The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
28
|
sequence length |
106
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structure length |
106
|
Chain Sequence |
SSPKRPYLLRAYYDWLVDNSFTPYLVVDATYLGVNVPVEYVKDGQIVLNLSASATGNLQLTNDFIQFNARFKGVSRELYIPMGAALAIYARENGDGVMFEPEEIYD
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structure of a delivery protein for an AAA+ protease in complex with a peptide degradation tag
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Stringent starvation protein B homolog
|
| molecule tags |
Transport protein
|
| source organism |
Haemophilus influenzae
|
| total genus |
28
|
| structure length |
106
|
| sequence length |
106
|
| chains with identical sequence |
B
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2003-03-24 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SspB-like |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1OX8 A; 1OUL A; 1OU8 A; 1OX9 A; 2NYS A; 1OU9 A; 1ZSZ C; 2QAS A; 1ZSZ A; 2QAZ A; 1TWB A; 1ZSZ B; 1YFN A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4IKF A; 1IO6 A; 1KHI A; 1I1J A; 5GAN 3; 2DYI A; 5LJ5 f; 1VQM A; 2D9T A; 1VQO Q; 4ELZ C; 1HYO A; 1X6O A; 4JDS A; 3L2Q A; 2L0A A; 3OS0 A; 2C0T A; 4IUU A; 3SEM A; 1JB0 E; 1OZ3 A; 2V8J A; 5FU7 C; 2K5I A; 2DET A; 2QEX A; 4AFS C; 3MEW A; 4M78 D; 4F7U G; 3HRT A; 4M77 G; 3L1A A; 3QSU A; 2FRY A; 4RG2 A; 1OQK A; 2KSS A; 5LJ3 e; 4QT7 A; 3ASK A; 2D8J A; 3J7A F; 2FRW A; 2A08 A; 1ZBJ A; 4E7S A; 2ROT A; 3V7R A; 3CXC P; 3RBB B; 1BI3 A; 2CP3 A; 2DF6 A; 2E12 A; 4C92 C; 3HRU A; 4PJO D; 2K3B A; 1MND A; 4FM4 B; 1AWW A; 2I2L A; 2QAS A; 1UGR B; 4F7U B; 5FW9 A; 2VWF A; 2JXB A; 3I9Q A; 4M7D D; 2P0Q A; 2LRQ A; 1VQP Q; 3MCA B; 2JVV A; 3JB9 I; 1QWE A; 2I0N A; 5GAN j; 5GAN d; 4HT8 A; 4E7I A; 2JW4 A; 4J9F A; 3VKI A; 3NPF A; 4EMK B; 2O31 A; 3V7C A; 2DK3 A; 3FJ5 A; 2BE7 D; 1IB8 A; 5D6X A; 4PJN A; 1RAH B; 1G5V A; 4C8Q D; 2LNH B; 2LTO A; 4MZP A; 4E7J A; 5I2M A; 5CKD A; 2EQJ A; 3VRY A; 4PNO A; 2DL5 A; 2YDL A; 1W1F A; 2F5T X; 4M78 E; 4LDY A; 3L2W A; 4N4H A; 1W4S A; 2X9H A; 4C0D B; 1ZLM A; 4F7U A; 4D6W A; 4M77 A; 4ME7 A; 3PT9 A; 4XU0 A; 1RLQ C; 1MUZ A; 2RPN A; 3PIO A; 2D0N A; 4X1V A; 2CZ1 B; 3EGD B; 2FPE A; 5AYF A; 1OU8 A; 3M0P A; 2OTL Q; 1D1A A; 3HRS A; 4C5I A; 1G3S A; 2GFU A; 1UFF A; 4E7Z A; 2JUF A; 3VS5 A; 1OPK A; 2GQV A; 4PJO E; 4EMK A; 1I5L A; 4M7A C; 3PMT A; 3MP8 A; 5GAN 8; 2YUO A; 2ENM A; 2VB6 A; 1K9A A; 3JRZ A; 1D3B B; 3HKS A; 1YHQ Q; 3QPH A; 2JN0 A; 3LH0 A; 2CSQ A; 4M7D E; 2B8A A; 4RUG A; 3X20 B; 3LWH A; 3CCS Q; 4M75 B; 5IN1 A; 4F7U F; 4M77 F; 5FRO A; 3I55 Q; 3OYK A; 4PFZ A; 1BIB A; 1G3T A; 2KAF A; 3OS2 A; 1OX9 A; 2CZ7 B; 2E10 A; 2DZC A; 5GAM h; 1SSH A; 1WI7 A; 2KYM A; 4C8Q E; 3EGD A; 1YN8 A; 4BE0 A; 4KUL A; 4BD3 A; 1QVF S; 5IAY A; 3JCM V; 1VQ7 T; 2MOX A; 1MHN A; 2KR3 A; 3SDZ A; 2A37 A; 1FX7 A; 1YJW Q; 1ZQ1 A; 1ZA1 B; 2X4X A; 2P4R A; 4B6M A; 3X25 B; 1D3B A; 1QCF A; 3QUI A; 1SG5 A; 3M0T A; 1EIF A; 4Z8A A; 3TQ7 P; 3SD4 A; 5CQX A; 4M75 A; 1RAE B; 1T3L A; 2KGT A; 3HP9 A; 4N4G A; 4ATO A; 1JJ2 A; 2KVQ G; 2RMO A; 1B34 B; 1VQK Q; 1FXX A; 1VQ7 A; 1QVF P; 2O4X B; 3RMS A; 1VOM A; 1TS9 A; 4FIB A; 2DZ9 A; 2QAZ A; 3QO3 A; 4DBF A; 4C92 G; 1NLO C; 1CSK A; 2HBP A; 3QII A; 4DA4 A; 1MV0 B; 2RB6 A; 3FDR A; 3CCJ Q; 4VUB A; 4JJC A; 1WX6 A; 3QZ5 B; 5FU7 B; 2EIF A; 4F14 A; 2ABL A; 2HL5 C; 2CS7 A; 3QWY A; 4M75 F; 4XAX B; 3G4S T; 1O9S A; 3LGF A; 5HCK A; 4AFU C; 3VJP A; 1PRL C; 3CD6 T; 4KGX B; 2YUN A; 1Z9Z A; 4OVA A; 3HHT B; 1SF9 A; 1RLP C; 5LJ5 g; 3U23 A; 2QI2 A; 2QQS A; 4JPB W; 3OYB A; 2EFI A; 4RTX A; 4NS5 A; 2RI5 A; 1X27 A; 4QQG A; 3J81 E; 2O4X A; 4JRP A; 4J7F A; 3OS1 A; 1I5O B; 1I0C A; 2FVU A; 1PCX A; 2LX7 A; 2M9U A; 2XKO C; 1VQ5 T; 1PC0 A; 3D7S B; 3NHN A; 3G4S A; 3G6E Q; 2VAS A; 1CKB A; 3JCM X; 1TG0 A; 4A4E A; 2HQE A; 2EYZ A; 4HCZ A; 4FSX A; 3M0S A; 3CD6 A; 3GIB A; 1TOV A; 2ZPF B; 1I4K 1; 1VQ4 Q; 5I22 A; 1W70 A; 4D8K A; 1VQ6 Q; 2HKQ B; 2L2P A; 1ZSZ C; 1NYG A; 1K0S A; 1QKW A; 3A8M B; 2KRM A; 4LDU A; 2JMA A; 1CKA A; 1QP2 A; 4OMQ A; 2FHD A; 3QZ9 B; 4KH1 B; 1VQ5 A; 4PJJ A; 4XTX A; 1Q81 C; 2OJ2 A; 3E1S A; 5GAN 6; 1KG1 A; 4QQD A; 4KH0 B; 3JCM f; 2FZG B; 2JTM A; 4M7A G; 1VQN T; 2ZCF B; 1QMC A; 3JCM J; 1QVP A; 1BU1 A; 4C92 A; 3CC2 T; 2FEI A; 2EBP A; 2RJD A; 2P84 A; 3R6O A; 4GY5 A; 3X26 B; 2BIV A; 2J7I A; 2C0I A; 3NMZ C; 2XDB A; 1M3A A; 1Q81 U; 1PRM C; 1VYT A; 4X34 A; 5CCA A; 3SHW A; 3JB9 F; 2XMF A; 1M2O A; 2CZ0 B; 2X4Y A; 4BDZ A; 3QYH B; 2KY9 A; 1ZUY A; 4ORZ A; 2E1H A; 2H8H A; 5I11 A; 1OZ2 A; 3JCM P; 1ARK A; 2KI7 A; 2H3E B; 2OTJ T; 3C95 A; 3FB9 A; 5ECA A; 1VQN A; 2SRC A; 4DOW A; 1JQQ A; 3CC2 A; 2HSP A; 3CCV T; 1N8R U; 4AG1 C; 4AFZ C; 4M7A B; 4C92 F; 2DO3 A; 3E2U A; 1TWB A; 2CZ6 B; 2VKN A; 2HKN A; 4DEY A; 2COW A; 1D0Z A; 2DXU A; 2L5Q A; 4XTY A; 3CC7 Q; 4C0F A; 3UWN A; 4ZGE B; 2OTJ A; 3TSZ A; 4M77 C; 2A28 A; 1RAG B; 3OBW A; 1VQL T; 2YLC A; 3CCV A; 4Y91 A; 2HBW A; 3EFS A; 1YJN T; 3CCQ Q; 3UAT A; 1WFW A; 1QVF A; 3NFC A; 2MPX C; 4KGV B; 3A8L B; 3L2U A; 4M7A A; 2QA4 T; 4RTV A; 4L5G A; 4LN2 A; 3CPW S; 3MP1 A; 2RA2 A; 2DNU A; 1KQ1 A; 2A36 A; 5C0M A; 1C0M A; 1Y96 A; 2KT1 A; 1VQL A; 3CCL Q; 1WA7 A; 1JEG A; 2F69 A; 2V8I A; 1B3Q A; 2W10 A; 4P5N A; 2DBK A; 1YJN A; 1WNL A; 4XU2 A; 4DBQ A; 3CCU T; 1HJD A; 1XOV A; 4RTT A; 3S3M A; 3QKJ A; 1YI2 T; 2HDA A; 1LCK A; 4PFO A; 1YJ9 T; 1IXD A; 4ANJ A; 1AHJ B; 4J6X A; 2G3R A; 3A5Z B; 1IRX A; 4FT4 A; 1K8A R; 4PJL A; 2RI3 A; 3C0C A; 4M7A F; 3V8J A; 3INZ A; 3CPW P; 2DD5 A; 2VGN A; 2HMA A; 1JRI A; 5GMK l; 5LJ3 h; 3A98 A; 3CMA Q; 4TVR A; 5A2Q E; 2BUD A; 2GTO A; 3PE0 A; 1QP3 A; 1QKX A; 1TU0 B; 2DIQ A; 2DL3 A; 1B7T A; 2HEQ A; 4MDW A; 1KJW A; 3CCU A; 3LYI A; 5LJ3 j; 3OMG A; 4LDW A; 2AKL A; 1JXM A; 1YI2 A; 1BYM A; 4E7L A; 2MYS A; 1YJ9 A; 1M8V A; 2DIL A; 4M7D C; 3WVE B; 3LWI A; 3G71 T; 1UGV A; 4N4I A; 1VQ8 Q; 1OU9 A; 3C94 A; 3OYI A; 1VQM Q; 1UJY A; 3H8Z A; 2ROL A; 2JJ9 A; 2LNV A; 2M02 A; 3OYN A; 3GLX A; 5L23 A; 5FWC A; 4OP0 A; 4A54 A; 1R8O B; 2JMC A; 3H41 A; 4JUV A; 3C12 A; 1M2V A; 2E41 A; 2QEX Q; 3RKY A; 2HNI A; 3OS5 A; 5KYX B; 3DB3 A; 3M9Q A; 4EMG A; 2A0F B; 2DTO A; 1LJO A; 1WIE A; 3PVQ A; 4OMN A; 2C0O A; 1K4U S; 1U1S A; 3BDL A; 5KYU B; 2YUP A; 1R0C B; 1N6A A; 1ZSZ B; 3DLL A; 3VS1 A; 3G1J A; 2LJ0 A; 2QDL A; 2JS0 A; 3EG2 A; 2ZPG B; 4BB7 A; 3WXM B; 4Y92 A; 3JB9 H; 3S3N A; 5KE2 A; 3CC4 Q; 3VUB A; 2HSE B; 1M9S A; 4NL3 A; 1ZHI A; 1RAI B; 2QK0 A; 2RK2 A; 1M1F A; 2GCX A; 4C0G A; 1UTI A; 2EKO A; 3H0H A; 1TUD A; 3QG1 A; 4J9D A; 1UGP B; 2HAX A; 4PLI A; 2SEM A; 4MZM A; 5GAO q; 2QQA A; 3OYF A; 1AVZ C; 1EFN A; 2DA9 A; 1WXB A; 4FYY B; 4R56 A; 4LD6 A; 3MET A; 4ZGD B; 5KYX A; 1AEY A; 4ZTJ A; 2IPO B; 1PSF A; 5FRM A; 1H64 1; 1YIT Q; 1KQS A; 3CME Q; 5KYU A; 1JJ2 P; 1ZSZ A; 2O9V A; 3M53 A; 5LJ5 j; 5LJ5 d; 3CCM Q; 4BUG A; 2XI9 A; 2MWO A; 3JCM g; 1Q82 C; 3KBG A; 4LUD A; 2G6F X; 1M1G A; 4FYV B; 2ZZD A; 2FZC B; 3H0I A; 3HFO A; 1WHH A; 2VUB A; 2AKK A; 2JT4 A; 3PVL A; 1OOT A; 2KRO A; 1PWT A; 1V29 B; 5KCH A; 4NL2 A; 4J9I A; 1Q82 U; 3HTR A; 4FYX B; 4GLM A; 4FL6 A; 3QYG B; 1VQO T; 2RHZ A; 2GBQ A; 1AT1 B; 3M58 A; 3RNJ A; 3OY9 A; 2KQW A; 4X9C A; 2JS2 A; 2EWN A; 4QVC A; 2V8K A; 3QDF A; 3O5Z A; 4M77 B; 5GAN h; 4C5E A; 1NBE B; 5CIU A; 4M78 G; 5DLO A; 2YWW A; 3KXT A; 4JS5 A; 3Q1J A; 4V2S A; 4F17 A; 2X4W A; 5HK0 A; 3QJ6 A; 4ESR A; 2XK0 A; 1VQO A; 3JB9 J; 4M75 D; 2DXB A; 3EG3 A; 3EGX B; 3VS6 A; 2D0Q B; 3OA6 A; 3CPW A; 1IZ6 A; 3JV3 A; 3TSW A; 2LCS A; 4OB2 B; 2QTV A; 1RL2 A; 2WAC A; 4J83 A; 4PJO G; 2RQU A; 2EQU A; 1O75 A; 2L3P A; 4BY6 C; 2R5A A; 2Y4Y A; 3PIP A; 1SHF A; 1H8K A; 2R57 A; 3GBQ A; 4IUV A; 2VYT A; 5KCO A; 5EG2 A; 4ZTF A; 4M7D G; 1NEB A; 1D0Y A; 4JZ4 A; 1VQP T; 5KYW B; 3MHX A; 3URG A; 1Q7Y C; 2QG9 B; 3RMQ A; 1NLP C; 1JBM A; 4BDY A; 5LJ5 e; 1NJI C; 2YXY A; 3MO8 A; 4UC4 A; 2D6F A; 3OYG A; 1UJ0 A; 2ECZ A; 2RH2 A; 4C5H A; 3EGX A; 1RUW A; 1WGS A; 4C8Q G; 1Q7Y U; 2RQW A; 2E64 A; 1F1B B; 2BTT A; 2VV5 A; 4AG2 C; 4JRK A; 1HSQ A; 4L6V 5; 1NJI U; 2E70 A; 2ED0 A; 2OI3 A; 2RM4 A; 5I2S A; 1VQ7 Q; 1VQP A; 3G7Z A; 1YFN A; 1ZUU A; 3QWX X; 4RG8 A; 2JM9 A; 2CDT A; 4HA8 A; 4FW2 A; 2EKH A; 1KD1 C; 4LD9 K; 3MPU B; 4CI0 C; 1WHJ A; 3FC3 A; 5KYW A; 3MEU A; 2AT1 B; 2JNG A; 4DQ2 A; 3PNW C; 1OPL A; 1OX8 A; 2R58 A; 3FRN A; 3V7S A; 5GAM f; 4J5Y A; 3C4S A; 3EG9 B; 1BB9 A; 1V76 A; 3JB9 D; 1Y07 A; 1KD1 U; 3NTI A; 4HVV A; 2XIC A; 1Y57 A; 3TVT A; 1LVK A; 2PNI A; 1PKT A; 1E6G A; 3EFO B; 3CCR Q; 1WLP B; 3M56 A; 3CCS T; 1M90 U; 3MEV A; 2WSC E; 3I55 T; 2K7A A; 5GAO m; 4M7D A; 2HZY A; 2LJ3 A; 3REA B; 2LCL A; 5CR2 A; 2CP2 A; 1PKS A; 4KBM B; 3REB B; 2DRM A; 1PSE A; 2LCC A; 2RJE A; 4HXJ A; 4FCY A; 2LT1 A; 3BE3 A; 2YRV A; 1ACM B; 1WHG A; 2FPD A; 2EJ9 A; 2K79 A; 1S1N A; 3EG9 A; 1YIJ T; 4BI8 B; 2GFA A; 3VUZ A; 1I8F A; 4D8D A; 1WPY A; 2ZPH B; 3CPF A; 3CCS A; 1YJW T; 4KUI A; 5EC7 A; 3I55 A; 3VU3 C; 1D1C A; 1BKB A; 2DXT A; 3RUX A; 3I56 T; 1ZX6 A; 3EFO A; 4M7D F; 2WSE E; 2QGG A; 2JM8 A; 3OBY A; 4DBR A; 3DLM A; 1VQ5 Q; 2LZ6 B; 3FJP A; 1X75 C; 4IUR A; 4KGZ B; 2IG0 A; 5KYN A; 4II1 A; 2M0O A; 3UT1 A; 4J9E A; 3L2R A; 2K9G A; 2YRC A; 1VQK T; 2FO0 A; 1NEG A; 2L3R A; 2M0Y A; 1YIJ A; 2CYZ B; 4QKU A; 1X6B A; 3JCM b; 2KEA A; 3EHR A; 4E7H A; 1ZUK A; 2CUB A; 1YJW A; 4EDU A; 1MMA A; 1AZE A; 4C92 B; 2MCN A; 3NTH A; 2ED1 A; 2X3X D; 1VQ9 Q; 2DER A; 2BKD N; 3I56 A; 1Q81 R; 3BY7 A; 4RTZ A; 5FWB A; 1YWO A; 3OSV A; 4C5G A; 5IXB A; 3CCJ T; 1S72 Q; 2RI2 A; 4J6Y A; 2JTE A; 1M5Q 1; 5I21 A; 4A4K A; 2LQK A; 1X01 A; 2EYW A; 1VQN Q; 5HKC A; 1VQK A; 2RHU A; 1D1B A; 1X6G A; 1I81 A; 1RAB B; 1IGQ A; 1T0H A; 1X69 A; 4GLK A; 4O5V A; 1UGS B; 3AHU A; 1X43 A; 4GBQ A; 2ZGW A; 4HVU A; 9ATC B; 2MF2 A; 3M54 A; 3M59 A; 4BE1 A; 1N8R R; 2DL8 A; 2DTH A; 2ZPB B; 2C06 A; 3TU4 K; 1BK2 A; 2FYK A; 5GMK e; 1C1A A; 3ULR B; 4YTL A; 2DKG A; 3CCJ A; 3EH1 A; 3BW1 A; 4B9W A; 2LMJ A; 4XTU A; 3G6E T; 1WJS A; 3KFV A; 1BI1 A; 4PJM A; 4BY6 B; 3ZEH A; 3CCV Q; 2L89 A; 2EJG A; 3H6Z A; 3S6W A; 3ZFJ A; 4J7I A; 1WJR A; 4Y28 E; 3L42 A; 4Z02 A; 4JLG A; 1KQS S; 5HY6 A; 1N8R C; 1U5S A; 4QW2 A; 3TCJ A; 3RR6 A; 1VQ6 T; 1BI0 A; 2XD0 A; 3JCM d; 1K73 C; 5IHK A; 1QCO A; 1Z9Q A; 2ESW A; 4RCB A; 4C0Z A; 4CC3 A; 1G3W A; 1RI0 A; 2LDM A; 1RAD B; 1RI9 A; 3JCM W; 1NZ9 A; 1N9S A; 1R77 A; 3FEO A; 3SWN A; 1MMN A; 1GCQ C; 4JZ3 A; 3G6E A; 2RHX A; 1K73 U; 2JZ2 A; 2L8D A; 4DEX A; 3DB4 A; 1UDL A; 5D6Y A; 1KK7 A; 2VC8 A; 1Y96 B; 1MV3 A; 4FT2 A; 4FSS A; 1VQ6 A; 3CBP A; 1HK9 A; 3HL8 A; 3JCM c; 2DRK A; 1M1K C; 1KQS P; 1PD1 A; 1JU5 C; 3KUF A; 2QA4 Q; 2O2O A; 1SKU B; 2O9S A; 1GBQ A; 2CP6 A; 2L3S A; 1BIA A; 3GPL A; 1K76 A; 4XU3 A; 2L3Q A; 3E9G A; 3CCE T; 1M1K U; 2J6O A; 1NYF A; 2DVE A; 2RK1 A; 2DAQ A; 4Z88 A; 3X24 B; 3QBY A; 1GBR A; 1MMG A; 1WHK A; 1YBY A; 1U8R A; 1I07 A; 4OMF B; 4ZGJ B; 1Q95 G; 3QJY A; 1UB4 A; 1EX4 A; 4IIM A; 1IRE B; 5HK3 A; 4A53 A; 1Y7X A; 3OQ5 A; 5KH6 A; 2DM1 A; 3CCE A; 4WF2 A; 2QQB A; 4LDV A; 2F2X A; 1XTD A; 4M78 C; 5GAM g; 2XDP A; 2Z0W A; 1J3T A; 1T0J A; 2QTX A; 3OYE A; 1FMW A; 1SRM A; 2XG8 D; 3CCQ T; 3NTK A; 4ZNX A; 2FZK B; 1FMV A; 3JCM e; 1UG1 A; 1QLY A; 2EPD A; 1M2V B; 3G71 Q; 5GAN 2; 1Q86 C; 1M27 C; 3CC7 A; 4PJO C; 2E5Q A; 1M3B A; 5LJ3 f; 1YCY A; 5CVI A; 1X2Q A; 1QVG A; 1JXO A; 2GQI A; 1GFC A; 1LPL A; 1WDX A; 5DLQ E; 3JCM Q; 3CCL T; 2X51 A; 3UA6 A; 1OI1 A; 1Q86 U; 3CCQ A; 3A8H B; 4WTO B; 2O01 E; 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