The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
24
|
sequence length |
107
|
structure length |
107
|
Chain Sequence |
QLTPRRPYLLRAFYEWLLDNQLTPHLVVDVTLPGVQVPMEYARDGQIVLNIAPRAVGNLELANDEVRFNARFGGIPRQVSVPLAAVLAIYARENGAGTMFEPEAAYD
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structural basis of degradation signal recognition by SspB, a specificity-enhancing factor for the ClpXP proteolytic machine
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Hydrolase activator
|
| source organism |
Escherichia coli
|
| molecule keywords |
Stringent starvation protein B
|
| total genus |
24
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| structure length |
107
|
| sequence length |
107
|
| chains with identical sequence |
B
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2003-04-01 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SspB-like |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1ZSZ C; 2QAZ A; 1OX9 A; 1YFN A; 2NYS A; 1OUL A; 1TWB A; 1ZSZ B; 1ZSZ A; 1OU9 A; 1OU8 A; 1OX8 A; 2QAS A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1GBR A; 5GMK i; 2RPN A; 3QDF A; 3L42 A; 4KH0 B; 1N8R C; 2IIM A; 3CCL T; 4MMK A; 1YJW T; 2WAC A; 5CAI A; 4MZM A; 5CQX A; 1NZ9 A; 1BI1 A; 2WSF E; 1X6B A; 3CBM A; 3NPF A; 1C1A A; 1IHW A; 3MET A; 5EC7 A; 3BE3 A; 2M16 A; 5FRM A; 2BZ8 A; 1V76 A; 3CCQ A; 4L59 A; 3G6E Q; 2QI2 A; 4BDZ A; 5GAO p; 2Y4X A; 2X9H A; 2JXB A; 3M54 A; 3EFO A; 1MGQ A; 3PMI A; 3EG0 A; 1NYG A; 2GTJ A; 2YXY A; 2JM8 A; 3CD6 Q; 3NTK A; 1GCQ A; 1B07 A; 3HRS A; 3JV3 A; 2E4H A; 4QVC A; 5GAN j; 1KQS A; 3M0Q A; 1R0C B; 3EH1 A; 4EMK A; 4PJO E; 1UEB A; 4XTY A; 3I55 T; 3VUB A; 4PKC C; 1MND A; 3HHT B; 3CCS T; 3TEE A; 4O5V A; 2WSE E; 2F69 A; 1YJW A; 3CCL A; 1JJ2 A; 2NLU A; 1WIE A; 3SHW A; 2K7A A; 1K8A R; 4M77 F; 3JB9 F; 3C4S A; 4M75 G; 1I4K 1; 3A5Z B; 4DQ2 A; 2R58 A; 4X9D A; 2EKH A; 4ZNX A; 1K9M C; 1WHH A; 2W10 A; 2CGH A; 1Y71 A; 1MMA A; 3CC4 T; 1YNZ A; 3DB3 A; 1AWO A; 1RLP C; 2OX7 A; 5GMK l; 1OX8 A; 1K1Z A; 3TVT A; 2GQV A; 4OB0 B; 4UC4 A; 4B9W A; 2SEM A; 1NJI R; 3SB2 A; 2ZPF B; 4JUV A; 1D3B A; 4OMM A; 1R8O B; 2LZ6 B; 4J8O A; 4C8Q A; 3NHN A; 1Q82 C; 4RTY A; 2FHD A; 3QKJ A; 1D0Z A; 3FJ5 A; 3ZEH A; 3EGD B; 2KRM A; 3KXT A; 2PZ1 A; 4N4H A; 5HK3 A; 3I55 A; 3S3N A; 3TU4 K; 4R0K A; 1YN8 A; 5GAN 5; 3OS5 A; 4ZGD B; 3CCS A; 2LRQ A; 4J83 A; 2LT1 A; 1H3H A; 1VQ4 Q; 1BI2 A; 4OGE A; 3NGP A; 4AG1 C; 3AT1 B; 4FYV B; 5GMK h; 1M1G A; 1KG1 A; 1YCS B; 4M7D A; 3JB9 J; 2EQI A; 5KYU B; 1N5Z A; 1M9S A; 1I1J A; 3JSC A; 3MJX A; 4KT0 E; 1VOM A; 1X43 A; 2CS7 A; 2FRW A; 3CC4 A; 1EZZ B; 1VQ8 Q; 1WFW A; 1VQ7 T; 4XQ3 A; 1VQM T; 1IHV A; 3EFR A; 1B34 A; 8ATC B; 4E2F B; 3CBP A; 4C92 A; 5GMK e; 2VVK A; 1JQQ A; 1M3A A; 2E5K A; 2LNH B; 3M9Q A; 2F2W A; 3G7Z A; 3SD4 A; 4FU6 A; 4PLL A; 5GAN 4; 1ZSZ C; 4GLK A; 3I5S A; 4VUB A; 2VC8 A; 2E3H A; 3MCA B; 2VWF A; 5I2S A; 2RQV A; 4LD6 A; 2PVO B; 3PIO A; 3CME Q; 3HKS A; 4PJO C; 1EX4 A; 2X4Y A; 2GBQ A; 3THK A; 4BE0 A; 1KSW A; 2AHJ B; 4O6J A; 2DKG A; 1D1C A; 2EQJ A; 4M77 C; 2DER A; 3JB9 H; 1U06 A; 2FVU A; 4QKU A; 4BD3 A; 1SPK A; 4AFS C; 5J3B A; 2VGM A; 2JTF A; 4D6W A; 3SEM A; 4A53 A; 1O9S A; 4FSX A; 3UPU A; 5GJW B; 2GNC A; 4RCB A; 2EPD A; 2HNI A; 1NE8 A; 3OSS C; 1TOV A; 1VQ7 A; 3V8K A; 2E70 A; 3V7S A; 2EW3 A; 1VQM A; 3SWN C; 2YUN A; 5KYN A; 1VQ6 Q; 3QG1 A; 3TSW A; 1SSF A; 1JBM A; 4AFU C; 3PMT A; 2CP6 A; 1LPL A; 1OU8 A; 3VUZ A; 4R55 A; 1CSK A; 1U1T A; 2PQW A; 2KT1 A; 3OMC A; 2CUD A; 1KQS P; 3OYB A; 2YHT A; 4ELZ C; 5GAO m; 2PU9 B; 2QYZ A; 2A36 A; 2EGA A; 2CRE A; 2EYX A; 3E2U A; 1UGV A; 3TCJ A; 2BE9 B; 2P0K A; 1ACM B; 4HCK A; 4R56 A; 2EQU A; 4XTU A; 1JJ2 P; 3FB9 A; 2C0O A; 4DA4 A; 2I2L A; 4M75 A; 3OYE A; 3DB4 A; 2VAS A; 1Y96 A; 1G5V A; 2KSS A; 1FX7 A; 3GOX A; 2GTO A; 2MYS A; 3GP8 A; 2HBW A; 2DRM A; 1MUZ A; 3PVQ A; 2L89 A; 5GAN g; 3JCM g; 2EGC A; 4EIK A; 3GPL A; 1K73 R; 1M8V A; 3BFM A; 3FEO A; 4M7A B; 1UJ0 A; 1ZUY A; 1UDL A; 4TVR A; 3JCM J; 2P84 A; 1UGS B; 2M51 A; 4JRP A; 2JNG A; 2KR3 A; 1QCO A; 3ASK A; 4A4G A; 3CPF A; 4E7K A; 1VQO Q; 2CP0 A; 4RTW A; 2FO0 A; 5FRO A; 1JO8 A; 1VQN Q; 1GXI E; 3X28 B; 5CQY A; 2RHX A; 2R57 A; 3REB B; 3J80 E; 1MMG A; 2L3P A; 1BCO A; 1M1K R; 2COW A; 2AZS A; 2GFA A; 1PKS A; 4J9C A; 1NEG A; 5L8R E; 3E9F A; 3BDL A; 1LNX A; 4M4Z A; 4DBF A; 2O4X B; 1VQK T; 1ZLM A; 1I0C A; 2EYW A; 4ZN3 A; 4DEY A; 2FB7 A; 1E6H A; 1QQJ A; 3H8Z A; 4ME7 A; 5GAN h; 1M3B A; 2OI3 A; 2JTM A; 2A37 A; 4XK8 E; 1VQP Q; 4F14 A; 3UF4 A; 4LD9 K; 2ESW A; 3VS2 A; 4FW2 A; 4Z8A A; 3DKM A; 5LJ3 f; 3X26 B; 1U3O A; 3C12 A; 5I11 A; 5FRN A; 1OX9 A; 1AHJ B; 4CC4 B; 1RI9 A; 4XU2 A; 1TU0 B; 3JCM e; 4M7A F; 2RQW A; 2K2M A; 2QGF B; 5KYX B; 5DLQ E; 3A8L B; 4OP0 A; 1N9R A; 3VV0 A; 4KUI A; 1M1K U; 1XNI A; 1RAD B; 3JCM X; 2LP5 A; 1I5L A; 2KDS A; 1YP5 A; 2KI7 A; 2L2P A; 4HVW A; 4DBR A; 1VQK A; 2EGE A; 2P0Q A; 3A8M B; 4J6Y A; 1R77 A; 2PVG B; 3CPW A; 4N0A C; 2RF0 A; 3RDV A; 4C5I A; 2K5F A; 2DJZ A; 3AHU A; 3OYA A; 3DLM A; 5GAM f; 3CXC S; 4E7S A; 3EGD A; 1GCP A; 1VYT A; 3X25 B; 4DOW A; 2DTH A; 2BIV A; 2I0N A; 3GBQ A; 3F70 A; 1GBQ A; 1XOV A; 3I56 T; 2RHI A; 4OMN A; 2O2O A; 4A54 A; 3U23 A; 5CO7 A; 1YHQ T; 3JCM d; 1SSH A; 1WZO A; 1G8X A; 5KYU A; 1ZQ1 A; 4F7U B; 3NFC A; 2BE7 D; 4JJB A; 2J06 A; 3HPW A; 3KBG A; 4C8Q E; 3MEW A; 1TWB A; 5CKB A; 2DA9 A; 4E47 A; 4CC2 A; 5GAN f; 4J5Y A; 3L2V A; 3PT9 A; 2DXC A; 1W1F A; 2DRK A; 2HQE A; 2L3S A; 7AT1 B; 2MPX C; 3CCV T; 2BKD N; 5GJV B; 3OYD A; 1XTD A; 3CC7 T; 1QLY A; 1CKB A; 2DEQ A; 2ABL A; 3OYM A; 1HXD A; 1PD0 A; 2M02 A; 4E7J A; 4IKF A; 4HXJ A; 1BBZ A; 3JCM c; 1Q7Y C; 4IUV A; 5IT9 E; 2JVV A; 2DK3 A; 4HCC A; 4M7D E; 3HTR A; 5IN1 A; 1SKU B; 4OB2 B; 1M3C A; 5D6X A; 5CK9 A; 1UFF A; 4IUU A; 2YSQ A; 2KXC A; 2XU8 A; 4PJJ A; 3I56 A; 4M7D G; 2RO0 A; 5CKH A; 4MML A; 3E9G A; 4BAC A; 1YHQ A; 2EFI A; 3LGF A; 2LVM A; 3OS1 A; 4RKU E; 1YHQ Q; 4C92 E; 4MDX A; 1WXB A; 5LJ3 j; 1WPY A; 1ZSZ B; 1QW1 A; 1GCQ C; 2JMA A; 1X27 A; 2BZX A; 4M78 G; 2MMP A; 2RHU A; 3VRZ A; 4PJO B; 4E7I A; 2FZK B; 4PL6 A; 4PFO A; 1Z9Q A; 4EMK C; 3CCV A; 2CP3 A; 1RAA B; 1S72 Q; 4AT1 B; 4HA8 A; 4M77 B; 3CC7 A; 4QT7 A; 2E64 A; 3E19 A; 2XD0 A; 2KAF A; 5IXB A; 3CCM T; 1YJN Q; 1QCF A; 3QYH B; 5J39 A; 3CC7 Q; 2F5T X; 2XHC A; 3PTA A; 1GFC A; 3KUF A; 4AMC A; 2QGG A; 2CUB A; 1WHK A; 1Y0M A; 4II1 A; 2ZPH B; 2X3W D; 3JCM b; 3O5Z A; 1UHC A; 3EG2 A; 3SWN B; 1R0B G; 4Q5W A; 4F16 A; 5GAM j; 1YFN A; 3QZ9 B; 3VS3 A; 3ZFJ A; 2DVE A; 3VKI A; 2V8K A; 2YLC A; 1PRM C; 2RJC A; 4Y28 E; 5KYY B; 5GAO n; 4PJL A; 2DM1 A; 1NYF A; 4C8Q C; 2V8I A; 4X1V A; 2A28 A; 5C6S A; 5J26 A; 4XAX B; 3X20 B; 4PK4 A; 3CCQ Q; 1TS9 A; 2P4R A; 5A0L A; 4NOY A; 2VXE A; 5LJ5 f; 3M5A A; 1N8R U; 3G71 T; 3EG9 B; 4QQ6 A; 1QVP A; 4XU3 A; 4Y91 A; 3EGX B; 1KD1 C; 3BW1 A; 1FXX A; 3MP1 A; 3L2Z A; 3OYN A; 2QAS A; 2DL3 A; 2L3Q A; 3CPW P; 2J7I A; 4ATO A; 5KCH A; 3C0C A; 3CCM A; 4DOV A; 1K9M R; 2QEX T; 4PJO F; 1W4S A; 2EQK A; 4M75 E; 3LWI A; 2MF2 A; 1TUC A; 2YDL A; 2M1H A; 1IGQ A; 4MDW A; 4JRK A; 2QQA A; 3QJY A; 2KRO A; 3CCL Q; 1YJW Q; 1TUG B; 2V1Q A; 1FMK A; 1WGS A; 2L5Q A; 1S1N A; 2EQM A; 1OEB A; 3M53 A; 5HCK A; 3RIR A; 2R5A A; 1VQ9 T; 4PJM A; 2K79 A; 2Z0W A; 4BE2 A; 1KD1 U; 4C92 C; 3EHR A; 3H41 A; 1N9S A; 2KK4 A; 2ZPE B; 3I9Q A; 1E6G A; 1BI0 A; 5A2Q E; 1MMN A; 2IG0 A; 3M59 A; 3VS5 A; 3OYF A; 1PNJ A; 2LCL A; 4J9F A; 1IRX A; 2FEI A; 1PKT A; 3G71 A; 4IUR A; 4FSS A; 1KC8 C; 5FWB A; 1YBY A; 3P8D A; 2D9T A; 1W70 A; 3M58 A; 1OYX A; 4CRI A; 1WX6 A; 4WCI A; 4D8K A; 3OYI A; 4XU1 A; 2KRS A; 2QEX A; 1K9M U; 3KFV A; 2CSQ A; 1NBE B; 2DYB A; 2LX7 A; 2HBP A; 2DX1 A; 3M0P A; 5IHN A; 3I55 Q; 3L2R A; 3OSV A; 8AT1 B; 2VXF A; 2HDA A; 3CCS Q; 5GAO q; 4LDV A; 6AT1 B; 3CCU T; 1Q81 C; 4C8Q D; 2J05 A; 2AT1 B; 2E10 A; 1BI3 A; 1VUB A; 4FL6 A; 1N6A A; 1WQW A; 4QVD A; 3GIB A; 5KYX A; 1VQ9 A; 1Q82 U; 1NJI C; 1M2V A; 2XMF A; 4GLM A; 1KFZ A; 3FDR A; 2DXU A; 2OTL T; 1I07 A; 3RKX A; 4C5H A; 3CC4 Q; 4M78 A; 3OW2 S; 1RI0 A; 4L5G A; 5GAO r; 1GRI A; 1BCM A; 3M4G A; 3TSZ A; 4M7D D; 3R6N A; 3GF5 A; 1TH7 A; 2QK0 A; 3UA6 A; 3PGG A; 4ZTJ A; 1MHN A; 1Q81 U; 1AWX A; 4HKE A; 4X34 A; 2NYS A; 2DBK A; 5LJ5 j; 2FPE A; 2EBP A; 1LJO A; 1YI2 T; 4OB1 B; 4J9G A; 4M75 C; 4J9H A; 4M78 D; 1OI1 A; 2F5K A; 2PNI A; 4RG8 A; 4C92 D; 2RNA A; 2HZY A; 5LJ3 g; 1WHM A; 2D0N A; 2DO3 A; 3L1A A; 1VQL T; 3CCU A; 3UAT A; 1SG5 A; 4FYY B; 2LNV A; 4F7U A; 3RNJ A; 2LJ1 A; 3WVE B; 2QG9 B; 1BIB A; 3CXC A; 3VS0 A; 2LCS A; 3RKY A; 2RB6 A; 1OU9 A; 2JW4 A; 2A3L A; 1WI7 A; 3Q1J A; 2HAX A; 2OTL A; 2RA2 A; 1T3S A; 1K0X A; 1MV0 B; 3PFS A; 2KGT A; 5HY6 A; 2RQU A; 1VQ7 Q; 1FMW A; 3LW5 E; 1VQM Q; 3ME9 A; 2XKO C; 2KT8 A; 1OPL A; 2KXD A; 3M0R A; 4EPC A; 2QQR A; 1IZ6 A; 4YTL A; 2KRN A; 2ATC B; 1Y7X A; 1YWP A; 2RJF A; 1JRI A; 3MP6 A; 1I81 A; 2F1L A; 2JN0 A; 1AD5 A; 2QA4 T; 1Y07 A; 3EGU A; 4JS5 A; 2CP5 A; 4LUD A; 5GAM g; 1BK2 A; 1YI2 A; 3QPH A; 2MWO A; 2LJ0 A; 5IXF A; 4C0Z A; 2VGN A; 2X4X A; 4JJC A; 2ZPB B; 1M27 C; 1QVF S; 2GQI A; 4QW2 A; 2BUD A; 2VUB A; 1VQL A; 1W6X A; 2XG8 D; 3S3M A; 3NMZ C; 4DEX A; 5LJ3 h; 5GAN 8; 1WHG A; 4J9B A; 5GAN 2; 1WDX A; 2C06 A; 3OYL A; 2RM4 A; 2EWN A; 3RUX A; 1X2K A; 2AZV A; 2K5I A; 3H0F A; 5KE2 A; 2EJG A; 1YJ9 T; 3I5R A; 4HCB A; 2YUO A; 5LL6 S; 3MP8 A; 5IHI A; 4KGV B; 2CZ1 B; 4FCY A; 2C0I A; 2DIL A; 2RD1 A; 2C0T A; 1F1B B; 1EIF A; 4M77 A; 2PVD B; 3A8O B; 4Y92 A; 2GGR A; 4N4I A; 1RAG B; 1GL5 A; 3A8G B; 4M75 D; 2HEQ A; 3IQL A; 3JRZ A; 5D6W A; 2DVJ A; 1QP3 A; 4CI0 C; 1G3Y A; 2HL5 C; 4LUE A; 4KBM B; 1W2B A; 1TUD A; 2HKN A; 3G4S T; 2QA4 A; 1WQ7 A; 4FYX B; 2DNU A; 2LQW A; 4PFZ A; 2M0Y A; 1KQ1 A; 5KYW B; 1FMV A; 2O31 A; 5CIU A; 2CH4 A; 1C6V X; 5GAM h; 4CC3 A; 4EMK B; 1PM3 A; 5I21 A; 1H64 1; 2EJF A; 1T0J A; 5FU7 C; 4JS4 A; 2KQW A; 1FYN A; 2QDL A; 5KYY A; 1ZUU A; 1K73 C; 3C95 A; 2YUQ A; 2IVW A; 2MAM A; 3HRU A; 1YJ9 A; 2YLB A; 3HL8 A; 5GAM e; 2KVQ G; 3VYH B; 5C0M A; 2HSE B; 1RL2 A; 1HK9 A; 1DJ7 B; 4A4H A; 1PC0 A; 5LJ3 d; 4P5N A; 3EGX A; 3CCE T; 2OJ2 A; 1X75 C; 2MK5 A; 3VS1 A; 2HD0 A; 2IPO B; 4HVU A; 3M55 A; 1VYU A; 2RQT A; 1VIF A; 1TXQ A; 3JCM V; 2M9U A; 3VS4 A; 2JM9 A; 2ZAE A; 3RBB B; 2LQK A; 3UDC A; 5KE3 A; 4PJN A; 3G4S A; 1K0S A; 3PNW C; 2DF6 A; 1OV3 A; 2ENM A; 1AZE A; 1PSF A; 5GAN e; 1G2B A; 1GFD A; 3HFN A; 3ULR B; 1QWE A; 4BI4 A; 2MI6 A; 4GBQ A; 3CCR T; 5GMK m; 2ROL A; 4ANJ A; 3QHS A; 1UGQ B; 1YIJ T; 1IXD A; 4M7A E; 3CXC P; 3FC3 A; 2CH4 W; 2ZGW A; 5GAM d; 2OAW A; 4J7F A; 3LLR A; 4QQG A; 3PIP A; 4M7A G; 1NG2 A; 4XTV A; 1VQ5 T; 1BKB A; 2YT6 A; 3MO8 A; 4ZGJ B; 2AIR B; 2K2V A; 1VQK Q; 1D0X A; 3OQ5 A; 5LJ5 g; 2CKK A; 3CCE A; 1WJQ A; 2DAQ A; 1V1C A; 3J7A F; 3LX7 A; 5I22 A; 1B34 B; 2LC4 A; 4B6M A; 2SRC A; 5I2M A; 5A0D A; 3LWH A; 4LDX A; 1XQH A; 4QVZ A; 1JXO A; 1D1B A; 2K6D A; 2V8J A; 3A1P A; 2JS2 A; 1PCX A; 5GAN d; 4JRQ A; 1ABQ A; 3ZBD A; 2E12 A; 2VB6 A; 3L2W A; 3CCJ T; 4HT9 A; 1G3T A; 1RAC B; 4C0D C; 3CCR A; 1Q7Y R; 5AYF A; 1YIJ A; 4LE9 A; 3OYY A; 1X6G A; 2DE0 X; 3S6W A; 4C8Q F; 4F04 B; 2BTT A; 2EYZ A; 2DIQ A; 3J81 E; 2LT4 A; 2K4Y A; 3EHQ A; 4JZ3 A; 1VQ5 A; 3QJ6 A; 1ZUK A; 1RUW A; 1UGR B; 1OUL A; 5CCA A; 4C0G A; 4HCZ A; 4BB7 A; 3OA6 A; 5LJ5 h; 3EFS A; 2K9G A; 3CMA T; 1BYM A; 2QQS A; 1PSE A; 4M7D F; 5CR2 A; 1WNL A; 3RER A; 1A0N B; 1X69 A; 2W0Z A; 3PVL A; 3OW2 A; 2LQN A; 3VU3 C; 1W2B P; 5GAN 6; 3I56 Q; 1YCY A; 3TRE A; 3OBY A; 1OQK A; 4Z88 A; 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