The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
19
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sequence length |
95
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structure length |
95
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Chain Sequence |
PSSNGPLEGTRGKLKNKPRDRGTSPPQRAVEEFDDGEKVHLKIDPSVPNGRFHPRFDGQTGTVEGKQGDAYKVDIVDGGKEKTIIVTAAHLRRQE
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome
|
| publication title |
A pre-translocational intermediate in protein synthesis observed in crystals of enzymatically active 50S subunits.
pubmed rcsb |
| molecule keywords |
23S RRNA
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| total genus |
19
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| structure length |
95
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| sequence length |
95
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2002-01-07 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | Ribosomal protein L21 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3CD6 Q; 1VQP Q; 1Q82 R; 3G4S Q; 3G71 Q; 3CCL Q; 1NJI R; 3G6E Q; 1M1K R; 1VQ9 Q; 1VQM Q; 1JJ2 P; 1VQL Q; 3CC2 Q; 1VQK Q; 3CCR Q; 1YJ9 Q; 3I55 Q; 3CCQ Q; 1VQ8 Q; 3CCM Q; 3CME Q; 1YIT Q; 3CCU Q; 1YJN Q; 1YJW Q; 1M90 R; 1VQ5 Q; 3CXC P; 1VQN Q; 1K8A R; 1N8R R; 3OW2 P; 3CCE Q; 2QA4 Q; 1Q7Y R; 1W2B P; 1K9M R; 3CCS Q; 1Q81 R; 1Q86 R; 3CCV Q; 1KC8 R; 2OTL Q; 3CC7 Q; 3CPW P; 1YHQ Q; 3I56 Q; 1S72 Q; 1QVF P; 2QEX Q; 1YI2 Q; 1KD1 R; 1KQS P; 1VQ7 Q; 1VQ6 Q; 1VQ4 Q; 1YIJ Q; 1K73 R; 3CCJ Q; 3CC4 Q; 3CMA Q; 1VQO Q; 2OTJ Q; 1QVG P; #chains in the Genus database with same CATH topology 4NL2 A; 2J05 A; 4RTW A; 2X9H A; 2FPD A; 1QWF A; 1HJD A; 1AWX A; 3EG1 A; 1N8R R; 5GAM j; 2MOX A; 2K3X A; 3EG9 A; 1LPL A; 1GXI E; 1KC8 R; 2VUB A; 2RMO A; 5I11 A; 1FMK A; 1ZA2 B; 1YIJ T; 3GBQ A; 2VXF A; 5A0G A; 4LDW A; 5A2Q E; 3OYE A; 4OP0 A; 1VQO Q; 2DYI A; 2W10 A; 3CC2 Q; 4XQ3 A; 1U1S A; 4J9C A; 4OMM A; 3X28 B; 3U23 A; 4C92 C; 4J6W A; 3SWN C; 4FL6 A; 2WAC A; 3A8G B; 2K3Y A; 1M9S A; 4BE1 A; 1MV0 B; 1VQ4 T; 4TVR A; 3AT1 B; 1K1Z A; 3DKM A; 3RMQ A; 5HY6 A; 4GY5 A; 5IXB A; 4QQD A; 2VYT A; 1YI2 A; 2V8J A; 4FSS A; 3JCM c; 5IHI A; 1OU9 A; 3MET A; 4HT9 A; 2D9T A; 2O4X A; 3MP1 A; 1JB0 E; 4C8Q F; 1M30 A; 2P0P A; 4FYW B; 3V8K A; 2FZK B; 2K2M A; 2VXE A; 1VQ7 Q; 1FX7 A; 1X69 A; 2YLC A; 1Y0M A; 2QDY B; 1E7O A; 1JU5 C; 1Y96 A; 1VQ6 A; 1QQJ A; 1WA7 A; 3SFM A; 3UAT A; 2R5A A; 4RTV A; 4KUD K; 2AKK A; 1OU8 A; 1D0Z A; 1OZ2 A; 1QVF S; 2XI9 A; 2NUT B; 3M4G A; 2F5T X; 2FRW A; 4ZGD B; 3X26 B; 2RPN A; 4M78 B; 1M5Q 1; 4F7U E; 4PJO D; 3H9N A; 3VS5 A; 3KUF A; 3G6E Q; 1WXT A; 3GIB A; 1YFN A; 4E7L A; 4BB7 A; 1MMA A; 5KYX B; 1U8R A; 2KMT A; 3G7Z A; 4JJD A; 5GAN 8; 1G2B A; 3TVT A; 4J7I A; 1QWE A; 1M1K U; 2MWP A; 3JCM X; 2VAS A; 3LGF A; 3REA B; 3ZL7 C; 4JJN K; 1KQS A; 4ELY C; 4GLK A; 1Q81 U; 1VQ9 T; 4J6Y A; 3I56 A; 5LJ3 j; 3P8H A; 2DD4 A; 1UGP B; 1YWP A; 1HK9 A; 4A4K A; 2DD5 A; 3E1S A; 2M02 A; 1X6O A; 1YCS B; 1K9M R; 3WXM B; 2RJC A; 3CCR A; 1NJI U; 4XTY A; 1ZX6 A; 1IGU A; 3VS6 A; 4PL6 A; 3X25 B; 5A0D A; 3D7S B; 2HD0 A; 5D6Y A; 2RQT A; 3EHR A; 1WDX A; 4AFU C; 4D8D A; 1X6G A; 1D1C A; 1YBY A; 2K2V A; 1YIJ A; 2KGT A; 5DLQ E; 2K79 A; 1VQM A; 2DEQ A; 2F2W A; 4XTZ A; 3DLM A; 3CC7 T; 4C8Q C; 4JPB W; 1B07 A; 4ESR A; 5GAM d; 5D6X A; 4XTV A; 2DXB A; 3A8O B; 3MEW A; 4PJO A; 2VB6 A; 2FYK A; 4EMH A; 1SSF A; 1UHC A; 5ECA A; 1VQ5 T; 1D1A A; 2DTO A; 1HXD A; 4DBR A; 2KRO A; 4OMF B; 3PTA A; 2FRY A; 2PQW A; 2DL8 A; 4MZT A; 4AT1 B; 4M7A F; 3ME9 A; 3PT9 A; 5C0M A; 3CCJ T; 3CD6 T; 1TUD A; 5GAM h; 1BCM A; 5CR2 A; 3QSU A; 4OGC A; 2GCX A; 5FU6 B; 3H6Z A; 3OS2 A; 3EG0 A; 2PZ1 A; 3R6O A; 1M90 R; 1M3C A; 3CQT A; 2X3W D; 4N0A A; 4C92 D; 1HD3 A; 1F1B B; 2ZPH B; 2DNU A; 1R77 A; 1YI2 Q; 1WGS A; 2JN0 A; 1VA7 A; 2ZZD A; 2AHJ B; 2O88 A; 4BD3 A; 3V8L A; 2YDL A; 4X1V A; 3CBM A; 4M75 F; 4F04 B; 1R0B G; 1RAH B; 2L3R A; 3QYG B; 1ZUK A; 1AVZ C; 3CEY A; 2DL7 A; 2RQR A; 1G3T A; 1NYF A; 1BIA A; 2GF7 A; 5I2M A; 3DB3 A; 2DLP A; 3I9Q A; 1VQ6 Q; 4JRQ A; 3EH2 A; 2OTJ Q; 3OYH A; 1I0C A; 1WHL A; 2L5Q A; 1VQL T; 1M1K R; 1SHG A; 3LYI A; 2V1Q A; 1K0S A; 4RTX A; 2HZY A; 5KYU A; 4E7I A; 2D0N A; 2K6D A; 2M1H A; 2JM8 A; 1VQ9 A; 1Q81 R; 1NEG A; 4CC2 A; 2RI3 A; 1EFN A; 2CP2 A; 2KRN A; 2CZ1 B; 1B7T A; 1Q86 C; 1UEB A; 5KYN A; 1KD1 R; 2DBM A; 1TTH B; 1JXM A; 2BZX A; 3M0Q A; 4KGZ B; 1R0C B; 1GCQ C; 2EJG A; 1GL5 A; 1NJI R; 1TSF A; 1U5S A; 1UEC A; 4LXC A; 2K9G A; 1U06 A; 4F7U A; 3JB9 F; 5GAN j; 3OY9 A; 3CPW S; 4JS5 A; 4PFO A; 1SEM A; 4Y91 A; 4JZ3 A; 3I56 Q; 1BI3 A; 1UE9 A; 3PVL A; 1D0X A; 6AT1 B; 1T0H A; 3JB9 J; 2R58 A; 2RH2 A; 2KT8 A; 2OX7 A; 2QQ9 A; 1FXX A; 1AZG B; 4BDY A; 2HQX A; 3M53 A; 3M0P A; 4DOW A; 5LJ3 h; 1VQ5 A; 4HCC A; 1UTI A; 1OI1 A; 3OYY A; 3BE3 A; 1YIJ Q; 3RKW A; 5CKB A; 4LD9 K; 1WI7 A; 1YIT T; 5LJ3 g; 2FEI A; 3CD6 A; 2KRM A; 4J9H A; 1OEB A; 4LUD A; 2YUO A; 5GMK j; 4M75 C; 5KYW B; 1JXO A; 2WSF E; 2QEX T; 3QWY A; 2J06 A; 1C0M A; 1VQ4 Q; 3P8D A; 5GAN 4; 4C8Q D; 3GLX A; 1O9S A; 2Y4X A; 4M7D E; 4IUU A; 3EG9 B; 1E6G A; 3VKI A; 2JZ2 A; 2MIO A; 1ZHI A; 4ZTJ A; 2EYZ A; 2VV5 A; 2V26 A; 2QA4 T; 4FW2 A; 2ZPG B; 2P4T A; 4KRT A; 2ED0 A; 3CCM A; 3F70 A; 3OSV A; 4A4E A; 2F69 A; 4M7A E; 3LH0 A; 4LDY A; 1QVF A; 3VS3 A; 1WPY A; 2R5M A; 1ZBJ A; 4NS5 A; 4LUE A; 4OVA A; 4RTZ A; 4E47 A; 3BFM A; 3CBP A; 3M55 A; 3JAM E; 3MP6 A; 2O9V A; 2KY9 A; 4M77 B; 1VQL A; 3PIP A; 1WYX A; 3HRS A; 2MYS A; 4LD6 A; 5D7U A; 2JXB A; 4QQG A; 1BK2 A; 4OMQ A; 3VYH B; 2EFI A; 2LCC A; 1QLY A; 3QJY A; 1EIF A; 3LLR A; 4CRI A; 2J6K A; 2KR3 A; 4WF2 A; 2O2O A; 3AHU A; 3OSS C; 3NTK A; 1ZSZ B; 1M1F A; 1OX8 A; 2DET A; 2PVG B; 4C0F A; 3EFO B; 3HHT B; 2A28 A; 1I1J A; 2CRE A; 3BDL A; 5KCH A; 1PNJ A; 4P5N A; 1VQP T; 4C8Q A; 4HKE A; 3VU3 C; 1VQ9 Q; 2EQI A; 3L2V A; 4ZGJ B; 3HFO A; 4PJL A; 3G1J A; 3ZEH A; 3CXC P; 1V29 B; 1H3Z A; 2RQV A; 4EMK B; 1IXD A; 1ZLM A; 3OYJ A; 4AFQ C; 2OTL T; 1AEY A; 4BI4 A; 4PJO G; 4ORZ A; 4BY6 B; 2DJZ A; 4B6M A; 4A4H A; 2CP6 A; 2CSQ A; 3N5B B; 2YLB A; 2LP5 A; 4RMO A; 3SHW A; 4YTL A; 2GTJ A; 1ZBX A; 1S1N A; 1X01 A; 3VRZ A; 2EQM A; 3MEA A; 5KCO A; 2B8A A; 5LJ5 f; 2W0Z A; 2DPP B; 1PKS A; 5IH2 A; 3CC7 Q; 4HVV A; 1YIT A; 4JRI A; 4M78 F; 5KH6 A; 4BI3 A; 4DBQ A; 1LOJ A; 5GAN h; 1G3Y A; 2H8H A; 2EJF A; 2D1X A; 3A8L B; 2QEX A; 1UGS B; 2E12 A; 2GTO A; 1YJN T; 4JUV A; 2DMO A; 1V1C A; 2J7I A; 4DOV A; 1RLQ C; 4BUG A; 2PU9 B; 1QKX A; 2JMC A; 2K5I A; 2Y90 A; 5GAN g; 1S72 T; 4QVC A; 2JS0 A; 2JVV A; 2JUF A; 2QA4 A; 4VUB A; 1T0J A; 1Y07 A; 3CCJ Q; 2YXY A; 2HL3 A; 4PJN A; 2KEA A; 4A4F A; 4DQ2 A; 3E19 A; 4JRP A; 3CCE T; 4C0D C; 2VVK A; 3QDF A; 2M51 A; 4PJO B; 3UWN A; 3M9Q A; 1QVG S; 4M75 D; 4XTW A; 4WTO B; 2JW4 A; 2ECZ A; 1K9M U; 4RCC A; 5GMK h; 1JJ2 S; 3SDZ A; 3CCR T; 2LCS A; 2DZ9 A; 3QXE B; 2KQW A; 4Z88 A; 3OYK A; 1GCQ A; 4RTY A; 3S3O A; 3OMC A; 3EFS A; 2NUP A; 1AHJ B; 3JCM h; 1M8V A; 3LGL A; 2ZGW A; 2YWW A; 3BY7 A; 2E10 A; 5GMK i; 4F7U G; 1KHC A; 3OYD A; 1VQM T; 1VQL Q; 1KSW A; 1OV3 A; 4M7A A; 4C92 G; 4J9B A; 1D3B A; 2LJ3 A; 3JCM g; 1W2B S; 2KYM A; 4OB0 B; 1PD1 A; 5L23 A; 4XU2 A; 1VQP A; 1RAC B; 4OMN A; 1IRX A; 2QG9 B; 2DM1 A; 3UDC A; 4KH1 B; 3CPW A; 2DRM A; 2DER A; 3DLL A; 1J3T A; 3VUB A; 3Q1J A; 4M78 C; 3JB9 D; 2JT4 A; 1Q95 G; 1B3Q A; 2OTL A; 4BE0 A; 2RJD A; 1YCY A; 1D1B A; 3O5Z A; 3OYM A; 2K5L A; 3VYG A; 1AD5 A; 2EYY A; 2I2L A; 2KBT A; 4EMG A; 5IT9 E; 4V2S A; 2NYS A; 2RHZ A; 3OYF A; 3HPW A; 2XMF A; 1C1A A; 5CAI A; 3FEO A; 5DLO A; 1ARK A; 1NLO C; 2KI7 A; 4L5G A; 1JEG A; 2PVD B; 1M90 U; 5KYU B; 5GAO n; 3QZ9 B; 4M75 A; 4XU0 A; 3J81 E; 1X75 C; 4IUP A; 4B9X A; 3OYL A; 2IVW A; 2DVJ A; 1VIE A; 3EGX A; 2JNG A; 2L0A A; 1B34 B; 1Y57 A; 3FC3 A; 3PGG A; 1VUB A; 2EJ9 A; 3QJ6 A; 1YJN A; 1Q7Y C; 5CQX A; 2KT1 A; 4RUG A; 3JCM J; 3EGD B; 2QDL A; 3VS2 A; 1NLP C; 1OX9 A; 3JCM V; 2DL4 A; 1S72 A; 3CBO A; 4DBF A; 4C92 B; 2M9U A; 4ATO A; 1YIT Q; 1PSE A; 3SWN B; 5A0L A; 2X4W A; 1YP5 A; 1IHV A; 2QAS A; 4IUT A; 1GFC A; 2QEX Q; 3CCE A; 1K8A U; 4M78 E; 2EYX A; 3JV3 A; 4LDV A; 5KE3 A; 1UDL A; 4ANJ A; 4PFP A; 2MCN A; 1KD1 U; 2P4R A; 2E64 A; 2QA4 Q; 1VYT A; 1PKT A; 3M0R A; 1YHQ T; 4WCI A; 4QKU A; 4MML A; 1RI9 A; 2DYB A; 4LN2 A; 2EGA A; 2XK0 A; 5FRO A; 1LNX A; 5CK9 A; 2IPO B; 2CH4 W; 2FZG B; 2GBQ A; 4DEX A; 3QBY A; 2DX1 A; 1CSK A; 2XG8 D; 1Q82 C; 1IHW A; 2KXD A; 4R55 A; 3ZFJ A; 4C8Q G; 2CP0 A; 2AZS A; 5GAN 7; 2KXC A; 2CYZ B; 3RKY A; 2E5K A; 2CZ0 B; 1MMN A; 4HCB A; 4M7D F; 2E3I A; 5GAN 5; 2RN8 A; 1U3O A; 2RI2 A; 1QCO A; 4XU3 A; 3M0U A; 4DA4 A; 2DL3 A; 2FPE A; 2G3R A; 4JLI A; 1G8X A; 4FYY B; 3QHS A; 1QCF A; 2ZPB B; 2RF0 A; 2DF6 A; 1N8R C; 5C6S A; 4NL3 A; 1KQS P; 5HK3 A; 2SEM A; 1KC8 C; 3RUX A; 2HBW A; 3C4S A; 3G4S T; 1VQP Q; 3LWH A; 2CDT A; 5GAO l; 3M4Y A; 2JTF A; 2RI5 A; 2RQW A; 4HT8 A; 2E41 A; 3V8J A; 3S3N A; 2OTL Q; 3PMT A; 5GAM g; 2KYB A; 3M59 A; 1K4U S; 2ZPE B; 3KFV A; 4J9E A; 1X2K A; 3M57 A; 1JBM A; 1WQ7 A; 4PFZ A; 3CMA T; 1AWW A; 5J3B A; 4J9I A; 2MAM A; 1UJ0 A; 2E1H A; 2HMA A; 2O31 A; 3NHN A; 4RG2 A; 5AYF A; 2HDA A; 2BKD N; 3L1A A; 3CCM T; 2HEQ A; 1RUW A; 4M77 F; 3RNJ A; 1LVK A; 5GAM f; 4LDU A; 4C8Q B; 2YUN A; 1OYX A; 2LNV A; 1GBQ A; 2J6O A; 1WIE A; 4J7F A; 1AT1 B; 1K73 R; 2JOY A; 4IIM A; 4DBH A; 4AG1 C; 1A0N B; 1ZSG A; 1BU1 A; 2SRC A; 5FRM A; 2LX9 A; 2AIR B; 1TXQ A; 1YJN Q; 1NBE B; 2KVQ G; 1K8A R; 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1FYN A; 3MKD A; 4MZP A; 1WXB A; 1BBZ A; 2E70 A; 3FB9 A; 3HP9 A; 1SF9 A; 4CC4 B; 2LT1 A; 4F16 A; 2MPX C; 1GRI A; 4KBM B; 1DJ7 B; 2EQU A; 1TUC A; 2LJ1 A; 3JB9 I; 1IO6 A; 5I21 A; 2R57 A; 3TCJ A; 1K76 A; 4EMK C; 3JB9 G; 1M90 C; 1WJS A; 4BY6 C; 1OPK A; 2C0T A; 1O75 A; 2DRK A; 2FG0 A; 2O4X B; 1X43 A; 4Y28 E; 2LQW A; 2EBP A; 1BIB A; 2LTO A; 2QTX A; 4ZN1 A; 4CI0 C; 4N4H A; 2V1R A; 2AZV A; 1QKW A; 4M77 E; 4M75 B; 1LCK A; 4E7J A; 4J8O A; 5CIU A; 5CKD A; 3MPU B; 1WXU A; 2ABL A; 3EGU A; 5D6W A; 3H0H A; 4A53 A; 1RAF B; 1XQH A; 4FU6 A; 1Y96 B; 4A63 B; 3ULR B; 2A7Y A; 1M3B A; 1V76 A; 5LJ5 d; 4HVU A; 2EGE A; 4B9W A; 1FWZ A; 1WHG A; 1AZE A; 1WX6 A; 3OW2 S; 2PTK A; 3SD4 A; 1HYO A; 1MMD A; 1M1K C; 4R56 A; 2V8I A; 2XU8 A; 4PJM A; 2KDS A; 1VQK A; 1WLP B; 4XTX A; 4KUI A; 2E6N A; 4ZN3 A; 3CCU A; 1QVF P; 4QVD A; 3EG3 A; 3RR6 A; 1Q81 C; 1M2V A; 2VWF A; 3NTH A; 1I5L A; 4E2F B; 1XNI A; 2E65 A; 2F5K A; 4FCY A; 4EPC A; 5IHK A; 5GAO m; 4E7H A; 1KD1 C; 2H3E B; 2GQI A; 2DZC A; 4OGE A; 4M7D D; 3A98 A; 4AG2 C; 1NJI C; 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