The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
18
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sequence length |
95
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structure length |
95
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Chain Sequence |
PSSNGPLEGTRGKLKNKPRDRGTSPPQRAVEEFDDGEKVHLKIDPSVPNGRFHPRFDGQTGTVEGKQGDAYKVDIVDGGKEKTIIVTAAHLRRQE
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome
|
| publication title |
Structures of Five Antibiotics Bound at the Peptidyl Transferase Center of
the Large Ribosomal Subunit
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
23S RRNA
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| total genus |
18
|
| structure length |
95
|
| sequence length |
95
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2001-11-07 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | Ribosomal protein L21 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3CXC P; 3CCE Q; 2QEX Q; 3CCJ Q; 3CME Q; 1S72 Q; 1KQS P; 3CMA Q; 1YHQ Q; 1N8R R; 3CPW P; 1QVG P; 3CCR Q; 1Q82 R; 1VQ9 Q; 1YJ9 Q; 1K8A R; 3G71 Q; 1Q81 R; 1VQ5 Q; 3CCU Q; 1YI2 Q; 3OW2 P; 1VQP Q; 1VQN Q; 2QA4 Q; 1VQO Q; 1Q86 R; 1K73 R; 3G4S Q; 1KC8 R; 1YJW Q; 3G6E Q; 3CC7 Q; 3CD6 Q; 2OTJ Q; 1VQ7 Q; 3CCL Q; 1K9M R; 2OTL Q; 3CCS Q; 3I56 Q; 1YJN Q; 1M1K R; 1NJI R; 1VQM Q; 1M90 R; 1VQK Q; 3CC4 Q; 3CCQ Q; 1W2B P; 1YIJ Q; 1KD1 R; 1VQL Q; 1VQ6 Q; 3CCV Q; 1Q7Y R; 3I55 Q; 1VQ4 Q; 3CC2 Q; 3CCM Q; 1VQ8 Q; 1YIT Q; 1JJ2 P; 1QVF P; #chains in the Genus database with same CATH topology 4PLI A; 3HL8 A; 3SHW A; 4PLL A; 3CD6 A; 3OS1 A; 2M16 A; 1JJ2 A; 1M9S A; 1GCQ C; 3CBM A; 1D09 B; 1U1T A; 1WJR A; 3MP1 A; 1K8A C; 4EIK A; 2VV5 A; 3DB4 A; 3OYM A; 4L6V 5; 3S6W A; 2MF2 A; 4M78 A; 2CUD A; 1WHL A; 2AZS A; 3OYY A; 5FU7 C; 1WHG A; 1I81 A; 4QQG A; 3JAM E; 4ATO A; 1AWW A; 3E19 A; 5KE3 A; 4QVZ A; 2NUT B; 1I5O B; 3VS3 A; 4PL6 A; 2KY9 A; 5GAN d; 4BB7 A; 1G3S A; 1FX7 A; 2EYZ A; 3EGX B; 4FCY A; 5ECA A; 3CC2 T; 2AZV A; 3MO8 A; 2RK2 A; 4M78 G; 3M56 A; 1UGQ B; 3FB9 A; 2RJD A; 4RKU E; 2FVU A; 2HDA A; 3QHS A; 1GCQ A; 3X25 B; 2EBP A; 2OTJ A; 3HSB A; 3VS0 A; 5KYY B; 5DM7 R; 3NTK A; 4A4F A; 2FG0 A; 4LDY A; 4AFS C; 1VQ7 T; 3CC4 A; 1VQN Q; 1ZHI A; 2KXD A; 2VXE A; 3G7Z A; 4RUG A; 1YJN Q; 5DLO A; 1SKU B; 3M55 A; 1K73 U; 4M7D C; 3THK A; 4M7A A; 3KFV A; 5LJ5 h; 2O9S A; 2VKN A; 1GRI A; 3BFM A; 4II1 A; 2QGG A; 4QQD A; 1ZSG A; 1PRL C; 1EX4 A; 4C5I A; 5CO7 A; 1RAE B; 2LJ3 A; 3HPW A; 2P0K A; 2RHX A; 1Q81 C; 1X01 A; 2F5T X; 3OA6 A; 3I56 Q; 1MMD A; 3BW1 A; 5KYU A; 4J9G A; 4O6J A; 1MMG A; 4PJL A; 1M8M A; 4HVU A; 3CCJ T; 3JB9 I; 4IKF A; 4J83 A; 4EDU A; 4LE9 A; 3OYL A; 2EYY A; 2YT6 A; 5J26 A; 1CSK A; 1A0N B; 1N8R U; 3EH1 A; 1BCM A; 1LPL A; 4OGC A; 3GPL A; 2ESW A; 1R0B G; 4QKU A; 1D1B A; 3RKW A; 2MMP A; 2COZ A; 1I07 A; 1NJI C; 1LOJ A; 2EQK A; 4M78 E; 2DIQ A; 3TVT A; 3G71 T; 5GAN 3; 1SRL A; 2DKG A; 3L2R A; 2CP6 A; 1ZX6 A; 2JNG A; 5M9O A; 2YUQ A; 1KG1 A; 1JXM A; 3AHU A; 3QJ6 A; 2WSF E; 4M7D G; 3PNW C; 2HQH A; 5L23 A; 3JCM Q; 4FSS A; 5GAO n; 1WHJ A; 2K4Y A; 2BUD A; 1SRM A; 3HP9 A; 2YLC A; 5GAM e; 4EMG A; 3CME T; 4J6W A; 1M90 U; 1QVF P; 2K3X A; 2RNA A; 2OAU A; 2OX7 A; 2VUB A; 5FWC A; 1JXO A; 3GNG A; 4D8D A; 1S72 Q; 3NPF A; 1K8A R; 3JB9 H; 2RF0 A; 1IO6 A; 1K1Z A; 4FYX B; 5D6Y A; 1WA7 A; 3NGP A; 3VS1 A; 2GF7 A; 1E6H A; 1JQQ A; 1NYF A; 2EFI A; 2O31 A; 3CCQ Q; 3QSU A; 2M9U A; 2C06 A; 2RI2 A; 4A4G A; 1WNL A; 1XTD A; 4LN2 A; 1ACM B; 5FRM A; 2E4H A; 3LGL A; 1PNJ A; 5CKF A; 2GFU A; 2JUF A; 3HHT B; 2DXB A; 5A0G A; 1T3L A; 3CCS A; 2LVM A; 1PG5 B; 1G8X A; 3NFC A; 2RHY A; 4CC3 A; 1UGR B; 1KQ1 A; 5CKH A; 2LCC A; 4M75 G; 2ENM A; 2BE9 B; 1NPR A; 2DL4 A; 1TWB A; 2WAC A; 5KYY A; 2PVO B; 2RH2 A; 1EIF A; 1QP2 A; 3CC7 A; 2HD0 A; 2EYX A; 4KGV B; 3E2U A; 2D1X A; 3M4Y A; 3V8K A; 1RAC B; 2CP3 A; 4E6R A; 3OYE A; 1LNX A; 4DEX A; 3L2W A; 4WF2 A; 2XMF A; 4M7D E; 1Y07 A; 2JTE A; 1I8F A; 3VUZ A; 2NUZ A; 3CCV Q; 3RBB B; 3JCM c; 3FJ5 A; 2YRD A; 5GAN 8; 4AFZ C; 1IB8 A; 3OMG A; 5GAN e; 5LJ5 j; 2W10 A; 3ZFJ A; 2Y4X A; 4Y91 A; 4OB2 B; 1UHC A; 3CPW S; 3HRU A; 1VQL A; 4CI0 C; 2X51 A; 3OYC A; 3RDV A; 1XJW B; 4L59 A; 1M1K R; 5GAO l; 1Y0M A; 1VQ8 T; 5IXF A; 1VQ6 Q; 3TEE A; 1EFN A; 1G2B A; 1RAA B; 4BUG A; 1S72 T; 2JMC A; 3OS5 A; 4Y92 A; 3G6E T; 3TSZ A; 2R57 A; 2X4W A; 1HYO A; 2IVW A; 2G6F X; 2ZGW A; 2R5M A; 1NJI R; 1E6G A; 2KT8 A; 3N5B B; 1YN8 A; 2FPD A; 3A8G B; 3VU3 C; 2H8H A; 1M2V B; 1UEC A; 1PWT A; 4BE1 A; 3E9G A; 4OP0 A; 1QVG P; 3RUX A; 2KK4 A; 1WHM A; 1VQM A; 4JJC A; 4PJJ A; 4XQ3 A; 4MZM A; 2OTL T; 3X20 B; 5GAM g; 2DZ9 A; 2V1Q A; 4KH1 B; 4F16 A; 1VQ4 T; 1OU8 A; 1U3O A; 2X3W D; 1SEM A; 3CPF A; 2K5I A; 4M77 F; 2CP0 A; 2RJC A; 1UGP B; 3DLM A; 5D6X A; 2J6K A; 2JJ9 A; 2L89 A; 3REA B; 2QA4 T; 1TTH B; 4MMK A; 2JM9 A; 3J7A F; 1QCF A; 3OW2 P; 1PCX A; 2GBQ A; 2QDL A; 3CBP A; 5FLX E; 1NM7 A; 3LWI A; 4LDV A; 6AT1 B; 1YIJ Q; 4IUT A; 1UDL A; 1Q7Y R; 2L0A A; 1UEB A; 1ZA1 B; 2KAF A; 2K5L A; 1N5Z A; 2FYK A; 4AG1 C; 2YSQ A; 2QEX Q; 3QUI A; 5CCA A; 5GAO q; 1ARK A; 5C0M A; 1SG5 A; 5HKC A; 3JCM X; 3SDZ A; 4NL3 A; 2QAS A; 5J39 A; 3LH0 A; 4LNP A; 5GAM f; 4L5G A; 2KNB B; 2FB7 A; 2K3Y A; 3VS6 A; 2RO0 A; 2HQX A; 5HK0 A; 4BI3 A; 2K7A A; 4WTO B; 4MZT A; 1V1C A; 3LW5 E; 1PC0 A; 1VQN A; 3EAE A; 2B86 A; 1TG0 A; 2RHZ A; 1WI7 A; 1YJN A; 3CXC S; 2F5K A; 2ECZ A; 2FRW A; 1OYX A; 4WCI A; 4Z88 A; 1OPL A; 4M78 D; 2J7I A; 1Q86 C; 2DJZ A; 4C5E A; 2CZ1 B; 3HKS A; 3CCE T; 2F1L A; 2FL7 A; 2EKO A; 2PVD B; 4M77 B; 3CMA Q; 4F7U F; 4XU0 A; 4HCZ A; 3JCM W; 1YI2 T; 1YJ9 Q; 3I56 A; 2L3R A; 2ZCF B; 3ME9 A; 3QZ9 B; 1QWF A; 2J05 A; 1FXX A; 2YUO A; 3UA6 A; 2A3L A; 4C8Q F; 2GFA A; 5GAN 7; 4PNO A; 1UE9 A; 1JEG A; 1M1K U; 4PJO F; 1G5V A; 2X4Y A; 3UAT A; 5LJ3 e; 2JS0 A; 1WHH A; 4F17 A; 3G1J A; 3M57 A; 2AKL A; 2CYZ B; 2FPE A; 1VQ5 Q; 3E1S A; 3PVQ A; 4GLK A; 1MGQ A; 5EC7 A; 2P0P A; 2P84 A; 4M7A D; 2ED0 A; 3QWX X; 1KD1 R; 3I35 A; 2RQV A; 5GMK i; 4DA4 A; 3HFO A; 2QEX T; 2EAY A; 4QVC A; 3TU4 K; 3CQT A; 2K79 A; 2HBW A; 1JB0 E; 3C12 A; 2DYB A; 1Z9Q A; 5KYN A; 1S72 A; 3CEY A; 4HVV A; 3X28 B; 2YUP A; 2CGH A; 1PKS A; 4C0G A; 1QW1 A; 2CSI A; 2YWW A; 3OSV A; 2RA2 A; 2LQK A; 2GTJ A; 3V7R A; 2WSC E; 2P4T A; 3QWY A; 3CCQ A; 4F7U B; 1QKW A; 4M75 F; 1Y57 A; 1BI2 A; 4RTX A; 2E1H A; 4OVA A; 2DTI A; 3OS0 A; 3CC2 Q; 5FWB A; 3QDR B; 4C8Q B; 4TVR A; 1H8K A; 2PTK A; 4C0F A; 4JZ3 A; 1KQS P; 4M77 C; 4PJO B; 3PE0 A; 2DA9 A; 4A4H A; 4ZTJ A; 2F2V A; 2IPO B; 2JW4 A; 1VQ7 Q; 2ZZD A; 3NTH A; 5CK9 A; 1R0C B; 5FU6 B; 3PMT A; 2KR3 A; 5IT9 E; 1OQK A; 2ZPG B; 1EZZ B; 2D9T A; 3EG1 A; 3FIF A; 2QA4 A; 2E65 A; 1NBE B; 2DL5 A; 5I2S A; 2E12 A; 2DL8 A; 3ULR B; 4ELY C; 1VQO Q; 4JLG A; 1Q86 R; 3RMS A; 1M5Q 1; 2EGC A; 3CCV A; 2PVG B; 3M54 A; 4RTU A; 1XQH A; 4HVW A; 2CUB A; 3M5A A; 2QQ9 A; 2XDD A; 3JB9 G; 3ZEH A; 2F69 A; 2LP5 A; 2E64 A; 3M53 A; 2HEQ A; 2EJG A; 3FDR A; 3CCR T; 2KEA A; 4RTT A; 3CCJ Q; 3PIP A; 2BZX A; 1YJW T; 3M0Q A; 3L2Z A; 1U5S A; 1MND A; 4E2F B; 4DBH A; 1VQ6 A; 2EWN A; 4JDS A; 3OS2 A; 2ATC B; 5GMK l; 2DEQ A; 3OQ5 A; 5LJ3 g; 1X6O A; 2JMA A; 2D0N A; 2HKN A; 4M75 B; 4M77 G; 3WVD B; 4X1V A; 5GAM h; 3IQL A; 5LJ5 d; 3OB9 A; 1W2B A; 1HJD A; 4EPC A; 4KRT A; 3G71 Q; 1QVF S; 3FRN A; 4FT4 A; 1KC8 R; 1M1F A; 3A8O B; 4F14 A; 1AOJ A; 3CCL Q; 2YLB A; 8ATC B; 2QGF B; 4N4I A; 4ZGE B; 2RPN A; 3GNF B; 3KXT A; 1RI9 A; 3PTA A; 1M1G A; 2DVE A; 4QVD A; 4C8Q C; 2E5Q A; 3VRY A; 1KD1 U; 1K0S A; 4JRI A; 3CME Q; 2DET A; 1IRX A; 4AFU C; 1WQW A; 2JT4 A; 3DB3 A; 1IHW A; 2ZPH B; 5KYX A; 1BU1 A; 1SHG A; 3X24 B; 4UC4 A; 4D6W A; 3VRZ A; 1WJQ A; 5CAI A; 1D1C A; 5A0D A; 3UT1 A; 4J9B A; 2RHU A; 3UF4 A; 5FW9 A; 4FYW B; 1YWO A; 2LRQ A; 1QMC A; 4C5H A; 1WQ7 A; 1QVP A; 2QDY B; 3H41 A; 3VKI A; 2E41 A; 3ZBD A; 4F7U A; 1VQO T; 1Y7X A; 1YIJ A; 5FRN A; 3UWN A; 2F2X A; 4RG8 A; 1JBM A; 4HCK A; 4JJB A; 4C0D B; 1IXD A; 4J9E A; 4JS5 A; 3H0I A; 4C8Q A; 2QEX A; 4MDX A; 1M4Z A; 3VS7 A; 4HXJ A; 1B7T A; 2IIM A; 2KRM A; 2KSS A; 4BAC A; 1H92 A; 2RQT A; 1YHQ T; 2DNU A; 2QQB A; 3WVE B; 5GAO m; 2XIC A; 1T0H A; 2OI3 A; 4F7U G; 4M77 E; 1VQP T; 2NWM A; 1AWJ A; 1OEB A; 1QVF A; 2VGN A; 2PNI A; 3VJP A; 4M7D A; 1LCK A; 1T3S A; 2D6F A; 2XHC A; 3Q1J A; 4E7S A; 1UTI A; 3I55 T; 2K3B A; 2NYS A; 4C8Q G; 3CCM T; 1ZUU A; 4M75 C; 3UA7 A; 2C0I A; 1NLP C; 4PJO G; 2ZPE B; 2QTV A; 3EFO B; 2H3J A; 2HAX A; 4CRI A; 2L3Q A; 1FMK A; 2JM8 A; 1RAD B; 1QWE A; 1BBZ A; 4GBQ A; 3CCL T; 1RAF B; 4A54 A; 5GAN 2; 3GF5 A; 1AZE A; 1N9S A; 3CMA A; 3M0T A; 3LYI A; 1UGS B; 2KVQ G; 1VQ8 Q; 1YJ9 A; 2DL3 A; 4KGZ B; 2LT4 A; 2ZPB B; 3TCJ A; 2CZ7 B; 1H64 1; 4BY6 B; 2EYQ A; 5AT1 B; 2RJE A; 3EFR A; 2CS7 A; 2DER A; 1QVG S; 3R6O A; 2MYS A; 3G6E Q; 2QK0 A; 3VUB A; 4IUP A; 4M75 A; 2JVV A; 4JJD A; 4JRK A; 2HCK A; 1YIT T; 3JCM e; 3RMQ A; 4Z02 A; 4J6Y A; 4OB0 B; 1VQ5 A; 4YTL A; 4GLM A; 1O75 A; 1YFN A; 4HT9 A; 5CVI A; 2NUT A; 1F1B B; 2RQR A; 1NEB A; 2C0T A; 1M3C A; 2B8A A; 3EGX A; 4F7U E; 1VOM A; 1X2Q A; 3OW2 S; 2OTL Q; 2DAQ A; 3JSC A; 1KC8 U; 4C0D C; 3A1P A; 2VYT A; 1IGQ A; 2LJ1 A; 1C0M A; 3URG A; 1VQ4 Q; 4PK4 A; 3M0P A; 5A2Q E; 2QYZ A; 4DOW A; 4C8Q E; 4RMO A; 3P8B B; 1YJW A; 4XTU A; 1VQ9 T; 2DPP B; 1HSQ A; 2DBK A; 3H9N A; 2DZC A; 2K9G A; 1MV3 A; 4PJO E; 3QPH A; 2CP2 A; 1E7O A; 3QDF A; 2QQR A; 2QA4 Q; 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3CPW A; 2LDM A; 1MUZ A; 1ZA2 B; 4IUU A; 4OML A; 2QQS A; 5LL6 S; 1K73 C; 1SF9 A; 1V29 B; 3UPU A; 2DE0 X; 5GAN 5; 3A98 A; 2LC4 A; 3G71 A; 2YDL A; 1I1J A; 4X9C A; 3H0H A; 1X75 C; 3CCL A; 1UJ0 A; 2AK5 A; 2K2V A; 4DBF A; 1VIE A; 5CIU A; 1V76 A; 1UJY A; 3OYF A; 1ABQ A; 5GJW B; 3P8D A; 3SWN C; 5GJV B; 4LXC A; 2BKD N; 2PUK B; 2L8D A; 3OYK A; 3CME A; 2VGM A; 3GOX A; 2KRN A; 2RM4 A; 1B34 B; 1X43 A; 1G3W A; 2BE7 D; 1I5L A; 5DLQ E; 4EMH A; 4ZGJ B; 3CCU T; 2RQU A; 1Q82 R; 1BIA A; 1IGU A; 3CD6 T; 1OPK A; 3GBQ A; 1KQS S; 3PVL A; 1N8R C; 3PT9 A; 4N4G A; 2M02 A; 2RB6 A; 1R77 A; 1Z9Z A; 3L2Q A; 2KXC A; 2NUP B; 1K9M R; 3JCM f; 4DEY A; 4HCC A; 2QAZ A; 4FT2 A; 2EKH A; 2WSE E; 2LCS A; 5GAN g; 1G83 A; 4NOY A; 1BI1 A; 3KUF A; 4KH0 B; 4XK8 E; 2MWP A; 2KRS A; 3M0U A; 1N27 A; 2EJF A; 4ANJ A; 1ABO A; 1TUC A; 3C4S A; 1Q81 U; 1VIF A; 2Z0W A; 2DO3 A; 4M7A F; 3MET A; 2LCL A; 1KHC A; 3SFM A; 3OY9 A; 1FMW A; 2DLP A; 1MNE A; 1M90 C; 4LD6 A; 3AT1 B; 4X9D A; 5GMK m; 2X9H A; 3NHN A; 3HTR A; 3C94 A; 3V7S A; 4E7I A; 5GMK e; 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