The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
17
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sequence length |
73
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structure length |
73
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Chain Sequence |
MKQGGQGLQDYYLNQLRKEKILATVFLTNGFQLRGRVVSFDNFTVLLDVEGKQQLVFKHAISTFSPQKNVALN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Rna binding protein
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| source organism |
Listeria monocytogenes
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| publication title |
Recognition of U-rich RNA by Hfq from the Gram-positive pathogen Listeria monocytogenes.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Protein hfq
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| total genus |
17
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| structure length |
73
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| sequence length |
73
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| chains with identical sequence |
B, C, D, E, F
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-11-13 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5LJ3 h; 4C92 A; 4QVC A; 2EAY A; 4XU1 A; 4PJO F; 3SWN C; 5GAN 5; 4PJO E; 5GMK m; 3JCM d; 3JB9 F; 4C92 G; 2E41 A; 5GAN f; 4XTV A; 3QO3 A; 4J5Y A; 2E65 A; 4XTY A; 5LJ3 f; 5LJ3 d; 2DVE A; 3V7S A; 5LJ3 e; 1MGQ A; 2DXT A; 4M7A A; 4JUV A; 3BFM A; 1I81 A; 3SB2 A; 1I4K 1; 5LJ5 g; 4M78 F; 3JCM P; 4PJO B; 4NL3 A; 4V2S A; 4M77 F; 4C92 C; 4XU3 A; 5GAN 2; 4M7A G; 4HT9 A; 3JCM g; 5GAN 7; 5GAM h; 2YHT A; 5LJ5 j; 2VXE A; 5GAM g; 5GMK e; 1U1S A; 1D3B A; 1I5L A; 5LJ3 g; 4C92 F; 2DZ9 A; 2DZC A; 4F7U E; 4M75 A; 5GAN 4; 1M8V A; 5GAN 3; 4M7A C; 2YLC A; 4M78 B; 1LOJ A; 1BIA A; 4M77 B; 3INZ A; 5GAM f; 4EMK A; 5GAM d; 4M75 G; 5LJ3 j; 5GAN 6; 4HT8 A; 3FIF A; 4XTZ A; 3V8L A; 5GMK l; 3JCM V; 3V7C A; 4PJO D; 4C8Q F; 3EFR A; 3RER A; 4M7D F; 4M7D E; 4F7U B; 4WF2 A; 3VU3 C; 1JRI A; 4RCB A; 5GMK i; 4XU2 A; 3RES A; 2DJZ A; 5I21 A; 1Y96 B; 2E1H A; 2EJG A; 3FB9 A; 4M75 C; 4N0A A; 3RKY A; 2EJF A; 3PGG A; 2I2L A; 3HFN A; 4EMK C; 4M78 E; 2VXF A; 3JB9 H; 4M77 E; 4M78 D; 1B34 B; 4C8Q B; 5GAN e; 1U1T A; 3HFO A; 5GMK h; 2DTI A; 4M77 D; 4M75 F; 4M7D B; 5GAO l; 5GAM j; 3SWN B; 3L2Z A; 3AHU A; 4C92 E; 3BDU A; 4MML A; 1H64 1; 4J6W A; 4N0A C; 3JB9 I; 4EMG A; 5GAO n; 2QTX A; 3JCM X; 2VC8 A; 4RCC A; 4OP0 A; 4PJO A; 3RKW A; 1YCY A; 4M7A F; 4QVD A; 3EFS A; 3JB9 J; 1WPY A; 4C8Q E; 1JBM A; 2ZGW A; 4PJO G; 4C92 B; 3JB9 D; 4C8Q D; 1KQ2 A; 4M7D D; 3RIR A; 3JB9 G; 1X01 A; 3L1A A; 4Y91 A; 3V8J A; 2Y90 A; 5LJ5 h; 5GAN h; 2JN0 A; 2EJ9 A; 4XTW A; 2FYK A; 5GAO q; 4M78 A; 1WNL A; 2E64 A; 1WQ7 A; 2DEQ A; 4X9C A; 3V7R A; 4M77 A; 4DQ2 A; 5LJ5 e; 4M7A B; 4PJO C; 2YLB A; 1N9R A; 1BIB A; 3JCM h; 5CAI A; 3GIB A; 4M75 E; 4M78 G; 5GAN 8; 4PNO A; 4MMK A; 4M77 G; 5GAN d; 5LJ5 f; 1HXD A; 1M5Q 1; 2HNI A; 2DXU A; 1LNX A; 2FB7 A; 4NL2 A; 3JCM e; 1LJO A; 5GAO r; 1HK9 A; 4F7U A; 3QHS A; 4M7D C; 2RD1 A; 3FJP A; 4XTX A; 5DY9 A; 4C92 D; 2RB6 A; 2DTO A; 4J6Y A; 1TH7 A; 1D3B B; 1N9S A; 1Y96 A; 3JCM f; 2DKG A; 2RA2 A; 1KQ1 A; 4XU0 A; 2CGH A; 4JRK A; 4M78 C; 4NOY A; 4F7U G; 3JCM J; 4M75 B; 4M77 C; 4XQ3 A; 1WQW A; 2K57 A; 2RM4 A; 2EWN A; 2E10 A; 3JCM b; 3HSB A; 1B34 A; 3RKX A; 4C8Q A; 4EMK B; 3QSU A; 4J6X A; 4M7D A; 4M7A E; 4A54 A; 5GAO p; 4M7A D; 1I8F A; 5GAN g; 4A53 A; 4JRI A; 4JLI A; 3SWN A; 3V8K A; 4C8Q G; 4M7D G; 3BW1 A; 3QUI A; 4HA8 A; 4XTU A; 4X9D A; 3JCM W; 5GAN j; 3BY7 A; 3RUX A; 3JCM c; 3M4G A; 2DTH A; 4EMH A; 4F7U F; 5GAM e; 3JCM Q; 5GAO m; 5GMK j; 4C8Q C; 4M75 D; 5LJ5 d; #chains in the Genus database with same CATH topology 2RK1 A; 1AEY A; 4E7J A; 4PJO E; 1BCM A; 3M0P A; 2DF6 A; 4PKC C; 2XHC A; 2CS7 A; 2EGA A; 1QWE A; 3QO3 A; 3P8B B; 5KYN A; 2RJC A; 5HK3 A; 3O8V A; 4F14 A; 1EIF A; 4QQD A; 2K2M A; 2RN8 A; 4OB0 B; 4M4Z A; 4Z8A A; 2VXE A; 1NYG A; 3TSW A; 1PD0 A; 2JS2 A; 5IH2 A; 1P92 A; 1UGP B; 3FIF A; 1OU9 A; 3UA6 A; 5CKD A; 2BE9 B; 3EG2 A; 2COW A; 4F7U B; 1M1G A; 2EQM A; 4IIO A; 4L5G A; 1MHN A; 3CCS Q; 2IG0 A; 2EJF A; 3OMG A; 1OZ3 A; 1VIF A; 4DBF A; 1YHQ Q; 2JMC A; 1DJ7 B; 5GAM j; 2M0Y A; 5CKE A; 3QII A; 3QKJ A; 4KGZ B; 1W1F A; 3CCV T; 2MK5 A; 2XDP A; 1VUB A; 1KD1 C; 1WPY A; 1VQL T; 3VRZ A; 5C0M A; 4DOV A; 2HQX A; 3I9Q A; 4KUD K; 3EGX A; 2HDA A; 5LJ5 h; 2K3Y A; 2JN0 A; 8ATC B; 1QWF A; 2BKD N; 4D8D A; 1WQ7 A; 2RI3 A; 2GQI A; 1LJO A; 2MMP A; 1KD1 U; 3JB9 H; 3ASK A; 1QKW A; 2LJ0 A; 4B9W A; 1D09 B; 3GF5 A; 2QAS A; 3QYH B; 3I35 A; 1U3O A; 1D1C A; 2DO3 A; 4C8Q A; 3T9N A; 1PM3 A; 1YIJ Q; 5A0G A; 1VQP A; 2HKN A; 3X26 B; 3OBY A; 3CD6 A; 1HD3 A; 5HCK A; 3CCQ T; 1NJI R; 1KG1 A; 5KE3 A; 4AT1 B; 3RUX A; 3M4G A; 1YI2 A; 1GRI A; 5GMK j; 2KYB A; 2P4R A; 4JZ4 A; 1VQ7 Q; 4IUT A; 1UTI A; 2RNA A; 3OYD A; 4GY5 A; 4XTV A; 1UEB A; 1RI9 A; 1I4K 1; 1UGQ B; 4M78 F; 4V2S A; 4M77 F; 4KUI A; 3LX7 A; 3CME Q; 2JW4 A; 1QVG P; 2CYZ B; 4FW2 A; 4C92 F; 1QQJ A; 4JDS A; 4M75 A; 4OMQ A; 1KHC A; 2QDL A; 4FM4 B; 2DIG A; 1C0M A; 4LDU A; 5D6W A; 3TVT A; 2LP5 A; 1Y0M A; 2QYZ A; 3GP8 A; 1IO6 A; 3CXC S; 3LYI A; 4LUD A; 3CXC A; 4XK8 E; 4M78 E; 1TSF A; 4BY6 B; 1ZSZ B; 4M77 E; 2QI2 A; 1X2Q A; 2CP6 A; 1S72 Q; 5GJW B; 2EKO A; 3GNF B; 3L2Z A; 1M90 C; 4C92 E; 2HBW A; 2M0O A; 2DYB A; 1YP5 A; 5GAO n; 1VYV A; 3F70 A; 2QA4 T; 3G71 T; 4M7A F; 1R77 A; 3JB9 J; 3GOX A; 4CC4 B; 3I5R A; 2FZK B; 4N4H A; 3FJ5 A; 1BCO A; 2ED0 A; 1OUL A; 3V8J A; 2KAF A; 3RNJ A; 1ACM B; 2CH4 A; 4KGX B; 1BIB A; 2CUD A; 4JJN K; 4AFQ C; 2JTE A; 4O6J A; 2FB7 A; 2XG8 D; 4L59 A; 3CCS A; 3M9Q A; 1D3B B; 1X43 A; 4JRQ A; 3QZ5 B; 1KHI A; 1YHQ A; 1X27 A; 4RTW A; 4C5E A; 3HRT A; 2MOX A; 4M7A E; 4BUG A; 3THK A; 4C0G A; 3QUI A; 4XTU A; 2JUF A; 1ZLM A; 2O9S A; 4F7U F; 3OW2 P; 2EYZ A; 4KH1 B; 1NZ9 A; 3CCS T; 3SWN C; 2PNI A; 1BBZ A; 2KEA A; 1YHQ T; 3X28 B; 1KQS A; 2SRC A; 1WLP B; 4PFO A; 1C1A A; 1WJS A; 5HK0 A; 2QDY B; 2FRY A; 4IUQ A; 5GAM h; 3DB4 A; 1D1B A; 2EBP A; 2V8K A; 5LJ3 g; 2OTJ T; 2G6F X; 4F7U E; 1M8V A; 4E47 A; 2K9G A; 2J6O A; 3CBO A; 4ANJ A; 1K9A A; 3JRZ A; 1VQ8 T; 1T0H A; 3OYI A; 3VU3 C; 4KGV B; 1ZA2 B; 3EFO A; 2RHZ A; 3UDC A; 2KRM A; 2COY A; 4GLK A; 1A0N B; 2RHY A; 3UWN A; 2DBK A; 2F2X A; 2CZ7 B; 3DKM A; 2HL3 A; 2X4J A; 1R0C B; 3CC4 A; 4FYV B; 2KVQ G; 3IQL A; 3TRE A; 1YIJ T; 1N8R C; 2O88 A; 2QGG A; 1E6H A; 1T3S A; 1WGS A; 2VC8 A; 4ESR A; 2A28 A; 3M0S A; 4ZTF A; 1MMA A; 2RJF A; 3C94 A; 1J3T A; 2VB6 A; 1XOV A; 2ATC B; 3BE3 A; 1WX6 A; 3M57 A; 1VQ7 T; 2FYK A; 2VUB A; 1WNL A; 2EIF A; 3VYH B; 2W10 A; 1B7T A; 2ZPE B; 3CPW A; 1N9R A; 4BE2 A; 4BDY A; 3SHW A; 2D1X A; 3LW5 E; 5GMK m; 4HCZ A; 3CME T; 5HY6 A; 2K5I A; 1S72 A; 2DD4 A; 3L2Q A; 1M1F A; 4JLI A; 3VS2 A; 4RTT A; 4C8Q G; 5IXB A; 1PG5 B; 2F5K A; 3MP8 A; 3CQT A; 5IHI A; 1QVF P; 1OOT A; 5KCO A; 3G4S Q; 5LJ5 d; 3E1S A; 1GXI E; 3CMA Q; 3M58 A; 2DRK A; 2LQW A; 1BB9 A; 2JM8 A; 3FLG A; 4ZNX A; 3M5A A; 3HKS A; 2CSQ A; 1UGS B; 3QYG B; 2BZY A; 2LT1 A; 1G2B A; 3JCM g; 5GAN 7; 3UPU A; 3QXE B; 4IUU A; 3I56 A; 1NJI C; 1GFD A; 2EYQ A; 5CQX A; 3QJY A; 2LQ8 A; 4DOW A; 1X6B A; 2IIM A; 3QJ6 A; 1R0B G; 4M75 G; 2RHX A; 4XTZ A; 4M7D F; 1VIE A; 5C6S A; 1MV0 B; 1I0C A; 3LWI A; 2COZ A; 2CP7 A; 1NJI U; 2JM9 A; 2BTT A; 1WHG A; 2KBT A; 3HRU A; 2ED1 A; 1QVP A; 2OJ2 A; 2V1R A; 3G1J A; 4MML A; 1OPK A; 4J6W A; 2ZPF B; 4EMG A; 2PVG B; 2P4T A; 4LD6 A; 3HRS A; 2OTL A; 1KD1 R; 2WAC A; 1QP2 A; 2RPN A; 1NEG A; 4C8Q D; 1VQ5 T; 1X75 C; 3SD4 A; 1YWO A; 4JJB A; 3UAT A; 3OMC A; 4A63 B; 2QGF B; 5EG2 A; 4M78 A; 2DAQ A; 2E64 A; 1MMN A; 1Q81 C; 4M77 A; 4FIB A; 1IRE B; 1HSQ A; 1ABQ A; 2LZ6 B; 3LGF A; 5GAN f; 3QHS A; 3CCU T; 1W2B S; 4C5I A; 1W2B A; 1JO8 A; 1Q81 U; 3KBG A; 2AZV A; 1RAH B; 4E6R A; 2KI7 A; 2QQ9 A; 4E7K A; 4RG2 A; 2O4X B; 2R58 A; 1PRL C; 4DBQ A; 1PSE A; 3JCM c; 4ZGE B; 8AT1 B; 2W0Z A; 4BDZ A; 2L8D A; 4M75 D; 1RLQ C; 3L2R A; 3M56 A; 1MNE A; 2DM1 A; 2E5K A; 3H0I A; 3H0F A; 2FPF A; 1WYX A; 1OX8 A; 3QDF A; 3A8M B; 4OMN A; 5KYU A; 2DK3 A; 3PT9 A; 3EGD A; 4M7A A; 2LQN A; 2O01 E; 3BFM A; 4RTU A; 1OI1 A; 1Y07 A; 3C12 A; 2R5M A; 3TCJ A; 4XU3 A; 4PJJ A; 2KRS A; 4ZN1 A; 5LJ5 j; 1YJW Q; 3CCE Q; 2QQA A; 2C0I A; 2M02 A; 2DL4 A; 2E12 A; 2L89 A; 3OYG A; 1K76 A; 1UHF A; 3M53 A; 3M59 A; 2KNB B; 2JJ9 A; 2JT4 A; 2XI9 A; 2R57 A; 4C0Z A; 1VQK T; 1G3Y A; 1SHF A; 3RES A; 4CC7 A; 2I2L A; 1ZX6 A; 3PVQ A; 2VXF A; 1TU0 B; 2YRV A; 1M90 R; 3SWN B; 3PMI A; 2KQW A; 2DPP B; 5KYX B; 3JB9 I; 2DIQ A; 4ZGD B; 3JAM E; 2P0K A; 4JLG A; 4MDW A; 4HVV A; 5KYW A; 1RI0 A; 3G4S T; 5KH6 A; 2E5Q A; 3CC2 Q; 1WIE A; 3CMA T; 4KT0 E; 2MWP A; 1H3Z A; 1QLY A; 2B8A A; 1BYM A; 1NM7 A; 2DLP A; 1G5V A; 2HCK A; 5GAN d; 1M5Q 1; 5FU7 C; 3ER0 A; 2RD1 A; 1VQP Q; 3A1P A; 2NUP B; 1EFN A; 2RA2 A; 3A8G B; 4RTY A; 4DBH A; 3RMS A; 2RHU A; 3EAE A; 1OX9 A; 1YI2 Q; 2DXC A; 2E6N A; 2NUT A; 4J9G A; 3S3N A; 3OY9 A; 1CKB A; 2EKH A; 1Z9Q A; 3P8H A; 4C8Q C; 1FYN A; 1WFW A; 2QQS A; 4PJO F; 2YUO A; 1K4U S; 2MYS A; 2YUN A; 1M2V B; 1D0Y A; 2L3R A; 4OB2 B; 2E41 A; 2QQR A; 2A7Y A; 2FO0 A; 1BKB A; 3FRN A; 1D0Z A; 3VS1 A; 1HJD A; 3JCM P; 4NL3 A; 1MND A; 2FHD A; 2QTV A; 3CCM Q; 1N27 A; 1OZ2 A; 5GMK e; 3E19 A; 3C0C A; 1JQQ A; 2EGC A; 5J39 A; 3OYL A; 3EG0 A; 1BI2 A; 1RUW A; 4AFZ C; 2QEX Q; 3G6E Q; 2JTF A; 4M75 C; 2VYT A; 3HFN A; 1YBY A; 4FYX B; 1BI1 A; 2OAU A; 2GNC A; 3HFO A; 2K79 A; 3VS4 A; 3SEM A; 1NPP A; 4R55 A; 2CZ6 B; 1N8R R; 3BDU A; 2VGN A; 1H64 1; 2LC4 A; 4F17 A; 1VQ9 Q; 1EX4 A; 2QTX A; 1K9M C; 1RAE B; 2KK4 A; 4EIK A; 3S6W A; 3VS5 A; 1YJW A; 3CCE A; 3JB9 D; 2FPD A; 3AT1 B; 2X35 A; 1PHT A; 1UJ0 A; 3E9F A; 1S1N A; 2BZ8 A; 2EFI A; 1K9M U; 4M78 G; 4M77 G; 5GAO r; 3DLL A; 2EQK A; 4ELZ C; 1N9S A; 3G7Z A; 4BB7 A; 1ZBJ A; 2PUO B; 1M30 A; 1YJW T; 4M7D A; 3RDV A; 3MJX A; 2QG9 B; 5KCH A; 1Q86 R; 4HA8 A; 1G8X A; 4LUE A; 2WSC E; 5GAN j; 3TQ7 P; 2VWF A; 2EGE A; 3OBW A; 4KBM B; 2FEI A; 2A0F B; 1QKX A; 3OYA A; 3CC2 A; 1V76 A; 3L42 A; 5CO7 A; 3NPF A; 5DM7 R; 2PZ1 A; 4J5Y A; 4OML A; 3V7S A; 4QVZ A; 4CC3 A; 4PJN A; 1MGQ A; 1PD1 A; 3OYN A; 5FU6 C; 1QVG S; 3JSC A; 1QVG A; 2XIC A; 4M7A G; 1B3Q A; 4X34 A; 2AIR B; 4IUV A; 1FXX A; 1ZBX A; 3M4Y A; 2DZ9 A; 2DZC A; 1SG5 A; 2DYI A; 1JXO A; 2LJ3 A; 4EMK A; 5FRM A; 1G83 A; 2NWM A; 3JCM V; 3L2W A; 3CC4 Q; 3EFR A; 4FSX A; 1R8O B; 1M27 C; 1WDX A; 3QG1 A; 4F04 B; 4KH0 B; 1G3W A; 2D8J A; 4AFU C; 1VQP T; 4FW1 A; 3CD6 T; 4M78 D; 5KYY B; 4M77 D; 3PVL A; 1FMV A; 2EPD A; 1YI2 T; 1RAD B; 2K5F A; 2CP5 A; 3CCM A; 2L2P A; 4OP0 A; 4Y92 A; 1Y71 A; 4ZGJ B; 4WCI A; 1YNZ A; 3VRY A; 2HKQ B; 2GCX A; 4RMO A; 1U06 A; 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