The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
8
|
sequence length |
77
|
structure length |
77
|
Chain Sequence |
b'GSSGSSGMATKARVMYDFAAEPGNNELTVTEGEIITVTNPNVGGGWLEGKNNKGEQGLVPTDYVEILPNDGKDPFSC'
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Solution structure of the SH3 domain from mouse sorting nexin-9
rcsb |
| molecule keywords |
Sorting nexin-9
|
| source organism |
Mus musculus
|
| molecule tags |
Endocytosis
|
| total genus |
8
|
| structure length |
77
|
| sequence length |
77
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2007-03-28 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00018 | SH3_1 | SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1JXO A; 1FYN A; 3M0Q A; 2KGT A; 2W10 A; 1T0H A; 2FRY A; 1AOJ A; 5FWB A; 1QKW A; 2J06 A; 4IIM A; 4JJD A; 2F2V A; 2KRM A; 1NYF A; 1M30 A; 5IXB A; 3ULR B; 2ED1 A; 1WDX A; 2AZS A; 1NLO C; 2LP5 A; 3A98 A; 1X2Q A; 1HJD A; 4OML A; 1T3L A; 2X3X D; 1AWJ A; 1GCP A; 5GJW B; 2LJ3 A; 1I1J A; 1YCS B; 1WX6 A; 1SRL A; 2NUZ A; 1OEB A; 2KXC A; 1WXB A; 2DX1 A; 2RF0 A; 2KT8 A; 1HD3 A; 2L3S A; 4LUD A; 1ZX6 A; 4AFU C; 2BZX A; 2GGR A; 1WIE A; 1ZUY A; 3U23 A; 2A08 A; 4AG1 C; 1EFN A; 1Y57 A; 1WLP B; 1OOT A; 4AFS C; 1FMK A; 2ROT A; 3VS7 A; 2XMF A; 1X43 A; 2NWM A; 2K6D A; 2LJ1 A; 2B86 A; 1SHF A; 1MV3 A; 2DLP A; 3KFV A; 4ORZ A; 1NG2 A; 1NEG A; 2CH4 W; 1Y0M A; 1XOV A; 1VYU A; 2D0N A; 4OMO A; 3TSZ A; 1RUW A; 2KE9 A; 2V1R A; 1E6G A; 1K0S A; 2K3B A; 1SPK A; 4OMM A; 4DEY A; 2LNH B; 4FSS A; 1VA7 A; 1CKA A; 1G2B A; 2CRE A; 2SRC A; 3H41 A; 4HVU A; 4LUE A; 2RQV A; 1I0C A; 1YP5 A; 2VVK A; 2EYY A; 1AVZ C; 4JJC A; 1M3C A; 3M0T A; 3VS6 A; 2KR3 A; 2CH4 A; 5IH2 A; 1SSH A; 4RTZ A; 2CSI A; 3REB B; 1MV0 B; 4J9H A; 4AFZ C; 1YNZ A; 2EGC A; 1WA7 A; 2X3W D; 4GBQ A; 3TSW A; 4RTV A; 1A0N B; 1UTI A; 2LQW A; 4QT7 A; 2O88 A; 2JS2 A; 2GNC A; 2DRK A; 1U06 A; 2DRM A; 1V1C A; 1OPK A; 4LN2 A; 1ZLM A; 2M0Y A; 2K9G A; 2P4R A; 3ZL7 C; 1BU1 A; 1WXT A; 4Z8A A; 1ABQ A; 2OAW A; 3M0R A; 1RLP C; 3PVQ A; 2DL3 A; 4GLM A; 1J3T A; 4M4Z A; 3NMZ C; 2FPD A; 2O2O A; 2YUO A; 2KRN A; 3M0S A; 3M0P A; 2D1X A; 3UF4 A; 4ESR A; 2J6O A; 2A28 A; 2OJ2 A; 1BB9 A; 2O9S A; 2CT3 A; 1GBQ A; 2AZV A; 2DA9 A; 1AWW A; 3VRZ A; 2KXD A; 1X6G A; 2J7I A; 3PE0 A; 3H0I A; 1NEB A; 1MUZ A; 5IHN A; 4AFQ C; 4WCI A; 1K4U S; 2VKN A; 1OPL A; 1SRM A; 4EIK A; 3FJ5 A; 1X2K A; 1H8K A; 2CUD A; 2JMA A; 2JS0 A; 2DYB A; 2KNB B; 1AZG B; 2HDA A; 2BZ8 A; 1RI9 A; 2HEQ A; 2RQT A; 3O5Z A; 1JEG A; 1NYG A; 3VS0 A; 4ZNX A; 1PWT A; 2KRS A; 4OMP A; 3NHN A; 3EG1 A; 1AEY A; 1GL5 A; 2H8H A; 1NM7 A; 2IIM A; 1ARK A; 2FEI A; 2EGA A; 2HCK A; 2ABL A; 2EYZ A; 2W0Z A; 2AKK A; 1KSW A; 1GFC A; 2DL7 A; 2JMC A; 3EG3 A; 3GBQ A; 3I5R A; 2HBW A; 2FO0 A; 3QWX X; 1I07 A; 2V1Q A; 3SEM A; 4J9F A; 2EW3 A; 1Z9Q A; 2KBT A; 2C0O A; 2ENM A; 2DNU A; 3SHW A; 2QDL A; 5IHI A; 4LNP A; 4J9C A; 2RPN A; 1UUE A; 2LZ6 B; 1BBZ A; 1M27 C; 4KRT A; 5FWC A; 2KYB A; 1KIK A; 2RMO A; 4CC3 A; 1AZE A; 4JZ3 A; 3PVL A; 3QWY A; 1ZUK A; 1W6X A; 3VS5 A; 1QLY A; 3NGP A; 2RQU A; 2YUN A; 1K76 A; 2ESW A; 2RQR A; 4JJB A; 1IO6 A; 4J9E A; 5FW9 A; 1NLP C; 1UJY A; 3RNJ A; 2AK5 A; 4J9B A; 1E6H A; 1QWF A; 4DEX A; 2GTO A; 2LJ0 A; 2EYW A; 5L23 A; 4Z89 A; 4OMQ A; 2K2M A; 5HCK A; 3LH5 A; 1CKB A; 2J05 A; 2DL5 A; 2KRO A; 2DBK A; 1ZSG A; 4F17 A; 4AG2 C; 2JTE A; 4CC4 B; 1WYX A; 3EG2 A; 5GJV B; 2SEM A; 1UHC A; 1K9A A; 2DVJ A; 2KYM A; 2L3P A; 1TUC A; 2CT4 A; 3UA7 A; 4HXJ A; 4A63 B; 2GBQ A; 1M8M A; 2DIL A; 3CQT A; 2YSQ A; 5ECA A; 1YN8 A; 1ZUU A; 2LMJ A; 2MCN A; 5IXF A; 4IIO A; 2C0T A; 1B3Q A; 1GBR A; 2L0A A; 4F14 A; 1UEC A; 2I0N A; 2RNA A; 2DJQ A; 3EGU A; 4D8K A; 1N5Z A; 4CC7 A; 1PRL C; 2BZY A; 4F16 A; 2CDT A; 2DMO A; 4HVW A; 2CSQ A; 2DE0 X; 2VWF A; 1U5S A; 1G83 A; 3TVT A; 1KFZ A; 2L3Q A; 2YUP A; 1PKS A; 1GCQ C; 2BTT A; 2EPD A; 4J9I A; 2M51 A; 4JZ4 A; 1K1Z A; 2JT4 A; 3VS4 A; 2C0I A; 3IQL A; 2JM9 A; 1Z9Z A; 1UJ0 A; 4RTU A; 2YT6 A; 2J6K A; 4Y92 A; 1CSK A; 3EHQ A; 5I22 A; 1JO8 A; 2EGE A; 1QKX A; 1U3O A; 1VYT A; 2DM1 A; 2DF6 A; 1X6B A; 2KT1 A; 4RTX A; 4LE9 A; 4RUG A; 1K0X A; 2OI3 A; 1TG0 A; 1H3H A; 2ED0 A; 3NPF A; 3REA B; 3UA6 A; 1ZBJ A; 1YWO A; 1W1F A; 1TUD A; 2JM8 A; 2JXB A; 1WI7 A; 2RN8 A; 2E5K A; 1KJW A; 3R6N A; 1BK2 A; 3I5S A; 2K79 A; 1AWX A; 1SEM A; 2MOX A; 2F2X A; 5EC7 A; 1HSQ A; 1WXU A; 4HCK A; 1OV3 A; 2G6F X; 2EVR A; 1PKT A; 2ROL A; 1M3B A; 1PRM C; 1B07 A; 3I9Q A; 4OMN A; 2PTK A; 3H0F A; 2DBM A; 2O9V A; 4CC2 A; 1GCQ A; 2EYX A; 1M3A A; 1X69 A; 2YUQ A; 3M0U A; 1SHG A; 4HVV A; 4RTT A; 1T3S A; 3H0H A; 4J9D A; 5IHK A; 1QCF A; 4X1V A; 2EBP A; 1PHT A; 4J9G A; 1QWE A; 3JV3 A; 1UGV A; 1H92 A; 2GQI A; 2F2W A; 2DL4 A; 2GTJ A; 1RLQ C; 1T0J A; 1PNJ A; 2ECZ A; 3I35 A; 2L2P A; 2DL8 A; 1UDL A; 3UAT A; 3VS3 A; 2YDL A; 5I11 A; 2FRW A; 1X27 A; 2LX7 A; 2A37 A; 2HSP A; 2EQI A; 1JQQ A; 1UHF A; 1S1N A; 1LCK A; 2EKH A; 1AWO A; 1WFW A; 2LQN A; 2D8J A; 2J6F A; 2LCS A; 1GRI A; 2K7A A; 3VRY A; 1GFD A; 4K11 A; 3C0C A; 4Z88 A; 3VS2 A; 2KEA A; 2AKL A; 1JXM A; 4JPB W; 2FPE A; 4RTY A; 2RQW A; 1ABO A; 3THK A; 2FPF A; 1JU5 C; 3EHR A; 4E6R A; 1UE9 A; 3VS1 A; 2MIO A; 1UFF A; 4R0K A; 3EG0 A; 1AD5 A; 2O31 A; 2JW4 A; 2PZ1 A; 1W70 A; 2PNI A; 1VYV A; 4RTW A; 1YWP A; 2CUB A; 1UG1 A; 2FG0 A; 3RBB B; 2A36 A; 4D8D A; 2D8H A; 1E7O A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2I2L A; 3M0Q A; 2Y4Y A; 1M1K R; 4XU3 A; 5KYY B; 1AOJ A; 1UGP B; 1ZSZ A; 1QKW A; 3JRZ A; 1JJ2 A; 3CCE Q; 4JJD A; 4C8Q A; 5HY6 A; 4C8Q F; 1M30 A; 5IXB A; 2ED1 A; 2PU9 B; 1NLO C; 2LP5 A; 5IAY A; 1HJD A; 2FZG B; 2PVG B; 1KG1 A; 3RER A; 5DLO A; 4M7A E; 2DXC A; 5KH6 A; 1YCS B; 4IUR A; 3CC7 T; 2KXC A; 3QXE B; 1WXB A; 2DXB A; 3HKS A; 3G7Z A; 3CPF A; 1PD0 A; 4LUD A; 4AFU C; 1BKB A; 3EGD B; 3OMG A; 2F5T X; 2GGR A; 3H8Z A; 3M59 A; 3U23 A; 1Q86 C; 1W2B P; 3ZBD A; 3FLG A; 1Y07 A; 4F7U B; 1OOT A; 2XHC A; 1VQM Q; 2XMF A; 3P8D A; 2GCX A; 3HRS A; 2K3Y A; 1M90 C; 1SHF A; 3EGX B; 2DLP A; 3V8L A; 3KFV A; 1K73 R; 1WQW A; 2RD1 A; 4M78 D; 4QQ6 A; 4PJM A; 1VYU A; 3HPW A; 4OMO A; 2YWW A; 3WXM B; 2M0O A; 1I81 A; 5GAN e; 4M75 G; 3V8K A; 1ZHI A; 3I56 Q; 3CCE T; 1O75 A; 1KK7 A; 1OZ2 A; 2M16 A; 2SRC A; 1C0M A; 3FEO A; 4A4G A; 1YP5 A; 3CC2 Q; 2EYY A; 1M3C A; 3CD6 Q; 2HQE A; 2CH4 A; 4M77 G; 2NYS A; 4R56 A; 4RTZ A; 3M55 A; 5LJ5 f; 2DTH A; 1BCO A; 4J9H A; 1IRE B; 1QVP A; 2X3W D; 2DYI A; 3TSW A; 1VQ4 A; 3OYC A; 1KD1 R; 1A0N B; 1UTI A; 1VQ8 Q; 4BY6 B; 4BDY A; 2DJZ A; 2GNC A; 4BI8 B; 4LN2 A; 1V29 B; 3H6Z A; 3ZL7 C; 1D0Y A; 2VGN A; 3M0R A; 1IGU A; 3J80 E; 3PVQ A; 1VQM T; 3V7R A; 4M78 C; 2DZC A; 2QK0 A; 3HP9 A; 2LVM A; 2DIG A; 3JCM X; 4JDS A; 3M4Y A; 2FPD A; 1RAD B; 1VQ5 Q; 1WJS A; 4IUV A; 1QCO A; 3C95 A; 3C4S A; 3UF4 A; 4M7D G; 4ESR A; 5GAN g; 4FYY B; 4II1 A; 1Y96 B; 1Q86 U; 1BB9 A; 2CP0 A; 2AZV A; 1KHC A; 2HSE B; 4GY5 A; 3VRZ A; 2RK2 A; 3CC2 T; 3CMA A; 3OYJ A; 1M90 U; 3JCM J; 1MUZ A; 3CME Q; 5IHN A; 1FMW A; 4WCI A; 4FIB A; 2VKN A; 1VQK Q; 3CD6 T; 1K4U S; 4EIK A; 1SRM A; 5LJ3 e; 3NTH A; 3FJ5 A; 1OQK A; 2GQV A; 3CC7 A; 2JS0 A; 1Q81 R; 1X75 C; 2HD0 A; 1M4Z A; 5A2Q E; 1AZG B; 1VQ8 T; 2NUT A; 2RQT A; 1SKU B; 3SB2 A; 2K2V A; 3VS0 A; 2HL3 A; 2KRS A; 2K57 A; 1AEY A; 1GL5 A; 2IIM A; 1ARK A; 2FEI A; 2W0Z A; 3M9Q A; 1G3Y A; 3G71 Q; 1KSW A; 2JMC A; 3EG3 A; 3E9F A; 2C06 A; 1QVG S; 5CVI A; 2V8J A; 1VQ5 T; 3QWX X; 1QP2 A; 2V1Q A; 4FYX B; 1BI0 A; 1Z9Q A; 2EQM A; 1YJW Q; 5GMK j; 4LNP A; 2X51 A; 4N4H A; 4OB2 B; 1UUE A; 2RH2 A; 1BBZ A; 3JSC A; 1VQN Q; 1KIK A; 1UEB A; 1OX8 A; 2HQH A; 3QZ5 B; 2YUN A; 3CME T; 2V8K A; 4IUT A; 2Y90 A; 1VQK T; 4ZGJ B; 2KSS A; 1YJ9 Q; 2RQR A; 4J9E A; 1YI2 Q; 2RJF A; 1NLP C; 3OS0 A; 2H3J A; 5FU7 C; 3VUB A; 1ZSZ B; 4DEX A; 1YBY A; 2GF7 A; 1N6A A; 4C0F A; 4C8Q B; 2CP3 A; 2NLU A; 5HCK A; 3JB9 H; 3GNG A; 1TH7 A; 1CKB A; 1VQM A; 1OI1 A; 2DL5 A; 4BY6 C; 4BE0 A; 4F17 A; 3BDL A; 3EG2 A; 4KGX B; 3G71 T; 2SEM A; 3PMI A; 4LDV A; 1M8M A; 4M77 D; 2DIL A; 2R5A A; 2MCN A; 1D09 B; 3RKX A; 1KC8 R; 4FT2 A; 3I56 A; 2C0T A; 1VQN T; 4OF1 A; 4F14 A; 1JBM A; 1KQS S; 1N5Z A; 5FRN A; 4CC7 A; 1PRL C; 3QKJ A; 4F16 A; 1N8R R; 4J6Y A; 3CCQ A; 2QA4 Q; 3JB9 G; 1U5S A; 3CD6 A; 4XU1 A; 8AT1 B; 1YJ9 T; 2OTL Q; 4UC4 A; 1M1K C; 5D7U A; 1IZ6 A; 1VQ6 Q; 1YI2 T; 4M7A G; 1PKS A; 2BTT A; 1VQ8 A; 1K1Z A; 3VS4 A; 3IQL A; 2HZY A; 5CAI A; 1XTD A; 2FL7 A; 3OW2 P; 4C92 E; 1BIA A; 3CCS Q; 3A8M B; 1CSK A; 3URG A; 3QHS A; 3G4S Q; 3NTI A; 1VYT A; 4IUP A; 2DF6 A; 4EPC A; 2EJ9 A; 5CO7 A; 4LE9 A; 1PD1 A; 2QI2 A; 4M77 C; 1U8R A; 2MAM A; 2LC4 A; 2K5L A; 1VQ5 A; 2ED0 A; 1QQJ A; 3REA B; 1ZBJ A; 4C8Q D; 5GAO m; 3HL8 A; 4KH0 B; 2JXB A; 3J7A F; 3L2Z A; 3TRE A; 2FZK B; 3I5S A; 4DBR A; 1KQ2 A; 1AWX A; 1OUL A; 1SEM A; 2F2X A; 4VUB A; 4PJO E; 4HCK A; 2QA4 T; 4DOV A; 3CCM Q; 3CME A; 5IN1 A; 1VQK A; 1YHQ A; 1PKT A; 1PRM C; 5GAN 6; 2OTL T; 4HCZ A; 2PTK A; 1VQ6 T; 5I2M A; 3H0F A; 2DBM A; 1IRX A; 1MGQ A; 2QQ9 A; 1GCQ A; 2EYX A; 1X69 A; 4FW1 A; 3Q1J A; 5LJ5 h; 4QVD A; 1SHG A; 4HVV A; 3OYH A; 4RTT A; 4J9D A; 2L8D A; 1SF9 A; 2MWO A; 3CCS T; 2DXT A; 3G4S T; 2EBP A; 4HCB A; 1VUB A; 1OYX A; 3RR6 A; 2FB7 A; 1M8V A; 1B34 A; 2GQI A; 2BE9 B; 2F2W A; 3QYG B; 2LQK A; 4C8Q C; 4M75 E; 1PNJ A; 1M1K U; 3L2R A; 3VS3 A; 3LYI A; 3RIR A; 1KD1 C; 2FRW A; 4Y91 A; 1X27 A; 1YJN A; 1YJW A; 2HSP A; 3PIP A; 2NUT B; 5GAM e; 3R6O A; 1S1N A; 1LCK A; 1VQN A; 1WJQ A; 5GAN 4; 3ER0 A; 5C0M A; 3OYM A; 2K7A A; 1I4K 1; 3VS2 A; 2FPE A; 4RTY A; 2RQW A; 2VYT A; 3CCM T; 1JU5 C; 1OU8 A; 4XK8 E; 4LDY A; 1UE9 A; 1YJ9 A; 2MIO A; 1UFF A; 3QBY A; 3GP8 A; 4C5G A; 1YI2 A; 4OB3 B; 2O31 A; 5GAO p; 4A54 A; 1R0B G; 3LLR A; 2CUB A; 1TUG B; 2QXF A; 5GMK h; 4PJN A; 5AYF A; 4LXC A; 2KGT A; 2W10 A; 2P84 A; 4OGE A; 4M7D E; 3MEW A; 2KRM A; 4OMF B; 1EZZ B; 3ULR B; 2JOY A; 1LNX A; 4NS5 A; 1KHI A; 2YLC A; 1QVF S; 1M9S A; 1T3L A; 4PJL A; 2EJG A; 3UT1 A; 5GAM g; 5C6S A; 4FYW B; 2DET A; 2E12 A; 1WX6 A; 1Q7Y R; 2QA4 A; 2KT8 A; 2L3S A; 5D6Y A; 2MI6 A; 1ZX6 A; 1U1T A; 2OTL A; 1VQ6 A; 1KD1 U; 1FX7 A; 4AG1 C; 1WLP B; 2V8I A; 1FMK A; 2ROT A; 3OYF A; 1X43 A; 2K6D A; 2B86 A; 4JRK A; 5GAN f; 5LJ5 d; 4ORZ A; 2EQU A; 1NG2 A; 3CCS A; 3G4S A; 1RAC B; 2L3R A; 2D0N A; 2RHY A; 2K3B A; 5KE2 A; 4OMM A; 2DTI A; 1V76 A; 4LD6 A; 2CRE A; 4N4I A; 4LUE A; 3H41 A; 1IB8 A; 1C1A A; 1RAF B; 1MNE A; 2ZPI B; 4E7L A; 1MND A; 3QII A; 1WJR A; 4M77 A; 4M77 F; 4A4F A; 1JB0 E; 2EFI A; 1YIT A; 4FM4 B; 5IH2 A; 2JTF A; 5KYW A; 1VQO Q; 4AFZ C; 2VXF A; 1U1S A; 2EAY A; 3UPU A; 2V26 A; 3RDV A; 3ZFJ A; 4WTO B; 4QT7 A; 2JS2 A; 3MKD A; 2DRK A; 2JZ2 A; 2DRM A; 1Q81 U; 2A3L A; 2M0Y A; 2K9G A; 5KYX A; 1HK9 A; 1WXT A; 2CZ0 B; 4Z8A A; 3CXC S; 2OAW A; 3G1J A; 2DL3 A; 1KC8 C; 4QVC A; 4M4Z A; 2MWP A; 1BYM A; 5CKB A; 4F7U G; 2YUO A; 1N8R C; 3SFM A; 2O4X B; 4C92 G; 2KRN A; 2D0Q B; 2XKO C; 3QO3 A; 1TU0 B; 4XTV A; 4L59 A; 1N27 A; 3LX7 A; 5LJ3 f; 3OYI A; 2KXD A; 8ATC B; 3TQ7 P; 2J7I A; 1NEB A; 1WHJ A; 2DO3 A; 4AFQ C; 5A0D A; 3KXT A; 4BI3 A; 4XTZ A; 1VQO T; 1H8K A; 2P4T A; 2JMA A; 3AHU A; 3A8L B; 2DYB A; 4JUV A; 4J6W A; 3JAM E; 1B34 B; 1RI9 A; 4HCC A; 4PJO G; 1JEG A; 1PC0 A; 1PWT A; 4OMP A; 3NHN A; 3EG1 A; 4N0A C; 4KUL A; 1NM7 A; 1K8A R; 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