The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
5
|
sequence length |
52
|
structure length |
52
|
Chain Sequence |
MIQNFRVYYRDSRDPVWKGPAKLLWKGEGAVVIQDNSDIKVVPRRKAKIIRD
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Solution structure of the DNA binding domain of HIV-1 integrase.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
HIV-1 INTEGRASE
|
| molecule tags |
Dna binding protein
|
| source organism |
Human immunodeficiency virus 1
|
| total genus |
5
|
| structure length |
52
|
| sequence length |
52
|
| chains with identical sequence |
B
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 1995-05-12 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00552 | IN_DBD_C | Integrase DNA binding domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1IHW A; 4FW2 A; 1C0M A; 1C6V X; 4FW1 A; 1IHV A; 5D7U A; 1QMC A; 1EX4 A; 1C1A A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3EH2 A; 4EDU A; 3JCM b; 3QJY A; 4Z89 A; 4J8O A; 1LPL A; 4QQD A; 2XG8 D; 1I81 A; 5LL6 S; 1BYM A; 4FYX B; 5IHN A; 3JCM c; 2VAS A; 4OMQ A; 2XU8 A; 2DXC A; 1KQS S; 1KJW A; 4HVW A; 5KCO A; 4GLM A; 3NHN A; 3QSU A; 1AZE A; 1MGQ A; 1X6O A; 3QII A; 1VIE A; 3G4S T; 4ZGJ B; 5LJ5 j; 1AVZ C; 1Q82 R; 2MI6 A; 1V76 A; 3SB2 A; 1Q81 C; 2NYS A; 5CQX A; 2YUO A; 1ZUK A; 4JJC A; 1W4S A; 2IPO B; 3JCM V; 3RNJ A; 4A4E A; 6AT1 B; 1A0N B; 3WXM B; 2RM4 A; 5GMK h; 2CZ6 B; 2FRY A; 4J7F A; 4HKE A; 1S72 A; 3TVT A; 1IHV A; 3H0I A; 4PLI A; 1X27 A; 3CPW A; 1Q81 U; 2AHJ B; 4C8Q A; 4NL2 A; 5ECA A; 2DTI A; 5DM7 R; 2K2M A; 2J7I A; 4A4G A; 4BD3 A; 2L3S A; 2AK5 A; 3I56 T; 1RAE B; 1UHF A; 3CC4 A; 1K4U S; 2RQT A; 1N9R A; 1MMN A; 2VGN A; 2E10 A; 1X43 A; 3QWX X; 1PD0 A; 1JU5 C; 3MEU A; 5FRO A; 3TSZ A; 1K9A A; 2ZCF B; 2DM1 A; 4OF1 A; 4NL3 A; 2WSC E; 3C95 A; 1M2O A; 4J9I A; 4DBQ A; 2DZ9 A; 4DBR A; 2D1X A; 4F04 B; 1K8A R; 1KFZ A; 2JUF A; 3MET A; 4FL6 A; 1QCF A; 3ULR B; 3O8V A; 1M2V B; 3CME A; 3RIR A; 2KQW A; 3CCR A; 3REA B; 3NGP A; 2K5L A; 4QVC A; 5CO7 A; 2DTH A; 2LVM A; 2DD5 A; 1QMC A; 4GBQ A; 2KMT A; 2VVK A; 3PTA A; 1Z9Q A; 1VQL A; 1NE8 A; 2OTJ Q; 2FG0 A; 3H8Z A; 2P0P A; 4C92 E; 4FT4 A; 1ABO A; 3SDZ A; 2HEQ A; 2QA4 T; 2MYS A; 4KT0 E; 2XI9 A; 2EQI A; 1B07 A; 3QWY A; 4XU1 A; 3GBQ A; 2DXB A; 3OYN A; 1AWO A; 1K9M R; 1B3Q A; 1WJQ A; 3GP8 A; 2OTL A; 1ABQ A; 1K73 R; 1G3S A; 1M5Q 1; 1O9S A; 2K2V A; 1NG2 A; 1OZ3 A; 1IHW A; 1WGS A; 1NLP C; 1TUD A; 3CCV A; 1H3H A; 3OYI A; 2YUP A; 3CPW P; 5LJ3 h; 5GJV B; 2CUD A; 2J6F A; 2XID A; 3FB9 A; 4E7I A; 4B6M A; 2OX7 A; 4O5V A; 5GAN 4; 2DX1 A; 3HRT A; 4XAX B; 1GBQ A; 3UA7 A; 2DD4 A; 3JCM J; 4M78 E; 1KC8 C; 2F2X A; 1VQ9 A; 3EHQ A; 1M2V A; 5FU6 C; 2JXB A; 1UG1 A; 2EGC A; 2BZ8 A; 3V8K A; 1QVG S; 2RNA A; 2YLC A; 1YHQ Q; 2L8D A; 4HVU A; 4JJN K; 3RKY A; 2CRE A; 4BE2 A; 1W70 A; 1PSE A; 2BIV A; 1KC8 U; 1QW1 A; 3DB4 A; 4HXJ A; 2EAY A; 3I35 A; 1BCO A; 1B7T A; 3DLL A; 2X4X A; 2M1H A; 4JRI A; 5CKH A; 2ABL A; 1VQ4 T; 2XDP A; 4XU2 A; 4BI4 A; 3M55 A; 2AIR B; 3QDF A; 2RHX A; 1VQ8 Q; 2O31 A; 3REB B; 4C92 D; 2V8J A; 1U5S A; 1LNX A; 4II1 A; 1WFW A; 3N5B B; 4JRP A; 3PMT A; 3G71 T; 3UT1 A; 3QYG B; 4M7A G; 2RF0 A; 4IUU A; 4PJN A; 3D7S B; 1WQ7 A; 3LH0 A; 2HQE A; 2CP5 A; 2BUD A; 1PRL C; 3EAE A; 4DOW A; 1ZSG A; 1VQN Q; 2DER A; 2JTM A; 1MMD A; 1KHC A; 3CMA Q; 4MMK A; 2QEX T; 3PE0 A; 3VU3 C; 2ATC B; 4DA4 A; 3M0P A; 4XU3 A; 1VQ7 Q; 3CCM T; 3CC2 T; 3CCQ T; 4A4F A; 1CKA A; 1MMG A; 2X4W A; 1YNZ A; 4J6X A; 2DIG A; 3CXC S; 2RI3 A; 1W2B P; 2DRK A; 3SFM A; 2ZPF B; 3NTI A; 2L3Q A; 5J26 A; 3S3M A; 5GAN e; 3CEY A; 1MHN A; 4LDU A; 1M1F A; 1RAG B; 2F1L A; 3VUZ A; 4LD9 K; 4C0D C; 1ZLM A; 2K9G A; 1P92 A; 1IXD A; 3MP6 A; 2LZ6 B; 1U06 A; 3QJ6 A; 2X3X D; 3HKS A; 4M78 F; 5CKD A; 3CCJ A; 1Y71 A; 1QVG A; 4RTU A; 3VUB A; 3J81 E; 3PFS A; 1GFD A; 2X3W D; 1NEB A; 1RUW A; 2DJQ A; 5GAN 2; 3UAT A; 2HDA A; 4C0D B; 3TSW A; 1UHC A; 4LDW A; 4UC4 A; 3QZ9 B; 2G6F X; 4E47 A; 4FYW B; 4HCC A; 2PUK B; 2PZ1 A; 1VQP A; 4Z88 A; 4J83 A; 4M7D G; 3UWN A; 1KQ2 A; 1VQ6 A; 1J3T A; 1ZSZ C; 3PMI A; 2AT1 B; 2D8J A; 5HCK A; 2FRW A; 4CC4 B; 2FPF A; 3EGD A; 3FIF A; 4M7A D; 2GGR A; 4OVA A; 1RAI B; 3QPH A; 3SEM A; 3CD6 T; 1QCN A; 2DL5 A; 2I0N A; 3I5S A; 1QVF S; 4HT8 A; 4JZ3 A; 4DBF A; 1ZSZ B; 3JB9 H; 1RAA B; 3X26 B; 5AYF A; 3JCM e; 5FRN A; 3A5Z B; 2O4X A; 5GMK j; 1D0X A; 2EGA A; 3JAM E; 4C0Z A; 2MAM A; 1YIJ A; 2CP2 A; 2LTO A; 3RR6 A; 1VA7 A; 2DJZ A; 5GAO m; 8ATC B; 5GAM f; 2P4T A; 2RD1 A; 2JZ2 A; 5LJ3 g; 1ACM B; 4KH0 B; 2EQJ A; 4R0K A; 1VYU A; 1AWX A; 1LVK A; 4CC7 A; 3LYI A; 1N8R R; 3CXC A; 4QW2 A; 1K9M C; 2V26 A; 2NUP B; 2C0I A; 2KGT A; 3M0T A; 2E3H A; 2K3Y A; 4OMF B; 4NOY A; 5GAO r; 3PT9 A; 3Q1J A; 1QLY A; 2HSP A; 4KBM B; 3C94 A; 1YJW Q; 5LJ5 f; 5IAY A; 4PK4 A; 5GMK l; 1AD5 A; 2HCK A; 1K9M U; 1VQM Q; 2FO0 A; 4LN2 A; 4PFP A; 4M75 C; 4BE0 A; 3R6O A; 2E1H A; 2EBP A; 2LT1 A; 2A28 A; 1MV0 B; 1VQ6 T; 5GMK m; 3CBO A; 4WCI A; 4M7D D; 2EPD A; 2BE9 B; 1ZSZ A; 3EGU A; 4GLK A; 2QTX A; 2ZPE B; 4M77 E; 2YXY A; 1HD3 A; 1MV3 A; 2QI2 A; 1G83 A; 4M75 B; 2YWW A; 3ER0 A; 3NFC A; 2XIC A; 4TVR A; 2RI5 A; 3R6N A; 1R8O B; 1VQK T; 5KYU B; 2EYW A; 4E2F B; 3ZEH A; 3L2Z A; 4RMO A; 1YWP A; 4YTL A; 4PJO D; 1QP3 A; 1VQ5 T; 5IN1 A; 2ECZ A; 3SHW A; 1TTH B; 3V8J A; 1X6B A; 2DL8 A; 2K3B A; 1RI0 A; 3JRZ A; 1OV3 A; 2NUP A; 3JB9 I; 3QXE B; 3NTH A; 3PVQ A; 4AG1 C; 4C0G A; 2OAW A; 5HY6 A; 3VS1 A; 2RK1 A; 1RAD B; 3C4S A; 4C5E A; 1BIA A; 3CXC P; 1H3Z A; 1WNL A; 2K5I A; 1TWB A; 2EJG A; 4IIM A; 3IQL A; 3G6E T; 3ME9 A; 2H3J A; 2MWO A; 1IGQ A; 2RHZ A; 2EYX A; 3VRY A; 4ESR A; 1GXI E; 1RAF B; 1PWT A; 5I22 A; 4M75 F; 3H0H A; 4M75 A; 2QQR A; 1YI2 Q; 3S3O A; 3CC7 Q; 2R5M A; 2CP0 A; 2QAZ A; 5KYU A; 2A37 A; 1OUL A; 3URG A; 1W6X A; 2PVG B; 1X6G A; 2HKN A; 2OTJ A; 4BI8 B; 4AFU C; 1NBE B; 3VS0 A; 2PNI A; 2YUQ A; 1PKT A; 1R0B G; 1N6A A; 1X2Q A; 2K79 A; 3LH5 A; 4XU0 A; 1Q86 R; 2D0N A; 2YSQ A; 3QBY A; 4J5Y A; 4C8Q E; 3OMC A; 4M77 F; 1C1A A; 2E4H A; 2X4Y A; 5LJ5 g; 4E6R A; 1G3Y A; 3CCS Q; 3GIB A; 1HJD A; 2BZX A; 3P8H A; 2YUN A; 2ESW A; 2V8I A; 3QHS A; 1PD1 A; 3JCM Q; 1ZA2 B; 3MJX A; 2JT4 A; 1I5L A; 2BKD N; 2L3P A; 1R77 A; 4FW1 A; 1VQO A; 4CRI A; 3M9Q A; 2AKL A; 3ZL7 C; 3EG2 A; 2DMO A; 5CIU A; 2QGF B; 4J9D A; 2LDM A; 4OMO A; 2DXU A; 1AT1 B; 2I2L A; 1BU1 A; 3FLG A; 4ORZ A; 2QDY B; 5I2M A; 3I55 T; 1KSW A; 1ZA1 B; 2VXE A; 1YCY A; 1PC0 A; 3L2R A; 1Y96 B; 5CQY A; 1PRM C; 2E41 A; 2GFA A; 1TOV A; 1YJN T; 2DBK A; 2ZPG B; 2PQW A; 2XMF A; 3VS5 A; 4XTX A; 3S3N A; 4PLL A; 3S6W A; 1OQK A; 2PTK A; 1N9S A; 4BE1 A; 1YN8 A; 3CCU Q; 4MZP A; 3CCE Q; 2XHC A; 3VS4 A; 1UGR B; 1VQ8 A; 3I5R A; 4D8K A; 5DY9 A; 4RTT A; 5HKC A; 1N8R C; 3GOX A; 1QKX A; 1NZ9 A; 2A7Y A; 1YP5 A; 3M0Q A; 4RTY A; 3VV0 A; 2E6N A; 1MUZ A; 2LMJ A; 4LD6 A; 1PHT A; 2VV5 A; 3GNG A; 5GAO q; 1M27 C; 2YT6 A; 1PNJ A; 1N8R U; 1VQN A; 1SKU B; 2KK4 A; 2B8A A; 4HCK A; 4N0A C; 2VXF A; 4OGC A; 3CMA A; 2RH2 A; 1VUB A; 2CUB A; 1UB4 A; 1VQ7 A; 4C0F A; 3ASK A; 4C8Q F; 3C12 A; 3JB9 F; 3P8B B; 2EFI A; 1Y96 A; 1VQO T; 2FL7 A; 5GAN j; 1M90 R; 1YWO A; 5A2Q E; 1D09 B; 4FT2 A; 1QQJ A; 2X9H A; 3GF5 A; 4X9C A; 4CI0 C; 1X01 A; 2RQR A; 3RKX A; 1BI1 A; 2MK5 A; 3QZ5 B; 1BKB A; 4XTY A; 3H0F A; 2COY A; 2D8H A; 2DL7 A; 4K11 A; 1ZBJ A; 4QVD A; 5CKB A; 3V7S A; 4FM4 B; 1TUG B; 2DIQ A; 1AWW A; 3EFR A; 4KUL A; 1YJ9 Q; 3FJP A; 1OI1 A; 1IB8 A; 1D3B B; 4A54 A; 1S1N A; 4RKU E; 5GAN 3; 1EX4 A; 2KDS A; 1KD1 C; 4C92 G; 2RPN A; 2XKO C; 3OYL A; 2O01 E; 1H64 1; 1FX7 A; 2JVV A; 1M8M A; 4C5I A; 3OYH A; 4LE9 A; 1M9S A; 5I2S A; 4RG2 A; 2YRV A; 1SPK A; 4ELY C; 1KD1 U; 2CS7 A; 1U1S A; 4IUQ A; 3UF4 A; 5GAO n; 1RAC B; 2GF7 A; 4M4Z A; 2JN0 A; 2EIF A; 1KQS A; 2W0Z A; 4N0A A; 4AT1 B; 5D6W A; 1SRL A; 1OU9 A; 1G5V A; 4BAC A; 2EKO A; 2O88 A; 1S72 T; 4JZ4 A; 2GQV A; 2C06 A; 3G4S Q; 1FMK A; 5GAN d; 5CK9 A; 1NYG A; 4ZN1 A; 4P5N A; 1T0H A; 2M0Y A; 2E12 A; 4A4K A; 1C6V X; 1AWJ A; 4C92 C; 2DKG A; 2ED1 A; 1U8R A; 2RQU A; 3A1P A; 3L42 A; 3CC4 T; 1BI2 A; 4A63 B; 3X28 B; 1Q86 C; 2GCX A; 1AZG B; 1SSF A; 3X24 B; 4IUR A; 1D3B A; 2RMO A; 5D6Y A; 1AEY A; 4ELZ C; 1WX6 A; 2X51 A; 2ZPH B; 1WXU A; 2LX7 A; 4C92 B; 4J9C A; 1BIB A; 1Q86 U; 2GFU A; 3LW5 E; 3I56 Q; 1JXO A; 1YJW A; 3CME T; 1JJ2 S; 3CCR T; 5CAI A; 5FU6 B; 1NJI R; 1VQM A; 1WXT A; 5CR2 A; 4BDZ A; 2OI3 A; 3FC3 A; 2LNV A; 4FSS A; 4JS4 A; 4E7J A; 3E19 A; 4J7I A; 3CQT A; 1QP2 A; 4GY5 A; 1VQL T; 1ZX6 A; 5LJ3 f; 2QTV A; 4JPB W; 4N4I A; 1UFF A; 4XTV A; 2DYI A; 4ZGE B; 3JCM d; 4A53 A; 1Q7Y R; 3CCL A; 2JM8 A; 5GAM e; 1OYX A; 2DL4 A; 1KQS P; 2C0O A; 4LDY A; 1RI9 A; 3L2U A; 2WSF E; 4N4H A; 5IXB A; 2RQV A; 3OYD A; 1HK9 A; 2MWP A; 5D7U A; 4E7S A; 2OTL T; 1I5O B; 2CH4 A; 1M3C A; 3CCV T; 3BY7 A; 1LCK A; 2QA4 Q; 2A0F B; 1WJS A; 2O9V A; 2LP5 A; 3A8G B; 3OYJ A; 3TU4 K; 3UDC A; 2JNG A; 1QWE A; 2HAX A; 4M78 D; 3MPU B; 3OYE A; 5KH6 A; 3RMS A; 1PSF A; 2IIM A; 1FYN A; 3OB9 A; 1TS9 A; 2RHU A; 1Y57 A; 4EPC A; 4OP0 A; 1VQ9 T; 1Q82 C; 3NMZ C; 2YHT A; 1JRI A; 4M7A C; 2MCN A; 7AT1 B; 5IHK A; 4F14 A; 1MNE A; 4J6Y A; 4RCB A; 2YRD A; 1EFN A; 2IVW A; 1NPR A; 2FPD A; 3M58 A; 3CPF A; 1Q82 U; 2HKQ B; 1IO6 A; 5I11 A; 3EGX B; 1M90 C; 1YIT A; 5C6S A; 2LX9 A; 3OA6 A; 2SEM A; 4M7A B; 2FZK B; 3PIO A; 2KVQ G; 2L0A A; 1WYX A; 2QQA A; 4PJL A; 1TG0 A; 3M54 A; 2EYZ A; 1YI2 A; 1TUC A; 3CC7 A; 4OMP A; 3FEO A; 3CBM A; 1M90 U; 2IG0 A; 4PNO A; 3H9N A; 4FYV B; 4J9E A; 2AZS A; 1VQ4 Q; 1Y0M A; 3CCL T; 1K8A C; 4IUT A; 2V1Q A; 1WA7 A; 3OYK A; 2JOY A; 3INZ A; 3G71 Q; 3CCS A; 2ROL A; 1KG1 A; 2RJF A; 4PJO G; 5J3B A; 2EWN A; 2A36 A; 2GQI A; 1K8A U; 4JUV A; 2DL3 A; 1OEB A; 3QG1 A; 4JRK A; 1KHI A; 3HFN A; 4AFS C; 3AHU A; 3EG3 A; 4ANJ A; 2KYB A; 5GAN h; 2QEX Q; 3OYA A; 2HZY A; 4EIK A; 1WHG A; 5DLO A; 4ZGD B; 4M7D C; 2QQS A; 3CCM Q; 2QQB A; 3EGX A; 2CT4 A; 1RLP C; 3CC2 Q; 3CCQ Q; 4ATO A; 3OQ5 A; 4M7A A; 3QUI A; 3J80 E; 1K73 C; 3VYG A; 2FVU A; 3CCJ T; 4M75 E; 1GBR A; 1WJR A; 1T3L A; 1AOJ A; 3RMQ A; 5IH2 A; 1WI7 A; 1QVG P; 1G3W A; 4JJB A; 4QKU A; 4M7D B; 2CSQ A; 4DEX A; 1R0C B; 3OYG A; 1D0Z A; 2LQW A; 2EVR A; 3HHT B; 4Z02 A; 2P84 A; 1K73 U; 3T9N A; 2K3X A; 4PJO C; 3M4Y A; 3OYF A; 2FZC B; 2K7A A; 3CCE A; 4M77 G; 4L5G A; 1VQP T; 1CSK A; 3RKW A; 2FHD A; 1RAB B; 4AG2 C; 2DPP B; 3OYB A; 1OU8 A; 4XK8 E; 4DOV A; 1AHJ B; 1Z9Z A; 3OBW A; 3JV3 A; 2HQX A; 4PL6 A; 1KQ1 A; 1LOJ A; 1UEC A; 2J05 A; 4PJO B; 3P8D A; 2DYB A; 1EIF A; 4ZTJ A; 2RJD A; 3JCM h; 2XDD A; 1SEM A; 1JXM A; 4F7U G; 2VC8 A; 1E6H A; 2QDL A; 4DEY A; 2CDT A; 1YIJ T; 1MND A; 2CGH A; 1QVF A; 2DVE A; 4JLI A; 4NS5 A; 1BBZ A; 3CD6 Q; 2H8H A; 3KXT A; 2VYT A; 2LQN A; 2GTO A; 4J9B A; 4QQ6 A; 2LQ8 A; 1Q7Y C; 5GMK i; 4JRQ A; 3WVE B; 4M7D A; 3QKJ A; 1H92 A; 1UGV A; 2OAU A; 3TCJ A; 1WHL A; 2GNC A; 3TRE A; 1G8X A; 1O75 A; 1ZUU A; 1GL5 A; 1Q7Y U; 1YFN A; 2KSS A; 4RTV A; 2K57 A; 2ED0 A; 2CP7 A; 1Y7X A; 4HCB A; 2CZ7 B; 2QYZ A; 1FWZ A; 2VUB A; 4QT7 A; 3UPU A; 2A08 A; 1G2B A; 1YJ9 A; 1N27 A; 2LC4 A; 3JB9 J; 1K76 A; 2K5F A; 1BCM A; 2MPX C; 1ZQ1 A; 3FRN A; 9ATC B; 1F1B B; 2MOX A; 2JMC A; 5L23 A; 4PJO A; 3M0S A; 3RUX A; 1GCQ C; 3OS5 A; 4M77 D; 4HA8 A; 2B86 A; 2LCC A; 1PG5 B; 2DRM A; 5GAN 5; 3OYY A; 4C8Q G; 4AFZ C; 4OML A; 2CP6 A; 3LX7 A; 3HPW A; 4KGV B; 2EYQ A; 4F7U B; 3M5A A; 4V2S A; 2K6D A; 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