The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
25
|
sequence length |
122
|
structure length |
122
|
Chain Sequence |
MEYKSSPKRPYLLRAYYDWLVDNSFTPYLVVDATYLGVNVPVEYVKDGQIVLNLSASATGNLQLTNDFIQFNARFKGVSRELYIPMGAALAIYARENGDGVMFEPEEIYDELNIEPDTEQPT
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structure of a delivery protein for an AAA+ protease in complex with a peptide degradation tag
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Stringent starvation protein B homolog
|
| molecule tags |
Transport protein
|
| source organism |
Haemophilus influenzae
|
| total genus |
25
|
| structure length |
122
|
| sequence length |
122
|
| chains with identical sequence |
B
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2003-03-24 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SspB-like |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1ZSZ C; 1OUL A; 1YFN A; 1TWB A; 1OX9 A; 1OU8 A; 1ZSZ B; 1ZSZ A; 1OU9 A; 2QAS A; 2NYS A; 2QAZ A; 1OX8 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4PJL A; 4CC3 A; 1U1S A; 2HBP A; 1M2V A; 4J9E A; 4JJN K; 3CCJ Q; 2X9H A; 2BKD N; 2CS7 A; 2V26 A; 3OSS C; 4F7U E; 2DX1 A; 4M7D E; 1JQQ A; 1KJW A; 1I0C A; 3MEA A; 2DL5 A; 4BDZ A; 1VQ5 A; 4C8Q D; 1GXI E; 4Z02 A; 1QCF A; 4F7U A; 5A0D A; 3QKJ A; 4M7D A; 4F7U G; 2RHZ A; 4M7D G; 3M59 A; 4LUE A; 5FU6 B; 3OYC A; 2YT6 A; 4BD3 A; 2QGG A; 2QQ9 A; 1CKA A; 1WGS A; 2ROL A; 3E2U A; 3CBP A; 1N9S A; 3BFM A; 6AT1 B; 4NL2 A; 3RMS A; 1B07 A; 1M3A A; 2M16 A; 4X1V A; 3CCE Q; 1FX7 A; 2P4R A; 4M75 D; 3M4Y A; 4E2F B; 2HEQ A; 4PJJ A; 4ORZ A; 1NLO C; 4M78 F; 1KC8 U; 3MEW A; 3HHT B; 2X4X A; 3OYN A; 3H0I A; 5CIU A; 2YRD A; 1WZO A; 2RK1 A; 3RUX A; 2C0I A; 2R5A A; 4J5Y A; 4C5E A; 1AHJ B; 3CME A; 4J7I A; 2RH2 A; 1K9M C; 3A8O B; 3I56 Q; 3CMA A; 2LX7 A; 2ZGW A; 1K73 R; 1TH7 A; 5CO7 A; 2LNV A; 2AZV A; 1T0J A; 2EQU A; 2COY A; 1DJ7 B; 3TSZ A; 3BE3 A; 2ENM A; 3L2Z A; 1UGS B; 2IPO B; 1WLP B; 1K8A C; 2VXE A; 1W2B A; 1VQO Q; 2YUN A; 4J7F A; 1BI0 A; 1K0S A; 1SRL A; 1Q7Y C; 3OSV A; 3URG A; 1TG0 A; 3ZL7 C; 2EYX A; 2K7A A; 4XQ3 A; 3CD6 A; 4HA8 A; 5KE2 A; 4KBM B; 1M8M A; 2ZPI B; 1FXX A; 3OY9 A; 2DTI A; 4M78 B; 2HQH A; 1GCQ A; 1VOM A; 3M58 A; 4RTY A; 3PVL A; 4FT2 A; 3TU4 K; 3RER A; 1OPK A; 2JW4 A; 3OYE A; 1H64 1; 2E65 A; 3CEY A; 2YSQ A; 3QO3 A; 4KGZ B; 3I55 Q; 4XTV A; 1PWT A; 2K79 A; 1EZZ B; 4Z89 A; 1WI7 A; 1NLP C; 1QWE A; 1G3W A; 3H0H A; 2A28 A; 3TCJ A; 2F69 A; 1AEY A; 4N4G A; 4HXJ A; 4E7I A; 2CKK A; 5HCK A; 2RJC A; 3JB9 J; 5LL6 S; 3DB3 A; 4AMC A; 3EFS A; 1N27 A; 3I9Q A; 4FL6 A; 3RES A; 1YJN Q; 2ECZ A; 4ZTF A; 5J26 A; 1TU0 B; 4NS5 A; 1ZUU A; 2DRM A; 3CCJ T; 2I0N A; 1QVF S; 2RHX A; 4C8Q E; 1VQ8 T; 1G3Y A; 2HSE B; 1RAH B; 3CQT A; 3CC2 Q; 4ATO A; 1YI2 A; 2E4H A; 2LQN A; 2DXC A; 2DJQ A; 3JCM h; 4MMK A; 4C8Q A; 3MP1 A; 4C8Q G; 5EC7 A; 1LPL A; 1YIT A; 3SEM A; 2NLU A; 2E3H A; 1UFF A; 1B3Q A; 1VQ8 A; 5GAO r; 1IZ6 A; 3CCU Q; 4JS5 A; 4M75 E; 2CP6 A; 3CCE T; 2BTT A; 2P0Q A; 1IRX A; 1D1C A; 3QUI A; 1YWO A; 5CKF A; 5GMK m; 3NGP A; 2FRY A; 1LJO A; 4M75 A; 4M75 G; 4QQD A; 2YHT A; 3CCL A; 3TSW A; 2O9V A; 2K2M A; 2X4W A; 3LGL A; 1N6A A; 4IUT A; 2JS2 A; 3CBO A; 4OB0 B; 2BZY A; 2EFI A; 4ANJ A; 2KVQ G; 1UGP B; 1OX9 A; 1K1Z A; 4BAC A; 1HD3 A; 1ZUK A; 4GY5 A; 1S72 Q; 1T3S A; 2DNU A; 1K73 U; 3L2W A; 3M9Q A; 3JB9 H; 2HQE A; 1O9S A; 1SKU B; 2RQU A; 4PJO D; 2DEU A; 2F2X A; 3H6Z A; 3G6E A; 5LJ5 h; 4Y91 A; 4PFP A; 4M7D C; 2XID A; 1PNJ A; 1VQO T; 2BE9 B; 2ZPH B; 1W70 A; 1AWX A; 2K57 A; 3VS4 A; 2RK2 A; 3RDV A; 2J6O A; 1LOJ A; 2LMJ A; 1VYU A; 2MOX A; 4XTY A; 1VQP Q; 3EH2 A; 2JVV A; 3I35 A; 1CKB A; 5L23 A; 4MZP A; 1OYX A; 1J3T A; 1B7T A; 5HY6 A; 2DBK A; 4Z88 A; 5DM7 R; 4JLI A; 1Q81 R; 1KHC A; 2AIR B; 1VUB A; 2O4X B; 4R56 A; 5GAM h; 3FRN A; 2FG0 A; 2QDL A; 2MF2 A; 1PD0 A; 5KYX A; 5GAN 7; 2QAS A; 2SEM A; 4JPB W; 4QVZ A; 1N8R R; 5ECA A; 4B6M A; 2QQR A; 1BI2 A; 2LCC A; 3I55 T; 1VQN A; 1QVF P; 2GF7 A; 4DBH A; 2COZ A; 1RUW A; 2L3R A; 3BW1 A; 3VS0 A; 2KRO A; 3E9F A; 2FPE A; 3EG1 A; 4XTX A; 2CH4 A; 3LH0 A; 3PNW C; 4RG8 A; 2QA4 Q; 4M7D F; 3S6W A; 4CC4 B; 2OAU A; 3R6N A; 2JMA A; 1WHM A; 2WSF E; 2XHC A; 2NUT B; 3I55 A; 3M5A A; 5CR2 A; 4XTZ A; 1BBZ A; 1VQM Q; 2QQS A; 1YJN T; 3THK A; 1VQ7 Q; 2DVE A; 3X24 B; 3WVD B; 4EIK A; 3H0F A; 2B86 A; 3EG9 B; 5I22 A; 1YJ9 T; 2XDD A; 2QGF B; 2NWM A; 4OVA A; 1VQK Q; 1I1J A; 3NTK A; 1BI1 A; 3PE0 A; 1QQJ A; 2E12 A; 3SWN A; 1TXQ A; 3VKI A; 3CCM A; 3CC2 T; 2MMP A; 4AFU C; 1D0Y A; 3PIO A; 1JBM A; 1G3S A; 3OBY A; 1YJ9 A; 3M0T A; 3QYH B; 3L2Q A; 2D1X A; 1UG1 A; 3CCS Q; 1M2V B; 4E7L A; 1YHQ Q; 1ZUY A; 1PC0 A; 2YRV A; 2EJG A; 4FU6 A; 1HSQ A; 3QYG B; 1TUG B; 1ZA1 B; 3OYF A; 2VGN A; 5DY9 A; 3QWX X; 2GBQ A; 1JJ2 A; 5GAN 3; 1UGQ B; 4F7U B; 2K9G A; 4M7D B; 1NM7 A; 1WHL A; 2FZK B; 1UGV A; 1ABQ A; 2RQR A; 3FC3 A; 2D0Q B; 1SSH A; 3MO8 A; 5IHI A; 1X6G A; 2DD5 A; 4C0D C; 3PMT A; 3J80 E; 3MJX A; 1S72 T; 5C6S A; 1HK9 A; 1I07 A; 1WJQ A; 2O31 A; 1VQ5 Q; 4PJO E; 1Q86 C; 2CUB A; 2XKO C; 2E64 A; 5LJ3 h; 5M9O A; 3CC4 A; 2KRM A; 4OMQ A; 4PJO A; 1BYM A; 4PJO G; 2CYZ B; 1WIE A; 5FRO A; 1K73 C; 2XIC A; 4J9D A; 3RKY A; 1Q82 C; 4C8Q C; 1GBR A; 5GMK l; 2E1H A; 2G6F X; 2PQW A; 2KI7 A; 2LX9 A; 1H3H A; 5GMK h; 4JS4 A; 4II1 A; 3DLM A; 2QQB A; 2LNH B; 2KXD A; 3V8K A; 1Q81 U; 2L3Q A; 4HCB A; 2AZS A; 2CP0 A; 2RJE A; 1M1K R; 2DAQ A; 5GAO n; 4M75 C; 4PJN A; 2HL5 C; 2QAZ A; 3QDR B; 3CME Q; 3CMA Q; 3A8G B; 2X35 A; 1RLP C; 1N8R U; 3OYA A; 2WSC E; 5CKB A; 1SRM A; 3JCM X; 3CCQ T; 5LJ5 e; 1EFN A; 3QWY A; 3JB9 G; 1G83 A; 5KCH A; 4HKE A; 2RQW A; 3LX7 A; 2K3Y A; 1UHC A; 1MMD A; 1YN8 A; 1MUZ A; 5AT1 B; 2CZ0 B; 1I5L A; 3MET A; 2KRS A; 2C0T A; 2ROT A; 1VQ4 A; 1PM3 A; 3EGD A; 2FL7 A; 5KYW A; 8ATC B; 3CCQ A; 2ZPB B; 4RTW A; 2QA4 T; 1D0Z A; 4C8Q F; 3HKS A; 4JZ3 A; 5LJ5 g; 4PFO A; 1PRL C; 4P5N A; 2RQT A; 3CD6 Q; 1S1N A; 5FLX E; 1UJY A; 2O4X A; 2RA2 A; 2JN0 A; 2QTX A; 4CC7 A; 3A8H B; 1XNI A; 1VQM T; 5GAM e; 3OW2 S; 1VQ7 T; 4XU3 A; 2DXT A; 2VWF A; 4HT9 A; 2X3W D; 2JTF A; 1IB8 A; 5GAN 4; 1VQK T; 4FCY A; 2EJF A; 2RQV A; 3PT9 A; 1U1T A; 3N5B B; 1I5O B; 2LC4 A; 5CAI A; 1OUL A; 3X20 B; 1R8O B; 2EQJ A; 4MZT A; 5GAM g; 5LJ5 j; 1GRI A; 1JO8 A; 1M1F A; 5KYN A; 4X34 A; 4XU2 A; 3NHN A; 1QVG S; 3NPF A; 4FW1 A; 4HVU A; 1YHQ T; 1QVF A; 3MKD A; 2E6Z A; 1HXD A; 2DBM A; 5FWC A; 1UDL A; 1ZX6 A; 2DZ9 A; 4PJM A; 1KD1 R; 4HCK A; 4PK4 A; 4ESR A; 3OQ5 A; 1O75 A; 3EG9 A; 1OOT A; 1M30 A; 3QZ5 B; 5IAY A; 2ZAE A; 3L2V A; 2GNC A; 3HTR A; 3CPF A; 5GAM j; 1FMV A; 1W6X A; 2M1H A; 3V8L A; 1TTH B; 3G7Z A; 3VS6 A; 3C12 A; 1D0X A; 3SDZ A; 1WXU A; 2DET A; 3GP8 A; 3C95 A; 4J8O A; 1VQ5 T; 1YI2 Q; 2AKK A; 3QSU A; 5J39 A; 4M75 B; 4XTW A; 2LJ3 A; 3SWN C; 2KBT A; 3I5S A; 1YIT Q; 3JCM Q; 2RI5 A; 3DKM A; 4NOY A; 1QCO A; 1VQ8 Q; 4AG1 C; 3OYK A; 5HK3 A; 2JTM A; 1JB0 E; 4M77 G; 1JJ2 S; 1RI0 A; 1IHW A; 2JMC A; 2W10 A; 2M02 A; 3CCL Q; 2WSE E; 4NL3 A; 1D3B A; 1RI9 A; 5GMK i; 2RHI A; 3ZEH A; 4Y92 A; 4ZTJ A; 2EGC A; 3OYD A; 3VV0 A; 1M1K U; 2PUO B; 4MZM A; 2RMO A; 5GAN h; 4ME7 A; 1NPP A; 3CME T; 1ZLM A; 3EH1 A; 1U5S A; 3AHU A; 4IIO A; 3CMA T; 5EG2 A; 3CCV T; 5GAN 5; 2F2W A; 3P8H A; 2HD0 A; 3M0R A; 3EG3 A; 4ZGJ B; 5LJ3 e; 3OW2 P; 1X69 A; 1VQ6 A; 1RAA B; 2EYW A; 3G6E Q; 4OP0 A; 1B34 B; 2O2O A; 3UF4 A; 1M3C A; 3DB4 A; 3CC7 A; 1M3B A; 3H8Z A; 4AG2 C; 1AZG B; 2EBP A; 3CCV A; 4E7K A; 5GMK e; 2JT4 A; 4PLI A; 3V7R A; 2R57 A; 2EGA A; 4PJO C; 5KYX B; 4JRP A; 3NTI A; 2HNI A; 1JU5 C; 2J6F A; 1WDX A; 3CD6 T; 1QVG P; 4RTU A; 2LT4 A; 4A54 A; 2QEX A; 3EGU A; 4E7J A; 1RAG B; 1RAC B; 3QDF A; 5CQY A; 4J9B A; 1W1F A; 3SB2 A; 2LJ0 A; 2L89 A; 3L1A A; 3HRS A; 1KHI A; 4OML A; 2E5K A; 2D8J A; 4PNO A; 3LLR A; 1NYF A; 2KT1 A; 1PG5 B; 5LJ3 j; 4L6V 5; 4L5G A; 1VQN Q; 1ZHI A; 3JB9 I; 2GCX A; 3E9G A; 5GAN 8; 5A0L A; 2JOY A; 1X75 C; 1PKT A; 4IKF A; 4D6W A; 5HK0 A; 4EMK A; 2QK0 A; 3HRU A; 5GMK j; 3SWN B; 1KQS P; 4E7Z A; 5GJW B; 4LD6 A; 2HSP A; 1KD1 U; 5CKE A; 2YDL A; 3UWN A; 1E7O A; 1JXO A; 3HRT A; 5IHK A; 3H41 A; 2LRQ A; 4CC2 A; 4BI4 A; 1NJI C; 5FWB A; 1I81 A; 1JJ2 P; 3VU3 C; 2YXY A; 3OS2 A; 2EGE A; 4Q5W A; 5GAO q; 1ZBX A; 2DMO A; 1OPL A; 3CCM Q; 3FDR A; 4JRQ A; 2L5Q A; 1YI2 T; 3Q1J A; 1LVK A; 4RCC A; 3ULR B; 2O88 A; 4LNP A; 2CP3 A; 5KYU A; 1YJ9 Q; 4E7S A; 2JZ2 A; 1YIT T; 3UT1 A; 4AT1 B; 4OF1 A; 2LCL A; 1JXM A; 2EYZ A; 3V7C A; 3GOX A; 1WFW A; 2VUB A; 2DA9 A; 2F5T X; 2QDY B; 4BE0 A; 2AK5 A; 4DBF A; 5LJ5 d; 2CSQ A; 3P8D A; 4JDS A; 4JJD A; 3CCL T; 2LJ1 A; 2EPD A; 2MCN A; 2CP2 A; 3ME9 A; 5FU7 C; 3JV3 A; 1AWJ A; 3TEE A; 2JM9 A; 4PJO B; 3M53 A; 4A63 B; 3OB9 A; 1UGR B; 1G5V A; 3LGF A; 3R6O A; 3F70 A; 4QW2 A; 4CRI A; 2DXU A; 1WXT A; 1R77 A; 2DKG A; 2ZPE B; 3UDC A; 1M1K C; 1IHV A; 1NPR A; 5IHN A; 2DL7 A; 3CC4 Q; 5GAM d; 3G6E T; 1QLY A; 1X43 A; 2L2P A; 1MV0 B; 4LUD A; 2V1Q A; 1KC8 C; 2DZC A; 2AKL A; 2C06 A; 2FRW A; 1Z9Q A; 2D6F A; 2J05 A; 4JZ4 A; 1MMN A; 4EDU A; 1WHG A; 1P92 A; 2JM8 A; 2PVD B; 2E70 A; 5FRM A; 1HYO A; 3A5Z B; 2IVW A; 3UA6 A; 2OI3 A; 4J9H A; 4M77 C; 5GAN e; 3VS5 A; 4FT4 A; 1Y7X A; 2DFU A; 2DJZ A; 3CPW A; 5D6W A; 2QG9 B; 2COW A; 2DIG A; 3FEO A; 2JTE A; 1PRM C; 1YCS B; 3EGD B; 2RJF A; 3KFV A; 1D09 B; 5KYW B; 3E1S A; 5J3B A; 1B34 A; 1QWF A; 3QHS A; 3M0Q A; 1MNE A; 4J6X A; 1GFC A; 3JCM V; 2CZ6 B; 2CT3 A; 4EPC A; 3OW2 A; 2E41 A; 1VQN T; 3RKW A; 1WA7 A; 4JUV A; 1M9S A; 4K11 A; 2HQX A; 2P84 A; 1YIJ A; 4IUR A; 1VQ4 Q; 2DPP B; 2OTJ A; 3JB9 D; 1TUC A; 3EGX A; 3CCQ Q; 2FB7 A; 3M0P A; 3EG0 A; 4DBR A; 2BZX A; 1BCO A; 2K3X A; 4IUP A; 3M57 A; 3P8B B; 2C0O A; 3G4S Q; 2HZY A; 2ED1 A; 1M27 C; 4BE1 A; 1U3O A; 1FYN A; 3HFN A; 1NG2 A; 5GAN j; 1QVG A; 1K9M R; 1YJW A; 2CZ1 B; 4F7U F; 2PVO B; 4F04 B; 1LNX A; 3L2U A; 3KUF A; 4FYX B; 2RB6 A; 1RLQ C; 5FU7 B; 2CP5 A; 2R58 A; 3CCM T; 1PKS A; 2VAS A; 5FRN A; 2BIV A; 4AFQ C; 3FJP A; 3X25 B; 4DBQ A; 2GQI A; 4QVD A; 1K8A R; 3JSC A; 4KUD K; 3M4G A; 3QZ9 B; 1A0N B; 3SD4 A; 2LTO A; 5IN1 A; 2YLC A; 4LD9 K; 4M7A D; 4B9X A; 3GPL A; 1QKX A; 3ZBD A; 3J7A F; 3A8L B; 4RTZ A; 3VRY A; 2CRE A; 1X6O A; 1NE8 A; 3M56 A; 2DYI A; 2O9S A; 1H8K A; 4C92 D; 2DER A; 1KQS A; 4EMK C; 3OMC A; 2FZC B; 2RD1 A; 4WF2 A; 4XAX B; 2ATC B; 2H3E B; 2JJ9 A; 2EKO A; 5D7U A; 2K6D A; 3CBM A; 4KH0 B; 3RIR A; 1NZ9 A; 4D8D A; 4M77 B; 1CSK A; 1R0B G; 3HSB A; 2MWO A; 2XDP A; 2CZ7 B; 2VV5 A; 3OYH A; 2D9T A; 2CUD A; 3CC4 T; 3WVE B; 1AWO A; 1D3B B; 2YUO A; 5IT9 E; 3NFC A; 3M0U A; 1K9A A; 1QP3 A; 4DQ2 A; 5CQX A; 1PCX A; 4J9I A; 3M55 A; 1FWZ A; 3QPH A; 3JCM e; 4RCB A; 5CCA A; 1AZE A; 1QVP A; 3EFR A; 1PSE A; 4QT7 A; 3OS1 A; 1KQ1 A; 2HDA A; 4A4E A; 1Y0M A; 2X51 A; 3S3O A; 4JLG A; 1ZQ1 A; 4M77 D; 2OTL T; 1SEM A; 1VQL T; 1VIE A; 1AD5 A; 2XI9 A; 2PTK A; 3JCM g; 1OZ2 A; 4PL6 A; 2DO3 A; 4RG2 A; 1UUE A; 2JNG A; 2KDS A; 2SRC A; 4FYY B; 2GGR A; 4N0A A; 2EIF A; 1F1B B; 2VGM A; 1VQ6 Q; 3BDL A; 1M4Z A; 2FEI A; 4A4G A; 2OTL A; 3EAE A; 1VQL A; 5C0M A; 3CC7 Q; 4TVR A; 1M2O A; 2FVU A; 2DL8 A; 1QKW A; 2H3J A; 4LN2 A; 3LWH A; 3CCV Q; 1VQ4 T; 2ZPG B; 2ABL A; 4C0Z A; 2DEQ A; 3A8M B; 4E47 A; 2Y4Y A; 2A08 A; 2HCK A; 4AFS C; 4F16 A; 4ZNX A; 4CI0 C; 2F1L A; 4J9C A; 3ZFJ A; 3G4S T; 3QII A; 3GBQ A; 1RAF B; 2NYS A; 2R5M A; 1MND A; 2QEX Q; 3CPW S; 3OMG A; 4OB1 B; 1G2B A; 2RHY A; 1K9M U; 1GBQ A; 2K2V A; 2MAM A; 2G3R A; 1WJS A; 2JUF A; 2KK4 A; 2A7Y A; 2YRC A; 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