The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
28
|
sequence length |
106
|
structure length |
106
|
Chain Sequence |
SSPKRPYLLRAYYDWLVDNSFTPYLVVDATYLGVNVPVEYVKDGQIVLNLSASATGNLQLTNDFIQFNARFKGVSRELYIPMGAALAIYARENGDGVMFEPEEIYD
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structure of a delivery protein for an AAA+ protease in complex with a peptide degradation tag
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Stringent starvation protein B homolog
|
| molecule tags |
Transport protein
|
| source organism |
Haemophilus influenzae
|
| total genus |
28
|
| structure length |
106
|
| sequence length |
106
|
| chains with identical sequence |
B
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2003-03-24 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SspB-like |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1YFN A; 1ZSZ B; 1OU8 A; 1OUL A; 1TWB A; 2QAS A; 1OU9 A; 1ZSZ C; 1ZSZ A; 2NYS A; 2QAZ A; 1OX9 A; 1OX8 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2EGC A; 3JSC A; 1Q7Y R; 5IHI A; 2K3B A; 2LP5 A; 4M7A D; 3OMC A; 4DA4 A; 1G3S A; 4ZTF A; 1M90 R; 4QKU A; 2KSS A; 5J3B A; 2BTT A; 5LJ5 j; 3MPU B; 5A2Q E; 2DZC A; 1RUW A; 2DL8 A; 5GMK h; 2KRS A; 3OBW A; 4IUT A; 3E2U A; 1MHN A; 4X9D A; 1ZHI A; 2YT6 A; 2KRM A; 4C8Q C; 2NUP B; 1M90 C; 4E7K A; 3MET A; 2F5T X; 2KYM A; 3A8G B; 3HL8 A; 3CCL T; 1NBE B; 1VQM T; 5LJ5 e; 1RAH B; 3UA6 A; 2RH2 A; 2DET A; 2IVW A; 2XD0 A; 3OS2 A; 2FL7 A; 1VQ6 T; 1TWB A; 2DTI A; 2YUO A; 3L42 A; 1KQS A; 3OS0 A; 4OMN A; 2BZ8 A; 1YIT T; 2YRD A; 3M0Q A; 3I56 Q; 3EFS A; 3CQT A; 3I56 A; 2DJZ A; 5GMK j; 3NFC A; 4IUQ A; 4R56 A; 2L3S A; 5IHK A; 1V76 A; 2QAZ A; 1N27 A; 4J9C A; 1B34 B; 4LDW A; 1M30 A; 5FU7 B; 1HJD A; 4JDS A; 4EMH A; 4PFO A; 2JW4 A; 5CIU A; 4JS4 A; 1YBY A; 1U5S A; 4IIO A; 4C5E A; 5GMK e; 1K8A R; 3ULR B; 1SPK A; 3BW1 A; 2OX7 A; 2A08 A; 4RCC A; 1AWW A; 3OYF A; 2OI3 A; 3LX7 A; 3MP1 A; 4GLK A; 1BB9 A; 4Z88 A; 4EMG A; 1CSK A; 5GMK i; 5GJV B; 2LQW A; 4II1 A; 5DLO A; 3Q1J A; 2COW A; 2V1Q A; 3NTK A; 2CP6 A; 2KT8 A; 2HKN A; 5FU6 B; 2ZPH B; 4PKC C; 2XKO C; 2D0Q B; 2EQM A; 2E4H A; 1K9A A; 4KUI A; 3I5S A; 1QW1 A; 2EVR A; 2C06 A; 2RJD A; 5J39 A; 1NPP A; 1Y7X A; 2YWW A; 2EJG A; 5IT9 E; 3X20 B; 3SWN C; 3FJ5 A; 4JZ4 A; 1OPL A; 3PVL A; 4C5H A; 1K73 U; 3H41 A; 3QXE B; 3TQ7 P; 2HBP A; 3QBY A; 4PK4 A; 5FU7 C; 3S3N A; 1AOJ A; 3JAM E; 1HD3 A; 2D1X A; 2QTV A; 4J7F A; 5CAI A; 4CI0 C; 3I56 T; 3GOX A; 1BBZ A; 3M58 A; 1K9M R; 1PWT A; 2KE9 A; 1WHJ A; 1C6V X; 3JCM b; 2R58 A; 1IZ6 A; 1EZZ B; 2G6F X; 2X51 A; 4C8Q E; 2KGT A; 1UJ0 A; 1VQ7 A; 1TSF A; 1NJI R; 1TTH B; 3QPH A; 1Q86 C; 3EAE A; 4KUL A; 1BI0 A; 1ABO A; 2J6K A; 3CC2 Q; 1QVG A; 3CC2 A; 1ZA1 B; 4C8Q G; 2KRO A; 4M78 C; 4J9D A; 3C95 A; 4PJN A; 3UT1 A; 2E5K A; 2JTF A; 1WXT A; 2E65 A; 2RHU A; 2HD0 A; 4HKE A; 3QKJ A; 1ABQ A; 2DBM A; 4L59 A; 4B6M A; 1M2V B; 4Z02 A; 3CCE Q; 3OYJ A; 3G71 Q; 3CCE A; 4C8Q D; 2EQJ A; 3G71 A; 4F14 A; 2KMT A; 3MP6 A; 1N9R A; 3MCA B; 3JCM J; 1VYT A; 1JJ2 P; 4J6Y A; 1XQH A; 1N8R C; 1WJS A; 1MV0 B; 2DJQ A; 2GTO A; 2LTO A; 1GCP A; 2MMP A; 1ZSG A; 4LUD A; 3E9F A; 3OYL A; 1KHC A; 1UGQ B; 3BDU A; 3T9N A; 5FWC A; 2K5F A; 2VKN A; 1ZSZ A; 2DM1 A; 2DVJ A; 1VOM A; 2VV5 A; 1VQ7 T; 5GAO m; 1J3T A; 5EG2 A; 3CC4 T; 4R55 A; 1Q81 R; 1ZBX A; 2PTK A; 1Z9Q A; 2K9G A; 3PE0 A; 3OS5 A; 2CH4 W; 4AT1 B; 3HFO A; 4AG1 C; 4J6W A; 2MYS A; 1OX9 A; 1WJQ A; 1Q82 R; 4KBM B; 3QII A; 4FCY A; 4OB1 B; 3EFR A; 4GBQ A; 1MMN A; 2KT1 A; 1VQL Q; 4HT9 A; 1X43 A; 1VQL A; 3RUX A; 1Q81 C; 2Y4X A; 1MUZ A; 2LT4 A; 5KE2 A; 2QA4 Q; 1KG1 A; 1G83 A; 3EG9 B; 4PJO B; 2PU9 B; 4CRI A; 1AD5 A; 1M1K C; 3JCM X; 4EMK C; 2W10 A; 3SWN A; 2CZ7 B; 4A63 B; 3J7A F; 1EX4 A; 1YJ9 Q; 3EG1 A; 1E7O A; 1H64 1; 3PMI A; 1MV3 A; 5GAM d; 1M3C A; 4A4H A; 3CCE T; 3P8D A; 5FW9 A; 4RCB A; 1FMK A; 3G71 T; 1RLQ C; 3NTH A; 2G3R A; 3M54 A; 2RB6 A; 2VVK A; 2JZ2 A; 3S6W A; 3RBB B; 4M78 E; 2EKO A; 2CP7 A; 1OI1 A; 4BAC A; 3OSV A; 1KC8 U; 2J7I A; 2WSC E; 4NS5 A; 4FU6 A; 3TEE A; 1PHT A; 3WVD B; 3CME Q; 4E7J A; 1E6H A; 3CME A; 3CCS Q; 2K4Y A; 2EQI A; 2V26 A; 3CCS A; 1D3B A; 4M78 G; 2DXU A; 1ZUY A; 3H8Z A; 2FZC B; 2EQK A; 2OAW A; 3CCV Q; 4A4G A; 3LH5 A; 4M7A B; 1YWO A; 4QW2 A; 3V8J A; 3MEU A; 2H3E B; 2DRK A; 1VIE A; 2J6O A; 1IHW A; 4BE1 A; 3UAT A; 4OB2 B; 1VIF A; 4JLG A; 4C0D B; 4DBR A; 1ZLM A; 2XIC A; 1VQ4 Q; 1QKW A; 2RQU A; 4M78 D; 1VQ4 A; 4QVC A; 2YUN A; 1WX6 A; 3OYM A; 2DK3 A; 2Z0W A; 3EH1 A; 3BY7 A; 1VQN Q; 1Z9Z A; 1RAB B; 4JRQ A; 2DX1 A; 1OUL A; 4J5Y A; 4MZT A; 1HK9 A; 7AT1 B; 2VGN A; 4JRP A; 2HBW A; 1PD1 A; 2EYZ A; 3G7Z A; 1BIA A; 3PIO A; 3L2R A; 1VQ9 Q; 2YUP A; 2IPO B; 2KRN A; 3OYG A; 1VQ9 A; 1NZ9 A; 4J8O A; 4XQ3 A; 4FYW B; 4MZP A; 1ARK A; 2GF7 A; 2DD4 A; 2XK0 A; 1UG1 A; 3NHN A; 1GL5 A; 2D6F A; 3JV3 A; 2V8I A; 2QQ9 A; 2XU8 A; 3O8V A; 3S3M A; 4D8D A; 2NWM A; 2AIR B; 3V8K A; 1QLY A; 1QCF A; 1T3S A; 4RG8 A; 4OVA A; 3HFN A; 2X9H A; 2LT1 A; 1BI1 A; 3R6N A; 2LVM A; 3CME T; 2I2L A; 1OZ2 A; 3CCQ T; 1ZUK A; 2JTE A; 2DYB A; 3MP8 A; 1FWZ A; 4HVU A; 3M4Y A; 3REA B; 3MJX A; 3ZBD A; 4J83 A; 3VS0 A; 1K73 R; 4E7Z A; 1T0J A; 1K0S A; 2PVG B; 3D7S B; 2DER A; 3FDR A; 1BI3 A; 4F7U F; 3CPW S; 3JB9 G; 1QVF A; 5GAM f; 1YIJ Q; 2LX9 A; 4C92 F; 4K11 A; 3WXM B; 1YIJ A; 5KYY A; 2RMO A; 1LVK A; 2CP3 A; 2C0T A; 4NL3 A; 2K6D A; 1UFF A; 3CMA Q; 5ECA A; 1JB0 E; 5GAM g; 3CMA A; 2QEX Q; 2AKL A; 3PVQ A; 2QEX A; 1RL2 A; 3DB4 A; 4MDW A; 3JB9 D; 3C0C A; 3UDC A; 1I81 A; 5GAO r; 2DTH A; 3H6Z A; 1VQK Q; 4AFU C; 2HAX A; 1VQK A; 3LH0 A; 1VQ9 T; 4BDY A; 2HQE A; 3NPF A; 2O4X A; 1XOV A; 3CXC A; 3C12 A; 5A0L A; 3JCM V; 4JJB A; 3EHR A; 2LQK A; 4J6X A; 2GGR A; 1WXU A; 2VAS A; 1Y07 A; 1I1J A; 3OW2 A; 3SHW A; 1UHC A; 1OOT A; 2JN0 A; 2KYB A; 3JB9 J; 2MK5 A; 2KQW A; 3RER A; 3KXT A; 2X4X A; 1TUG B; 2QDL A; 3HPW A; 4RTZ A; 1QP2 A; 1W2B A; 1X6O A; 5LJ3 h; 5I21 A; 5IAY A; 1M4Z A; 1PSE A; 2XDB A; 2ED0 A; 4N4H A; 5LJ5 g; 3HRT A; 1KD1 U; 5IXB A; 2LCC A; 3X28 B; 3CCU Q; 3CCU A; 1WHG A; 1UEB A; 2DRM A; 4LE9 A; 3THK A; 4OMP A; 2RF0 A; 2DXB A; 4IIM A; 5CCA A; 5IHN A; 1YIJ T; 1PKT A; 4YTL A; 4B9W A; 1VQP Q; 1VQP A; 4C92 A; 1VQ5 Q; 1U1S A; 2OTL T; 2DEQ A; 4OB0 B; 4ZTJ A; 1VUB A; 2HSP A; 3CMA T; 5DM7 R; 4JUV A; 1BI2 A; 4M7D F; 4XTX A; 3QYG B; 4C8Q B; 4PJM A; 1RAC B; 1I5O B; 2MIO A; 4RTW A; 5FLX E; 4DEX A; 5LJ3 j; 3MO8 A; 1RAD B; 2FRY A; 5GAN h; 4KRT A; 1LJO A; 1Y96 B; 1YCY A; 4C0G A; 2PVD B; 1VQK T; 2CSI A; 3EG2 A; 5CKH A; 2DNU A; 2FVU A; 4XTZ A; 2CDT A; 1R0B G; 4RTU A; 2HMA A; 1T3L A; 2V8K A; 4FT2 A; 3NGP A; 3EGX A; 3JCM P; 1OEB A; 3R6O A; 5LJ3 e; 1LOJ A; 4XU2 A; 3BFM A; 2DL4 A; 4LDU A; 2E12 A; 2LJ3 A; 1FMV A; 3RES A; 1SHG A; 1WI7 A; 2F69 A; 3VS6 A; 1FYN A; 1D1C A; 2L8D A; 1G3Y A; 5A0G A; 2KVQ G; 3OYC A; 5KH6 A; 2JM8 A; 1YNZ A; 3GNG A; 5D6Y A; 2VXE A; 5GAN j; 2E1H A; 2M9U A; 1Q7Y C; 1NE8 A; 3C94 A; 1E6G A; 4BD3 A; 2Y4Y A; 5I2M A; 4CC4 B; 4M75 F; 3JCM h; 2AT1 B; 3L2Q A; 3CCU T; 1KC8 R; 3UF4 A; 3V8L A; 4RKU E; 1M5Q 1; 2DIG A; 1UTI A; 2J06 A; 1FX7 A; 2MI6 A; 3H0I A; 3QDR B; 8AT1 B; 1WA7 A; 1KQS S; 5I11 A; 1N9S A; 3M9Q A; 1I5L A; 1VQP T; 2E3H A; 3EH2 A; 5KYW A; 2E10 A; 5GAN e; 4FM4 B; 4XU3 A; 4HCZ A; 1KC8 C; 5DLQ E; 1EFN A; 3ER0 A; 4M77 F; 2RHI A; 4M7D A; 3SWN B; 5GAN 4; 3OS1 A; 4C0F A; 1R0C B; 2PQW A; 4FL6 A; 3SD4 A; 1X01 A; 1M1F A; 2A28 A; 3RNJ A; 3SDZ A; 1WFW A; 3A1P A; 2X4Y A; 2YXY A; 2FYK A; 1WZO A; 2DBK A; 1G3W A; 2EJ9 A; 5KCH A; 3OY9 A; 2EAY A; 2DE0 X; 4FYV B; 3EGU A; 3CD6 Q; 1ZSZ C; 3QSU A; 3CD6 A; 1M1G A; 2DIQ A; 3A8M B; 4ZGE B; 1GCQ A; 3OMG A; 4R0K A; 2AKK A; 3JCM e; 5KYX B; 3L2Z A; 2H3J A; 4CC7 A; 2JNG A; 1YWP A; 1D3B B; 3GBQ A; 5HKC A; 4OGC A; 1SEM A; 2E70 A; 1X2K A; 4Z8A A; 1SKU B; 1ACM B; 5KYN A; 3TU4 K; 1K8A C; 2X3X D; 3WVE B; 3QWX X; 2B86 A; 4J9B A; 1G3T A; 4M78 B; 3VUZ A; 4XU1 A; 3BDL A; 4M75 A; 1YN8 A; 3E19 A; 2X4J A; 1IGU A; 1PSF A; 3PT9 A; 3AT1 B; 3E9G A; 3RDV A; 2D8H A; 1GBR A; 5GAN 2; 1UEC A; 3N5B B; 5LL6 S; 4A54 A; 2XMF A; 4HXJ A; 2EBP A; 3KBG A; 5J26 A; 1P92 A; 2HQX A; 2GTJ A; 2DL5 A; 1NEB A; 2X3W D; 4KT0 E; 2K5L A; 1MND A; 4IUU A; 4BI4 A; 3HSB A; 1I07 A; 5GMK l; 1JXM A; 2RJE A; 2L3Q A; 5C0M A; 2CUD A; 1QVG S; 1K9M C; 3G6E Q; 1YI2 Q; 3TRE A; 3G6E A; 2HEQ A; 1YI2 A; 3ZEH A; 1H3Z A; 4DQ2 A; 1UGP B; 3OYH A; 4ANJ A; 2PUK B; 3M55 A; 5CVI A; 3JB9 I; 1OPK A; 1NJI C; 3X24 B; 3OYI A; 2JVV A; 2JMC A; 5GAO q; 4ATO A; 5CKB A; 1JRI A; 2L3P A; 4QVD A; 2CZ0 B; 2LZ6 B; 1YCS B; 2IG0 A; 3QHS A; 5D7U A; 3RKX A; 3EGD A; 2LNV A; 2QQA A; 4TVR A; 3HKS A; 5KYY B; 4XTV A; 4J9I A; 4LDV A; 3CPF A; 1HSQ A; 2DAQ A; 4JRI A; 1EIF A; 4M4Z A; 1XNI A; 2DD5 A; 1WHL A; 5CQX A; 4EMK B; 1PC0 A; 3ZFJ A; 2GQV A; 1KD1 R; 5GJW B; 4KGX B; 2AZV A; 1AWX A; 4RTX A; 2NUZ A; 2QGF B; 1RI9 A; 2E41 A; 2MAM A; 5FRO A; 1UJY A; 4HCK A; 3TCJ A; 3VYH B; 2EYW A; 4OB3 B; 2RJF A; 5DY9 A; 3EFO A; 4JJN K; 2WSE E; 1CKA A; 1S72 Q; 3QJY A; 4KUD K; 1S72 A; 1RI0 A; 2RNA A; 1SRL A; 2ESW A; 1AWJ A; 2R5A A; 2R57 A; 2HSE B; 2RQR A; 3CC2 T; 3G6E T; 3CPW P; 4X34 A; 2OJ2 A; 1WNL A; 1AVZ C; 1ZQ1 A; 5D6X A; 4F04 B; 2YHT A; 2FG0 A; 3JB9 H; 1BIB A; 4RTV A; 4ZNX A; 3VS2 A; 1SG5 A; 3MEV A; 4OGE A; 2FHD A; 3IQL A; 4KH0 B; 2QI2 A; 2P4R A; 2NUP A; 5GAN 6; 3SFM A; 2QA4 A; 3VV0 A; 2QGG A; 2XDD A; 4FSX A; 1Q82 C; 4O6J A; 1JXO A; 4Y91 A; 2BZX A; 1LPL A; 3EG0 A; 1YJ9 A; 4RTT A; 4IUP A; 3G4S Q; 1PG5 B; 1N6A A; 2JT4 A; 2CSQ A; 1TG0 A; 4LNP A; 1VQO Q; 1B07 A; 1UB4 A; 2M0Y A; 2EQU A; 3P8B B; 3OYA A; 3V7R A; 2GFU A; 4V2S A; 4IKF A; 1W1F A; 1WPY A; 4A4E A; 5LJ3 d; 3LLR A; 4E7L A; 4AMC A; 4ELZ C; 2FPF A; 1D0Z A; 2F2V A; 4J9H A; 1B34 A; 1IXD A; 2RO0 A; 2HQH A; 4XAX B; 2EGE A; 3I35 A; 2EPD A; 2JS0 A; 3QG1 A; 2ROL A; 1SHF A; 4AFS C; 2IIM A; 5HCK A; 1WQ7 A; 3TVT A; 2CZ1 B; 2O9V A; 4XTW A; 4D8K A; 1QP3 A; 1JU5 C; 1G5V A; 3FJP A; 1KQ1 A; 3CCV A; 4E7H A; 1JEG A; 2K3Y A; 3EGX B; 2KXD A; 2P0K A; 2ZAE A; 4BB7 A; 4BE2 A; 1YJW Q; 1KK7 A; 2YRC A; 2V1R A; 1YJW A; 1FXX A; 3F70 A; 4RG2 A; 1M3B A; 5AT1 B; 3M4G A; 5HK3 A; 5GAO n; 1D0Y A; 2K79 A; 1PKS A; 2J6F A; 2MWP A; 2GNC A; 3ASK A; 2DEU A; 5GAN d; 2DIL A; 1MMD A; 1VQL T; 3LW5 E; 3SB2 A; 1VQN A; 1B3Q A; 3KUF A; 1VQ8 Q; 4C92 C; 1NYF A; 4JLI A; 2QA4 T; 1VQ8 A; 3CCR Q; 3U23 A; 3VJP A; 4ELY C; 1H3H A; 1ZUU A; 3S3O A; 4MML A; 4E6R A; 1TOV A; 1K0X A; 1YJ9 T; 1AT1 B; 2EYX A; 4QQD A; 2O88 A; 1CKB A; 1O9S A; 2DLP A; 2K2M A; 4J7I A; 1PRM C; 4OMQ A; 3VS1 A; 4PNO A; 1IB8 A; 5IXF A; 5CKE A; 2RI3 A; 1BCO A; 2BIV A; 4ORZ A; 5CKD A; 4X9C A; 3FLG A; 2AK5 A; 2VYT A; 3MKD A; 1YFN A; 5KYU A; 4DOV A; 2B8A A; 1ZA2 B; 2RI2 A; 4F17 A; 1NLP C; 2NYS A; 3VKI A; 3CCJ Q; 1JJ2 A; 1KIK A; 4A4K A; 1U1T A; 3CCJ A; 1RLP C; 3JCM d; 3CCS T; 2DVE A; 3UA7 A; 2FPE A; 5GAO l; 2F2X A; 1YJN Q; 1QVF S; 1Q95 G; 3CCV T; 4PJO F; 1BK2 A; 2CZ6 B; 2VUB A; 2YRV A; 1YJW T; 1AEY A; 4C5G A; 3QWY A; 1X75 C; 4ZN1 A; 4DOW A; 1VQ4 T; 1M2V A; 2RHZ A; 1Q86 U; 3JCM c; 1K73 C; 2DYI A; 1R77 A; 5LJ3 f; 3M53 A; 1KQS P; 2V8J A; 1AZG B; 2D8J A; 1VQN T; 4NL2 A; 2EGA A; 2GCX A; 3CPW A; 1YHQ Q; 2NLU A; 1VQ8 T; 1TUD A; 2CUB A; 2QDY B; 1GFD A; 4WTO B; 1JO8 A; 1GRI A; 1GBQ A; 2A3L A; 1VA7 A; 5LJ3 g; 3CC7 Q; 3CXC S; 2D9T A; 2ZPF B; 3CC7 A; 2XDP A; 1TXQ A; 1U3O A; 4M7D C; 1QMC A; 3OYK A; 3C4S A; 1IGQ A; 1IRX A; 3MEA A; 1NPR A; 1C1A A; 2JM9 A; 2RQT A; 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