The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
7
|
sequence length |
84
|
structure length |
84
|
Chain Sequence |
GSSGSSGFRVGERVWVNGNKPGFIQFLGETQFAPGQWAGIVLDEPIGKNDGSVAGVRYFQCEPLKGIFTRPSKLTRKVSGPSSG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Solution structure of the 1st CAP-Gly domain in mouse CLIP-170/restin
rcsb |
| source organism |
Mus musculus
|
| molecule tags |
Protein binding
|
| molecule keywords |
Restin
|
| total genus |
7
|
| structure length |
84
|
| sequence length |
84
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2005-05-19 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01302 | CAP_GLY | CAP-Gly domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | CAP Gly-rich-like domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1TXQ A; 1WHM A; 2HQH A; 4B6M A; 2CP6 A; 2QK0 A; 2CP7 A; 2E4H A; 1WHK A; 2CP2 A; 2CP3 A; 2HKN A; 1TOV A; 3TQ7 P; 2HL3 A; 1IXD A; 1WHG A; 2COW A; 2M02 A; 2E3H A; 1WHH A; 2CP5 A; 1LPL A; 1WHJ A; 2HL5 C; 3E2U A; 3RDV A; 1WHL A; 2COZ A; 2MPX C; 2HKQ B; 2Z0W A; 2CP0 A; 2E3I A; 2COY A; #chains in the Genus database with same CATH topology 5EC7 A; 2XI9 A; 1H3H A; 1VIE A; 1J3T A; 1QVF A; 5KYX B; 3E9F A; 3RES A; 3CC7 T; 3EAE A; 5KE3 A; 3M5A A; 4M77 E; 3VS7 A; 2YLB A; 1R0C B; 4M7A E; 4OB1 B; 2JTF A; 2PU9 B; 3QKJ A; 2ESW A; 1G3S A; 1X43 A; 3PFS A; 3X20 B; 3SWN B; 3SFM A; 1RAF B; 5LJ3 h; 2QQ9 A; 1WXB A; 3RR6 A; 1WI7 A; 1ZLM A; 4LUE A; 1VQ4 A; 4E2F B; 2EPD A; 3FJ5 A; 1W2B P; 1RAE B; 2E6N A; 3QWX X; 1K73 R; 3EFO A; 1BIB A; 1V29 B; 2A7Y A; 5C0M A; 5A0G A; 2JOY A; 3L2Q A; 2VB6 A; 1QW1 A; 2BZ8 A; 2DRM A; 4J6X A; 4HKE A; 1T3S A; 5GAN h; 4X9C A; 4F04 B; 1Y57 A; 1MV0 B; 3JCM P; 2KRN A; 2QK0 A; 2VXF A; 5GAN g; 3I55 A; 5IT9 E; 1Q86 C; 2LNV A; 3LH5 A; 3UDC A; 4ZTJ A; 4ZGJ B; 4AMC A; 1Q82 U; 3QDF A; 1U3O A; 3MEV A; 2YLC A; 4AT1 B; 2XDB A; 4OB0 B; 1KQS A; 2WAC A; 1QQJ A; 5HCK A; 1QP2 A; 3I9Q A; 1GCQ A; 1ZX6 A; 2FRW A; 2CSI A; 1MUZ A; 1JO8 A; 2OTL A; 2QQS A; 2ZCF B; 2G3R A; 1IGQ A; 4JPB W; 3PE0 A; 5AT1 B; 2D8J A; 3VUB A; 2QXF A; 5J3B A; 4BE0 A; 2D6F A; 1WQW A; 4M7D C; 2FRY A; 2PZ1 A; 2E6Z A; 1KQ2 A; 3V7C A; 2K3Y A; 4LDV A; 2YDL A; 4ESR A; 3HKS A; 1FYN A; 2AZS A; 3GPL A; 1ACM B; 2EYZ A; 3M0S A; 3JSC A; 1LVK A; 4R56 A; 1YWO A; 3CCL T; 4PJL A; 1VQ7 Q; 3CCE T; 1VQO A; 1OUL A; 2F2W A; 4OVA A; 4C0D B; 5KYY A; 1GRI A; 1X27 A; 4J83 A; 3CMA A; 1Z9Q A; 2RJC A; 4RTZ A; 2E41 A; 4PJO G; 3CCV Q; 1FMV A; 2KYM A; 2HL5 C; 4DOW A; 3EGU A; 2EQI A; 1AZG B; 3SDZ A; 4PJO C; 1LCK A; 2KI7 A; 4PLL A; 1VQM T; 3QPH A; 3JCM g; 2OX7 A; 1Q81 R; 4E7L A; 3M59 A; 2QAS A; 3BFM A; 3CC7 A; 2HEQ A; 1IHV A; 1ABO A; 1GCQ C; 1RLP C; 4M7A G; 1X6B A; 3JCM W; 4OMN A; 3CCU A; 4FYW B; 3REA B; 4C5I A; 2M16 A; 3EHR A; 4FYX B; 2L3Q A; 2X4X A; 1NEB A; 3UPU A; 1HSQ A; 2FYK A; 2PUO B; 1RAH B; 4BY6 B; 2QA4 T; 4J9G A; 1FX7 A; 2C06 A; 1K8A U; 1UJY A; 4Z89 A; 1XOV A; 4KH0 B; 2P4T A; 3FLG A; 3HHT B; 2OTL Q; 3EG2 A; 1YJW Q; 2F1L A; 3MHX A; 3VS4 A; 4DEX A; 4JDS A; 4F7U A; 4RTT A; 3I56 T; 2ECZ A; 4QVZ A; 1IRX A; 2MI6 A; 1JJ2 A; 4Q5W A; 2GF7 A; 3GP8 A; 1G3T A; 3KFV A; 4E7J A; 1M27 C; 1OPL A; 1K8A C; 1Y96 A; 5FRN A; 2EWN A; 3MCA B; 2RQU A; 2DA9 A; 2LVM A; 4C8Q B; 1X01 A; 4KGZ B; 1PG5 B; 4ZGE B; 3TCJ A; 2RPN A; 1KD1 C; 2EFI A; 4QKU A; 1CKA A; 2DKG A; 1LPL A; 5L23 A; 2CUD A; 1OZ3 A; 2A0F B; 4Z88 A; 1AWW A; 2F5K A; 1IB8 A; 1WHM A; 2FHD A; 1RUW A; 1AWX A; 2DIQ A; 3EG9 A; 4KUD K; 1MNE A; 1BI3 A; 2DAQ A; 1QCF A; 2VVK A; 3H41 A; 5LJ3 j; 1SEM A; 2EKO A; 1ZSG A; 2JS0 A; 2EYW A; 4IIM A; 2DF6 A; 2CH4 A; 2E5Q A; 4E7S A; 3CCL A; 3H0H A; 2YSQ A; 4BI4 A; 3CCE A; 2DPP B; 2NLU A; 5CKB A; 5FLX E; 1W2B S; 3M0R A; 1AEY A; 1U1T A; 3RNJ A; 1UGV A; 2LRQ A; 1M30 A; 2EYQ A; 3OYH A; 1JEG A; 2D1X A; 2IIM A; 4EIK A; 1VQM A; 3HPW A; 1QKW A; 1KHC A; 1YI2 T; 3P8D A; 1W70 A; 2V8I A; 4F7U E; 4HA8 A; 1W1F A; 4EMH A; 3EG0 A; 1ZSZ A; 2K6D A; 3F70 A; 5GAO r; 2KY9 A; 5GAO l; 1YJN A; 2W10 A; 5CR2 A; 3J81 E; 2E4H A; 5FWC A; 1A0N B; 3GOX A; 2KDS A; 5CCA A; 1PKT A; 3PIP A; 5IXB A; 3A8M B; 2QA4 A; 2R5M A; 3HFN A; 5I2M A; 3O8V A; 3L42 A; 1VQ5 Q; 1EX4 A; 1HYO A; 3DLL A; 4IUT A; 4FM4 B; 2K5I A; 5LL6 S; 2VV5 A; 2D9T A; 1W2B A; 2KBT A; 3M9Q A; 1R8O B; 5GAO p; 5FU7 C; 3VS2 A; 5I21 A; 4XU3 A; 1G83 A; 5CKE A; 3M53 A; 1X6O A; 4QVD A; 3JCM Q; 3NTH A; 5FW9 A; 3OS2 A; 1UE9 A; 4XTY A; 3CC2 Q; 2H3J A; 3LWH A; 4EPC A; 2GQI A; 2XIC A; 3PMI A; 1N8R R; 1JJ2 S; 4E7I A; 8ATC B; 3CME A; 1K4U S; 3NTI A; 1SSF A; 3CEY A; 3BE3 A; 2RA2 A; 2KT1 A; 3R6N A; 1PWT A; 1OX8 A; 3H9N A; 1HJD A; 4AG1 C; 2E70 A; 1UB4 A; 1RAC B; 2M1H A; 3OS1 A; 3CCJ Q; 1YIT T; 2O4X A; 4OGC A; 2MWO A; 3V7R A; 7AT1 B; 4EDU A; 5LJ5 f; 1QVF S; 3WVD B; 3JCM h; 5A0D A; 2JVV A; 1VYU A; 3A8H B; 3OS5 A; 3QJY A; 3OYA A; 5DY9 A; 5IH2 A; 4J5Y A; 2P0K A; 4J6Y A; 4EMK C; 4N4H A; 4HVV A; 1Y7X A; 2V8J A; 2XU8 A; 4HVU A; 1VQ6 A; 2RI3 A; 4O5V A; 5LJ5 j; 1S72 Q; 3V8K A; 3Q1J A; 3OW2 A; 2J7I A; 3EFS A; 4JJN K; 3V7S A; 2VUB A; 4C92 F; 3RMQ A; 3NGP A; 4M75 G; 5GAO q; 4L6V 5; 2VYT A; 3SHW A; 1O9S A; 5GMK e; 1NJI R; 1PD1 A; 2OI3 A; 2M0Y A; 2HAX A; 3LH0 A; 2ENM A; 2MYS A; 2ZPI B; 1HK9 A; 2OTJ T; 4M7D E; 3UF4 A; 1Q86 R; 4LDW A; 1YCS B; 3ER0 A; 3CPW P; 4GY5 A; 3TU4 K; 4RG2 A; 5GAN 4; 2KNB B; 1UG1 A; 4ZN1 A; 1BBZ A; 4QQG A; 1YJN T; 2ROT A; 1WGS A; 3EGX B; 3SB2 A; 4JRP A; 1TSF A; 3A98 A; 4GLM A; 2CSQ A; 3CME Q; 4DOV A; 4AFU C; 2DJQ A; 4M4Z A; 1K73 C; 1VQ8 Q; 1ZUU A; 3I56 Q; 4MZT A; 4NL2 A; 3CCV A; 3ZFJ A; 2R5A A; 5M9O A; 3C4S A; 3GNF B; 5CKD A; 2DZC A; 3NMZ C; 3OW2 S; 3CXC A; 3DLM A; 4DEY A; 1GL5 A; 2LT1 A; 4RUG A; 2EKH A; 5KYW B; 4VUB A; 4L5G A; 2XDP A; 2ZAE A; 1Q81 U; 4DBQ A; 4ZTF A; 3QHS A; 3CBM A; 2GQV A; 4C92 D; 4J7I A; 4ANJ A; 3GBQ A; 1XNI A; 4FW2 A; 3QG1 A; 5FWB A; 1X2Q A; 2LJ1 A; 2RHZ A; 2BKD N; 4A4F A; 1D09 B; 2YRD A; 2ZZD A; 3VV0 A; 2LP5 A; 4BI3 A; 2Z0W A; 1UGR B; 1V76 A; 2RI2 A; 3REB B; 1OU9 A; 1BB9 A; 2RHI A; 4P5N A; 4A4H A; 1BCM A; 5AYF A; 1SKU B; 2AZV A; 4JLG A; 4C8Q E; 4D8K A; 2RM4 A; 1ZA2 B; 1JXO A; 3SEM A; 2RD1 A; 1YHQ Q; 1VYT A; 3CBO A; 2M02 A; 1X69 A; 5GMK m; 1GXI E; 3L2U A; 1N6A A; 5CKH A; 1YIJ A; 4M7A F; 4YTL A; 2RHX A; 2EYY A; 2KR3 A; 2JN0 A; 3VS3 A; 5LJ3 f; 3S3O A; 1YI2 Q; 1PSE A; 2F2V A; 4WF2 A; 5GAM e; 2C0I A; 4FU6 A; 2ABL A; 4C8Q G; 3CCS T; 1DJ7 B; 4A4G A; 1G3W A; 4XTW A; 3GLX A; 3EHQ A; 1VQ8 A; 3MEW A; 3I56 A; 1MMA A; 3T9N A; 4QT7 A; 4CI0 C; 4C92 G; 3G6E T; 1K76 A; 2COZ A; 1BIA A; 4M7A C; 3OYL A; 3GNG A; 1T0H A; 2PUK B; 4LE9 A; 5LJ5 h; 3VS5 A; 2OTJ A; 1UGP B; 5GAM j; 1YWP A; 2CP3 A; 1WYX A; 2IPO B; 4C5E A; 3A8O B; 3AT1 B; 2BE9 B; 2L8D A; 2GGR A; 2X3X D; 2DJZ A; 4JJB A; 2B8A A; 2MPX C; 4AG2 C; 1JBM A; 5A0L A; 3L2Z A; 1VQL A; 4RG8 A; 3FRN A; 5LJ5 g; 1RAG B; 1WXU A; 4C0Z A; 1M1K U; 2DYB A; 1UUE A; 4M75 F; 5GAM g; 2DEQ A; 3CC2 T; 1G8X A; 2GFU A; 2LQW A; 2COW A; 4HCK A; 1T3L A; 4C8Q A; 5DLQ E; 2PVD B; 1YCY A; 1VQN T; 2K7A A; 3PVQ A; 2A36 A; 3OA6 A; 5KYY B; 3JB9 H; 3JB9 J; 1WJS A; 1GFD A; 1KC8 U; 2RQW A; 2VWF A; 2XK0 A; 1N8R U; 3DB3 A; 4E7K A; 1F1B B; 1WX6 A; 4HXJ A; 4Y92 A; 1M90 U; 5GJV B; 1N9R A; 2ZPB B; 4F17 A; 5KCO A; 4OMM A; 2G6F X; 2E3H A; 5J26 A; 2LQN A; 2CP5 A; 1PRM C; 3L1A A; 5GAN 2; 4DBH A; 4WTO B; 4ZNX A; 1KQ1 A; 2I0N A; 3RUX A; 3OYC A; 1UGS B; 3LWI A; 1YJ9 T; 1QVG S; 2CP6 A; 2CRE A; 5GAM f; 5A2Q E; 2GFA A; 3OYG A; 2PQW A; 1E6G A; 2HBW A; 2XG8 D; 1AVZ C; 1UGQ B; 3C95 A; 4HCZ A; 3RIR A; 3L2R A; 4A54 A; 2MOX A; 4L59 A; 5GAN 8; 3G71 Q; 2JM9 A; 2E1H A; 4A4K A; 4BDZ A; 4RTW A; 4PFZ A; 1YIJ T; 2CS7 A; 3LYI A; 2DXC A; 3EG1 A; 4X9D A; 1D1C A; 5D6Y A; 2MMP A; 1UFF A; 2JS2 A; 2K2M A; 5CIU A; 5FRO A; 2L89 A; 1IGU A; 5GAN f; 2BE7 D; 4M7D D; 1KQS P; 4ME7 A; 3VRY A; 2K4Y A; 2CKK A; 1VQ9 T; 1M90 R; 2DEU A; 1WLP B; 2Y4Y A; 1M3B A; 3M4G A; 3OW2 P; 2DM1 A; 1WFW A; 5GMK l; 2L2P A; 1OZ2 A; 2DX1 A; 3CC4 Q; 2CUB A; 4RTX A; 3G4S A; 1KC8 R; 3CCM T; 2DD5 A; 1BK2 A; 4FW1 A; 3OB9 A; 1JRI A; 1LJO A; 1S1N A; 4PFP A; 2LCC A; 3CCJ A; 4B9W A; 1IXD A; 1OPK A; 1VUB A; 2OAU A; 3CCQ Q; 2DTH A; 1MV3 A; 2WSF E; 2DXT A; 2K79 A; 4C0F A; 1Y0M A; 2QTX A; 4J9C A; 2ZPE B; 4LXC A; 1PC0 A; 4KH1 B; 1VQ6 Q; 2A3L A; 5GAM h; 2IVW A; 2JM8 A; 4OMF B; 1OQK A; 4PJJ A; 4XTV A; 3CC2 A; 1BU1 A; 2IG0 A; 4HCB A; 4KUI A; 1RAD B; 1AD5 A; 3VUZ A; 2EJG A; 4KRT A; 2XID A; 1Q7Y C; 5I11 A; 1NPR A; 1P92 A; 2Y4X A; 4OGE A; 4M75 C; 4J9H A; 2X4W A; 4IUU A; 1AHJ B; 3QUI A; 4N4G A; 4A53 A; 1XQH A; 2HSE B; 3QXE B; 2WSE E; 3HRT A; 4LN2 A; 2O4X B; 3CCR A; 2LX7 A; 3JCM V; 2XDD A; 2DBK A; 3QZ9 B; 1YHQ T; 4M7A D; 4JJC A; 4IUQ A; 2FZC B; 3H0I A; 1M5Q 1; 2GNC A; 3CPW A; 2YUP A; 2EVR A; 2RQR A; 2O01 E; 1VYV A; 4HVW A; 2LX9 A; 1D3B B; 2XD0 A; 4OMQ A; 3CCU T; 1KD1 R; 1RAI B; 5CQY A; 1FMK A; 2JT4 A; 2ZPH B; 3H0F A; 3PIO A; 4E7Z A; 3LW5 E; 3CCS Q; 2LJ3 A; 3O5Z A; 2ATC B; 3SWN A; 1FMW A; 3H8Z A; 2RQV A; 5CKF A; 2QEX A; 2J05 A; 4J9D A; 1K9M U; 3CCV T; 1VIF A; 1Y07 A; 3G6E Q; 1MMN A; 1M1F A; 3CXC P; 2L3P A; 3FC3 A; 2D8H A; 4CC2 A; 1KD1 U; 2NUP B; 1VA7 A; 2LDM A; 2DRK A; 1UHF A; 4LDY A; 4M7D A; 4JJD A; 1KIK A; 1IZ6 A; 1PHT A; 4MZP A; 3V8J A; 4JRI A; 2DMO A; 2NUT A; 4XTZ A; 2HKN A; 3QZ5 B; 1GCP A; 3PT9 A; 4OB3 B; 3LX7 A; 1AT1 B; 2ZPF B; 4PJO A; 4IIO A; 1GBR A; 3I5R A; 4XTX A; 4RTV A; 2FPF A; 5LJ3 e; 4BB7 A; 1K0X A; 4C92 B; 3TSZ A; 1VQN Q; 3EH2 A; 2DK3 A; 2HQE A; 3ZBD A; 4M78 G; 1TTH B; 1C1A A; 1KFZ A; 1OV3 A; 2AT1 B; 4HT8 A; 2KRS A; 4Y91 A; 3M0T A; 1D1B A; 4JLI A; 5FU6 B; 3HSB A; 3BDU A; 2LQ8 A; 5HY6 A; 2QAZ A; 2RJD A; 2CP0 A; 2MWP A; 5KYW A; 3L2V A; 4J6W A; 2K5L A; 2YUO A; 4Z8A A; 2QYZ A; 1TS9 A; 4ELZ C; 3TRE A; 2NUZ A; 4PK4 A; 3C12 A; 3ZL7 C; 2FL7 A; 3MEU A; 3EG3 A; 3NPF A; 2YRC A; 4IUV A; 3M58 A; 3CCS A; 1K1Z A; 4E47 A; 1VQK Q; 4M7A B; 3EG9 B; 1YJ9 Q; 4PFO A; 1OU8 A; 1SSH A; 2KXD A; 5CVI A; 1D0Y A; 1ZA1 B; 3UA6 A; 4PL6 A; 3MEA A; 4PJM A; 4KBM B; 2JXB A; 1V1C A; 1I81 A; 1SPK A; 1D3B A; 3S6W A; 1QKX A; 1WIE A; 4NS5 A; 3MKD A; 4BDY A; 1YHQ A; 1U1S A; 4FIB A; 1I0C A; 1N8R C; 3CD6 T; 4QW2 A; 1YNZ A; 2J6O A; 2HNI A; 4NOY A; 2RJE A; 1SF9 A; 2C0T A; 1WNL A; 1VQP A; 5GAO m; 1TUD A; 3CXC S; 4M7D F; 3M55 A; 1HXD A; 3MPU B; 2CYZ B; 1BYM A; 2K5F A; 3JB9 D; 5IAY A; 1VQ7 A; 1VQ9 Q; 2DET A; 1T0J A; 2VC8 A; 5DLO A; 1WQ7 A; 1WHG A; 2K3X A; 1EIF A; 4M7D B; 1CSK A; 4C92 C; 3CCM Q; 4M77 D; 5L8R E; 4DA4 A; 2F2X A; 3OMG A; 1YIT A; 2NUP A; 1D0Z A; 4RCC A; 2E65 A; 2O9S A; 2ED0 A; 3UA7 A; 3KXT A; 1YN8 A; 2RH2 A; 2AHJ B; 2QDL A; 2Y90 A; 2JMC A; 2J6F A; 4MML A; 3I5S A; 4J9I A; 5LJ5 d; 1KJW A; 3OMC A; 3QO3 A; 2JNG A; 1VQ6 T; 2EJ9 A; 3OSV A; 3CQT A; 2CZ0 B; 1G3Y A; 4V2S A; 2O88 A; 9ATC B; 3OYI A; 4AFZ C; 3MP1 A; 3A5Z B; 1TU0 B; 2DTI A; 2LNH B; 1YJ9 A; 1OYX A; 2K57 A; 5IHN A; 2HQX A; 4FCY A; 2CT4 A; 4DBF A; 3OYM A; 4CC4 B; 3QJ6 A; 4M78 A; 1FWZ A; 1N5Z A; 1YJW A; 4M78 F; 3JCM b; 1NBE B; 4J8O A; 3NTK A; 2VGN A; 4JS5 A; 1XTD A; 1Z9Z A; 2VKN A; 3VYH B; 4BUG A; 1JB0 E; 2DXB A; 2EIF A; 5GMK j; 2DIL A; 2OJ2 A; 1H8K A; 1TOV A; 3CC4 A; 2KXC A; 1BCO A; 2L0A A; 1G5V A; 3EFR A; 4AFS C; 1I4K 1; 2X3W D; 2L3S A; 4M77 F; 1UEC A; 5D6W A; 2HKQ B; 4B9X A; 1VQ9 A; 1UDL A; 3CCQ A; 4O6J A; 1Q7Y R; 2CH4 W; 2BUD A; 3U23 A; 4BE2 A; 2RI5 A; 2HCK A; 3SD4 A; 2PVG B; 4CRI A; 4ZN3 A; 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