The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
33
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sequence length |
135
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structure length |
135
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Chain Sequence |
b'EYQDGKEFGIGDLVWGKIKGFSWWPAMVVSWKATSKRQAMSGMRWVQWFGDGKFSEVSADKLVALGLFSQHFNLATFNKLVSYRKAMYHALEKARVRAGKTFPSSPGDSLEDQLKPMLEWAHGGFKPTGIEGLKP'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal Structure of the PWWP domain of Human DNA (cytosine-5-)-methyltransferase 3 beta
rcsb |
| molecule keywords |
DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3B
|
| source organism |
Homo sapiens
|
| molecule tags |
Transferase
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| total genus |
33
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| structure length |
135
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| sequence length |
135
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| ec nomenclature |
ec
2.1.1.37: DNA (cytosine-5-)-methyltransferase. |
| pdb deposition date | 2008-12-18 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00855 | PWWP | PWWP domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Transcription Termination Factor Rho, Rna-binding Domain; Chain A, Domain 1 | PWWP, helical domain | ||
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2EKO A; 2LVM A; 2RI3 A; 3L2W A; 2RJF A; 2LCC A; 3L42 A; 3E9F A; 3S6W A; 3KUF A; 5J39 A; 3LLR A; 2LDM A; 3H6Z A; 4E7L A; 3OYI A; 2QQR A; 4PL6 A; 3H8Z A; 4QQD A; 1G5V A; 3C4S A; 3P8D A; 3OS1 A; 4A4H A; 1OI1 A; 5KE2 A; 3OMG A; 3FDR A; 2QQS A; 3M9Q A; 4FU6 A; 5FRN A; 3OYF A; 2EQK A; 4OVA A; 3OMC A; 2JTF A; 4RG2 A; 3MP1 A; 4LD6 A; 2BUD A; 2RHY A; 3OB9 A; 2FHD A; 3OS2 A; 2F5K A; 2LRQ A; 3P8H A; 5C6S A; 2B8A A; 3OYD A; 3OS0 A; 2GFU A; 2XK0 A; 4QVZ A; 3FC3 A; 5D6X A; 2L3R A; 4QQG A; 2GFA A; 1KHC A; 2RHZ A; 4PLL A; 5J26 A; 4N4H A; 3CEY A; 2YRV A; 2E6N A; 4FL6 A; 2EQU A; 4E7H A; 5KCH A; 5D6W A; 3LYI A; 2RJC A; 2L8D A; 4II1 A; 3MEU A; 4HCZ A; 4CRI A; 2X4Y A; 3QJ6 A; 2DIQ A; 4C5G A; 2RJE A; 3L2R A; 3OYJ A; 3QII A; 4N4I A; 1XNI A; 2EQJ A; 4UC4 A; 4B9X A; 2JZ2 A; 3UWN A; 1WJR A; 3QBY A; 4BDY A; 2RO0 A; 3QKJ A; 3LGF A; 2GF7 A; 4NS5 A; 4QW2 A; 3OYK A; 2MWO A; 1RI0 A; 1MHN A; 4E7K A; 3NTI A; 2O4X B; 2DIG A; 4A4G A; 3L2Q A; 2G3R A; 3F70 A; 3ZEH A; 4IKF A; 3LH0 A; 1WJS A; 3E9G A; 3S3O A; 5KCO A; 2BKD N; 2CKK A; 4C5E A; 2RHI A; 2X4W A; 3BDL A; 2P0K A; 3OQ5 A; 4BAC A; 3OYL A; 2EQM A; 3MO8 A; 3DB3 A; 4PLI A; 4C5I A; 3OYA A; 2R58 A; 4X34 A; 5D6Y A; 2M1H A; 5CIU A; 1WGS A; 3S3M A; 2DAQ A; 3SD4 A; 4E7J A; 2RHU A; 1WJQ A; 3NTK A; 4C5H A; 3EAE A; 4ZTJ A; 5FRO A; 2HQE A; 3DB4 A; 2RI5 A; 4IUU A; 3OYM A; 3L2U A; 2BIV A; 3OYH A; 1SSF A; 4BE1 A; 5IAY A; 2VYT A; 1N27 A; 2WAC A; 4BD3 A; 3OYC A; 3OYE A; 4A4E A; 3Q1J A; 2R57 A; 2X35 A; 3MEA A; 3DLM A; 4E7I A; 3MET A; 3NTH A; 3MP8 A; 2RJD A; 4EDU A; 4BE0 A; 3S3N A; 4IUP A; 2M0O A; 4BE2 A; 3FLG A; 5IN1 A; 2RHX A; 2D9T A; 3PMI A; 3ME9 A; 4A4F A; 3PFS A; 3L2V A; 3MP6 A; 3OA6 A; 5C0M A; 4IUT A; 4ZTF A; 2L89 A; 2LTO A; 2M16 A; 3OYN A; 3O8V A; 5FRM A; 2R5A A; 2IG0 A; 2XDP A; 2PQW A; 5M9O A; 2K3X A; 1H3Z A; 4L59 A; 4Z02 A; 3LGL A; 5KH6 A; 3OYB A; 2MWP A; 4N4G A; 4Q5W A; 3OYG A; 2EFI A; 3MEV A; 3UT1 A; 2HQX A; 2E5Q A; 3LX7 A; 4B9W A; 3OY9 A; 4QQ6 A; 2NLU A; 3FEO A; 2K3Y A; 2O4X A; 4IUQ A; 2RI2 A; 2R5M A; 3GOX A; 4GY5 A; 5KE3 A; 4IUV A; 3PMT A; 1OYX A; 2X4X A; 4BDZ A; 1OZ2 A; 3ASK A; 4IUR A; 3PNW C; 1OZ3 A; 3MEW A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4Y92 A; 4XTW A; 3E9F A; 5J39 A; 2QQR A; 2DET A; 3H8Z A; 1K8A U; 2VUB A; 3P8D A; 3VS3 A; 2QQS A; 4FU6 A; 4XTX A; 4F7U G; 3OMC A; 4JDS A; 3OS2 A; 1CKB A; 4LN2 A; 2XK0 A; 3C12 A; 3CEY A; 4PJM A; 4FL6 A; 1YJW T; 1VQ5 A; 4C8Q B; 4OGC A; 2K6D A; 4FYX B; 4M4Z A; 4ZN1 A; 2Y4Y A; 4YTL A; 5LJ3 d; 3N5B B; 3LGF A; 4BI8 B; 2ABL A; 2RM4 A; 1WHM A; 2DIG A; 1YJ9 A; 4OB0 B; 4XTY A; 1OPL A; 3G71 T; 1AOJ A; 5GAO q; 3GF5 A; 3ER0 A; 2CYZ B; 1RAD B; 1T0J A; 1M5Q 1; 2F1L A; 2JUF A; 4J9B A; 4OP0 A; 4XAX B; 2L0A A; 1JJ2 S; 2AK5 A; 2YLC A; 4M7D E; 4XU1 A; 4X9C A; 2RHX A; 4M7D C; 3SB2 A; 1VQ7 T; 2KYB A; 3OS5 A; 1G2B A; 2M16 A; 2PVG B; 1Q81 U; 5FRM A; 2MAM A; 3OYY A; 5CKF A; 3LGL A; 2F2X A; 4M7A F; 5GAM j; 4QQ6 A; 1OEB A; 2DRM A; 3KBG A; 4HT9 A; 3G4S T; 4FSS A; 3VV0 A; 4PJO D; 4GY5 A; 1V76 A; 4E2F B; 3CCR A; 4EIK A; 3MEW A; 1K73 U; 1W2B P; 1HJD A; 3J7A F; 3SWN C; 4HT8 A; 2LQK A; 5GAN j; 3RDV A; 3M56 A; 1VOM A; 4XQ3 A; 2B8A A; 4A63 B; 4LUE A; 3I9Q A; 1KHC A; 5ECA A; 3JCM b; 2YRV A; 3SWN A; 3GLX A; 4JUV A; 5HK3 A; 3LYI A; 1TUD A; 1XTD A; 2Y4X A; 1K9M U; 1YJN A; 2DIQ A; 2B86 A; 2PVO B; 2KMT A; 3VS2 A; 4IIM A; 4C0F A; 2KAF A; 3QXE B; 4M75 E; 1D0Z A; 3CCV A; 1UEC A; 5KYU A; 4M75 C; 3LH0 A; 3S3O A; 2EAY A; 5KCO A; 2YUQ A; 3V7C A; 2P0K A; 3CCJ T; 2CZ1 B; 5LJ3 f; 3M0R A; 3ZBD A; 2KXD A; 1W2B S; 3MHX A; 3TCJ A; 3FJ5 A; 1BI0 A; 4AFQ C; 3J80 E; 1UE9 A; 3PIO A; 3CC4 T; 3VYG A; 3OYE A; 1YIT T; 1ZUY A; 1ZSZ A; 1YP5 A; 2X35 A; 4EMK C; 1VQM T; 3MET A; 1C0M A; 5CKH A; 1BBZ A; 4F14 A; 3VRZ A; 5LL6 S; 3VS5 A; 1WQ7 A; 5HK0 A; 5IN1 A; 4BE2 A; 1KQS S; 1UGS B; 5GAN 2; 4O6J A; 2CDT A; 2RF0 A; 4A4F A; 3CC2 A; 1VQ6 A; 1YNS A; 3ULR B; 3I55 A; 2DFU A; 4M7D D; 1PM3 A; 4L59 A; 5GMK m; 1H8K A; 4C0D C; 1R8O B; 1LOJ A; 4Y28 E; 1AWJ A; 1YI2 T; 3M53 A; 1ACM B; 4DBQ A; 3U23 A; 1QP3 A; 2FVU A; 2P4T A; 2O4X A; 4IUQ A; 3PMT A; 1OYX A; 3WVE B; 3SWN B; 1A62 A; 3CMA A; 2KT1 A; 2E4H A; 1QW1 A; 2JNG A; 4RTY A; 1ZBJ A; 1G5V A; 2D1X A; 2DJZ A; 1ABO A; 2MYS A; 1VQP Q; 3OYF A; 2EQK A; 4E7S A; 4F16 A; 2QA4 A; 1A0N B; 1HXD A; 5KYU B; 2GFU A; 5GMK h; 1JXO A; 2KW9 A; 3CCE A; 2HKN A; 4C8Q F; 1OX8 A; 2EYZ A; 4E7H A; 3CXC A; 2HDA A; 2HSE B; 5A2Q E; 1VYT A; 1XOV A; 4RG8 A; 1H1J S; 1VQK Q; 4M78 E; 2KY9 A; 1G3S A; 3HFO A; 2VAS A; 3PE0 A; 2GF7 A; 3VU3 C; 1PKT A; 2QTV A; 4M78 C; 1ZSZ B; 3CME Q; 1KSW A; 5I21 A; 5D7U A; 5GAN f; 4IKF A; 3CPF A; 5LJ3 h; 1WXB A; 2OTJ T; 2EQM A; 4M75 D; 2WSF E; 5FWB A; 2R58 A; 1FMW A; 1R0B G; 1WGS A; 2RD1 A; 3HFN A; 3ZFJ A; 3UA7 A; 2H3J A; 4C5H A; 4ZTJ A; 4RTU A; 2BIV A; 1YBY A; 4TVR A; 4C92 C; 3OYC A; 2L3Q A; 1ZA1 B; 4FW1 A; 1S72 Q; 1RLQ C; 3THK A; 1RAB B; 4BUG A; 1BIA A; 2A37 A; 3QYH B; 4R55 A; 3L2V A; 2YDL A; 4QVD A; 4N0A C; 4A53 A; 4RUG A; 2JTM A; 3HL8 A; 4LDW A; 4R0K A; 4JZ3 A; 2EJ9 A; 3G6E Q; 3CCM T; 1H3Z A; 3CC2 T; 2DA9 A; 4Z02 A; 1IB8 A; 4DEX A; 2WSE E; 2J05 A; 2HQX A; 1M4Z A; 5FU7 C; 4RMO A; 2K5I A; 3G7Z A; 2KQW A; 4GBQ A; 5GAN 4; 2OX7 A; 4MDX A; 1AZE A; 1JJ2 A; 2QNF A; 2EKO A; 3X28 B; 2M51 A; 2OTL Q; 3EFR A; 3D7S B; 1QWE A; 1VQ9 T; 2QI2 A; 3OMG A; 1NM7 A; 4JS5 A; 1IZ6 A; 1VIE A; 2LRQ A; 1I4K 1; 5C6S A; 1B7T A; 1D3B A; 3OS0 A; 1VQN Q; 2DK3 A; 2AT1 B; 2E6Z A; 1Q7Y R; 1H64 1; 3VS1 A; 5GMK l; 3KXT A; 1S1N A; 1WIE A; 1TUC A; 3QBY A; 5KYN A; 3QSU A; 1M1G A; 1P92 A; 3RKX A; 3JB9 D; 3L2Q A; 4DBR A; 3CBM A; 2G3R A; 1EFN A; 1M2V A; 4M78 D; 4M7A A; 2I0N A; 1QCN A; 2ED0 A; 2QQA A; 1OPK A; 4X34 A; 3R6O A; 5D6Y A; 2E3H A; 5L8R E; 1H3H A; 1KFZ A; 2P0Q A; 4J9C A; 4C92 B; 2MCN A; 1TH7 A; 4M7D F; 4DOV A; 4BE1 A; 3M0S A; 4KH0 B; 4JRQ A; 1T3S A; 4E7I A; 1WQW A; 1VQ4 T; 3DKM A; 4C92 D; 2M0O A; 5IH2 A; 2EYW A; 4IUT A; 2L89 A; 2DEQ A; 4PFP A; 4J6Y A; 2E70 A; 1I1J A; 1NYG A; 2MI6 A; 2HZY A; 2ZPE B; 1N6A A; 1E7D A; 4JLG A; 2EYY A; 3QWX X; 1O75 A; 3EGD A; 1W2B A; 2HL5 C; 1VQ8 Q; 1X75 C; 4JJC A; 1D3B B; 2ROT A; 1SHG A; 2J06 A; 1RAH B; 2X4X A; 4BDZ A; 2QYZ A; 2CT3 A; 4PJJ A; 1AWX A; 5CCA A; 5KE2 A; 3CD6 Q; 2SEM A; 2O31 A; 1G3T A; 4ZN3 A; 2LT1 A; 3RBB B; 2DX1 A; 3KUF A; 1MGQ A; 2KRN A; 3CCQ T; 1X6O A; 1KQS A; 2O2O A; 1GFD A; 4FW2 A; 1EIF A; 1WA7 A; 4L5G A; 5FRN A; 1GRI A; 3RUX A; 3OB9 A; 4CC7 A; 3GNF B; 2RK2 A; 1GCQ C; 2YLB A; 3H0H A; 1M2V B; 4M7A B; 3I56 Q; 3JSC A; 2KEA A; 1U06 A; 3BFM A; 2D8H A; 1YHQ T; 4DQ2 A; 2JS0 A; 1KC8 R; 4II1 A; 1OU9 A; 4CC4 B; 4M75 F; 4C5G A; 1ABQ A; 3QHS A; 2QQB A; 4XTU A; 3EFO A; 2E64 A; 1PKS A; 2FEI A; 4AFS C; 1RAE B; 1Y0M A; 3ZEH A; 4HCC A; 2ATC B; 2CKK A; 1DJ7 B; 1QCF A; 1M2O A; 4X9D A; 4M77 E; 2RH2 A; 2A7Y A; 2RMO A; 2J6O A; 2ZCF B; 4M77 C; 4FYV B; 3LWH A; 3EG1 A; 1W6X A; 4FT4 A; 3GIB A; 2DYI A; 1VQP A; 3EGD B; 1ZSG A; 1MV0 B; 1VQO Q; 2VXE A; 4ESR A; 2EW3 A; 1X01 A; 3NTH A; 2L3S A; 1ZX6 A; 2AKL A; 1NJI R; 1E6H A; 2CZ7 B; 4JRK A; 4QT7 A; 1N5Z A; 3CC7 T; 2XU8 A; 3JCM J; 3QYG B; 1KD1 C; 2FRY A; 2XDP A; 1VQK A; 2K3X A; 2IIM A; 2D8J A; 4N4G A; 3T9N A; 3UT1 A; 1HK9 A; 3CME A; 1QKX A; 1AT1 B; 2DL8 A; 2NUZ A; 3EH1 A; 4OB2 B; 2FYK A; 2R5M A; 3VRY A; 1FMV A; 2O01 E; 2E10 A; 4BB7 A; 3EAE A; 1SEM A; 1WHJ A; 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3RKW A; 4O5V A; 1WHK A; 1D0X A; 3EFS A; 4M7A G; 4PL6 A; 5AYF A; 2FRW A; 5CVI A; 4PJO B; 4AT1 B; 3M0U A; 5CKE A; 1M1K R; 2AKK A; 3CBP A; 1KC8 C; 2XMF A; 3FDR A; 2H8H A; 5IHI A; 4BY6 B; 1NLP C; 2DRK A; 2YUO A; 1JEQ A; 4M7D A; 2CP3 A; 1NEB A; 2LNV A; 2LQ8 A; 3OW2 P; 1AZG B; 1IRE B; 2A8V A; 5DY9 A; 1GJJ A; 1XQH A; 3BW1 A; 4CI0 C; 1J3T A; 1TU0 B; 2CP2 A; 1WHG A; 5GAM d; 3CCS Q; 2CSQ A; 2DER A; 4Y91 A; 3UWN A; 4LD9 K; 4LDX A; 4R56 A; 2RO0 A; 3MCA B; 5I11 A; 1VQL Q; 5J3B A; 2CGH A; 3A5Z B; 3H9N A; 1Q86 R; 3REA B; 1VQ8 A; 1SKU B; 1WJS A; 1OQK A; 2MOX A; 3A8O B; 3CD6 A; 3OYA A; 4ELZ C; 2M1H A; 2XHC A; 1YFN A; 5GAN d; 1IRX A; 3CCL Q; 1NJI C; 2D0Q B; 5FRO A; 1VQ5 T; 3DB4 A; 4LNP A; 3L2U A; 1K8A R; 3HRS A; 1KQ1 A; 2K5L A; 2HNI A; 4D8K A; 2R57 A; 3JCM d; 1BU1 A; 2DD4 A; 4IIO A; 2HD0 A; 1QVG P; 1VYU A; 3I56 A; 1AVZ C; 1RI9 A; 2MF2 A; 5FLX E; 3I35 A; 1YJ9 T; 3RMS A; 1N9R A; 1ZQ1 A; 2SRC A; 2WSC E; 2QQ9 A; 1H9F A; 4ZTF A; 2BZ8 A; 2EPD A; 5GAN 8; 2DIL A; 2V8K A; 2X3W D; 4M75 A; 1B34 A; 5CQY A; 2ZGW A; 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