The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
9
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sequence length |
65
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structure length |
65
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Chain Sequence |
KMEVFQEYYGIPPPPGAFGPFLRLNPGDIVELTKAEAEHNWWEGRNTATNEVGWFPCNRVHPYVH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Signaling protein
|
| source organism |
Mus musculus
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| publication title |
Novel recognition mode between Vav and Grb2 SH3 domains.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
VAV PROTO-ONCOGENE
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| total genus |
9
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| structure length |
65
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| sequence length |
65
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| chains with identical sequence |
B, C, D
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2000-08-08 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00018 | SH3_1 | SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1EFN A; 2JMA A; 2LP5 A; 1SHG A; 2BZY A; 2VWF A; 2HBW A; 3EHQ A; 1SPK A; 5IH2 A; 3I35 A; 5IXF A; 3NPF A; 2RQU A; 1JXM A; 2J05 A; 2DL5 A; 4LUD A; 2GTO A; 1QLY A; 3TSZ A; 1OPK A; 1V1C A; 1W1F A; 1M3B A; 1YN8 A; 5IHI A; 2YUP A; 2XMF A; 2EPD A; 2RMO A; 1JQQ A; 1S1N A; 3KFV A; 1U5S A; 3REA B; 3UA6 A; 2DF6 A; 1TUC A; 1ARK A; 2DMO A; 5I11 A; 2DX1 A; 1PHT A; 2RF0 A; 2C0T A; 2HDA A; 1GCQ A; 1ZSG A; 3SHW A; 2C0O A; 4RTU A; 1NG2 A; 3FJ5 A; 4F17 A; 2EYZ A; 5FWC A; 2ED0 A; 2K79 A; 2EQI A; 1ZUU A; 1GFC A; 2J7I A; 2A37 A; 4JJC A; 2JW4 A; 5IHN A; 1X6B A; 2JM9 A; 1T3L A; 5HCK A; 1BU1 A; 2L3Q A; 3VS4 A; 2EKH A; 1GRI A; 1FYN A; 2ENM A; 2EYY A; 3CQT A; 2A36 A; 1K4U S; 4CC2 A; 1UHC A; 1YCS B; 1AZE A; 3O5Z A; 1UGV A; 1WXU A; 2CUD A; 3M0P A; 1I07 A; 1NEG A; 1K0X A; 4M4Z A; 1UHF A; 4Z88 A; 2KT1 A; 2ED1 A; 4X1V A; 2CDT A; 2RQT A; 4OMP A; 5GJV B; 2JT4 A; 2K3B A; 4KRT A; 2BZ8 A; 2ROL A; 2O9V A; 4RTY A; 3I9Q A; 2LJ1 A; 2P4R A; 2LQN A; 2K7A A; 2FRY A; 2LJ3 A; 2PTK A; 2DIL A; 2DBM A; 2FRW A; 1OEB A; 1OV3 A; 1LCK A; 1UJ0 A; 1JU5 C; 4GBQ A; 2MIO A; 1UJY A; 2JS2 A; 1AWW A; 2KRM A; 1FMK A; 1A0N B; 1E6H A; 2KYB A; 1U06 A; 1BK2 A; 1X27 A; 3M0Q A; 4ESR A; 1N5Z A; 1BB9 A; 3H41 A; 4IIM A; 1RUW A; 1U3O A; 2EGE A; 1GCP A; 1PKS A; 3EG2 A; 1X43 A; 4RTT A; 2I0N A; 1CKA A; 1XOV A; 1AZG B; 2GGR A; 2J6O A; 2E5K A; 5FW9 A; 2QDL A; 2JM8 A; 1SSH A; 2FPD A; 1ABQ A; 1MUZ A; 5FWB A; 1PRM C; 2AZV A; 1WIE A; 1WYX A; 2F2W A; 1T0J A; 2L3P A; 2GQI A; 2KE9 A; 2DLP A; 2DL8 A; 2AK5 A; 4WCI A; 2G6F X; 1OPL A; 3PVQ A; 3I5S A; 1RLP C; 1NYF A; 4JZ4 A; 2GTJ A; 2AKL A; 1YWO A; 2OI3 A; 4HVV A; 2AZS A; 3VS2 A; 4CC4 B; 4RTV A; 4OMO A; 1RI9 A; 2LJ0 A; 1TUD A; 4ZNX A; 2L3S A; 2MCN A; 2NUZ A; 1AWJ A; 1GBQ A; 1QKX A; 1W6X A; 2DM1 A; 1AOJ A; 1E7O A; 2FG0 A; 3A98 A; 1UG1 A; 3VS3 A; 1UFF A; 1T0H A; 2ABL A; 2DYB A; 1SHF A; 3QWX X; 1ZUK A; 2O9S A; 3VS1 A; 1GFD A; 3PE0 A; 3ULR B; 2FO0 A; 2NWM A; 2PZ1 A; 2B86 A; 3QWY A; 3NMZ C; 4AFU C; 1WLP B; 3EG0 A; 1I0C A; 2H8H A; 2EBP A; 2RQV A; 2DL4 A; 3VS7 A; 4RUG A; 3UA7 A; 3H0F A; 1JXO A; 1X69 A; 2D1X A; 1OOT A; 3VRY A; 5IXB A; 4K11 A; 5GJW B; 3M0S A; 4D8D A; 1Z9Q A; 2L0A A; 2X3W D; 2JTE A; 2LNH B; 2GBQ A; 3THK A; 1VYT A; 1Y57 A; 1RLQ C; 4CC7 A; 1PNJ A; 4J9B A; 5I22 A; 1X2Q A; 2JXB A; 1YP5 A; 2DRM A; 2K6D A; 1H92 A; 1WXB A; 1K1Z A; 4AFZ C; 1ZX6 A; 2EYX A; 4LE9 A; 1M27 C; 3SEM A; 1KIK A; 1X2K A; 1H8K A; 1WI7 A; 1GCQ C; 2AKK A; 4HXJ A; 4J9F A; 1UDL A; 2KR3 A; 1E6G A; 2D0N A; 4D8K A; 1MV0 B; 5IHK A; 2LMJ A; 2KRO A; 2DE0 X; 4J9I A; 4FSS A; 4GLM A; 2DA9 A; 2X3X D; 3TVT A; 2YUO A; 1G83 A; 1X6G A; 3VS6 A; 4HVW A; 1NYG A; 1QCF A; 2DRK A; 2MOX A; 2CT4 A; 1NLO C; 4AFQ C; 2DNU A; 2RPN A; 1CSK A; 4AG1 C; 1UEC A; 2KBT A; 1MV3 A; 3M0T A; 3EHR A; 2KEA A; 2YSQ A; 2RN8 A; 1M8M A; 2J6K A; 2M0Y A; 2CT3 A; 4F16 A; 2RQR A; 2V1R A; 4AG2 C; 1WDX A; 2VKN A; 4ORZ A; 3U23 A; 2J6F A; 3R6N A; 2GNC A; 3VS5 A; 2DBK A; 3PVL A; 2RQW A; 2YDL A; 4Z8A A; 3C0C A; 1Z9Z A; 3NHN A; 4J9E A; 1SEM A; 2J06 A; 4E6R A; 2SRC A; 2DL7 A; 2EW3 A; 1WX6 A; 1KJW A; 2W0Z A; 5ECA A; 2LCS A; 3RNJ A; 2VVK A; 2JMC A; 2KT8 A; 4R0K A; 4OMN A; 4JPB W; 3REB B; 1QWE A; 1B07 A; 4RTX A; 1G2B A; 2C0I A; 2CH4 A; 4OML A; 2ECZ A; 1AVZ C; 2PNI A; 1HJD A; 2DJQ A; 4J9C A; 1PKT A; 1H3H A; 4QT7 A; 3I5R A; 2YUQ A; 2CSI A; 1ABO A; 4F14 A; 2RNA A; 4CC3 A; 1HD3 A; 3UAT A; 1AWO A; 4JJB A; 1ZBJ A; 4LN2 A; 1J3T A; 1K9A A; 1GBR A; 2D8J A; 2EGC A; 2KNB B; 2EVR A; 1WXT A; 4A63 B; 4DEY A; 2KYM A; 3M0U A; 2ROT A; 2F2X A; 3IQL A; 2W10 A; 2KXD A; 1NM7 A; 1ZLM A; 2DVJ A; 2HSP A; 2K2M A; 1M3A A; 4Y92 A; 2YUN A; 2K9G A; 2SEM A; 4J9H A; 4J9D A; 1B3Q A; 4DEX A; 4HVU A; 5EC7 A; 1HSQ A; 1JO8 A; 1PWT A; 3LH5 A; 2LX7 A; 4OMM A; 1WA7 A; 2A08 A; 4EIK A; 4AFS C; 3H0H A; 2A28 A; 2BZX A; 3EGU A; 1IO6 A; 4LUE A; 2D8H A; 2DL3 A; 5L23 A; 1I1J A; 1UUE A; 1SRM A; 3NGP A; 1YNZ A; 1AD5 A; 2KXC A; 3UF4 A; 1KSW A; 1NLP C; 4RTZ A; 1K0S A; 1M30 A; 1SRL A; 2HCK A; 4HCK A; 4J9G A; 3EG1 A; 1PRL C; 2O2O A; 1NEB A; 2LZ6 B; 1GL5 A; 1YWP A; 4JJD A; 4Z89 A; 1T3S A; 1TG0 A; 3TSW A; 2YT6 A; 4JZ3 A; 2CH4 W; 3VRZ A; 2ESW A; 3M0R A; 4IIO A; 1W70 A; 3JV3 A; 2O88 A; 1ZUY A; 2KGT A; 1AWX A; 1UE9 A; 4OMQ A; 1QKW A; 2FPE A; 1M3C A; 2F2V A; 1K76 A; 2LQW A; 2CRE A; 2FEI A; 3RBB B; 2OJ2 A; 1JEG A; 3ZL7 C; 1UTI A; 2EGA A; 2JS0 A; 2IIM A; 3VS0 A; 1AEY A; 2BTT A; 2M51 A; 1VYU A; 2OAW A; 2CSQ A; 3GBQ A; 2CUB A; 2KRN A; 2V1Q A; 1BBZ A; 3H0I A; 1WFW A; 2FPF A; 2HEQ A; 4LNP A; 1VYV A; 1VA7 A; 1Y0M A; 1KFZ A; 2KRS A; 3EG3 A; 4RTW A; 2EYW A; 1CKB A; 2O31 A; 2L2P A; 1QWF A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1EFN A; 2FL7 A; 1MGQ A; 2BZY A; 2VWF A; 2E64 A; 2PQW A; 3GNF B; 3I35 A; 5IXF A; 3OYN A; 1VQ9 T; 1WHK A; 2HMA A; 2J05 A; 2DL5 A; 5FRN A; 2GTO A; 3TSZ A; 4C0D B; 2V26 A; 2ZPF B; 2EPD A; 4UC4 A; 1JQQ A; 3QSU A; 2RJD A; 3LLR A; 3UA6 A; 5KE3 A; 2DMO A; 3MP6 A; 1M1F A; 2IPO B; 5LJ5 g; 3OS2 A; 3VYH B; 2C0T A; 2HDA A; 5GAO m; 3SHW A; 3AHU A; 1YHQ T; 3FJ5 A; 1Q86 C; 4BDZ A; 3HSB A; 4HCZ A; 2MI6 A; 2EYZ A; 5A0D A; 1M90 U; 3OS5 A; 1RI0 A; 5D7U A; 1GFC A; 1WQW A; 4BI3 A; 1Q81 U; 5GAO n; 2A37 A; 3A1P A; 1YJW Q; 1T3L A; 2L3Q A; 3VUB A; 3ER0 A; 1GRI A; 4OP0 A; 1G3Y A; 1FYN A; 2RHI A; 5GAM g; 3D7S B; 1K4U S; 1M1K U; 4CC2 A; 1YBY A; 1UHC A; 4ZN3 A; 4CRI A; 2CUD A; 4DBQ A; 1YJW A; 4PK4 A; 1NEG A; 3X26 B; 1K0X A; 5IN1 A; 5GAO r; 4M4Z A; 4C8Q G; 1PSF A; 4A54 A; 2FYK A; 4IUV A; 3GP8 A; 3TQ7 P; 2DZC A; 2CDT A; 4JDS A; 5GJV B; 5KYY A; 4CI0 C; 1X75 C; 5CKE A; 1VQ6 Q; 4DBF A; 2LC4 A; 1KC8 U; 4KRT A; 4M78 D; 4M7A F; 2FZG B; 1KHI A; 4F7U B; 3HRU A; 3WVD B; 3RUX A; 2EFI A; 1JU5 C; 4GBQ A; 1VQ6 A; 1PC0 A; 2K3Y A; 3JCM g; 4IUU A; 3VKI A; 2Y90 A; 1YIT Q; 1K73 R; 1M2V A; 1N5Z A; 2D6F A; 5KYX A; 4C92 B; 3KUF A; 1Q7Y U; 5CVI A; 4M78 G; 2LRQ A; 1CKA A; 3V8L A; 1XOV A; 1AZG B; 3EFR A; 2IG0 A; 1YIT A; 3J80 E; 2E5K A; 3M4Y A; 2QDL A; 2R5M A; 1NBE B; 1SSH A; 2FPD A; 1MUZ A; 2CP3 A; 3DLM A; 4JRK A; 1G3S A; 2AZV A; 4AT1 B; 2DEQ A; 2L3P A; 2JTM A; 4LDV A; 2QTV A; 4M78 C; 2EJ9 A; 3PVQ A; 3EG9 A; 4E7L A; 4FM4 B; 1YWO A; 1NPP A; 2AZS A; 3VS2 A; 4ZTJ A; 3GPL A; 4JLG A; 1RI9 A; 2L5Q A; 3A8L B; 2KVQ G; 5CQX A; 2YLC A; 9ATC B; 1AWJ A; 2E65 A; 1QKX A; 3CC7 T; 2DM1 A; 1DJ7 B; 4B6M A; 5HKC A; 1JJ2 P; 1UG1 A; 1OX9 A; 4L5G A; 1UFF A; 2ABL A; 3BY7 A; 4M75 E; 1IRE B; 2AIR B; 3QWX X; 1ZUK A; 3SD4 A; 3VS1 A; 1K9M C; 2PZ1 A; 3NMZ C; 3G4S T; 1ZHI A; 4QW2 A; 1O75 A; 2H8H A; 5A0L A; 2X51 A; 2E12 A; 2EBP A; 1YI2 Q; 4QQ6 A; 5LJ5 d; 3S6W A; 2MYS A; 1JXO A; 3VU3 C; 1VQP Q; 5GJW B; 5EG2 A; 1KD1 C; 2XD0 A; 2L0A A; 3G71 Q; 2E6Z A; 1YI2 A; 1KHC A; 4PKC C; 5C6S A; 3BFM A; 1QCO A; 1WHJ A; 2MMP A; 1VYT A; 4M77 F; 3CMA Q; 1MMD A; 1QVG S; 1PNJ A; 4M7D E; 1K9M R; 5I22 A; 1D3B A; 4XTW A; 2K6D A; 1IRX A; 1WQ7 A; 4PJO A; 1IXD A; 2LQ8 A; 5GAM d; 4M7D D; 3A8H B; 3CCR Q; 1H8K A; 1WNL A; 2VAS A; 3CMA A; 2DKG A; 3A8O B; 1V76 A; 1UDL A; 3JCM J; 3I56 T; 2D0N A; 4D8K A; 8ATC B; 1BCM A; 1W4S A; 5KYY B; 5KCH A; 3V7R A; 1IGU A; 2LVM A; 1QVG A; 4XTX A; 4C5E A; 4C0G A; 4J9I A; 1X01 A; 2QEX T; 4GLM A; 4EMK C; 3OYC A; 3TVT A; 2YUO A; 5KYU A; 4IUT A; 4PJN A; 4PJO G; 2QXF A; 3VS6 A; 4M7D G; 1QCF A; 2NUT A; 1QCN A; 2CT4 A; 3JCM d; 1NLO C; 2JTF A; 2DNU A; 2CP5 A; 2RPN A; 3CCU Q; 2H3J A; 1CSK A; 4JS4 A; 3VYG A; 1UEC A; 2KBT A; 2R5A A; 4YTL A; 3JCM c; 1WHM A; 2LTO A; 4F7U E; 1D1B A; 3EHR A; 2M9U A; 4FT4 A; 1M2V B; 3JCM Q; 3UPU A; 2M0Y A; 4XK8 E; 1JBM A; 1LOJ A; 4F16 A; 3SWN A; 5DY9 A; 3MEW A; 3QUI A; 3CCU A; 3L42 A; 3CCQ T; 3PVL A; 2CZ7 B; 2YDL A; 3CCE Q; 4Z8A A; 4M7D C; 1SEM A; 2J06 A; 4FU6 A; 2SRC A; 2RHY A; 2ZPG B; 2LCS A; 4Q5W A; 3RNJ A; 4OGC A; 5LJ5 j; 4R0K A; 2E41 A; 3REB B; 5GAO q; 1B07 A; 1G2B A; 4BAC A; 3TCJ A; 1QQJ A; 2ECZ A; 4ANJ A; 2CP6 A; 2XDB A; 3QBY A; 2DJQ A; 3G6E T; 4O5V A; 3I5R A; 3CCV T; 2YUQ A; 2CSI A; 3UAT A; 1AWO A; 4JJB A; 5GAM j; 1ZBJ A; 1VQM T; 2KK4 A; 2ZGW A; 4FT2 A; 1J3T A; 2MK5 A; 2EVR A; 1G8X A; 4DEY A; 2KYM A; 1M90 C; 3IQL A; 2W10 A; 3CC2 T; 2DVJ A; 2QG9 B; 3FIF A; 1M3A A; 4Y92 A; 1Q81 C; 2YUN A; 2DAQ A; 2ZPH B; 2E3I A; 1WGS A; 2E3H A; 2EWN A; 2VB6 A; 5LJ5 h; 5AT1 B; 3JB9 G; 1TWB A; 4GLK A; 4JUV A; 3JB9 H; 2LX7 A; 4OMM A; 3CME T; 4E7I A; 2K57 A; 1M1K C; 2D8H A; 2M16 A; 5L23 A; 3QDR B; 1SRM A; 3NGP A; 1M90 R; 2H3E B; 1D3B B; 5GMK i; 4N0A C; 2D9T A; 1KSW A; 2P0Q A; 3SDZ A; 1Q81 R; 1S72 Q; 4E7S A; 2P84 A; 4C8Q E; 1K0S A; 2NUP B; 2OAU A; 2HNI A; 1KC8 C; 1PRL C; 2O2O A; 3RKY A; 1GL5 A; 4X34 A; 5GAM h; 4JJD A; 3M5A A; 3TSW A; 1H64 1; 4JZ3 A; 3NFC A; 3CD6 Q; 2ESW A; 2HBP A; 1YJ9 A; 1S72 A; 4FW2 A; 1M1K R; 4M75 D; 3JRZ A; 2OTL Q; 4Y28 E; 4XU2 A; 5GAN 5; 4DOV A; 1QKW A; 1K76 A; 4QVZ A; 4A53 A; 1NE8 A; 3QZ9 B; 2OJ2 A; 4N4I A; 1JEG A; 3ZL7 C; 2EGA A; 3BE3 A; 4QQD A; 3CD6 A; 3Q1J A; 3CCL A; 2CZ0 B; 5KYU B; 1Q7Y C; 2CSQ A; 1ZBX A; 2ZAE A; 1KC8 R; 1VQ7 Q; 2EQU A; 2NUT B; 2FPF A; 3GF5 A; 4RG8 A; 2ZPB B; 3MCA B; 4LNP A; 1VA7 A; 4M78 E; 1K1Z A; 3JCM h; 1PKS A; 3V7S A; 2JMA A; 1QP3 A; 1SHG A; 1UGQ B; 1QVF S; 5IH2 A; 1SPK A; 3CPW S; 1VQ7 A; 2WSC E; 1TS9 A; 3SWN B; 1Q82 U; 2RQU A; 2F1L A; 1YIJ T; 1OPK A; 2O01 E; 4BD3 A; 1NJI U; 4KH1 B; 1EZZ B; 1W2B P; 1S1N A; 1TUC A; 1O9S A; 5I11 A; 1PG5 B; 2VXF A; 3FEO A; 2CP7 A; 4E7J A; 1D1C A; 2OTJ Q; 1ZSG A; 4M75 C; 2JJ9 A; 2C0O A; 3RMS A; 1QVF A; 5CKD A; 1NG2 A; 1OUL A; 2JZ2 A; 4F17 A; 3CPW A; 3NTI A; 3KBG A; 2ZCF B; 4N4H A; 4RG2 A; 2K79 A; 4M7A A; 3CCM A; 2EAY A; 2DFU A; 3I55 T; 3MET A; 1VQ4 T; 2LNV A; 5CKH A; 3TU4 K; 1X6B A; 2JM9 A; 4D6W A; 1QW1 A; 4MML A; 3CCJ Q; 1BU1 A; 2P4T A; 4MMK A; 2DXT A; 3VS4 A; 2QQB A; 4E7K A; 3LYI A; 2A36 A; 4A4G A; 1AZE A; 1I07 A; 3CCJ A; 4KGX B; 3EH2 A; 2A3L A; 4OGE A; 3GOX A; 3TRE A; 5KYW B; 1NZ9 A; 1IZ6 A; 2QQS A; 3CPF A; 2BZ8 A; 2VXE A; 4RTY A; 3QHS A; 2K5I A; 4C92 D; 3CCS A; 2LJ3 A; 3MP1 A; 2XKO C; 2FRW A; 4LDU A; 3QO3 A; 1OEB A; 1UJ0 A; 4F7U G; 2KRM A; 5LJ3 e; 1C1A A; 4ZGE B; 3LH0 A; 1U06 A; 2CYZ B; 2KSS A; 1ACM B; 4LD6 A; 1WHG A; 2BKD N; 4FCY A; 2DZ9 A; 1VQL T; 3QDF A; 3HL8 A; 4C5H A; 1GCP A; 3OY9 A; 4E7Z A; 3H9N A; 3OW2 P; 2MF2 A; 2CZ1 B; 5KH6 A; 2QDY B; 1MMA A; 4C92 G; 2R58 A; 2J6O A; 4PJO E; 2HQE A; 2JM8 A; 1WJR A; 3GNG A; 1WIE A; 2QTX A; 2JNG A; 1K8A U; 2GQI A; 3PGG A; 5GAN g; 4HCB A; 3I5S A; 1NYF A; 4JZ4 A; 3OYA A; 4C92 C; 4HVV A; 2OX7 A; 1MND A; 4RTV A; 4XTY A; 1FX7 A; 4PNO A; 4ZNX A; 4KGV B; 1BIB A; 4M77 A; 1IGQ A; 1AOJ A; 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