The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
5
|
sequence length |
52
|
structure length |
52
|
Chain Sequence |
MIQNFRVYYRDSRDPVWKGPAKLLWKGEGAVVIQDNSDIKVVPRRKAKIIRD
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Solution structure of the DNA binding domain of HIV-1 integrase.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
HIV-1 INTEGRASE
|
| molecule tags |
Dna binding protein
|
| source organism |
Human immunodeficiency virus 1
|
| total genus |
5
|
| structure length |
52
|
| sequence length |
52
|
| chains with identical sequence |
B
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 1995-05-12 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00552 | IN_DBD_C | Integrase DNA binding domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1QMC A; 4FW2 A; 1C1A A; 1IHV A; 5D7U A; 4FW1 A; 1C6V X; 1IHW A; 1EX4 A; 1C0M A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1OX9 A; 3OYN A; 1PCX A; 2FPF A; 3JB9 J; 2PTK A; 1OOT A; 4VUB A; 2QEX A; 2PZ1 A; 1RAH B; 2IIM A; 2RPN A; 5CIU A; 3V7S A; 4L59 A; 5CKB A; 4XTY A; 5GAM f; 3HRU A; 2VUB A; 1YJW A; 5FWB A; 3PFS A; 1T0J A; 3VRZ A; 1BB9 A; 1TUC A; 1ZSZ C; 2LZ6 B; 4IUP A; 4WCI A; 4N4I A; 4DQ2 A; 2RNA A; 1Z9Q A; 1KHC A; 2PUO B; 3M54 A; 3QDF A; 1PRM C; 2I0N A; 1VQ7 A; 5CCA A; 4PFO A; 2CDT A; 3RIR A; 4C92 A; 1UFF A; 2J6O A; 5GAO r; 2LVM A; 4XTV A; 2FZK B; 4DBR A; 2CP2 A; 3I35 A; 2V8I A; 3VUZ A; 1M90 U; 1M2V B; 2HBW A; 2RD1 A; 3BDU A; 3DLL A; 2JXB A; 4XU2 A; 4FIB A; 1AEY A; 3EGX B; 1MMG A; 2L8D A; 2KDS A; 2BZY A; 2P0K A; 3SWN B; 1MUZ A; 1I1J A; 4IIO A; 1TU0 B; 3P8H A; 2SEM A; 4NL3 A; 3G6E A; 4J8O A; 3CCL T; 5HK0 A; 5J26 A; 3C95 A; 2CP3 A; 1M90 R; 3IQL A; 2YLC A; 1B3Q A; 3CD6 A; 4M7D E; 1M3C A; 4MDX A; 2AKL A; 2J6K A; 2ECZ A; 2I2L A; 1YJW T; 1EX4 A; 2E6N A; 5GAN 4; 3S3N A; 2CZ7 B; 5IN1 A; 2OAW A; 1G3S A; 2AZS A; 2BZ8 A; 3OS5 A; 1BI2 A; 2P84 A; 3QSU A; 2R57 A; 3M53 A; 3EG3 A; 1VQO Q; 2QTX A; 2PVG B; 4M7D D; 4II1 A; 1VQ7 T; 2JZ2 A; 1Q82 U; 2RMO A; 2M9U A; 4BI3 A; 2DRM A; 4PJM A; 2D0Q B; 2JOY A; 2E4H A; 1K4U S; 6AT1 B; 1BKB A; 1SPK A; 1HSQ A; 1KIK A; 1Y0M A; 4RTX A; 4JJC A; 4JZ3 A; 1YWP A; 1YN8 A; 2ATC B; 3QII A; 2YLB A; 5CKE A; 2NUP B; 2DA9 A; 1BI3 A; 3EFO B; 1YBY A; 5GAN 2; 1WA7 A; 2AIR B; 3SFM A; 1RI0 A; 1Q82 R; 4PLL A; 4CC2 A; 1FMK A; 1HD3 A; 3MEA A; 3CBP A; 4OB3 B; 3G6E T; 1I8F A; 2KR3 A; 4J9F A; 5J39 A; 2FRW A; 1MMN A; 2CP0 A; 2DNU A; 4N0A C; 3OSS C; 2L3R A; 5AYF A; 1KD1 C; 2JM9 A; 4AG2 C; 4OML A; 5GJW B; 4LDX A; 2LNV A; 3NTI A; 4QVZ A; 4ME7 A; 4MZM A; 1X43 A; 3EHR A; 3OB9 A; 1UHC A; 4TVR A; 4ORZ A; 3CD6 T; 2JJ9 A; 5KYU B; 2RHU A; 2X4Y A; 1IHW A; 5KE2 A; 2YXY A; 1ZQ1 A; 3PVQ A; 3OYA A; 1ZBJ A; 2DBM A; 5IH2 A; 3U23 A; 2EQM A; 5IHI A; 1UE9 A; 4DA4 A; 4JUV A; 1JRI A; 3M59 A; 2RN8 A; 3CCE A; 1VQM Q; 1SRL A; 2DLP A; 2HQH A; 4AT1 B; 1V1C A; 1D0Z A; 3CPF A; 4PFP A; 1W6X A; 2EAY A; 4ZTJ A; 3GNF B; 2VKN A; 1WGS A; 2YRD A; 1T3L A; 1PD0 A; 1TUD A; 2LRQ A; 4Y91 A; 2HAX A; 3JCM Q; 1AOJ A; 2RI5 A; 3UF4 A; 5KE3 A; 4MDW A; 4M75 C; 4QQ6 A; 4LN2 A; 2LX7 A; 5DY9 A; 1AWX A; 3HRT A; 3S3M A; 1VQ5 A; 4OP0 A; 2HQE A; 2DXT A; 1KC8 U; 3HHT B; 3DB4 A; 1RAF B; 1UDL A; 3CME Q; 1G5V A; 4E7K A; 4M75 G; 4ATO A; 4FYV B; 3A8L B; 4LUD A; 3HRS A; 4M78 G; 2A37 A; 2M51 A; 4PJN A; 1QVG P; 2DZ9 A; 2RI3 A; 3A8M B; 1FXX A; 1CKA A; 1VIE A; 5EC7 A; 2HL3 A; 3VS3 A; 1PD1 A; 3SEM A; 2DD5 A; 5I21 A; 3VYH B; 3CC7 A; 2GF7 A; 4BE0 A; 1W70 A; 4R55 A; 3I56 Q; 4C0G A; 4QVD A; 2C0T A; 3FIF A; 1KC8 R; 2D8H A; 3L2R A; 1C1A A; 2CSI A; 2O01 E; 2V8K A; 5LJ5 f; 1GCQ A; 2EYW A; 1WJR A; 2E5K A; 3TVT A; 3VS0 A; 3G71 Q; 1D1A A; 1NJI U; 2RF0 A; 4M77 A; 1YJ9 A; 2DFU A; 4F7U E; 2XK0 A; 4XTW A; 3CCE T; 2IVW A; 3OW2 S; 4M7A C; 1RLQ C; 2BE9 B; 3ZFJ A; 1LOJ A; 2IG0 A; 2K5L A; 1K0S A; 3JB9 F; 2EQI A; 2LC4 A; 2K7A A; 1OYX A; 4LDW A; 4EIK A; 1YFN A; 4M7A G; 4FM4 B; 1WXB A; 2XKO C; 4A4F A; 2OTL A; 2M16 A; 4MML A; 2OTJ Q; 1VQ5 T; 4PJO C; 1WDX A; 5GAM g; 1V29 B; 3BW1 A; 4IUQ A; 3QYH B; 2GFU A; 5GAN 3; 3JCM f; 4AFU C; 4C8Q A; 1WHL A; 2KBT A; 2DET A; 3FDR A; 2DVE A; 4EPC A; 3JCM X; 2DX1 A; 4PJO G; 2PU9 B; 3A1P A; 3CCQ Q; 2ROL A; 3EH2 A; 4BI8 B; 1VQ4 Q; 3SHW A; 3V8K A; 1QVG S; 3OSV A; 2HSP A; 1EFN A; 1D1B A; 3CC7 T; 3EFR A; 2O88 A; 2X4J A; 3ULR B; 1N8R C; 1TXQ A; 3C4S A; 2RQR A; 3AT1 B; 3MET A; 4K11 A; 2EYX A; 2CUB A; 4J9E A; 5GAN 5; 1U5S A; 1S72 A; 3H0H A; 4QQG A; 1QWE A; 2KGT A; 1QP2 A; 1YJ9 T; 1TSF A; 3VS1 A; 1Q86 C; 2ESW A; 4FSS A; 4KH1 B; 4XTU A; 1I5L A; 3JB9 H; 4FT2 A; 2HQX A; 5A0L A; 1Q82 C; 2KAF A; 1ARK A; 2HEQ A; 1VQ6 A; 1OPK A; 1N9R A; 2QTV A; 2V8J A; 5CKH A; 3OYF A; 1AVZ C; 2VXF A; 1CKB A; 2OAU A; 2KEA A; 1N9S A; 1HXD A; 3EAE A; 3SB2 A; 4HVW A; 4OVA A; 4J9D A; 2LDM A; 2OTL T; 1VA7 A; 3TU4 K; 4ZN3 A; 3CBO A; 4A4G A; 3BY7 A; 4M75 D; 5LJ3 f; 4E7L A; 1M27 C; 1M2V A; 1WIE A; 4BE1 A; 2NWM A; 2GGR A; 2J7I A; 3J80 E; 1XNI A; 3JRZ A; 1VQ9 Q; 4PJL A; 1VQ8 A; 2OI3 A; 3RBB B; 1AWJ A; 2K4Y A; 4J9I A; 2YUN A; 2XHC A; 3VYG A; 3SWN A; 1UUE A; 2Y4Y A; 1NYF A; 2QQ9 A; 1IRE B; 2QDY B; 5KYW B; 2YT6 A; 5FU7 B; 5CQY A; 2PVD B; 2QDL A; 2ZPE B; 2AK5 A; 1JJ2 P; 3PVL A; 1AZG B; 4O6J A; 3D7S B; 3A8G B; 4CC3 A; 1H92 A; 1QVG A; 3PNW C; 1UGP B; 1RAG B; 4N4H A; 2QYZ A; 2QQA A; 4M7A E; 5FW9 A; 1WHK A; 1JBM A; 4E7H A; 2XMF A; 1R0B G; 1O9S A; 3NMZ C; 3G4S Q; 1S72 T; 4JJD A; 3NTH A; 1VQN A; 2DER A; 5CO7 A; 2QGF B; 2RQU A; 4RTZ A; 3LGL A; 3UWN A; 1WLP B; 2LP5 A; 1PNJ A; 3QG1 A; 2VAS A; 2G3R A; 4XK8 E; 2AZV A; 4L5G A; 1YCS B; 4M7A D; 1LVK A; 4PJO E; 1RAA B; 4HCK A; 3X24 B; 4J9G A; 5KYN A; 3H41 A; 1G8X A; 1GBQ A; 3FEO A; 3P8B B; 4XU3 A; 1KD1 U; 4JZ4 A; 2WSC E; 3N5B B; 4OB1 B; 4C0Z A; 5D6X A; 1JEG A; 2GTO A; 3GOX A; 4LUE A; 4PJO D; 3OYG A; 2JW4 A; 2NUP A; 1VQ8 T; 3OYD A; 1X2K A; 4FL6 A; 3C0C A; 5CAI A; 2X35 A; 2OX7 A; 4HCC A; 1OX8 A; 3UDC A; 1GRI A; 2XDP A; 2HKQ B; 4ELZ C; 4BB7 A; 1IGQ A; 4F14 A; 3PT9 A; 3V7C A; 2DIG A; 5CK9 A; 5FRM A; 5I2M A; 3WXM B; 1D3B A; 2ZGW A; 1WHG A; 4OGC A; 1JJ2 S; 4JPB W; 2CP5 A; 4JS4 A; 1I81 A; 2RA2 A; 1TG0 A; 1BBZ A; 2D1X A; 1U3O A; 1AHJ B; 3CCL Q; 2AKK A; 2EYY A; 5KYU A; 4F04 B; 4M7D G; 4OMO A; 3M0P A; 3O8V A; 3MP1 A; 4OMM A; 4V2S A; 2GBQ A; 1VQN T; 4HT9 A; 3DKM A; 4Q5W A; 2HBP A; 2QEX Q; 3GPL A; 4JLG A; 1U8R A; 1R77 A; 1YJW Q; 2M02 A; 2EBP A; 1NLP C; 1GFC A; 2L2P A; 2K3X A; 2FG0 A; 3VS4 A; 5GAM h; 2LX9 A; 4JRP A; 2DIL A; 2AT1 B; 1Z9Z A; 4HVU A; 5J3B A; 2HDA A; 5LJ5 g; 1U1S A; 4OB2 B; 4WF2 A; 3GIB A; 1MMD A; 3EFS A; 2KRN A; 3UAT A; 2O9V A; 5C6S A; 5GAN 8; 3QO3 A; 1VYV A; 2EYQ A; 3T9N A; 1AD5 A; 4FT4 A; 4D8D A; 2ZAE A; 3EG9 B; 2C0I A; 1NE8 A; 2B8A A; 3OBW A; 4KGZ B; 1Y07 A; 3QJ6 A; 2LQN A; 1JO8 A; 2EQK A; 2F5T X; 4EMK A; 3LGF A; 2NYS A; 3ME9 A; 1Q81 C; 5HKC A; 3G6E Q; 1NPR A; 2BUD A; 5FLX E; 1JJ2 A; 3QUI A; 1JXM A; 3DB3 A; 4LE9 A; 2G6F X; 1YIJ A; 2KE9 A; 4A63 B; 3L2V A; 2H3E B; 4J6Y A; 2L0A A; 4J7I A; 3JAM E; 3CD6 Q; 4C0F A; 3EGU A; 2CGH A; 1OUL A; 3NHN A; 4M7D B; 5GJV B; 1BI1 A; 4D8K A; 2B86 A; 1IHV A; 2F2V A; 2C06 A; 4CC7 A; 2Z0W A; 1RLP C; 4AFQ C; 3BE3 A; 2SRC A; 3TSZ A; 2C0O A; 1QLY A; 4XTX A; 2LJ3 A; 3X25 B; 3GLX A; 2FHD A; 2CH4 W; 1I5O B; 1K9M C; 1UHF A; 3OS0 A; 5LJ5 d; 1OEB A; 2NUT A; 5GMK h; 1RL2 A; 3MP8 A; 3QYG B; 4FYX B; 1VQK A; 2CH4 A; 3I55 T; 3OYB A; 3S6W A; 2VC8 A; 3CCJ A; 3JCM V; 1MV0 B; 1SEM A; 4B6M A; 3H8Z A; 3VS2 A; 1N8R U; 1RAI B; 3X26 B; 2QA4 A; 3JCM c; 2JS2 A; 1XOV A; 4HT8 A; 1IGU A; 4J6X A; 1PSE A; 1PC0 A; 1M1F A; 2VVK A; 5IT9 E; 1T0H A; 5GAN j; 1M2O A; 5GMK l; 4DEX A; 1Q86 U; 2RI2 A; 1MNE A; 2E64 A; 2DZC A; 1KQ1 A; 4WTO B; 2E3I A; 4KGX B; 4M78 A; 3M55 A; 3JCM b; 1N8R R; 1WXT A; 5CKD A; 2YWW A; 5LJ3 g; 2KT8 A; 1YIJ T; 4AMC A; 2EYZ A; 1JXO A; 1M9S A; 2JNG A; 5A2Q E; 1ZSZ B; 2EWN A; 1FX7 A; 3CCV A; 3QWX X; 2YUQ A; 4DBQ A; 2YUO A; 1JQQ A; 3OA6 A; 5L8R E; 4F7U G; 1Q86 R; 5FRN A; 1WNL A; 2F2W A; 1ZBX A; 1T3S A; 5GAO n; 4RCB A; 1M5Q 1; 2E12 A; 3GNG A; 3CCE Q; 2DAQ A; 2ED1 A; 3EG1 A; 2LQ8 A; 2KMT A; 1ZUU A; 1Y96 B; 3UPU A; 2LCC A; 1D3B B; 1VQK T; 1KQS P; 4C92 C; 3UA7 A; 3AHU A; 3X20 B; 5GAN f; 4BY6 C; 5GAM e; 3M57 A; 2YHT A; 3MO8 A; 4HKE A; 3CCJ T; 2DYB A; 1VQL A; 2W10 A; 2LT1 A; 1QW1 A; 5FWC A; 2QA4 T; 1SSH A; 3MEV A; 1Q95 G; 1YNZ A; 2DXC A; 1NG2 A; 4NOY A; 1VQ5 Q; 3TEE A; 4ANJ A; 1PM3 A; 1OPL A; 1O75 A; 2LT4 A; 2HNI A; 5DLO A; 4J6W A; 5KYW A; 5KYY B; 4LD9 K; 4B9X A; 3JCM J; 7AT1 B; 3VS7 A; 2CZ0 B; 1BK2 A; 1UB4 A; 2ZPI B; 1OZ2 A; 3MEW A; 2DEQ A; 2MYS A; 3UA6 A; 4D6W A; 3MHX A; 1PRL C; 3CC7 Q; 3M4Y A; 1G3W A; 2KQW A; 3RKY A; 5GAO p; 3CCV T; 1YJN A; 2F2X A; 4MZT A; 1M8M A; 1KFZ A; 3VJP A; 4LNP A; 2DD4 A; 3PTA A; 5CKF A; 5HY6 A; 2EW3 A; 2GNC A; 2CKK A; 2L3S A; 1WI7 A; 9ATC B; 1PHT A; 1FMV A; 4C5E A; 1AWW A; 1YJ9 Q; 1KQ2 A; 5LJ5 h; 2CRE A; 2X4X A; 2NLU A; 4EMK B; 3KXT A; 4J9H A; 3R6N A; 4ZGD B; 1YIT A; 3H9N A; 1JB0 E; 3C94 A; 3I9Q A; 5GMK e; 1VQL T; 3OYM A; 2DM1 A; 2P0P A; 3FJP A; 4KH0 B; 1D0X A; 3RDV A; 3JCM W; 4E7I A; 2CP6 A; 2DPP B; 2OTL Q; 4C0D B; 3OYH A; 4FYY B; 3OBY A; 4LD6 A; 4C5G A; 3L2W A; 3Q1J A; 1F1B B; 1TH7 A; 5IHK A; 1WJQ A; 1YHQ A; 1SKU B; 1M3A A; 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3I56 T; 4DOW A; 4M7D A; 2V26 A; 4HXJ A; 1N6A A; 3GP8 A; 5I2S A; 1VQN Q; 1N5Z A; 1Y71 A; 1WQW A; 5HCK A; 1NBE B; 3R6O A; 2DKG A; 2EQU A; 3L2U A; 4M77 G; 2JM8 A; 3S3O A; 2E5Q A; 1VIF A; 4PJO F; 1PSF A; 2JTF A; 4PLI A; 3RER A; 1K9M R; 1Q7Y U; 2E70 A; 4YTL A; 5FU6 C; 5LJ5 e; 1H64 1; 1SRM A; 4PJO B; 3CCM T; 3JV3 A; 2YRC A; 1K73 U; 1P92 A; 2FZC B; 4QT7 A; 2HMA A; 3M0T A; 4IIM A; 1SG5 A; 1ZX6 A; 2A3L A; 2MCN A; 4A4K A; 3CBM A; 2K2M A; 2CP7 A; 3CPW S; 4PL6 A; 4C8Q C; 3CCR T; 3OYK A; 4A54 A; 2X3W D; 2DJQ A; 2HL5 C; 4BUG A; 2EKO A; 2M1H A; 1Q7Y R; 3ASK A; 3CCS T; 1D09 B; 4Y28 E; 2R58 A; 1OU8 A; 1KHI A; 1UGQ B; 3CC2 T; 4LDV A; 1E6H A; 2PNI A; 5KYX A; 3CC4 T; 2KRO A; 1K73 R; 4C8Q G; 1QCN A; 5GAN g; 3OYJ A; 1NEB A; 1UGR B; 2MOX A; 1QCF A; 1NM7 A; 1B7T A; 4OMQ A; 1K9A A; 3QZ5 B; 4AG1 C; 1OZ3 A; 3ZBD A; 2A08 A; 4MZP A; 3JCM e; 1SHG A; 1ZSZ A; 1D1C A; 2JT4 A; 4E47 A; 1WYX A; 2CUD A; 1OQK A; 1ZLM A; 2WSF E; 3G1J A; 2DJZ A; 2DTH A; 2P4T A; 3V8J A; 5FRO A; 1PKS A; 4XU0 A; 3RKW A; 2COW A; 5GMK i; 2GFA A; 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