The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
18
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sequence length |
95
|
structure length |
95
|
Chain Sequence |
PSSNGPLEGTRGKLKNKPRDRGTSPPQRAVEEFDDGEKVHLKIDPSVPNGRFHPRFDGQTGTVEGKQGDAYKVDIVDGGKEKTIIVTAAHLRRQE
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structures of Five Antibiotics Bound at the Peptidyl Transferase Center of
the Large Ribosomal Subunit
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
23S ribosomal RNA
|
| molecule tags |
Ribosome
|
| total genus |
18
|
| structure length |
95
|
| sequence length |
95
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2002-12-31 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | Ribosomal protein L21 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2OTJ Q; 3I56 Q; 1VQ8 Q; 1NJI R; 1YIT Q; 1VQK Q; 3CCR Q; 3CCV Q; 1VQ7 Q; 1VQ4 Q; 1VQM Q; 3I55 Q; 1VQ9 Q; 1VQP Q; 3G71 Q; 1Q81 R; 1KQS P; 1K8A R; 2OTL Q; 1N8R R; 3CPW P; 3CMA Q; 2QEX Q; 3CCJ Q; 3CCL Q; 1Q82 R; 3G4S Q; 3CME Q; 2QA4 Q; 3CC2 Q; 1YJ9 Q; 3CCS Q; 3OW2 P; 1YIJ Q; 1YHQ Q; 3G6E Q; 1JJ2 P; 1K73 R; 1YJW Q; 3CC4 Q; 1QVG P; 1VQO Q; 1W2B P; 3CCM Q; 1Q7Y R; 3CCQ Q; 1VQ6 Q; 1VQ5 Q; 3CC7 Q; 1M90 R; 3CD6 Q; 1YJN Q; 1Q86 R; 1QVF P; 1KC8 R; 1KD1 R; 3CCE Q; 1VQN Q; 1VQL Q; 1YI2 Q; 1S72 Q; 3CXC P; 3CCU Q; 1K9M R; 1M1K R; #chains in the Genus database with same CATH topology 1IZ6 A; 3CCM T; 1KIK A; 2FHD A; 3M0U A; 2LT1 A; 3I5R A; 2IG0 A; 4DBH A; 3L42 A; 2EQM A; 1K73 C; 3Q1J A; 3J81 E; 3R6O A; 2DNU A; 1F1B B; 3MHX A; 1HJD A; 2XKO C; 4M7D G; 3VS3 A; 2RH2 A; 2WSE E; 2DYB A; 2FRY A; 4PFO A; 3H0I A; 4FT2 A; 5AT1 B; 1S72 Q; 3VV0 A; 1ZBX A; 2DE0 X; 6AT1 B; 3CCJ A; 1YJ9 A; 2X4Y A; 2M1H A; 1C6V X; 2QDL A; 2DKG A; 5DLQ E; 5C0M A; 2CP5 A; 1A0N B; 2DBK A; 4A53 A; 1VUB A; 3QHS A; 3CMA T; 1YNZ A; 2LDM A; 3OS5 A; 3CC2 T; 1XOV A; 3CCS T; 1YHQ T; 4C8Q E; 3ZFJ A; 2O01 E; 3I56 Q; 5EG2 A; 2X3W D; 3C94 A; 3URG A; 3NMZ C; 1SG5 A; 3CD6 A; 1W4S A; 2J6O A; 3T9N A; 2C06 A; 2DIG A; 2JNG A; 1C1A A; 3UF4 A; 2WSF E; 4FYW B; 4IIM A; 2P4R A; 1D3B A; 2DL7 A; 4O6J A; 1GBR A; 3E1S A; 2IPO B; 4J9H A; 5IH2 A; 3OYJ A; 1KQS S; 2KMT A; 1W1F A; 4JDS A; 3OYD A; 2FG0 A; 2NUP A; 4QQG A; 1D0X A; 4ZN3 A; 4Y28 E; 3CBM A; 3TSW A; 5LJ5 e; 4ORZ A; 3CME Q; 1FMW A; 3CC4 Q; 2CYZ B; 3QDF A; 1QKX A; 2EQU A; 2QG9 B; 2CP2 A; 1K9M C; 1OEB A; 1M90 R; 3OYB A; 3CCV A; 1SRL A; 5HK3 A; 2FB7 A; 1GCP A; 1M2V B; 3A1P A; 2FZG B; 1HD3 A; 4LDV A; 5LJ3 f; 4RTW A; 4LDY A; 3S3M A; 2JW4 A; 4NOY A; 2P4T A; 4HCK A; 2LQ8 A; 2HQX A; 2MWP A; 3VJP A; 1C0M A; 1FMV A; 2PVD B; 3M0S A; 4QVD A; 1H92 A; 1VQM T; 2EJF A; 2DMO A; 3JB9 G; 1X6O A; 2DTH A; 2QDY B; 3X25 B; 3QSU A; 1M3B A; 1WDX A; 3EFO A; 3S3O A; 2RQT A; 1BCM A; 4N4I A; 4FYX B; 2XI9 A; 2L5Q A; 2FPE A; 3RKW A; 3FLG A; 4M75 E; 3RIR A; 2FRW A; 4M7A F; 2MOX A; 3CC7 A; 1S72 T; 2RHZ A; 4PFZ A; 2R5M A; 5KH6 A; 1WJS A; 2COZ A; 3QJ6 A; 5KE3 A; 4FU6 A; 4Y92 A; 1EFN A; 4FT4 A; 2QTX A; 4D8K A; 4F7U A; 1KG1 A; 1UUE A; 1RAI B; 1M8M A; 2HSE B; 1WJR A; 4J83 A; 3UAT A; 3N5B B; 4KH0 B; 3NTI A; 4XQ3 A; 1T3L A; 2XDB A; 1JXO A; 3SD4 A; 1TG0 A; 1UGV A; 3EH1 A; 2QQS A; 1O9S A; 1UB4 A; 5HCK A; 1NEB A; 1RI0 A; 4L59 A; 5KYW A; 4CC2 A; 1VQ9 A; 1JB0 E; 2A37 A; 2QEX A; 3RUX A; 1V1C A; 4HT9 A; 4BE0 A; 2ROL A; 3MP6 A; 4XAX B; 4Z89 A; 3M57 A; 1NPP A; 1ZSZ A; 2DK3 A; 1K9A A; 1ZX6 A; 1BB9 A; 2W10 A; 3CBO A; 2MYS A; 3DKM A; 5GAN j; 2XDP A; 1YCY A; 4J7I A; 1W2B P; 1OZ3 A; 1ZUU A; 4XTW A; 4BDZ A; 1QCF A; 4C0D C; 2JT4 A; 3CME T; 4OGC A; 2HL5 C; 4M7A D; 3KUF A; 2CZ1 B; 3CCM A; 2CH4 W; 4PFP A; 3UPU A; 5KYU B; 2LRQ A; 1WNL A; 4QQD A; 2D8J A; 1I5L A; 2R58 A; 5FRM A; 4L5G A; 4HT8 A; 1K76 A; 1KHC A; 3JCM b; 3OBY A; 1ZSZ C; 1MNE A; 2A36 A; 3KBG A; 1WQW A; 4M78 B; 2OAW A; 1YN8 A; 2M02 A; 3CCQ A; 3O8V A; 5LJ3 g; 4ESR A; 5GAN 3; 1MV0 B; 3CCJ Q; 4M7A C; 2AK5 A; 1YJ9 Q; 3TU4 K; 1BCO A; 4E7H A; 1FMK A; 2I0N A; 1RAD B; 3OBW A; 3CCL T; 4LNP A; 1N8R U; 4KT0 E; 2RQR A; 4JLG A; 4RCC A; 1HYO A; 4NS5 A; 3CMA A; 3CC2 A; 2OAU A; 5CIU A; 3CCS A; 1YHQ A; 3SHW A; 5CKB A; 1PKT A; 4J9I A; 5GAO r; 3M53 A; 5ECA A; 1H3H A; 1Q82 U; 4P5N A; 1PNJ A; 2J06 A; 4Z88 A; 1ZBJ A; 4LDU A; 3P8H A; 2HKQ B; 4M7D E; 3O5Z A; 3CD6 Q; 1IGQ A; 1RLP C; 4C8Q B; 1LOJ A; 2LVM A; 2RI2 A; 1RAC B; 1ZHI A; 3G7Z A; 4MMK A; 3TEE A; 3CCR Q; 3I9Q A; 3H8Z A; 1WFW A; 2CUD A; 3HFO A; 1X43 A; 3HTR A; 4JS5 A; 2ESW A; 1QWF A; 3QJY A; 2LTO A; 3SDZ A; 2KQW A; 2KGT A; 2VGN A; 1I07 A; 1B7T A; 2HKN A; 2YDL A; 2VC8 A; 1R8O B; 1W2B A; 3CCV Q; 2DEU A; 2DIL A; 2YT6 A; 3HL8 A; 1S1N A; 1Q86 U; 1WA7 A; 2FZK B; 1Q7Y C; 2RQW A; 1M27 C; 4AFZ C; 5GAM d; 1VQO Q; 1QCO A; 3QDR B; 1VQ6 Q; 1JEG A; 1I8F A; 1VQM A; 1M2O A; 4HVV A; 5GAN h; 1OV3 A; 2M0Y A; 2I2L A; 2OTJ Q; 1WHK A; 2ED1 A; 1UGP B; 1PCX A; 2HSP A; 2DVJ A; 4DOW A; 3LH5 A; 4CC4 B; 1U8R A; 3QPH A; 4MZP A; 3P8B B; 5IAY A; 1QW1 A; 2HAX A; 2CZ7 B; 2NYS A; 1W6X A; 5GJV B; 1X75 C; 1G83 A; 3VS7 A; 5KYY A; 3PIP A; 3CCJ T; 2L3R A; 2WSC E; 2MIO A; 2NUT A; 2EYZ A; 2QA4 A; 3MCA B; 4N0A A; 3NHN A; 1NE8 A; 5GAM e; 4OGE A; 3VU3 C; 2JN0 A; 1GRI A; 4LDX A; 3BFM A; 3RES A; 4OB2 B; 2YUP A; 2LQK A; 2KRO A; 5CKF A; 1B07 A; 2YXY A; 1FXX A; 1M1K C; 3ZL7 C; 1VQP A; 4Z8A A; 2YUO A; 3CEY A; 5CCA A; 3EHQ A; 1YIJ A; 2DRK A; 2DXC A; 2E70 A; 3ME9 A; 2DTO A; 1VQ9 Q; 3RMQ A; 2X35 A; 1VYT A; 1MMA A; 2RHU A; 3OMG A; 3JCM h; 1WIE A; 4PL6 A; 2RJE A; 3MEV A; 1AVZ C; 4N0A C; 1QCN A; 2NLU A; 1GXI E; 2ENM A; 2QI2 A; 1PC0 A; 2ATC B; 1MV3 A; 3M0R A; 2RMO A; 3NTK A; 4PK4 A; 3BW1 A; 1O75 A; 2DO3 A; 3CCV T; 3FRN A; 3CCM Q; 1Q81 U; 3RNJ A; 4C0Z A; 4C92 B; 3MEU A; 3BY7 A; 4JLI A; 5IT9 E; 2DVE A; 4EIK A; 2DAQ A; 5GAN 8; 2BZY A; 3VKI A; 2D0N A; 1YJW A; 4PJO B; 2KK4 A; 3R6N A; 2M9U A; 2DA9 A; 1Y96 B; 1TTH B; 4J9G A; 1NPR A; 2ZZD A; 2OI3 A; 1YIT A; 5I2M A; 3EGX B; 2CDT A; 1R0B G; 4RG2 A; 3VS4 A; 1OX8 A; 1VA7 A; 3FJP A; 2EBP A; 5I11 A; 1IRE B; 2DFU A; 3CC7 T; 5FWC A; 2D0Q B; 2ZPH B; 2DER A; 2AIR B; 3HHT B; 3QYH B; 1B34 B; 1MMD A; 1W2B S; 3CMA Q; 2L3S A; 3CC2 Q; 3A8G B; 2VXE A; 3I5S A; 5J39 A; 3CCS Q; 1YHQ Q; 5FW9 A; 3GBQ A; 1YWO A; 1LCK A; 1SEM A; 2MPX C; 2XHC A; 3TVT A; 3JB9 H; 2ZAE A; 4C92 G; 3M59 A; 4IUQ A; 2EKO A; 4CRI A; 4M77 B; 1NJI R; 3RDV A; 1RAF B; 5KYN A; 3HPW A; 2CP3 A; 1TUD A; 2B86 A; 4PJO G; 1OU9 A; 1NM7 A; 1J3T A; 3EHR A; 3KFV A; 1M90 C; 2K4Y A; 3OB9 A; 4X9D A; 1VQ9 T; 2LJ3 A; 4PLL A; 1BI3 A; 4M7D B; 2O9V A; 1RAE B; 1ARK A; 2QEX T; 2IVW A; 1K8A U; 2FPF A; 2FVU A; 2PVG B; 2ABL A; 1MGQ A; 2QTV A; 1AD5 A; 5CK9 A; 2C0T A; 4Z02 A; 2F5T X; 2F2W A; 3H41 A; 5GAM j; 5D6W A; 3CCU T; 4FW1 A; 2PQW A; 4V2S A; 2RB6 A; 2AZV A; 2K5I A; 3OYK A; 3G71 T; 2K5L A; 2VGM A; 2AKK A; 3EG1 A; 5GAO m; 1MUZ A; 5GMK i; 3X28 B; 5D7U A; 4M77 G; 2HQH A; 3V7C A; 4C0F A; 5GAN d; 3HSB A; 1KQ1 A; 3G6E A; 2H8H A; 3LW5 E; 4JS4 A; 1VQM Q; 1D0Z A; 1P92 A; 4C5I A; 2FYK A; 3VRZ A; 3ULR B; 2K2V A; 2MMP A; 4ZGE B; 2DJQ A; 1N8R R; 2X4X A; 2GBQ A; 3C0C A; 1TS9 A; 3RR6 A; 4RKU E; 1G3W A; 2KY9 A; 2RQV A; 1D1A A; 2EYX A; 4WF2 A; 2OX7 A; 3QKJ A; 2O88 A; 2KYB A; 1Q82 R; 4FW2 A; 3CCQ T; 2JM9 A; 4MML A; 4A4F A; 1TUC A; 2PZ1 A; 1K0S A; 2DZC A; 1UG1 A; 4ANJ A; 4OF1 A; 3L2Z A; 1WZO A; 1HSQ A; 3ZEH A; 2DX1 A; 1CSK A; 1PM3 A; 3RKY A; 1LJO A; 1M2V A; 5GAN e; 3EGD B; 5HY6 A; 1GBQ A; 1PSF A; 3M5A A; 4M7A E; 2E3H A; 3AHU A; 2QYZ A; 4QQ6 A; 1IHW A; 1T0H A; 4B6M A; 1M1G A; 4J5Y A; 1NBE B; 4NL3 A; 4A4H A; 3RBB B; 2Y4X A; 1VQP Q; 2B8A A; 4FSX A; 2DPP B; 3UDC A; 2COY A; 4RCB A; 4ZN1 A; 1VQ8 T; 4HXJ A; 4C5G A; 1YIJ Q; 2RA2 A; 3JCM d; 2KXC A; 4HA8 A; 2QGF B; 1FX7 A; 2A28 A; 2YRD A; 3DLM A; 1LPL A; 2EYW A; 3V7S A; 3QO3 A; 1WHL A; 2HBW A; 2DF6 A; 5FU6 C; 4BDY A; 1VQ4 T; 1X2K A; 5GMK j; 5GAN 2; 4F7U F; 3OSS C; 1YFN A; 3S3N A; 1JBM A; 3OYH A; 4WCI A; 1ZLM A; 2RK1 A; 2YSQ A; 2ECZ A; 3OYE A; 3V7R A; 2F2V A; 2LJ1 A; 2A7Y A; 3JCM e; 2J05 A; 2E12 A; 1WHM A; 2SRC A; 2XD0 A; 7AT1 B; 3HP9 A; 2RJF A; 2O2O A; 2AZS A; 2JTM A; 5GAM h; 5CAI A; 3FC3 A; 1SSF A; 5IHN A; 4HCC A; 1U1S A; 4A4E A; 4DEY A; 1X27 A; 4XU3 A; 5GAN 6; 3A8L B; 2K57 A; 2K7A A; 1YIT Q; 2KVQ G; 4RTU A; 2PUK B; 2A0F B; 3UA7 A; 5GMK m; 5DM7 R; 4J6X A; 1SKU B; 2KT1 A; 1IO6 A; 3CCL Q; 2QQR A; 4DEX A; 4BI4 A; 5GAN 7; 5J26 A; 1VQ7 A; 2CP7 A; 2K9G A; 3MP1 A; 2Y4Y A; 3G4S T; 2QA4 T; 1UEB A; 2LC4 A; 3CXC P; 1W70 A; 5KCO A; 2E1H A; 3MPU B; 3QG1 A; 3QII A; 4ATO A; 2ZPG B; 3CPF A; 3EG2 A; 2COW A; 1QP2 A; 2NUP B; 4JZ4 A; 4XTY A; 1AZG B; 1HK9 A; 1WXU A; 2BZX A; 1AWO A; 2KT8 A; 1VQP T; 3I35 A; 1PKS A; 5CO7 A; 4JRQ A; 4J9C A; 2DIQ A; 1OPK A; 3OYA A; 4J6W A; 1IGU A; 4M78 A; 2YUQ A; 3QBY A; 1KD1 R; 2OTL A; 1GCQ A; 1YIJ T; 3NTH A; 2LCC A; 4M78 D; 3OYI A; 1H8K A; 1Q81 R; 2H3J A; 3PMI A; 2YWW A; 4JPB W; 4E7L A; 1VQN A; 3EG9 B; 3CCU A; 4J9D A; 3SWN B; 4DOV A; 1OQK A; 4C92 E; 4FL6 A; 3G71 A; 1M3A A; 1OPL A; 3LLR A; 2EAY A; 2CZ6 B; 2KAF A; 1WXB A; 3L1A A; 4PJM A; 4PJO E; 2GTJ A; 1KHI A; 2DL8 A; 2JXB A; 3A98 A; 2GNC A; 4M78 C; 1GCQ C; 3HRT A; 5IXF A; 3L2R A; 3EFS A; 5GJW B; 4C8Q A; 2DL5 A; 4RTX A; 5GMK h; 1YJW T; 4C8Q D; 1ACM B; 2VV5 A; 2JJ9 A; 4F7U B; 2JMC A; 1XJW B; 3REA B; 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4M75 C; 4KGZ B; 4PJL A; 3CC7 Q; 1NJI C; 1B3Q A; 1EIF A; 2KYM A; 2F1L A; 3M55 A; 4TVR A; 5GAN 5; 3G4S A; 1AZE A; 1KFZ A; 2AKL A; 1UGS B; 1UJ0 A; 3QYG B; 1IRX A; 3OSV A; 3EAE A; 1RI9 A; 5KYX A; 1QVG P; 3H0F A; 2AHJ B; 5CQY A; 4OP0 A; 3PVQ A; 3SEM A; 4LE9 A; 1M9S A; 1AWJ A; 1OI1 A; 1PSE A; 2RJD A; 4ZGJ B; 1TOV A; 2HNI A; 1RAA B; 3OQ5 A; 3LH0 A; 3VUZ A; 4PJO A; 1AT1 B; 1OUL A; 3SFM A; 1ZA2 B; 1JXM A; 2P0K A; 1G8X A; 1Y96 A; 2JTE A; 1YI2 T; 3PTA A; 2DL4 A; 2K5F A; 1XTD A; 4JJN K; 2QEX Q; 3REB B; 3JB9 I; 5C6S A; 3EGX A; 3JCM P; 3LYI A; 4C5E A; 2PVO B; 3MET A; 4C5H A; 2VB6 A; 4RUG A; 3OYL A; 2KXD A; 5LJ5 g; 2EW3 A; 1YCS B; 3CCU Q; 1K73 U; 2YHT A; 1RAB B; 1N8R C; 2X4J A; 3G71 Q; 2CT3 A; 2GTO A; 3MJX A; 2KBT A; 2KRS A; 3THK A; 2E10 A; 2GQV A; 3CXC S; 2AT1 B; 3OYN A; 1E6G A; 1X69 A; 4M77 A; 1Q82 C; 4AT1 B; 2E3I A; 2CUB A; 1T3S A; 2FZC B; 3CPW S; 4DA4 A; 2DLP A; 1AHJ B; 1YJN T; 5LJ3 d; 5HK0 A; 3CCE T; 3LGF A; 3QZ9 B; 2ED0 A; 4E7S A; 2YRV A; 3G1J A; 3VS5 A; 1VQK T; 4PJN A; 4M7D A; 4FYY B; 4M7D D; 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