The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
7
|
sequence length |
84
|
structure length |
84
|
Chain Sequence |
GSSGSSGFRVGERVWVNGNKPGFIQFLGETQFAPGQWAGIVLDEPIGKNDGSVAGVRYFQCEPLKGIFTRPSKLTRKVSGPSSG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Solution structure of the 1st CAP-Gly domain in mouse CLIP-170/restin
rcsb |
| source organism |
Mus musculus
|
| molecule tags |
Protein binding
|
| molecule keywords |
Restin
|
| total genus |
7
|
| structure length |
84
|
| sequence length |
84
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2005-05-19 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01302 | CAP_GLY | CAP-Gly domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | CAP Gly-rich-like domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2HQH A; 2HKN A; 1WHL A; 1WHH A; 2HL5 C; 2COY A; 1WHK A; 2CP7 A; 3RDV A; 2CP6 A; 2E4H A; 2E3I A; 2CP2 A; 3E2U A; 4B6M A; 2COW A; 1WHM A; 1TXQ A; 2M02 A; 1TOV A; 1IXD A; 3TQ7 P; 2CP3 A; 2QK0 A; 2Z0W A; 2HL3 A; 1WHG A; 1WHJ A; 2MPX C; 2COZ A; 2E3H A; 2HKQ B; 2CP0 A; 1LPL A; 2CP5 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3CCV A; 1M90 R; 4LDX A; 2PNI A; 2EKH A; 3X24 B; 1UG1 A; 2IVW A; 3CCR T; 3FIF A; 2DE0 X; 4AG1 C; 4PJO F; 4RTY A; 4RTT A; 4RTW A; 2DLP A; 1RLP C; 2DER A; 4A4K A; 2FVU A; 3CBP A; 1FMV A; 3GNF B; 4IUU A; 2K3Y A; 4C8Q G; 4R55 A; 1F1B B; 1G8X A; 1KJW A; 3G71 A; 1RI9 A; 2BZ8 A; 1KC8 U; 4KH0 B; 2P0P A; 2A28 A; 4FW2 A; 3MEW A; 4NL3 A; 3I56 Q; 2LMJ A; 2RPN A; 2BE9 B; 2EBP A; 2KVQ G; 2O2O A; 3MCA B; 3M5A A; 1VQ9 Q; 3GBQ A; 4J9F A; 3OYF A; 2CSI A; 1YWP A; 5CQX A; 4MDW A; 1YHQ A; 2J6O A; 3CQT A; 3M0T A; 3ZBD A; 3ER0 A; 5IH2 A; 1PWT A; 3CCE Q; 4RTU A; 3EGX A; 2VUB A; 3DLL A; 3VRZ A; 4M75 C; 2D0Q B; 2YUO A; 2A37 A; 1X01 A; 2LDM A; 2WSC E; 2DJZ A; 1R8O B; 2DEQ A; 3CCU Q; 5CAI A; 3VU3 C; 3OYY A; 2IG0 A; 3OYD A; 3FC3 A; 2YWW A; 3A98 A; 1JXO A; 1QCN A; 2MOX A; 2DET A; 2XDP A; 1AOJ A; 3CD6 Q; 3GNG A; 3I55 T; 2DRM A; 2KE9 A; 4C5G A; 2BKD N; 4C8Q C; 4CC4 B; 4HKE A; 1Q7Y U; 2GFU A; 2KRN A; 3TVT A; 2YLC A; 4A53 A; 2X35 A; 3LH5 A; 2WAC A; 3EG2 A; 4UC4 A; 2L5Q A; 3E19 A; 2KGT A; 4LUE A; 4V2S A; 4F14 A; 4OMN A; 3ME9 A; 3FEO A; 3J7A F; 5GMK e; 4M7D A; 3SWN C; 3VUZ A; 5CO7 A; 1M3C A; 3UDC A; 2RN8 A; 1ZUK A; 1CKB A; 4ESR A; 3CCR A; 3CCJ T; 1I0C A; 5GAM h; 4DQ2 A; 4M78 B; 2DJQ A; 3V7C A; 2GBQ A; 3M0S A; 1RL2 A; 1UTI A; 2RQU A; 1VQ6 Q; 2DYI A; 3H0F A; 1SKU B; 2JT4 A; 9ATC B; 3VS2 A; 2DNU A; 4OVA A; 1PKT A; 3OMC A; 2G3R A; 3RUX A; 4JJN K; 1R77 A; 2C06 A; 2LTO A; 3M59 A; 4FYX B; 2F5K A; 2CT3 A; 4C0D C; 1TUC A; 1VQN Q; 2CH4 W; 2E70 A; 3I56 T; 3CCS T; 2QXF A; 2WSF E; 2DM1 A; 3LX7 A; 3VS0 A; 3CPW A; 2F69 A; 1VYT A; 4GBQ A; 4ELZ C; 3HTR A; 4OB0 B; 2F2W A; 1AZG B; 2GF7 A; 3I5R A; 1YJW A; 1UUE A; 2AK5 A; 2DFU A; 2L3R A; 1YJN Q; 3TCJ A; 3OS0 A; 3RMQ A; 1V76 A; 2YRD A; 5IAY A; 5GAO q; 3H41 A; 3H6Z A; 3P8H A; 4C0G A; 2ED1 A; 4LD9 K; 3C4S A; 1M2O A; 2V8K A; 1MMD A; 2QQB A; 5GAN 3; 1K1Z A; 1VQO Q; 3QYG B; 2PUO B; 1VQM A; 3GOX A; 5KYY A; 1QKX A; 5DM7 R; 3CMA A; 1YBY A; 3TRE A; 2L89 A; 3M56 A; 4RTX A; 1D1B A; 3QJY A; 3FJP A; 1VQL Q; 3OW2 P; 2EIF A; 2EQI A; 1UDL A; 5IHI A; 4BI4 A; 1GFC A; 2DBM A; 5KH6 A; 3X20 B; 1OUL A; 2HCK A; 2DZ9 A; 1I5O B; 4X9D A; 3FLG A; 4OB1 B; 1M9S A; 2XDD A; 5GAN 7; 3RMS A; 2QDL A; 3OW2 A; 2K5I A; 4M77 A; 3CBM A; 4N0A C; 3SD4 A; 2CGH A; 3CCM Q; 3H0H A; 5LJ5 f; 2I2L A; 2O9S A; 2FHD A; 1Z9Q A; 3T9N A; 2YLB A; 1M8M A; 3EGU A; 1BYM A; 3RKX A; 5DLQ E; 4M77 C; 4N0A A; 4IKF A; 3CCJ A; 1PC0 A; 4QKU A; 3RER A; 2O01 E; 3I55 Q; 2FB7 A; 1I1J A; 1E6H A; 1RAG B; 4J9E A; 2JOY A; 1UJ0 A; 4RG8 A; 4F7U E; 1D0Z A; 4FW1 A; 3I35 A; 4RTZ A; 1R0C B; 4QW2 A; 1Q81 U; 2VV5 A; 1IXD A; 4FT4 A; 1O9S A; 1H3Z A; 3GIB A; 4E7J A; 1YJN A; 1K0X A; 4HT8 A; 1TUD A; 1KD1 C; 1K76 A; 1VQ7 T; 3H9N A; 1YIJ Q; 3NGP A; 1YI2 Q; 2NYS A; 2VC8 A; 4XTW A; 2P4T A; 4O5V A; 4CRI A; 4DEY A; 1OYX A; 5I2M A; 2GGR A; 2NUT B; 4FIB A; 2LP5 A; 2GNC A; 2QQS A; 4FM4 B; 2JMA A; 2M02 A; 4LE9 A; 5GAN 8; 1W4S A; 2CUD A; 2NWM A; 5I2S A; 1NM7 A; 5GAN 2; 1VQO T; 2J6K A; 2QQA A; 2HDA A; 2LX7 A; 2CP0 A; 3M58 A; 2EGE A; 2ED0 A; 2V1Q A; 1QVG S; 3OYK A; 2Y90 A; 4EMG A; 3PTA A; 2RO0 A; 4OGE A; 2AZS A; 3RBB B; 1PRL C; 1H3H A; 2OTL T; 2RHI A; 3V8L A; 4ZGJ B; 1S72 A; 4EDU A; 1VQL T; 2DVE A; 2R57 A; 1M3B A; 4O6J A; 2IPO B; 2RNA A; 1VIE A; 2HAX A; 2HQX A; 4TVR A; 2W0Z A; 1MV0 B; 5LJ5 d; 2WSE E; 3CPW P; 4M7A A; 2BE7 D; 1R0B G; 2O9V A; 2M9U A; 4PLI A; 2QAZ A; 4Z88 A; 5FU6 C; 3E9G A; 1N6A A; 4FT2 A; 2QGF B; 1VYU A; 1M2V B; 3G6E Q; 1Q81 R; 1EZZ B; 1VQM T; 2ZPI B; 1XTD A; 4ZGD B; 1YIT Q; 4M7A C; 2PQW A; 2LNH B; 2JXB A; 4X1V A; 5LL6 S; 2DF6 A; 3JSC A; 3RNJ A; 2X3W D; 2KK4 A; 2V1R A; 4J6W A; 3VJP A; 1U1T A; 4JJC A; 2FPE A; 2C0T A; 4NS5 A; 3EFS A; 3RES A; 2DO3 A; 4CI0 C; 1KC8 C; 4AG2 C; 4F17 A; 2RMO A; 1PM3 A; 3CC7 T; 1D0Y A; 1WDX A; 1WI7 A; 2XG8 D; 1X6G A; 3SWN A; 4JRI A; 1YHQ Q; 2K2V A; 1HJD A; 2FG0 A; 4ANJ A; 3QKJ A; 4RUG A; 3VV0 A; 1PSE A; 1IGQ A; 1NPP A; 4JS4 A; 1M1F A; 4DEX A; 3G6E A; 3LYI A; 3VYG A; 4DBR A; 2KT8 A; 4ZNX A; 5KYN A; 3D7S B; 2V26 A; 1TU0 B; 3RKW A; 4BE0 A; 1TOV A; 2DKG A; 2RI2 A; 4MZM A; 3CCQ Q; 4C8Q A; 5KYU A; 1CKA A; 2YRV A; 1SSF A; 1O75 A; 2K79 A; 3RKY A; 3MO8 A; 4PNO A; 1S72 Q; 1RAB B; 7AT1 B; 2EAY A; 3UF4 A; 2XIC A; 1LPL A; 2KDS A; 4C92 C; 3P8B B; 2DTI A; 6AT1 B; 3EG1 A; 2KEA A; 3CCV Q; 4KGV B; 1ABQ A; 2GQI A; 4F7U F; 3HRS A; 1VQ8 A; 1Q7Y C; 1YJW T; 4EMK B; 2ECZ A; 4M7D G; 1EX4 A; 4C8Q F; 2L2P A; 4J8O A; 4BDY A; 3L2R A; 2EYW A; 3REB B; 1AT1 B; 1G3T A; 1NJI U; 3CC2 Q; 3NFC A; 3CC7 Q; 2ZPF B; 4E7I A; 1MUZ A; 4F7U B; 4M78 F; 2PTK A; 4M75 G; 2RB6 A; 4M78 A; 2FEI A; 5GJW B; 3AHU A; 2RK2 A; 3V7S A; 1B3Q A; 4IIO A; 2OTJ Q; 4FSX A; 3BDL A; 2MIO A; 4J7I A; 2M51 A; 5HK0 A; 4C8Q D; 4KBM B; 4OMQ A; 4OGC A; 4BD3 A; 4M7D B; 2DIG A; 5KYX B; 3SDZ A; 4PJO E; 1VQK A; 2XU8 A; 1UGQ B; 3JB9 I; 3CCS A; 4X9C A; 1VQ8 T; 1H64 1; 3X26 B; 2E12 A; 1UGV A; 5CQY A; 3P8D A; 2EWN A; 1RAE B; 3PIO A; 1BK2 A; 2XKO C; 3F70 A; 4ATO A; 2CP5 A; 1VQ9 A; 4M75 D; 2RHU A; 4XU3 A; 2EGA A; 1LCK A; 2D0N A; 1TSF A; 1Z9Z A; 1VQ5 Q; 3M55 A; 4RCB A; 2E5Q A; 5EC7 A; 4CC3 A; 4PJO C; 2LCL A; 3QUI A; 1IRE B; 1YCY A; 2DL8 A; 5J39 A; 1Q86 R; 3A8L B; 1AHJ B; 2AKK A; 1K8A C; 1PD1 A; 4M7A G; 1U1S A; 2P4R A; 2EQJ A; 1VQ9 T; 4PJN A; 2QA4 T; 2RQT A; 4C92 B; 1LNX A; 2KYB A; 4C8Q E; 1C6V X; 1WHM A; 3JCM g; 4JRP A; 4RCC A; 1FYN A; 5GAN g; 2KBT A; 4KT0 E; 1P92 A; 1Q86 C; 5GAN 5; 4PJL A; 1HXD A; 2KRO A; 2P84 A; 2DIL A; 2DXB A; 2CZ7 B; 1VQ5 A; 3VYH B; 3PVL A; 4AFQ C; 3OBY A; 4CC7 A; 1KFZ A; 4BE2 A; 4IUQ A; 1FX7 A; 4FU6 A; 1OQK A; 2RQV A; 4PJJ A; 5FLX E; 3M0U A; 5LJ3 j; 2H3J A; 3ZEH A; 4J9H A; 2YT6 A; 3HFN A; 2OAW A; 2QTX A; 1QKW A; 4EMK A; 2RJD A; 2LRQ A; 4M7D D; 1S72 T; 2OX7 A; 1WHJ A; 3GPL A; 2RHZ A; 3EHQ A; 3VS4 A; 4C92 G; 2ATC B; 1SG5 A; 4A4E A; 3M9Q A; 4C92 E; 1OOT A; 3MPU B; 3KXT A; 3Q1J A; 1GCQ C; 1EFN A; 3TEE A; 1WPY A; 1RUW A; 3I55 A; 3VUB A; 3EG9 B; 3LW5 E; 3OYE A; 3L2U A; 1B34 B; 5L8R E; 4F7U G; 2V8I A; 1WQ7 A; 3CC4 Q; 2RJE A; 1M1K C; 5HY6 A; 4C0Z A; 1KC8 R; 1DJ7 B; 2IIM A; 2HBP A; 5LJ3 d; 2CZ1 B; 3WXM B; 1VQ4 Q; 2GCX A; 1X6O A; 3QBY A; 1M8V A; 3OS2 A; 1OZ3 A; 1WJS A; 4KUL A; 4PFO A; 1T0H A; 1FXX A; 3TQ7 P; 3CBO A; 2ABL A; 3BDU A; 1U5S A; 3NMZ C; 4JRQ A; 3MET A; 1BI2 A; 4IUT A; 5AYF A; 1S1N A; 3C94 A; 4LDW A; 1ZX6 A; 2XMF A; 1Q81 C; 4XAX B; 1VQ5 T; 1HSQ A; 1Y96 B; 3KFV A; 4F16 A; 1UGP B; 1KD1 U; 2DK3 A; 2DXC A; 2EFI A; 1UGS B; 3WVE B; 1FMW A; 2A3L A; 2DD5 A; 2Z0W A; 3PGG A; 1QVP A; 3EG9 A; 1AWW A; 4L5G A; 2ZPH B; 1OU9 A; 4M77 D; 2HMA A; 4Z02 A; 1QVF S; 1UEC A; 4FL6 A; 4FYW B; 1M2V A; 3QZ9 B; 5GAM f; 1MND A; 4AMC A; 3G7Z A; 4OP0 A; 4LDV A; 1AWX A; 3H0I A; 1N9R A; 2FPD A; 1OX9 A; 2CSQ A; 2GTJ A; 1KK7 A; 4M7A B; 4KGZ B; 3UWN A; 3CD6 A; 3CCE T; 4KGX B; 2DX1 A; 1WYX A; 1MMG A; 2F2V A; 2PVO B; 4E2F B; 3CPW S; 3BW1 A; 1X27 A; 4M7A F; 3OYG A; 2YXY A; 4J9G A; 5KYW B; 1NEG A; 2F2X A; 4M78 G; 3BFM A; 2RI5 A; 1VIF A; 3L1A A; 4AT1 B; 3MEV A; 4GY5 A; 4JJD A; 5J3B A; 4N4G A; 1GCP A; 4LN2 A; 5A0G A; 4BI3 A; 2DL7 A; 1QVG A; 1BIB A; 4ELY C; 2ZCF B; 1N8R C; 3UPU A; 2HBW A; 4E47 A; 3FDR A; 1JB0 E; 5CKE A; 2HL5 C; 3JB9 D; 1WHK A; 5GAM j; 1T3S A; 2KAF A; 3QO3 A; 1IB8 A; 4B6M A; 3KBG A; 2X4J A; 1PKS A; 1VQ6 A; 3EG3 A; 3C95 A; 1KD1 R; 1QCF A; 4QVZ A; 3GP8 A; 3QDR B; 4L59 A; 3OQ5 A; 1B7T A; 1H92 A; 1MHN A; 2HKN A; 2YUQ A; 2COY A; 3NHN A; 4E7L A; 3CEY A; 5GMK m; 4M77 E; 1J3T A; 2DRK A; 1Q82 R; 5CKF A; 2E6Z A; 3A1P A; 2DXT A; 1X69 A; 4LDY A; 3VKI A; 2BTT A; 2X4W A; 5EG2 A; 5KYX A; 4M7A D; 2MPX C; 3HL8 A; 4D6W A; 2DVJ A; 3OYC A; 1WIE A; 1HD3 A; 4C5I A; 2MCN A; 1QCO A; 5LJ5 e; 2EYX A; 2K3B A; 1BCO A; 4RMO A; 4M77 B; 5AT1 B; 3CCQ T; 5FWB A; 4Q5W A; 1SHG A; 1G2B A; 4HCK A; 4JLG A; 4F7U A; 3JCM h; 2B8A A; 2HNI A; 1PD0 A; 3QSU A; 1Y7X A; 2FZK B; 5GMK i; 4M77 F; 2EYQ A; 2KMT A; 2C0O A; 3WVD B; 2K4Y A; 3MEU A; 1W6X A; 3UA6 A; 3TSZ A; 1M5Q 1; 2DTH A; 1PCX A; 4PK4 A; 1PSF A; 2LJ3 A; 1D1C A; 2LZ6 B; 3S3N A; 2QQ9 A; 2QQR A; 3CC2 T; 3OYL A; 3VS3 A; 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1BCM A; 1IRX A; 3CCU T; 1BBZ A; 1Q86 U; 1I81 A; 1K73 C; 4PLL A; 1WX6 A; 1YJ9 T; 2ZZD A; 2RHY A; 2JNG A; 2PVG B; 2EKO A; 3CME T; 4JJB A; 3N5B B; 4PJO D; 3CCS Q; 1VQK Q; 3CD6 T; 2YUP A; 1WHG A; 3EFR A; 2XK0 A; 1RAC B; 2HZY A; 1UGR B; 2RA2 A; 5IXF A; 1BKB A; 2L0A A; 3JV3 A; 4R56 A; 1TH7 A; 2E65 A; 4BAC A; 1NLP C; 4ZN1 A; 2E64 A; 2X4Y A; 1D09 B; 1ACM B; 1RAI B; 5FWC A; 2O4X B; 5GAN h; 1PNJ A; 4PKC C; 3FB9 A; 2DD4 A; 2FPF A; 1SSH A; 1WFW A; 2CH4 A; 2XID A; 2ZPE B; 2RQW A; 1WJR A; 1ZLM A; 1TG0 A; 3V8J A; 1X43 A; 1W2B S; 4D8K A; 2NUZ A; 1SRL A; 2PU9 B; 5KE2 A; 3EGX B; 1WZO A; 4RG2 A; 1M1K U; 3DLM A; 1X6B A; 2DL5 A; 4J5Y A; 4MZP A; 2GTO A; 4J6X A; 5KYW A; 1Y07 A; 2HEQ A; 1VQM Q; 1QW1 A; 1SPK A; 3GLX A; 4EMK C; 4JRK A; 4II1 A; 1YIT T; 2P0K A; 2KYM A; 1JJ2 P; 4M7D F; 4DOV A; 4M75 E; 3EH1 A; 5A0D A; 2LCC A; 1N8R R; 4HT9 A; 2JS0 A; 4A4H A; 3HHT B; 2JN0 A; 2DA9 A; 1RAF B; 2R58 A; 3S3M A; 4FYY B; 2LX9 A; 4E7S A; 1OEB A; 4M78 C; 1K8A R; 2VAS A; 1WHL A; 2M0Y A; 1PHT A; 8ATC B; 5A0L A; 4XTY A; 4XQ3 A; 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