1B07 A; 1QKX A; 4AFZ C; 5IHN A; 2BZY A; 2A37 A; 2O2O A; 2RMO A; 1KIK A; 4RTW A; 4J9G A; 2EBP A; 2CUB A; 3TSZ A; 2FPF A; 1RUW A; 2CH4 A; 3VS5 A; 5EC7 A; 1RI9 A; 3O5Z A; 2LZ6 B; 2J6O A; 2GTJ A; 2JS0 A; 2KT1 A; 2M0Y A; 2F2V A; 5I11 A; 1OPK A; 4ESR A; 2J05 A; 2K9G A; 3M0R A; 4M4Z A; 1MV0 B; 2GGR A; 3UF4 A; 2DNU A; 2EGC A; 2DYB A; 2KYM A; 4Y92 A; 1GCQ A; 4RTY A; 3UA7 A; 2V1R A; 1UEC A; 2DLP A; 1M8M A; 1ZX6 A; 2A28 A; 1CSK A; 1PWT A; 5GJW B; 1H8K A; 1NLO C; 1BK2 A; 1H92 A; 2J6F A; 4HVW A; 1VA7 A; 2G6F X; 2MIO A; 2DBM A; 3R6N A; 1QWF A; 3EG1 A; 2KR3 A; 2V1Q A; 1E6H A; 2MOX A; 3KFV A; 1ARK A; 2FEI A; 2CH4 W; 1Z9Z A; 5L23 A; 3ZL7 C; 4LE9 A; 4OMM A; 1HSQ A; 4LN2 A; 2JW4 A; 2KGT A; 1JO8 A; 2EW3 A; 1UTI A; 3A98 A; 2GTO A; 2KE9 A; 1HJD A; 4RTU A; 2HDA A; 1AWX A; 3CQT A; 4DEX A; 1NM7 A; 3VS1 A; 2BZX A; 1I07 A; 1KSW A; 3QWY A; 1AOJ A; 1PNJ A; 1AWO A; 1QWE A; 2P4R A; 2D8H A; 4IIM A; 1RLQ C; 2CDT A; 4OMP A; 1FMK A; 2DL4 A; 4WCI A; 4CC2 A; 2FPD A; 4E6R A; 4AFS C; 1PRL C; 2VVK A; 4JZ3 A; 1WXU A; 1OOT A; 2J7I A; 1M30 A; 1Z9Q A; 2EGA A; 1OV3 A; 2ROT A; 4JZ4 A; 3REB B; 1QKW A; 1YWO A; 1X2K A; 3VS0 A; 4JPB W; 1ABO A; 2DL3 A; 2KXD A; 1ZLM A; 2JXB A; 4J9F A; 4X1V A; 1AWW A; 2D8J A; 2AKK A; 2L3S A; 5I22 A; 1SEM A; 2L2P A; 3JV3 A; 2LCS A; 2J6K A; 2KBT A; 1WXB A; 1I0C A; 1M3B A; 1NEB A; 4A63 B; 2C0I A; 2RN8 A; 4D8D A; 4RTV A; 2LQW A; 3VS2 A; 1T0H A; 1SSH A; 1GBQ A; 3VRY A; 4GBQ A; 2EKH A; 3H0F A; 4Z8A A; 1QCF A; 4AG2 C; 1TUC A; 2H8H A; 1JU5 C; 2B86 A; 1CKB A; 1X27 A; 2HBW A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3LGL A; 2E10 A; 2LP5 A; 2XMF A; 4OB1 B; 3CEY A; 5KYX B; 4BE0 A; 3JB9 D; 3LGF A; 4JUV A; 3G4S Q; 3LX7 A; 4J9H A; 2LT1 A; 1PC0 A; 5L8R E; 3TU4 K; 2L5Q A; 1VQ4 A; 2H3J A; 2E3H A; 5GAN 4; 5GMK j; 2RA2 A; 3V7C A; 4LUE A; 4F7U E; 1YJ9 A; 5C6S A; 1UGP B; 4R56 A; 3C12 A; 4C0Z A; 2JTF A; 1AZE A; 2OI3 A; 5GAM f; 3L2R A; 3TRE A; 2CRE A; 2LNH B; 4J83 A; 4BY6 C; 4J9E A; 1KD1 R; 1M3A A; 1PCX A; 1PHT A; 3I55 Q; 2XID A; 1GCQ C; 4KGZ B; 3JAM E; 3JRZ A; 4PFZ A; 2PTK A; 3PIO A; 1M90 C; 3LWI A; 5GAO n; 1RL2 A; 1D0X A; 3A8H B; 4M75 D; 1EX4 A; 3SB2 A; 5GAO m; 1PSF A; 2RF0 A; 1YHQ T; 2BE7 D; 1GL5 A; 1E6G A; 2BKD N; 2XIC A; 2DX1 A; 3I35 A; 1YIT A; 4ZTJ A; 2EYW A; 1TS9 A; 3RMS A; 1K8A R; 3MEW A; 2WSC E; 3OYF A; 3EG3 A; 3QYH B; 5IHI A; 1VQM A; 2DEU A; 3C94 A; 3X24 B; 5LJ5 d; 1DJ7 B; 2DMO A; 2CP7 A; 1UB4 A; 3X25 B; 2RK2 A; 4HCC A; 1E7O A; 3I56 A; 2WAC A; 1K9M R; 3CD6 A; 1AEY A; 1OU8 A; 4EDU A; 4ZN3 A; 2ENM A; 1VQP A; 1PD0 A; 5CKF A; 2QGF B; 1VQ4 T; 4UC4 A; 2KK4 A; 1QVG A; 4EPC A; 2A08 A; 1UJ0 A; 4N4G A; 5KCO A; 4J9I A; 5DLO A; 2JM9 A; 5FW9 A; 4RTT A; 5KYU B; 4XTV A; 1K73 R; 1SRL A; 3DB4 A; 1VIF A; 1WDX A; 5FRN A; 2DL7 A; 3H9N A; 2C0T A; 3QDR B; 1CKA A; 2QDY B; 5EG2 A; 1NEG A; 1GFC A; 5IT9 E; 4M7D A; 2FRW A; 4AFU C; 4HA8 A; 3JCM c; 2CZ7 B; 3EGD B; 1D1A A; 3RR6 A; 3GNF B; 2NUP A; 1FMW A; 4RUG A; 4TVR A; 5ECA A; 4AFQ C; 5A0L A; 5D6W A; 3GF5 A; 4M78 F; 2KYB A; 1QVG S; 4AT1 B; 5LJ5 e; 1VQ6 Q; 2MAM A; 1G3W A; 1M1K U; 2AK5 A; 3GNG A; 3NMZ C; 3OYJ A; 2JVV A; 5FU6 C; 1VIE A; 5GAN 5; 1Q7Y R; 2PUO B; 1NJI C; 1MNE A; 4FYW B; 3X26 B; 1HD3 A; 2OTL A; 1X01 A; 4JS4 A; 5LJ3 h; 1VQM T; 5IXB A; 1YJN A; 2KSS A; 3EH2 A; 4EMK A; 4QT7 A; 2LMJ A; 3NGP A; 1YI2 A; 9ATC B; 5LJ3 j; 5A2Q E; 1GCP A; 4C5I A; 1MMN A; 1I81 A; 3I56 T; 1V29 B; 2KRS A; 4PJO C; 1ABQ A; 4OVA A; 4JLG A; 3M0Q A; 3JB9 H; 3QHS A; 3CMA A; 3RKX A; 1K4U S; 2BTT A; 3GBQ A; 2DIG A; 3H6Z A; 4EMK C; 4N0A A; 1YNZ A; 1PM3 A; 5CVI A; 1TOV A; 2JOY A; 5LJ5 f; 1PRM C; 2RQR A; 2LTO A; 1IHW A; 2BUD A; 2EGE A; 4DBR A; 4BY6 B; 2SEM A; 2VKN A; 1OU9 A; 2RJD A; 4LXC A; 2YDL A; 4X9D A; 4B9X A; 1S72 A; 2GFA A; 1RAF B; 2HBP A; 3OMG A; 2YUQ A; 3ULR B; 2EYY A; 1QW1 A; 2HD0 A; 3MEA A; 2ATC B; 1FMV A; 1UGQ B; 2DAQ A; 2WSE E; 2F5K A; 3HFO A; 1PG5 B; 2O4X B; 2KI7 A; 2GBQ A; 4A4H A; 2HZY A; 2KRM A; 1T0J A; 2CUD A; 3CCE A; 2W0Z A; 3CCJ Q; 1YP5 A; 3SWN A; 1ZUU A; 2RQT A; 4HKE A; 1YJN T; 4OMF B; 2CT3 A; 1BI2 A; 1JXM A; 4DQ2 A; 2DO3 A; 5GAM h; 3HRT A; 2EPD A; 2PVG B; 3NTI A; 4II1 A; 2X4J A; 4J9C A; 2YRD A; 1WHM A; 1ZSG A; 1MV3 A; 1W1F A; 4PK4 A; 3CCS T; 1JJ2 S; 4AG1 C; 5LJ3 g; 2LRQ A; 1K76 A; 4M7D F; 1WGS A; 2O9V A; 4OMO A; 1VYU A; 4KGX B; 5GAO l; 3OYM A; 1B07 A; 3LYI A; 3FB9 A; 5CQX A; 1HXD A; 2A37 A; 1QVP A; 7AT1 B; 3CC4 Q; 4FT2 A; 1VQL A; 3QPH A; 4RTW A; 2DK3 A; 4E7H A; 1YJW A; 2HL3 A; 3CCR A; 1S72 T; 3JCM b; 1KK7 A; 1K8A U; 3VS5 A; 4C8Q A; 4E7I A; 2JS0 A; 5FU6 B; 2XHC A; 4A4K A; 2CZ0 B; 4ESR A; 2GCX A; 2J05 A; 3M0R A; 1D1B A; 2KQW A; 3G71 A; 1Q82 U; 1K9M U; 2DYB A; 4Y92 A; 1W2B P; 2V1R A; 1UEC A; 2K3X A; 3VUZ A; 3TEE A; 3CC2 Q; 2QQR A; 3RES A; 1H8K A; 1H92 A; 4HVW A; 2LCC A; 2DET A; 4PJO B; 2G6F X; 2DBM A; 3CCM T; 4DBH A; 1QWF A; 3V7R A; 1N8R C; 2MOX A; 1ARK A; 4X34 A; 4NS5 A; 3OW2 P; 1RAC B; 1TXQ A; 1YIJ Q; 3G6E A; 3KUF A; 2RHZ A; 1VQO A; 3AT1 B; 2EW3 A; 2GTO A; 4V2S A; 1BI0 A; 3CQT A; 1M1F A; 4J6X A; 1WZO A; 2BZX A; 1KSW A; 1B34 B; 1M2V A; 3X28 B; 2COW A; 2HL5 C; 1AWO A; 2YXY A; 1QWE A; 4QQG A; 1UEB A; 2CDT A; 1FMK A; 3HPW A; 3CCQ A; 4E6R A; 1QVF P; 4MMK A; 2VVK A; 4M77 A; 3E9F A; 2HSE B; 3CCR T; 2DJZ A; 2QGG A; 1YWO A; 1Q81 C; 3BFM A; 4J5Y A; 2KXD A; 4C8Q E; 5J39 A; 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3VU3 C; 1VQ5 T; 1YFN A; 1NPR A; 3S3M A; 1AWJ A; 3QJY A; 2ZPH B; 3QBY A; 3M54 A; 2K7A A; 2KNB B; 2YLC A; 3V8L A; 2DXT A; 1BB9 A; 1N5Z A; 2RI3 A; 3OYN A; 4E7L A; 1GXI E; 3QXE B; 3NHN A; 2CSI A; 2DTI A; 4HCZ A; 4HCB A; 1Y71 A; 1KJW A; 2BIV A; 4VUB A; 3OYK A; 3CCV T; 1Q86 U; 2O01 E; 5FRM A; 2OTJ T; 2JJ9 A; 2RHI A; 4M78 A; 2NUZ A; 5KYN A; 4HVV A; 3CME A; 2L3P A; 1OX8 A; 2K6D A; 4XTZ A; 1W70 A; 1M4Z A; 1WJQ A; 2DEQ A; 4PJO G; 3J7A F; 2D0N A; 3M56 A; 4KH1 B; 3M5A A; 4MML A; 5GAN e; 4PJM A; 3DKM A; 4M77 D; 2EIF A; 4B9W A; 3VS3 A; 4RKU E; 5D6X A; 3JCM f; 4M7A E; 2SRC A; 2DBK A; 1UUE A; 4Z89 A; 1X6G A; 1BU1 A; 5C0M A; 1UFF A; 1AZG B; 1OEB A; 1QP3 A; 3RER A; 4WF2 A; 1I5L A; 1VQ7 Q; 1D3B B; 4OGC A; 1SG5 A; 4F17 A; 3OA6 A; 2OAW A; 3G7Z A; 3VS4 A; 4LDW A; 1M90 U; 3ZFJ A; 1NG2 A; 2R58 A; 2YLB A; 1B3Q A; 2DVE A; 5CAI A; 4M75 B; 5GAO r; 3OSS C; 5GAN f; 2ED1 A; 4PKC C; 4GY5 A; 5GAO q; 1XTD A; 2Y90 A; 1LVK A; 2XG8 D; 3OS5 A; 3CCS Q; 5I2M A; 4M7A F; 2QA4 A; 1WHK A; 4MZP A; 1WHL A; 3MP8 A; 2P0P A; 1KC8 C; 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