The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
11
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sequence length |
58
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structure length |
58
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Chain Sequence |
PMFEAAYDFPGSGSPSELPLKKGDVIYITREEPSGWSLGKLLDGSKEGWVPTAYMKPH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Contractile protein
|
| source organism |
Saccharomyces cerevisiae
|
| publication title |
Yeast Myo5 SH3 domain, tetragonal crystal form
rcsb |
| molecule keywords |
Myosin-5 isoform
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| total genus |
11
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| structure length |
58
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| sequence length |
58
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2005-01-29 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00018 | SH3_1 | SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2MOX A; 5I22 A; 2LZ6 B; 4QT7 A; 2V1Q A; 1G83 A; 1PWT A; 5IHI A; 2O2O A; 2YUP A; 2CUB A; 1X43 A; 1PNJ A; 2I0N A; 2ED1 A; 3VS5 A; 2DVJ A; 1GBR A; 1JXO A; 2X3X D; 1M3B A; 2DRM A; 1H8K A; 2JMA A; 2EGE A; 2DMO A; 1NLP C; 5ECA A; 2A08 A; 1ABQ A; 2ED0 A; 2L3Q A; 1M30 A; 2HEQ A; 1TUD A; 1G2B A; 3C0C A; 1LCK A; 3JV3 A; 2FPE A; 1B3Q A; 2KE9 A; 4Y92 A; 1KSW A; 1JU5 C; 1Y57 A; 3THK A; 4F14 A; 2CUD A; 1V1C A; 2PNI A; 1WXB A; 1E7O A; 2KYM A; 4J9G A; 2EGA A; 2AZV A; 2CSI A; 1K9A A; 1KIK A; 2K9G A; 4EIK A; 2DE0 X; 2SRC A; 4LNP A; 4WCI A; 2X3W D; 4D8K A; 2KYB A; 1NG2 A; 1AZE A; 1UUE A; 1AEY A; 2LJ1 A; 1AWJ A; 4GLM A; 3EG3 A; 1OEB A; 2F2V A; 2C0O A; 2K3B A; 1K0S A; 4OML A; 2EW3 A; 2LCS A; 1VYV A; 2W0Z A; 1S1N A; 1B07 A; 3SHW A; 1JEG A; 2LQN A; 4FSS A; 1UDL A; 4AFZ C; 3VS3 A; 1WDX A; 1M3C A; 3EG1 A; 3NMZ C; 1VYT A; 1PHT A; 2CDT A; 2KRS A; 1T0J A; 2HBW A; 1WA7 A; 2GTJ A; 5FWC A; 1M3A A; 2RPN A; 1FMK A; 3I5R A; 1BBZ A; 1X27 A; 2GGR A; 3KFV A; 1K76 A; 1WLP B; 2PTK A; 1AWW A; 4JJD A; 3PVL A; 3CQT A; 1W70 A; 1PKT A; 1N5Z A; 4ORZ A; 2KRO A; 3PE0 A; 1E6G A; 2O31 A; 2A36 A; 4IIO A; 1I07 A; 4Z88 A; 3A98 A; 4J9B A; 2FG0 A; 2V1R A; 3NPF A; 2D8H A; 2DBK A; 2RQT A; 2FO0 A; 1HSQ A; 2AKK A; 1X69 A; 3FJ5 A; 3M0T A; 1K0X A; 4AFS C; 1ZX6 A; 1TUC A; 2MIO A; 2RF0 A; 2JW4 A; 2CH4 A; 2ROL A; 1GL5 A; 2BTT A; 3SEM A; 2M0Y A; 2EVR A; 4HVV A; 1CSK A; 4Z89 A; 3VS2 A; 2JXB A; 1SHG A; 5IHN A; 1ZUU A; 1AWX A; 2FEI A; 4LN2 A; 2KT8 A; 3UF4 A; 3VS7 A; 2BZ8 A; 2QDL A; 1BU1 A; 2C0I A; 2PZ1 A; 1NEG A; 1SPK A; 2HDA A; 2CH4 W; 1ABO A; 3EHR A; 4RTY A; 1UJ0 A; 4HVW A; 2ROT A; 1NLO C; 1QWE A; 2KEA A; 2EKH A; 3EGU A; 4AG1 C; 2J06 A; 2O88 A; 1WX6 A; 2AZS A; 4LE9 A; 4CC3 A; 2DX1 A; 1SRM A; 2C0T A; 2DBM A; 4ZNX A; 1UHF A; 2VKN A; 1JXM A; 2F2W A; 2FPD A; 3VRY A; 2LP5 A; 1UGV A; 1X2Q A; 1GCQ C; 1QWF A; 1W6X A; 4ESR A; 2BZY A; 1UHC A; 2H8H A; 2EBP A; 4OMQ A; 2FRW A; 4AFU C; 1GFC A; 1T3S A; 1ZLM A; 2JS2 A; 2D8J A; 2E5K A; 4OMN A; 1BB9 A; 1OPL A; 1MV0 B; 2CT3 A; 4R0K A; 2GQI A; 1ZUY A; 1PKS A; 1GBQ A; 1U5S A; 3LH5 A; 1X6B A; 3EHQ A; 3M0Q A; 2KBT A; 2NUZ A; 2JM9 A; 2KRN A; 2ABL A; 1AVZ C; 2LNH B; 2F2X A; 1MUZ A; 1PRL C; 1IO6 A; 1WXT A; 2YSQ A; 3UA7 A; 1SRL A; 1QKW A; 2W10 A; 2O9S A; 3M0P A; 1K1Z A; 2ESW A; 2VVK A; 1U3O A; 3RNJ A; 3QWX X; 4CC7 A; 1SHF A; 4RTU A; 4K11 A; 2RN8 A; 2ECZ A; 1KFZ A; 2YUN A; 3I9Q A; 1AOJ A; 1T0H A; 2L3P A; 1HJD A; 2JM8 A; 3VS0 A; 2K79 A; 1H92 A; 2A28 A; 4OMM A; 4DEY A; 1U06 A; 2NWM A; 3ZL7 C; 3I35 A; 4RTV A; 1NYF A; 1RLQ C; 4F17 A; 4RTW A; 1CKA A; 4M4Z A; 4JJC A; 2KT1 A; 4HCK A; 1SSH A; 4GBQ A; 2FPF A; 5FW9 A; 2EGC A; 3O5Z A; 2XMF A; 1J3T A; 1JO8 A; 2HCK A; 3UA6 A; 1AZG B; 2RMO A; 1MV3 A; 4J9H A; 1UFF A; 2A37 A; 1YN8 A; 2EYZ A; 1AD5 A; 3M0S A; 4RTX A; 3ULR B; 2DL8 A; 4OMO A; 2EYX A; 1ZBJ A; 1GFD A; 1UJY A; 4HXJ A; 3M0R A; 2LMJ A; 1YNZ A; 2CT4 A; 1FYN A; 1OV3 A; 2J05 A; 2DJQ A; 2EQI A; 1RUW A; 3NHN A; 3M0U A; 4OMP A; 3TVT A; 2KXD A; 2ENM A; 2YUQ A; 1X2K A; 2JTE A; 4E6R A; 2CSQ A; 2DL4 A; 2VWF A; 4HVU A; 4JPB W; 1E6H A; 1A0N B; 3H41 A; 4LUD A; 2IIM A; 4IIM A; 1Y0M A; 1GCP A; 2OI3 A; 1Z9Q A; 1Z9Z A; 2B86 A; 2O9V A; 1OOT A; 4AFQ C; 3VS4 A; 1NYG A; 1ZSG A; 2KNB B; 2GNC A; 1OPK A; 2J6F A; 2K6D A; 2D0N A; 4J9I A; 2EYW A; 3NGP A; 1KJW A; 3PVQ A; 4JZ3 A; 1VYU A; 1EFN A; 5FWB A; 1GCQ A; 2AKL A; 4J9D A; 5IHK A; 2J7I A; 1SEM A; 5L23 A; 1YWO A; 1I1J A; 3U23 A; 2GBQ A; 2MCN A; 3H0H A; 1K4U S; 1H3H A; 3UAT A; 4AG2 C; 2HSP A; 2EYY A; 1M27 C; 2JMC A; 2EPD A; 4LUE A; 2OAW A; 1RLP C; 2DYB A; 2D1X A; 2G6F X; 4D8D A; 4CC4 B; 4X1V A; 2JS0 A; 2KRM A; 2DLP A; 2LX7 A; 3TSW A; 2YUO A; 1YCS B; 4J9C A; 5GJW B; 3R6N A; 4Z8A A; 1YWP A; 2RQW A; 4JZ4 A; 2M51 A; 1UE9 A; 5IXF A; 2KGT A; 4RUG A; 3H0F A; 1ZUK A; 5GJV B; 1M8M A; 2L3S A; 1QCF A; 1ARK A; 1NEB A; 2DRK A; 1RI9 A; 5HCK A; 2SEM A; 3QWY A; 3I5S A; 1X6G A; 2YDL A; 2DA9 A; 2YT6 A; 3VS1 A; 1WIE A; 2JT4 A; 4CC2 A; 3RBB B; 3EG0 A; 4A63 B; 2DNU A; 2KXC A; 4DEX A; 3GBQ A; 5EC7 A; 3VRZ A; 1GRI A; 1UG1 A; 1YP5 A; 3TSZ A; 1QLY A; 1QKX A; 3EG2 A; 1T3L A; 2RQV A; 4RTZ A; 1UTI A; 2DL5 A; 1WFW A; 2OJ2 A; 1I0C A; 2J6O A; 4J9E A; 2LJ0 A; 1W1F A; 2KR3 A; 1CKB A; 2DL3 A; 1AWO A; 1VA7 A; 1XOV A; 4JJB A; 1TG0 A; 3VS6 A; 1HD3 A; 2RQR A; 1WYX A; 4J9F A; 3REB B; 1NM7 A; 5IH2 A; 2RQU A; 4RTT A; 2RNA A; 1PRM C; 2DIL A; 3H0I A; 1BK2 A; 2DM1 A; 3IQL A; 1WI7 A; 2CRE A; 5IXB A; 2LQW A; 2DF6 A; 5I11 A; 2FRY A; 4F16 A; 2P4R A; 2K2M A; 2J6K A; 1WXU A; 4KRT A; 1JQQ A; 2BZX A; 2GTO A; 2DL7 A; 2K7A A; 2LJ3 A; 1UEC A; 2L0A A; 3REA B; 2L2P A; 2AK5 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2MOX A; 1V76 A; 2H3E B; 2KY9 A; 4M7A G; 3QXE B; 1S72 T; 3J81 E; 3M54 A; 2YUP A; 4BE0 A; 1ZA1 B; 1TWB A; 2ED1 A; 4M78 A; 3I56 A; 1XQH A; 1GBR A; 1JXO A; 2X3X D; 3OYI A; 4M77 B; 2DRM A; 1H8K A; 3CCU Q; 4KGX B; 3ME9 A; 2DMO A; 4C92 F; 1NLP C; 3JB9 J; 4X9C A; 2RK2 A; 2AT1 B; 2C06 A; 1WJS A; 2HEQ A; 1TUD A; 3R6O A; 5CIU A; 3JV3 A; 5CKE A; 3JCM e; 1B3Q A; 1KSW A; 4LD6 A; 1JU5 C; 1OI1 A; 1Y57 A; 2PNI A; 1VQ5 A; 1E7O A; 1QVF P; 2QQR A; 4QVC A; 2K9G A; 1MMG A; 1Q7Y C; 3C95 A; 2SRC A; 2E12 A; 5GMK i; 1K8A R; 2X3W D; 5GMK e; 4D8K A; 2KYB A; 1AZE A; 3NFC A; 2E1H A; 2C0O A; 2VYT A; 4J7F A; 2P0K A; 4EMG A; 3EG1 A; 1M3C A; 4C92 C; 2Y90 A; 1QMC A; 4OB2 B; 2D0Q B; 1VQ6 Q; 2PVG B; 3SWN A; 2DK3 A; 2ZPB B; 3SD4 A; 2GTJ A; 3CC7 T; 4RKU E; 3MP8 A; 2QEX T; 5KYX B; 3FIF A; 4DBF A; 4C92 G; 4HA8 A; 2OTJ Q; 1N5Z A; 2A36 A; 3M56 A; 4HT9 A; 2E3I A; 1BCM A; 5FU6 B; 3I55 A; 1YIJ Q; 1UB4 A; 4JRI A; 2FO0 A; 4MMK A; 4M7D C; 1HSQ A; 2AKK A; 1X69 A; 4IKF A; 3FJ5 A; 1I4K 1; 2EJF A; 1HK9 A; 1TUC A; 3GPL A; 2ZPG B; 1Q81 U; 4KH0 B; 4KT0 E; 2BTT A; 5CQY A; 3SEM A; 4FCY A; 3SDZ A; 4Z89 A; 2COY A; 6AT1 B; 2JXB A; 2QA4 T; 3TRE A; 3CCV A; 1NJI C; 2QDL A; 1BI1 A; 3EGD A; 1NEG A; 2MWO A; 1WHH A; 4IUP A; 4RTY A; 2L3R A; 1BI2 A; 4M7A A; 1QWE A; 2KEA A; 4PFP A; 3TU4 K; 3OMC A; 1QVF S; 2KVQ G; 4AG1 C; 2J06 A; 2O88 A; 3S3M A; 4Z02 A; 1WHJ A; 4N4H A; 1NPP A; 1SRM A; 2A0F B; 2HQE A; 3PFS A; 2E6Z A; 2VKN A; 1O75 A; 4DA4 A; 3CXC P; 1X2Q A; 4M75 C; 3CC2 T; 5GAN d; 3OYJ A; 2EBP A; 4OMQ A; 4IUQ A; 1T3S A; 1Q82 U; 3CCQ Q; 3C94 A; 2JZ2 A; 2WSF E; 2JS2 A; 2D8J A; 4NOY A; 5GAN h; 1N8R C; 5DM7 R; 2CKK A; 2DEU A; 8AT1 B; 1MV0 B; 2CT3 A; 5LJ5 e; 1OYX A; 1YI2 T; 4C0F A; 3L2V A; 1VQ7 A; 2MAM A; 1VQP T; 1C1A A; 2ZPI B; 2NUZ A; 1WJR A; 2K4Y A; 2KRN A; 3RR6 A; 3MCA B; 1AVZ C; 1BI3 A; 2DER A; 1K73 U; 1IO6 A; 2LNV A; 4IUR A; 4N4I A; 2XI9 A; 2EWN A; 1K1Z A; 3JCM d; 1O9S A; 3G71 Q; 2GFU A; 5GMK l; 5HY6 A; 1FWZ A; 3QWX X; 2HQX A; 2RN8 A; 5D6X A; 5GAN g; 3JCM h; 4ZTF A; 1Q81 R; 1KFZ A; 2RJC A; 5I2M A; 3VUB A; 1XNI A; 1T0H A; 3RKW A; 1IRE B; 1JRI A; 4KH1 B; 2PVD B; 1RAG B; 2A28 A; 3J80 E; 4C92 A; 3L2W A; 4RTV A; 5GMK h; 4M7A E; 2HQH A; 1CKA A; 4RTW A; 1VQO Q; 2KT1 A; 5A0D A; 5FW9 A; 4C5G A; 2FVU A; 1X01 A; 2EGC A; 3CME T; 5HKC A; 4E7I A; 1J3T A; 1VQO T; 3OYC A; 3CC4 Q; 3JCM g; 1G3Y A; 4J9H A; 1UFF A; 2A37 A; 4YTL A; 1YN8 A; 2O4X B; 4RTX A; 5I2S A; 3GNF B; 3CXC S; 4QKU A; 4M7D A; 1Q82 R; 2LMJ A; 3RDV A; 3G6E T; 1OV3 A; 2J05 A; 2ZPF B; 4OVA A; 1K9M U; 2EQI A; 3X25 B; 1RUW A; 3M0U A; 3MHX A; 3QBY A; 1WQW A; 2KXD A; 4PLI A; 4EMK B; 2YUQ A; 2CSQ A; 3OW2 A; 2DL4 A; 1NPR A; 4HVU A; 1E6H A; 4ZGJ B; 4XTX A; 4IIM A; 5M9O A; 2PUK B; 2O9V A; 4PJO F; 3QG1 A; 3G7Z A; 5D6W A; 5FRN A; 4Y28 E; 4AFQ C; 2F5K A; 4BAC A; 1ZSG A; 1R8O B; 4JUV A; 2KNB B; 1F1B B; 2RO0 A; 2PQW A; 2HAX A; 4IUV A; 4A4F A; 4A4K A; 1QVP A; 2K6D A; 4J9I A; 1KJW A; 3CCM T; 2Y4Y A; 4JZ3 A; 1KC8 U; 4N4G A; 5FWB A; 4AMC A; 4M75 A; 4J9D A; 1VQ4 Q; 2EQK A; 4OGC A; 2J7I A; 1M90 C; 4C92 E; 4DOV A; 1Q95 G; 3RER A; 1C0M A; 1FXX A; 3GNG A; 1I1J A; 2GBQ A; 4PJM A; 1H3H A; 2LDM A; 2HSP A; 4LUE A; 1M27 C; 1FMW A; 2G6F X; 4DBH A; 3SB2 A; 4D8D A; 2DET A; 2ZGW A; 5GAM e; 4X1V A; 3E9F A; 2KRM A; 3MEA A; 3OS0 A; 1KQ2 A; 2DLP A; 2DTO A; 4KUD K; 5AT1 B; 5LJ3 e; 1M2V A; 2YRV A; 4PJO C; 1RAF B; 5LJ5 d; 3LWH A; 3ZEH A; 3OA6 A; 1G3T A; 3L2Z A; 4JZ4 A; 4OMF B; 4RUG A; 5LJ5 h; 3LLR A; 2GF7 A; 3Q1J A; 5GJV B; 4C0D C; 4PJO G; 4ME7 A; 1ZBX A; 4OB0 B; 4JRP A; 1RI9 A; 3EH1 A; 2LQK A; 3OYG A; 4QQG A; 4M78 F; 2JT4 A; 4CC2 A; 1ZSZ B; 2VXF A; 2D6F A; 1WZO A; 2P0Q A; 4DEX A; 2FZC B; 5EC7 A; 1ZHI A; 3LW5 E; 1GRI A; 1UG1 A; 1VQM T; 3DB3 A; 1VQ9 T; 1M1G A; 3EG2 A; 3CCE T; 4MML A; 5LJ5 g; 1Y96 B; 4RTZ A; 2WSC E; 4FT2 A; 1W1F A; 1WQ7 A; 2CP7 A; 1G3S A; 3CC2 A; 3VUZ A; 1TG0 A; 3HHT B; 1WHL A; 5A0G A; 1WYX A; 3QYG B; 4E7J A; 2OTL A; 2IVW A; 3X20 B; 2DIL A; 2DM1 A; 2CRE A; 4BDY A; 2LQW A; 4F16 A; 2J6K A; 5GAO r; 1UEB A; 2DD5 A; 4KRT A; 2LJ3 A; 4BY6 B; 2CP3 A; 3OYM A; 5KYW B; 1VQL A; 1G83 A; 5IHI A; 2CUB A; 1PSF A; 1B7T A; 3VS5 A; 4M78 G; 3QJ6 A; 4OF1 A; 4M7A D; 1PSE A; 2DZC A; 3OW2 P; 4X34 A; 5CKH A; 1JJ2 S; 2A08 A; 1ABQ A; 1M30 A; 2VB6 A; 3OB9 A; 1U8R A; 2CS7 A; 1G2B A; 3C0C A; 4LDW A; 1LCK A; 4O5V A; 4ELZ C; 2QQA A; 2DKG A; 4X9D A; 1ACM B; 4JJN K; 2EAY A; 2DXU A; 3CCL A; 4RCC A; 2EGA A; 2CSI A; 4EIK A; 2DE0 X; 4PKC C; 1OU8 A; 4LNP A; 4ANJ A; 2IPO B; 3G1J A; 1JB0 E; 5GAO p; 1KD1 C; 3PT9 A; 2LJ1 A; 1AWJ A; 3QUI A; 4GLM A; 1OEB A; 2F2V A; 4FW1 A; 2K3B A; 1K0S A; 5KYU B; 2K5I A; 4HCB A; 1MND A; 2K57 A; 2W0Z A; 1B07 A; 4PJO A; 5GAM d; 3S3O A; 4B6M A; 5KYY A; 3X24 B; 4FSX A; 1NBE B; 3ZFJ A; 3V7S A; 3G6E A; 1V29 B; 5DLO A; 3L1A A; 1PHT A; 2KRS A; 5GAM h; 1TOV A; 2KMT A; 2HBW A; 1WA7 A; 4L5G A; 5FWC A; 1IGU A; 5LJ3 h; 2VAS A; 1BBZ A; 1R77 A; 1RAB B; 1X27 A; 3TEE A; 1YJN A; 3JCM V; 3UT1 A; 3FC3 A; 4F7U A; 5I21 A; 2HKN A; 3PVL A; 1M9S A; 1PKT A; 8ATC B; 1H3Z A; 4ORZ A; 2KRO A; 1WHG A; 1PM3 A; 3PE0 A; 2O31 A; 3CCS T; 1VQK A; 1G3W A; 3PGG A; 3A98 A; 3JCM b; 3EFO B; 4C92 D; 3NPF A; 5A2Q E; 3OYY A; 3PMT A; 4AT1 B; 1K0X A; 1ZX6 A; 3RKY A; 3X26 B; 5GAM g; 3CCR T; 2RF0 A; 1KQS S; 1GL5 A; 4R56 A; 5GMK m; 2EVR A; 4HVV A; 5LJ3 g; 3FEO A; 5IHN A; 3WVD B; 1ZUU A; 2FEI A; 4XU3 A; 3T9N A; 1QQJ A; 3OY9 A; 1BU1 A; 2DEQ A; 2HZY A; 1SPK A; 5D7U A; 2FHD A; 3CD6 A; 4M7D D; 1UJ0 A; 2ROT A; 1NLO C; 3G4S T; 3JB9 H; 2G3R A; 2QG9 B; 1QVG A; 3EGU A; 3A5Z B; 1YJ9 A; 1WX6 A; 1QW1 A; 4LE9 A; 4CC3 A; 3FRN A; 2FZG B; 1BCO A; 2DIQ A; 4LD9 K; 1JXM A; 4PJO E; 1SSF A; 4J83 A; 4FYX B; 4TVR A; 3A8L B; 3KXT A; 1W6X A; 2GFA A; 2X4W A; 3CCU T; 1WJQ A; 2FRW A; 3E9G A; 4AFU C; 2DPP B; 2CYZ B; 1YFN A; 4C8Q C; 1OX8 A; 2VGN A; 3OBY A; 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