The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
8
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sequence length |
60
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structure length |
60
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Chain Sequence |
CGAEYVRALFDFNGNDEEDLPFKKGDILRIRDKPEEQWWNAEDSEGKRGMIPVPYVEKYG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Changing protein backbone topology: Structural and dynamic consequences of the backbone cyclization in SH3 domain
rcsb |
| molecule keywords |
Proto-oncogene C-crk
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| molecule tags |
Protein binding
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| source organism |
Mus musculus
|
| total genus |
8
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| structure length |
60
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| sequence length |
60
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2002-06-27 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00018 | SH3_1 | SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1GFC A; 2YSQ A; 1NEB A; 3O5Z A; 1UJ0 A; 4K11 A; 3VS3 A; 2ED1 A; 1M3A A; 3TVT A; 1OV3 A; 3THK A; 2K9G A; 3NMZ C; 1G83 A; 1MV3 A; 3M0P A; 1SPK A; 1UDL A; 1PRL C; 1CKB A; 2A28 A; 2J06 A; 2M0Y A; 4OMN A; 2GTJ A; 1WDX A; 1K4U S; 2K7A A; 2J7I A; 2GGR A; 5FW9 A; 2H8H A; 2JS0 A; 5L23 A; 3EGU A; 1YCS B; 1FMK A; 1KJW A; 1GCQ C; 1ZUK A; 2JM8 A; 1UG1 A; 5ECA A; 1AZG B; 1TUC A; 1OPL A; 4LN2 A; 2E5K A; 1GL5 A; 1ABO A; 2FRW A; 1UUE A; 4AFQ C; 2BZX A; 1KFZ A; 2DL5 A; 1I0C A; 4JJD A; 2B86 A; 1AD5 A; 1HJD A; 1BU1 A; 1M27 C; 2ROL A; 1GBQ A; 2KNB B; 4J9C A; 2LNH B; 2KRO A; 1PKT A; 2KT8 A; 1M30 A; 1PWT A; 2DL8 A; 1WXU A; 2DL7 A; 2CSQ A; 1T3L A; 4HVW A; 4DEX A; 2EGC A; 4J9B A; 4FSS A; 2EW3 A; 4OML A; 4CC2 A; 2RQT A; 2O31 A; 2ESW A; 3VS4 A; 4A63 B; 5IXB A; 1TUD A; 4J9G A; 1RI9 A; 2ECZ A; 1AWX A; 2CT3 A; 1WXB A; 2CT4 A; 3UA6 A; 4M4Z A; 1ZUY A; 1FYN A; 2J6F A; 2C0O A; 1ABQ A; 1AOJ A; 1ZSG A; 4D8D A; 3QWX X; 2GQI A; 1VYU A; 1UGV A; 3NHN A; 3EHR A; 2HBW A; 3PVQ A; 2SRC A; 2LX7 A; 2DYB A; 4JZ3 A; 1EFN A; 2KRM A; 3ZL7 C; 1G2B A; 2YUQ A; 2EGE A; 1K9A A; 2F2V A; 1SHF A; 2EBP A; 3U23 A; 1VYV A; 4CC4 B; 1SEM A; 1QWF A; 5I22 A; 2OI3 A; 4D8K A; 2P4R A; 3H0I A; 1OEB A; 2DBK A; 1PKS A; 2YT6 A; 5FWB A; 1WYX A; 2J6O A; 2DLP A; 2QDL A; 1B3Q A; 2D1X A; 2OAW A; 1NLP C; 2C0T A; 3PE0 A; 1E6G A; 3TSW A; 4J9I A; 2CUB A; 2DX1 A; 3EG0 A; 3M0Q A; 5IHN A; 2FEI A; 2FPE A; 2KBT A; 4RTW A; 2EKH A; 1RUW A; 1UHC A; 1UJY A; 1YP5 A; 1X2Q A; 1M3C A; 1YNZ A; 1T0H A; 2FO0 A; 4HXJ A; 1SRL A; 1Y57 A; 1A0N B; 4AFU C; 2HCK A; 1XOV A; 1CSK A; 2IIM A; 3QWY A; 2MOX A; 1ZX6 A; 4RTZ A; 1YWP A; 3M0S A; 2K6D A; 1SSH A; 1YN8 A; 2FPD A; 2KXC A; 4OMQ A; 3VS2 A; 2BZY A; 2EYY A; 1PNJ A; 4JJB A; 4KRT A; 2KXD A; 4AFZ C; 2KE9 A; 3NGP A; 2FPF A; 2JMA A; 3RBB B; 2EYZ A; 1Z9Q A; 2DL3 A; 1W70 A; 1X69 A; 4ESR A; 1NYF A; 5HCK A; 2O88 A; 4AG1 C; 3GBQ A; 2DNU A; 3M0R A; 2ROT A; 5EC7 A; 1H92 A; 1BBZ A; 1JXO A; 3UAT A; 4WCI A; 1ZLM A; 2L3S A; 4CC3 A; 2K2M A; 2BZ8 A; 1SHG A; 3REA B; 5FWC A; 1UHF A; 1T3S A; 2O2O A; 5IHI A; 2RN8 A; 2DBM A; 5IH2 A; 2VVK A; 3REB B; 3EG2 A; 2RQV A; 1ZBJ A; 3VS5 A; 4LNP A; 2RNA A; 1BK2 A; 2D8H A; 4CC7 A; 2CUD A; 2PTK A; 4X1V A; 4Z89 A; 2HEQ A; 3H41 A; 1RLQ C; 2A36 A; 2D0N A; 1GCP A; 4R0K A; 3VS0 A; 2EYX A; 1UE9 A; 2VWF A; 3UF4 A; 2ENM A; 2CRE A; 1GFD A; 2KYB A; 3C0C A; 1OOT A; 1U06 A; 2CH4 A; 4GBQ A; 2KR3 A; 4J9D A; 2RF0 A; 2FG0 A; 2V1Q A; 1KSW A; 1IO6 A; 4ORZ A; 2RMO A; 3JV3 A; 1PRM C; 2ED0 A; 2YUO A; 5GJW B; 1Y0M A; 3SEM A; 1GCQ A; 4J9H A; 3RNJ A; 2KRN A; 2KRS A; 2K3B A; 3TSZ A; 1T0J A; 2F2X A; 4Z8A A; 2DVJ A; 4OMO A; 2DF6 A; 2J05 A; 2JS2 A; 2RQW A; 2KYM A; 2PZ1 A; 4JJC A; 1VA7 A; 2FRY A; 1QKW A; 3I5R A; 4J9F A; 2AKL A; 2JMC A; 3VS6 A; 2RPN A; 3M0U A; 4RTX A; 4RUG A; 2YDL A; 2DJQ A; 1HSQ A; 1WLP B; 2C0I A; 2J6K A; 4Z88 A; 2JM9 A; 1WIE A; 1X6G A; 1UTI A; 2EVR A; 1AWJ A; 2VKN A; 2GBQ A; 1Z9Z A; 4HVV A; 4HVU A; 2L3P A; 2L3Q A; 1BB9 A; 1E6H A; 3NPF A; 1I07 A; 2A08 A; 1M8M A; 4DEY A; 4AFS C; 4IIO A; 4RTT A; 2DL4 A; 3VS7 A; 1WX6 A; 4EIK A; 2CH4 W; 2KGT A; 2X3W D; 2O9S A; 2CDT A; 1NLO C; 2AKK A; 2EQI A; 2GNC A; 1S1N A; 2A37 A; 1JXM A; 2LCS A; 4E6R A; 3KFV A; 4QT7 A; 1WFW A; 1V1C A; 1H3H A; 2KT1 A; 2DA9 A; 3UA7 A; 1X6B A; 2LP5 A; 3I9Q A; 2PNI A; 4F16 A; 1X27 A; 1K76 A; 2NWM A; 1SRM A; 2LQW A; 3R6N A; 2HDA A; 1RLP C; 2AZV A; 1JO8 A; 1X2K A; 3VRY A; 1OPK A; 2SEM A; 1JEG A; 1UEC A; 1LCK A; 3M0T A; 3IQL A; 1MUZ A; 2JT4 A; 1AZE A; 1I1J A; 2DMO A; 1K0S A; 2XMF A; 2JXB A; 2JW4 A; 2ABL A; 2DRM A; 1AWW A; 1WA7 A; 4JPB W; 1QLY A; 2KEA A; 1NG2 A; 2L2P A; 1U5S A; 3EG1 A; 1PHT A; 4ZNX A; 2F2W A; 1N5Z A; 4Y92 A; 1K0X A; 4J9E A; 2W10 A; 1X43 A; 1J3T A; 1TG0 A; 2AK5 A; 1NM7 A; 3PVL A; 5I11 A; 3VS1 A; 1HD3 A; 1QCF A; 2EYW A; 4AG2 C; 3A98 A; 1GRI A; 2LJ3 A; 2MIO A; 5IXF A; 2LJ0 A; 4LUE A; 4F14 A; 5IHK A; 2BTT A; 2JTE A; 1WXT A; 2EGA A; 1AEY A; 2OJ2 A; 2O9V A; 2I0N A; 3VRZ A; 4LUD A; 2LQN A; 2NUZ A; 2LZ6 B; 3I5S A; 3CQT A; 2G6F X; 1KIK A; 1JQQ A; 2LMJ A; 2CSI A; 1MV0 B; 1WI7 A; 2V1R A; 4RTU A; 1QWE A; 3ULR B; 2AZS A; 2MCN A; 1UFF A; 1ARK A; 2YUP A; 4F17 A; 3H0F A; 2GTO A; 2M51 A; 4JZ4 A; 2DIL A; 2YUN A; 1YWO A; 2DE0 X; 1NEG A; 4RTV A; 1VYT A; 3H0H A; 4HCK A; 2L0A A; 4IIM A; 5GJV B; 3EHQ A; 1AWO A; 1W6X A; 4GLM A; 4RTY A; 2W0Z A; 2LJ1 A; 1QKX A; 4OMM A; 2X3X D; 3I35 A; 2D8J A; 3LH5 A; 2DRK A; 4OMP A; 1CKA A; 2DM1 A; 1B07 A; 1GBR A; 1ZUU A; 1W1F A; 3FJ5 A; 1K1Z A; 3SHW A; 2RQR A; 1M3B A; 1JU5 C; 2HSP A; 2K79 A; 1NYG A; 1E7O A; 2EPD A; 1AVZ C; 2RQU A; 3EG3 A; 4LE9 A; 1H8K A; 1U3O A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1D3B B; 4XQ3 A; 4QW2 A; 1NEB A; 3MP1 A; 1M3A A; 3TVT A; 1ACM B; 4ZN1 A; 1D1C A; 1IHV A; 1UDL A; 1PRL C; 2P4T A; 1HK9 A; 2KSS A; 3VYG A; 1Q82 R; 3M58 A; 4MZM A; 4J5Y A; 2XDB A; 2YRC A; 1G8X A; 2J7I A; 1RI0 A; 2JS0 A; 2MAM A; 5AYF A; 4J6W A; 1ZUK A; 4J7F A; 2EJF A; 4OB1 B; 1UG1 A; 4Y28 E; 4JRP A; 1OPL A; 1WHJ A; 2E5K A; 2RM4 A; 1WHH A; 1M90 R; 1KFZ A; 4BB7 A; 1VUB A; 1BU1 A; 3QYH B; 2KRO A; 4C8Q G; 2KMT A; 2FYK A; 2KT8 A; 4F7U F; 2CZ1 B; 1G3S A; 1SSF A; 5KYX B; 1WJR A; 4HVW A; 4DEX A; 3OYD A; 2H3E B; 4J9B A; 2LQK A; 2EW3 A; 2LQ8 A; 2NUP A; 4FM4 B; 1R8O B; 4XTX A; 4IUP A; 3NFC A; 2ESW A; 3MP8 A; 3WVE B; 1EZZ B; 3KUF A; 5IXB A; 2DIQ A; 3MEA A; 2ECZ A; 4QQD A; 3EAE A; 2EAY A; 2EJG A; 2MMP A; 1AOJ A; 1ZSG A; 1VYU A; 2HBW A; 3PVQ A; 3S3O A; 2SRC A; 3CCU Q; 2DYB A; 3MEW A; 1EFN A; 2YUQ A; 4NS5 A; 3O8V A; 4AMC A; 2F2V A; 2L8D A; 4CC4 B; 3MEU A; 3GF5 A; 1IZ6 A; 2OI3 A; 1S72 T; 5A0G A; 4RCB A; 1S72 A; 3CCQ T; 4F7U A; 2DBK A; 2MI6 A; 4IKF A; 1OZ3 A; 2PVO B; 4M75 C; 3UWN A; 1JJ2 A; 1QVG P; 4BE1 A; 5LJ3 f; 1WJS A; 4BI3 A; 1WYX A; 3Q1J A; 3JB9 J; 5GMK l; 4KUD K; 4M7D F; 3D7S B; 1E6G A; 3TSW A; 2CUB A; 1OQK A; 5GAN 8; 2DX1 A; 1MMN A; 2EKH A; 1YHQ T; 1YHQ A; 1F1B B; 1VQ7 Q; 3HP9 A; 1JRI A; 4BUG A; 1VQ5 T; 1RAD B; 1YNZ A; 3RER A; 4O5V A; 3OYH A; 2IVW A; 1PSF A; 4A4H A; 4AFU C; 3R6O A; 3WVD B; 5GAN d; 2MWP A; 3HFN A; 5LJ3 e; 3KBG A; 4C92 G; 4F04 B; 2QQS A; 4PJJ A; 1RAA B; 2K3Y A; 3H9N A; 1M1K R; 4KRT A; 2KE9 A; 1K73 U; 2B8A A; 1C0M A; 2XDP A; 2AT1 B; 1W70 A; 2CS7 A; 3CCM Q; 5HCK A; 4N0A A; 2WSE E; 3JCM c; 1YI2 Q; 1BI3 A; 3VV0 A; 3QZ9 B; 5GAM f; 3JB9 D; 2A3L A; 4HT8 A; 4M78 G; 1X6O A; 4QQ6 A; 1R0B G; 5KYW B; 4CC3 A; 2K2M A; 3QZ5 B; 3HKS A; 5CK9 A; 2EQU A; 2L89 A; 1QVF S; 1K9M C; 1YJN Q; 2C06 A; 4RG2 A; 2ZGW A; 2CKK A; 3REB B; 3RDV A; 5GMK m; 4LNP A; 2RNA A; 3VUZ A; 3OS0 A; 2D8H A; 1PC0 A; 4BI8 B; 4E7K A; 3FDR A; 4XTW A; 5FRO A; 1Q81 U; 2DJZ A; 1D1A A; 3M4Y A; 3L2U A; 2HEQ A; 3QPH A; 4R0K A; 3SB2 A; 4C8Q D; 1UE9 A; 3LH0 A; 5GAM e; 2CRE A; 2HZY A; 2DKG A; 1GFD A; 4JJN K; 4MMK A; 4MZP A; 1IGQ A; 2E6N A; 2COW A; 4XU1 A; 5EG2 A; 2V1Q A; 3M4G A; 2HMA A; 2R57 A; 1IO6 A; 4JUV A; 3I55 Q; 3I56 T; 3I56 A; 3JV3 A; 4IUR A; 2K5I A; 2EJ9 A; 1I5O B; 3QJY A; 3LWH A; 3LYI A; 4LDX A; 2K3B A; 3V7S A; 3GP8 A; 3GNF B; 1Q86 U; 2WSF E; 3TSZ A; 2F2X A; 1N27 A; 4RMO A; 2JS2 A; 3CMA Q; 1VQ4 T; 1VQ4 A; 2PZ1 A; 4JJC A; 4C0Z A; 3A5Z B; 1QCO A; 4J9F A; 3SWN B; 1KC8 R; 3JCM X; 2AKL A; 2JMC A; 3FRN A; 1DJ7 B; 4RUG A; 5DY9 A; 1HSQ A; 3QHS A; 2GFU A; 1YJ9 Q; 2QEX Q; 1U3O A; 1WLP B; 2J6K A; 1R77 A; 1WIE A; 5GAO n; 4HVV A; 2L3Q A; 1BB9 A; 1VQ6 T; 1VQ6 A; 1W2B A; 3OQ5 A; 1KQS S; 3PGG A; 4PJO F; 1BI1 A; 2EQM A; 4AFS C; 4IIO A; 4QVD A; 3KXT A; 3E19 A; 4RTT A; 3JRZ A; 2F5K A; 3G4S T; 5D7U A; 3G4S A; 1OU9 A; 9ATC B; 2CDT A; 3J7A F; 2GNC A; 3S3M A; 4PFP A; 1WFW A; 4C5I A; 1V1C A; 2YXY A; 2RA2 A; 1VQM Q; 4II1 A; 3I9Q A; 2PNI A; 4F16 A; 2NWM A; 2VV5 A; 2D9T A; 1JO8 A; 1YI2 A; 1X2K A; 4OMF B; 3VRY A; 1KD1 U; 5CKB A; 2M1H A; 1B7T A; 2PUO B; 1JEG A; 1AZE A; 1I1J A; 1WPY A; 2DMO A; 1TOV A; 4PJO A; 1NJI U; 2JW4 A; 2ABL A; 4OP0 A; 1MGQ A; 4M77 C; 4J83 A; 1U5S A; 3EH2 A; 2HBP A; 1PHT A; 2K3X A; 1UB4 A; 3RKX A; 4C8Q F; 5CKE A; 3CCS T; 5AT1 B; 2DVE A; 3ZBD A; 2F1L A; 1JJ2 P; 4DQ2 A; 2RH2 A; 2RI3 A; 1SG5 A; 1XNI A; 2M16 A; 4DOV A; 3ER0 A; 4C0D B; 1GRI A; 3G71 Q; 2LJ3 A; 2MIO A; 2DAQ A; 2LJ0 A; 5IHK A; 2O01 E; 2BTT A; 2VGN A; 1ZBX A; 4AT1 B; 5GMK h; 4JLI A; 1AEY A; 1QP3 A; 4LUD A; 2NUZ A; 3I55 T; 3I55 A; 3CEY A; 3CQT A; 3QXE B; 3SFM A; 1KIK A; 1KHC A; 3G6E Q; 4XTV A; 1JQQ A; 2LMJ A; 1VQP Q; 3JAM E; 2MCN A; 2YUP A; 2CZ7 B; 1B34 A; 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4KUI A; 5GAO m; 2ZZD A; 4VUB A; 3RES A; 1RI9 A; 3MHX A; 1MMD A; 1AWX A; 4M7A E; 1UGQ B; 2CT4 A; 3UA6 A; 3S6W A; 1ZUY A; 2PQW A; 1LPL A; 2GQI A; 1UGV A; 3CD6 T; 3CD6 A; 1RAC B; 4LDV A; 3QO3 A; 2KRM A; 4RG8 A; 3ZL7 C; 1G2B A; 2DFU A; 3QYG B; 4M78 A; 3U23 A; 1SHF A; 3JCM V; 1VYV A; 4J6X A; 1S72 Q; 3L2Z A; 3CCQ Q; 1W2B P; 2RD1 A; 3P8B B; 4D8K A; 1K9M R; 4OB3 B; 3BDL A; 1VQO T; 1VQO A; 2YT6 A; 3EG9 A; 5LJ5 g; 3QDF A; 2XD0 A; 1VIE A; 3HRU A; 2PUK B; 2DLP A; 7AT1 B; 1B3Q A; 1NLP C; 1ZA2 B; 2C0T A; 3PE0 A; 3LW5 E; 4J9I A; 3CCV T; 1YHQ Q; 3CCV A; 4M7D D; 3GIB A; 4Z02 A; 4PFZ A; 5DLO A; 1VQ5 Q; 1M2V A; 1ZA1 B; 1RUW A; 1UHC A; 3RKW A; 1PSE A; 3CC4 T; 1M3C A; 3CC4 A; 1KQ1 A; 1T0H A; 4HXJ A; 3JCM Q; 3OBW A; 3M54 A; 4J6Y A; 1SRL A; 3TCJ A; 2MF2 A; 3OA6 A; 3EGX A; 3G1J A; 1XOV A; 2IIM A; 3EFO A; 4L59 A; 3EGX B; 1KD1 C; 1ZX6 A; 4BDZ A; 1X01 A; 2K6D A; 1YN8 A; 4B9W A; 2EYY A; 1PNJ A; 4JJB A; 2KXD A; 3LWI A; 3RBB B; 2EYZ A; 2DL3 A; 1NYF A; 1M90 U; 3GBQ A; 5GAN j; 2DET A; 2E3I A; 3M0R A; 2ROT A; 1XJW B; 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