The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
13
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sequence length |
65
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structure length |
65
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Chain Sequence |
KELVLALYDYQEKSPREVTMKKGDILTLLNSTNKDWWKVEVNDRQGFVPAAYVKKLAAAWSHPQF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Rapid purification and crystal structure analysis of a small protein carrying two terminal affinity tags
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Spectrin alpha chain, brain
|
| molecule tags |
Structural protein
|
| source organism |
Gallus gallus
|
| total genus |
13
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| structure length |
65
|
| sequence length |
65
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2002-12-11 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00018 | SH3_1 | SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1S1N A; 2YUP A; 2YT6 A; 1M3B A; 2KE9 A; 1CSK A; 1XOV A; 2DA9 A; 3R6N A; 1W1F A; 2JTE A; 4AG2 C; 2YUO A; 5I11 A; 2DBK A; 4OMN A; 3SHW A; 1E6H A; 1H8K A; 2BZX A; 2EQI A; 1NM7 A; 1JEG A; 2RQU A; 1OPL A; 4CC7 A; 1WXB A; 1QLY A; 2D8H A; 2DL4 A; 4AFZ C; 1GFC A; 1T3S A; 1UHF A; 1I07 A; 2YUQ A; 1ZUU A; 2ROT A; 4Z8A A; 1SEM A; 1X2K A; 2LQW A; 1UEC A; 3VS3 A; 4ESR A; 2EGE A; 1M8M A; 4J9H A; 2BZY A; 2J06 A; 2KYM A; 4K11 A; 1SHF A; 2G6F X; 2ED1 A; 4DEX A; 5IXB A; 2BZ8 A; 2VKN A; 3TSZ A; 4J9B A; 4CC4 B; 2DL3 A; 2HDA A; 2KXC A; 3O5Z A; 2YSQ A; 2CDT A; 2FPE A; 2P4R A; 3LH5 A; 5IHN A; 2L3S A; 1T0J A; 1K9A A; 2AZV A; 4M4Z A; 2X3X D; 1W70 A; 2J6F A; 2JMA A; 4IIM A; 2AK5 A; 2L0A A; 4CC3 A; 4E6R A; 1WIE A; 4LN2 A; 4RTT A; 2LX7 A; 5FWB A; 2RF0 A; 3IQL A; 3M0Q A; 4J9F A; 2RNA A; 3SEM A; 2DL7 A; 2RQW A; 1FYN A; 2EGA A; 1RLQ C; 2LCS A; 3I5S A; 2AKK A; 3I9Q A; 1Z9Q A; 4JJD A; 1IO6 A; 3JV3 A; 1GCQ C; 1Y57 A; 1MV0 B; 1G83 A; 2M51 A; 4J9E A; 2F2X A; 1X69 A; 1TUD A; 2EYX A; 2EYY A; 2VWF A; 3CQT A; 1I0C A; 2DF6 A; 1RLP C; 2DVJ A; 1SPK A; 2CSQ A; 4IIO A; 2SEM A; 2LMJ A; 1M27 C; 2DRM A; 4F16 A; 4OMQ A; 2OI3 A; 1YWO A; 2JM8 A; 1PKT A; 3GBQ A; 2O31 A; 2KBT A; 1K4U S; 1PHT A; 2H8H A; 2L3Q A; 2F2V A; 4HXJ A; 1UTI A; 2KXD A; 2DBM A; 2J7I A; 1V1C A; 1UJY A; 4RTX A; 4F17 A; 2NUZ A; 3H0I A; 2K9G A; 4AFU C; 5IHK A; 5FWC A; 2EVR A; 1UUE A; 2RMO A; 1OPK A; 1UDL A; 1GBQ A; 3NMZ C; 2DJQ A; 2MIO A; 1UG1 A; 2GGR A; 2EPD A; 2ROL A; 1K0X A; 1WXU A; 3REA B; 2K3B A; 2C0T A; 4J9D A; 4AFS C; 2W0Z A; 2JM9 A; 3KFV A; 4A63 B; 2K79 A; 1PWT A; 1WXT A; 1ZUK A; 3ULR B; 1AZE A; 1YP5 A; 1GRI A; 1YWP A; 3TSW A; 2RQV A; 1AVZ C; 3VRY A; 4LUE A; 2LJ3 A; 1VYV A; 1AWJ A; 1TG0 A; 3QWY A; 1ARK A; 1X6G A; 1MUZ A; 2JT4 A; 5IHI A; 2HCK A; 4OML A; 1WA7 A; 4Y92 A; 1B3Q A; 2DL8 A; 2J6O A; 2D8J A; 4ORZ A; 2LNH B; 1RUW A; 2FRW A; 1PRL C; 1ZLM A; 2ED0 A; 2EKH A; 4JZ4 A; 2CRE A; 3EG2 A; 2FEI A; 2O88 A; 3U23 A; 1UHC A; 1ZBJ A; 1AZG B; 3NGP A; 4JPB W; 2GTO A; 2O2O A; 1YN8 A; 2LQN A; 1OEB A; 4OMM A; 2YUN A; 1NYG A; 2KEA A; 2V1R A; 2V1Q A; 4RTZ A; 2ESW A; 2IIM A; 2KT1 A; 4EIK A; 1N5Z A; 1X27 A; 1YCS B; 4RTU A; 1SSH A; 4RTV A; 4JJB A; 1WDX A; 1U3O A; 2GTJ A; 2KYB A; 2A36 A; 2FRY A; 1QCF A; 2F2W A; 3H41 A; 1K76 A; 1KFZ A; 1CKB A; 1M3A A; 1PKS A; 1Z9Z A; 3VS4 A; 2DMO A; 4OMO A; 3EG3 A; 2O9V A; 3VS5 A; 2VVK A; 1AD5 A; 3THK A; 1T0H A; 2CH4 W; 1GFD A; 1NLO C; 4JZ3 A; 2DYB A; 3M0S A; 2RQR A; 3QWX X; 4ZNX A; 2ABL A; 3EG0 A; 3NPF A; 2LZ6 B; 1JQQ A; 4D8K A; 1OV3 A; 2KNB B; 1PNJ A; 3TVT A; 4FSS A; 2ENM A; 2XMF A; 2JMC A; 2CSI A; 2CH4 A; 1K1Z A; 5EC7 A; 4LNP A; 2EYW A; 2NWM A; 2RPN A; 1WLP B; 1JXM A; 1M30 A; 2A37 A; 1E6G A; 3NHN A; 1QKX A; 1UGV A; 2JW4 A; 1KSW A; 4WCI A; 1EFN A; 1JXO A; 2JXB A; 2OJ2 A; 4JJC A; 1NG2 A; 4Z88 A; 4OMP A; 1A0N B; 2K7A A; 1W6X A; 2A08 A; 1GL5 A; 4KRT A; 1BBZ A; 2ECZ A; 1VYT A; 1UJ0 A; 3M0P A; 1VYU A; 2GNC A; 5HCK A; 4GLM A; 4J9I A; 5IH2 A; 1YNZ A; 1AWX A; 2JS0 A; 2PZ1 A; 2W10 A; 2X3W D; 1PRM C; 2A28 A; 2C0I A; 2HSP A; 1ZUY A; 3VS6 A; 4RUG A; 2E5K A; 1UE9 A; 4RTY A; 1JO8 A; 2EW3 A; 1U5S A; 2HBW A; 1GCQ A; 5GJV B; 2L3P A; 2GQI A; 2OAW A; 2L2P A; 2J05 A; 2DNU A; 1X43 A; 2K6D A; 4R0K A; 2MCN A; 5L23 A; 1BK2 A; 4Z89 A; 2CUB A; 1B07 A; 1ABO A; 2HEQ A; 1T3L A; 3A98 A; 3PVQ A; 1NYF A; 3M0T A; 3VS7 A; 1Y0M A; 2KRO A; 2RN8 A; 3FJ5 A; 4RTW A; 3H0H A; 3VS0 A; 3RBB B; 4LUD A; 2GBQ A; 1GBR A; 2PTK A; 3UF4 A; 1HSQ A; 4F14 A; 1SRM A; 1H92 A; 2LJ0 A; 5ECA A; 2M0Y A; 1GCP A; 3RNJ A; 2EYZ A; 1WI7 A; 5IXF A; 3PE0 A; 1G2B A; 2D0N A; 4X1V A; 1HD3 A; 3C0C A; 3H0F A; 3VS1 A; 2FPF A; 1ABQ A; 3M0U A; 5GJW B; 4AFQ C; 1WYX A; 1ZX6 A; 4J9G A; 1FMK A; 1NEG A; 3REB B; 2LJ1 A; 2KRS A; 2KR3 A; 2KRM A; 1UFF A; 5FW9 A; 1J3T A; 2DX1 A; 1I1J A; 1NLP C; 2LP5 A; 1CKA A; 3EHQ A; 4HVV A; 2YDL A; 2J6K A; 2KRN A; 4HVU A; 1HJD A; 2I0N A; 1QWE A; 2DE0 X; 2FO0 A; 2AKL A; 2K2M A; 3ZL7 C; 5I22 A; 3PVL A; 1AWW A; 1NEB A; 1ZSG A; 1BB9 A; 3EHR A; 1BU1 A; 1U06 A; 2KT8 A; 4D8D A; 1E7O A; 1X6B A; 4QT7 A; 4J9C A; 1VA7 A; 4GBQ A; 2FPD A; 1QKW A; 3M0R A; 2KGT A; 3VRZ A; 1M3C A; 2SRC A; 2CT4 A; 1LCK A; 4LE9 A; 1K0S A; 1JU5 C; 1KJW A; 1RI9 A; 1SHG A; 1WFW A; 2DIL A; 1OOT A; 1X2Q A; 2AZS A; 1KIK A; 2CUD A; 3I5R A; 1AEY A; 2MOX A; 2PNI A; 4HVW A; 1MV3 A; 4CC2 A; 1SRL A; 4DEY A; 1WX6 A; 1AWO A; 3I35 A; 1TUC A; 3UAT A; 1H3H A; 4HCK A; 3UA6 A; 3UA7 A; 2O9S A; 4AG1 C; 3VS2 A; 2DRK A; 2RQT A; 2DL5 A; 2CT3 A; 3EG1 A; 2B86 A; 1QWF A; 1AOJ A; 2DM1 A; 2QDL A; 2C0O A; 2FG0 A; 2JS2 A; 2D1X A; 3EGU A; 2EBP A; 2EGC A; 2DLP A; 2BTT A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2YUP A; 2DXT A; 2RHY A; 1ZBX A; 2QQR A; 1XOV A; 3SB2 A; 2DA9 A; 2QAZ A; 5KYX A; 1W1F A; 2JTE A; 5CVI A; 3GOX A; 1BYM A; 2YUO A; 4FT4 A; 3LLR A; 4FU6 A; 4OMN A; 3OB9 A; 1MNE A; 4LDU A; 3QUI A; 1LNX A; 4IUV A; 2DZ9 A; 2ZPB B; 2RQU A; 1OPL A; 3NTK A; 1WXB A; 2XIC A; 2DL4 A; 1RAI B; 4AFZ C; 3LWI A; 2QA4 A; 2YUQ A; 1ZUU A; 2ROT A; 4Z8A A; 3E19 A; 1YJ9 A; 4ESR A; 5LL6 S; 1WJQ A; 2BZY A; 3OYH A; 4ZTF A; 3OYM A; 4K11 A; 2XHC A; 1D1A A; 2QEX A; 3CCV T; 2GQV A; 3JSC A; 2JNG A; 5KYX B; 4EMK B; 5GAN 2; 4FCY A; 1JB0 E; 1I81 A; 4KBM B; 3MP8 A; 3O5Z A; 3T9N A; 3V8J A; 3HFN A; 2DYI A; 1T0J A; 2VXF A; 1K9A A; 1W70 A; 2ZAE A; 2JMA A; 3LGF A; 4HT9 A; 1WIE A; 5HK0 A; 2LX7 A; 5FWB A; 2F69 A; 2RF0 A; 1NBE B; 1S72 T; 1VQ5 A; 3M0Q A; 3JB9 I; 1M2V A; 2OTJ Q; 4BE0 A; 3MO8 A; 1TTH B; 2RNA A; 1YIT Q; 1TU0 B; 2EGA A; 1YJW A; 1GXI E; 4NL3 A; 1VQO T; 3DB4 A; 3UWN A; 2AKK A; 4C8Q F; 1LVK A; 1WHH A; 1Z9Q A; 1NPP A; 2RO0 A; 3UT1 A; 3OBY A; 2E1H A; 2F2X A; 3CCE T; 1TUD A; 1NPR A; 2EYX A; 2VWF A; 4ANJ A; 5GAO n; 1BCM A; 2CSQ A; 4IIO A; 4KH0 B; 3X24 B; 4D6W A; 2HMA A; 3SD4 A; 4OMQ A; 5J3B A; 5HY6 A; 5LJ5 d; 2JM8 A; 5GMK m; 3CCJ Q; 4KUL A; 1K4U S; 1SG5 A; 2H8H A; 2MWP A; 2CZ6 B; 3CCV A; 1UTI A; 3JAM E; 1V1C A; 1UJY A; 4RTX A; 4F17 A; 5GAN 8; 1WJS A; 3H0I A; 2K9G A; 5GAN 6; 2PU9 B; 3QZ9 B; 2DJQ A; 2DIQ A; 1UG1 A; 1ZA1 B; 3CC7 T; 1YJN Q; 1WXU A; 5GMK e; 1OUL A; 5GAO p; 2ZZD A; 2CP2 A; 2CP6 A; 4XU1 A; 3CD6 A; 2K3B A; 4OF1 A; 5FRO A; 4MML A; 2BUD A; 4XU2 A; 5DLO A; 3CXC A; 2W0Z A; 2EQJ A; 4MZP A; 1WHL A; 3G4S Q; 3KFV A; 2BE9 B; 1PWT A; 2K79 A; 4A63 B; 1VQO A; 3ULR B; 3TSW A; 1PD1 A; 2EJG A; 4IUP A; 4LUE A; 2RH2 A; 4HCB A; 4NOY A; 4C0D B; 1AWJ A; 3OW2 P; 1MUZ A; 2K57 A; 3V7S A; 4GY5 A; 3CCE A; 1VQL T; 3FLG A; 2DL8 A; 2J6O A; 1ZSZ A; 2LQ8 A; 3EGX A; 4J6X A; 3I55 Q; 2BIV A; 2ED0 A; 2EKH A; 4JZ4 A; 4FL6 A; 2HL5 C; 2EFI A; 2O88 A; 1QCN A; 1ZBJ A; 4YTL A; 3OMC A; 1KQS A; 3JCM c; 5GMK h; 2E3H A; 4J6Y A; 2GFU A; 2Y90 A; 1M2O A; 4RTZ A; 2IIM A; 2LCC A; 1G3Y A; 3BY7 A; 1SSH A; 4RTV A; 1KD1 C; 3WVE B; 1U3O A; 1IB8 A; 3O8V A; 5FU6 B; 3CC7 A; 1Q81 U; 2DTO A; 3EGX B; 1K76 A; 2Y4X A; 1CKB A; 3P8B B; 3CCL T; 1KFZ A; 1Z9Z A; 2RHX A; 1QP3 A; 4OB3 B; 3EG3 A; 1KK7 A; 3QO3 A; 1AD5 A; 3VV0 A; 1GFD A; 5CKD A; 1NLO C; 2PQW A; 4IUT A; 4DBH A; 3EG9 A; 4P5N A; 5GAM j; 3VUB A; 2RQR A; 3QWX X; 3X20 B; 5FLX E; 1UGP B; 3HRU A; 1JQQ A; 2QXF A; 2M1H A; 1KC8 C; 2JMC A; 1OU9 A; 2GCX A; 4OVA A; 3JCM V; 4M7A E; 1K1Z A; 5EC7 A; 3CCM A; 2QG9 B; 4E7I A; 1M1K C; 3PGG A; 3CCU T; 4O5V A; 3G6E Q; 3NHN A; 1QKX A; 2L8D A; 3OYK A; 2Y4Y A; 4WCI A; 5GAN d; 2Z0W A; 1JXO A; 4PL6 A; 3E9G A; 5I2S A; 2OTL Q; 4Z88 A; 4OMP A; 2K7A A; 2CZ0 B; 1BBZ A; 3G71 Q; 2JN0 A; 3VYG A; 4UC4 A; 2ZCF B; 1QCO A; 5EG2 A; 2QQB A; 4PJO E; 5HCK A; 2VB6 A; 2LCL A; 2E3I A; 2PZ1 A; 2W10 A; 4M7A C; 2M0O A; 4C5H A; 2E5Q A; 3JCM X; 2C0I A; 1HK9 A; 1ZUY A; 2QA4 Q; 3CME T; 1K9M U; 4JRI A; 1VQ4 A; 1UE9 A; 2A3L A; 2EW3 A; 1YJ9 Q; 1GCQ A; 2L3P A; 2GQI A; 2OAW A; 2L2P A; 2QTV A; 2QEX Q; 4XAX B; 5L23 A; 3RKW A; 4Z89 A; 3CXC S; 3MEU A; 1ABO A; 2FZG B; 1FXX A; 3A98 A; 4PJO C; 2K3X A; 3M0T A; 2KRO A; 2FHD A; 4XTV A; 5LJ3 d; 1KQ2 A; 2EYQ A; 2EQM A; 3CCR Q; 3V7C A; 3QDR B; 1JJ2 A; 2GBQ A; 5CQX A; 2P4T A; 2PTK A; 3UF4 A; 4FYW B; 2LDM A; 3TQ7 P; 2DEU A; 3OSS C; 1D0X A; 4ZTJ A; 1H92 A; 1M5Q 1; 1VQ5 Q; 5ECA A; 1YJW Q; 2VUB A; 4Y28 E; 3OYN A; 2D6F A; 3GP8 A; 2EYZ A; 9ATC B; 2LRQ A; 4PJN A; 1KQS S; 2QQ9 A; 1IZ6 A; 1WPY A; 1BIB A; 2FPF A; 2HSE B; 5GJW B; 3JCM Q; 2E41 A; 4IUR A; 1FMK A; 2LJ1 A; 3OYC A; 2KR3 A; 4KGX B; 1U8R A; 1UFF A; 1I5L A; 1K73 R; 2DX1 A; 1I1J A; 1MGQ A; 2LP5 A; 1WHJ A; 1ZHI A; 5GAO q; 3EHQ A; 4HVV A; 5DY9 A; 2YDL A; 3QYG B; 1QVG P; 1Q7Y R; 1HJD A; 4X9C A; 3FEO A; 3I56 A; 2I0N A; 2DE0 X; 2AKL A; 4FYV B; 2DAQ A; 3CCV Q; 1BI3 A; 5GAN 3; 5GAN 4; 5I22 A; 2IVW A; 4PJL A; 3SDZ A; 4ELZ C; 3EHR A; 2KT8 A; 1X6B A; 3A8M B; 1YIJ T; 2E12 A; 4M75 A; 4GBQ A; 3C95 A; 3VU3 C; 5A0G A; 2KGT A; 3VRZ A; 1YIT A; 3CCS T; 3L42 A; 5CKE A; 5D7U A; 1K0S A; 1LCK A; 4LE9 A; 3C94 A; 1KJW A; 2LC4 A; 4EMH A; 1VQO Q; 1RI9 A; 4M7A F; 2V26 A; 4KT0 E; 1OOT A; 1SF9 A; 1X2Q A; 4OGC A; 2AZS A; 1YI2 T; 2E64 A; 1AEY A; 3EGD A; 5CIU A; 4C0F A; 3CCE Q; 1M4Z A; 4CC2 A; 5GAO l; 4M77 A; 3M4Y A; 2VGN A; 1TUC A; 4HCK A; 2PUK B; 4KGZ B; 3UA6 A; 4JRP A; 3QG1 A; 3OY9 A; 3VS2 A; 3EG1 A; 1Q86 R; 2ZGW A; 3JCM d; 4PJO F; 4E7H A; 3EH1 A; 2EBP A; 2VYT A; 2WAC A; 4DQ2 A; 1TWB A; 4OP0 A; 2DO3 A; 5D6Y A; 2FZC B; 4EDU A; 2BTT A; 3HRS A; 1M3B A; 4XTY A; 1CSK A; 3R6N A; 3CCQ A; 3D7S B; 1XJW B; 2DBK A; 2HKN A; 1E6H A; 1MHN A; 3OYE A; 4WF2 A; 5I21 A; 2BZX A; 2NYS A; 1YJN A; 4ELY C; 1YIJ A; 3S6W A; 1JEG A; 3CC7 Q; 3EFR A; 4M77 B; 4CC7 A; 4C92 E; 1SKU B; 3VJP A; 1I07 A; 1YHQ T; 1VQ9 A; 2R5M A; 4E2F B; 3CCS A; 1X2K A; 1UEC A; 1JJ2 S; 2J06 A; 4DEX A; 5IXB A; 1N8R C; 2CP0 A; 2XID A; 1YI2 A; 2VKN A; 3OYL A; 2LX9 A; 1VQ7 T; 4PJO D; 2KXC A; 2M02 A; 2HQE A; 3G1J A; 2YSQ A; 3I55 A; 2CDT A; 2FPE A; 2P4R A; 3BDU A; 3LH5 A; 3M59 A; 2X35 A; 2L3S A; 2GF7 A; 4E7L A; 4E7Z A; 4M4Z A; 3CCM Q; 4L6V 5; 2X3X D; 3L1A A; 2AK5 A; 2L0A A; 3OBW A; 4RTT A; 2COZ A; 4IKF A; 4F7U A; 2LQK A; 4J9F A; 1H64 1; 5CR2 A; 3SEM A; 2DL7 A; 1FYN A; 2LCS A; 4JRQ A; 3RER A; 1IO6 A; 3JV3 A; 1IRE B; 1G83 A; 2M51 A; 5GMK i; 5CQY A; 2EYY A; 3CQT A; 2YRC A; 4L5G A; 1I0C A; 2DVJ A; 2LMJ A; 1M27 C; 1VQ4 Q; 4F16 A; 1YCY A; 2OI3 A; 4OB0 B; 1W2B A; 4EMK C; 5KYY B; 4FW2 A; 4F7U B; 1NJI U; 1BI0 A; 2JUF A; 2F2V A; 1NZ9 A; 5LJ5 j; 2KXD A; 2DBM A; 3OS5 A; 2J7I A; 2E65 A; 1VQ7 A; 4AFU C; 5IHK A; 2K3Y A; 1UUE A; 4M77 G; 1OPK A; 2O01 E; 2YRD A; 3S3O A; 3V7R A; 5IAY A; 3NMZ C; 3OS1 A; 1WZO A; 2I2L A; 2GGR A; 2EPD A; 1YBY A; 4C92 B; 2HAX A; 2YXY A; 4N0A A; 5HK3 A; 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