The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
19
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sequence length |
95
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structure length |
95
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Chain Sequence |
PSSNGPLEGTRGKLKNKPRDRGTSPPQRAVEEFDDGEKVHLKIDPSVPNGRFHPRFDGQTGTVEGKQGDAYKVDIVDGGKEKTIIVTAAHLRRQE
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
A pre-translocational intermediate in protein synthesis observed in crystals of enzymatically active 50S subunits.
pubmed rcsb |
| molecule keywords |
23S RRNA
|
| molecule tags |
Ribosome
|
| total genus |
19
|
| structure length |
95
|
| sequence length |
95
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2002-01-07 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | Ribosomal protein L21 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3CCQ Q; 1KC8 R; 1KQS P; 3CC7 Q; 3CD6 Q; 3CXC P; 1VQK Q; 3OW2 P; 3G71 Q; 3CMA Q; 1VQN Q; 1YIJ Q; 1K9M R; 1VQ6 Q; 1VQP Q; 1KD1 R; 3G6E Q; 1M1K R; 3CCL Q; 3CME Q; 1VQ9 Q; 2OTL Q; 1VQ4 Q; 1K73 R; 3CCU Q; 1YJN Q; 2QEX Q; 1Q7Y R; 1Q82 R; 1QVG P; 1Q86 R; 1VQM Q; 2QA4 Q; 1YJW Q; 2OTJ Q; 1YIT Q; 3I56 Q; 3CCS Q; 1NJI R; 3CC2 Q; 3CCM Q; 1JJ2 P; 1YI2 Q; 1YJ9 Q; 3CPW P; 3G4S Q; 1W2B P; 1M90 R; 3CCV Q; 1YHQ Q; 1VQ7 Q; 3CC4 Q; 3I55 Q; 3CCR Q; 1K8A R; 1Q81 R; 1N8R R; 1VQ8 Q; 1S72 Q; 1QVF P; 3CCE Q; 1VQO Q; 3CCJ Q; 1VQL Q; 1VQ5 Q; #chains in the Genus database with same CATH topology 2P0K A; 2D6F A; 2DF6 A; 2SRC A; 5GAO n; 2EJ9 A; 3L1A A; 1TXQ A; 1LJO A; 2A08 A; 1FX7 A; 4RTV A; 3M4Y A; 5GAN h; 3E19 A; 4M78 E; 3VS5 A; 3MP1 A; 1VQP T; 4M78 A; 3RMS A; 4ZN1 A; 4N4H A; 3U23 A; 2OI3 A; 4XQ3 A; 4N4I A; 3CCE Q; 1XJW B; 3H9N A; 3MKD A; 2LJ1 A; 3QWX X; 1WXT A; 4D6W A; 1N6A A; 4JZ3 A; 2OTL Q; 2EVR A; 1KQS A; 5DY9 A; 3G71 T; 1WNL A; 5HCK A; 5KYN A; 2FVU A; 3C12 A; 4RG8 A; 1JBM A; 1AWW A; 2XI9 A; 4UC4 A; 1PKS A; 2MAM A; 3DB4 A; 3OA6 A; 4D8D A; 3IQL A; 4OB1 B; 2IG0 A; 3MO8 A; 5AT1 B; 2E5K A; 1YNZ A; 1PHT A; 4LE9 A; 1PSF A; 5I2M A; 4A63 B; 3NMZ C; 1QCF A; 2RQW A; 3C94 A; 3MEU A; 3CC7 T; 1R8O B; 3JCM J; 2QEX Q; 1OU8 A; 2NUP A; 5EC7 A; 2LP5 A; 3REA B; 1SHF A; 2E5Q A; 3OW2 A; 1FXX A; 1UGV A; 2BZX A; 1AHJ B; 3BDU A; 3PMI A; 1D1B A; 5CVI A; 2E65 A; 4JPB W; 2HL5 C; 4DBF A; 2K5L A; 4C92 B; 1GBR A; 3CCQ T; 4RMO A; 1SG5 A; 2HMA A; 3HP9 A; 1IZ6 A; 2LDM A; 3M58 A; 5GAN 8; 1QW1 A; 3CMA T; 1HYO A; 2RJF A; 2XKO C; 1GFC A; 1UJY A; 2PUK B; 1W2B P; 4Y91 A; 3CC4 Q; 1UG1 A; 3CCL A; 3WXM B; 2VAS A; 3JCM e; 1GFD A; 1OI1 A; 2DXU A; 3EGD B; 4EPC A; 3QII A; 3JB9 F; 4KT0 E; 4J9B A; 3CCJ T; 4PJO C; 2MYS A; 4F14 A; 3KBG A; 1VQL T; 1VQ5 T; 2VUB A; 1VQ9 Q; 2CP5 A; 4Z89 A; 2PNI A; 1J3T A; 4PJO B; 1YWP A; 3L2U A; 1BI0 A; 3S3N A; 2O2O A; 4LUD A; 2HSE B; 1E6H A; 1B3Q A; 2X51 A; 4OMN A; 5GJV B; 4ZGJ B; 4AG1 C; 4C8Q G; 4XTX A; 2KVQ G; 1SRM A; 3PVQ A; 4Y28 E; 4E7J A; 1UGP B; 3FJ5 A; 1VQP A; 4BUG A; 1SHG A; 3PE0 A; 5GAN e; 4BE1 A; 3OMC A; 4JJN K; 2QQR A; 1PC0 A; 4IUR A; 1Y7X A; 4LD9 K; 1UEC A; 3LYI A; 5IHI A; 1Q86 C; 1UEB A; 2RPN A; 2IVW A; 4M7D C; 3JSC A; 2RN8 A; 1AWO A; 1IO6 A; 5KE3 A; 3QWY A; 3CC2 Q; 5FWC A; 3G71 A; 1Q7Y U; 3TEE A; 3M0T A; 3QDF A; 4M7D B; 2QI2 A; 1NLP C; 1UHF A; 3WVD B; 2DXT A; 3ER0 A; 4R0K A; 4ZTF A; 8AT1 B; 1NYF A; 1N9R A; 1G5V A; 2K3Y A; 2YT6 A; 2KYM A; 1WHM A; 5FWB A; 2XDB A; 2EFI A; 1NLO C; 3CC7 A; 3CPF A; 1YIT Q; 1U8R A; 2L3P A; 4E7Z A; 1YBY A; 3V7C A; 2VB6 A; 3M4G A; 5CKE A; 2XHC A; 2JMA A; 1O75 A; 2P0Q A; 2ED1 A; 3CEY A; 3JCM X; 1C1A A; 4IKF A; 3OYL A; 3M0Q A; 3A8G B; 3OS2 A; 1VUB A; 4RTX A; 1WHL A; 2LC4 A; 2EW3 A; 4OGC A; 3CCQ A; 1D0X A; 3P8B B; 4JZ4 A; 3EGX B; 4FU6 A; 1M90 R; 5KCH A; 3CMA A; 2MI6 A; 1VYV A; 1WYX A; 2RHY A; 4Q5W A; 1FMV A; 2LRQ A; 4IIO A; 2GQI A; 3NGP A; 2RO0 A; 5M9O A; 1OU9 A; 1SPK A; 1KQ1 A; 2KT1 A; 4ZTJ A; 1VQ8 T; 3VS7 A; 4L5G A; 4HT8 A; 3CCJ A; 1IXD A; 3L42 A; 1VQL A; 1VQ5 A; 5LJ3 f; 3A98 A; 4M75 G; 1AWX A; 4FIB A; 5GAN 5; 2JT4 A; 3CCM T; 4II1 A; 3BY7 A; 1V76 A; 1X2K A; 4MML A; 4QQG A; 2E10 A; 2L3R A; 2I0N A; 4CC4 B; 5GMK j; 3SB2 A; 4DBH A; 3A1P A; 3V8J A; 5GAM f; 2DK3 A; 1X6B A; 2RI2 A; 2L0A A; 3RDV A; 2F1L A; 2DKG A; 1KSW A; 2NUT A; 2Y4Y A; 1AOJ A; 3MEV A; 1W2B S; 3J7A F; 4M78 G; 3CCS A; 4OMQ A; 1KC8 R; 2QQ9 A; 2RQU A; 2DPP B; 4IIM A; 4FYW B; 3QKJ A; 1TTH B; 2F5K A; 1RAC B; 4MZT A; 4XTV A; 7AT1 B; 2KSS A; 2JS2 A; 2X4W A; 2EGE A; 3OYB A; 2DZC A; 1OPL A; 2DLP A; 1YIJ T; 1E6G A; 3LWI A; 5FU6 B; 3VJP A; 1KK7 A; 2CH4 A; 1T3S A; 3OYE A; 3QO3 A; 1GCP A; 3QJ6 A; 1RAI B; 3THK A; 5GMK h; 1ZQ1 A; 2IIM A; 4Y92 A; 4EMH A; 3CCR T; 1KQ2 A; 2MK5 A; 2CSI A; 3VS2 A; 3G1J A; 1K0X A; 2VC8 A; 4LUE A; 1HXD A; 1S1N A; 1KIK A; 4BDY A; 5D7U A; 2P84 A; 4K11 A; 2B8A A; 2FL7 A; 1I4K 1; 4EMK C; 2YLB A; 3JCM d; 1Y0M A; 2XU8 A; 2V1Q A; 1IRE B; 3JCM g; 1D3B A; 1OZ3 A; 4HA8 A; 3QZ9 B; 3VS0 A; 1QVF A; 4XTW A; 2HNI A; 2DYI A; 2F2W A; 3OMG A; 2PZ1 A; 4JRI A; 2LNH B; 1G2B A; 2CUD A; 4HCB A; 4V2S A; 2DL4 A; 3L2R A; 2QQS A; 3NTI A; 1ZSZ C; 5CQX A; 1WQW A; 1N27 A; 2RMO A; 1B07 A; 4KH0 B; 3QG1 A; 5FLX E; 5GAN 2; 1P92 A; 3NHN A; 1VQ8 A; 4N0A C; 3CD6 T; 2DVE A; 1ZSZ B; 2YWW A; 3L2Q A; 4XK8 E; 3V7R A; 1G3Y A; 4RCB A; 2QGG A; 4EMK A; 2FPF A; 2VVK A; 4HCZ A; 2JM9 A; 3V8L A; 2DRM A; 1UHC A; 1M5Q 1; 5GAN d; 1K9M C; 1FMW A; 4HCK A; 3CCM A; 2ROT A; 2ED0 A; 5GAN g; 2HDA A; 2CZ7 B; 1NM7 A; 2CSQ A; 1Q7Y C; 3CBM A; 1RAF B; 1OV3 A; 3CCL Q; 5I11 A; 2LZ6 B; 1B34 A; 2NLU A; 2YDL A; 4P5N A; 2YSQ A; 3TSZ A; 2OTJ Q; 4AMC A; 4EMG A; 2DAQ A; 5CKB A; 3HKS A; 1JU5 C; 2DIQ A; 1H8K A; 2AKL A; 5D6W A; 4X34 A; 2CGH A; 2DA9 A; 3JV3 A; 2L3S A; 3OSS C; 3X26 B; 2L2P A; 4X9C A; 4HCC A; 4C8Q E; 1JB0 E; 2C06 A; 2DD4 A; 4C8Q A; 1KFZ A; 1G3S A; 1WIE A; 4M77 B; 4PJO G; 1AT1 B; 2ATC B; 4C8Q D; 5A0G A; 1UGS B; 1Q7Y R; 4QT7 A; 1NPR A; 2JVV A; 2GQV A; 1YIJ A; 2CP6 A; 4Z8A A; 1MV0 B; 2LCS A; 4MZM A; 4J7I A; 4KUD K; 1Y96 A; 3FEO A; 2IPO B; 2WSE E; 3AT1 B; 4KUI A; 4C8Q F; 2ZGW A; 3CCR A; 1VQP Q; 4OML A; 5GAN 6; 1G83 A; 2MWP A; 3PFS A; 1NZ9 A; 4IUU A; 4MMK A; 5GMK e; 1PKT A; 1TUD A; 2AT1 B; 4PJM A; 3CPW P; 5CCA A; 2C0I A; 3OS1 A; 2QYZ A; 2ENM A; 3KUF A; 1WQ7 A; 2E6Z A; 1ZBJ A; 2J6O A; 5KYX A; 3QJY A; 4JLG A; 1G3T A; 2HSP A; 3OSV A; 4RTW A; 2E12 A; 2A28 A; 2MWO A; 3PTA A; 3G71 Q; 2AKK A; 4CC2 A; 4A4H A; 3URG A; 3EG9 B; 2OX7 A; 2LQ8 A; 4FW1 A; 3I35 A; 1KD1 U; 1RLQ C; 4M7D G; 3MJX A; 4C0D B; 1AVZ C; 1Q86 U; 2R57 A; 2EPD A; 1RI9 A; 4C0F A; 3E2U A; 5J39 A; 4BI3 A; 2EYY A; 4M4Z A; 2DBK A; 1U06 A; 3CC7 Q; 4ANJ A; 2XIC A; 2FZK B; 2LJ0 A; 5IT9 E; 4F7U G; 1RAD B; 1I1J A; 1JRI A; 2EYQ A; 2FG0 A; 1RAE B; 5AYF A; 3CD6 A; 1TUC A; 1NYG A; 4E47 A; 3PGG A; 1IHV A; 1VQ4 T; 4XU0 A; 3I56 T; 2KXD A; 3H41 A; 2BE9 B; 1AD5 A; 2X4J A; 4GBQ A; 3G4S T; 1R77 A; 1VYU A; 3CCQ Q; 1SSF A; 3OB9 A; 3GP8 A; 1JJ2 A; 2JTE A; 4JRP A; 5IH2 A; 2MF2 A; 1TUG B; 4OP0 A; 3CMA Q; 3QPH A; 1W1F A; 2V8K A; 2JOY A; 3M0P A; 4M75 D; 5HK3 A; 4AFU C; 3JCM W; 4CRI A; 1NPP A; 3MET A; 3OYD A; 2XG8 D; 4KGV B; 3RKW A; 2YUN A; 4OMF B; 4DA4 A; 3ZL7 C; 1QVF P; 1ZUU A; 2C0O A; 2LQK A; 2V8J A; 1WJS A; 3OYF A; 1VQL Q; 2ECZ A; 1VQ5 Q; 3RBB B; 4PK4 A; 2HL3 A; 3LX7 A; 2EYW A; 4M75 F; 1GCQ A; 3UDC A; 2DTO A; 3EG2 A; 2DFU A; 2CZ6 B; 3UA7 A; 4JLI A; 2EJG A; 4DOV A; 3AHU A; 2QXF A; 1M8V A; 3A5Z B; 2RH2 A; 2LX9 A; 2F69 A; 2DE0 X; 2YRC A; 4RTT A; 2X4X A; 2XID A; 3J80 E; 2AZS A; 1UUE A; 2H3J A; 5J3B A; 4M78 D; 1U1S A; 4XTZ A; 3T9N A; 4X9D A; 4MZP A; 2FZG B; 3F70 A; 2Y4X A; 4HVU A; 2AHJ B; 4E7H A; 4YTL A; 1R0C B; 1OUL A; 5KYY B; 1M1K U; 2COZ A; 1EFN A; 3I5R A; 1BCO A; 4M78 F; 3L2Z A; 4HXJ A; 3A8M B; 1WFW A; 1MND A; 1M9S A; 2E64 A; 2EKO A; 4C5I A; 2P4R A; 1V1C A; 1OYX A; 1N8R U; 3BW1 A; 1TSF A; 2O9S A; 4IUV A; 3DKM A; 3VRY A; 1YFN A; 4KBM B; 3RUX A; 3EG0 A; 2LCL A; 4ZGE B; 3G6E T; 5LJ5 j; 2J6K A; 2CP0 A; 1R0B G; 4C92 C; 2DL5 A; 4ZGD B; 1TU0 B; 1K4U S; 1I07 A; 3RKX A; 1M2O A; 2HQX A; 2O88 A; 1K1Z A; 2A7Y A; 2KYB A; 2P4T A; 4A54 A; 2OAW A; 3OY9 A; 3JB9 D; 1ZA1 B; 2YUQ A; 3HFO A; 2MCN A; 3CPW S; 1VQ4 A; 4MDW A; 3I56 A; 3EHR A; 2JJ9 A; 2BE7 D; 3EHQ A; 2HEQ A; 1X6G A; 1X43 A; 3G4S A; 3PMT A; 1VQ6 Q; 1QKX A; 4F17 A; 2DMO A; 2ZPF B; 5LJ5 h; 4PKC C; 2O01 E; 2JN0 A; 3M54 A; 3SHW A; 4C92 E; 4FYX B; 3S3M A; 3RIR A; 3N5B B; 4C92 A; 1PNJ A; 1RUW A; 2RQT A; 1VIE A; 4DOW A; 2RQV A; 4JJC A; 3JCM P; 2KY9 A; 4OMO A; 1X75 C; 2L5Q A; 2QDY B; 2LMJ A; 4WCI A; 2O9V A; 2RHU A; 2HAX A; 2VV5 A; 3KFV A; 1NEB A; 1OQK A; 1UTI A; 5FRO A; 4C92 F; 1RL2 A; 2A3L A; 1PM3 A; 2PTK A; 1W6X A; 2RB6 A; 2ZPB B; 3CCM Q; 3CBP A; 2DZ9 A; 4C0G A; 3HTR A; 4FW2 A; 1JQQ A; 3CCS T; 1QVG A; 2OJ2 A; 4J9D A; 4PJO E; 1KD1 C; 4PJO A; 1TOV A; 3JCM f; 4LXC A; 2K3X A; 3LH0 A; 4LDV A; 3A8L B; 3CCV A; 4RTZ A; 2DNU A; 4BAC A; 3VYH B; 3DLM A; 3LW5 E; 1K9M U; 3L2W A; 1I0C A; 1SKU B; 1JJ2 P; 1RAG B; 1VQN A; 1QP3 A; 2LQN A; 2RJC A; 5GAN 7; 1XNI A; 1EZZ B; 4OB3 B; 4ORZ A; 4PJO F; 1W70 A; 2V26 A; 1YHQ T; 1QVF S; 3PIO A; 2JMC A; 4KRT A; 3CXC P; 3GLX A; 5KE2 A; 1VIF A; 4JS4 A; 9ATC B; 1YP5 A; 3TCJ A; 2KEA A; 1Q86 R; 1K76 A; 1JXO A; 1K73 U; 1UDL A; 5CKH A; 3G6E A; 1AEY A; 4LD6 A; 2M16 A; 3VKI A; 4M7D E; 5GAN f; 4O5V A; 1Q95 G; 4M7D A; 5KYU B; 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5IXF A; 2CP2 A; 1WHH A; 2LCC A; 1QWE A; 4J83 A; 2DM1 A; 2EAY A; 2M1H A; 4R55 A; 3HFN A; 1U3O A; 2YXY A; 3MHX A; 2HQE A; 2GBQ A; 1S72 T; 2V8I A; 4XU3 A; 1PG5 B; 4A53 A; 4J5Y A; 2XDP A; 1RLP C; 3V8K A; 2QAZ A; 1HSQ A; 3CME T; 2FHD A; 2RQR A; 1XQH A; 5IHK A; 5J26 A; 5I21 A; 2XDD A; 1JJ2 S; 2CH4 W; 3PT9 A; 2D1X A; 2D9T A; 2VWF A; 2DTH A; 4LDU A; 1NEG A; 1WDX A; 3I55 T; 3EAE A; 3CC4 A; 3UF4 A; 1A0N B; 3LH5 A; 3QHS A; 3CXC S; 1VQO A; 2VXE A; 2HKN A; 1Z9Q A; 1F1B B; 2RD1 A; 2JZ2 A; 4BI8 B; 2HQH A; 1PRL C; 1NG2 A; 1VQ9 A; 2W0Z A; 4M7A C; 3GPL A; 1CSK A; 2E6N A; 4C92 G; 5GMK m; 1B34 B; 2QK0 A; 3QYH B; 4J9I A; 4ME7 A; 4BB7 A; 2BUD A; 4M7A B; 1G3W A; 3A8O B; 1H92 A; 2RI5 A; 2M51 A; 1VQ4 Q; 1U1T A; 4OMP A; 2EWN A; 2Y90 A; 1BU1 A; 3MP6 A; 3G4S Q; 1ZSZ A; 3P8D A; 2EQI A; 4M77 C; 4C8Q B; 3VS6 A; 5IHN A; 2LT1 A; 3X28 B; 3OYM A; 2QA4 A; 2EQJ A; 4N0A A; 5GAO q; 1K73 C; 2F2X A; 1JXM A; 2VKN A; 4NS5 A; 1KQS S; 4C5H A; 1K9M R; 1SF9 A; 3M59 A; 2SEM A; 1PRM C; 1AZE A; 1OX9 A; 2L3Q A; 3SWN B; 4J9H A; 3EGU A; 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