The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
6
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sequence length |
73
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structure length |
73
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Chain Sequence |
MGAPPLPPYSAGGREVTMKKGDILTLLNSTNKDWWKVEVNDRQGFVPAAYVKKLDSGTGKELVLALYDYQEKS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Signaling protein
|
| source organism |
Synthetic, gallus gallus
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| publication title |
NMR structure and dynamics of the chimeric protein SH3-F2
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
11-mer peptide, SH3 domain of Spectrin alpha chain
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| total genus |
6
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| structure length |
73
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| sequence length |
73
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2010-04-30 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1NM7 A; 2O31 A; 4D8D A; 1CSK A; 5GJW B; 2MCN A; 1WA7 A; 4F14 A; 3VS6 A; 2J6O A; 1QKW A; 1OOT A; 2CH4 W; 3VS3 A; 1U3O A; 2RQU A; 4RTX A; 1MV0 B; 3PVQ A; 4J9H A; 4JJD A; 1U5S A; 4OMM A; 1HJD A; 4OMN A; 1UUE A; 4WCI A; 3VS7 A; 2K9G A; 4Y92 A; 2DL5 A; 3I35 A; 3R6N A; 4A63 B; 1K4U S; 1QWF A; 3ZL7 C; 5ECA A; 3ULR B; 2M0Y A; 1Z9Z A; 2GGR A; 2CDT A; 4IIO A; 4RTT A; 3H0I A; 1RUW A; 1Y57 A; 1RI9 A; 2ROL A; 1WDX A; 1YP5 A; 2RQW A; 1VYU A; 2DL3 A; 1AWJ A; 2ECZ A; 1UHF A; 1E6G A; 1HD3 A; 4J9F A; 2L0A A; 2PZ1 A; 1NEB A; 1AD5 A; 2FPD A; 2GQI A; 1AVZ C; 4J9B A; 1K1Z A; 4DEX A; 5I22 A; 3H41 A; 1GFD A; 1X6G A; 4D8K A; 2CUB A; 3I5R A; 1OPL A; 2AZS A; 4JZ3 A; 1LCK A; 2J6K A; 1RLP C; 3NGP A; 4Z89 A; 4LUD A; 1PNJ A; 1AEY A; 1UGV A; 2L2P A; 1T0J A; 4LN2 A; 2QDL A; 1W70 A; 4J9E A; 5IHK A; 2HDA A; 2LP5 A; 1A0N B; 2CT4 A; 3C0C A; 3PE0 A; 2OI3 A; 2KRN A; 3EG2 A; 4X1V A; 3UAT A; 1SRM A; 1W6X A; 2JXB A; 1UDL A; 1YWO A; 1TG0 A; 2A37 A; 2LX7 A; 1WXT A; 1YNZ A; 3EG3 A; 2CSI A; 3U23 A; 3A98 A; 2YSQ A; 2LZ6 B; 2DBK A; 1UE9 A; 2J7I A; 2DX1 A; 2BZY A; 2ABL A; 2DBM A; 2A36 A; 2D8H A; 5IXF A; 2OJ2 A; 1T3L A; 2DM1 A; 2J05 A; 1Z9Q A; 2V1Q A; 2KT1 A; 3RBB B; 5IHI A; 2FRW A; 4AG2 C; 4HVU A; 3REB B; 2C0O A; 1KFZ A; 4ZNX A; 1QWE A; 1BBZ A; 2LMJ A; 3VS4 A; 3O5Z A; 2NWM A; 2RQR A; 4ESR A; 1M3C A; 1SEM A; 2EYZ A; 2FPF A; 1TUC A; 2SRC A; 2EGC A; 2W10 A; 1XOV A; 2VKN A; 5HCK A; 1UHC A; 2ENM A; 3VS1 A; 1AZG B; 1SSH A; 2LQW A; 1WLP B; 2FRY A; 1UFF A; 1NYG A; 2KBT A; 1GFC A; 1ZUY A; 2O88 A; 1NLP C; 5L23 A; 1SHF A; 3M0Q A; 4DEY A; 2KXC A; 1GCQ C; 1X2K A; 2KE9 A; 1NEG A; 4OMO A; 1V1C A; 2P4R A; 1GBR A; 5FWB A; 2EBP A; 2EYW A; 1YN8 A; 2BTT A; 1K0X A; 2GBQ A; 1BK2 A; 3TSZ A; 4J9I A; 1I07 A; 3JV3 A; 1NG2 A; 2DE0 X; 1UTI A; 1BU1 A; 1VYT A; 2XMF A; 3TVT A; 3VS2 A; 1E6H A; 2CUD A; 2KGT A; 2IIM A; 1MV3 A; 2LJ3 A; 2C0I A; 2LJ0 A; 5IXB A; 3M0T A; 1T0H A; 4JZ4 A; 3M0S A; 4AFQ C; 1ABQ A; 5FW9 A; 1X69 A; 4K11 A; 2DLP A; 1J3T A; 1ZUK A; 2DL4 A; 3FJ5 A; 5EC7 A; 2RF0 A; 3M0U A; 1GCQ A; 2MOX A; 2BZX A; 2RN8 A; 1WI7 A; 2RPN A; 3EHR A; 3NMZ C; 4HVV A; 2DRM A; 5IH2 A; 1UJ0 A; 2JMC A; 1PWT A; 1QLY A; 4AFZ C; 1M3A A; 1PKT A; 2YUP A; 3SEM A; 2V1R A; 1SRL A; 3QWY A; 4RTW A; 1RLQ C; 3M0R A; 2LCS A; 3THK A; 1JEG A; 1WYX A; 2JMA A; 2M51 A; 2EVR A; 4J9G A; 2KYB A; 2JS2 A; 2PNI A; 4OML A; 4CC4 B; 2X3X D; 1AWW A; 2HEQ A; 2AZV A; 1AWO A; 4OMP A; 2GTO A; 4J9D A; 2H8H A; 4F17 A; 3EGU A; 2C0T A; 1H8K A; 2A08 A; 1JU5 C; 2D0N A; 1HSQ A; 1G83 A; 1QKX A; 1QCF A; 2O2O A; 1PRM C; 2SEM A; 5I11 A; 1I0C A; 3RNJ A; 2O9V A; 4HVW A; 2AK5 A; 1SPK A; 3M0P A; 3EHQ A; 2EPD A; 3H0H A; 2HBW A; 2I0N A; 4HXJ A; 1JQQ A; 4GLM A; 1U06 A; 3PVL A; 3REA B; 2K6D A; 1ZUU A; 1WFW A; 2EW3 A; 3NPF A; 1WXB A; 2DL7 A; 1AZE A; 2EKH A; 2F2X A; 2D8J A; 2HCK A; 4QT7 A; 4F16 A; 1JXO A; 2PTK A; 1W1F A; 2DIL A; 4RTV A; 4EIK A; 2YUO A; 1NYF A; 4ORZ A; 2LNH B; 2EYX A; 2K79 A; 2KT8 A; 2FEI A; 2YUN A; 3EG1 A; 2G6F X; 1B07 A; 2DF6 A; 2JT4 A; 3I9Q A; 1ZX6 A; 1X2Q A; 4HCK A; 2ROT A; 3VS0 A; 2CT3 A; 2KRS A; 1JO8 A; 1ZSG A; 1M30 A; 1OEB A; 2NUZ A; 3LH5 A; 3UA6 A; 2KRM A; 1IO6 A; 1S1N A; 2JTE A; 2RQT A; 4Z88 A; 4RTU A; 3KFV A; 4Z8A A; 2L3P A; 4FSS A; 1OV3 A; 1M27 C; 5GJV B; 4M4Z A; 1YWP A; 2O9S A; 2F2W A; 1AOJ A; 1NLO C; 4AFU C; 4JJB A; 2OAW A; 1M3B A; 1EFN A; 1H92 A; 2K3B A; 1CKA A; 1WX6 A; 1OPK A; 1VYV A; 1H3H A; 1N5Z A; 3GBQ A; 2FPE A; 1PKS A; 1K9A A; 1X6B A; 2CRE A; 2DA9 A; 2J06 A; 2MIO A; 2YDL A; 4J9C A; 2ED0 A; 2LJ1 A; 2HSP A; 1SHG A; 1T3S A; 1FMK A; 4E6R A; 4GBQ A; 4AFS C; 2L3Q A; 2A28 A; 2CSQ A; 1KJW A; 1KSW A; 4CC7 A; 1K76 A; 2X3W D; 2DRK A; 3VRY A; 1M8M A; 4OMQ A; 4CC2 A; 2F2V A; 2KXD A; 4CC3 A; 4AG1 C; 2RMO A; 1KIK A; 5FWC A; 1ZLM A; 2RNA A; 4LE9 A; 2DMO A; 3NHN A; 4RTZ A; 5IHN A; 3TSW A; 1BB9 A; 1K0S A; 2K2M A; 2JS0 A; 1WIE A; 4KRT A; 2VWF A; 2E5K A; 2YUQ A; 3IQL A; 2DNU A; 3VS5 A; 2DJQ A; 2JM9 A; 2VVK A; 2J6F A; 1VA7 A; 2FG0 A; 2B86 A; 2GNC A; 1PRL C; 1CKB A; 4LNP A; 2JM8 A; 2DYB A; 3I5S A; 4JJC A; 3EG0 A; 2RQV A; 4RUG A; 1GL5 A; 2YT6 A; 2KYM A; 3UA7 A; 1GCP A; 1G2B A; 2ED1 A; 4R0K A; 1B3Q A; 2CH4 A; 3H0F A; 1UJY A; 1JXM A; 1Y0M A; 2JW4 A; 3UF4 A; 2EGA A; 2D1X A; 4IIM A; 2EQI A; 3QWX X; 1GRI A; 2K7A A; 1TUD A; 3SHW A; 2DL8 A; 2KR3 A; 3CQT A; 3VRZ A; 1E7O A; 1UEC A; 2L3S A; 1X43 A; 1I1J A; 2FO0 A; 1ZBJ A; 1GBQ A; 2BZ8 A; 2GTJ A; 2KEA A; 1FYN A; 1MUZ A; 1WXU A; 1PHT A; 1X27 A; 2ESW A; 4JPB W; 2KNB B; 2KRO A; 2AKK A; 2EGE A; 1AWX A; 1ARK A; 4RTY A; 2AKL A; 2DVJ A; 2W0Z A; 2EYY A; 1UG1 A; 1ABO A; 1YCS B; 2LQN A; 4LUE A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1NM7 A; 2WSE E; 4D8D A; 1CSK A; 3CCS A; 1IGU A; 4F14 A; 3VS6 A; 2FZG B; 4OVA A; 3EFO A; 1QKW A; 3NTH A; 3VS3 A; 1U3O A; 4QW2 A; 4LD9 K; 1MV0 B; 4J9H A; 3X28 B; 5KYW B; 1LNX A; 2K9G A; 4Y92 A; 4FCY A; 3E2U A; 2MPX C; 1QWF A; 1UB4 A; 1D1A A; 4JS5 A; 2RHX A; 1Y71 A; 3AT1 B; 2MF2 A; 2CDT A; 3KBG A; 4RTT A; 3FDR A; 3M55 A; 3RKY A; 5J26 A; 3CXC P; 4HA8 A; 4BUG A; 2ECZ A; 2EQM A; 1VOM A; 3QYG B; 1VIF A; 4DEX A; 4A4E A; 5KYW A; 2A7Y A; 2RHU A; 3EGD B; 2HAX A; 1OPL A; 1S72 Q; 1H3Z A; 1LCK A; 3OYB A; 4GLK A; 2HSE B; 4EMK C; 3JCM h; 2E5Q A; 1M4Z A; 4F7U E; 2K3X A; 4TVR A; 2CP2 A; 2QQ9 A; 1PNJ A; 2L2P A; 1IB8 A; 2QDL A; 2HQE A; 2ZGW A; 3A8O B; 3INZ A; 2PUK B; 1A0N B; 5I21 A; 2CT4 A; 3CXC S; 4X1V A; 3V7R A; 1SRM A; 1W6X A; 2JXB A; 3CPW A; 3CCV Q; 4IUT A; 3GNF B; 3TRE A; 3EGD A; 3RIR A; 4OB1 B; 1WXT A; 1WZO A; 1ZHI A; 1YNZ A; 2YRD A; 1EIF A; 2LQ8 A; 3U23 A; 3A98 A; 1N8R R; 4X9D A; 4R55 A; 1LPL A; 1KQS S; 2D8H A; 1KK7 A; 4DOV A; 2YXY A; 4AG2 C; 1VQ5 A; 4B6M A; 2C0O A; 4YTL A; 2DPP B; 1UGR B; 2LMJ A; 2OAU A; 3QPH A; 1M3C A; 1SEM A; 5KH6 A; 1UGP B; 1TUC A; 4M7A D; 5GAO p; 1M1F A; 1ZBX A; 3JCM c; 2DER A; 1WHH A; 3QXE B; 1VQP Q; 3BW1 A; 5FU7 B; 4KBM B; 2ENM A; 1C0M A; 5GAM g; 3CCL A; 1D0Y A; 1NJI C; 2FRY A; 5GMK e; 1UFF A; 3CBM A; 5GAN 5; 2O88 A; 5GMK j; 2V8I A; 1VQ9 T; 5L23 A; 5CK9 A; 3M0Q A; 4DEY A; 2KK4 A; 2QTX A; 3OSV A; 3JB9 I; 2FVU A; 1X2K A; 2KE9 A; 4J8O A; 5GAM e; 1V1C A; 2P4R A; 4OGE A; 4JUV A; 4FIB A; 4M77 C; 2EYW A; 2JVV A; 5GAM j; 3CCM T; 3CD6 T; 3LX7 A; 1I07 A; 3ZFJ A; 1UTI A; 1YJ9 T; 1JJ2 P; 2E64 A; 1VQO Q; 1FMV A; 4AFQ C; 1M8V A; 2KVQ G; 2Y90 A; 1YIJ A; 1ZUK A; 3G71 T; 2DL4 A; 2XD0 A; 3M0U A; 2DEQ A; 1I5O B; 3LGL A; 4A4F A; 4HVV A; 3VJP A; 3RMS A; 1UJ0 A; 2FZK B; 2D6F A; 4MZM A; 2HQH A; 1JJ2 S; 1UEB A; 2MMP A; 3SEM A; 1Y7X A; 3JCM d; 1Q86 R; 4NL3 A; 4HKE A; 4RTW A; 2LCS A; 1JEG A; 4C5E A; 2KYB A; 4UC4 A; 3TQ7 P; 1IRE B; 2HEQ A; 2AZV A; 1VUB A; 1AWO A; 5CQX A; 2GTO A; 3G6E Q; 2E3H A; 4J6X A; 1N8R C; 3EGU A; 4N4G A; 2MI6 A; 4LDY A; 2C0T A; 2XID A; 1YJW A; 2E70 A; 1VQ9 Q; 3JCM f; 2O2O A; 2VV5 A; 3CCR A; 3M59 A; 4PJN A; 4QQD A; 4HCB A; 1V76 A; 3PFS A; 2RJC A; 4M77 E; 3QSU A; 2AK5 A; 3A1P A; 3CCM Q; 1B7T A; 3EHQ A; 4F7U F; 4LDX A; 1O75 A; 2D9T A; 3PVL A; 3REA B; 1C1A A; 1YJ9 Q; 1K73 R; 2YLC A; 3ME9 A; 2EKH A; 3G7Z A; 2D8J A; 4M78 C; 3OYH A; 4D6W A; 2DIL A; 3OA6 A; 3G4S Q; 3G71 Q; 1YJN T; 2EYQ A; 2OTJ A; 2F5K A; 1W2B A; 2CKK A; 4M7A B; 2G6F X; 1B07 A; 3OYG A; 5AT1 B; 1X2Q A; 3QJY A; 1RAF B; 3M56 A; 3PT9 A; 3HSB A; 3VS0 A; 4FYY B; 2KDS A; 4KGX B; 2NUZ A; 3LH5 A; 1RAB B; 2KRM A; 2JTE A; 3RMQ A; 1NZ9 A; 3KFV A; 4Z8A A; 2C06 A; 5CIU A; 4L59 A; 1M27 C; 2QA4 T; 1YWP A; 2O9S A; 2IPO B; 3TCJ A; 1AOJ A; 4M7A A; 4AFU C; 4JJB A; 3CPF A; 3URG A; 4A4K A; 4QKU A; 2LDM A; 1WX6 A; 4XTW A; 1H3H A; 2LNV A; 1N5Z A; 3OW2 P; 3J80 E; 3P8H A; 1ZA2 B; 2J06 A; 2MIO A; 3V7C A; 3GNG A; 2LJ1 A; 1SHG A; 2V8K A; 3RKX A; 1YI2 T; 4PJO G; 1VIE A; 2L3Q A; 3ZBD A; 4XK8 E; 3X26 B; 1G3S A; 1ZSZ B; 4XAX B; 1Q86 C; 1K76 A; 2X3W D; 4B9W A; 2LC4 A; 3RDV A; 2KMT A; 3TEE A; 2QGF B; 4CC3 A; 3GF5 A; 2VC8 A; 1WHK A; 4LE9 A; 2BKD N; 1X6O A; 4RTZ A; 2AHJ B; 4XTZ A; 3LWI A; 1K0S A; 2JTM A; 2VAS A; 3CC7 A; 2E5K A; 1KG1 A; 1FXX A; 4FYV B; 1HXD A; 1X75 C; 1YJN Q; 2VVK A; 1ZSZ A; 1VA7 A; 2FG0 A; 2B86 A; 1Q7Y U; 4CRI A; 4MDW A; 1PRL C; 2VXE A; 1D3B B; 4C8Q C; 2JM8 A; 2P0K A; 1QVG A; 4O6J A; 5KE3 A; 1PC0 A; 3JCM X; 5FRM A; 2YT6 A; 4M75 B; 3WVD B; 4JLI A; 3FC3 A; 3VUB A; 1YIT T; 1QVF P; 3LH0 A; 2H3J A; 1JXM A; 3DLM A; 4IIM A; 3CC2 Q; 1K73 C; 1X01 A; 3SHW A; 2DL8 A; 1D3B A; 3A8M B; 2FL7 A; 3CCJ A; 4ATO A; 3I56 A; 1Q82 U; 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2A37 A; 2PQW A; 2LX7 A; 3VUZ A; 3I55 Q; 1WHG A; 1MNE A; 1WJR A; 1M9S A; 4NS5 A; 5DM7 R; 1M90 U; 3EG3 A; 4J5Y A; 4KUI A; 2J7I A; 3MP6 A; 2G3R A; 2WSC E; 3BY7 A; 5IXF A; 1VQM A; 2OJ2 A; 2PU9 B; 5DY9 A; 1T3L A; 1OZ3 A; 2J05 A; 2NUP A; 4LDW A; 3RBB B; 1S72 A; 2E6Z A; 2K3Y A; 1PSE A; 4HVU A; 2E4H A; 4XTY A; 3PTA A; 3REB B; 3E1S A; 1KFZ A; 3CMA T; 2X4W A; 2NWM A; 2CZ0 B; 4MZT A; 1VQL T; 4HT8 A; 5I2S A; 2EGC A; 4M78 G; 2QEX A; 1Q7Y C; 3X24 B; 2VKN A; 1UHC A; 3SFM A; 2M1H A; 2X9H A; 3VS1 A; 4PLL A; 2WAC A; 4JRK A; 3CBO A; 1WLP B; 3JCM g; 2QEX T; 1R0C B; 4JRP A; 3EH1 A; 4XU1 A; 1NJI R; 1D1B A; 2AIR B; 1NLP C; 1SHF A; 2DIQ A; 4OMF B; 3OYA A; 4E7K A; 2Z0W A; 4OMO A; 3S6W A; 4ELZ C; 2RHZ A; 3CCS T; 1VQ4 A; 2EIF A; 2BTT A; 3CCE Q; 1VQN Q; 3RER A; 3CC4 A; 3TSZ A; 2HD0 A; 4J9I A; 3ER0 A; 1NG2 A; 2ZPH B; 2DE0 X; 2D0Q B; 2XMF A; 2FYK A; 3TVT A; 2OTL A; 2KGT A; 2MWO A; 3CEY A; 5LJ5 h; 2MWP A; 2O01 E; 3M0T A; 1T0H A; 3M0S A; 1X69 A; 3CBP A; 3VU3 C; 1AT1 B; 1NPP A; 4PJO C; 4MMK A; 1ZA1 B; 1GCQ A; 2MOX A; 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