The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
6
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sequence length |
73
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structure length |
73
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Chain Sequence |
MGAPPLPPYSAGGREVTMKKGDILTLLNSTNKDWWKVEVNDRQGFVPAAYVKKLDSGTGKELVLALYDYQEKS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
NMR structure and dynamics of the chimeric protein SH3-F2
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
11-mer peptide, SH3 domain of Spectrin alpha chain
|
| molecule tags |
Signaling protein
|
| source organism |
Synthetic, gallus gallus
|
| total genus |
6
|
| structure length |
73
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| sequence length |
73
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2010-04-30 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1NEB A; 1SHF A; 1Y57 A; 2F2V A; 1OPL A; 4ZNX A; 1AWJ A; 2A36 A; 2JS2 A; 1NG2 A; 1QKX A; 2EBP A; 2JM8 A; 2CRE A; 1ARK A; 4JJB A; 4D8D A; 2C0T A; 4IIO A; 1PKS A; 3UA6 A; 2YUO A; 5FW9 A; 1JXO A; 4RTU A; 2RQV A; 1W70 A; 1K1Z A; 2C0I A; 2K79 A; 2GGR A; 3QWX X; 3EHQ A; 2J7I A; 2H8H A; 2J05 A; 4DEY A; 2FO0 A; 4RTZ A; 3IQL A; 1CKA A; 2HCK A; 1MV0 B; 2DL3 A; 2OI3 A; 1OV3 A; 5EC7 A; 3SEM A; 1M27 C; 1ZSG A; 4EIK A; 1QWE A; 1GCQ A; 2KT1 A; 2KNB B; 2DE0 X; 3VRY A; 1ZLM A; 2PNI A; 5GJV B; 1BU1 A; 2X3X D; 2V1Q A; 1JQQ A; 3EG2 A; 5L23 A; 1M30 A; 2DF6 A; 1AWX A; 1JXM A; 1X6B A; 3LH5 A; 3UA7 A; 2V1R A; 1RLQ C; 1M3A A; 2J6F A; 2JTE A; 1PWT A; 4HXJ A; 1I0C A; 1M3C A; 2L0A A; 2FPD A; 1TUC A; 1NLO C; 1SPK A; 5IH2 A; 4J9B A; 1VA7 A; 2EPD A; 2FPE A; 1GFD A; 1W6X A; 5HCK A; 2GQI A; 1X6G A; 1ZUY A; 2LNH B; 2PZ1 A; 2MOX A; 2O31 A; 3NMZ C; 1AZG B; 2RN8 A; 3PE0 A; 3M0S A; 4OMM A; 2RQT A; 4CC4 B; 2DMO A; 5IHN A; 1T0H A; 4RTT A; 2J06 A; 2AKL A; 2CH4 W; 4OMN A; 3SHW A; 1PRL C; 1JU5 C; 2J6O A; 2HDA A; 4AG2 C; 1RLP C; 3H0H A; 2CUB A; 4X1V A; 3VS2 A; 1OEB A; 5IHK A; 2DJQ A; 4M4Z A; 2KXC A; 1YWP A; 2DX1 A; 4JJD A; 3EHR A; 2D8J A; 2D0N A; 1AZE A; 1SRM A; 2FG0 A; 2DRK A; 1UG1 A; 3VS3 A; 3H41 A; 1NLP C; 4RTV A; 1KJW A; 2JXB A; 2GBQ A; 1X2K A; 2LQN A; 1PHT A; 1BB9 A; 2DL4 A; 2OAW A; 4JJC A; 1WFW A; 4RUG A; 1A0N B; 2JS0 A; 1GRI A; 1H92 A; 1K4U S; 2EYX A; 2OJ2 A; 1UDL A; 2A28 A; 3REB B; 4HVV A; 1VYV A; 2K3B A; 1SHG A; 2KRO A; 2LQW A; 1Y0M A; 2KBT A; 2LX7 A; 4WCI A; 2RNA A; 1I1J A; 2RQW A; 4RTW A; 3NPF A; 2ESW A; 3VS5 A; 1NYG A; 2YDL A; 3RBB B; 1E6H A; 4J9G A; 1WXT A; 2QDL A; 1K0S A; 1ZUU A; 3QWY A; 2DL5 A; 1AVZ C; 2BZY A; 2CT4 A; 3I9Q A; 4RTY A; 4Z89 A; 4J9F A; 4ESR A; 1GCQ C; 1MV3 A; 1CKB A; 2EGE A; 5I11 A; 3M0R A; 1UHF A; 2NUZ A; 2O2O A; 1U5S A; 2KXD A; 2ROL A; 1G2B A; 2L3Q A; 1WXB A; 1AOJ A; 1V1C A; 2KGT A; 1K9A A; 3PVL A; 1UE9 A; 4J9I A; 3TVT A; 1WX6 A; 2CUD A; 1B3Q A; 1WXU A; 1X2Q A; 2I0N A; 1MUZ A; 2ED0 A; 2LJ0 A; 4CC7 A; 2ECZ A; 2RQU A; 4LUE A; 1YNZ A; 4IIM A; 1H8K A; 2GTJ A; 1PRM C; 2O9S A; 3M0T A; 2L3S A; 2F2W A; 1G83 A; 2JM9 A; 4OMO A; 4CC2 A; 1UEC A; 2L3P A; 3R6N A; 2RMO A; 1UJ0 A; 2KR3 A; 4AFQ C; 1SRL A; 3VS1 A; 1NM7 A; 3O5Z A; 1EFN A; 2CSI A; 1GFC A; 2AK5 A; 2RF0 A; 5IXB A; 2RPN A; 1GCP A; 2DRM A; 2FPF A; 4Z8A A; 4GLM A; 1UTI A; 1QKW A; 2GTO A; 1WDX A; 2F2X A; 2DL8 A; 2D8H A; 2SRC A; 1AD5 A; 3U23 A; 2KYB A; 4LNP A; 2M0Y A; 2AZS A; 4FSS A; 2K6D A; 1S1N A; 2DLP A; 1FMK A; 1JO8 A; 3H0F A; 2YUN A; 1GBR A; 3CQT A; 2KRM A; 1GBQ A; 1QLY A; 2DVJ A; 1LCK A; 4F14 A; 2DIL A; 1VYU A; 2GNC A; 4DEX A; 2YUQ A; 2VVK A; 4JPB W; 1ZX6 A; 2IIM A; 3I35 A; 3VS4 A; 2LCS A; 2DA9 A; 1NEG A; 3EG3 A; 1WA7 A; 2EKH A; 3A98 A; 4GBQ A; 1B07 A; 1BK2 A; 2ED1 A; 4JZ4 A; 2EYZ A; 4HCK A; 2LJ3 A; 1ABQ A; 1E7O A; 2DM1 A; 2K2M A; 1J3T A; 2LJ1 A; 2YSQ A; 1YN8 A; 3ZL7 C; 3VRZ A; 4ORZ A; 2LMJ A; 2YUP A; 3TSW A; 2JMC A; 1SSH A; 1NYF A; 1Z9Q A; 2ABL A; 4A63 B; 1GL5 A; 2FRW A; 3VS7 A; 5FWC A; 4J9D A; 2L2P A; 2SEM A; 2PTK A; 1SEM A; 3EG1 A; 1BBZ A; 3I5R A; 1YP5 A; 1OPK A; 2G6F X; 1KFZ A; 1AWW A; 2DBM A; 2AKK A; 1HJD A; 1UJY A; 2BZ8 A; 4K11 A; 2EQI A; 2A37 A; 2J6K A; 4LE9 A; 2DL7 A; 4OMQ A; 2HEQ A; 4LUD A; 4J9H A; 3RNJ A; 3THK A; 5IXF A; 4F16 A; 1RI9 A; 2CT3 A; 2E5K A; 2NWM A; 4QT7 A; 2CH4 A; 3M0Q A; 1TG0 A; 1JEG A; 1UUE A; 1WI7 A; 2EYY A; 2EGC A; 1K76 A; 1VYT A; 1QWF A; 4R0K A; 2KE9 A; 2FEI A; 2ENM A; 2JW4 A; 1M8M A; 1YWO A; 4J9E A; 1W1F A; 4Y92 A; 2JMA A; 4F17 A; 2MIO A; 4J9C A; 2BTT A; 4RTX A; 1KSW A; 2A08 A; 1T0J A; 3TSZ A; 3UF4 A; 2LP5 A; 2ROT A; 3FJ5 A; 2KYM A; 3VS0 A; 1IO6 A; 2DNU A; 1HSQ A; 5ECA A; 1OOT A; 2KT8 A; 2HBW A; 1HD3 A; 1AEY A; 1T3L A; 1X27 A; 1T3S A; 4CC3 A; 2D1X A; 4LN2 A; 2BZX A; 2KRN A; 1WLP B; 2DBK A; 2O88 A; 2CDT A; 2YT6 A; 1K0X A; 2LZ6 B; 2CSQ A; 2KEA A; 3PVQ A; 1X43 A; 2RQR A; 4Z88 A; 3VS6 A; 1QCF A; 3M0P A; 1PNJ A; 1ABO A; 1AWO A; 2O9V A; 2EGA A; 1U06 A; 4AFS C; 1I07 A; 3NGP A; 2B86 A; 3ULR B; 1RUW A; 1UFF A; 2X3W D; 1Z9Z A; 2W0Z A; 2W10 A; 1E6G A; 1YCS B; 1ZBJ A; 4JZ3 A; 1UHC A; 4E6R A; 1FYN A; 1XOV A; 1H3H A; 2VWF A; 2XMF A; 1U3O A; 2K7A A; 2K9G A; 2FRY A; 2P4R A; 1ZUK A; 2EW3 A; 3EGU A; 5FWB A; 1WYX A; 1UGV A; 4D8K A; 3KFV A; 4OML A; 3I5S A; 3C0C A; 4AG1 C; 1KIK A; 2MCN A; 4AFU C; 5GJW B; 3JV3 A; 3H0I A; 1X69 A; 2JT4 A; 3EG0 A; 4KRT A; 2DYB A; 2AZV A; 3REA B; 1N5Z A; 2EYW A; 5IHI A; 3GBQ A; 3M0U A; 2EVR A; 4AFZ C; 3UAT A; 5I22 A; 2M51 A; 4HVU A; 2VKN A; 2C0O A; 1TUD A; 1WIE A; 4HVW A; 3NHN A; 1PKT A; 2KRS A; 2HSP A; 4OMP A; 1CSK A; 1M3B A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1Y57 A; 4C8Q C; 2FB7 A; 5D7U A; 5M9O A; 2QAZ A; 3QXE B; 3VV0 A; 4N0A A; 1KC8 C; 1IRX A; 3M54 A; 3J80 E; 2QK0 A; 2JM8 A; 2DD4 A; 1R0C B; 3HHT B; 4LDW A; 3C12 A; 5FRN A; 1WHK A; 4IIO A; 1PKS A; 2F69 A; 2YRV A; 1VQL Q; 1OU8 A; 1JXO A; 2ZGW A; 4C5I A; 1K1Z A; 3JB9 D; 3QWX X; 4DEY A; 4RCC A; 1CKA A; 2CZ1 B; 1PG5 B; 1MV0 B; 2RI3 A; 3EGX A; 1OV3 A; 5EC7 A; 3X24 B; 5KE2 A; 4EIK A; 3QDR B; 3SD4 A; 4EMK C; 2KK4 A; 5GJV B; 4QVD A; 4O6J A; 1BU1 A; 3OQ5 A; 1LPL A; 5J3B A; 3CC2 T; 5C6S A; 5GAO q; 3OYC A; 3UA7 A; 4OB1 B; 3M4Y A; 1RLQ C; 2L89 A; 4II1 A; 4PKC C; 2Y4Y A; 3OY9 A; 4F7U F; 3S3M A; 1YJW A; 2L0A A; 2RHZ A; 1QW1 A; 1YHQ Q; 1TUC A; 1NLO C; 4OB2 B; 5IH2 A; 3CCS Q; 1VA7 A; 2FPE A; 3QZ5 B; 4XTW A; 2EKO A; 2MAM A; 2JTM A; 2PZ1 A; 4J6X A; 3O8V A; 3CPF A; 2RN8 A; 2ZAE A; 2D9T A; 4OMM A; 2DMO A; 3JB9 I; 2HKQ B; 4JRI A; 2YLB A; 3G6E T; 2XDD A; 2J6O A; 3KXT A; 3M55 A; 4BI3 A; 4D6W A; 2HDA A; 4E7Z A; 4PNO A; 5CO7 A; 1OEB A; 1MGQ A; 5GMK m; 1YWP A; 2DX1 A; 3HPW A; 2D0N A; 4FM4 B; 2FG0 A; 1S72 T; 3D7S B; 5GAN h; 1UG1 A; 1KJW A; 3UT1 A; 4J83 A; 1YJN A; 3TU4 K; 1WQW A; 2LQN A; 1PHT A; 1RAA B; 1G3Y A; 4E7L A; 3ER0 A; 2E64 A; 4JJC A; 3BDL A; 1OZ3 A; 1Q86 R; 4RUG A; 4HCB A; 1A0N B; 2JS0 A; 2M1H A; 3CCV Q; 2QGG A; 3CCL Q; 2Y4X A; 1I8F A; 3REB B; 3KBG A; 2K3B A; 2DER A; 4VUB A; 2E10 A; 2LQW A; 1Y0M A; 2KBT A; 2ATC B; 2HMA A; 5KYX B; 2X4Y A; 3CCE Q; 2RNA A; 3AHU A; 1I1J A; 2ESW A; 1IHW A; 4DA4 A; 2JZ2 A; 1TTH B; 1E6H A; 4J9G A; 2QDL A; 1K0S A; 2KDS A; 3RUX A; 3HRU A; 1AVZ C; 2CT4 A; 3G4S Q; 2QEX Q; 3M0R A; 1UHF A; 5GAN 2; 2X4W A; 5GAM e; 2ROL A; 1VQK Q; 1D1B A; 3EGD B; 1KQ2 A; 2BE7 D; 3QG1 A; 1NJI R; 2DET A; 1UE9 A; 1QCN A; 4J9I A; 2O4X A; 2XHC A; 3HKS A; 2L3R A; 4M77 C; 1X2Q A; 4XQ3 A; 4A4H A; 4P5N A; 2LCC A; 2COZ A; 4KUI A; 4E47 A; 2O9S A; 3M0T A; 3CCJ T; 1QVG A; 1VQ5 Q; 3GPL A; 1H64 1; 2F2W A; 3CME T; 1G83 A; 1KQ1 A; 2KVQ G; 2X4X A; 1IXD A; 4OMO A; 2YWW A; 1UEC A; 2L3P A; 4L59 A; 4B9X A; 2KR3 A; 2DFU A; 3L2W A; 1RL2 A; 3A8H B; 1IGU A; 1QVF S; 5HY6 A; 3CXC P; 3EFS A; 2AHJ B; 1KQS S; 1SRL A; 4C5H A; 1Q86 C; 1IZ6 A; 3O5Z A; 2CSI A; 2AK5 A; 2RF0 A; 5LL6 S; 3P8H A; 4M75 A; 1VQ9 A; 2RPN A; 3ZFJ A; 3MEA A; 2EQU A; 2VXF A; 2SRC A; 1AD5 A; 2PVO B; 4LNP A; 4UC4 A; 2M0Y A; 3OW2 A; 5GAN 5; 2XU8 A; 1JO8 A; 2EJ9 A; 4EMK B; 4M7D G; 2OTL Q; 1LCK A; 4DEX A; 2P0Q A; 3EFO A; 2VVK A; 4JPB W; 1Q7Y C; 1BCO A; 3I35 A; 3L2U A; 1NEG A; 3M5A A; 3A98 A; 4GBQ A; 2E6Z A; 1BK2 A; 4IUR A; 5GAN j; 4PJN A; 2DK3 A; 2ED1 A; 4MML A; 1M8V A; 1Y7X A; 1RAF B; 2E5Q A; 4BE0 A; 3F70 A; 2DM1 A; 4PJO G; 2DPP B; 2JUF A; 2LJ1 A; 3LX7 A; 2DXT A; 3CCR Q; 2LMJ A; 3CCU Q; 4ME7 A; 1NYF A; 4X9D A; 1QVF A; 3JAM E; 3L2Z A; 1KQS A; 4A63 B; 5GAN g; 1GL5 A; 2FRW A; 2CP5 A; 3DLL A; 2CZ6 B; 4A53 A; 1G3W A; 1B7T A; 1KK7 A; 5DM7 R; 4E2F B; 1OPK A; 1KFZ A; 3OMG A; 3PTA A; 2XI9 A; 1D09 B; 2FL7 A; 1HJD A; 2LNV A; 3CC7 T; 3OYI A; 5GAO n; 2DL7 A; 5FLX E; 4J9H A; 1VQP T; 3JCM d; 2E5K A; 1B34 A; 1TG0 A; 4A4G A; 3CD6 A; 1JEG A; 3ZEH A; 1BIB A; 2LCL A; 4IUT A; 2EYY A; 4M7A A; 1M1K R; 1VYT A; 2DXU A; 2KE9 A; 3X28 B; 2ENM A; 2L5Q A; 3M58 A; 2VC8 A; 3GP8 A; 2DAQ A; 2MIO A; 4HA8 A; 4RTX A; 1PD0 A; 1WJR A; 4MZT A; 2ZPH B; 3UF4 A; 2MF2 A; 3FJ5 A; 2PQW A; 3L2R A; 2HQH A; 2KYM A; 1IO6 A; 1HSQ A; 2V26 A; 5ECA A; 4KBM B; 3PMI A; 4GY5 A; 1Q81 R; 4C8Q G; 3HRS A; 1EX4 A; 2RHI A; 5IAY A; 2IPO B; 4KUL A; 3V7C A; 5CCA A; 3CCM A; 1VQ8 T; 2QA4 T; 2D1X A; 3CC4 A; 2KRN A; 3EGX B; 2CZ0 B; 1I5L A; 2DBK A; 2CDT A; 2YT6 A; 4TVR A; 4C92 A; 3PVQ A; 1X43 A; 4NS5 A; 4Z88 A; 3OS1 A; 2R57 A; 2QTX A; 2E4H A; 4YTL A; 3OYF A; 1KHI A; 1K8A U; 2O9V A; 4FL6 A; 1QMC A; 1VIE A; 3LH0 A; 4AFS C; 4B9W A; 3X20 B; 4JZ3 A; 3JCM P; 1XOV A; 3VJP A; 4DBQ A; 2VWF A; 1U3O A; 1VQL T; 4Y28 E; 2FRY A; 1YCY A; 2P4R A; 1K9M R; 1YIJ Q; 1ZUK A; 2EW3 A; 1M1K C; 3PGG A; 3I55 Q; 4PJM A; 2MCN A; 2VGM A; 3OMC A; 5GJW B; 3JV3 A; 3H0I A; 1PC0 A; 2COY A; 1F1B B; 2JT4 A; 3L42 A; 4GLK A; 3ZBD A; 3T9N A; 3MP1 A; 3UAT A; 4BE1 A; 3MP8 A; 5I22 A; 3QO3 A; 4M75 D; 1TUD A; 1WIE A; 3NHN A; 4OGC A; 3JSC A; 2HSP A; 4OMP A; 2KAF A; 5CR2 A; 1KD1 R; 3JCM h; 1NEB A; 1MMD A; 2F2V A; 1OPL A; 1Q81 C; 1AWJ A; 1BI2 A; 1NG2 A; 3C4S A; 2ZPE B; 1YHQ T; 5GAM f; 4M7A C; 2PVD B; 3H6Z A; 2CRE A; 2MMP A; 3JB9 J; 1QP3 A; 1ARK A; 4LDV A; 2DO3 A; 4JJB A; 4HCC A; 3OB9 A; 2C0T A; 3PT9 A; 1FWZ A; 2LQ8 A; 3OYY A; 3UA6 A; 4OF1 A; 4RTU A; 1HK9 A; 1IRE B; 1WHJ A; 2K79 A; 2GGR A; 5CKH A; 3EHQ A; 1Y71 A; 3JCM c; 3IQL A; 2XK0 A; 2E6N A; 2OI3 A; 3NFC A; 4N4H A; 3SEM A; 3UWN A; 1M27 C; 2M02 A; 1IHV A; 2KNB B; 2DE0 X; 3I56 A; 2R5M A; 2V8K A; 3GNF B; 2DIG A; 2D6F A; 3BE3 A; 3RER A; 4DBF A; 4C92 C; 4ANJ A; 1Y07 A; 2J6F A; 3S3O A; 1PWT A; 4HXJ A; 1MHN A; 2EFI A; 1C0M A; 3CCV T; 1TWB A; 3CCL T; 2Y90 A; 1GFD A; 1W6X A; 2O4X B; 1YJW Q; 1MNE A; 1WJS A; 4AMC A; 2CP6 A; 3RIR A; 2LNH B; 2HL5 C; 2O31 A; 4E7H A; 4JUV A; 4DQ2 A; 2XDP A; 3GLX A; 3MP6 A; 3CCE T; 1WQ7 A; 3M0S A; 4JS5 A; 2RQT A; 4J7F A; 1O9S A; 5IHN A; 4QVZ A; 2VV5 A; 4RTT A; 3CEY A; 2AKL A; 4OMN A; 1XJW B; 2KMT A; 4NL2 A; 3CPW A; 2HNI A; 2JNG A; 4KGV B; 3H0H A; 3M57 A; 3RDV A; 3G4S T; 2F5K A; 3MPU B; 1VQO Q; 4X1V A; 3VS2 A; 2QEX T; 1RI0 A; 5IHK A; 4M4Z A; 5LJ5 d; 2R58 A; 4M77 G; 2D8J A; 4M75 B; 4RKU E; 1VQK T; 4M75 E; 5I2S A; 4RTV A; 2RJF A; 4BB7 A; 5CAI A; 3QUI A; 4XAX B; 2E65 A; 4ZN1 A; 5LJ3 d; 2OAW A; 3TQ7 P; 1WFW A; 3PMT A; 1YJN Q; 1H92 A; 1WHM A; 1VQ5 T; 2DIQ A; 3SDZ A; 3TEE A; 1G5V A; 3EFO B; 2EQM A; 2OJ2 A; 1UDL A; 2A28 A; 1VQM A; 4FT4 A; 1SHG A; 2Z0W A; 2COW A; 1LNX A; 3HP9 A; 3E2U A; 4E7K A; 4OGE A; 4RTW A; 3VS5 A; 5A2Q E; 4RG2 A; 3JCM g; 2GF7 A; 2KQW A; 4RTY A; 2P0K A; 3OYM A; 1VQN A; 4BD3 A; 2V8I A; 1MV3 A; 1OQK A; 1CKB A; 5I11 A; 2E3H A; 3JRZ A; 4HCZ A; 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