The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
19
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sequence length |
95
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structure length |
95
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Chain Sequence |
PSSNGPLEGTRGKLKNKPRDRGTSPPQRAVEEFDDGEKVHLKIDPSVPNGRFHPRFDGQTGTVEGKQGDAYKVDIVDGGKEKTIIVTAAHLRRQE
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
A pre-translocational intermediate in protein synthesis observed in crystals of enzymatically active 50S subunits.
pubmed rcsb |
| molecule keywords |
23S RRNA
|
| molecule tags |
Ribosome
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| total genus |
19
|
| structure length |
95
|
| sequence length |
95
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2002-01-07 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | Ribosomal protein L21 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1QVG P; 3CCE Q; 1YI2 Q; 3CD6 Q; 1JJ2 P; 2OTJ Q; 3CPW P; 3CCS Q; 3CCU Q; 1Q81 R; 1QVF P; 1YIT Q; 1VQ8 Q; 1KC8 R; 3I56 Q; 3CME Q; 1Q82 R; 1K8A R; 2QA4 Q; 1YIJ Q; 1YJN Q; 1VQ4 Q; 1VQ7 Q; 2OTL Q; 3CC7 Q; 3OW2 P; 1YHQ Q; 1M90 R; 3I55 Q; 1K9M R; 2QEX Q; 1N8R R; 1VQP Q; 1VQ9 Q; 3CC4 Q; 1YJW Q; 1VQO Q; 1KD1 R; 1VQM Q; 1W2B P; 3G71 Q; 3CCJ Q; 3CCL Q; 1YJ9 Q; 3CC2 Q; 1Q86 R; 1VQ6 Q; 3CCR Q; 1VQN Q; 3CCM Q; 3CMA Q; 3G4S Q; 1VQ5 Q; 1S72 Q; 1VQL Q; 3CCQ Q; 3CCV Q; 3CXC P; 1Q7Y R; 1M1K R; 1NJI R; 1KQS P; 1VQK Q; 3G6E Q; 1K73 R; #chains in the Genus database with same CATH topology 1AWX A; 1JJ2 A; 3PFS A; 1NLO C; 3KUF A; 5CQX A; 4J9B A; 1EIF A; 1VQ7 Q; 1VQ6 A; 1HD3 A; 1K9M R; 4O6J A; 1RAF B; 2K2M A; 3VS0 A; 5GMK m; 1VQ5 Q; 3GPL A; 1BBZ A; 5LJ5 f; 5FU6 C; 1RAE B; 3MO8 A; 3SHW A; 2DIQ A; 2HAX A; 3V8L A; 4C5H A; 1UGR B; 4Y92 A; 4FT2 A; 1M2V A; 1VOM A; 1M1K U; 4OGC A; 3CMA A; 2NUZ A; 1QP3 A; 3EHR A; 1I0C A; 2CZ1 B; 4E2F B; 1OUL A; 3A8G B; 5FWC A; 3DB3 A; 2QQS A; 1GFC A; 1KQS S; 2CT3 A; 2PTK A; 1SHF A; 3OMC A; 2K9G A; 1N8R U; 2DVE A; 5LJ5 e; 3X26 B; 1SF9 A; 3HHT B; 2CGH A; 2OJ2 A; 3RKY A; 2C0O A; 2DEU A; 2VAS A; 8AT1 B; 4FW2 A; 5KCO A; 4C8Q F; 3G6E A; 2DZC A; 4PJO B; 3THK A; 2EYZ A; 3HPW A; 3PTA A; 3HRT A; 5GAN 8; 2EQI A; 3TU4 K; 4M75 E; 2A3L A; 2JS0 A; 3I5S A; 5GAN j; 3E1S A; 2RQU A; 1U8R A; 1YJW T; 1NPP A; 2DA9 A; 4JLG A; 4DBR A; 2GNC A; 2VKN A; 1BIA A; 3EG9 A; 2EKH A; 5J26 A; 2KE9 A; 3FEO A; 4C92 E; 4AFQ C; 3M9Q A; 2VC8 A; 1YWO A; 1YWP A; 1TSF A; 1B3Q A; 2DXT A; 1Q86 R; 4C92 C; 5IT9 E; 1N27 A; 2RI3 A; 3CBM A; 3FB9 A; 4XU2 A; 2GBQ A; 2KQW A; 1PCX A; 3TVT A; 1AD5 A; 1PKT A; 1IB8 A; 1D0Y A; 5GMK h; 4C92 G; 1YIT Q; 2JMA A; 3CC2 A; 3VS2 A; 1MHN A; 2P0K A; 1M5Q 1; 1LNX A; 2E6N A; 1QKW A; 1XOV A; 3UA7 A; 1WFW A; 1YNZ A; 4OMN A; 2PUO B; 1Q82 U; 3EGX A; 3NGP A; 4F16 A; 4HVW A; 4MDW A; 5HK3 A; 5CIU A; 4RG8 A; 3RNJ A; 5KE2 A; 2ZGW A; 1EZZ B; 4XU0 A; 1MV3 A; 3EG9 B; 1OU9 A; 1VQ4 Q; 1XTD A; 4C0D C; 3OS0 A; 3OYJ A; 2WSE E; 2KR3 A; 1ZBJ A; 1KQ2 A; 4A4E A; 1G8X A; 4RTU A; 2LQ8 A; 5IN1 A; 2AT1 B; 2K3X A; 3OQ5 A; 2XDB A; 3MEW A; 2L5Q A; 1YHQ T; 1NPR A; 2ZZD A; 4PJO F; 1QQJ A; 4KUL A; 4EMG A; 5I22 A; 2QAS A; 2E1H A; 4M78 E; 1KD1 U; 4ELY C; 9ATC B; 3MHX A; 3JCM J; 5FU6 B; 3SWN C; 2HDA A; 3CME Q; 5LL6 S; 5GAM h; 3JB9 H; 4KGZ B; 2V8I A; 4M78 C; 3OYL A; 1TS9 A; 2VGM A; 3O8V A; 4XK8 E; 3PVL A; 3CD6 A; 2X4W A; 2OTL T; 2RJE A; 1H8K A; 1X69 A; 3JCM c; 2MWO A; 3EGX B; 3ZEH A; 3HSB A; 4M78 G; 1VYV A; 4RCC A; 4C92 A; 2EIF A; 3EFR A; 5KYY A; 2QEX T; 1U1S A; 2CRE A; 1J3T A; 1Q81 R; 3M59 A; 2LZ6 B; 4AFU C; 2K5I A; 1WI7 A; 3NFC A; 4Z8A A; 3EGU A; 4A54 A; 1DJ7 B; 4C8Q D; 4OP0 A; 1KC8 C; 4R0K A; 1PSF A; 5A0G A; 2D0N A; 4RTY A; 3WVE B; 5FU7 C; 1EX4 A; 2XKO C; 1KFZ A; 1TG0 A; 1YJ9 T; 2C0I A; 2XK0 A; 3OW2 S; 4JS5 A; 4BDY A; 3G4S T; 1CKB A; 5GAN e; 3OW2 P; 4M75 B; 4QQD A; 4ORZ A; 1C1A A; 5GAO m; 3UWN A; 1AZG B; 4X9D A; 3M54 A; 4HA8 A; 3CCV Q; 3I56 A; 1KHC A; 4BI3 A; 5LJ3 f; 1VQO T; 3I55 A; 4HCK A; 2ZPH B; 2DNU A; 2RHI A; 4F04 B; 1KJW A; 3DKM A; 2GTO A; 2QDL A; 4XU1 A; 3MEV A; 1MND A; 1Q7Y U; 1W4S A; 3SWN A; 2ATC B; 3GNG A; 2AHJ B; 1RLP C; 3HRU A; 4M78 A; 3X25 B; 4LD6 A; 4QVC A; 3GLX A; 5A2Q E; 3M56 A; 4WCI A; 1SHG A; 1VQN Q; 4FCY A; 2FPE A; 2HBP A; 4MMK A; 1NJI R; 2I2L A; 1FMK A; 5ECA A; 1UDL A; 3CCR T; 4IUR A; 2ESW A; 4AMC A; 2DER A; 5KYU A; 2YRC A; 4N4H A; 5EC7 A; 1T0H A; 3M0U A; 3FJ5 A; 1X75 C; 4C0D B; 4BUG A; 3UDC A; 2COY A; 3EFS A; 3OYK A; 1M4Z A; 1MMG A; 2M16 A; 1QCN A; 3OYA A; 1K76 A; 3OYM A; 2PNI A; 4PJO D; 3C4S A; 2QEX A; 4BDZ A; 3MPU B; 1ZQ1 A; 2DXU A; 2F2W A; 2L3S A; 1GXI E; 4M7A E; 4AG2 C; 2AZS A; 2KSS A; 1K8A R; 3M5A A; 2JNG A; 2YUQ A; 1VQL A; 1WIE A; 1MGQ A; 2FPD A; 2VWF A; 3JCM d; 2JTE A; 4JPB W; 1I5L A; 2FO0 A; 4M7A C; 3OYN A; 4M78 B; 1W70 A; 1YN8 A; 2CT4 A; 2FRY A; 4M75 F; 3CC7 T; 3VRY A; 3OYI A; 2J7I A; 1B7T A; 5GAN g; 3JV3 A; 3CCL T; 4XQ3 A; 4M7A G; 3PNW C; 3R6O A; 4RCB A; 5LJ3 d; 1QVF P; 1LCK A; 3EG3 A; 1UGQ B; 1QMC A; 4K11 A; 3M4G A; 2HSP A; 3CCE A; 2DMO A; 3S6W A; 4B9W A; 1S72 Q; 2DYB A; 4EMK C; 2EFI A; 4PFO A; 3REA B; 2C06 A; 1SEM A; 2F5T X; 3CC4 A; 5KYN A; 1BI2 A; 3G7Z A; 1RAH B; 1M3B A; 2RH2 A; 4J6W A; 1PM3 A; 4E6R A; 2PZ1 A; 2EBP A; 3HL8 A; 1BB9 A; 1PG5 B; 4CI0 C; 3C0C A; 2DL3 A; 2DET A; 1NBE B; 4CRI A; 1LVK A; 1ZSZ B; 1QWE A; 3VS3 A; 5CK9 A; 4M77 E; 1KQS A; 4LDX A; 2MMP A; 4J7F A; 4J6Y A; 4IIM A; 2LCL A; 3EFO B; 4J9E A; 4M77 C; 2YUN A; 3LGF A; 4J9I A; 3CCR A; 3PIP A; 1M8M A; 2DM1 A; 2ZPG B; 1OZ3 A; 1E7O A; 4F17 A; 3UPU A; 2KYB A; 2CS7 A; 2CKK A; 4M77 G; 1YIJ T; 3H0F A; 4M7A A; 2QQR A; 2VV5 A; 1VQ7 A; 1K9M C; 2GQI A; 4M78 F; 2CH4 W; 2CZ0 B; 1XQH A; 3KBG A; 4E7J A; 1VQ5 A; 1M8V A; 5I2M A; 1OYX A; 3GF5 A; 1BIB A; 2COW A; 2G6F X; 1G5V A; 5J3B A; 1QKX A; 1IRE B; 4DOW A; 1U5S A; 2RK2 A; 1MMN A; 4F7U E; 5HY6 A; 1N9R A; 3MEA A; 4EMK A; 2EQM A; 3CCJ T; 4XTZ A; 4JS4 A; 1PHT A; 1GFD A; 1ZSG A; 4NOY A; 2K57 A; 4BE2 A; 2P0Q A; 4WTO B; 1B07 A; 3JSC A; 4F7U G; 3T9N A; 3E9G A; 3LX7 A; 2BE9 B; 2RK1 A; 5FRO A; 4E7Z A; 1QVG A; 5GAN h; 1MUZ A; 1ACM B; 5GMK l; 1TXQ A; 1G2B A; 1VQ6 T; 2MI6 A; 1K1Z A; 2VXE A; 2QA4 Q; 1YJN Q; 2QTV A; 4M77 A; 2G3R A; 4C92 D; 1C0M A; 2X35 A; 2EPD A; 3A8L B; 1QWF A; 3J80 E; 2IVW A; 1VQK Q; 1TWB A; 2HKN A; 4EMK B; 2QDY B; 4F14 A; 4J9H A; 1SKU B; 1AT1 B; 4RTW A; 1V1C A; 1SRL A; 3CMA T; 2EYQ A; 4KUD K; 3V8J A; 3FJP A; 1G3Y A; 1IXD A; 2JXB A; 1VQ9 Q; 2DBM A; 1VUB A; 1KC8 U; 1YIT A; 2DXB A; 4IUP A; 5L8R E; 1RI0 A; 2WSF E; 1YIJ A; 3BE3 A; 2R58 A; 3LW5 E; 1NYF A; 3MP1 A; 4KBM B; 1PRM C; 5IH2 A; 3G6E T; 4TVR A; 1Q7Y C; 2HQH A; 4F7U A; 1D1A A; 1ZUK A; 2RI2 A; 4M77 B; 2QGF B; 2H3E B; 1N8R R; 1U1T A; 2QAZ A; 2X9H A; 2CSI A; 2FL7 A; 3E9F A; 2DRM A; 3LWI A; 1WJS A; 3FRN A; 2PVG B; 4CC4 B; 3G4S Q; 2FZC B; 1WLP B; 1SSH A; 2MCN A; 2LDM A; 3DLL A; 4M78 D; 1X2Q A; 3CCQ T; 3PVQ A; 1D0X A; 4C5I A; 4OB0 B; 1PKS A; 5GJV B; 4C5E A; 2KK4 A; 4M4Z A; 4PNO A; 2X4X A; 4PKC C; 2EYY A; 2J6F A; 2DD4 A; 4B6M A; 4E47 A; 2LJ0 A; 3JB9 G; 2DAQ A; 3CME A; 4J7I A; 2LCS A; 3M0T A; 5I11 A; 1VYT A; 4BI8 B; 4LE9 A; 4MZT A; 1WA7 A; 2M9U A; 5KCH A; 3CC2 T; 4ZTJ A; 3P8B B; 4QKU A; 1NM7 A; 1QCO A; 2BZY A; 2F2X A; 1D3B B; 3G1J A; 1OV3 A; 1M1F A; 2QXF A; 2YUP A; 4F7U B; 1I07 A; 3NHN A; 1VQP Q; 1Q81 C; 4IKF A; 2XU8 A; 2DL7 A; 2JM9 A; 1I4K 1; 4CC2 A; 3M0S A; 3BDU A; 3MJX A; 3CCU Q; 1RL2 A; 2RQW A; 2JT4 A; 1BYM A; 4YTL A; 5GAM g; 3V8K A; 5FLX E; 4QVD A; 1GBR A; 4E7I A; 1YCY A; 2RB6 A; 4UC4 A; 3A1P A; 3KXT A; 3OSV A; 4M77 F; 2A7Y A; 3BFM A; 2XDD A; 4LDY A; 2FB7 A; 4CC3 A; 4PFZ A; 1G3T A; 1RAB B; 3VUB A; 2OX7 A; 3N5B B; 2IIM A; 1W1F A; 2YSQ A; 2L0A A; 2DL4 A; 1WNL A; 2F69 A; 3G71 A; 2X4Y A; 3A5Z B; 2DD5 A; 3V7S A; 3CCV A; 2HQX A; 3CD6 T; 2KAF A; 1VQM Q; 4BAC A; 2VGN A; 4FL6 A; 1Y7X A; 4OB3 B; 3QWY A; 1M27 C; 4QVZ A; 5I2S A; 2DK3 A; 3ZL7 C; 4DBH A; 1AHJ B; 3CBO A; 3QJY A; 1D0Z A; 3HP9 A; 3EG1 A; 2HCK A; 4R56 A; 2BKD N; 3OMG A; 2QGG A; 4OML A; 1VQN A; 1NJI C; 2DVJ A; 1M1G A; 1M2V B; 3CCQ A; 3OA6 A; 2DXC A; 3ZBD A; 4F7U F; 4LUD A; 5HK0 A; 3PIO A; 5GAO l; 2DEQ A; 2CUB A; 2MYS A; 2VB6 A; 2JUF A; 4RG2 A; 5CR2 A; 2JVV A; 3F70 A; 2M1H A; 4M7A D; 5FW9 A; 2O01 E; 3S3M A; 5LJ3 j; 1ZX6 A; 2ZAE A; 3HFO A; 3I56 T; 3QHS A; 2EGC A; 5C0M A; 1K8A C; 1WHK A; 3I55 T; 1GCQ A; 3JCM P; 5GAN 5; 1K9M U; 1K73 R; 2CP7 A; 2XHC A; 3CPW A; 2CSQ A; 1TU0 B; 4ANJ A; 3VKI A; 3RKW A; 2CP0 A; 3O5Z A; 1X6B A; 2EVR A; 1U3O A; 2KXC A; 3M0R A; 1G83 A; 2RJC A; 2RHX A; 2MPX C; 1W2B P; 4LDW A; 2XIC A; 3M53 A; 2KNB B; 1I1J A; 4OVA A; 3CCM Q; 2X51 A; 5LJ5 g; 3UF4 A; 2VVK A; 2AIR B; 5J39 A; 2KRO A; 2B86 A; 3E2U A; 1S72 A; 2DBK A; 3CBP A; 1IO6 A; 2L8D A; 5IAY A; 1MNE A; 2EGE A; 2WAC A; 2K79 A; 1KK7 A; 4FU6 A; 1FWZ A; 4M77 D; 2V26 A; 1JXO A; 2OTJ Q; 1KSW A; 1VQL T; 1OZ2 A; 2PVO B; 4E7S A; 4FIB A; 2ECZ A; 1Y57 A; 1WDX A; 2RJF A; 4XAX B; 2KBT A; 1WZO A; 2FZG B; 3L2R A; 4PLI A; 1VQ6 Q; 2ROT A; 2RQV A; 1VQ8 A; 2HZY A; 1T3L A; 1QW1 A; 4MZM A; 3JB9 F; 2K7A A; 3JCM X; 3QUI A; 1Q86 U; 5D6Y A; 2A28 A; 2CYZ B; 4R55 A; 1B34 A; 1WXB A; 3JCM f; 3CCE T; 5IXB A; 4Y28 E; 2QQA A; 2RHY A; 2JZ2 A; 3CMA Q; 4HT8 A; 2CH4 A; 2FZK B; 3L2Q A; 2BUD A; 2COZ A; 4FSX A; 3CC4 T; 2CP5 A; 2E41 A; 4C92 B; 5KYY B; 1TUG B; 2ROL A; 5AT1 B; 2K5F A; 2D1X A; 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1PSE A; 5CAI A; 1OQK A; 2ZPE B; 4LN2 A; 1FMV A; 2EYX A; 2KRM A; 5D6X A; 5D7U A; 3BDL A; 3EAE A; 2DX1 A; 1GL5 A; 3EGD B; 3OS2 A; 4KUI A; 3JB9 J; 2KT1 A; 3CPF A; 3M55 A; 5L23 A; 3CD6 Q; 2RMO A; 4OMF B; 1WYX A; 4PJM A; 4NS5 A; 2Y90 A; 2NUP B; 2HQE A; 1NJI U; 1M30 A; 1T3S A; 4JJB A; 4HT9 A; 4XTX A; 2YLB A; 2RN8 A; 1YJW Q; 1YIT T; 5GAN 4; 2LNH B; 4PLL A; 3TQ7 P; 5CKH A; 3SB2 A; 1W6X A; 5FRM A; 1X6G A; 1MMA A; 3P8H A; 4BE0 A; 2PUK B; 1VQP A; 2LRQ A; 1BCO A; 4ZGD B; 5A0D A; 3JCM V; 3HFN A; 1GCP A; 3SEM A; 3MP8 A; 2DE0 X; 3HTR A; 5IHI A; 2VXF A; 3CCU A; 4DA4 A; 4ZGE B; 3M58 A; 1K8A U; 3NTH A; 4L5G A; 2EQJ A; 4BI4 A; 5CCA A; 1H92 A; 3SD4 A; 2DL8 A; 2DL5 A; 2BZ8 A; 2YRV A; 4RUG A; 3EHQ A; 1M90 R; 5KYX A; 3LYI A; 2K4Y A; 1RLQ C; 2LT4 A; 2CUD A; 2SRC A; 3CME T; 4QQG A; 4O5V A; 2W10 A; 2QYZ A; 4GY5 A; 1X2K A; 4M7A B; 2K6D A; 2KDS A; 3M57 A; 1Y96 A; 2J6K A; 2HSE B; 2RD1 A; 4DQ2 A; 1VQM A; 4VUB A; 1YHQ Q; 5GMK e; 1JU5 C; 1QVP A; 3VYG A; 1HSQ A; 1O75 A; 2E10 A; 3EH1 A; 3ME9 A; 3VJP A; 2DZ9 A; 4FW1 A; 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