The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
14
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sequence length |
95
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structure length |
95
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Chain Sequence |
b'PSSNGPLEGTRGKLKNKPRDRGTSPPQRAVEEFDDGEKVHLKIDPSVPNGRFHPRFDGQTGTVEGKQGDAYKVDIVDGGKEKTIIVTAAHLRRQE'
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Trigger Factor in Complex with the Ribosome Forms a Molecular Cradle for Nascent Proteins
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
23S RRNA
|
| source organism |
Escherichia coli
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| molecule tags |
Ribosome
|
| total genus |
14
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| structure length |
95
|
| sequence length |
95
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2004-07-01 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | Ribosomal protein L21 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1JJ2 P; 1YHQ Q; 1QVG P; 3OW2 P; 1VQM Q; 3CXC P; 1KQS P; 1QVF P; 3G4S Q; 1YJN Q; 1Q81 R; 3CCM Q; 1K9M R; 2OTL Q; 3CCU Q; 1YJW Q; 1VQ5 Q; 1VQO Q; 1Q86 R; 1VQ4 Q; 3CC7 Q; 1VQK Q; 3G71 Q; 3CCV Q; 1M90 R; 1W2B P; 1VQN Q; 3CPW P; 1YI2 Q; 3CCS Q; 2OTJ Q; 1K73 R; 1N8R R; 1YIT Q; 3CME Q; 1KC8 R; 2QA4 Q; 1VQ6 Q; 1S72 Q; 3CCL Q; 3I56 Q; 3CCE Q; 1M1K R; 3CCR Q; 3CC4 Q; 3CMA Q; 1Q7Y R; 1K8A R; 1KD1 R; 1VQ7 Q; 1VQ9 Q; 1VQ8 Q; 1VQL Q; 3CD6 Q; 1Q82 R; 2QEX Q; 3CCQ Q; 3I55 Q; 3CC2 Q; 3G6E Q; 1YIJ Q; 1YJ9 Q; 3CCJ Q; 1VQP Q; 1NJI R; #chains in the Genus database with same CATH topology 2O4X A; 4C92 A; 3OYC A; 3M55 A; 2DL4 A; 2V8K A; 4LE9 A; 2KAF A; 3CCS A; 3H0I A; 1VQ5 Q; 5GJW B; 3L2R A; 5KE3 A; 1TXQ A; 3QJY A; 2DNU A; 1ZLM A; 4RTY A; 4RCB A; 3S6W A; 1YIT Q; 2XD0 A; 2J05 A; 4MZM A; 4M77 D; 5IHN A; 4B9X A; 1VQP A; 1M1F A; 2VV5 A; 1FMK A; 1YIJ A; 2NUP A; 5ECA A; 4RTU A; 2W10 A; 3HL8 A; 2EPD A; 3PTA A; 2YUO A; 1W70 A; 2BZY A; 4IUT A; 2RO0 A; 4JLG A; 2DD4 A; 2RK2 A; 3EGU A; 3I9Q A; 1QMC A; 1YNZ A; 2CZ0 B; 4OMN A; 2I2L A; 3I56 Q; 2D6F A; 1M1K U; 1Y57 A; 2ECZ A; 3CXC A; 1YCY A; 3A98 A; 2KXD A; 5IXF A; 4FIB A; 1K73 C; 1M30 A; 2J6F A; 2ROL A; 3CCV A; 3G71 A; 2OTL T; 4QKU A; 4M78 B; 2Y4X A; 1BIA A; 5HKC A; 2GCX A; 2CZ1 B; 4AG2 C; 3MEW A; 3ASK A; 3CD6 A; 4RKU E; 2QA4 T; 1S72 T; 3JAM E; 5IT9 E; 3QJ6 A; 5GAN 6; 1NJI C; 1KD1 R; 1BU1 A; 5LL6 S; 1YFN A; 4ZGJ B; 1PCX A; 4VUB A; 4RTT A; 3G6E Q; 1BIB A; 4LDV A; 3O5Z A; 1N9S A; 3QDR B; 2QGG A; 3E1S A; 1AHJ B; 1YWO A; 5A0G A; 3M0R A; 1AZG B; 2JZ2 A; 5C6S A; 1W6X A; 1KG1 A; 5IXB A; 2LZ6 B; 4DOW A; 3I5S A; 4C8Q D; 3OYB A; 3LYI A; 3CCR Q; 1Q82 R; 3AHU A; 3OMG A; 1NLO C; 3SB2 A; 3H0F A; 2AZS A; 1RAH B; 2DA9 A; 2O88 A; 5I21 A; 4PKC C; 1Y0M A; 4OMF B; 2EIF A; 4A63 B; 4BE1 A; 3CME A; 1R0B G; 3M0S A; 1OX9 A; 1WHL A; 2EJF A; 3JCM h; 1RLQ C; 3OW2 S; 2K5L A; 4C5I A; 2ZPG B; 4ZNX A; 1MHN A; 1C6V X; 3MEU A; 3OYY A; 1IHV A; 3CCM A; 2CGH A; 4A54 A; 1VQO A; 3EGD B; 3ME9 A; 2YRD A; 4ATO A; 2C0T A; 4F7U E; 2HL3 A; 3A8L B; 3NPF A; 1GXI E; 1YWP A; 1CSK A; 3A8M B; 3QG1 A; 1QP3 A; 2RQU A; 1CKB A; 1Y7X A; 3PT9 A; 1VQ7 Q; 1Q82 U; 2QEX T; 2VUB A; 3U23 A; 2NLU A; 3VS3 A; 4LUD A; 2O9V A; 1QVF P; 2VC8 A; 1MMN A; 4KBM B; 5LJ3 e; 1WIE A; 1Q95 G; 2RQR A; 4E7L A; 3QYH B; 3MCA B; 1ZHI A; 1X43 A; 1MND A; 3WXM B; 3CBP A; 3VS7 A; 2DAQ A; 3SHW A; 3QDF A; 2LQN A; 1AWJ A; 2D0N A; 2IVW A; 2YDL A; 3VS2 A; 4J9C A; 3JV3 A; 2JTE A; 3C95 A; 1OX8 A; 2BTT A; 1VIE A; 1VOM A; 1X69 A; 2QQB A; 3OB9 A; 1KD1 C; 1W2B P; 1MV3 A; 3EGX A; 1VQ6 A; 4WCI A; 3J7A F; 3RMS A; 1J3T A; 2XDB A; 3EFS A; 4MMK A; 4WF2 A; 2G3R A; 4Y92 A; 1RAD B; 1WJQ A; 2QAS A; 1ABO A; 4JZ4 A; 3V8J A; 2A37 A; 2M51 A; 2RHU A; 1G3W A; 4LDU A; 2JVV A; 4BY6 C; 3UA6 A; 1WZO A; 3JRZ A; 3SWN C; 7AT1 B; 2M0Y A; 3HFN A; 3OW2 A; 4FSX A; 4XTV A; 3M4Y A; 3JCM f; 1TS9 A; 3I55 Q; 1YHQ Q; 2YLB A; 5GAO r; 3CC7 A; 1M2V B; 2JW4 A; 4C92 D; 4A4F A; 2JS2 A; 3OS5 A; 4L59 A; 1NEG A; 1VUB A; 2RI5 A; 2L2P A; 3CCS Q; 2P4T A; 5GMK h; 1D0X A; 1YP5 A; 2V8J A; 1G8X A; 4F7U F; 1R0C B; 2DM1 A; 1CKA A; 1IRE B; 4KGV B; 5DLQ E; 5GAN e; 1TG0 A; 3PGG A; 1MMD A; 1VQL A; 2ZPF B; 3HPW A; 5GAO p; 2ZGW A; 2E70 A; 1VQP Q; 1HK9 A; 1QP2 A; 1Q81 U; 4UC4 A; 3M57 A; 4F7U G; 1B07 A; 4A4G A; 4KUL A; 5LJ5 e; 1B34 A; 2K3Y A; 1GCQ C; 4RTX A; 3JB9 I; 4M78 E; 2F2W A; 2K9G A; 4F7U A; 1ABQ A; 4A4K A; 1IXD A; 2LJ3 A; 3E9F A; 1KQS P; 2DJZ A; 1YJW T; 3UF4 A; 1UDL A; 3M53 A; 1D3B B; 3CCV Q; 4M78 C; 3GP8 A; 1WYX A; 4FT4 A; 4PLI A; 4XK8 E; 2MWP A; 4ELY C; 2QTX A; 1KQ1 A; 3CD6 Q; 2EQM A; 4BE0 A; 2YUP A; 1QW1 A; 3F70 A; 1R8O B; 4KGX B; 1XNI A; 2DVE A; 5GAM d; 3V7C A; 3N5B B; 4OGE A; 1D0Y A; 1PM3 A; 2K5I A; 2K3X A; 4QQD A; 2E12 A; 2KNB B; 2PQW A; 3JCM V; 2H3E B; 2HCK A; 3VYG A; 2CSI A; 2RPN A; 4J5Y A; 3NTK A; 1G83 A; 4XTU A; 2X35 A; 3JCM W; 3S3N A; 2DL8 A; 2YXY A; 1E6H A; 3OYN A; 3I56 A; 2DXB A; 2OI3 A; 1N8R U; 2VVK A; 1D0Z A; 3SWN A; 2K7A A; 2KT1 A; 2DRK A; 3NTH A; 2DER A; 4HCC A; 2L8D A; 1GFD A; 2EKO A; 4BD3 A; 1I5L A; 3J80 E; 2RI2 A; 3CCM Q; 5C0M A; 1UJ0 A; 5HK3 A; 2VYT A; 4D8D A; 4HVW A; 5CR2 A; 1N6A A; 1SHG A; 1Y07 A; 3QKJ A; 4JS5 A; 2EYW A; 3M5A A; 1G3T A; 1MMA A; 1K8A R; 2CH4 A; 4J6Y A; 3G6E A; 1LOJ A; 2JT4 A; 1HD3 A; 2HL5 C; 4R0K A; 4OMQ A; 3FJ5 A; 4M78 F; 2C0O A; 3BW1 A; 4HCK A; 2DEQ A; 3WVE B; 2LP5 A; 2J6K A; 1M27 C; 4PNO A; 1GCQ A; 1D09 B; 1Y96 B; 4PFO A; 1TOV A; 1X2Q A; 3REA B; 4DBH A; 3GNF B; 5KH6 A; 3HKS A; 1ZQ1 A; 3CCQ T; 2O01 E; 1VQ4 A; 4RUG A; 3JB9 J; 2JOY A; 2DXU A; 3TQ7 P; 2DPP B; 2OTL Q; 5GAN 5; 1PNJ A; 2JS0 A; 3M58 A; 5CIU A; 1TSF A; 2ESW A; 2QA4 Q; 1S72 Q; 1WHJ A; 2DX1 A; 2LRQ A; 4B6M A; 2RF0 A; 4EPC A; 5IHK A; 4XU3 A; 3M0U A; 4FCY A; 2DZC A; 3JCM P; 2PZ1 A; 4J9H A; 2CUB A; 3CPW S; 2X3W D; 4GBQ A; 3ZEH A; 2JM8 A; 3RKW A; 1Q86 R; 4P5N A; 1E6G A; 1FXX A; 1WXT A; 2MK5 A; 1NLP C; 3QWY A; 1VQ7 A; 2YUN A; 1RAG B; 4C0Z A; 5GAN 2; 4GLM A; 1K1Z A; 2PU9 B; 4QVC A; 4DOV A; 2L3Q A; 2KT8 A; 4ESR A; 1WFW A; 1TTH B; 2AHJ B; 2HQH A; 2IG0 A; 2PUO B; 1VQN A; 3DB3 A; 2LX9 A; 2E4H A; 5GAO m; 4IUQ A; 4J8O A; 2D9T A; 1K73 R; 1BCM A; 3TSZ A; 3X28 B; 2COZ A; 5D6W A; 4KH0 B; 1QQJ A; 3T9N A; 2RK1 A; 3FB9 A; 1M3A A; 2M1H A; 2OJ2 A; 5KYN A; 3GOX A; 2CP6 A; 3OYK A; 2V1R A; 3SEM A; 1IZ6 A; 2DVJ A; 2E5K A; 2LJ0 A; 1K8A C; 4N4H A; 2CH4 W; 4KRT A; 1S1N A; 2EJ9 A; 2FYK A; 1IB8 A; 4RTV A; 5GAO q; 1VQ9 T; 2G6F X; 2NWM A; 2RNA A; 1WXU A; 1YBY A; 2QEX Q; 3CC2 T; 2MCN A; 2VAS A; 3UPU A; 1AWX A; 1UGQ B; 5A2Q E; 4FYV B; 2RJE A; 3MJX A; 4BY6 B; 1K73 U; 4CI0 C; 4JJN K; 5GMK i; 1BBZ A; 4E7K A; 1TUC A; 2YWW A; 3S3M A; 3THK A; 3C12 A; 3CCQ A; 5CVI A; 4EMG A; 4FYW B; 4Y28 E; 1YHQ A; 4J6X A; 3L2V A; 1YJ9 T; 3M0Q A; 2EJG A; 1NJI U; 3UDC A; 3JCM g; 3QII A; 3CPW A; 4K11 A; 2HBP A; 3KFV A; 2XID A; 2XDD A; 2BZX A; 2BKD N; 1BB9 A; 3A8O B; 1ZSZ B; 4KUI A; 2F2X A; 3CC4 T; 1JJ2 S; 4R56 A; 3VUZ A; 1FWZ A; 1UJY A; 4RCC A; 2VXF A; 4FW1 A; 3UA7 A; 1Q86 C; 1RAE B; 3SD4 A; 1JU5 C; 2BE9 B; 4DA4 A; 2QDY B; 3M0T A; 5HY6 A; 2CP7 A; 3FDR A; 1UUE A; 1KHI A; 2HKQ B; 1YI2 T; 1U5S A; 1N27 A; 3TRE A; 3EH1 A; 1I5O B; 1UEB A; 3JB9 F; 2YUQ A; 1EIF A; 1IGU A; 2JTF A; 2RA2 A; 1QVG S; 3JCM c; 4IUR A; 3NGP A; 2AKL A; 2ZAE A; 2D0Q B; 2E6N A; 1VQM T; 2QG9 B; 2DE0 X; 3G4S T; 3X25 B; 1YJN T; 1M2V A; 2KDS A; 3VS1 A; 3JB9 G; 4ZTF A; 1M90 R; 2HSP A; 2OTJ T; 2GTJ A; 2RD1 A; 4JUV A; 2AIR B; 1Q7Y R; 3MP1 A; 1K76 A; 3URG A; 3JCM d; 2HKN A; 1JB0 E; 1X75 C; 4XTW A; 3FRN A; 5A0L A; 2F2V A; 4LUE A; 3PVQ A; 2FPF A; 1M9S A; 5EG2 A; 1PD0 A; 1M3C A; 2HNI A; 5GAN 8; 3EG0 A; 2KR3 A; 1UB4 A; 3CC2 A; 4MZP A; 2XDP A; 2A36 A; 5GAN 3; 2QQS A; 3M56 A; 3KUF A; 1RI9 A; 4N4G A; 4Z89 A; 3EG1 A; 4CC7 A; 4CC3 A; 1WX6 A; 3CCU T; 1GCP A; 5GMK m; 1YJW Q; 1VQ4 Q; 3QSU A; 3KBG A; 5KCH A; 4PJO B; 1VYU A; 4HCZ A; 5KCO A; 4M78 D; 4IUU A; 1D3B A; 2DRM A; 5LJ3 j; 1UTI A; 3QZ5 B; 2LVM A; 1KD1 U; 1JJ2 A; 3E19 A; 3P8D A; 2YLC A; 2DK3 A; 3GBQ A; 2QYZ A; 2EWN A; 2A7Y A; 3HRT A; 1U3O A; 1Z9Z A; 3R6N A; 1N9R A; 5L23 A; 4X1V A; 1JXO A; 5GAO n; 1ZA2 B; 1SEM A; 5KYU B; 4ANJ A; 2DBK A; 1M1G A; 2DL3 A; 1PKS A; 1QVG A; 2P4R A; 3TSW A; 2GF7 A; 2JJ9 A; 2DL7 A; 4FYY B; 4Y91 A; 1BCO A; 4FYX B; 3MP6 A; 1TU0 B; 2CP3 A; 3ZBD A; 5CCA A; 2VWF A; 3D7S B; 1VQK T; 1N5Z A; 2QTV A; 5CKF A; 1G5V A; 1NM7 A; 4WTO B; 1VQN Q; 2YSQ A; 2SEM A; 1AVZ C; 2E64 A; 2LQK A; 4DBR A; 2FZK B; 2GFA A; 4PFZ A; 5GAN 7; 2ED1 A; 4FSS A; 2DET A; 4KH1 B; 4ELZ C; 1W1F A; 3RBB B; 2XG8 D; 1KQ2 A; 1BKB A; 2OTL A; 1M90 C; 1YCS B; 3EG9 B; 2DL5 A; 2MOX A; 3LGF A; 2WSE E; 4Z8A A; 4JZ3 A; 5GAM e; 3M54 A; 4DQ2 A; 1Q7Y C; 1UGV A; 1RUW A; 1UEC A; 2QA4 A; 1S72 A; 2EYX A; 4FM4 B; 2AK5 A; 3PIO A; 1KC8 R; 1OYX A; 1UGR B; 2CT4 A; 1VQ8 T; 1ZUY A; 3H8Z A; 3L1A A; 4J6W A; 1C1A A; 3CCJ T; 5GAN j; 2X4X A; 2DYI A; 3PE0 A; 3A5Z B; 3OY9 A; 2DFU A; 2X9H A; 4F17 A; 1SPK A; 4OMP A; 2HSE B; 4LDX A; 2R58 A; 1ZUU A; 4F04 B; 3VUB A; 1M8V A; 1Y96 A; 3E2U A; 4X9C A; 3VS5 A; 2DTI A; 5LJ5 j; 2LNH B; 5CKD A; 2DIL A; 1ZA1 B; 3HRU A; 3CCQ Q; 1SSF A; 2FPD A; 2CZ7 B; 1I0C A; 4GY5 A; 3BY7 A; 3LX7 A; 4ZGD B; 2YT6 A; 2VXE A; 4M7D C; 2EKH A; 3H6Z A; 4FW2 A; 1NYF A; 1H3Z A; 1ZBX A; 3OYA A; 4A4H A; 1UGP B; 3MET A; 4CC2 A; 4RTW A; 3VJP A; 2FL7 A; 2D8J A; 5FLX E; 1H64 1; 1PSE A; 3NMZ C; 4F14 A; 1B3Q A; 1JEG A; 2JXB A; 1I81 A; 1VA7 A; 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2L3S A; 5LJ3 h; 2EYY A; 4M7D A; 4LN2 A; 2RB6 A; 1VIF A; 1IO6 A; 1R77 A; 2A3L A; 2C0I A; 5I2S A; 4ZGE B; 1GRI A; 4Z02 A; 3VS6 A; 3CMA T; 3JB9 H; 4HVV A; 1ZSZ A; 2HZY A; 2FZC B; 4EMH A; 3S3O A; 1JXM A; 4PJL A; 3MEV A; 2A08 A; 1U1T A; 1K9M R; 3PMI A; 3RMQ A; 1Z9Q A; 5CO7 A; 3V8K A; 2EGE A; 1YI2 Q; 2CRE A; 4OMM A; 3I5R A; 3EAE A; 4CRI A; 4DEX A; 3L2Q A; 2RQT A; 2E6Z A; 2KYB A; 2I0N A; 2DXC A; 4BDY A; 1QVF S; 4MZT A; 4M75 B; 3UAT A; 5CKE A; 1FMW A; 3H41 A; 1PRM C; 5J3B A; 1WDX A; 2KBT A; 2CZ6 B; 1YJW A; 2VKN A; 1VQM Q; 1H92 A; 3G4S Q; 1YJN Q; 2DJQ A; 4MML A; 1U1S A; 4XTY A; 4JJD A; 2PTK A; 3A1P A; 2OTJ Q; 3LH0 A; 4KGZ B; 1V1C A; 4YTL A; 4C8Q A; 3MHX A; 4ORZ A; 2IPO B; 2X3X D; 3M0P A; 1K8A U; 2PUK B; 1XQH A; 2QQA A; 3I55 T; 2DD5 A; 1KSW A; 1W2B S; 3OW2 P; 2L3P A; 3VKI A; 4O6J A; 4PJO F; 3MEA A; 5CK9 A; 2CP5 A; 4BI8 B; 2RQW A; 2CS7 A; 5GAN h; 3TVT A; 1FYN A; 1E7O A; 4E7S A; 2GQV A; 1I1J A; 5KYW B; 4PJO G; 2CUD A; 3A8G B; 4AFU C; 1YIJ T; 3FLG A; 2P0Q A; 4HT8 A; 2EVR A; 2EBP A; 3INZ A; 1G2B A; 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