The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
18
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sequence length |
95
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structure length |
95
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Chain Sequence |
PSSNGPLEGTRGKLKNKPRDRGTSPPQRAVEEFDDGEKVHLKIDPSVPNGRFHPRFDGQTGTVEGKQGDAYKVDIVDGGKEKTIIVTAAHLRRQE
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structures of Five Antibiotics Bound at the Peptidyl Transferase Center of
the Large Ribosomal Subunit
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
23S RRNA
|
| molecule tags |
Ribosome
|
| total genus |
18
|
| structure length |
95
|
| sequence length |
95
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2001-11-07 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | Ribosomal protein L21 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3CCU Q; 1M90 R; 1NJI R; 1VQ4 Q; 3OW2 P; 3CMA Q; 1VQ7 Q; 3G6E Q; 1Q7Y R; 1YJN Q; 3CCL Q; 3G71 Q; 3CPW P; 3CCR Q; 1YI2 Q; 1QVG P; 1M1K R; 3G4S Q; 3CC2 Q; 1VQN Q; 1YJW Q; 3CCQ Q; 1Q82 R; 1YIJ Q; 3CD6 Q; 3CCS Q; 3I55 Q; 2QEX Q; 1YHQ Q; 1VQ8 Q; 1JJ2 P; 3CC4 Q; 3CCE Q; 1S72 Q; 1VQ9 Q; 1VQM Q; 1K73 R; 1VQ6 Q; 3CC7 Q; 2OTJ Q; 1VQO Q; 3CME Q; 1YIT Q; 1KC8 R; 3CCM Q; 1K8A R; 1VQK Q; 1QVF P; 3CCV Q; 1W2B P; 1Q86 R; 1K9M R; 2QA4 Q; 1VQ5 Q; 1Q81 R; 1N8R R; 1KD1 R; 1KQS P; 1VQL Q; 1VQP Q; 3CXC P; 1YJ9 Q; 2OTL Q; 3I56 Q; 3CCJ Q; #chains in the Genus database with same CATH topology 3H0F A; 4PJO G; 5HK3 A; 1D0X A; 3RKY A; 1RAI B; 2DVJ A; 2YT6 A; 3VRZ A; 2HNI A; 1YN8 A; 2LZ6 B; 1Y0M A; 4J9C A; 1MMA A; 1VQM Q; 4RTY A; 2RHI A; 2BUD A; 3D7S B; 4LDY A; 4M75 G; 3VS0 A; 1NLO C; 1M4Z A; 4DOV A; 1KC8 R; 1NLP C; 2HKN A; 1AVZ C; 1VOM A; 3DLM A; 4VUB A; 1VQ6 T; 3EGX A; 1YCS B; 4AG2 C; 4C92 B; 5CQX A; 1NG2 A; 1X6B A; 3BE3 A; 2CZ1 B; 3EAE A; 5FU6 B; 5GAN 7; 3OW2 S; 2M9U A; 2D9T A; 2G6F X; 1BKB A; 1D09 B; 2HBP A; 5CQY A; 4ANJ A; 2VWF A; 1B34 A; 2LNV A; 2D8H A; 3OYE A; 3L2Z A; 1Y7X A; 2JXB A; 2QGG A; 2D1X A; 4FIB A; 5GJW B; 2DXU A; 5AT1 B; 2C0O A; 3UT1 A; 3VV0 A; 2K5L A; 3A5Z B; 1WNL A; 1RAG B; 4EMG A; 4OB2 B; 3M0P A; 1EIF A; 2X4Y A; 3LW5 E; 3G1J A; 3OYF A; 4Y92 A; 4FW2 A; 1YJ9 A; 4KUD K; 3I56 A; 2DXC A; 3OS2 A; 3QPH A; 1PRM C; 3TVT A; 3NTI A; 2CT3 A; 3SWN B; 3QYG B; 3O8V A; 2FRW A; 2DL5 A; 3N5B B; 4IUU A; 1JRI A; 1CKA A; 2YUQ A; 1AEY A; 3PT9 A; 1I4K 1; 1KHI A; 4OVA A; 2C0I A; 5GAN 8; 1KQS A; 1K9M U; 1VQO A; 5KYX A; 3JCM W; 1HK9 A; 1ZUK A; 1X6O A; 3GBQ A; 2D6F A; 2F1L A; 3CCJ A; 3QHS A; 3X28 B; 4A4H A; 3CME T; 4WTO B; 5IXB A; 2L3S A; 5GAN j; 1UGV A; 3VS4 A; 3CD6 A; 3GIB A; 1QQJ A; 2X4J A; 1C0M A; 1ZX6 A; 1YJ9 T; 3I56 T; 3VS1 A; 1PWT A; 1LCK A; 4A4K A; 4FT4 A; 5I11 A; 4PFZ A; 4J7F A; 1Y96 A; 3E19 A; 2M02 A; 2RPN A; 3EH1 A; 4C0D C; 4J6X A; 1VQ7 A; 3OYM A; 2XIC A; 3QUI A; 1VQO T; 1PKS A; 1RAA B; 2CP2 A; 4JRI A; 1Q86 R; 4PJO B; 3QWX X; 4PL6 A; 3BDL A; 1G8X A; 2RF0 A; 2JMA A; 2RA2 A; 3INZ A; 1PCX A; 4Z02 A; 4M75 B; 3CD6 T; 1TUD A; 3DKM A; 3M56 A; 2FZC B; 2LX9 A; 2VXE A; 2QK0 A; 1G3W A; 1M30 A; 2E1H A; 5LJ3 f; 4EMH A; 2J6F A; 2HD0 A; 2CUB A; 2DEQ A; 2RJF A; 2FPF A; 5GAN h; 4FCY A; 1M2V A; 2OI3 A; 4PNO A; 1IB8 A; 4IUV A; 4BE1 A; 1UTI A; 5LJ5 d; 2LP5 A; 1D1A A; 1DJ7 B; 3GOX A; 1FWZ A; 2HSP A; 2LC4 A; 1OX9 A; 2KSS A; 2HAX A; 4J9B A; 2A7Y A; 2MF2 A; 1HJD A; 3ZL7 C; 2DMO A; 4PJO D; 2DO3 A; 2WAC A; 5CAI A; 4IUT A; 2HDA A; 5GAO r; 4M77 G; 1JJ2 P; 4X34 A; 4M75 D; 3PTA A; 1MMD A; 3MP1 A; 5IN1 A; 2CP6 A; 1MV3 A; 4F7U B; 1M3C A; 3DB4 A; 3HFN A; 4DEY A; 2WSC E; 2LRQ A; 3PNW C; 4PJJ A; 1RAE B; 1VYT A; 5L8R E; 4DA4 A; 1M90 R; 2B86 A; 5IXF A; 1X01 A; 3V8J A; 1LNX A; 4QVZ A; 5GMK e; 1JEG A; 1MND A; 3EG9 B; 2PQW A; 5CKE A; 2LDM A; 2Z0W A; 2E6N A; 3MKD A; 3OY9 A; 1KG1 A; 2YUP A; 1LOJ A; 2PU9 B; 1Z9Q A; 3I55 A; 1VQ8 A; 1VQP T; 4J9F A; 3OMG A; 2J05 A; 4E2F B; 5IAY A; 3OYN A; 4YTL A; 5ECA A; 5CVI A; 3CBO A; 4C92 E; 2E3I A; 3TCJ A; 4AT1 B; 5GAN 4; 4IKF A; 4JJC A; 3NMZ C; 4PFP A; 5FLX E; 3RBB B; 2JS0 A; 1NEG A; 2DJQ A; 2EYW A; 2K5I A; 5GAO n; 3HSB A; 2DVE A; 5DY9 A; 1N27 A; 3MP6 A; 1UGQ B; 5A0L A; 3HL8 A; 2GGR A; 1G3S A; 3I55 T; 3JB9 F; 4J8O A; 1JJ2 A; 3P8B B; 3WXM B; 1TUG B; 1QVF A; 1WXB A; 1AWX A; 1TTH B; 2K7A A; 3CC7 A; 2EYY A; 3RER A; 2DIQ A; 1X6G A; 2E5K A; 4JRK A; 4C8Q B; 2EGA A; 3JCM Q; 4EMK B; 4CC7 A; 2DD4 A; 1Q82 C; 1NJI U; 1BU1 A; 5LJ5 g; 4V2S A; 2VUB A; 4O5V A; 3S3M A; 2P4T A; 3V7C A; 2KYM A; 2R57 A; 5GMK i; 4GLM A; 1Y07 A; 2XDP A; 1YBY A; 3FB9 A; 2O4X A; 1G3T A; 3X26 B; 4C5H A; 2LJ3 A; 2P0K A; 1ABO A; 3I5S A; 1QWE A; 3WVD B; 2EQM A; 1ZUU A; 1I1J A; 1WHL A; 1VQ4 Q; 5FWC A; 3OYG A; 2RB6 A; 1SHF A; 2RJD A; 4BDZ A; 1WA7 A; 1VIF A; 2NUT B; 3QZ5 B; 4C92 C; 2LQW A; 3CC7 T; 3C4S A; 1TUC A; 2X4W A; 4QW2 A; 3ZFJ A; 2RHU A; 5FU6 C; 1WDX A; 1R0B G; 4GY5 A; 1GBR A; 1OV3 A; 1BBZ A; 1ZA2 B; 2LQ8 A; 1D0Y A; 1QVF S; 1AZG B; 1M1G A; 2F2V A; 4M7D F; 3G6E Q; 1YI2 Q; 1JU5 C; 1QCN A; 4C8Q D; 5C0M A; 6AT1 B; 4AG1 C; 2MIO A; 1UB4 A; 1B3Q A; 2EJG A; 1RAB B; 2EYZ A; 2L0A A; 4N0A C; 4PJO E; 5GMK m; 5KYY A; 4C0G A; 4FM4 B; 4IIO A; 1YJW A; 1BYM A; 2K4Y A; 3CCS A; 3CCE A; 3CBP A; 2DXB A; 3C0C A; 1VQL Q; 4M75 E; 1RAD B; 4QVD A; 3SWN C; 1I81 A; 3OYB A; 3EFR A; 4WF2 A; 3CCV A; 1OQK A; 4M4Z A; 2KY9 A; 4M77 D; 5DLQ E; 2BZX A; 2MK5 A; 2RK1 A; 4PK4 A; 3VU3 C; 3LX7 A; 5I2M A; 4JJN K; 2M16 A; 3M57 A; 5KYU B; 2LJ1 A; 1Z9Z A; 1EX4 A; 3PGG A; 3OB9 A; 1U1S A; 2EAY A; 5I2S A; 3JB9 I; 1YJW T; 3CC2 Q; 1ZUY A; 1GL5 A; 3CCS T; 1NEB A; 4NS5 A; 3CCE T; 3VS3 A; 1H92 A; 1IRX A; 2ESW A; 2HEQ A; 2V1R A; 1K73 U; 3CCV T; 2LCL A; 1K9M R; 1JBM A; 3RES A; 2DRK A; 3A8G B; 5GAN 5; 2M0O A; 4NL3 A; 2AK5 A; 2DZC A; 2GTO A; 2J6K A; 1GRI A; 2KNB B; 2W10 A; 4PJO C; 4A53 A; 1I8F A; 1O75 A; 2RMO A; 4JPB W; 4F7U E; 3M59 A; 2EPD A; 4C92 A; 1KC8 C; 2DL3 A; 3MHX A; 3J7A F; 1WHM A; 3TQ7 P; 1BK2 A; 1B07 A; 4A63 B; 4RTW A; 3OYK A; 4M7A G; 3PVL A; 4JUV A; 3VYH B; 3MP8 A; 5CKH A; 4ATO A; 2SEM A; 3OW2 P; 3RKW A; 3HRT A; 5IHI A; 1K9A A; 4EDU A; 2C06 A; 2OAW A; 3C12 A; 3MEV A; 3OBY A; 5CIU A; 5GAM f; 4LNP A; 3G71 A; 4N0A A; 2JS2 A; 3UWN A; 1VQN A; 1FMW A; 2E65 A; 4A4E A; 4E6R A; 4M78 G; 1WZO A; 2CZ0 B; 2DIG A; 2J6O A; 3A8H B; 5CO7 A; 4A4F A; 3CCR Q; 4ZTJ A; 2QDL A; 3SWN A; 4BY6 B; 3THK A; 2DKG A; 3CBM A; 3CMA A; 4BE2 A; 1WYX A; 4L59 A; 3H0I A; 4XK8 E; 4J83 A; 2GTJ A; 4J6W A; 1KIK A; 4X9D A; 2MWO A; 1N8R U; 5J3B A; 4ME7 A; 3RDV A; 3G71 T; 2OAU A; 1VQN T; 1LPL A; 5M9O A; 1BI3 A; 2PNI A; 3V8K A; 5I21 A; 2DTH A; 4C8Q E; 1N6A A; 1MMG A; 1RUW A; 2XDD A; 3QG1 A; 2E10 A; 1VQ9 A; 3RIR A; 3H6Z A; 2KBT A; 1M8V A; 3OW2 A; 2HL5 C; 2YWW A; 1YP5 A; 2LT4 A; 1VYU A; 2EWN A; 3ER0 A; 7AT1 B; 2X3X D; 1VQ6 A; 2QTX A; 4PJO A; 3CCL A; 4HT8 A; 2XU8 A; 3JAM E; 2OTJ Q; 2M0Y A; 3NHN A; 1Q86 C; 2R58 A; 1UEB A; 4M77 E; 4PKC C; 1E6H A; 4CRI A; 3JCM b; 2KRO A; 2RJC A; 2FZK B; 3GLX A; 2KRN A; 1SEM A; 5C6S A; 1OU8 A; 2XMF A; 5FRO A; 2KAF A; 1VA7 A; 1VQ9 T; 4J6Y A; 4M7A B; 1MUZ A; 1UGR B; 2H3E B; 3CCM Q; 3UDC A; 1Q95 G; 1RAC B; 2F2W A; 1BIA A; 3MCA B; 4XTY A; 2RQV A; 3TU4 K; 2DM1 A; 5D6Y A; 3JB9 G; 3CCL T; 5GAM j; 4ZTF A; 2DTO A; 3QII A; 3GNG A; 1M1K U; 5LJ5 e; 3VS2 A; 4C8Q C; 1YJN A; 1Y71 A; 3SDZ A; 2RHX A; 4EMK C; 3OYD A; 3JCM f; 2KRM A; 1V1C A; 4M78 B; 2YRC A; 1WX6 A; 2PVG B; 3EFO B; 1K8A U; 1NYF A; 1WHG A; 3CME A; 4C5E A; 4DQ2 A; 3TSW A; 3OYH A; 4M7D A; 3GPL A; 4HCZ A; 1K73 C; 3L1A A; 3SFM A; 4F7U A; 2RO0 A; 3ULR B; 3UF4 A; 2V8K A; 1W70 A; 4NOY A; 3BDU A; 4M7A D; 2O9V A; 4E7L A; 2PUK B; 1WI7 A; 3CXC A; 4Z89 A; 1M90 C; 2DE0 X; 2ED1 A; 2KQW A; 5CR2 A; 1NJI R; 2NLU A; 1YJN T; 1VQK A; 1G3Y A; 3RUX A; 1VQ5 A; 2D0N A; 4FL6 A; 5KYN A; 3HRU A; 1FMK A; 3M54 A; 2QEX Q; 1UJY A; 3KBG A; 2J7I A; 1JO8 A; 4F14 A; 2ZPB B; 5GAM h; 4L5G A; 3RKX A; 2E12 A; 4FYY B; 3QDR B; 2DBK A; 2CH4 A; 2A37 A; 3CCQ A; 2FRY A; 1YIJ A; 2L3R A; 4HVV A; 4JLI A; 4M78 D; 2K57 A; 4CC4 B; 5DM7 R; 2LJ0 A; 1U06 A; 1CKB A; 5LL6 S; 1WGS A; 2VB6 A; 2V1Q A; 2GBQ A; 4XU2 A; 3OA6 A; 1M9S A; 1KSW A; 2HBW A; 2HQH A; 4CC3 A; 1NBE B; 1HXD A; 2KMT A; 4BAC A; 1S72 Q; 3M0Q A; 4WCI A; 2K3X A; 2CT4 A; 4LD9 K; 1VQK T; 2KT1 A; 1BB9 A; 1VQ5 T; 4CI0 C; 3QKJ A; 1NPP A; 5EG2 A; 2LTO A; 2AKL A; 1I0C A; 2LVM A; 3ZEH A; 1K0S A; 1YI2 T; 1NZ9 A; 1YIT A; 3CXC S; 4N4I A; 2CP3 A; 3X24 B; 3CCQ T; 2LCC A; 3OS0 A; 1YIJ T; 3RNJ A; 1AWO A; 3CCU A; 4Z88 A; 2DYI A; 3VS6 A; 3HTR A; 3GNF B; 1N8R C; 4C8Q A; 4OMF B; 3CQT A; 2AT1 B; 3EG3 A; 4D8K A; 4EMK A; 1YHQ A; 2AKK A; 4D8D A; 1PSF A; 3HP9 A; 1X43 A; 2KRS A; 2IVW A; 4OF1 A; 2A36 A; 2PVO B; 1JB0 E; 4HKE A; 1LVK A; 2GCX A; 4LUD A; 2OTL A; 4OMQ A; 2GFA A; 4C92 F; 4PJL A; 3S3O A; 4FSX A; 1YIT T; 2QAS A; 5GAN 3; 3T9N A; 1KHC A; 3CC4 A; 3FDR A; 2IIM A; 1SKU B; 5GAO q; 5GAO l; 3CCU T; 1W1F A; 4IUQ A; 3FRN A; 3IQL A; 3QSU A; 2ZPE B; 2VXF A; 3PE0 A; 3OYL A; 2R5M A; 1VQP A; 1YHQ T; 2VGM A; 2L8D A; 1K73 R; 1PNJ A; 1M2O A; 1M3A A; 1UJ0 A; 3NTH A; 2PTK A; 1QVF P; 2K5F A; 1W2B P; 4HA8 A; 2MCN A; 4QT7 A; 2YLB A; 2L5Q A; 1QCF A; 2COW A; 1B34 B; 2AZS A; 3JB9 D; 4XTX A; 2OTL T; 2FZG B; 4E7J A; 5CCA A; 2ZPI B; 4E7I A; 2DL7 A; 5GAN 6; 1GFD A; 1C6V X; 4MZM A; 4JZ3 A; 2KXD A; 1R8O B; 1WHK A; 3CC4 T; 2QA4 A; 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2XDB A; 4D6W A; 1SHG A; 2AHJ B; 1I5L A; 2XID A; 1GCQ C; 3PIP A; 4IUP A; 3C95 A; 2PUO B; 5LJ3 h; 1AZE A; 1YJ9 Q; 2KEA A; 3I56 Q; 2EJ9 A; 1W2B S; 2GFU A; 4X9C A; 2NUP A; 4M78 C; 2Y4X A; 1PSE A; 4F7U F; 3VKI A; 2L3P A; 3EG2 A; 4EPC A; 5FRM A; 4P5N A; 1VQM T; 1T0J A; 3V7R A; 1OX8 A; 5GAN g; 1PC0 A; 1VQO Q; 3CCM T; 1AD5 A; 4XAX B; 3R6O A; 3MEU A; 4LE9 A; 2NWM A; 3LH0 A; 3NPF A; 3X25 B; 2C0T A; 2E64 A; 2GNC A; 2MMP A; 3CCJ Q; 3NTK A; 3ME9 A; 1QCO A; 1M1K R; 2EKH A; 1WLP B; 3CD6 Q; 4K11 A; 3HFO A; 4ELY C; 1IXD A; 2DPP B; 4FYV B; 4FT2 A; 2EIF A; 1K8A R; 3QXE B; 2RJE A; 3JCM V; 3OBW A; 2M1H A; 2JW4 A; 3QWY A; 1VUB A; 2E41 A; 5HK0 A; 2NUZ A; 1VQ7 Q; 2LX7 A; 1PHT A; 3M0T A; 4MDX A; 4LDW A; 2CUD A; 3FLG A; 4L6V 5; 5LJ3 d; 2CZ7 B; 2J06 A; 4MML A; 2JJ9 A; 1PKT A; 2XI9 A; 1ZSZ B; 3VS7 A; 5KH6 A; 1BCO A; 1RAF B; 4ZGJ B; 4DEX A; 3OYI A; 2F5K A; 1H64 1; 2K79 A; 2VC8 A; 4J9G A; 2DLP A; 4M7A A; 2DK3 A; 4TVR A; 2COZ A; 2ROT A; 4C8Q F; 3RMS A; 2A0F B; 2MYS A; 2YHT A; 4M75 C; 1F1B B; 3KUF A; 2XD0 A; 3M4G A; 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