The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
6
|
sequence length |
60
|
structure length |
60
|
Chain Sequence |
GRVRWARALYDFEALEEDELGFRSGEVVEVLDSSNPSWWTGRLHNKLGLFPANYVAPMMR
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structural Basis for Specific Binding of the Gads SH3 Domain to an Rxxk Motif-Containing Slp-76 Peptide: A Novel Mode of Peptide Recognition
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
GRB2-RELATED ADAPTOR PROTEIN 2
|
| molecule tags |
Protein binding
|
| source organism |
Mus musculus
|
| total genus |
6
|
| structure length |
60
|
| sequence length |
60
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2002-09-03 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00018 | SH3_1 | SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5IHI A; 3M0P A; 1Z9Z A; 1RLP C; 2BZY A; 2NUZ A; 1UG1 A; 2V1R A; 1WXU A; 2DE0 X; 2CDT A; 2O9S A; 2K3B A; 2L2P A; 1ARK A; 2D0N A; 2EYW A; 4JJB A; 1TUD A; 1OV3 A; 2GGR A; 4R0K A; 1FMK A; 1YCS B; 2EGE A; 4AFU C; 1WLP B; 2LJ3 A; 4HVV A; 1KSW A; 2JW4 A; 1QWF A; 2AZS A; 2J06 A; 2K7A A; 2LP5 A; 3M0R A; 2A36 A; 1TUC A; 2ED1 A; 3UAT A; 2RNA A; 1A0N B; 4RTT A; 2DA9 A; 4JJC A; 5IXB A; 2GNC A; 1T3S A; 4DEX A; 1NYG A; 2KGT A; 3REA B; 1JQQ A; 1GCP A; 1IO6 A; 4J9H A; 5L23 A; 1BK2 A; 2BZ8 A; 5GJV B; 3U23 A; 4WCI A; 2VWF A; 2A08 A; 1UHC A; 2CUD A; 2AKL A; 2YUN A; 2EKH A; 3NHN A; 2M51 A; 1M3C A; 1BBZ A; 1VYV A; 1ZBJ A; 4LE9 A; 2MCN A; 1MUZ A; 2CSI A; 1G2B A; 2KYB A; 1K0X A; 2CUB A; 2GBQ A; 2FPF A; 1YWO A; 1NLO C; 1H3H A; 2EYY A; 2EYZ A; 2VKN A; 4Z88 A; 1AZE A; 1QLY A; 4OMM A; 4J9B A; 1JO8 A; 2E5K A; 4RTZ A; 1N5Z A; 2J6O A; 1VA7 A; 3M0Q A; 4J9F A; 3EG3 A; 4HVW A; 1PRM C; 1NLP C; 1UTI A; 5IXF A; 1WFW A; 1U06 A; 3EG0 A; 2LMJ A; 1UGV A; 1W6X A; 2C0I A; 3VS3 A; 1RLQ C; 2JM9 A; 3TVT A; 1K4U S; 2KT1 A; 2KEA A; 2EPD A; 3I35 A; 3VRY A; 1X27 A; 1WXT A; 3NPF A; 1HSQ A; 2RN8 A; 1YNZ A; 1AWW A; 2L3Q A; 1KIK A; 2IIM A; 1J3T A; 3I9Q A; 3TSZ A; 1I1J A; 2X3X D; 1JXM A; 2DBK A; 2GTJ A; 4OMN A; 2I0N A; 1TG0 A; 2JMA A; 2KR3 A; 2FG0 A; 1UDL A; 2KRN A; 1NEG A; 2OI3 A; 4AFZ C; 3REB B; 4Y92 A; 1ZUY A; 3FJ5 A; 3VS2 A; 4F16 A; 2KRM A; 2O9V A; 3I5R A; 1K0S A; 4ESR A; 1X2Q A; 1NYF A; 1YN8 A; 2K6D A; 3VS7 A; 1SRL A; 2X3W D; 4QT7 A; 1YWP A; 2D1X A; 2BTT A; 2LJ0 A; 1AWJ A; 1W1F A; 2EW3 A; 1I0C A; 1CSK A; 3C0C A; 1LCK A; 4JZ3 A; 4OMO A; 1T0H A; 5FW9 A; 2ROL A; 1GRI A; 2CH4 A; 2CH4 W; 4LUD A; 4HCK A; 1JXO A; 3VS0 A; 2KYM A; 1I07 A; 2JS0 A; 4ORZ A; 4RTW A; 2GTO A; 2D8H A; 1JEG A; 2F2X A; 2C0T A; 2PTK A; 3H0I A; 3ULR B; 2K2M A; 3TSW A; 2RQU A; 2DIL A; 4RTU A; 2DNU A; 3PVL A; 3JV3 A; 3M0T A; 2FEI A; 2HBW A; 1BU1 A; 5EC7 A; 1PKS A; 1Y0M A; 4D8K A; 1H8K A; 1SSH A; 3LH5 A; 2DVJ A; 3VS6 A; 2DL8 A; 2ESW A; 2JTE A; 1CKA A; 2YUQ A; 3EHQ A; 2KT8 A; 4LUE A; 3UA7 A; 3H41 A; 2KXD A; 2FPD A; 3SEM A; 3PVQ A; 1RUW A; 2RPN A; 2EGC A; 2CT3 A; 1MV3 A; 1FYN A; 1M3B A; 1UUE A; 2ECZ A; 5IHK A; 3SHW A; 1GCQ A; 2EBP A; 2EQI A; 4E6R A; 4J9E A; 2J6K A; 4FSS A; 1AWO A; 1MV0 B; 1W70 A; 1ZUK A; 4J9D A; 1X43 A; 1EFN A; 2P4R A; 3H0F A; 4OMP A; 2O2O A; 3VRZ A; 4J9G A; 4ZNX A; 4JPB W; 2DL4 A; 1PKT A; 1QKX A; 2DMO A; 2GQI A; 4EIK A; 2SRC A; 4RTV A; 1SPK A; 1G83 A; 1ZLM A; 2LQN A; 1E6G A; 4LNP A; 4Z89 A; 2J6F A; 1OPK A; 2PZ1 A; 1K1Z A; 3KFV A; 2YDL A; 1UE9 A; 1OEB A; 1H92 A; 1VYT A; 5IH2 A; 2QDL A; 2DLP A; 1SHG A; 2RQW A; 2EVR A; 1GBQ A; 1OPL A; 1CKB A; 1QKW A; 2JM8 A; 3A98 A; 1M27 C; 1M8M A; 4CC7 A; 1WI7 A; 2YT6 A; 1VYU A; 4RTX A; 2KXC A; 2LNH B; 1NEB A; 4AG2 C; 1UHF A; 2JXB A; 3QWX X; 2AK5 A; 5GJW B; 3I5S A; 1UJ0 A; 1GL5 A; 2OAW A; 1KJW A; 2J05 A; 2DBM A; 3M0U A; 2K79 A; 2FPE A; 2KRO A; 4CC4 B; 2FRW A; 2V1Q A; 2K9G A; 4J9I A; 2W10 A; 2DRK A; 2BZX A; 2D8J A; 5FWB A; 2MOX A; 5I22 A; 1Z9Q A; 1UJY A; 1SHF A; 1YP5 A; 2L0A A; 4LN2 A; 3UF4 A; 1AD5 A; 1U3O A; 2O31 A; 4CC2 A; 3CQT A; 1BB9 A; 1PNJ A; 1T3L A; 2HSP A; 2VVK A; 2JMC A; 4OMQ A; 1X6B A; 1KFZ A; 3THK A; 1AZG B; 1PHT A; 3UA6 A; 3VS4 A; 1GFC A; 2DL3 A; 2LZ6 B; 3GBQ A; 3VS1 A; 1GCQ C; 2F2W A; 2AKK A; 4F14 A; 2L3P A; 2KE9 A; 2W0Z A; 2CSQ A; 2ENM A; 2HEQ A; 1HD3 A; 2AZV A; 1U5S A; 1ZUU A; 3EHR A; 2DYB A; 1AVZ C; 2DF6 A; 2DL5 A; 2ROT A; 3O5Z A; 1B07 A; 3ZL7 C; 2MIO A; 1XOV A; 2YUP A; 1AWX A; 1K9A A; 4RTY A; 5I11 A; 1PRL C; 2M0Y A; 2KBT A; 2J7I A; 3VS5 A; 1AEY A; 3NGP A; 2YUO A; 2FO0 A; 2RMO A; 1GBR A; 2A37 A; 4JZ4 A; 2G6F X; 2HDA A; 1JU5 C; 1SEM A; 4JJD A; 1X6G A; 1B3Q A; 1SRM A; 4J9C A; 1WYX A; 4HVU A; 2SEM A; 1S1N A; 1WXB A; 2LJ1 A; 2RQV A; 4M4Z A; 4HXJ A; 3RBB B; 4KRT A; 2CT4 A; 2EGA A; 2DJQ A; 5IHN A; 1RI9 A; 1QCF A; 3EG1 A; 3NMZ C; 2RQT A; 2A28 A; 2KRS A; 4D8D A; 1ZSG A; 2YSQ A; 1WIE A; 1Y57 A; 3PE0 A; 3IQL A; 2NWM A; 3RNJ A; 4F17 A; 2CRE A; 1PWT A; 2KNB B; 2LX7 A; 1WDX A; 2HCK A; 4GBQ A; 4A63 B; 2C0O A; 4GLM A; 2LCS A; 1UEC A; 2JS2 A; 1HJD A; 2OJ2 A; 1NM7 A; 2H8H A; 2RQR A; 1X2K A; 3R6N A; 2LQW A; 2XMF A; 4CC3 A; 1X69 A; 5FWC A; 1UFF A; 2L3S A; 4K11 A; 4DEY A; 2RF0 A; 1WX6 A; 4X1V A; 1ABQ A; 2ED0 A; 1WA7 A; 1ZX6 A; 4RUG A; 3M0S A; 5ECA A; 3QWY A; 4AFQ C; 1M30 A; 2EYX A; 4AG1 C; 1QWE A; 4AFS C; 4IIO A; 3H0H A; 2FRY A; 2DRM A; 1K76 A; 5HCK A; 3EGU A; 1E6H A; 1E7O A; 2ABL A; 1M3A A; 1NG2 A; 2DX1 A; 2B86 A; 2JT4 A; 2DM1 A; 2DL7 A; 2PNI A; 4OML A; 4Z8A A; 4IIM A; 1AOJ A; 2O88 A; 1OOT A; 2F2V A; 1T0J A; 3EG2 A; 1GFD A; 1ABO A; 1V1C A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1RAD B; 3SD4 A; 4A4F A; 5IHI A; 4M7D F; 1VQ8 T; 1RLP C; 1NPP A; 1MMD A; 3VUB A; 1NE8 A; 1M1K C; 2O9S A; 3JCM h; 2L2P A; 1BIB A; 4KBM B; 4PK4 A; 2H3E B; 2QA4 T; 2GGR A; 1JB0 E; 2EWN A; 4R0K A; 4HVV A; 1KSW A; 2JW4 A; 2RJD A; 5IN1 A; 2AZS A; 2DZ9 A; 3SDZ A; 3M0R A; 1TUC A; 3WVE B; 1TOV A; 1RAI B; 2DA9 A; 2CP6 A; 1KC8 C; 2O4X B; 2GNC A; 4DEX A; 1M1F A; 2LRQ A; 2FZG B; 1ACM B; 4J9H A; 3VYG A; 3EFO B; 5L23 A; 3V8L A; 3U23 A; 4WCI A; 4PJO D; 1I81 A; 2MWO A; 1VQ8 A; 2A08 A; 1UHC A; 2CUD A; 4C5G A; 3BDU A; 5D6W A; 4JRK A; 2L3R A; 5LJ5 j; 2QA4 A; 1VQ7 A; 2DTO A; 2CSI A; 1UGQ B; 2XID A; 3OS2 A; 4M75 G; 4N4I A; 2HZY A; 3DB3 A; 1QVF A; 3TQ7 P; 3X25 B; 1WQ7 A; 5CKH A; 2EYZ A; 2VKN A; 3G7Z A; 4M7D E; 1RI0 A; 1MHN A; 2XD0 A; 4FM4 B; 4OMM A; 4J9B A; 1N5Z A; 1VQP T; 1VA7 A; 4J9F A; 3CME A; 1Q7Y R; 3P8D A; 3CCM Q; 3EFS A; 5D6X A; 3OS1 A; 1U06 A; 2RHU A; 1QVG A; 1W6X A; 2Z0W A; 3TVT A; 2YLC A; 2PU9 B; 2KT1 A; 2KEA A; 4M7A D; 2EPD A; 2R58 A; 1X27 A; 1W2B P; 4LD6 A; 3MJX A; 4MZT A; 3VUZ A; 2C06 A; 1HK9 A; 1KIK A; 2IIM A; 1J3T A; 1RAG B; 1SSF A; 1QP2 A; 3TSZ A; 2HQX A; 3QJY A; 4E7Z A; 2X3X D; 1Q7Y U; 5CR2 A; 2GTJ A; 3RKW A; 4FU6 A; 5LJ3 e; 1TG0 A; 3CXC S; 1N8R R; 1VQP A; 4PJO A; 4J6W A; 2OI3 A; 4RG2 A; 4Y92 A; 1ZUY A; 2QQS A; 3J81 E; 2KRM A; 4PLL A; 3I5R A; 4ESR A; 3JCM V; 2K5F A; 5KYY A; 3VS7 A; 3JAM E; 4LD9 K; 1SG5 A; 5L8R E; 2D1X A; 2BTT A; 2DIQ A; 2DZC A; 2EW3 A; 3OS0 A; 1D0Z A; 1IHV A; 5FU7 B; 3JRZ A; 1LCK A; 1UGS B; 1N8R U; 4BY6 B; 4HCK A; 1JXO A; 3OYJ A; 2E5Q A; 2KYM A; 4HCC A; 2MWP A; 4J7F A; 4ORZ A; 2D8H A; 5HK3 A; 4JRP A; 1Q7Y C; 4PJO B; 5FU6 C; 2F2X A; 4XU2 A; 2QAS A; 1Q86 R; 1UEB A; 3OS5 A; 4LDV A; 4M7A A; 2CP2 A; 2K2M A; 4NS5 A; 4JLG A; 4EDU A; 2DNU A; 1K8A R; 1MGQ A; 3H6Z A; 3WXM B; 1ZA2 B; 2K5I A; 1N27 A; 1Y0M A; 3LH5 A; 2ESW A; 2QQA A; 2RH2 A; 1KD1 R; 4BDZ A; 4PJO G; 5GAM d; 3CEY A; 3JCM f; 2FHD A; 2V8J A; 2KXD A; 2FPD A; 2ZPH B; 1N8R C; 4XU0 A; 1R8O B; 3PVQ A; 4PJN A; 3PMI A; 1MV3 A; 2EBP A; 4ZGJ B; 1K8A U; 1AWO A; 3MET A; 1KQ2 A; 4KGX B; 3LLR A; 1VQ4 A; 1WHL A; 4M7A B; 4J9G A; 1YJN T; 4EMK C; 3CD6 Q; 3UPU A; 1KD1 U; 4C0F A; 1D09 B; 2M16 A; 4BAC A; 3FC3 A; 3M4G A; 2HAX A; 2DTH A; 2NUP A; 1X75 C; 3HTR A; 4BB7 A; 2RHX A; 3CCV T; 3CBO A; 2F1L A; 4M7A G; 2HQE A; 3E1S A; 3G1J A; 4LDX A; 1GBQ A; 4JJN K; 2X4Y A; 2CZ6 B; 4E7H A; 1VQ5 T; 4XTU A; 1G3T A; 1M27 C; 1YJN A; 4CC7 A; 2K3Y A; 1VYU A; 1K8A C; 2E3I A; 4RTX A; 2KXC A; 1OYX A; 4QW2 A; 1HYO A; 3S3N A; 2JXB A; 4LDY A; 2AK5 A; 2DD4 A; 1YBY A; 1I5L A; 1KD1 C; 2CP0 A; 1VQ9 A; 2NUP B; 3FEO A; 1VQ8 Q; 4F7U B; 2VXF A; 2MOX A; 3OYC A; 5GAN 5; 1VQ5 A; 1QVF P; 3URG A; 4DOW A; 2RHY A; 1IRX A; 2L0A A; 4C5H A; 3OW2 S; 2O31 A; 4PFO A; 1H3Z A; 3V8J A; 4CC2 A; 1VQM T; 2OX7 A; 2QYZ A; 1T3L A; 2HSP A; 3OYF A; 3HP9 A; 1BI0 A; 4M77 A; 2JVV A; 4HKE A; 1AZG B; 1QP3 A; 2L5Q A; 1YJ9 A; 3VV0 A; 1MMA A; 4F7U G; 3GBQ A; 1KQS A; 1QVG P; 2PVD B; 1YIT T; 1SF9 A; 2WSE E; 2L3P A; 2KE9 A; 1IHW A; 4XTW A; 1HD3 A; 3VU3 C; 5GAM h; 2JN0 A; 4ME7 A; 1VQM A; 4CRI A; 5KE2 A; 3O5Z A; 1B07 A; 5GAN 8; 4OMF B; 4FYX B; 2MI6 A; 4MZP A; 4RTY A; 2LCL A; 4D6W A; 2KBT A; 2J7I A; 4M77 B; 1AEY A; 2VC8 A; 1FWZ A; 1YIT A; 3M57 A; 2VV5 A; 2ZCF B; 1X6O A; 1KHI A; 1I4K 1; 1BKB A; 3A5Z B; 1D0Y A; 2XHC A; 3HRU A; 4C8Q D; 7AT1 B; 2YLB A; 2YXY A; 4JJD A; 1X6G A; 3SWN A; 3MP6 A; 4J9C A; 1TU0 B; 4F04 B; 3OYM A; 2SEM A; 2FVU A; 4M4Z A; 4HXJ A; 2JJ9 A; 2DET A; 2ZPI B; 3AHU A; 3RBB B; 1QCF A; 2RQT A; 2A28 A; 5HY6 A; 5CK9 A; 2DJZ A; 3CPW P; 1ZSG A; 2YSQ A; 3PE0 A; 3IQL A; 3OBY A; 2CRE A; 2XDD A; 3G6E T; 2I2L A; 2X35 A; 3QZ5 B; 1OX8 A; 4Y91 A; 4L5G A; 4C8Q C; 2DIG A; 3CCJ Q; 5LJ3 h; 3CCM T; 2LCS A; 2JS2 A; 4ZGD B; 3H8Z A; 4BUG A; 2OJ2 A; 2RQR A; 3R6N A; 3SWN B; 2XMF A; 1X69 A; 5KYW A; 1UFF A; 4JS5 A; 3P8H A; 4K11 A; 1ABQ A; 4GLK A; 3FJP A; 4UC4 A; 5GAN j; 2L89 A; 1ZX6 A; 1EZZ B; 3QWY A; 1QWE A; 4AFS C; 4JDS A; 2EJF A; 3TU4 K; 1EX4 A; 5D6Y A; 5IAY A; 2DRM A; 2E65 A; 1RL2 A; 3I56 T; 2OTL T; 1K76 A; 2R57 A; 5C0M A; 2DER A; 2JNG A; 1U1T A; 4WF2 A; 1NG2 A; 3CCM A; 2B86 A; 2DM1 A; 4KGZ B; 2PNI A; 3FDR A; 4JS4 A; 3UDC A; 1K9M C; 1AOJ A; 2O88 A; 2M02 A; 1V1C A; 2L8D A; 4JRI A; 3CBP A; 4OB1 B; 4DQ2 A; 5GAM g; 2BZY A; 3OMC A; 4OGE A; 1UG1 A; 4E47 A; 4KH1 B; 2DE0 X; 4V2S A; 5KYW B; 2BUD A; 3ZEH A; 5KYX A; 2D0N A; 3HSB A; 1W2B A; 2OTL A; 1OV3 A; 5LJ5 d; 1YCS B; 2EGE A; 4M78 D; 1WLP B; 4DA4 A; 1QWF A; 4A4E A; 2K7A A; 2P84 A; 3JB9 F; 3JCM P; 2A36 A; 1XJW B; 1NJI R; 1YJN Q; 1T3S A; 1NYG A; 2QTX A; 2CS7 A; 3REA B; 3A8L B; 1IO6 A; 1JJ2 A; 3HFN A; 1BK2 A; 3GPL A; 3JCM Q; 4VUB A; 5GJV B; 2WSF E; 1Y07 A; 2X9H A; 4RG8 A; 3V7R A; 5GAM f; 1BBZ A; 3CCV Q; 4OVA A; 2MCN A; 2E10 A; 1MUZ A; 1Y71 A; 1NJI U; 2GBQ A; 2FPF A; 1YWO A; 2EYY A; 3DKM A; 4Z88 A; 3WVD B; 2DEQ A; 4R55 A; 1HXD A; 1VQL T; 2E5K A; 4BE1 A; 2KI7 A; 2RJC A; 1QQJ A; 1D1A A; 3EG3 A; 1KQS P; 5HKC A; 3INZ A; 3FIF A; 1NLP C; 3F70 A; 3ZFJ A; 5CCA A; 2KAF A; 4N0A A; 2LMJ A; 2RK1 A; 2C0I A; 3VS3 A; 2JM9 A; 1K4U S; 4KT0 E; 1RAC B; 3RMS A; 2LT1 A; 4M78 A; 3I35 A; 3VRY A; 3X24 B; 4C92 A; 2HKN A; 1YNZ A; 2CZ7 B; 4CI0 C; 4OB0 B; 1YIJ Q; 4X9C A; 1NJI C; 1BIA A; 2DBK A; 3OYE A; 2VXE A; 1D1B A; 2IVW A; 2YRV A; 1F1B B; 2FG0 A; 3PIO A; 1NEG A; 5CIU A; 3VS2 A; 4EPC A; 3QYH B; 1D0X A; 5CKE A; 4M75 F; 3HRS A; 5LJ3 f; 3M58 A; 4QT7 A; 3OYL A; 4XAX B; 1VIF A; 4QQG A; 2CKK A; 4J8O A; 1I0C A; 2LQ8 A; 4M78 B; 2NYS A; 3A8G B; 4C92 B; 4JZ3 A; 5GAN 6; 3I55 T; 2ROL A; 1GRI A; 2CH4 W; 3OQ5 A; 2FB7 A; 2LT4 A; 3VS0 A; 2DO3 A; 5LJ5 h; 4RTW A; 2GTO A; 2RA2 A; 4XTY A; 2E12 A; 2QGF B; 1QMC A; 2DFU A; 1IGU A; 5DY9 A; 1M4Z A; 2XKO C; 4M78 G; 1O9S A; 3TSW A; 2RQU A; 4ZTJ A; 3RR6 A; 2DIL A; 3PVL A; 1OU8 A; 2FEI A; 1BU1 A; 1TUG B; 3OYA A; 1PKS A; 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