The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
17
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sequence length |
95
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structure length |
95
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Chain Sequence |
PSSNGPLEGTRGKLKNKPRDRGTSPPQRAVEEFDDGEKVHLKIDPSVPNGRFHPRFDGQTGTVEGKQGDAYKVDIVDGGKEKTIIVTAAHLRRQE
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
The structures of four macrolide antibiotics bound to the large ribosomal subunit.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Ribosome
|
| molecule keywords |
23S RRNA
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| total genus |
17
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| structure length |
95
|
| sequence length |
95
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2001-10-29 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | Ribosomal protein L21 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1VQO Q; 2QEX Q; 1QVG P; 1Q82 R; 3CCR Q; 3CCV Q; 1YIJ Q; 1Q7Y R; 3CCS Q; 1VQ4 Q; 1VQ6 Q; 1M1K R; 1VQK Q; 2OTL Q; 1YJN Q; 3CME Q; 1S72 Q; 3CC4 Q; 3CCM Q; 1K8A R; 1QVF P; 3CCL Q; 2OTJ Q; 3I55 Q; 3G6E Q; 1JJ2 P; 3CCU Q; 1YJ9 Q; 1K73 R; 3I56 Q; 1YHQ Q; 1VQM Q; 1KQS P; 1VQ8 Q; 1VQL Q; 3CCJ Q; 3CC7 Q; 1Q86 R; 1KC8 R; 3CPW P; 1VQ9 Q; 1W2B P; 1KD1 R; 1VQ5 Q; 3CC2 Q; 3G4S Q; 3CCQ Q; 1YI2 Q; 1M90 R; 1K9M R; 1NJI R; 3G71 Q; 1YJW Q; 2QA4 Q; 3CCE Q; 1YIT Q; 1N8R R; 1VQP Q; 1Q81 R; 3CXC P; 3CD6 Q; 1VQ7 Q; 3CMA Q; 3OW2 P; 1VQN Q; #chains in the Genus database with same CATH topology 4C5E A; 2O2O A; 3M54 A; 4FYW B; 2HL5 C; 3PMT A; 1W6X A; 4LXC A; 2ZCF B; 3ME9 A; 4XU3 A; 3EAE A; 3CCM A; 1AZG B; 4E7I A; 1K8A R; 3LX7 A; 3E2U A; 1K73 R; 4KH0 B; 4M75 G; 5CO7 A; 3JB9 G; 5DY9 A; 4DBQ A; 4FM4 B; 1S72 T; 4XTW A; 3G71 Q; 4RCB A; 2AKL A; 2VXF A; 4TVR A; 4QVD A; 3RMS A; 3CC2 T; 2RHU A; 1XQH A; 2A28 A; 5CQX A; 1X2Q A; 3H9N A; 1G83 A; 1JJ2 P; 2GQI A; 3F70 A; 4J9H A; 3I56 A; 5M9O A; 4XQ3 A; 2X35 A; 2PUK B; 2CUD A; 4J83 A; 5LJ3 e; 3A8M B; 2GF7 A; 3QYH B; 1RAE B; 4DBH A; 3CCJ T; 1WX6 A; 5IH2 A; 3QII A; 5EC7 A; 3GNF B; 2DBK A; 2EQU A; 1M1G A; 2M9U A; 2JS2 A; 2KRN A; 1WXU A; 5D6Y A; 4YTL A; 4C92 G; 1WI7 A; 3ASK A; 1M2V A; 4BUG A; 4IUT A; 4FCY A; 1D09 B; 4C5G A; 1T0H A; 3ULR B; 1VQ4 T; 5DLQ E; 2PVG B; 2YLB A; 1KFZ A; 2CP0 A; 2JUF A; 3MP6 A; 1E6G A; 1K0S A; 4KGZ B; 1PCX A; 1W2B A; 3PMI A; 2ZPG B; 2EJ9 A; 1X2K A; 3CCS A; 1X6O A; 3OB9 A; 2HL3 A; 1W2B S; 1VYU A; 2OJ2 A; 3UA7 A; 3L2R A; 1YJ9 A; 3NPF A; 4CC2 A; 3CC7 A; 3AHU A; 2MI6 A; 2EAY A; 4OMQ A; 5FWC A; 4RG8 A; 4HXJ A; 2RJD A; 3TQ7 P; 2L2P A; 2LX7 A; 4RTX A; 1OUL A; 2O31 A; 2EJG A; 1MND A; 3VYH B; 2RJC A; 1LNX A; 4BI4 A; 5GAM h; 4E47 A; 1I5O B; 2LVM A; 2FRY A; 4FYY B; 4FT4 A; 1IB8 A; 4PLL A; 2DRK A; 4IUV A; 4M7A D; 1TOV A; 3DB3 A; 2K5I A; 2F2X A; 2L3Q A; 1OX9 A; 4HT8 A; 4X34 A; 2DXT A; 2P0P A; 2MK5 A; 2HKQ B; 4C8Q E; 2LQ8 A; 3JRZ A; 3HRS A; 2RMO A; 2HNI A; 1RAD B; 1P92 A; 1D3B A; 1UJY A; 2HMA A; 1K1Z A; 1AWO A; 3HHT B; 3EGU A; 4C8Q A; 1FWZ A; 2ABL A; 2DL5 A; 2YHT A; 4AFS C; 1UDL A; 2BUD A; 2BZX A; 4ELZ C; 1Y71 A; 2Y4Y A; 5GMK j; 4JS5 A; 1VQO Q; 5DLO A; 3MP8 A; 4JJD A; 3SWN B; 2HD0 A; 3VS2 A; 3M57 A; 2YUN A; 3G71 T; 1Q86 C; 2RH2 A; 2LRQ A; 2E3H A; 2QDY B; 1WHM A; 2X4X A; 3M4G A; 1IO6 A; 2QTX A; 2D9T A; 1WFW A; 4JRK A; 1KQS A; 2CP2 A; 2QAZ A; 1Q7Y U; 1UGS B; 4Z88 A; 5KYN A; 2K5L A; 1KQS S; 3CCR Q; 3G1J A; 2HQX A; 3J81 E; 3A8G B; 3G4S T; 3A8L B; 2JT4 A; 4A54 A; 3CXC A; 4NS5 A; 3QDF A; 2DBM A; 1K9M U; 3PVL A; 2KSS A; 4DOV A; 1MHN A; 5FRO A; 2LTO A; 4ZGE B; 5L8R E; 8AT1 B; 4NL3 A; 3P8H A; 3H0I A; 2CSI A; 2E10 A; 4XU1 A; 3SWN C; 2QA4 T; 1YIT T; 4HVW A; 1KIK A; 1LVK A; 2XD0 A; 1AEY A; 2A7Y A; 1YIJ T; 4ATO A; 4MML A; 1W2B P; 3CCQ Q; 1YI2 Q; 5CIU A; 4A4H A; 1N8R R; 2GQV A; 3CD6 A; 2J6O A; 1QQJ A; 1NPR A; 4Z02 A; 2H8H A; 4ZN1 A; 5LJ3 g; 3RKY A; 5GAN h; 1WYX A; 1CKB A; 4PJO E; 3QBY A; 2B86 A; 1V29 B; 3A8O B; 1M2V B; 4E7Z A; 1ARK A; 1YN8 A; 1WXB A; 4M77 E; 4FW1 A; 4PJO A; 2K4Y A; 4GY5 A; 3N5B B; 5J39 A; 3OSS C; 4LD9 K; 3BFM A; 1IRE B; 1VQN A; 3OMC A; 5KYW A; 1X69 A; 1VQ9 T; 3EG2 A; 4M77 A; 2K3Y A; 1WHK A; 2WSE E; 2DK3 A; 2YDL A; 2M02 A; 3SEM A; 3FJ5 A; 3Q1J A; 4LNP A; 4M7D E; 1VQ8 Q; 2X51 A; 2CP6 A; 2RI2 A; 1ZBJ A; 3FDR A; 2RK1 A; 2DVJ A; 3CCM T; 3HP9 A; 4M7D A; 1PHT A; 5LJ3 j; 1QCF A; 2KYM A; 3VRY A; 4OB3 B; 4F7U E; 4M7A C; 3NGP A; 1S72 A; 4E2F B; 2K2M A; 4MDX A; 4XAX B; 2DER A; 4F7U A; 2R5A A; 4GLM A; 4FIB A; 3CC2 A; 1G3S A; 4D8K A; 1VYV A; 2A08 A; 4J7I A; 1WJQ A; 2K6D A; 2RA2 A; 3I56 T; 3ER0 A; 1XNI A; 3OSV A; 2ZPH B; 1H8K A; 4A4G A; 4V2S A; 4DEX A; 3GBQ A; 3M0T A; 4ANJ A; 2GGR A; 3LH5 A; 1BCM A; 1D3B B; 2MAM A; 1KQS P; 4RTW A; 3OYG A; 4C8Q B; 1CKA A; 4JRI A; 4M77 D; 1D0Z A; 4LDU A; 1HK9 A; 1PRL C; 3RKX A; 4KBM B; 4JDS A; 2JN0 A; 4JUV A; 3HPW A; 5KH6 A; 4KGX B; 3OS1 A; 2I0N A; 2J6F A; 4J7F A; 4M7D D; 2K3X A; 1JBM A; 1QKW A; 3EG1 A; 2YWW A; 3T9N A; 5IAY A; 5GAN e; 4ZGD B; 4FU6 A; 3CCS T; 1I4K 1; 1X27 A; 3CBM A; 4B6M A; 2JZ2 A; 2HSP A; 2K7A A; 1OQK A; 2DAQ A; 2F5K A; 2YXY A; 1WHG A; 1YJ9 T; 2E6Z A; 3CBP A; 3CC7 T; 3EFO A; 4R56 A; 3TU4 K; 2XDD A; 3MET A; 1TTH B; 1Y96 A; 1YI2 T; 2AZV A; 1UGP B; 5I21 A; 2ZPE B; 3E9G A; 3JAM E; 1Z9Z A; 2FPE A; 1TUG B; 4HT9 A; 2JXB A; 1RAB B; 4LDY A; 2IG0 A; 5AYF A; 3FB9 A; 3ZBD A; 4M78 E; 1RI9 A; 1VQL Q; 4Z89 A; 4P5N A; 1Q86 R; 4PNO A; 1Q81 C; 3L1A A; 5GAO r; 1MMN A; 4M75 D; 4M78 A; 1OPK A; 1M5Q 1; 1OI1 A; 2ZPB B; 4FYV B; 4II1 A; 2MMP A; 3CMA Q; 4BY6 C; 3E9F A; 4KH1 B; 4LDV A; 5KCO A; 1H3H A; 1GBR A; 2QYZ A; 4XTU A; 1OZ3 A; 1LPL A; 1SSF A; 2OTL Q; 4N0A A; 2QG9 B; 2NYS A; 2E6N A; 3I55 Q; 2DFU A; 2ZPI B; 4PJN A; 2VC8 A; 4PJO B; 3JCM J; 3G71 A; 2CP3 A; 1JJ2 A; 1VQ6 Q; 2FL7 A; 5KYW B; 1JJ2 S; 3JB9 I; 4M77 B; 1U1S A; 2CRE A; 1BBZ A; 4PFZ A; 2BE9 B; 3RKW A; 5LJ3 f; 3A5Z B; 2KRO A; 2KEA A; 1IGQ A; 2C0O A; 4C92 D; 3LLR A; 1XOV A; 4LN2 A; 3O8V A; 4Y92 A; 4M7D B; 3JCM Q; 3EHQ A; 2M16 A; 1RAI B; 3HRU A; 1UUE A; 1RAA B; 2E12 A; 3QKJ A; 1BKB A; 2XU8 A; 2QQA A; 3EG0 A; 4BE2 A; 2RD1 A; 2RI5 A; 4M78 D; 1AVZ C; 2EVR A; 2BZ8 A; 1E6H A; 3JCM P; 2E4H A; 1BYM A; 3KUF A; 3M55 A; 4F7U B; 3HKS A; 3LWH A; 1WXT A; 4DOW A; 2HEQ A; 1VA7 A; 7AT1 B; 2RHX A; 2K9G A; 1GBQ A; 2FVU A; 1GCP A; 4JJN K; 4CC4 B; 1OZ2 A; 2F69 A; 2J6K A; 2LQW A; 2QEX Q; 4PJO G; 4QW2 A; 4CC7 A; 3PFS A; 4PFP A; 1JB0 E; 4M77 C; 2QAS A; 4J5Y A; 2R57 A; 3CD6 T; 5FRM A; 1WQW A; 2PVD B; 1NE8 A; 3VJP A; 4IKF A; 3UWN A; 2CDT A; 3E1S A; 1CSK A; 4M7D C; 3JCM e; 3C4S A; 2EKH A; 4C8Q F; 1N6A A; 2ROT A; 1UFF A; 1IHW A; 3A98 A; 5AT1 B; 1LCK A; 4JRP A; 3L2Z A; 9ATC B; 1KD1 U; 2DMO A; 1VQN T; 5ECA A; 3PT9 A; 2MF2 A; 1PG5 B; 2KY9 A; 2ZZD A; 1G2B A; 3X28 B; 2O01 E; 3EG3 A; 4C0D B; 2MWP A; 3EGX A; 2LNV A; 1I5L A; 1PSF A; 3I35 A; 1NEB A; 1OU8 A; 3V7S A; 1VQL T; 1PWT A; 3EFO B; 1WA7 A; 1Y96 B; 2DE0 X; 4DEY A; 4OB2 B; 1NPP A; 2PUO B; 1ZBX A; 2KT8 A; 3HSB A; 1N9S A; 4QQD A; 2OAW A; 1JXM A; 3V7C A; 2DXU A; 5FU6 C; 2CZ0 B; 2OTL T; 4ESR A; 2M1H A; 3VUZ A; 4RTU A; 3QSU A; 4OB1 B; 4A4E A; 2RK2 A; 3RER A; 1VQO A; 3I5R A; 4KUD K; 4KT0 E; 3WXM B; 1IRX A; 2DF6 A; 2MWO A; 4M75 C; 1QVP A; 2PZ1 A; 1YJN Q; 1KC8 U; 3QWX X; 4GLK A; 2G6F X; 1QCO A; 1M90 C; 3S6W A; 5IXB A; 1PD1 A; 4M78 B; 4C0F A; 4M7A E; 4C0D C; 3JCM b; 3VKI A; 4ME7 A; 3X25 B; 4DBR A; 2K79 A; 2OX7 A; 3CCR A; 2RM4 A; 2XI9 A; 5LJ5 e; 4C5I A; 4M7A A; 2BKD N; 3L42 A; 2F5T X; 5LL6 S; 1YHQ Q; 4MZM A; 1H92 A; 1NYG A; 2XKO C; 3VS0 A; 1KQ1 A; 1QCN A; 3WVD B; 1AWX A; 1JO8 A; 3OYJ A; 1B7T A; 2DA9 A; 1X6G A; 1YCY A; 1G3T A; 2LQN A; 4C92 C; 1I0C A; 3HRT A; 3C94 A; 2EPD A; 5A0L A; 4PJO F; 3MO8 A; 2HCK A; 1C1A A; 2DNU A; 1UHF A; 4M77 F; 2VGM A; 3I5S A; 1X6B A; 1YBY A; 3CCQ A; 1YI2 A; 2A3L A; 5LJ3 d; 4M78 C; 3VS4 A; 1Q81 R; 5L23 A; 2JM9 A; 3OW2 P; 2CUB A; 3V8K A; 1NBE B; 2COY A; 3UA6 A; 1SF9 A; 4M7D F; 3M0R A; 4N0A C; 3ZEH A; 2DJQ A; 2EIF A; 3QUI A; 3QG1 A; 3TEE A; 2P84 A; 4AFU C; 1E7O A; 3CCE Q; 2FZK B; 3JB9 H; 4F7U F; 1K0X A; 2E5K A; 2ZPF B; 2NUT A; 2QGG A; 1BI2 A; 1YFN A; 1AT1 B; 3R6O A; 1QVF P; 2HKN A; 2YSQ A; 2OTJ Q; 1D1B A; 2XDP A; 2DL3 A; 3CCU Q; 1VQ8 A; 3M9Q A; 1UB4 A; 4A4K A; 3CBO A; 2HQE A; 2VB6 A; 1EX4 A; 2JTE A; 4J9E A; 4XTV A; 2HSE B; 2MIO A; 3MP1 A; 1Q7Y C; 1GFC A; 3M0S A; 4DBF A; 3UPU A; 2YUQ A; 3RR6 A; 4QVC A; 2YUP A; 4BI8 B; 4J9D A; 4JZ4 A; 1ZUK A; 1D1A A; 3OMG A; 4OMM A; 3GIB A; 1RLQ C; 3M0Q A; 1WJS A; 3JCM g; 3L2Q A; 4OVA A; 2DD4 A; 1Y0M A; 4RCC A; 1V76 A; 2PNI A; 2V8J A; 3M59 A; 1YJN T; 2RQV A; 3EGX B; 4FSX A; 1VQ5 Q; 4RUG A; 3G7Z A; 4PK4 A; 1MNE A; 2ROL A; 3MEA A; 4CC3 A; 4ZNX A; 1VUB A; 4UC4 A; 2XDB A; 2RNA A; 2SRC A; 4PFO A; 3A1P A; 2RJE A; 4BE0 A; 2DO3 A; 4EMK A; 1IHV A; 4DQ2 A; 2NLU A; 2RHZ A; 2GTJ A; 2NUZ A; 3M53 A; 1G3Y A; 1QKX A; 2AKK A; 3KFV A; 3VS5 A; 3OY9 A; 3PGG A; 3INZ A; 1KG1 A; 1R0B G; 1RUW A; 1D0Y A; 4OGE A; 4PLI A; 1VQM Q; 1WDX A; 3URG A; 1C0M A; 4D8D A; 4EMG A; 1FX7 A; 5GAM e; 5GAO q; 4E7J A; 3JSC A; 3NMZ C; 1TUD A; 2MYS A; 3RUX A; 3MKD A; 4EPC A; 4OMF B; 2LNH B; 1D0X A; 1SHF A; 4K11 A; 4M7A B; 4M78 F; 1SHG A; 2JTM A; 3LH0 A; 1NLO C; 2RJF A; 5GAN 4; 4NOY A; 4Y91 A; 1N27 A; 2E65 A; 4HCK A; 2DJZ A; 3WVE B; 5LJ5 g; 2DD5 A; 4QT7 A; 1X01 A; 2CP7 A; 5KYY A; 1T3S A; 5GJW B; 1KJW A; 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3OYM A; 1RAH B; 5CKB A; 4JZ3 A; 1SRL A; 3OA6 A; 5IXF A; 5IHK A; 3NFC A; 4XTY A; 2FO0 A; 2JW4 A; 4BY6 B; 1ABO A; 3PIO A; 2QEX A; 1K8A U; 1BI0 A; 4JJC A; 2LZ6 B; 1K73 U; 3LYI A; 3CCQ T; 3KBG A; 3CME Q; 1NEG A; 2E3I A; 1R8O B; 5GMK h; 1FXX A; 2V8K A; 3QZ5 B; 2VYT A; 4EMK B; 1JEG A; 2PVO B; 1GXI E; 2RQT A; 2EWN A; 4C92 E; 4BDY A; 1QWE A; 3JCM f; 2HBW A; 2LC4 A; 2QDL A; 3D7S B; 2D0N A; 2V8I A; 1QW1 A; 1T3L A; 4C8Q G; 2CZ7 B; 1O75 A; 1X43 A; 2O88 A; 1OOT A; 4OP0 A; 4E6R A; 4C92 A; 3CQT A; 1Q7Y R; 1EFN A; 4L6V 5; 1FYN A; 2PU9 B; 3AT1 B; 2ENM A; 4C0Z A; 5GAN d; 1PSE A; 2WAC A; 3QXE B; 4J6W A; 3RNJ A; 2XG8 D; 4J6Y A; 3JB9 D; 1YJW Q; 2L3P A; 4LUD A; 3MPU B; 4Q5W A; 2BZY A; 1VQ8 T; 2L89 A; 5GAM g; 3L2V A; 2RI3 A; 4PJM A; 4ZTJ A; 2OI3 A; 1M27 C; 1DJ7 B; 3KXT A; 1G8X A; 5J3B A; 5CKH A; 5A0D A; 2GBQ A; 3DB4 A; 2CSQ A; 3FEO A; 2BTT A; 1EZZ B; 1GL5 A; 2XID A; 3FLG A; 4M7A F; 2KYB A; 4EMK C; 5KYY B; 3RBB B; 3OYF A; 3VS7 A; 3EGD A; 4F17 A; 4E7S A; 1G3W A; 1VQK Q; 1YJN A; 3REB B; 5CKF A; 3JB9 J; 2J05 A; 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