The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
12
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sequence length |
109
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structure length |
82
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Chain Sequence |
MKLVNFLKKLRNEQVTIELKNGTTVWGTLQSVSPQMNAILTDVKLTLPSDNIASLQYINIRGNTIRQIILPDSLNLDSLLVD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Cryo-EM structure of the yeast U4/U6.U5 tri-snRNP at 3.7 Angstrom resolution
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Transcription
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| molecule keywords |
U5 snRNA
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| total genus |
12
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| structure length |
82
|
| sequence length |
109
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2015-12-15 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| h | PF01423 | LSM | LSM domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5GAN 2; 2YLB A; 3RIR A; 4C8Q D; 5LJ5 g; 3RUX A; 2EJ9 A; 3V8K A; 4A54 A; 2CGH A; 2DTO A; 1HK9 A; 1WPY A; 4M78 G; 4C92 A; 4M77 B; 2VC8 A; 4M7D F; 2YHT A; 4C92 C; 2DVE A; 2EJF A; 4JRI A; 1X01 A; 1Y96 B; 1JBM A; 1I81 A; 3FB9 A; 4M77 D; 4M75 E; 3RKY A; 5GAN 5; 4M78 F; 2DTI A; 2VXE A; 3BDU A; 5GAN e; 5GAN 6; 1H64 1; 4F7U B; 4M7D A; 4XTY A; 2E65 A; 4XU3 A; 1HXD A; 1WQW A; 4JUV A; 4Y91 A; 5GAO m; 5GAN j; 4M7A C; 4C92 G; 5LJ3 d; 4M7A E; 2EJG A; 4QVD A; 2I2L A; 3FJP A; 5LJ3 h; 3M4G A; 1KQ2 A; 4N0A A; 4JLI A; 3HFO A; 5GAO n; 5LJ3 g; 4M78 C; 3JCM g; 3L2Z A; 4EMH A; 3RER A; 2EWN A; 3INZ A; 3JCM P; 2FB7 A; 4M7A G; 5GAM g; 1YCY A; 4C92 E; 2DJZ A; 3BY7 A; 3GIB A; 1Y96 A; 4EMK B; 1LOJ A; 3QHS A; 5LJ3 j; 5GAN d; 4NOY A; 2ZGW A; 3BW1 A; 4M75 D; 4M77 E; 4M78 E; 4F7U A; 5LJ3 f; 4M78 B; 4EMG A; 4F7U G; 5LJ5 j; 4C8Q G; 4PJO F; 4DQ2 A; 5GMK i; 2QTX A; 4XTU A; 2DXT A; 5GAN f; 4C8Q F; 4HT9 A; 4PJO G; 5LJ5 e; 2FYK A; 2DXU A; 3RKW A; 4N0A C; 4J6W A; 3JCM X; 5GAO q; 4M77 G; 2RB6 A; 5CAI A; 3AHU A; 3JB9 J; 3V7C A; 4C8Q E; 2HNI A; 4J5Y A; 3JB9 D; 1BIB A; 3V8J A; 3V7S A; 3VU3 C; 4PJO D; 3BFM A; 5I21 A; 4XU2 A; 4XU0 A; 4XU1 A; 4PJO E; 4M78 D; 5GMK m; 4EMK A; 5GAN 4; 4RCC A; 5GAN 3; 2RD1 A; 4X9C A; 4XTV A; 4MML A; 1B34 B; 4M77 C; 2E10 A; 3SB2 A; 4EMK C; 3JB9 G; 4HT8 A; 4M7D G; 5LJ5 h; 2K57 A; 3JB9 F; 2DKG A; 4M75 A; 1TH7 A; 2Y90 A; 4PNO A; 4PJO C; 4M75 F; 4C92 F; 2E41 A; 4RCB A; 1LNX A; 3JB9 I; 2YLC A; 3V8L A; 4XQ3 A; 4M75 G; 3RKX A; 4M78 A; 3JCM b; 5GAN 7; 3JCM W; 3JB9 H; 3JCM Q; 2E1H A; 4QVC A; 4V2S A; 4HA8 A; 4M7A B; 5GMK l; 1JRI A; 4C8Q B; 2EAY A; 3FIF A; 4M7A F; 4JRK A; 4NL2 A; 3QO3 A; 3JCM e; 5DY9 A; 3HFN A; 5GMK j; 2DZC A; 4C92 D; 4XTZ A; 5GAM j; 3V7R A; 5GAN h; 4MMK A; 4M7D C; 3SWN A; 4WF2 A; 5GAN g; 5GAM f; 4C92 B; 4M77 A; 4A53 A; 4XTW A; 1U1T A; 3JCM h; 2RM4 A; 3L1A A; 5GAM h; 4NL3 A; 4PJO A; 1WNL A; 5GMK h; 3JCM d; 1D3B A; 1M8V A; 5LJ5 f; 1MGQ A; 4M7A D; 1B34 A; 1U1S A; 5GAM d; 1BIA A; 5GAO l; 4M7D E; 2JN0 A; 4J6X A; 5GAN 8; 1KQ1 A; 4X9D A; 4M7D B; 3JCM V; 3PGG A; 2E64 A; 1I5L A; 3QUI A; 4M75 B; 1N9S A; 4F7U E; 5LJ3 e; 1I8F A; 1LJO A; 1I4K 1; 3SWN C; 4C8Q A; 3RES A; 5GAO p; 3EFR A; 1WQ7 A; 2DEQ A; 4C8Q C; 5GAO r; 5GAM e; 2RA2 A; 4J6Y A; 1M5Q 1; 5GMK e; 3HSB A; 4F7U F; 2DTH A; 3EFS A; 3JCM J; 4OP0 A; 3SWN B; 3QSU A; 4M7A A; 3JCM f; 2VXF A; 5LJ5 d; 4M75 C; 4M7D D; 4XTX A; 4PJO B; 4M77 F; 3JCM c; 1N9R A; 1D3B B; 2DZ9 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3QBY A; 2EYY A; 1VQ7 A; 2RI3 A; 2MAM A; 3OYY A; 2DVE A; 1IZ6 A; 5GAN 5; 4E2F B; 2JOY A; 4F7U B; 1BYM A; 4FYW B; 4IUP A; 2J6K A; 4M7A C; 1KHC A; 4BE2 A; 3SEM A; 5C0M A; 1YHQ A; 2DNU A; 2YSQ A; 2K79 A; 1QW1 A; 2EWN A; 2CDT A; 2D8H A; 1YWP A; 3TCJ A; 4RG8 A; 2X3W D; 1Y96 A; 2ZPF B; 1YJW T; 3CCE Q; 3C94 A; 1C1A A; 5GAN d; 2CZ0 B; 3CD6 A; 4MZM A; 4QQ6 A; 4C8Q G; 6AT1 B; 1UJY A; 5FU7 B; 2MI6 A; 4EPC A; 4A4H A; 1VQP Q; 3CCL A; 2MWO A; 3V7C A; 3G71 A; 4J5Y A; 3TSW A; 3MKD A; 3BFM A; 2IIM A; 3TEE A; 4MZT A; 2MPX C; 2EQI A; 4DEY A; 2HD0 A; 1YWO A; 1IO6 A; 2Y4X A; 3OYE A; 2ENM A; 2KRN A; 1X6G A; 1D09 B; 2EKH A; 2Y90 A; 4PNO A; 1SEM A; 2B86 A; 3VS6 A; 2EIF A; 3MJX A; 2QA4 Q; 1ARK A; 2HAX A; 4RTV A; 1KIK A; 4LUD A; 1UGS B; 4HA8 A; 2R57 A; 2M16 A; 2SRC A; 1V29 B; 1TUG B; 1BCO A; 5KYY A; 1G3W A; 4HKE A; 5GAN g; 4C92 B; 4L59 A; 2RJC A; 1WNL A; 2BZX A; 3JSC A; 2WAC A; 2HZY A; 4KUL A; 1FYN A; 4LD9 K; 2CZ1 B; 3BDL A; 2XIC A; 1VQ6 A; 1OOT A; 2QQS A; 3HSB A; 3E9F A; 2L0A A; 4DBR A; 5FWB A; 1OV3 A; 2O88 A; 2XK0 A; 2YUN A; 2CGH A; 1UFF A; 4LD6 A; 3MP6 A; 2DA9 A; 2VC8 A; 3S3M A; 2IVW A; 4MDX A; 4M75 E; 1WHJ A; 4KBM B; 3NTH A; 2LJ1 A; 3BE3 A; 2CH4 W; 2D9T A; 2LNH B; 4IIM A; 4CC7 A; 1XQH A; 1ZBX A; 4PFP A; 4F14 A; 2OI3 A; 2EVR A; 3O8V A; 1K9M R; 2VB6 A; 3HFO A; 4M78 C; 4RUG A; 3VS1 A; 3MEV A; 3BY7 A; 4BI8 B; 4WTO B; 5KYX A; 3JAM E; 1GFC A; 1T0J A; 1AZG B; 4PJO F; 1VQN T; 1Z9Q A; 2RQU A; 2VVK A; 2IPO B; 2KRM A; 1F1B B; 1Y0M A; 3CCU A; 3M0T A; 2RNA A; 1JO8 A; 3JV3 A; 1MUZ A; 4XU0 A; 1U06 A; 3CXC S; 4FU6 A; 1TOV A; 5GMK m; 4B9W A; 1OUL A; 4XTV A; 3EGX A; 1AWX A; 2AT1 B; 4PFO A; 1MV3 A; 2K5I A; 1X6O A; 2LT4 A; 1G5V A; 4M75 F; 5J39 A; 4BE0 A; 1DJ7 B; 3CC4 T; 3ME9 A; 3WXM B; 4KGX B; 1ZSZ C; 1UG1 A; 2D0Q B; 1M1F A; 3QO3 A; 4YTL A; 2CUB A; 2OAW A; 4OVA A; 3GNG A; 1GXI E; 2NLU A; 2YUO A; 2OAU A; 2QEX Q; 4RG2 A; 1CSK A; 2RPN A; 2ZPE B; 2KVQ G; 4C0D C; 4N4H A; 2COW A; 4LDU A; 5GAO l; 3I56 A; 4M7D E; 1BB9 A; 1WX6 A; 4KGZ B; 2K3B A; 4DOV A; 3G71 Q; 1M1K U; 3CCS A; 1EFN A; 4M7A A; 2EYQ A; 1ACM B; 2V1Q A; 3R6O A; 4QT7 A; 2QYZ A; 3EG0 A; 3U23 A; 1K9M U; 2FRW A; 2X4W A; 4E7Z A; 1IXD A; 1WYX A; 2EJF A; 3M53 A; 1AHJ B; 2BZY A; 1NJI R; 3LWH A; 1N27 A; 5GAN e; 3BDU A; 3MO8 A; 3D7S B; 4XTY A; 3HRS A; 1ZSZ B; 1WHG A; 4QVD A; 3FJP A; 5CKF A; 5LJ3 h; 1KQ2 A; 2H8H A; 3INZ A; 5D6W A; 2FB7 A; 2E12 A; 2MWP A; 4FL6 A; 4K11 A; 3NTK A; 3MEA A; 3QHS A; 1VQ7 Q; 1RI0 A; 1ZUY A; 4EIK A; 5IT9 E; 3TVT A; 3THK A; 5LJ5 e; 1ZA2 B; 4OML A; 3QXE B; 5IHN A; 4N0A C; 2RB6 A; 2F5K A; 3EG2 A; 4J8O A; 1QVP A; 3QKJ A; 5IH2 A; 3CCM T; 1UUE A; 3CCR T; 1S72 Q; 3UF4 A; 2ZPG B; 1JXM A; 4M7D F; 2K9G A; 2DKG A; 1Y71 A; 4R0K A; 3A8G B; 2LVM A; 3J81 E; 4BI4 A; 1JEG A; 1K76 A; 2GGR A; 2CS7 A; 3OB9 A; 9ATC B; 2NUZ A; 4FIB A; 2KQW A; 2QQR A; 1Q81 R; 1VQ7 T; 3NHN A; 3O5Z A; 1YI2 A; 2CSI A; 2LQ8 A; 2EBP A; 2CP7 A; 1Q86 C; 2BE7 D; 3PGG A; 1N9S A; 3GBQ A; 3M0Q A; 3RES A; 1BI1 A; 4C8Q C; 5GAO r; 1X43 A; 3MPU B; 3VS5 A; 2FZG B; 4GLM A; 3VS4 A; 4E7I A; 2V8K A; 3NGP A; 3SWN B; 1Y57 A; 1TS9 A; 3JCM f; 3OW2 A; 1YJW A; 3URG A; 2FEI A; 1N9R A; 3NMZ C; 3VS2 A; 2DZ9 A; 1K8A U; 2YLB A; 5FLX E; 1JU5 C; 2EJ9 A; 3FEO A; 3CPW P; 5AT1 B; 1QKW A; 3A98 A; 3ZFJ A; 3QZ5 B; 1X75 C; 1N6A A; 3QG1 A; 1JBM A; 1H3H A; 2L8D A; 4M7D A; 1KQS S; 2HQH A; 2EGC A; 1VQL Q; 1AVZ C; 4F04 B; 2OTJ A; 2RJE A; 1J3T A; 4FW1 A; 1LVK A; 4JLI A; 3NTI A; 3CQT A; 5FRN A; 2JM9 A; 4AFU C; 2XMF A; 4FYX B; 2ABL A; 1VA7 A; 4NOY A; 3BW1 A; 4M78 E; 4F7U A; 3HL8 A; 2QG9 B; 1RUW A; 3PFS A; 5CK9 A; 4AG2 C; 4PJO G; 2FL7 A; 1GFD A; 2DXU A; 1VIE A; 5GAO q; 3OYD A; 3AHU A; 3JB9 J; 5HCK A; 5IXF A; 4PJO D; 2DLP A; 4OMQ A; 1NG2 A; 1NYG A; 2X4Y A; 1YIT A; 5FRM A; 2BTT A; 4LXC A; 2BKD N; 1T3L A; 8AT1 B; 1TH7 A; 3VRY A; 2VAS A; 1WHK A; 1ZHI A; 1VQO T; 2VYT A; 3M55 A; 5LL6 S; 5KE2 A; 2P4T A; 2HCK A; 2OJ2 A; 2G3R A; 2X51 A; 2R5A A; 1M90 U; 4M7A B; 4KRT A; 1RAE B; 1X2K A; 1OQK A; 4OB0 B; 1ZLM A; 3FIF A; 1VQN Q; 1YJW Q; 1WA7 A; 3CCE T; 3TSZ A; 5GJW B; 3OMG A; 4OMP A; 1K73 C; 3CD6 T; 2BIV A; 2WSE E; 2LTO A; 2FPD A; 2YXY A; 2HKN A; 4RMO A; 1KFZ A; 4Z02 A; 1XNI A; 1ZSZ A; 5LJ3 e; 1PRM C; 2COZ A; 3CEY A; 3EH2 A; 5KYY B; 4AG1 C; 5CKB A; 3OYI A; 4OMO A; 2QGF B; 1SRL A; 1YP5 A; 3M0P A; 2CUD A; 3OMC A; 5A0G A; 1VQO Q; 4M78 F; 2GTO A; 3OYN A; 4J83 A; 3TU4 K; 2EW3 A; 3VYH B; 1UTI A; 2L89 A; 3CCQ T; 3QWX X; 2JZ2 A; 4OB2 B; 1E7O A; 1X6B A; 3PVL A; 5CCA A; 4J7F A; 5FU7 C; 4E7H A; 3LWI A; 3KXT A; 4JJN K; 1PKS A; 5GAM g; 1YCY A; 1YN8 A; 4J9B A; 2XHC A; 4HVU A; 2C06 A; 3CCV A; 4PFZ A; 1VQ9 A; 2YUP A; 4ORZ A; 4PJN A; 3GLX A; 2LCS A; 5AYF A; 2KRO A; 2P4R A; 2F2W A; 4LUE A; 2YRC A; 2E5Q A; 1B3Q A; 1JXO A; 1M1K C; 1VQL T; 2DL5 A; 4PJO E; 1X2Q A; 4C0F A; 3SDZ A; 4MML A; 2QA4 A; 2RJD A; 4ZNX A; 3OS5 A; 2HEQ A; 1VQ5 A; 1QQJ A; 1LNX A; 4JZ4 A; 3IQL A; 4M78 A; 3OW2 S; 3JB9 H; 1JRI A; 5HY6 A; 4C8Q B; 2QAZ A; 1OZ2 A; 1UEC A; 1S1N A; 1QKX A; 3FLG A; 1I5O B; 3AT1 B; 3KUF A; 4PK4 A; 5GAM f; 3WVE B; 3JCM h; 4ZTF A; 1YNZ A; 1YJN Q; 2QDY B; 3I35 A; 1E6H A; 2LJ0 A; 3KFV A; 3H8Z A; 4RTY A; 4J6X A; 4X9D A; 4D8D A; 4M7D B; 4M75 B; 1X69 A; 1O9S A; 2A0F B; 1QVF A; 2DD5 A; 1VOM A; 1HSQ A; 1PKT A; 2A08 A; 2KDS A; 1YIJ T; 2HBP A; 1D1A A; 4C0D B; 5LJ5 g; 3V8K A; 4A54 A; 3UT1 A; 4C5I A; 3E1S A; 2DTO A; 3OYG A; 1GRI A; 4A63 B; 1I1J A; 4JRQ A; 1H3Z A; 1ZA1 B; 4WCI A; 3GPL A; 4JS5 A; 4CRI A; 1KD1 U; 1AEY A; 1QWE A; 1W2B S; 3CCM A; 2QXF A; 4JUV A; 1Q7Y R; 2Y4Y A; 1U3O A; 3A8O B; 3OYM A; 2A7Y A; 5IAY A; 1QMC A; 3X20 B; 2RI2 A; 1D0X A; 1OU9 A; 3L2Z A; 1WZO A; 3X26 B; 2CT4 A; 2MIO A; 2DBM A; 1C0M A; 5CR2 A; 3M58 A; 1D1B A; 3CCU Q; 1FWZ A; 5GMK i; 2XG8 D; 4HT9 A; 4C8Q F; 4ZN1 A; 1NEG A; 1OU8 A; 5CAI A; 2X4X A; 3JB9 D; 2EGA A; 1YIT T; 5FU6 B; 1QCO A; 2PUO B; 3UA6 A; 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4M75 A; 2CSQ A; 4N4I A; 4C92 F; 3JB9 I; 1QCF A; 1AT1 B; 4M75 G; 2MYS A; 4GY5 A; 4TVR A; 1OZ3 A; 3JCM b; 4OMM A; 2VWF A; 2X9H A; 1VQ4 T; 1TXQ A; 5DM7 R; 3ZL7 C; 2IG0 A; 2P84 A; 2EYX A; 3CC2 A; 5GMK j; 4IUQ A; 2ED0 A; 2CZ7 B; 4KH1 B; 4XTZ A; 4Z88 A; 1MMA A; 4UC4 A; 2QK0 A; 2QQ9 A; 4J9D A; 1WXT A; 4A4G A; 2H3J A; 4CC3 A; 2DD4 A; 4Q5W A; 3OYF A; 1FMK A; 2OTJ Q; 2JM8 A; 3QDF A; 2ZAE A; 2QAS A; 4IUT A; 1HYO A; 3CC4 A; 2HQX A; 2LMJ A; 5LJ5 d; 3E9G A; 3Q1J A; 1W2B P; 1KD1 C; 4M7D D; 4OMN A; 1ZUU A; 4QQG A; 3CCV T; 2RHU A; 2E4H A; 4DA4 A; 2P0K A; 1K0S A; 1NLO C; 1OPL A; 3CCQ Q; 1H64 1; 2QDL A; 2M0Y A; 2F5T X; 3UA7 A; 3CPW S; 1VQP T; 1K73 R; 5A2Q E; 2RK1 A; 4PL6 A; 1NZ9 A; 2JMC A; 1KC8 C; 3LH0 A; 1WXU A; 1OPK A; 2DJZ A; 3QZ9 B; 3WVD B; 1AOJ A; 3CPW A; 2KRS A; 2LQK A; 4M75 D; 3I55 Q; 1YI2 T; 3UDC A; 2VKN A; 2A28 A; 4KGV B; 3CC7 A; 2LC4 A; 1FXX A; 2KI7 A; 2CP3 A; 3MET A; 2C0O A; 1IRX A; 1BCM A; 2L3P A; 3HKS A; 3EFO B; 3VU3 C; 2M1H A; 4XU1 A; 1K4U S; 1SPK A; 2GQI A; 2K4Y A; 4HCZ A; 1WHM A; 1KSW A; 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