The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
12
|
sequence length |
56
|
structure length |
56
|
Chain Sequence |
STYVQALFDFDPQEDGELGFRRGDFIHVMDNSDPNWWKGACHGQTGMFPRNYVTPV
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Novel recognition mode between Vav and Grb2 SH3 domains.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
GROWTH FACTOR RECEPTOR-BOUND PROTEIN 2
|
| molecule tags |
Signaling protein/signaling protein
|
| source organism |
Homo sapiens
|
| total genus |
12
|
| structure length |
56
|
| sequence length |
56
|
| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2000-08-08 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00018 | SH3_1 | SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5L23 A; 4HVU A; 1BB9 A; 1T3S A; 1M30 A; 2SRC A; 3IQL A; 1GCQ A; 3R6N A; 2J6F A; 3M0Q A; 4HVV A; 2M0Y A; 3EG0 A; 2EYX A; 3H0F A; 2EW3 A; 1GCQ C; 1SRL A; 4E6R A; 2CUB A; 1PKT A; 2HEQ A; 2KT1 A; 2AZV A; 2KXD A; 3PVQ A; 1UJ0 A; 4Z88 A; 1AOJ A; 1X43 A; 2DIL A; 1UDL A; 1IO6 A; 4LE9 A; 2CSQ A; 2MCN A; 2I0N A; 2KRO A; 1M3A A; 3EHR A; 3H0H A; 1YCS B; 1KJW A; 5ECA A; 3I5R A; 2CUD A; 1AWW A; 2ABL A; 3ZL7 C; 1WLP B; 1ZUU A; 4Y92 A; 1Z9Q A; 2KEA A; 2LJ0 A; 3NMZ C; 2O88 A; 1E6G A; 1EFN A; 3NHN A; 4OML A; 5GJV B; 1KIK A; 4CC4 B; 2RQU A; 5IXF A; 3SEM A; 4OMP A; 2AK5 A; 2W10 A; 4J9D A; 2XMF A; 3TSW A; 2BZX A; 2D0N A; 2QDL A; 1YWP A; 3FJ5 A; 2EYW A; 3TSZ A; 3QWY A; 2RMO A; 1K4U S; 1VYT A; 2GTO A; 1UFF A; 1SPK A; 2CH4 A; 3NPF A; 1MV3 A; 1RI9 A; 2L3S A; 4AG1 C; 2X3W D; 2FO0 A; 2L3P A; 1Y57 A; 2DRK A; 2JW4 A; 1OPK A; 2A28 A; 1TG0 A; 3VS3 A; 2O2O A; 5FWB A; 1M27 C; 4RTZ A; 1NYF A; 3M0P A; 1CSK A; 2JM8 A; 2OAW A; 1H3H A; 2DBK A; 2OI3 A; 1WFW A; 1T3L A; 1VYV A; 4OMQ A; 5IHK A; 5GJW B; 3VRZ A; 1YN8 A; 1W70 A; 1AD5 A; 4J9F A; 1UJY A; 1AZG B; 4GBQ A; 5IHN A; 1U5S A; 1CKA A; 2DRM A; 1WX6 A; 1WXU A; 1I0C A; 1NYG A; 1B3Q A; 2V1Q A; 1QKW A; 1JU5 C; 2HDA A; 2F2V A; 4JJC A; 4Z8A A; 1PNJ A; 3M0S A; 1ZUY A; 2J06 A; 4J9B A; 3C0C A; 2L2P A; 3VS4 A; 1X2K A; 2B86 A; 2O9V A; 3CQT A; 2EPD A; 2RF0 A; 4HCK A; 2E5K A; 2MIO A; 1J3T A; 4D8K A; 1I1J A; 1FMK A; 1W6X A; 2CT3 A; 2J6O A; 2KYB A; 2C0T A; 2MOX A; 2W0Z A; 4AFS C; 2LZ6 B; 1RLQ C; 4HVW A; 2CDT A; 1QWF A; 4D8D A; 1ZSG A; 1HJD A; 2AZS A; 2BZY A; 2F2X A; 1YNZ A; 1VYU A; 1T0H A; 4QT7 A; 1PKS A; 2EVR A; 1NLO C; 2RQV A; 1G83 A; 1HD3 A; 2L3Q A; 2HSP A; 1SHG A; 3UAT A; 3H41 A; 1A0N B; 4AFQ C; 1WDX A; 1MV0 B; 4WCI A; 2AKK A; 2GTJ A; 3EHQ A; 3I35 A; 2KT8 A; 1X69 A; 2ESW A; 2RQW A; 1UG1 A; 1QWE A; 2OJ2 A; 4IIM A; 1QKX A; 2ENM A; 3VS0 A; 1ABO A; 1S1N A; 1U3O A; 2KBT A; 4J9E A; 1ARK A; 2KXC A; 1B07 A; 3JV3 A; 1TUC A; 1YP5 A; 2KRM A; 1OV3 A; 4JJD A; 3I5S A; 1WIE A; 1E7O A; 4KRT A; 1I07 A; 2VVK A; 3I9Q A; 4EIK A; 2RPN A; 4LUE A; 3M0T A; 2K7A A; 3UA6 A; 5IXB A; 2ROL A; 5HCK A; 4F16 A; 4OMM A; 1GFD A; 4JJB A; 4F14 A; 1UE9 A; 1UEC A; 1PRM C; 2A08 A; 1TUD A; 4HXJ A; 2V1R A; 2EGE A; 1MUZ A; 2C0I A; 1ZUK A; 2LMJ A; 2EYY A; 1UTI A; 1BBZ A; 1QLY A; 2DE0 X; 1UGV A; 4JZ4 A; 4RTU A; 2D8J A; 1JXM A; 1XOV A; 2CSI A; 1AWX A; 1PHT A; 2CRE A; 4R0K A; 2YSQ A; 1KSW A; 4JPB W; 3EG2 A; 4ZNX A; 2FPE A; 3A98 A; 2EBP A; 3VS1 A; 1G2B A; 1JQQ A; 5FWC A; 2HBW A; 1OPL A; 2O31 A; 4FSS A; 4DEY A; 2L0A A; 2X3X D; 1Z9Z A; 5I22 A; 1KFZ A; 1SSH A; 1QCF A; 1UUE A; 1K1Z A; 1VA7 A; 2LCS A; 2GNC A; 3U23 A; 2CH4 W; 4AG2 C; 1X2Q A; 1K9A A; 2PNI A; 4GLM A; 2DVJ A; 2K6D A; 1OOT A; 2LQW A; 3VRY A; 2VWF A; 3VS5 A; 2YUP A; 1GBR A; 1RUW A; 1WI7 A; 1H92 A; 1JEG A; 4J9H A; 2DF6 A; 2ED0 A; 1WA7 A; 2NUZ A; 2EYZ A; 2JMA A; 4JZ3 A; 2EGC A; 2PZ1 A; 2GBQ A; 2H8H A; 5IH2 A; 2RQT A; 4IIO A; 4DEX A; 3O5Z A; 1GFC A; 1M3B A; 1WXT A; 3EG1 A; 2SEM A; 4Z89 A; 2BZ8 A; 1AVZ C; 1CKB A; 2RN8 A; 1ZBJ A; 1PWT A; 1BU1 A; 4J9G A; 4AFZ C; 4OMN A; 1N5Z A; 4X1V A; 1GBQ A; 1NLP C; 1JXO A; 2ROT A; 1ABQ A; 1SEM A; 2G6F X; 1PRL C; 1AWJ A; 2J6K A; 4CC7 A; 3EGU A; 1NEB A; 2LNH B; 4ORZ A; 2KNB B; 1M3C A; 4RTY A; 2KGT A; 2FPD A; 1W1F A; 2RNA A; 3H0I A; 2LJ3 A; 2YUQ A; 3GBQ A; 1E6H A; 2DLP A; 2KRS A; 2JMC A; 2KE9 A; 4RTW A; 2GQI A; 2KRN A; 5EC7 A; 3M0U A; 1GL5 A; 3EG3 A; 1NM7 A; 1UHF A; 2FG0 A; 2D8H A; 2DBM A; 2K9G A; 2JTE A; 4RUG A; 2EQI A; 2LQN A; 2RQR A; 4J9I A; 1BK2 A; 4RTV A; 1U06 A; 2JM9 A; 4LNP A; 1SRM A; 4RTX A; 3UA7 A; 2FEI A; 2PTK A; 2C0O A; 2YUO A; 1T0J A; 4CC3 A; 5FW9 A; 2DX1 A; 3REB B; 2KYM A; 1WXB A; 4OMO A; 3ULR B; 2K3B A; 4K11 A; 2K79 A; 2DL5 A; 2BTT A; 1AWO A; 2JXB A; 1X6B A; 4AFU C; 1GCP A; 1ZLM A; 4J9C A; 1M8M A; 3RBB B; 3VS7 A; 1Y0M A; 3SHW A; 2DMO A; 3LH5 A; 1SHF A; 2JS0 A; 2JT4 A; 4F17 A; 1AEY A; 2IIM A; 2GGR A; 2FRY A; 2LP5 A; 4A63 B; 3KFV A; 1GRI A; 4RTT A; 2K2M A; 2EKH A; 2LJ1 A; 2NWM A; 4M4Z A; 2DYB A; 2P4R A; 1K76 A; 4LUD A; 2J7I A; 2YDL A; 2YUN A; 3M0R A; 3TVT A; 2DM1 A; 3VS6 A; 2AKL A; 2M51 A; 2LX7 A; 2DJQ A; 1NEG A; 2D1X A; 2F2W A; 5IHI A; 2EGA A; 3UF4 A; 1NG2 A; 2FPF A; 1OEB A; 3NGP A; 4CC2 A; 2A36 A; 2O9S A; 2J05 A; 3VS2 A; 2DL8 A; 2VKN A; 3REA B; 1JO8 A; 4ESR A; 1UHC A; 2KR3 A; 2ED1 A; 1X27 A; 2DA9 A; 2HCK A; 4LN2 A; 1V1C A; 2CT4 A; 2A37 A; 3RNJ A; 1FYN A; 1H8K A; 1X6G A; 2DL4 A; 2FRW A; 1K0S A; 3PE0 A; 2ECZ A; 1AZE A; 1LCK A; 1K0X A; 1HSQ A; 1YWO A; 3PVL A; 1WYX A; 3THK A; 3QWX X; 5I11 A; 2DL3 A; 2JS2 A; 2DL7 A; 2DNU A; 1ZX6 A; 1RLP C; 2YT6 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2XG8 D; 1BB9 A; 2V26 A; 3TQ7 P; 1M30 A; 2SRC A; 3UT1 A; 3LYI A; 1WHL A; 1H64 1; 1GCQ A; 2Z0W A; 1QVP A; 2RB6 A; 1VIE A; 3OYD A; 4E7K A; 2EYX A; 3H0F A; 2KSS A; 2RM4 A; 3M5A A; 3JCM h; 1GCQ C; 3T9N A; 1FXX A; 2HEQ A; 5GAN 6; 4JS5 A; 1AOJ A; 2DZC A; 1IO6 A; 4VUB A; 2MCN A; 4B6M A; 5GMK m; 5J39 A; 5KCH A; 1YCS B; 1KJW A; 5GAN g; 4PJO F; 2QGF B; 4QQ6 A; 3I5R A; 2CUD A; 1ZBX A; 1PC0 A; 1Z9Q A; 2C06 A; 2O88 A; 3CCJ A; 1VQ9 T; 1E6G A; 1EFN A; 1MND A; 4KH1 B; 3EGD B; 2RQU A; 4CRI A; 4HA8 A; 3SEM A; 3SWN C; 4PNO A; 4LDW A; 4LDX A; 5GAN 3; 1UEB A; 3X28 B; 2DZ9 A; 1HXD A; 2D0N A; 1K9M U; 4LXC A; 2E3I A; 2RJC A; 2DKG A; 3FJ5 A; 1YIJ A; 2LNV A; 3EFS A; 3V8K A; 4ATO A; 2RMO A; 1M1K U; 2G3R A; 2HBP A; 1K4U S; 3NPF A; 1RI9 A; 3V7S A; 3DLM A; 3QO3 A; 2EIF A; 1RI0 A; 1OPK A; 3QDR B; 4PLI A; 3ZEH A; 4RTZ A; 4JLG A; 5KYW B; 2DD4 A; 1M8V A; 3M0P A; 4BAC A; 2JM8 A; 4PKC C; 2O4X A; 1WJR A; 1WFW A; 2QAS A; 2DXU A; 1W70 A; 1AD5 A; 4J9F A; 5KYN A; 3N5B B; 3R6O A; 1NJI R; 5IHN A; 1VUB A; 2DRM A; 3OYY A; 1LVK A; 4WTO B; 1WX6 A; 3JCM W; 1I0C A; 2V1Q A; 1QKW A; 3M0S A; 2J06 A; 5HKC A; 5HK0 A; 1W2B A; 2E5K A; 3CCL A; 2VXE A; 2NUP B; 3PMI A; 1ZSZ A; 4F7U A; 1I1J A; 1FMK A; 4Z02 A; 2MOX A; 2QEX T; 5GMK i; 3EGX B; 2QGG A; 3CCJ Q; 1HJD A; 2AZS A; 3V8L A; 1YI2 A; 1KC8 R; 4M7A C; 2E70 A; 4DQ2 A; 1OU8 A; 1PKS A; 4QT7 A; 1NLO C; 1RAI B; 3JCM f; 3CC4 A; 3M4Y A; 2Y4Y A; 3CCE A; 4PJO B; 4FW1 A; 3H41 A; 1YIJ Q; 2CZ6 B; 5GMK j; 4A4K A; 1G8X A; 2AKK A; 1YI2 T; 2CYZ B; 1YIT A; 5GAN d; 3M57 A; 2OJ2 A; 2F5K A; 3OYK A; 4M77 C; 2ENM A; 4C92 G; 2E10 A; 3VS0 A; 3CC4 T; 1VQO T; 5GAM e; 1ARK A; 3OS2 A; 3LX7 A; 2JJ9 A; 2ZPB B; 3MEU A; 3JB9 D; 3CME A; 4M7D F; 3JCM X; 1M90 C; 2XDB A; 4ANJ A; 3EFO B; 3P8B B; 2DET A; 2YRV A; 2RPN A; 2K7A A; 1FMV A; 3UA6 A; 2ROL A; 5HCK A; 4C8Q G; 1GFD A; 3EH1 A; 4JJB A; 1UE9 A; 1UEC A; 1PRM C; 2A08 A; 2RD1 A; 2MWP A; 2HQX A; 1MUZ A; 3HPW A; 3RES A; 1C6V X; 4XTU A; 1KK7 A; 3PFS A; 1UTI A; 1BBZ A; 5GAM h; 3CCL Q; 4MDW A; 3OYA A; 3DLL A; 1XOV A; 1JXM A; 1Y96 A; 3QYH B; 2HKQ B; 1PHT A; 3OYH A; 1YI2 Q; 2E64 A; 2LTO A; 3L1A A; 4UC4 A; 2FPE A; 2QK0 A; 4ZTJ A; 2LVM A; 1RAB B; 2QQA A; 4KH0 B; 3CC4 Q; 4DEY A; 3CCE Q; 1Z9Z A; 1KFZ A; 1SSH A; 3A1P A; 3M55 A; 2F69 A; 3QJ6 A; 1K1Z A; 1VA7 A; 2RO0 A; 3U23 A; 1YJW A; 2CH4 W; 3TU4 K; 3RDV A; 1K9A A; 2JZ2 A; 1YIT Q; 1H92 A; 4J9H A; 1N8R C; 1WA7 A; 3CPF A; 2EYZ A; 2JMA A; 4JZ3 A; 2PZ1 A; 3GP8 A; 3CME Q; 2VV5 A; 2RQT A; 4OVA A; 4FSX A; 1GFC A; 1M3B A; 2BIV A; 3OW2 A; 4Z89 A; 1X01 A; 2BZ8 A; 3EFR A; 3QPH A; 3LGL A; 2E65 A; 2LCC A; 3HSB A; 1DJ7 B; 3PT9 A; 1N5Z A; 1NLP C; 2HMA A; 2LDM A; 2QG9 B; 3G6E T; 1D09 B; 2YHT A; 4HKE A; 3MET A; 3OYJ A; 1NEB A; 3KUF A; 1PSE A; 1M3C A; 3LLR A; 2RI3 A; 1Y71 A; 4B9W A; 1M2O A; 2P0P A; 1VQK A; 3J7A F; 2KRS A; 2EQJ A; 3MEA A; 2RJE A; 2KE9 A; 2KRN A; 2WSC E; 1GL5 A; 1UHF A; 1IGQ A; 4RUG A; 2K5L A; 4RTV A; 1YJW Q; 1U06 A; 3S3M A; 4C92 D; 4Y91 A; 4RKU E; 5KYY A; 5CAI A; 2O4X B; 3UA7 A; 2FEI A; 5GAM f; 2C0O A; 1T0J A; 4JUV A; 4CC3 A; 2DX1 A; 4C0F A; 2EQK A; 1R0B G; 4RMO A; 1AWO A; 2JXB A; 2OAU A; 1X6B A; 2FYK A; 4PJO E; 1GCP A; 2LT4 A; 3SHW A; 3BE3 A; 1M1K C; 4C8Q D; 3BW1 A; 2JS0 A; 2PVD B; 2M02 A; 3RUX A; 2IIM A; 3CPW P; 4FM4 B; 2BUD A; 1Q82 C; 2HQE A; 5AYF A; 2PU9 B; 2QXF A; 4LUD A; 4QQD A; 2QAZ A; 3I55 A; 4AT1 B; 4F7U B; 4M7A B; 4LDV A; 1MMN A; 1R0C B; 2JUF A; 2DXT A; 2YRC A; 4R55 A; 2LX7 A; 1NEG A; 2F2W A; 5IHI A; 1WHM A; 1M2V A; 4F7U G; 3E2U A; 8ATC B; 1JJ2 S; 4M7A G; 2FB7 A; 3RIR A; 4OP0 A; 1JO8 A; 4ESR A; 3JAM E; 2KR3 A; 2ED1 A; 1Q7Y C; 4IUT A; 1K8A C; 1VQK Q; 1D1B A; 1V1C A; 4IUV A; 4M78 D; 3C94 A; 2HKN A; 2FZC B; 1D0X A; 3CD6 T; 1IZ6 A; 1K0S A; 1XNI A; 4O5V A; 4X9C A; 4P5N A; 1U1S A; 3X24 B; 1V29 B; 2QQS A; 4ZN3 A; 2K3X A; 3THK A; 2DL3 A; 2JS2 A; 4M77 G; 2DL7 A; 4DBQ A; 5GMK l; 3NTI A; 3G7Z A; 3WVE B; 1QVG P; 1RLP C; 3UPU A; 5CO7 A; 3RKY A; 1T3S A; 2CZ1 B; 3QKJ A; 2DTO A; 3A8O B; 4IUR A; 3M0Q A; 2DIG A; 3OYG A; 3L2Q A; 2KT1 A; 1IB8 A; 1NJI U; 2KXD A; 3VUB A; 3I55 Q; 3J80 E; 1X43 A; 2K4Y A; 2VXF A; 1M90 U; 4FYY B; 2KRO A; 1Y96 B; 3G4S A; 2RHY A; 3M56 A; 3CCR T; 2ABL A; 1WLP B; 4OGC A; 1ZUU A; 2QTX A; 4C92 A; 3QBY A; 2XDP A; 1BIA A; 2RHU A; 3NHN A; 5GJV B; 1KIK A; 5IXF A; 2DXC A; 1EZZ B; 1Q81 R; 3OQ5 A; 2GCX A; 3QXE B; 2A7Y A; 3F70 A; 2VUB A; 2W10 A; 1VOM A; 4J9D A; 3RMQ A; 2QI2 A; 1WHJ A; 2XMF A; 3TSW A; 2QDL A; 1KC8 U; 4C0G A; 4M7D E; 4C8Q A; 2EYW A; 2MAM A; 3QWY A; 4PFP A; 3VU3 C; 1UFF A; 3PTA A; 1SPK A; 2CH4 A; 4MMK A; 1MV3 A; 2L3S A; 4AG1 C; 4A4H A; 3HRU A; 1PSF A; 2L3P A; 1O9S A; 2FZG B; 2JW4 A; 2DRK A; 5LJ3 e; 2CP3 A; 1ZA1 B; 3PGG A; 3V7C A; 3VS3 A; 2O2O A; 1ZA2 B; 4ELZ C; 2HQH A; 3CPW A; 4LD9 K; 1N9R A; 1V76 A; 1CSK A; 3HP9 A; 1H3H A; 2OI3 A; 1M1F A; 1VQ5 T; 1VYV A; 5GAM g; 3VRZ A; 1YN8 A; 5A0G A; 1AZG B; 4GBQ A; 3HRS A; 4ZGJ B; 5A0D A; 4Q5W A; 1I4K 1; 3M54 A; 3CCS T; 4FW2 A; 1Q86 R; 5LJ3 h; 2HDA A; 2F2V A; 3OYL A; 1Y07 A; 2JN0 A; 1ZUY A; 3A8H B; 2L2P A; 4M78 A; 3VS4 A; 2B86 A; 2O9V A; 1IHV A; 3PIP A; 5KE3 A; 2X51 A; 2L5Q A; 2RF0 A; 3G4S Q; 2M1H A; 4HCK A; 1WHK A; 3CC7 T; 1WQW A; 2EQM A; 2MIO A; 2MK5 A; 3GIB A; 4D8K A; 2KYB A; 2J6O A; 1W6X A; 4M78 C; 4AFS C; 2C0T A; 1RLQ C; 3FLG A; 2CDT A; 1NPR A; 5CK9 A; 3TRE A; 2K57 A; 5CQX A; 1T0H A; 3KBG A; 1G3S A; 2KVQ G; 2EVR A; 4A54 A; 2WSF E; 3H8Z A; 4X9D A; 3JCM c; 2L3Q A; 3M9Q A; 1SHG A; 1MNE A; 1Q95 G; 2K2V A; 2PVO B; 1QVG A; 5KYY B; 4AFQ C; 1MV0 B; 4NOY A; 4E7Z A; 3JB9 G; 4M77 D; 1VQ9 A; 1K73 C; 5GAN 4; 2XD0 A; 3EHQ A; 4BI3 A; 1TH7 A; 2RQW A; 2X4X A; 4KUL A; 4M75 C; 1KD1 R; 2XKO C; 4J9E A; 2NYS A; 3SWN A; 4C92 F; 2DEU A; 3HRT A; 1FX7 A; 3JV3 A; 1TUC A; 1YP5 A; 3SDZ A; 2QA4 A; 1MHN A; 2NUT A; 4XTV A; 1VQP T; 4FU6 A; 5KCO A; 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