The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
13
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sequence length |
96
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structure length |
96
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Chain Sequence |
GSSGSSGEYKAGDLVFAKMKGYPHWPARIDELPEGAVKPPANKYPIFFFGTHETAFLGPKDLFPYKEYKDKFGKSNKRKGFNEGLWEIENSGPSSG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Solution structure of the PWWP domain of the hepatoma-derived growth factor family.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Hormone/growth factor
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| source organism |
Mus musculus
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| molecule keywords |
Hepatoma-derived growth factor, related protein 3
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| total genus |
13
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| structure length |
96
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| sequence length |
96
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2002-10-22 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2HQE A; 3PNW C; 3E9F A; 2MWP A; 4E7I A; 4A4H A; 4IUT A; 3OYE A; 3L2W A; 2CKK A; 3FEO A; 3QII A; 3MO8 A; 2BIV A; 1KHC A; 2EFI A; 4L59 A; 4B9X A; 4B9W A; 3OY9 A; 4BAC A; 3S3M A; 1WJS A; 2RI3 A; 3OYK A; 5D6W A; 3QJ6 A; 3OYH A; 4NS5 A; 2R57 A; 2B8A A; 2QQS A; 3GOX A; 2M0O A; 3BDL A; 4QQG A; 5M9O A; 3QKJ A; 2GF7 A; 2LRQ A; 2EQJ A; 5FRO A; 4A4F A; 4QVZ A; 5KE2 A; 3OYN A; 2RJD A; 2RJF A; 2X4X A; 3L42 A; 1OZ2 A; 4IUV A; 2NLU A; 4E7J A; 5FRN A; 3EAE A; 3OS1 A; 2O4X B; 4PL6 A; 3NTI A; 3OYI A; 4II1 A; 1WJR A; 4Q5W A; 3P8H A; 2RHX A; 2IG0 A; 4FL6 A; 3LGL A; 3NTH A; 3LYI A; 3L2V A; 2R58 A; 2BKD N; 2GFA A; 2MWO A; 5KE3 A; 4BDZ A; 4E7K A; 3OS0 A; 4BE2 A; 4EDU A; 2M16 A; 2JZ2 A; 4HCZ A; 1N27 A; 3MP8 A; 3FLG A; 5C6S A; 2RI5 A; 3NTK A; 3OMG A; 3H6Z A; 3OYG A; 4BE1 A; 1G5V A; 4N4G A; 2RO0 A; 5KCH A; 2WAC A; 2R5A A; 3MEU A; 4A4E A; 2RHZ A; 2DIQ A; 3S6W A; 3MET A; 1OYX A; 3CEY A; 4C5E A; 3LH0 A; 5D6Y A; 3E9G A; 3LX7 A; 2EQK A; 4E7H A; 4A4G A; 4UC4 A; 3LLR A; 2X4Y A; 3ME9 A; 3S3O A; 2EQU A; 1H3Z A; 2F5K A; 3DLM A; 3QBY A; 4C5I A; 3M9Q A; 3O8V A; 4C5G A; 2FHD A; 2QQR A; 3UWN A; 5J39 A; 4PLL A; 5KH6 A; 1RI0 A; 5IN1 A; 2XK0 A; 3MEA A; 3MEV A; 1SSF A; 2PQW A; 4IUR A; 2L89 A; 3OYD A; 3FDR A; 3OS2 A; 5D6X A; 5KCO A; 3ZEH A; 2VYT A; 2D9T A; 3OB9 A; 2RJC A; 3DB3 A; 4GY5 A; 4BDY A; 3F70 A; 3L2R A; 4BE0 A; 2RJE A; 3MP6 A; 3L2U A; 2DAQ A; 3PMT A; 4C5H A; 3OYB A; 1WJQ A; 2K3Y A; 4X34 A; 4CRI A; 4IUQ A; 3OYA A; 3OYJ A; 3FC3 A; 4ZTJ A; 3MP1 A; 3SD4 A; 2EKO A; 2R5M A; 4Z02 A; 4N4H A; 2E6N A; 2JTF A; 2HQX A; 3KUF A; 5FRM A; 2L3R A; 2DIG A; 2EQM A; 3PFS A; 4QQ6 A; 4RG2 A; 3C4S A; 2RI2 A; 2L8D A; 3OMC A; 2M1H A; 4FU6 A; 4E7L A; 2LCC A; 2BUD A; 3ASK A; 3OQ5 A; 3L2Q A; 5IAY A; 3MEW A; 3H8Z A; 2RHU A; 3OYM A; 4IUU A; 3OYC A; 5J26 A; 2P0K A; 4LD6 A; 2RHI A; 2X4W A; 5CIU A; 1MHN A; 3OYL A; 4ZTF A; 2K3X A; 2LDM A; 4OVA A; 2YRV A; 3OA6 A; 3S3N A; 2RHY A; 4BD3 A; 2G3R A; 2GFU A; 2LVM A; 3Q1J A; 4N4I A; 2O4X A; 4PLI A; 4QW2 A; 5C0M A; 3LGF A; 4IUP A; 2E5Q A; 1OI1 A; 1XNI A; 2XDP A; 1OZ3 A; 2LTO A; 3DB4 A; 3P8D A; 2X35 A; 4QQD A; 3OYF A; 4IKF A; 1WGS A; 3PMI A; 3UT1 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2EBP A; 3VUZ A; 2MWP A; 1G3T A; 5HK3 A; 1VQ4 A; 1SF9 A; 4L59 A; 4JRQ A; 1WJS A; 5CKH A; 2XDB A; 3TEE A; 2FO0 A; 2YXY A; 2R57 A; 1WHL A; 2LC4 A; 1NE8 A; 2Y4Y A; 2H8H A; 1PKT A; 2EQJ A; 3CCE A; 1KQS S; 3M4G A; 1YWO A; 2DER A; 1BI1 A; 2KSS A; 2BKD N; 4C0D C; 4E7K A; 1UGR B; 1FMK A; 4A63 B; 1WHG A; 5KCH A; 3G4S A; 2D6F A; 4PJO A; 3CBM A; 4M75 A; 1QMC A; 1ZSZ B; 2QEX T; 3RIR A; 4Z89 A; 1MMA A; 4EMK B; 4CC7 A; 1M4Z A; 1MMN A; 4C5I A; 3DKM A; 4F7U F; 1ZUU A; 3CD6 A; 1WHJ A; 1UDL A; 2COY A; 2YDL A; 2AKL A; 2QI2 A; 2SEM A; 3OS2 A; 4BY6 B; 5KCO A; 1YIT Q; 2JMA A; 3CXC A; 2ZPG B; 4JS4 A; 5LJ3 e; 3OYB A; 3OYA A; 1UFF A; 1I0C A; 4KH1 B; 1VYV A; 3KUF A; 5IHN A; 3M55 A; 1QWF A; 1VQL A; 2E3H A; 3EG0 A; 1C6V X; 1D3B B; 5LJ5 e; 4XTX A; 3D7S B; 4MDX A; 2V26 A; 3MEW A; 2OAW A; 5CK9 A; 5CQY A; 3V7C A; 2KQW A; 2PU9 B; 3BFM A; 4FW1 A; 3CCR Q; 2GFU A; 5KYU B; 1QVF S; 4GLK A; 2ABL A; 2KI7 A; 4IUP A; 2VXF A; 2VGM A; 3EG9 B; 4ANJ A; 3LWI A; 2CH4 W; 4J6W A; 1VUB A; 3X20 B; 3I55 Q; 2KYM A; 1KQS P; 1RAC B; 2KRO A; 1OX9 A; 4M7A G; 5HK0 A; 2I0N A; 3CCV T; 4RMO A; 6AT1 B; 4LDX A; 3JB9 H; 1RLQ C; 4QQG A; 4AFZ C; 1QCF A; 1W70 A; 8ATC B; 2LJ1 A; 5GAN f; 4PJJ A; 3A8H B; 2CSI A; 3UAT A; 2RJF A; 1ZSG A; 1T0J A; 3QYG B; 2AZS A; 2J05 A; 3C95 A; 1VOM A; 4FYX B; 1TS9 A; 3X28 B; 1QVP A; 4M78 B; 4BDZ A; 1PSF A; 2A3L A; 3JSC A; 2L3P A; 1E6G A; 1Y0M A; 2O01 E; 2ZAE A; 3BY7 A; 4J9H A; 2X9H A; 4JJD A; 3M59 A; 2ZZD A; 1G3W A; 2JW4 A; 3CEY A; 1HD3 A; 5CR2 A; 4QVD A; 5EC7 A; 2DEU A; 2RQT A; 3KXT A; 4HVV A; 2K7A A; 3V7S A; 2KRS A; 3M0T A; 2CRE A; 2QQA A; 1D1C A; 5LJ3 f; 2C0I A; 2OTJ A; 4LDV A; 2LT4 A; 4EMH A; 1NG2 A; 3JCM X; 1BIB A; 2NUT A; 1BU1 A; 3QG1 A; 5CAI A; 4M7D E; 3C4S A; 1QVF P; 4M77 B; 1WXT A; 3HTR A; 2K9G A; 3I56 Q; 1EX4 A; 2BUD A; 3C12 A; 1BCM A; 1NPR A; 4JLI A; 2RHU A; 2J6O A; 2VAS A; 2RN8 A; 1KJW A; 1PKS A; 3RR6 A; 4E2F B; 2RHY A; 1I1J A; 2PVD B; 1VQM A; 2MCN A; 1BYM A; 1VQ8 Q; 3PMI A; 2F69 A; 3EG2 A; 3JB9 I; 1KD1 U; 2J7I A; 4LN2 A; 4V2S A; 4PKC C; 4OB0 B; 2MF2 A; 4A4K A; 1VQN A; 2EYY A; 1UEB A; 2GF7 A; 4F7U G; 4CC4 B; 4M78 F; 4RTZ A; 1VQK Q; 1X43 A; 4OP0 A; 1KD1 R; 4ZN3 A; 5GAM j; 1WHH A; 4CC2 A; 3I5S A; 2YRC A; 4E7J A; 2QA4 Q; 5GAN 4; 4J83 A; 3CMA Q; 1VQO A; 2V8K A; 3P8H A; 2QGG A; 4N0A A; 3NTH A; 5DY9 A; 3OS0 A; 4KT0 E; 2EVR A; 4LDY A; 1KQ2 A; 4X9C A; 5C6S A; 4BE1 A; 4AFU C; 2RO0 A; 3CCM A; 5KYY A; 3H0I A; 3QYH B; 4XU1 A; 1QVG S; 2MOX A; 1D1B A; 2X3X D; 2X4J A; 1YI2 T; 5GJW B; 4JPB W; 2EJG A; 3UWN A; 1R0B G; 3QDR B; 1UTI A; 3X24 B; 1RAA B; 2RM4 A; 2Z0W A; 2KMT A; 3MEV A; 1RAH B; 3EG3 A; 1YCS B; 8AT1 B; 4IUR A; 5I21 A; 2DYB A; 1MMG A; 2CP6 A; 2LJ3 A; 3CCS A; 1ZLM A; 4M77 F; 3OW2 A; 4PJN A; 1QLY A; 2A08 A; 2EGA A; 4C5H A; 2E41 A; 2ZPB B; 1ACM B; 4X34 A; 1NLP C; 2DJZ A; 2F5T X; 2I2L A; 3JCM J; 4Y92 A; 4KUL A; 4OML A; 3CPW A; 2DFU A; 5A2Q E; 1WQ7 A; 3VS5 A; 1UGS B; 2QG9 B; 1F1B B; 2KK4 A; 5EG2 A; 2A36 A; 2KY9 A; 4IUU A; 5I2S A; 5DLO A; 1B07 A; 3KBG A; 3CCQ A; 2K2M A; 3VYH B; 4L5G A; 2HD0 A; 5CCA A; 2XDP A; 2DO3 A; 2LTO A; 3I35 A; 1VQ4 T; 3M4Y A; 3HHT B; 2E3I A; 2VXE A; 5GAO n; 3MO8 A; 4B9W A; 1Y07 A; 4RG8 A; 1D0Z A; 3OYH A; 2EYQ A; 2B8A A; 2K79 A; 1NEG A; 5IHI A; 3CCE T; 5M9O A; 1RAF B; 3GF5 A; 3G1J A; 3ZL7 C; 2ED0 A; 2X51 A; 1VQ7 Q; 3CPF A; 1PD1 A; 3EHR A; 4KUD K; 4RTV A; 4Q5W A; 3SWN A; 1QVG P; 4J9D A; 1U5S A; 2OTL A; 2NUP A; 4C92 D; 4J9B A; 1AT1 B; 1H3H A; 4PJO C; 4M75 C; 3G4S T; 3GPL A; 3H9N A; 3OYG A; 2QYZ A; 1JJ2 A; 4R55 A; 4XTZ A; 1LPL A; 3CD6 T; 1MV3 A; 2M02 A; 1YJN A; 2QQR A; 1OU8 A; 1LNX A; 4BUG A; 4OGC A; 4PFZ A; 2P0P A; 2V1Q A; 2XI9 A; 2DL7 A; 2QXF A; 3EH1 A; 1PNJ A; 4XTU A; 4LNP A; 1ARK A; 1UE9 A; 2D0N A; 1VQL T; 3MP1 A; 2R5M A; 3RMQ A; 2RQR A; 1IRE B; 3JAM E; 2DIG A; 3G7Z A; 5DM7 R; 2JTM A; 4DQ2 A; 1UUE A; 3EGD A; 1KC8 U; 4MZM A; 5GAN 6; 4M78 G; 3CXC P; 5GJV B; 1B34 A; 2DRK A; 4PFO A; 2CZ7 B; 2P0K A; 2X4W A; 3OYY A; 4C0Z A; 3OA6 A; 4R56 A; 5C0M A; 2G6F X; 2X35 A; 1KC8 R; 2B86 A; 4IKF A; 3G6E A; 4FM4 B; 1HK9 A; 1M1K C; 4M7D B; 2K4Y A; 2M9U A; 3INZ A; 2EFI A; 4C8Q A; 4D6W A; 1RAD B; 2YUO A; 1YJ9 A; 3A8M B; 5CO7 A; 4J6X A; 1YCY A; 3CC4 A; 3V8K A; 2LRQ A; 3JCM e; 1UGV A; 4PJM A; 2V8I A; 1AEY A; 1WXU A; 1NBE B; 3JCM P; 4JRP A; 4EIK A; 3OS1 A; 1YJW A; 1PSE A; 1WJR A; 1OOT A; 4M77 G; 2LX7 A; 1X6B A; 4ME7 A; 1LVK A; 1JB0 E; 2M16 A; 2ZPH B; 4KBM B; 1UGQ B; 1YIJ T; 3PVQ A; 2FEI A; 3REB B; 3DLL A; 4A4E A; 1D0X A; 2RB6 A; 3QWY A; 2EQK A; 1M3C A; 2EGE A; 4F04 B; 3S3O A; 1UEC A; 1H3Z A; 2FPD A; 2DM1 A; 1M90 U; 2DZ9 A; 1VQ5 A; 2DTH A; 4WTO B; 1HXD A; 2CH4 A; 1GRI A; 3M0S A; 2JOY A; 1IZ6 A; 3FDR A; 1Q82 C; 2V8J A; 2VYT A; 2OTJ T; 2BZX A; 4FSX A; 1J3T A; 2FYK A; 3QWX X; 3PMT A; 1M90 R; 4XU2 A; 2GQI A; 1X2Q A; 4C0D B; 2OJ2 A; 1IO6 A; 4E6R A; 4MZT A; 2EYW A; 2EQM A; 1TUD A; 3H0F A; 1Q81 U; 2ZCF B; 2JS2 A; 3ASK A; 2LZ6 B; 4BB7 A; 5GAN 8; 1TXQ A; 4MDW A; 2COZ A; 5FWB A; 4M7A C; 1UJY A; 1Y57 A; 2RHI A; 3PE0 A; 1JXM A; 2BTT A; 1SSH A; 1S72 Q; 1M30 A; 2YWW A; 2O4X A; 3LGF A; 1SKU B; 2DZC A; 1Q81 R; 2DVJ A; 3UT1 A; 3CCJ A; 3CBO A; 4J7I A; 1OV3 A; 1X75 C; 1VQN T; 2GCX A; 3S3M A; 2GGR A; 2CYZ B; 3E19 A; 4MZP A; 1O75 A; 4NS5 A; 3CPW S; 4O5V A; 5KYX B; 2XDD A; 1ZX6 A; 2HL3 A; 2RMO A; 1MGQ A; 4RUG A; 4N0A C; 1VQO T; 1VQP A; 3JCM b; 2KR3 A; 3OYI A; 1YHQ A; 4FL6 A; 1G3Y A; 2HBW A; 3VV0 A; 5GAN g; 4ZGE B; 1K0X A; 4EDU A; 3CCM T; 4JJN K; 4HCZ A; 2ZPI B; 3NTK A; 3OMG A; 4N4G A; 4KH0 B; 4CC3 A; 1BB9 A; 2CZ6 B; 1VQ6 A; 3MET A; 1OEB A; 3LH5 A; 3C0C A; 2KGT A; 4PJO E; 3NGP A; 2DMO A; 2KBT A; 3CC7 A; 4M75 E; 2F1L A; 1PHT A; 2VB6 A; 1Q7Y U; 2ROT A; 1FX7 A; 2YUQ A; 4JRK A; 4P5N A; 1U06 A; 1I5L A; 4HKE A; 2OI3 A; 5GAO l; 5CKD A; 3AT1 B; 2JVV A; 2VKN A; 3OB9 A; 4ELZ C; 1OU9 A; 5DLQ E; 2RJC A; 3A8L B; 2MK5 A; 3RER A; 4NL3 A; 1AZG B; 2QEX Q; 3FC3 A; 1Q7Y R; 5GMK l; 4Z02 A; 1NPP A; 4N4H A; 4ELY C; 4Y91 A; 1V1C A; 1IHV A; 3OMC A; 5LJ3 g; 3SB2 A; 1VYU A; 3OW2 P; 1UHF A; 5L8R E; 1V76 A; 3CCQ T; 4M7D D; 1V29 B; 5LJ5 g; 4J6Y A; 2QAZ A; 2DF6 A; 2ZPF B; 3CPW P; 4XQ3 A; 1K9M C; 3QUI A; 2EYZ A; 2M0Y A; 1G83 A; 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3FIF A; 5L23 A; 2PTK A; 3JV3 A; 1OX8 A; 5FRO A; 1Y96 B; 2KRN A; 3TSZ A; 1EZZ B; 1YJW T; 3VU3 C; 2FPF A; 4M7A A; 3OBY A; 1BIA A; 2RNA A; 2RHX A; 2R58 A; 2RA2 A; 1W2B A; 4XTY A; 1X6G A; 1BKB A; 1WIE A; 1MNE A; 4OB1 B; 2ZPE B; 1H64 1; 1M2V A; 2WAC A; 4NL2 A; 4QVC A; 3CME A; 4J8O A; 1K8A C; 1GXI E; 2OX7 A; 1IGQ A; 3GNF B; 3MEU A; 3UA7 A; 4J5Y A; 2FZK B; 3LH0 A; 1CKB A; 3JCM d; 2E10 A; 3G71 A; 4PK4 A; 4E7H A; 2XD0 A; 1VQ5 T; 3HRS A; 3QBY A; 3CC2 Q; 5GAM d; 4PLL A; 3CC2 T; 1D09 B; 2YUN A; 3HKS A; 3MEA A; 4RCC A; 4DOV A; 4C92 F; 1QCN A; 2D0Q B; 4HXJ A; 4M78 C; 2AKK A; 3RKX A; 1JO8 A; 2KXC A; 2DTO A; 2QK0 A; 4XU0 A; 1CSK A; 2RK2 A; 1YI2 Q; 3H0H A; 2BZY A; 4PJO B; 4M75 B; 2DXB A; 3JCM h; 1UGP B; 1GBR A; 2DK3 A; 3VJP A; 4OB2 B; 3PGG A; 5GAN 7; 1TH7 A; 1P92 A; 5GAM h; 3H8Z A; 1H8K A; 1U3O A; 1VQ9 Q; 2P84 A; 3M58 A; 1VQ9 T; 4OVA A; 2QGF B; 1U1S A; 1R8O B; 1O9S A; 2VWF A; 2E70 A; 1D1A A; 3X26 B; 4C8Q D; 3FJP A; 2J6K A; 4DA4 A; 3MHX A; 2HSP A; 3P8B B; 1XTD A; 1LOJ A; 4LE9 A; 1D0Y A; 3QJ6 A; 5D6W A; 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