The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
9
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sequence length |
82
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structure length |
82
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Chain Sequence |
NGIPVKLLNEAQGHIVSLELTTGATYRGKLVESEDSMNVQLRDVIATEPQGAVTHMDQIFVRGSQIKFIVVPDLLKNAPLFK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Transcription
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| publication title |
Cryo-EM structure of the yeast U4/U6.U5 tri-snRNP at 3.7 angstrom resolution.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Small nuclear ribonucleoprotein-associated protein B
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| total genus |
9
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| structure length |
82
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| sequence length |
82
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2015-12-15 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| n | PF01423 | LSM | LSM domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5GAN j; 4F7U E; 4C8Q G; 3JCM f; 4M77 B; 2RB6 A; 4XTU A; 3AHU A; 4XU2 A; 2DVE A; 2HNI A; 4M78 A; 4M77 A; 3JCM J; 4M75 G; 5GAO r; 3INZ A; 2VC8 A; 5GMK j; 1JRI A; 4M78 E; 4C92 C; 2DXU A; 4RCB A; 1WNL A; 4M7D A; 4PJO B; 5GMK l; 5LJ3 d; 5DY9 A; 1Y96 B; 1WPY A; 5GAO l; 4M7D E; 4PJO A; 4XU1 A; 4C8Q E; 5LJ5 e; 1X01 A; 3JCM d; 1Y96 A; 4M75 A; 3RKX A; 5GAM h; 3V7S A; 4EMG A; 2EJ9 A; 4M75 E; 1U1S A; 5LJ3 g; 4M7A F; 5GAN 3; 3JCM g; 4WF2 A; 4EMH A; 1LOJ A; 3V7C A; 4QVD A; 2VXE A; 3V8J A; 1H64 1; 2E41 A; 4EMK C; 2Y90 A; 4J6X A; 1WQ7 A; 4JRK A; 3QUI A; 1M8V A; 4J6W A; 4EMK B; 4PNO A; 4M77 G; 1BIB A; 4F7U F; 3BDU A; 5LJ5 g; 5LJ5 j; 3JCM P; 1YCY A; 1B34 B; 2EAY A; 3FIF A; 3BY7 A; 4N0A C; 3JB9 J; 2EJF A; 4M7D G; 5GAO p; 2DEQ A; 4HA8 A; 4XTY A; 3FB9 A; 5LJ3 e; 4PJO G; 4M78 F; 3V8K A; 3JB9 I; 4M7A D; 5GAM f; 3JCM e; 3QO3 A; 2DTH A; 2JN0 A; 4J5Y A; 2EJG A; 5I21 A; 4M7A C; 4M77 E; 4M7D F; 1TH7 A; 2YLC A; 4C8Q F; 2DXT A; 3HFO A; 4C92 B; 2YHT A; 3JCM b; 3RER A; 4M75 F; 3SB2 A; 3HFN A; 1I81 A; 4C92 A; 1HK9 A; 2DJZ A; 1KQ1 A; 4PJO E; 5GAN 8; 5GAM d; 5GAN 2; 5GAN h; 3BFM A; 5LJ3 j; 5GAN d; 4F7U B; 4M78 D; 4M77 D; 3L2Z A; 5GMK i; 3JCM Q; 4M78 C; 2YLB A; 1JBM A; 2DZC A; 4XQ3 A; 3V7R A; 1M5Q 1; 5GMK h; 4XTX A; 4M7D D; 4C8Q D; 1LJO A; 4DQ2 A; 2DTI A; 3QSU A; 3JB9 G; 4C8Q C; 4M7D C; 3FJP A; 4JUV A; 5GAO n; 4PJO D; 3JCM c; 5GMK m; 4HT9 A; 1I8F A; 4M75 D; 4EMK A; 5GAO m; 3M4G A; 4XU3 A; 3V8L A; 4M75 C; 1B34 A; 1BIA A; 4HT8 A; 2DKG A; 4M77 F; 3SWN C; 2QTX A; 4C92 G; 5GAN f; 3JCM W; 2E1H A; 4X9C A; 3SWN B; 5GAM e; 5GAN 7; 4M7A B; 3L1A A; 4PJO F; 4RCC A; 2VXF A; 5LJ5 h; 4MMK A; 2FYK A; 4V2S A; 1D3B B; 1N9S A; 2E64 A; 4NL3 A; 2RD1 A; 4C92 E; 3JB9 D; 4Y91 A; 4MML A; 1LNX A; 1I4K 1; 4J6Y A; 4JRI A; 2DTO A; 4M77 C; 3RUX A; 4F7U A; 5GAM j; 5GAN 6; 1MGQ A; 5GAM g; 2EWN A; 3JCM X; 2ZGW A; 5GAN g; 4M78 B; 4QVC A; 5GAN 5; 4NL2 A; 4NOY A; 4X9D A; 2DZ9 A; 4A53 A; 4PJO C; 4C92 D; 1KQ2 A; 1HXD A; 2RA2 A; 4M7D B; 4C8Q B; 2FB7 A; 4XU0 A; 3EFS A; 3RIR A; 5LJ5 f; 2E65 A; 4JLI A; 5LJ3 h; 4C8Q A; 4XTV A; 2RM4 A; 3JB9 F; 3PGG A; 4M75 B; 4N0A A; 3GIB A; 3JCM h; 4M7A G; 1N9R A; 5LJ3 f; 2K57 A; 1I5L A; 5GAN e; 4XTW A; 3RKY A; 3SWN A; 5GAN 4; 3QHS A; 3RES A; 4F7U G; 4C92 F; 3BW1 A; 4M7A A; 5LJ5 d; 3JCM V; 3RKW A; 3HSB A; 4OP0 A; 3VU3 C; 4M7A E; 5GMK e; 2I2L A; 3EFR A; 5GAO q; 1D3B A; 4M78 G; 4A54 A; 2CGH A; 5CAI A; 3JB9 H; 1U1T A; 2E10 A; 1WQW A; 4XTZ A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1Q81 U; 3RR6 A; 1MUZ A; 1YN8 A; 3EGX A; 5KYW B; 3CCS Q; 1AEY A; 1R0C B; 4LUD A; 1RAC B; 4LDW A; 1AHJ B; 1GFC A; 1NYG A; 1IXD A; 2QDY B; 4OMN A; 2PQW A; 3MHX A; 2JS2 A; 1Q86 C; 2JVV A; 5LJ5 e; 1W2B A; 4HVW A; 5FRM A; 4DBQ A; 4M7A F; 5HCK A; 1LVK A; 4QVD A; 5KYN A; 3PVQ A; 1Y7X A; 4KH1 B; 1YBY A; 2COY A; 1WIE A; 2KR3 A; 3PMT A; 3A5Z B; 3JB9 J; 1RAA B; 1OV3 A; 1WYX A; 2R5M A; 1SG5 A; 3DB3 A; 3EHQ A; 2RF0 A; 1VYU A; 4BY6 C; 2JN0 A; 3CD6 Q; 4KGV B; 3C94 A; 1YJW A; 1M2V B; 3SB2 A; 1I81 A; 5GAN 8; 2A7Y A; 2V26 A; 1Q7Y R; 4XQ3 A; 2JM8 A; 2LZ6 B; 3SEM A; 3VYH B; 2KRO A; 2HZY A; 4C8Q C; 1K0S A; 2AIR B; 4M75 D; 1WLP B; 4E7K A; 4DOW A; 1B34 A; 3FRN A; 1KHI A; 3I5R A; 1YI2 A; 1IRE B; 4J9F A; 4C92 G; 3TU4 K; 1BCM A; 1TSF A; 2DL4 A; 4LDY A; 4AFU C; 3M9Q A; 1UGP B; 3MP8 A; 1YHQ A; 1Q86 R; 5CKF A; 3A8M B; 4JRI A; 2PU9 B; 4F7U A; 1YCS B; 3CC7 Q; 4O5V A; 5GAM j; 1K8A C; 3OYK A; 2KRS A; 1IRX A; 4J8O A; 4A53 A; 4C92 D; 1QCN A; 4KGZ B; 3NHN A; 2DL7 A; 2MF2 A; 3OYM A; 2F69 A; 4N0A A; 3ZL7 C; 1YNZ A; 1N9R A; 3M53 A; 1VQ4 Q; 1I5L A; 2JTM A; 1PD1 A; 3OYJ A; 3QHS A; 2E5K A; 3JCM V; 4A4H A; 4B9W A; 4OB0 B; 1ZBJ A; 5IXB A; 2CGH A; 3M0T A; 2E10 A; 3H8Z A; 1VQK A; 1PKT A; 3NTI A; 2PVG B; 2HNI A; 4M78 A; 5CQY A; 3AT1 B; 4AMC A; 4RCB A; 4F04 B; 2LC4 A; 2OX7 A; 1WPY A; 2DF6 A; 2PNI A; 4ZN3 A; 4YTL A; 3TSZ A; 4OB3 B; 4EMH A; 3CCU A; 1U8R A; 4J6X A; 4F7U F; 3PIO A; 4C0G A; 1YCY A; 3KBG A; 4UC4 A; 2R58 A; 3S3O A; 2GCX A; 2K7A A; 5LJ3 e; 1MND A; 1K8A R; 5DM7 R; 3H41 A; 2LX7 A; 4J5Y A; 1VQ8 Q; 3QWX X; 1VQM Q; 1VQ6 A; 2EQU A; 2P0Q A; 3UA7 A; 3UWN A; 4C92 B; 1T0J A; 1D1C A; 1NLP C; 3RBB B; 1YIT Q; 1PG5 B; 2RHX A; 3BDL A; 2RJD A; 4M7D C; 2HSP A; 2LCS A; 1PSF A; 1PCX A; 4J7F A; 5FWB A; 3EG1 A; 3SWN C; 1YJ9 T; 5GAN f; 2XKO C; 3G6E A; 2AT1 B; 2WAC A; 2XD0 A; 1BYM A; 1ZQ1 A; 4JRQ A; 1AZE A; 6AT1 B; 3EFO B; 2K6D A; 4OML A; 2RN8 A; 3T9N A; 3CCV Q; 3RDV A; 1VQN A; 5KE3 A; 5GAN 6; 4J9I A; 3CBM A; 4E7J A; 1WXB A; 2FZC B; 2RNA A; 3G4S Q; 2M1H A; 3ULR B; 4FSX A; 3F70 A; 3O5Z A; 2BZY A; 1MV3 A; 3CCM T; 4KUD K; 2VB6 A; 2LTO A; 2KXC A; 2DER A; 1IB8 A; 4FU6 A; 2CRE A; 3D7S B; 5GMK e; 1VQ9 Q; 2J05 A; 3M0R A; 2XHC A; 1YP5 A; 3I5S A; 2X9H A; 2AHJ B; 4E7I A; 3CPF A; 3AHU A; 2F2X A; 3H0F A; 3I55 A; 5KYW A; 1RAF B; 2DXU A; 4PLI A; 3QDF A; 4BUG A; 5GMK l; 3VRZ A; 1NZ9 A; 4O6J A; 1WHJ A; 9ATC B; 1Q95 G; 2KRM A; 2LJ0 A; 2MOX A; 2YSQ A; 3JCM g; 4FT4 A; 3QZ9 B; 4HKE A; 1FXX A; 1MMN A; 2FPE A; 4J6W A; 1QW1 A; 4GLM A; 2IIM A; 1AD5 A; 2DO3 A; 3V8K A; 4M7A D; 1HYO A; 2JXB A; 4DEX A; 3CC7 T; 2ZPF B; 1GFD A; 1OYX A; 1E7O A; 4PJJ A; 2G6F X; 1NYF A; 3H9N A; 2DLP A; 3LLR A; 1NM7 A; 5FU6 B; 4ANJ A; 2C0T A; 2V8I A; 1UDL A; 2PVO B; 5IT9 E; 2CT3 A; 3EG0 A; 4HCC A; 1VOM A; 2CH4 W; 1RAB B; 4E7H A; 4A4F A; 5GAO n; 2QQR A; 2JNG A; 3M4G A; 4HT8 A; 2J6K A; 1KK7 A; 2KT1 A; 3G7Z A; 3QJ6 A; 3TQ7 P; 2KE9 A; 2J6O A; 4X9C A; 4AFZ C; 1WXU A; 3QZ5 B; 4JRP A; 2QQA A; 4F16 A; 5AT1 B; 5CR2 A; 1LNX A; 1UEB A; 3E9G A; 4J6Y A; 5GAM g; 3ZBD A; 2QAZ A; 2EWN A; 3M57 A; 2HKN A; 3MEA A; 4MDX A; 1O9S A; 3M54 A; 2H3J A; 3HTR A; 1P92 A; 3L2Q A; 1X2Q A; 3E1S A; 3VUZ A; 1K1Z A; 5CCA A; 2ZCF B; 2DIQ A; 1K9M C; 2PTK A; 2H3E B; 1OU8 A; 2P4T A; 1VQ5 Q; 3OMG A; 5GAN 4; 1ZSG A; 2GF7 A; 1B7T A; 4PFO A; 5A0L A; 3CCJ T; 3HSB A; 1VUB A; 1JEG A; 5CAI A; 3QYH B; 2QEX Q; 4BDZ A; 3JRZ A; 1ZSZ A; 4C8Q G; 2KI7 A; 5I22 A; 1G3T A; 2M02 A; 4N4G A; 5J26 A; 3EH1 A; 1WNL A; 2O01 E; 5GAO l; 1WJQ A; 2QQS A; 1EFN A; 4M75 A; 5GAM h; 1T3L A; 1WDX A; 4J7I A; 4J9D A; 3G71 Q; 2CP0 A; 3JAM E; 1RL2 A; 4WTO B; 3RMQ A; 3CPW P; 2V8K A; 2EBP A; 3CCV T; 3JB9 I; 3WXM B; 5I21 A; 2YLC A; 1WJR A; 4LD6 A; 2K2V A; 1VQ7 Q; 3J7A F; 4E7Z A; 4C92 A; 4BAC A; 1K9M R; 1VQP T; 2HD0 A; 1KFZ A; 1UHF A; 4KGX B; 4KRT A; 3HKS A; 4KT0 E; 3EG3 A; 1OUL A; 2XIC A; 4CC3 A; 3CME T; 4QQG A; 2A3L A; 1JXO A; 4GY5 A; 3IQL A; 3EAE A; 3CBO A; 3PT9 A; 2A28 A; 4BY6 B; 4J9G A; 2O9S A; 1YJ9 A; 2VXF A; 4DA4 A; 4TVR A; 3DB4 A; 3QG1 A; 2RJE A; 3EFO A; 1QP2 A; 2E70 A; 1ZA2 B; 3UT1 A; 2KSS A; 1S72 T; 2ZGW A; 4NOY A; 3HHT B; 1NJI R; 2XG8 D; 3GNF B; 2KGT A; 1CSK A; 2RA2 A; 4C8Q B; 2EYQ A; 3PGG A; 4JS4 A; 1NBE B; 1QVP A; 3MJX A; 1SKU B; 4C92 F; 3CCM A; 2A08 A; 3LWH A; 2L3R A; 3JSC A; 3JB9 H; 3R6O A; 1WX6 A; 1Q7Y U; 4AG1 C; 3A98 A; 1TU0 B; 4DBR A; 2IPO B; 2RB6 A; 4L6V 5; 1UB4 A; 4M78 E; 2LRQ A; 1HSQ A; 1MMD A; 2ZPE B; 4LXC A; 4D6W A; 4IKF A; 1X01 A; 5IHI A; 2DNU A; 4J9B A; 2OAU A; 2BIV A; 2V1Q A; 2NUT A; 2DM1 A; 2VXE A; 1Q86 U; 2E41 A; 2GQV A; 3MEU A; 3LWI A; 1UGV A; 3KXT A; 2P0K A; 1M4Z A; 3BDU A; 2EAY A; 3CCE Q; 4HA8 A; 2KY9 A; 3WVE B; 1GBR A; 3URG A; 2QQ9 A; 2CUB A; 2LDM A; 1Y0M A; 3CC7 A; 3ME9 A; 3CXC S; 2DJZ A; 5GAM d; 3CC4 Q; 1AVZ C; 2DET A; 1BKB A; 2EYZ A; 3OYG A; 1IHV A; 4DQ2 A; 3QSU A; 2BE9 B; 1WI7 A; 2QGF B; 3OYB A; 4QT7 A; 3ZFJ A; 2COZ A; 4PJL A; 1X43 A; 5GAN 7; 5HY6 A; 1V1C A; 3CCL Q; 3L1A A; 1TUG B; 3HRT A; 2RD1 A; 4OB2 B; 4MML A; 2DL3 A; 1FX7 A; 2MYS A; 5J3B A; 2QXF A; 4M7D B; 2YUO A; 1YFN A; 1NG2 A; 2E65 A; 2FO0 A; 1K8A U; 2B8A A; 3EG9 B; 2IVW A; 4RKU E; 3RKY A; 2LJ3 A; 3RES A; 4M7A A; 3C12 A; 3FC3 A; 1WQW A; 3CCJ A; 3M0P A; 3NFC A; 2RI3 A; 4A4E A; 3OS0 A; 1VIE A; 1KC8 C; 4IUQ A; 4FT2 A; 4FM4 B; 2EQK A; 2M16 A; 1KD1 R; 2GBQ A; 5LJ3 g; 2HSE B; 1Q7Y C; 4D8K A; 2OAW A; 1YIJ T; 1SSH A; 2D9T A; 1UEC A; 2GTO A; 2DK3 A; 7AT1 B; 5GAM f; 1VQL Q; 4X1V A; 3CCV A; 1RI9 A; 2DJQ A; 3CPW A; 1HK9 A; 1XTD A; 1QCO A; 1TUD A; 5GJV B; 4K11 A; 4BDY A; 1GL5 A; 2HQE A; 4KH0 B; 3P8D A; 4JJB A; 2LJ1 A; 1VQP A; 3KUF A; 3N5B B; 1X6B A; 1BI1 A; 5M9O A; 1VQO Q; 4J9C A; 3V8L A; 5A2Q E; 1D1A A; 4BD3 A; 8AT1 B; 3M0Q A; 3OY9 A; 1KQS S; 3BE3 A; 1AWJ A; 1IZ6 A; 3EGD A; 4CC2 A; 3CME A; 2YRD A; 4BE0 A; 1D3B B; 3QDR B; 1KC8 R; 3VS1 A; 1OPK A; 4F14 A; 2RPN A; 1BI2 A; 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3GIB A; 2DL8 A; 3EG9 A; 3LGL A; 4LDV A; 2WSF E; 3PTA A; 3CCS T; 3SWN A; 3I56 Q; 2M0Y A; 2ZPH B; 2DPP B; 3RKW A; 1KIK A; 1XNI A; 1K9M U; 2CP6 A; 4A54 A; 4ELY C; 1OPL A; 5LL6 S; 1NEG A; 2ENM A; 4JPB W; 2F1L A; 4FYW B; 2DVE A; 2RQW A; 2CS7 A; 3INZ A; 1MV0 B; 2MK5 A; 4KBM B; 4RTX A; 2ATC B; 1I0C A; 4IIO A; 1VQO T; 4OMM A; 2H8H A; 2NYS A; 2KT8 A; 1R0B G; 4QVZ A; 3O8V A; 3CD6 T; 1LOJ A; 3OYC A; 1H64 1; 1X69 A; 1JB0 E; 2D1X A; 4GLK A; 4EMK B; 5LJ5 j; 1YIJ A; 1ZBX A; 1TUC A; 1NJI U; 1BBZ A; 2BZX A; 4Y28 E; 2DTH A; 3C95 A; 3OS1 A; 4M77 E; 5FRN A; 4M7D F; 1PKS A; 4FW2 A; 4Q5W A; 4PJO E; 1CKB A; 2KEA A; 2RJC A; 2YT6 A; 1ABO A; 1MHN A; 2EPD A; 2JMA A; 3M58 A; 3JCM Q; 2RHY A; 1YJW Q; 2PUK B; 2P4R A; 3L2U A; 1RAG B; 5IHK A; 2CZ1 B; 3FJP A; 3RMS A; 1QVF S; 2E6N A; 1BIA A; 4JJD A; 2LNV A; 5D6X A; 2ZZD A; 2CYZ B; 3UAT A; 3X20 B; 1H3Z A; 2HBW A; 3L2R A; 3QYG B; 2K5F A; 4L59 A; 4RCC A; 1YI2 Q; 1PC0 A; 4C0Z A; 3MO8 A; 5KCO A; 1M2V A; 1VYT A; 2C06 A; 4ZN1 A; 1VQ4 T; 1K4U S; 5GAN 5; 3NMZ C; 2EKH A; 2QDL A; 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