The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
13
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sequence length |
66
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structure length |
66
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Chain Sequence |
QSLQDPFLNALRRERVPVSIYLVNGIKLQGQIESFDQFVILLKNTVSQMVYKHAISTVVPSRPVSH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Rna binding protein
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| publication title |
Limited proteolysis improves E.coli Hfq crystal structure resolution
doi rcsb |
| molecule keywords |
RNA-binding protein Hfq
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| total genus |
13
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| structure length |
66
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| sequence length |
66
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2014-09-15 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF17209 | Hfq | Hfq protein |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3QUI A; 4J6W A; 3JB9 D; 5GMK h; 4M75 E; 4M7A D; 4M7A E; 2YLB A; 1B34 B; 5LJ5 e; 4C92 B; 4V2S A; 2I2L A; 4J6Y A; 1D3B A; 4J6X A; 4M78 C; 4XTX A; 5LJ3 g; 4M77 A; 1WNL A; 1I4K 1; 1WPY A; 4XTV A; 1M8V A; 3V8K A; 4M7D A; 4DQ2 A; 2HNI A; 5GAM f; 4F7U E; 2ZGW A; 4MML A; 3SWN C; 4M78 G; 1LJO A; 4XTZ A; 2CGH A; 4C8Q E; 4X9C A; 4PJO A; 2YLC A; 1D3B B; 3BFM A; 1YCY A; 4C92 F; 5CAI A; 4M77 B; 4PNO A; 5LJ5 j; 3JCM P; 4M7A C; 2DEQ A; 3HFN A; 4A54 A; 4EMK C; 4M7D B; 2FYK A; 1JBM A; 1KQ1 A; 2EWN A; 3HFO A; 4JLI A; 3RKW A; 3JCM V; 4M78 D; 3HSB A; 4M7A G; 5LJ5 g; 3V7C A; 3VU3 C; 3RER A; 2DTI A; 3JCM h; 4PJO B; 3FB9 A; 5GAM h; 3INZ A; 1H64 1; 4M77 F; 2FB7 A; 1HK9 A; 4XTY A; 4XU0 A; 4WF2 A; 4F7U G; 5GAO q; 2VC8 A; 3L2Z A; 4XU3 A; 3QSU A; 3RUX A; 4M75 D; 5I21 A; 4XQ3 A; 5GAN d; 4HT8 A; 5GAN 3; 4PJO F; 1TH7 A; 3BW1 A; 5GAO m; 4C92 E; 3JB9 I; 4RCB A; 1JRI A; 3RES A; 3JB9 F; 4A53 A; 3AHU A; 1M5Q 1; 5GAO n; 4JRI A; 5LJ3 f; 4M78 A; 4N0A C; 3JB9 J; 1I5L A; 5GMK l; 1HXD A; 5GAN h; 5DY9 A; 5GAN 8; 4C8Q D; 3SWN A; 3JCM e; 5GAO p; 5GAM e; 1Y96 A; 3JCM Q; 3JCM d; 3QHS A; 4M75 C; 4M77 E; 4XU1 A; 5GAM d; 4HT9 A; 1LOJ A; 2RD1 A; 3BY7 A; 3SB2 A; 4M7D E; 4M7A A; 5GMK e; 4EMK A; 2DJZ A; 4M75 G; 3V8L A; 5GAN 6; 4PJO E; 5LJ3 h; 4J5Y A; 2K57 A; 5LJ5 f; 2E1H A; 3RKY A; 4F7U A; 4C8Q C; 4M78 F; 4Y91 A; 4M7A B; 2DTO A; 5GAN e; 1KQ2 A; 5GMK j; 3JCM g; 4OP0 A; 3FJP A; 1BIA A; 3L1A A; 2EJG A; 2RM4 A; 4C8Q G; 3BDU A; 4C92 D; 3JCM W; 4F7U B; 4XU2 A; 3JCM c; 5GAN 2; 4M7A F; 3EFR A; 3RKX A; 4MMK A; 2DTH A; 3V8J A; 2EJ9 A; 5LJ5 h; 5GAN j; 4JRK A; 4N0A A; 4JUV A; 5LJ3 d; 4XTW A; 4HA8 A; 4F7U F; 4M77 D; 3PGG A; 3QO3 A; 5GAN 7; 3JCM b; 4M7D D; 4M78 B; 4M75 A; 5GAN 5; 5GAN g; 2Y90 A; 4C92 C; 3M4G A; 1B34 A; 2DKG A; 2YHT A; 3EFS A; 5GAO r; 1I81 A; 3SWN B; 5GAO l; 4PJO D; 4NL3 A; 3GIB A; 1Y96 B; 4X9D A; 4C92 G; 2RA2 A; 4EMG A; 1X01 A; 1WQW A; 5GAM j; 4NOY A; 1MGQ A; 2DZ9 A; 2JN0 A; 2VXE A; 2QTX A; 2E41 A; 4M75 B; 2EAY A; 2RB6 A; 3JCM J; 4C8Q A; 4QVD A; 4EMK B; 4M77 C; 1LNX A; 5LJ5 d; 4M7D C; 5GAM g; 3JCM f; 3JCM X; 4QVC A; 2DZC A; 4M77 G; 4M75 F; 4M7D G; 4PJO C; 2DXU A; 4C8Q B; 5GMK i; 1U1T A; 2DXT A; 2E10 A; 3FIF A; 4RCC A; 5LJ3 e; 4PJO G; 1U1S A; 3JB9 H; 3JB9 G; 2E65 A; 2EJF A; 1N9S A; 3V7S A; 5GAN 4; 4M78 E; 1BIB A; 3RIR A; 5GMK m; 1WQ7 A; 2VXF A; 2DVE A; 4C8Q F; 1I8F A; 4EMH A; 5GAN f; 4NL2 A; 4C92 A; 3V7R A; 4XTU A; 4M7D F; 1N9R A; 5LJ3 j; 2E64 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3CCV T; 4KUI A; 5I11 A; 5FWC A; 1B34 B; 1ZX6 A; 1WHM A; 5LJ3 g; 3A8M B; 4J6X A; 4M78 C; 3IQL A; 5GAN 3; 1Q7Y U; 2BE9 B; 5LL6 S; 1QVG P; 5M9O A; 1XNI A; 1WXU A; 2KXD A; 2ZGW A; 3JRZ A; 4F7U E; 5GAM f; 3CCQ A; 2ZPE B; 4K11 A; 1LPL A; 4C92 F; 3SFM A; 4EMK C; 2OAU A; 4QW2 A; 1Q7Y R; 1I0C A; 2DTI A; 3JCM h; 5FU7 C; 3EG2 A; 4OMP A; 5GAM h; 2JTE A; 4XU0 A; 3CCL T; 2L3S A; 2RHU A; 5KCO A; 3H0H A; 1M5Q 1; 5GAO n; 1M3C A; 1NM7 A; 1RAG B; 2PZ1 A; 4KGX B; 4N4H A; 2NUZ A; 1D09 B; 3HPW A; 2D8J A; 2EBP A; 3SB2 A; 3OYF A; 1VQO Q; 2XD0 A; 3LGL A; 2O9S A; 4J5Y A; 3G7Z A; 1D1A A; 2OJ2 A; 2LCL A; 4HVU A; 1YJW A; 9ATC B; 3EG9 A; 3CPW A; 1MMD A; 2CP2 A; 2YSQ A; 2HEQ A; 4EDU A; 2H3E B; 1K73 U; 2X3W D; 2RH2 A; 2K4Y A; 3I35 A; 1K9A A; 1WFW A; 2CZ7 B; 1PSE A; 5GAN j; 2OTL T; 5GAN 5; 1MND A; 1B34 A; 1K73 R; 2KNB B; 3CCJ T; 2CKK A; 2R57 A; 1QVP A; 4EIK A; 5EC7 A; 4BE1 A; 1RAF B; 1WLP B; 3CEY A; 3A5Z B; 1O75 A; 1UTI A; 4L6V 5; 4JJN K; 3JCM X; 2E6N A; 3HL8 A; 2HAX A; 1VQN T; 1UDL A; 1VQ4 Q; 3QYH B; 1X6O A; 2DRK A; 2VGN A; 3UA7 A; 4LUE A; 5GAN 4; 2NWM A; 1N6A A; 2DVE A; 3VJP A; 2CZ1 B; 4QQG A; 2AZS A; 2JM9 A; 3TSZ A; 3EFO B; 1NPP A; 1I4K 1; 1IB8 A; 2J6F A; 2RNA A; 4Y92 A; 1JU5 C; 3OYA A; 3FC3 A; 2QAZ A; 4M78 G; 4P5N A; 3HRS A; 2K6D A; 1T3L A; 2DA9 A; 3BFM A; 2CUD A; 4BY6 B; 3GOX A; 3JCM P; 3RKW A; 2JMC A; 1ZHI A; 3VS3 A; 2EW3 A; 2WSE E; 4L5G A; 3RER A; 4PJO B; 2D9T A; 2DF6 A; 3X25 B; 1UG1 A; 2RI5 A; 2V8K A; 2R58 A; 3REB B; 3L2Z A; 3LWI A; 1BBZ A; 2I0N A; 2CH4 A; 3CC2 A; 4IUT A; 1NJI U; 2SRC A; 1Y57 A; 4WCI A; 2WAC A; 1AVZ C; 1I5L A; 1NLP C; 1SHG A; 2MYS A; 3OSS C; 5A0G A; 4E47 A; 1NJI R; 4KH1 B; 3ME9 A; 2PQW A; 1M30 A; 2RPN A; 3NFC A; 1PNJ A; 1YJN Q; 1SSH A; 2C0O A; 3JAM E; 2FZC B; 4FYW B; 5KYY A; 5KYW A; 4BE0 A; 4DBF A; 1G8X A; 2GGR A; 1ZA1 B; 2QEX T; 1B07 A; 1U5S A; 3CCU Q; 4FSX A; 3CD6 A; 2ED1 A; 2V8J A; 1VQP Q; 3S3N A; 2FG0 A; 3X28 B; 1WJQ A; 4E7J A; 1MGQ A; 4M75 B; 2LNV A; 3VRY A; 1YCS B; 3C12 A; 2NUT B; 2P0P A; 1W2B S; 3A8G B; 3C95 A; 1SRL A; 4C8Q B; 2CYZ B; 2A37 A; 2LX9 A; 3ER0 A; 5DM7 R; 2LX7 A; 2JUF A; 3JB9 H; 2D0Q B; 1PCX A; 2CP0 A; 5EG2 A; 2M9U A; 2HSP A; 4C92 A; 4J6W A; 3OYE A; 1W4S A; 2LQN A; 1QWF A; 4AG1 C; 1UHF A; 2CT3 A; 1ZUK A; 1WPY A; 4M7D A; 3CCR A; 2C0T A; 5IH2 A; 2QA4 T; 2OAW A; 4FSS A; 4J9B A; 5LJ5 j; 1OX8 A; 4FYY B; 1FX7 A; 1C0M A; 1QVF A; 2JW4 A; 2P0Q A; 3HSB A; 4YTL A; 3V7C A; 4E7L A; 4GLK A; 1G3Y A; 3PE0 A; 4RTV A; 1WX6 A; 4XTY A; 2VC8 A; 2LZ6 B; 2RF0 A; 5GAN d; 1W1F A; 3N5B B; 4RCB A; 1BYM A; 1W6X A; 1WHJ A; 3CME T; 2R5M A; 4LD6 A; 1G83 A; 2BE7 D; 3SD4 A; 3M0T A; 2LQK A; 5GAN 8; 4J9H A; 4F04 B; 1KQS S; 3EHQ A; 1CKA A; 1UE9 A; 1XJW B; 2DJZ A; 2DYB A; 2QI2 A; 1ZLM A; 3I56 A; 4PFO A; 4M7A B; 1ACM B; 2CZ6 B; 2DRM A; 2HMA A; 4J7F A; 2DL4 A; 2JTM A; 2K79 A; 1EIF A; 3JCM W; 1K8A U; 2QQB A; 4HCK A; 4A4G A; 1GCP A; 4RG2 A; 3FDR A; 1JO8 A; 2M51 A; 1ARK A; 1M8M A; 1K8A R; 2V1R A; 3EFS A; 4OMN A; 2O31 A; 4JDS A; 4OF1 A; 2QQA A; 3S3O A; 1GRI A; 2E41 A; 2DJQ A; 1XOV A; 5GAM g; 3WVD B; 4BAC A; 3OYK A; 4RCC A; 1Q82 U; 1VQM A; 2X4Y A; 1X43 A; 4JPB W; 5IHK A; 1EFN A; 2RJC A; 3QXE B; 1RAA B; 1S72 Q; 2JZ2 A; 3CC4 T; 1C6V X; 4XTU A; 3QKJ A; 1Q82 R; 2HBW A; 4BI8 B; 2QDL A; 3PIO A; 3OYB A; 4MZT A; 1BK2 A; 1FYN A; 4DQ2 A; 3AT1 B; 4OB0 B; 3PMT A; 4XTZ A; 2O2O A; 5CAI A; 4M77 B; 2DEQ A; 2DIQ A; 1RLP C; 3RBB B; 4M78 D; 1M2O A; 5HCK A; 1D0X A; 4PKC C; 3L42 A; 2F2X A; 3MO8 A; 5GAO q; 5C6S A; 1VIE A; 4FM4 B; 3CXC S; 1OI1 A; 1YJN T; 1K9M R; 1VQ5 Q; 2A28 A; 4AG2 C; 1UB4 A; 1NYG A; 1LVK A; 2OTJ Q; 1V76 A; 1QQJ A; 2COZ A; 3P8B B; 2KAF A; 3GLX A; 4RMO A; 1PHT A; 2HBP A; 2HCK A; 3RKY A; 1QVG A; 1YJ9 T; 3CCU T; 2DTO A; 4IUP A; 2O9V A; 4OMF B; 4Z88 A; 2O01 E; 2PU9 B; 1ZSZ A; 2EYQ A; 3PT9 A; 4MMK A; 3BE3 A; 1VQ6 A; 2L3P A; 2DL8 A; 3G6E A; 3UT1 A; 1TUD A; 1YI2 T; 3ASK A; 1VQ9 A; 4HCZ A; 4C0D C; 3J80 E; 1C1A A; 3G4S T; 2QXF A; 2YHT A; 2K3Y A; 1Y96 B; 2LJ1 A; 1P92 A; 4JRP A; 1ZUU A; 5LJ5 d; 1OPL A; 4J9I A; 2D0N A; 2F2V A; 4LN2 A; 3A8H B; 1RAC B; 2OX7 A; 4N4I A; 1PKT A; 5KYU A; 3JV3 A; 4B9X A; 4JRQ A; 1YIT A; 2PUK B; 4L59 A; 2FZG B; 2K5I A; 2EFI A; 5LJ3 j; 2VYT A; 1I07 A; 2ROT A; 4FU6 A; 3O8V A; 1PSF A; 1BKB A; 2FPE A; 3V8K A; 2YWW A; 4J9D A; 2LMJ A; 2KMT A; 3CCS A; 1NYF A; 3CCJ Q; 3CCE T; 1WHH A; 4A54 A; 4ME7 A; 1JBM A; 2M16 A; 4RTX A; 1Y7X A; 2KR3 A; 2LC4 A; 3H41 A; 2JXB A; 1QW1 A; 2AHJ B; 4F7U G; 2D6F A; 2LCC A; 3JB9 I; 1JRI A; 3M57 A; 2ZCF B; 3CCV A; 3VS0 A; 3A98 A; 5GMK l; 2KBT A; 2P4R A; 5GAO p; 1Y96 A; 3H8Z A; 2B86 A; 2DMO A; 4FYV B; 1H3Z A; 1Q95 G; 2RHI A; 2KGT A; 3PMI A; 2JM8 A; 4PJO E; 1OEB A; 2W10 A; 1BI2 A; 3G71 A; 2JTF A; 2E3H A; 4OMO A; 5CKB A; 2EJG A; 1PG5 B; 2NLU A; 1VQK T; 2YUO A; 2QG9 B; 2YDL A; 4CC3 A; 3URG A; 5KE2 A; 1SPK A; 2LJ0 A; 3VS4 A; 3OYD A; 2OI3 A; 4UC4 A; 3VS6 A; 5GAO l; 2LQ8 A; 5A2Q E; 2EKO A; 2J7I A; 3EGD B; 5CKE A; 1OZ3 A; 1H3H A; 3LX7 A; 1NPR A; 2DLP A; 4XK8 E; 4LDV A; 3L2R A; 1B7T A; 1RI9 A; 1Q81 R; 1WJR A; 3M0P A; 3NGP A; 3PIP A; 1U1T A; 4KGV B; 1E7O A; 3OW2 P; 2E65 A; 1JXM A; 1UGP B; 1I8F A; 2FEI A; 4WTO B; 1TWB A; 3H0I A; 3QDR B; 4M75 E; 3FLG A; 5HK3 A; 2AKL A; 2FPD A; 2LNH B; 5AT1 B; 2DK3 A; 1WI7 A; 2JJ9 A; 1X6B A; 1YJW Q; 2DYI A; 2GTO A; 3OYN A; 4C8Q E; 3GBQ A; 3UDC A; 4RTU A; 5J26 A; 2ZAE A; 1VQN A; 1VQ5 T; 3A8L B; 1SF9 A; 1H64 1; 1H92 A; 3EG3 A; 2J06 A; 5KE3 A; 1AWO A; 4XU3 A; 3QSU A; 4PJO F; 3RES A; 1OX9 A; 2V8I A; 1M9S A; 5DY9 A; 5HK0 A; 2FHD A; 2QK0 A; 8AT1 B; 2RQV A; 4Z89 A; 1M4Z A; 1RAI B; 2RD1 A; 1YP5 A; 2IIM A; 1N5Z A; 4DEY A; 2DVJ A; 5GAN 6; 2ZPG B; 3QBY A; 1VQ8 Q; 5FLX E; 2EYX A; 1XTD A; 2GCX A; 1UJ0 A; 3CC7 A; 2QA4 Q; 1DJ7 B; 1X69 A; 3I5R A; 3H0F A; 3OYM A; 2KRM A; 4C92 D; 1AHJ B; 5CIU A; 4C0G A; 2HQH A; 3NTK A; 4JS4 A; 3EFR A; 1XQH A; 2CRE A; 4IIO A; 5LJ3 d; 3PFS A; 1ZQ1 A; 2J05 A; 3GP8 A; 4M7D D; 1PRM C; 2XIC A; 2E4H A; 1I81 A; 3UA6 A; 1GCQ A; 1IRE B; 1UUE A; 2MWP A; 1VQ7 A; 3CME Q; 2RJD A; 2FO0 A; 2MWO A; 2QTX A; 3DKM A; 1GL5 A; 1LNX A; 1WHG A; 4KH0 B; 2DZC A; 4OVA A; 4M75 F; 3RDV A; 1YHQ A; 3CC2 Q; 2W0Z A; 5CVI A; 4ZGD B; 1QCN A; 2RJE A; 4BUG A; 2BKD N; 2EJF A; 3V7S A; 1IO6 A; 3EGX B; 4C8Q F; 3OYH A; 4C0Z A; 5GAN 2; 4OML A; 2RI3 A; 2LVM A; 2KQW A; 1YIJ A; 4CC7 A; 1WXT A; 1N8R C; 5AYF A; 4QQD A; 2VWF A; 3OYL A; 2HL5 C; 2LTO A; 2PVG B; 5L8R E; 3VS5 A; 4ZTF A; 4LUD A; 3L2W A; 5CQY A; 4VUB A; 2DL3 A; 1A0N B; 4LDW A; 2KRO A; 1QP3 A; 3CQT A; 3ULR B; 4BB7 A; 2HD0 A; 1JQQ A; 4WF2 A; 4XAX B; 3CBO A; 3VUZ A; 4KGZ B; 2XU8 A; 3BW1 A; 1BB9 A; 2MK5 A; 3M0S A; 3OYC A; 3CCM T; 3QWY A; 1M90 C; 5IAY A; 2RQW A; 1HXD A; 2MOX A; 3I5S A; 2MMP A; 3CC4 Q; 4M77 E; 4E2F B; 2X4J A; 4F17 A; 4E7Z A; 1YFN A; 4PLL A; 5D6Y A; 2NUP B; 2J6O A; 3CCQ T; 4HCC A; 4BI4 A; 1UEC A; 3DB3 A; 2RHZ A; 3OS2 A; 1E6G A; 1RAB B; 1G3W A; 1TTH B; 4XU2 A; 2BUD A; 4J9G A; 1SG5 A; 1OQK A; 2WSC E; 3EGX A; 3QJ6 A; 4M7A F; 1VQO A; 1WDX A; 2JS0 A; 4N0A A; 1M27 C; 4D6W A; 1MV0 B; 3QYG B; 3DLM A; 6AT1 B; 1NZ9 A; 3QO3 A; 4OB1 B; 2G3R A; 3EHR A; 1WA7 A; 5IXF A; 3MET A; 5GAM j; 2RHX A; 1W2B P; 2JN0 A; 1T0H A; 1M3B A; 1KSW A; 3I55 A; 4CC2 A; 4GLM A; 2DNU A; 4CC4 B; 1YJW T; 3CBM A; 1YJ9 Q; 2RMO A; 1WQ7 A; 4EMH A; 1EZZ B; 2RI2 A; 3EFO A; 1YWP A; 1WHL A; 5GMK h; 4JLG A; 4OB2 B; 1QWE A; 5D6W A; 1VQ4 A; 1AD5 A; 4LNP A; 2P0K A; 4XTV A; 1YI2 Q; 4AFZ C; 1QCO A; 2X51 A; 3TSW A; 2A08 A; 2YUN A; 3G4S Q; 2CGH A; 1AEY A; 4PJO A; 2YRD A; 4RKU E; 1K76 A; 4RTZ A; 1GFD A; 1RL2 A; 1VA7 A; 4JLI A; 2BZY A; 5FWB A; 1JJ2 S; 2KE9 A; 4M77 F; 2FB7 A; 2C0I A; 1Z9Q A; 5L23 A; 4HVV A; 5KYN A; 2YT6 A; 2RO0 A; 1KK7 A; 4DBQ A; 5FRO A; 4LDX A; 1VQ8 T; 1KQS P; 2EVR A; 4TVR A; 2M02 A; 3QHS A; 5HY6 A; 3L2U A; 2QDY B; 3M59 A; 2HQX A; 2JOY A; 3OA6 A; 5D7U A; 1VQL A; 2QQ9 A; 2COY A; 2F1L A; 4BY6 C; 1KQ2 A; 2HL3 A; 2DD5 A; 4HVW A; 4J8O A; 4F7U B; 1LCK A; 3CCE Q; 1QP2 A; 8ATC B; 2EJ9 A; 4F16 A; 5I2M A; 4LDU A; 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