4KRTA

X-ray structure of endolysin from clostridium perfringens phage phism101
Total Genus 97
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
97
sequence length
347
structure length
347
Chain Sequence
HHHHHMQSRNNNNLKGIDVSNWKGNINFESVKNDGVEVVYIKATEGNYFKDKYAKQNYEGAKEQGLSVGFYHFFRANKGAKDQANFFIDYLNEIGAVNYDCKLALDIETTEGVGVRDLTSMCIEFLEEVKRLTGKEVVVYTYTSFANNNLDSRLGNYPVWIAHYGVNTPGANNIWSSWVGFQYSENGSVAGVNGGCDMNEFTEEIFIDSSNFNLDNATTKNVSTKLNIRAKGTTNSKIIGSIPAGETFKIKWVDEDYLGWYYVEYNGVVGYVNADYVEKLQMATTYNVSTFLNVREEGSLNSRIVDKINSGDIFRIDWVDSDFIGWYRITTKNGKVGFVNAEFVKKL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title X-ray structure of a novel endolysin encoded by episomal phage phiSM101 of Clostridium perfringens
doi rcsb
molecule keywords Autolytic lysozyme
molecule tags Hydrolase
source organism Clostridium phage phism101
total genus 97
structure length 347
sequence length 347
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2013-05-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01183 Glyco_hydro_25 Glycosyl hydrolases family 25
A PF08239 SH3_3 Bacterial SH3 domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.30.30.40 Mainly Beta Roll SH3 type barrels. SH3 Domains 4krtA03
2.30.30.40 Mainly Beta Roll SH3 type barrels. SH3 Domains 4krtA02
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 4krtA01
2O9VA 2YA0A 2D8JA 1G0CA 2VCAA 1AWOA 4OMPA 2XUCA 4FF5A 1J12A 3WF0A 1LL4A 3RJXA 3WNOA 1EQCA 1TVNA 3W6MA 2DH2A 3VS5A 4ATDA 3WDQA 3KEHA 4HOZA 4B3LA 2DIEA 3UG3A 1E1EA 5IHRA 1H2JA 1W91A 1V6UA 1UR2A 4CGTA 4AZ6A 4AFSC 2GDVA 3OA5A 1CXFA 1TVPA 4LUDA 1OINA 5HOSA 1GQJA 2QV4A 2LJ3A 4Q7NA 4LUEA 3WQWA 2J8GA 2WVSA 3CUFA 2VZSA 1C8YA 5CZKA 2W63A 3ARUA 4AWEA 4K11A 1OGBA 4URIA 3NCOA 3VKKA 1UECA 1GUVA 2W66A 1MFUA 2VURA 3NDZA 2FPEA 2AKKA 2JW4A 3AIWA 3QHMA 1E70M 1VFFA 4R5EA 2NSXA 1I0CA 2NWMA 3N9KA 3WELA 3WMBA 4J3XA 3AMKA 4JFVA 1M01A 4X9YA 3EGUA 2BNJA 2ZXBA 4A3YA 1QI5A 4UFKA 2BY0A 2DL8A 1QI3A 3N12A 2CYGA 2KXDA 1GHRA 3CH9A 5EFFA 1QW8A 5DT7A 1IT0A 3GXIA 3SCTA 2ED0A 4PSRA 1JZ8A 1BGAA 4OOZA 2CT4A 4N0RA 2DBMA 4AW7A 2X3XD 3LPGA 1X43A 1R8LA 1RLQC 2OAWA 3FW6A 4EAMA 3FN9A 4X0VA 2V3DA 1OEBA 2GJPA 2V3GA 2WKGA 4Z2KA 1CIUA 1V0MA 2D8HA 2RQTA 1HJQA 3VD9A 1JXOA 1OGSA 4DUVA 2CKRA 3QHOA 4DWSC 1H5VA 2VVKA 4AZGA 3WN6A 2F2VA 3RCNA 2VL4A 5BRQA 4UFJA 1CGVA 1J0ZA 1KGXA 3ALGA 1MUZA 2J6FA 3VGEA 3ZL7C 2DNUA 2WHKA 2OSXA 2K6DA 1ZSGA 2QPSA 2JMAA 2CCRA 4QCFA 3U5UA 2ZX8A 5CGTA 3UF4A 1CLVA 1G94A 4BQ2A 1DWHM 1U06A 2WMHA 3N11A 5E6ZA 1VYTA 1B90A 2VRJA 4D6JA 2CUDA 1WFWA 3M0PA 5AY7A 2XFFA 1Y0MA 2LCSA 2JE8A 3QOKA 1W3KA 3UESA 2ESWA 2VX4A 4C7FA 3APGA 4MB3A 1UD3A 3W28A 1NM9A 4D6CA 2K3BA 1OBAA 1PBGA 1JO8A 3VPLA 3AMLA 2ZICA 4IM4A 4W8BA 1GVIA 4J9FA 4HZ8A 2OWWA 2K2MA 6TAAA 4J7RA 5AYIA 4EK7A 4D6GA 1NOUA 4DUWA 5IXEA 4J9CA 3MSGA 3ZSSA 2VNCA 1QHPA 1GBQA 3SCWA 4QLLA 4JKMA 3POCA 3LMYA 1Q6CA 2QLYA 4AFQC 1UH4A 4XZWA 3S6TA 3N13A 1WB0A 3MS8A 5I24A 3PZUA 3CPUA 3MUIA 3WEMA 5CPSA 1RLPC 4N42A 1OGGA 1E15A 4BQ4A 4GIAA 1W6XA 2JEQA 3LPOA 1JDDA 4S3KA 4W87A 5EMYA 4ACZB 4PMRA 2J62A 1HKIA 3OZPA 1W32A 1CWYA 3EHQA 4MNJA 3T09A 3VU2A 2E40A 5FW9A 3ZJ8A 2J7HA 3T2PA 1W1TA 4P7LA 3VIJA 3PZTA 4BF7A 5A95A 1KQZA 1KBBA 2WBGA 4JZ4A 1KSWA 3RILA 1HT6A 1BU1A 3I5SA 3REAB 2XFRA 5A3HA 3WD4A 4FK9A 5E6YA 2GQIA 5F7UA 4JPBW 3DHPA 1BYCA 1M8MA 2DA9A 3SCSA 1MXDA 1VJZA 2WHLA 1TE1A 1WA7A 4AZBA 4Z88A 2LX7A 1QBBA 3GBDA 3GNPA 1JL8A 2VR5A 4DWSB 1EHNA 2PB1A 2JTEA 1GQKA 2FG0A 3VRZA 3QGVA 1W9BM 5D9OA 2WZEA 2WW5A 2C0HA 1L0PA 4HZ6A 3F5LA 2D23A 5BCAA 1JYNA 2FRWA 3AIRA 3VS4A 2V38A 3TTQA 1OT2A 4AXNA 4KWUA 5A6JA 3ZT5A 1A47A 3ZM8A 1R87A 1WDPA 1FH9A 1ECEA 2WC3A 2W4XA 1X6GA 2LZ6B 1GJWA 3F5KA 4IUGA 5I2UA 1BSIA 3ALFA 1Q6GA 5A6SA 1QI4A 1QI2A 2O9SA 2VZTA 3IANA 1X27A 1UKOA 5D9MA 4H8UA 4ACZA 1UG1A 4HOXA 3ZR5A 4TX8A 5IHKA 3B8SA 2CUBA 2XSBA 3WD1A 1JIBA 3M0QA 2YDRA 2EQDA 4MJ2A 2DMOA 3VS6A 4RTYA 4MAZA 1B0IA 3MMWA 4BCEA 1E3XA 1E56A 2EYZA 4AY1A 1BF2A 1UKSA 1VJSA 2F2WA 4AFZC 1GOKA 4W88A 2VC9A 1KXVA 4H7VA 3I5RA 1YHTA 5EC7A 4IISA 1HX0A 4TXEA 5CJ5A 4DWSA 2FEIA 1BK2A 3BAJA 1WX6A 4UQCA 1UFFA 3VS3A 5KEZA 2WSKA 3VIPA 1HNYA 3WMCA 1GHSA 1AQ0A 3WF1A 2GSJA 1YP5A 2FGLA 5GNXA 1SMAA 1X6LA 3L2LA 2E0PA 3MUZ1 4ESRA 3ZR6A 2YBTA 4GBQA 1V3IA 1CXEA 3OGVA 4JFWA 5TD4A 1K9TA 3VINA 2AZVA 3JV3A 4AD2A 2D3LA 1KB3A 3VGHA 4HMDA 4NZCA 3W24A 1ZBKA 4AD1A 2W62A 2HEQA 1TG0A 2HSPA 2V5CA 4FLRA 3PTMA 1E3ZA 1JAEA 1H92A 1PIFA 4Z2GA 5L23A 2VRKA 3RM9A 4WKAA 3PE0A 4W5ZA 1NWTA 1BYBA 1GOOA 4TVDA 3ZQ9A 2EYYA 3M46A 1BFNA 1GQLA 2DJQA 2UWFA 3ULRB 1US2A 2GFTA 1JZ7A 4DEYA 2A3HA 1WXTA 1NG2A 2WLYA 3W6LA 2C0OA 4D8KA 4B3KA 2WHJA 2WKLA 4YN5A 4MJ4A 4D6FA 1QI0A 3VVGA 5I78A 4KRUA 1P6WA 1MQRA 5I3DA 2VT0A 4EANA 4Z2IA 4UQ9A 1OIFA 3VGGA 1Z9QA 3CHDA 2JMCA 5CPTA 1V6VA 3ARYA 1UUQA 1PWTA 2EPOA 1JXJA 4UZSA 2D22A 2L3PA 3N04A 1W2PA 2JS0A 5BROA 3AIQA 3OG2A 1ZJBA 2KRSA 3WF2A 2X1IA 3VM7A 2BXYA 4AD3A 4JZ3A 2L3QA 4NSBA 1E0WA 1BHGA 4W7UA 4RE3A 1Y7VA 5ABHA 1G5AA 1CGTA 5A6MA 1AOJA 4HCKA 4WCIA 2AK5A 5DFAA 2J6OA 3WUEA 4OMOA 1CPUA 4ML4A 2CBJA 4F9JA 4V28A 1QNRA 4CU7A 3AMDA 8CGTA 3OGSA 1E6XM 4JL2A 4AZHA 1N82A 4GO8A 4XB3A 5AYBA 2DLPA 1OB0A 4AFUC 1GFDA 5A1AA 4CD6A 4AMCA 4P8UA 4Z2HA 3VDHA 3AS3A 1UJYA 1X6BA 2HISA 2MIOA 2CH4A 2WCGA 2YUOA 4RTVA 1KXHA 1UG6A 1PIGA 4J3TA 1MW2A 4WKHA 2BY1A 4P7RA 3DYPA 4Y92A 4OOUA 4ZXLA 4UTFA 1ZLMA 4UFMA 1UWIA 4HU8A 5E0FA 4FSSA 2DILA 1T3LA 1B3QA 1FHLA 1UWUA 2EPDA 5KZ6A 3WUGA 2W10A 4GXPA 1V0KA 1ZUKA 5EB8A 2G6FX 2YLLA 3WBAA 4J9HA 4UZUA 4GPNA 3IAQA 3TSZA 2NW0A 3RIKA 4RL3A 1GPFA 4F8XA 4RTZA 1ZU8A 3M0UA 2EKHA 1GFCA 2A36A 5CSYA 4CU8A 4X0NA 1G1YA 3NDYA 2PWHA 2KROA 3CUIA 4QAWA 2KYBA 2FGZA 1XGZA 3AXHA 5D9NA 1SHGA 4M56A 2D0GA 3CMGA 2WMKA 4UOQA 3WNNA 2WXDM 2EBPA 1OD8A 2D20A 2WCSA 4F14A 2G8ZA 5HPCA 2J7EA 4OMMA 2E9BA 1ZBCA 2D24A 3OGRA 2MANA 1B3ZA 2PNIA 3WH5A 4M1RA 3THDA 1XHGA 1AZGB 2ZIDA 2WZHA 2JEPA 3CZGA 5FWCA 1UR1A 3WIJA 2DH3A 2VKNA 3BLKA 3VS0A 1US3A 2GJRA 2Y8KA 3U57A 4UQBA 5FD0A 2ZX6A 4J3VA 2GTJA 2CHNA 1FA2A 1JNDA 4MDOA 1GRIA 5IDIA 3FY1A 2VRQA 5GJWB 3WBEA 2K79A 2CITA 1PPIA 2ZUWA 1BVNP 3AIBA 4W86A 3U7VA 3AJ7A 4WLCA 3OBAA 1MWOA 2KE9A 3AYRA 4MAVA 1HSQA 1UKPA 3EG1A 1FHDA 1O7AA 1E71M 4LGXA 3SURA 3RM4A 2KNBB 2X2YA 1ZS2A 4KGLA 1BBZA 1OPLA 1ISZA 2O9RA 3VO0A 3WH8A 4TUFA 1LQ0A 1UOKA 2XYLA 3KWXA 4DWSD 1VRXA 3AMCA 4W5UA 2BTTA 2DL4A 2C0TA 3DHUA 1AVZC 2BY2A 3AZTA 5BYWA 1WDSA 2VQTA 4D1IA 3U5YA 3O5ZA 3HU7A 2E8YA 1GOWA 1KXTA 2EJ1A 4PEEA 2O9TA 4E2OA 5CG0A 2OYMA 1V3KA 3UR7A 3GYCA 2CEQA 4JHZA 1K4US 3TA9A 4PTVA 2LQWA 3N17A 4PMOA 1TA3B 4NRSA 3PVQA 4CVUA 1ODZA 4AISA 1QNQA 3L4TA 4W85A 4MB5A 3WDJA 1UHCA 1XYFA 1ABOA 1E40A 3G6LA 2PBOA 1MYRA 3SCQA 3NYDA 2RGLA 1M03A 5BXSA 1QCFA 2WSPA 1EDQA 2BVYA 2W0ZA 3BAYA 3EDEA 3U7BA 4C7DA 2KRNA 2WCAA 3MV01 3AIEA 4W8LA 1WPCA 2CHOA 2VZOA 2OYKA 2VVNA 1JG9A 1G9HA 2XG9A 4UQDA 1MW1A 3WDHA 2Y4SA 1H8KA 2EO7A 1NP0A 4ZNXA 5DT5A 1KR0A 1I1WA 2BHYA 2ZUTA 3SIMA 3GDBA 1AQHA 4Y7EA 1E73M 1RH9A 2YDQA 1J11A 1NP2A 3OB8A 5ECUA 1W70A 3WNLA 1CLXA 2BZXA 2YL6A 2Y24A 2DT0A 1RPKA 4PTWA 3MKKA 2GNCA 3NSMA 1CEOA 4DEXA 1EOMA 1MW0A 3IJ8A 1PX8A 3NUKA 5IH2A 3M0RA 3T0DA 4HMEA 1HJWA 1TA3A 1GOMA 1H3GA 4U2YA 3WL0A 1V0LA 5A2AA 3DECA 1GORA 5D9PA 1QPKA 3WL1A 1SPKA 1C92A 2ESCA 1EQPA 1H11A 3C0CA 1HP5A 5C70A 1H49A 2J7IA 1OIMA 2WMGA 1E0XA 2WM0A 2OI3A 2W67A 4FLSA 5I79A 4KMQA 2J7FA 2ZE0A 3GM8A 3WKZA 3BSGA 4JJCA 1JYVA 1IZJA 4P8VA 4OBRA 2KR3A 1AWXA 1NYFA 3S2CA 1M04A 3QWXX 3CZJA 3TTSA 3MMDA 1LG2A 1NOWA 1HJVA 3BH4A 5BWFA 3W38A 1KJWA 3AS2A 3ZJ7A 4BZYA 1TMQA 2J75A 4D6DA 4B15A 1PNJA 4UFLA 3TTOA 2CH4W 2F61A 4LX4A 4HTYA 2G4FA 4ZE5A 2YA1A 2RQUA 1SFSA 3DC0A 2OWCA 1GNXA 1XSKA 1GJUA 1HKJA 4D8DA 4M82A 4J9BA 5LYRA 1WYXA 1E6GA 4JCLA 2YKKA 3RO8A 3NMZC 4TOQA 4AZCB 3BAXA 3I3DA 1WI7A 1H3HA 3L4ZA 5I0DA 1H09A 1E6ZA 2FO0A 1HJDA 2EGEA 2VOTA 2C7FA 4CCDA 3IJ9A 3SEMA 1BYAA 2XM2A 3EG0A 1UD8A 2WB5A 3ARSA 3GBEA 4J28A 5GNZA 4GQRA 3F4VA 1QBAA 1U3OA 1UGVA 1YN8A 2YL8A 1SRLA 2ZWYA 1WDRA 2QPUA 1LLOA 2DSKA 5CLTA 3W37A 1UE9A 3FAXA 1JXKA 2VQUA 4CN4A 1WZLA 2J25A 4CCCA 4JJBA 1DWFM 4MPKA 4IIMA 1W9VA 5A6AA 3T0AA 5DO8A 3GNOA 2IXUA 1ZL1A 2QMJA 2PZ1A 5GJVB 2J6KA 4RTTA 4CC7A 3UEQA 1V6WA 1BB9A 1W1PA 3A4AA 5LA0A 1BTCA 1JZ3A 1CZ1A 1U30A 4PTXA 5CGMA 1VAHA 2JM8A 2RPNA 4OMLA 3GZAA 3KL5A 2WNWA 1J10A 2CSIA 2XWEA 4V27A 1KWGA 1UZ4A 1ZB5A 4J3UA 2KYMA 1HL9A 3CBWA 2XPKA 1EDTA 4ORZA 4AG1C 9CGTA 4AD4A 4MB1A 1M30A 4AZCA 1XH2A 2AMGA 2AAAA 1NWSA 5IFPA 1B31A 1LF1A 4OBSA 3NGPA 1I75A 4PUDA 4UFHA 2CDTA 4MB4A 1AWWA 1J9YA 4GI8A 3BGAA 1TUDA 1KCLA 2LJ0A 4GKLA 1KXQA 2XVKA 3WQ6A 4MNMA 3VGDA 2ROLA 5LA1A 1HJSA 1GL5A 4P7QA 4GINA 2WAGA 2DQXA 2YUQA 1W1YA 3T08A 1Q6DA 3IK2A 1MXGA 3H0IA 3VTRA 5A8NA 3PBGA 4JFTA 2Y8VA 1JDCA 2OLHA 2CBVA 1E72M 1JNEA 2VZUA 1PX3A 1NH6A 3HMCA 3R6NA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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