The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
11
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sequence length |
62
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structure length |
62
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Chain Sequence |
DQPCCRALYDFEPENEGELGFKEGDIITLTNQIDENWYEGMLHGQSGFFPINYVEILVALPH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
SH3 domains from a subset of BAR proteins define a Ubl-binding domain and implicate parkin in synaptic ubiquitination.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Protein binding
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| source organism |
Rattus norvegicus
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| molecule keywords |
E3 ubiquitin-protein ligase parkin
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| total genus |
11
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| structure length |
62
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| sequence length |
62
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2009-08-20 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| B | PF00018 | SH3_1 | SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1QKW A; 2LJ0 A; 1OPK A; 2O9S A; 2KYB A; 4R0K A; 2BTT A; 2HCK A; 4HVV A; 1U3O A; 3UA6 A; 2ROL A; 2DBK A; 2DL5 A; 2RN8 A; 4JJB A; 3VS0 A; 2KRO A; 4CC7 A; 1HJD A; 2J6K A; 1MV3 A; 4J9B A; 5I22 A; 4AFU C; 5FWC A; 1K9A A; 3PVL A; 1IO6 A; 2HEQ A; 4J9F A; 1UE9 A; 3PE0 A; 4OML A; 3VS1 A; 1ZUY A; 1U06 A; 1PNJ A; 4JJC A; 1K1Z A; 2C0O A; 2LJ3 A; 2F2V A; 2YUN A; 3I9Q A; 2DL4 A; 1NEB A; 4RTX A; 1T0H A; 2FPF A; 4OMQ A; 2A37 A; 1GBQ A; 2KYM A; 2ENM A; 4J9I A; 2W10 A; 1CKB A; 2FG0 A; 1K0S A; 2W0Z A; 4OMM A; 2BZY A; 3M0Q A; 2EBP A; 1PHT A; 1UFF A; 2KEA A; 2DM1 A; 2KXD A; 3M0P A; 1Y0M A; 3U23 A; 2YSQ A; 4WCI A; 3TSW A; 1AOJ A; 2DL8 A; 2ECZ A; 2EYY A; 3EG2 A; 1X2K A; 5IH2 A; 1Z9Q A; 2DF6 A; 3EHR A; 2HBW A; 1NG2 A; 1VYV A; 1UTI A; 1T3S A; 2PTK A; 4OMO A; 2XMF A; 3VS6 A; 2X3X D; 2DJQ A; 2DL3 A; 3M0T A; 2O2O A; 3JV3 A; 1S1N A; 3I5S A; 1X69 A; 3THK A; 2VVK A; 2KXC A; 1I1J A; 4K11 A; 2LP5 A; 2AK5 A; 2M0Y A; 3TVT A; 1OV3 A; 2E5K A; 2D8H A; 2LJ1 A; 4JPB W; 2DX1 A; 2AKL A; 1H3H A; 4JZ3 A; 1E7O A; 2IIM A; 1B3Q A; 1RLQ C; 1SHF A; 1T3L A; 4ZNX A; 3H41 A; 1LCK A; 2GNC A; 1JEG A; 3SHW A; 1X6G A; 1M27 C; 1YP5 A; 5IXF A; 1UDL A; 2DRM A; 2KGT A; 2YDL A; 3M0S A; 1W70 A; 2KBT A; 3SEM A; 5GJW B; 2A08 A; 3ULR B; 1PRM C; 1NM7 A; 1WLP B; 1GCP A; 2P4R A; 3EG1 A; 1X6B A; 2CUD A; 2GTO A; 1TUC A; 1NYG A; 1ZUU A; 4EIK A; 1M30 A; 2FRW A; 3CQT A; 4CC3 A; 4FSS A; 1N5Z A; 1AWW A; 1AVZ C; 2MCN A; 1GCQ C; 1A0N B; 2KT8 A; 1NYF A; 1X27 A; 2FEI A; 2ED0 A; 1YWO A; 2EVR A; 2VWF A; 2AZV A; 4LNP A; 4Y92 A; 5IHI A; 1KFZ A; 2K3B A; 1QKX A; 1RLP C; 3VRY A; 1UG1 A; 2YT6 A; 1SPK A; 2CRE A; 4HVU A; 1T0J A; 1GL5 A; 2EQI A; 3RNJ A; 4F16 A; 2RPN A; 3EHQ A; 3QWY A; 4F14 A; 1EFN A; 2J7I A; 2FO0 A; 2DYB A; 3TSZ A; 2DBM A; 4J9E A; 3VS3 A; 3H0I A; 2GTJ A; 2O9V A; 4ORZ A; 3NGP A; 2KRN A; 2NWM A; 3EG3 A; 2BZX A; 1WA7 A; 2LCS A; 2CH4 A; 2JMC A; 1SRM A; 3NPF A; 2HDA A; 4RTV A; 4AFQ C; 4DEY A; 1AZE A; 3H0F A; 1GFC A; 4KRT A; 2CT4 A; 2EYZ A; 2LX7 A; 2K79 A; 3I5R A; 1RUW A; 5EC7 A; 1V1C A; 3FJ5 A; 2C0I A; 1SHG A; 1H92 A; 2MIO A; 2V1R A; 1XOV A; 1GCQ A; 2JM8 A; 2EYW A; 2G6F X; 2ROT A; 3RBB B; 1MV0 B; 4Z89 A; 4LUE A; 1B07 A; 2DLP A; 1JXO A; 4DEX A; 4RTY A; 4AFS C; 1ABO A; 2JMA A; 2JW4 A; 2RQR A; 3UF4 A; 2EPD A; 4D8K A; 3O5Z A; 1J3T A; 1PKT A; 2DE0 X; 2EGE A; 5IHK A; 1FYN A; 4RTW A; 2K9G A; 1OEB A; 2RNA A; 1NEG A; 2K6D A; 2GGR A; 4E6R A; 2V1Q A; 1W1F A; 5IHN A; 3GBQ A; 1AD5 A; 1ARK A; 4LN2 A; 1WFW A; 4HXJ A; 1ABQ A; 5FWB A; 3REB B; 2CUB A; 1NLP C; 1ZSG A; 3QWX X; 1CKA A; 2GQI A; 2AKK A; 2JT4 A; 4LUD A; 2D1X A; 2DA9 A; 2RF0 A; 2H8H A; 4IIO A; 1Z9Z A; 4J9C A; 2KT1 A; 1M3C A; 4RTZ A; 4RTU A; 2ESW A; 2LZ6 B; 2OJ2 A; 2RQT A; 2CSQ A; 5I11 A; 4RUG A; 5L23 A; 1GRI A; 1SEM A; 2QDL A; 4CC2 A; 2PZ1 A; 1PWT A; 1M8M A; 1U5S A; 4Z8A A; 2YUO A; 4Z88 A; 1Y57 A; 2LQW A; 2FPE A; 2C0T A; 1QWF A; 2F2X A; 2EYX A; 2DNU A; 1GFD A; 1WYX A; 4QT7 A; 1I0C A; 2NUZ A; 4ESR A; 2BZ8 A; 4J9H A; 1WXT A; 2JS2 A; 1M3B A; 1UHC A; 3H0H A; 2VKN A; 2J06 A; 1HSQ A; 2A28 A; 4RTT A; 1VA7 A; 2DIL A; 4IIM A; 1HD3 A; 5IXB A; 1BBZ A; 2D0N A; 2F2W A; 4A63 B; 1ZUK A; 1W6X A; 4J9G A; 4JZ4 A; 2LQN A; 5ECA A; 1KJW A; 1NLO C; 1CSK A; 3PVQ A; 1GBR A; 1G2B A; 2EW3 A; 1K4U S; 3EGU A; 1WIE A; 5HCK A; 3VS5 A; 1YWP A; 2CT3 A; 2KRS A; 2DRK A; 2YUP A; 1OOT A; 1JU5 C; 4OMN A; 2L3Q A; 3C0C A; 3NHN A; 2O88 A; 4JJD A; 3M0U A; 1BB9 A; 1X2Q A; 4AG2 C; 4AFZ C; 1YNZ A; 4J9D A; 1VYU A; 3IQL A; 2JTE A; 3R6N A; 3I35 A; 3LH5 A; 1KIK A; 4AG1 C; 2FRY A; 4X1V A; 1BU1 A; 2K7A A; 1SSH A; 3EG0 A; 1H8K A; 2HSP A; 2FPD A; 3KFV A; 4F17 A; 2KRM A; 2CDT A; 2EKH A; 1AEY A; 2OI3 A; 2J6O A; 1ZX6 A; 4LE9 A; 1G83 A; 2J05 A; 2KR3 A; 1K0X A; 1UGV A; 2L3P A; 4M4Z A; 1JXM A; 1E6G A; 2EGC A; 1FMK A; 3A98 A; 1AWX A; 1UHF A; 5FW9 A; 2ED1 A; 2JXB A; 1ZBJ A; 1UEC A; 2O31 A; 3VS7 A; 1SRL A; 2OAW A; 1E6H A; 1RI9 A; 1UJ0 A; 1PKS A; 1OPL A; 2RMO A; 2EGA A; 1X43 A; 2RQW A; 4GLM A; 2YUQ A; 2B86 A; 2ABL A; 4D8D A; 2DMO A; 2SEM A; 1PRL C; 1UUE A; 1MUZ A; 2LMJ A; 3M0R A; 1BK2 A; 1WDX A; 3UAT A; 3VRZ A; 2PNI A; 2DL7 A; 1WXU A; 1I07 A; 5GJV B; 2M51 A; 1M3A A; 3REA B; 2CSI A; 2CH4 W; 2MOX A; 1UJY A; 1K76 A; 2SRC A; 2J6F A; 2D8J A; 3UA7 A; 4GBQ A; 2LNH B; 1JQQ A; 2RQU A; 2K2M A; 1JO8 A; 2X3W D; 1TUD A; 1WI7 A; 2JS0 A; 3ZL7 C; 3NMZ C; 1QCF A; 3VS2 A; 1AWO A; 2DVJ A; 2JM9 A; 4CC4 B; 2GBQ A; 4OMP A; 3VS4 A; 1YCS B; 4HCK A; 1VYT A; 2L0A A; 1YN8 A; 2KNB B; 1AWJ A; 2L2P A; 2L3S A; 1TG0 A; 1QLY A; 1AZG B; 1ZLM A; 2I0N A; 1KSW A; 1WXB A; 2AZS A; 4HVW A; 1QWE A; 2A36 A; 2RQV A; 2KE9 A; 1WX6 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1QKW A; 4WTO B; 1H64 1; 4MZM A; 1QVG S; 2O9S A; 3OSV A; 1KG1 A; 4M78 G; 2DBK A; 1Q7Y R; 3VS0 A; 2J6K A; 1MV3 A; 2FZK B; 4AFU C; 4C8Q F; 3PVL A; 3QZ9 B; 3Q1J A; 5CQX A; 2AT1 B; 4OML A; 1U06 A; 1Y7X A; 1PNJ A; 2LT4 A; 3FB9 A; 2BE7 D; 2KDS A; 1NJI R; 1ZA2 B; 3L2U A; 1D0Y A; 1TTH B; 3CCJ T; 4EPC A; 4N0A A; 4RTX A; 2FPF A; 2A37 A; 2F1L A; 4CRI A; 4M78 D; 5LJ5 d; 4M78 A; 4PKC C; 4J9I A; 2NLU A; 1K0S A; 3V8J A; 3A8L B; 3G71 T; 1MMA A; 2EBP A; 3KUF A; 4C8Q B; 4B9W A; 2QQ9 A; 1VQ7 T; 1YFN A; 1Y0M A; 5IAY A; 1Q81 U; 2XG8 D; 3MO8 A; 4WCI A; 5GAO p; 3CPW S; 1TUG B; 4BE0 A; 2DL8 A; 1VQ8 T; 3EG2 A; 5J39 A; 4CI0 C; 1HXD A; 4EMK C; 1M2O A; 1S72 T; 1W2B A; 2DF6 A; 3EHR A; 3OB9 A; 4BD3 A; 2HL5 C; 4M75 G; 1VYV A; 5KYY B; 1T3S A; 2D0Q B; 2HL3 A; 3OYE A; 2DJQ A; 2JUF A; 3M0T A; 1QVF S; 3NFC A; 3JCM P; 5KCH A; 3THK A; 2VVK A; 3A8O B; 2R5A A; 1I1J A; 3HFN A; 2XDD A; 3CCR Q; 3S3M A; 1OV3 A; 1H3H A; 3S3N A; 3HFO A; 1VQM A; 2OTJ Q; 3JCM Q; 2IIM A; 3M4G A; 5GAN 4; 4A4F A; 3H41 A; 4FW1 A; 3UWN A; 2QGF B; 3JB9 J; 4PL6 A; 4XU3 A; 4IUV A; 2QQA A; 1X6G A; 1UDL A; 2GFU A; 1QP3 A; 2HQE A; 3I56 A; 4C0F A; 1NM7 A; 4HT9 A; 1WLP B; 2DD5 A; 2DZC A; 3OYB A; 1R0C B; 2VXE A; 4DBF A; 4FSS A; 1N5Z A; 1AVZ C; 3L2V A; 3QUI A; 8ATC B; 2ED0 A; 2ZPI B; 1ZSZ A; 5CKH A; 3RDV A; 5KYX B; 3HKS A; 4KUI A; 4RKU E; 2DZ9 A; 3JB9 G; 3OSS C; 2F5K A; 1D3B A; 2RD1 A; 4RCB A; 1WNL A; 1Q86 U; 4HVU A; 3NTI A; 5CO7 A; 4F14 A; 3LYI A; 5D7U A; 4PJO C; 2JVV A; 3EFO A; 2OTL Q; 2QTV A; 2RHZ A; 3DB3 A; 3V7C A; 3J80 E; 4LD9 K; 2KRN A; 4DOW A; 4PNO A; 2LCS A; 1ZQ1 A; 1WHM A; 2M0O A; 3JB9 D; 2RJD A; 4AFQ C; 1GFC A; 2K4Y A; 1Y96 A; 3I5R A; 2K79 A; 1V1C A; 3BY7 A; 2C0I A; 1SHG A; 4X9C A; 2E1H A; 2ZZD A; 3RES A; 5LJ3 e; 1GCQ A; 2X4X A; 1PC0 A; 3TEE A; 3QDF A; 2HZY A; 3PGG A; 5GMK i; 4LUE A; 2LQK A; 3CXC S; 2DLP A; 1JXO A; 4WF2 A; 2CP0 A; 1ABO A; 2JW4 A; 2QA4 A; 4C8Q E; 3UF4 A; 2EPD A; 2EGE A; 3I55 T; 4OB1 B; 1OEB A; 4JRQ A; 2K6D A; 3OYN A; 3HRS A; 1W1F A; 1AD5 A; 4Q5W A; 1ABQ A; 5GAN f; 1X01 A; 4TVR A; 2XU8 A; 1UGQ B; 1CKA A; 3GNF B; 2AKK A; 2YLC A; 4N4G A; 5FU6 B; 2WSF E; 4E7Z A; 4R56 A; 3DKM A; 4IIO A; 3CCQ A; 1Z9Z A; 4J9C A; 1M3C A; 4GLK A; 4RTZ A; 2DEQ A; 1M2V A; 2ESW A; 2OJ2 A; 2RI3 A; 4M77 C; 3VJP A; 1ZA1 B; 4RUG A; 5I11 A; 2JOY A; 4J83 A; 3OYH A; 3JSC A; 4CC2 A; 1SG5 A; 1PWT A; 2QK0 A; 1M8M A; 4OB3 B; 1N8R C; 5LJ5 h; 2YUO A; 2EJ9 A; 2QEX Q; 3G4S Q; 3FDR A; 1KC8 R; 1Q7Y C; 3C94 A; 3OMC A; 4C5G A; 1TSF A; 2JTF A; 2NUZ A; 4ESR A; 1X75 C; 3MHX A; 3CBP A; 5DLO A; 2JS2 A; 4M7D D; 4M7D A; 2VKN A; 5LL6 S; 1OU9 A; 2J06 A; 2IVW A; 3H9N A; 4IUP A; 5D6W A; 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3A8M B; 4BE1 A; 3L2R A; 1EIF A; 5AT1 B; 5CKB A; 1BKB A; 4CC4 B; 1WQ7 A; 5CVI A; 1U1T A; 5GAN g; 4HCK A; 1W4S A; 2L0A A; 1YN8 A; 2KNB B; 1AWJ A; 2HBP A; 1TG0 A; 3HRU A; 4A4H A; 3CCL Q; 2OTL A; 5GMK l; 2AZS A; 4HVW A; 3M59 A; 4ZGJ B; 3PMI A; 4ZN3 A; 2A36 A; 4E7K A; 2RQV A; 4MDX A; 1BCO A; 4B9X A; 1FMV A; 4Z02 A; 2RA2 A; 2LJ0 A; 1OPK A; 4C92 G; 2KYB A; 1YJN A; 2YWW A; 2HCK A; 2O4X A; 2JTM A; 2E6N A; 4HA8 A; 2QXF A; 3E9G A; 2KRO A; 1HJD A; 1D09 B; 3QG1 A; 1R0B G; 1KQ2 A; 2CP6 A; 5FWC A; 2JJ9 A; 1ZUY A; 2ZPE B; 3CCM Q; 1K1Z A; 1I5O B; 4X34 A; 3I9Q A; 1NEB A; 4C92 D; 4C92 A; 2BE9 B; 1G3T A; 2KYM A; 2ENM A; 2PVO B; 2QYZ A; 4J7F A; 2K5L A; 2XDP A; 2FG0 A; 4M77 E; 2E5Q A; 2W0Z A; 3HSB A; 2BZY A; 3PNW C; 1OZ2 A; 5AYF A; 4F04 B; 1UGS B; 1PHT A; 2MI6 A; 2KEA A; 1VQM T; 3OYY A; 2QGG A; 1P92 A; 4AMC A; 3JCM V; 5DY9 A; 2ECZ A; 5KE2 A; 4FW2 A; 1FXX A; 1KQ1 A; 1NE8 A; 3P8D A; 4BAC A; 2HBW A; 2QA4 Q; 1UTI A; 2PTK A; 4YTL A; 3VS6 A; 2DL3 A; 2PUO B; 3JV3 A; 3LLR A; 5GAO m; 1S1N A; 1X69 A; 1G3S A; 2LP5 A; 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