The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
24
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sequence length |
107
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structure length |
107
|
Chain Sequence |
QLTPRRPYLLRAFYEWLLDNQLTPHLVVDVTLPGVQVPMEYARDGQIVLNIAPRAVGNLELANDEVRFNARFGGIPRQVSVPLAAVLAIYARENGAGTMFEPEAAYD
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structural basis of degradation signal recognition by SspB, a specificity-enhancing factor for the ClpXP proteolytic machine
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Stringent starvation protein B
|
| molecule tags |
Hydrolase activator
|
| source organism |
Escherichia coli
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| total genus |
24
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| structure length |
107
|
| sequence length |
107
|
| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2003-04-01 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SspB-like |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2NYS A; 2QAS A; 1OU8 A; 1ZSZ C; 1TWB A; 1OX8 A; 1OX9 A; 1YFN A; 1OU9 A; 1ZSZ B; 2QAZ A; 1ZSZ A; 1OUL A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2XU8 A; 4L59 A; 1VIE A; 3WVE B; 3CCM A; 1YIJ Q; 1X6G A; 4C8Q F; 1OUL A; 4M7D G; 2EJ9 A; 2V26 A; 3WVD B; 2FL7 A; 1AWO A; 1FX7 A; 1I0C A; 4TVR A; 1I5O B; 3I9Q A; 1U3O A; 2ENM A; 3HFN A; 4OB1 B; 1WXB A; 3ZEH A; 4BE2 A; 4QVC A; 2E6N A; 2VGM A; 5D6W A; 1JBM A; 2DIQ A; 1N9R A; 4XU2 A; 5EC7 A; 3HFO A; 2AHJ B; 1OEB A; 3MP1 A; 1VQL A; 2E10 A; 2JN0 A; 2P0K A; 2ROL A; 3OYL A; 1VQ7 Q; 5CVI A; 3CXC A; 1QP2 A; 3SHW A; 1G3S A; 3M53 A; 2DL8 A; 4J9G A; 4JJB A; 1MV3 A; 1ZBX A; 2BZY A; 1KG1 A; 3VYG A; 5GMK j; 2DM1 A; 2EJG A; 4FT2 A; 4JJN K; 1ZSZ C; 3FIF A; 4QKU A; 4J7I A; 1I8F A; 1KQ2 A; 1VQ4 A; 4KRT A; 5J26 A; 4AMC A; 1G2B A; 1NPR A; 3KUF A; 4Y91 A; 3JB9 F; 3SWN A; 1VQN A; 2A28 A; 2COY A; 1YCY A; 3OS2 A; 1M5Q 1; 2HNI A; 5DLQ E; 1VQK Q; 3CCU A; 3A8O B; 2L3P A; 4KGV B; 1HYO A; 4EPC A; 4OVA A; 4Z89 A; 5AYF A; 1E7O A; 2CRE A; 1M30 A; 2O01 E; 3R6O A; 1K73 R; 4VUB A; 1K9M C; 2HSP A; 3LWH A; 2GFU A; 3SWN B; 3KXT A; 2MWP A; 4F14 A; 4E7S A; 3G71 Q; 3M0T A; 3HSB A; 4C92 C; 3FJ5 A; 4C8Q D; 3RNJ A; 4F17 A; 1AEY A; 1FMK A; 1TUC A; 5GAN j; 3EAE A; 3GF5 A; 4ZN1 A; 5LJ5 e; 4N0A A; 3FC3 A; 4XU1 A; 1OX8 A; 2R57 A; 1W6X A; 3S3O A; 2E3I A; 1PKS A; 2RNA A; 4Y28 E; 2JXB A; 1TS9 A; 1YJW T; 3QZ5 B; 1GCP A; 1W70 A; 3HL8 A; 4A4E A; 1H64 1; 1VQO Q; 2RJC A; 5C0M A; 2XDB A; 4LXC A; 2YWW A; 2EQI A; 3OYJ A; 1N5Z A; 3CCQ T; 2JM8 A; 1J3T A; 4DBH A; 2I0N A; 2M0O A; 4LDX A; 5I21 A; 3C95 A; 3MET A; 2ZZD A; 4MZP A; 2EQK A; 2A08 A; 2Y90 A; 3MP6 A; 1NZ9 A; 4DA4 A; 4M7A F; 3M55 A; 1AT1 B; 3VS4 A; 4C5G A; 2RHU A; 4A4H A; 4HKE A; 1D3B A; 2V8I A; 3L2U A; 1YJ9 T; 3PE0 A; 4C8Q A; 4IUQ A; 1VQ5 T; 2KBT A; 1IXD A; 4XTY A; 1XOV A; 1AOJ A; 4F7U E; 2D8H A; 1OYX A; 5LJ3 j; 3JB9 D; 2PZ1 A; 1YN8 A; 2V1Q A; 4KBM B; 2LJ0 A; 3MEU A; 2EYQ A; 1UJY A; 1QCF A; 3T9N A; 3CCE Q; 1GL5 A; 1PM3 A; 3EFO B; 4XU0 A; 3TSW A; 1GCQ C; 1BI1 A; 1SF9 A; 1BKB A; 3GP8 A; 4V2S A; 1IO6 A; 2VV5 A; 4RTW A; 4M75 F; 1JRI A; 3S3N A; 1LVK A; 5FU6 B; 2EQM A; 1YJW A; 3PT9 A; 3REB B; 3FEO A; 3QO3 A; 3JV3 A; 1BIA A; 3RBB B; 4E7Z A; 2X3X D; 4PJM A; 1O75 A; 1K1Z A; 4C8Q G; 2C06 A; 1JQQ A; 3CQT A; 1RL2 A; 5LJ3 f; 3X20 B; 1FYN A; 4B9W A; 2QAS A; 4OMQ A; 2B86 A; 2DJZ A; 3LGF A; 2HKQ B; 3DLL A; 4Q5W A; 4C92 D; 4IUR A; 1ZA1 B; 4PJN A; 1T0H A; 3A8G B; 3RR6 A; 3CCS T; 3OQ5 A; 2J6F A; 3CCV Q; 1YJ9 A; 1VQ9 Q; 2RI5 A; 1NEG A; 2WSF E; 3UPU A; 1VQ5 A; 1YI2 Q; 1VIF A; 3OW2 S; 3PIP A; 4Z88 A; 1UE9 A; 4M7A D; 1OZ3 A; 3I56 Q; 2CP3 A; 4E7J A; 4OB3 B; 3CCJ T; 4CC3 A; 1MHN A; 4NL2 A; 3I55 T; 5GAN h; 1S72 A; 5FRO A; 5IHN A; 3CC4 T; 2LNV A; 4A63 B; 4MML A; 2LRQ A; 2P4R A; 2GQV A; 2JNG A; 3S3M A; 3OBW A; 2HDA A; 2E41 A; 3GOX A; 2NUZ A; 1M2O A; 3JB9 G; 2H3J A; 1QWE A; 1X43 A; 2C0O A; 5DY9 A; 5HY6 A; 4ELY C; 4JJC A; 2JUF A; 2LNH B; 1OU9 A; 3JCM c; 3CPF A; 5IXB A; 5KYY A; 4M75 D; 2X3W D; 1VQM Q; 1N6A A; 3EG9 B; 4M7A A; 1RI0 A; 4BDY A; 1NG2 A; 1YJN T; 3CPW P; 3CCM Q; 4C92 B; 4PL6 A; 2GTJ A; 1Q81 C; 2HZY A; 1RAC B; 1WNL A; 3FDR A; 1M3B A; 2X4X A; 4N4G A; 2D6F A; 3JCM Q; 2KSS A; 2DFU A; 2KEA A; 5C6S A; 2ED1 A; 4E7I A; 2F5T X; 3PGG A; 4GLK A; 2X51 A; 3CBP A; 1GFD A; 1C1A A; 4M7A B; 4BB7 A; 3CCJ A; 2K2M A; 2DL4 A; 2DXT A; 3I55 A; 5I22 A; 2VGN A; 2CP5 A; 2EVR A; 2J6K A; 2C0I A; 1LJO A; 4KT0 E; 1VQL Q; 4PJL A; 6AT1 B; 9ATC B; 1QCO A; 1VYT A; 2E3H A; 2H8H A; 1G3W A; 4M75 A; 2D0N A; 3CCR T; 4M7A G; 1RAD B; 2LCS A; 1M1G A; 2E6Z A; 3PIO A; 3NPF A; 2X35 A; 3I5R A; 2K79 A; 2AZS A; 1SSF A; 1N9S A; 1NYF A; 1VQ4 Q; 4EIK A; 1ZQ1 A; 3QUI A; 2BIV A; 3CBO A; 3NGP A; 2O9S A; 2SEM A; 4PLI A; 1VQN Q; 4M75 B; 5HKC A; 1YJN A; 1MMD A; 4M7D E; 1G83 A; 1KFZ A; 2KE9 A; 1MMA A; 4MZM A; 1Y57 A; 5FWB A; 2QGG A; 2PTK A; 4X34 A; 4MDW A; 3CCU Q; 3GBQ A; 3J81 E; 2V1R A; 2KNB B; 2XMF A; 8AT1 B; 2OTL A; 1MMG A; 4FYY B; 3JAM E; 3N5B B; 1ZBJ A; 4ESR A; 2KDS A; 3M0U A; 3SB2 A; 3OMG A; 1YWP A; 3MEW A; 4M75 G; 2EIF A; 5A0D A; 4J6X A; 4M78 A; 1D0X A; 1XJW B; 5LJ3 g; 1RAH B; 2QXF A; 1AHJ B; 3CC7 Q; 2W10 A; 1KQS A; 2QA4 A; 4LDV A; 2DD4 A; 5CKH A; 1WHM A; 2OAU A; 3CC2 A; 3PVQ A; 3RUX A; 1TSF A; 2EPD A; 2J05 A; 4C0G A; 3TCJ A; 3OYH A; 2O88 A; 1NPP A; 2DBK A; 4J9B A; 1JJ2 P; 3CCR A; 5FU7 C; 2DZ9 A; 1U06 A; 4HT8 A; 4AT1 B; 3VJP A; 2K3X A; 1IHV A; 5IAY A; 4J6Y A; 3VS3 A; 3JCM b; 2RO0 A; 4PJO E; 3EFR A; 4KGZ B; 4CC7 A; 3QJ6 A; 2GCX A; 2IVW A; 2DXU A; 1X01 A; 4Y92 A; 5DM7 R; 4OGE A; 3PTA A; 1YIT T; 2KYB A; 3QYH B; 4PJO C; 3FRN A; 4YTL A; 2DJQ A; 4GY5 A; 4FW1 A; 3RKW A; 3NMZ C; 3OBY A; 4M78 G; 2E70 A; 3JCM V; 3URG A; 5GAN 2; 4HCB A; 3DB3 A; 4BAC A; 3VRZ A; 5GAM d; 3A8L B; 3GPL A; 1K9M R; 3EGX B; 4ZGJ B; 4KH1 B; 1PRL C; 5GMK e; 1YCS B; 2BKD N; 4A54 A; 1WX6 A; 2P0P A; 1X2Q A; 4HVU A; 4HCC A; 3QDR B; 3ME9 A; 1VQ8 T; 1VUB A; 1K8A C; 1GXI E; 1QVG S; 3QHS A; 1CKB A; 1QWF A; 1TOV A; 1D1B A; 3HPW A; 2MK5 A; 1YJW Q; 1PD1 A; 1AD5 A; 1P92 A; 2JMC A; 2MMP A; 3C0C A; 4QQD A; 1CKA A; 1KSW A; 5CAI A; 1Y96 A; 1OV3 A; 2BE7 D; 1VOM A; 3EG2 A; 4OMM A; 4RTU A; 2W0Z A; 3GNG A; 1DJ7 B; 1PNJ A; 2E65 A; 1YIT A; 1JXM A; 1EIF A; 5D7U A; 1SHF A; 5GAN e; 1TU0 B; 2K5I A; 1UG1 A; 2JTE A; 1TUD A; 2FYK A; 1UDL A; 4ORZ A; 4DOV A; 1YJ9 Q; 2RK2 A; 3G1J A; 4ZNX A; 1KD1 C; 1HXD A; 4OF1 A; 3HP9 A; 1VQ5 Q; 2R5M A; 3A8H B; 5KCH A; 1D09 B; 4JRP A; 5GAO r; 2ROT A; 2QEX A; 5KYU A; 2J06 A; 1V1C A; 5GAM h; 2DF6 A; 4J8O A; 2HBP A; 2IIM A; 4OGC A; 3RIR A; 2C0T A; 4EMK C; 1JJ2 S; 2ECZ A; 4JJD A; 2AZV A; 4DEY A; 3QXE B; 1VQ8 A; 1S72 Q; 1PC0 A; 3JCM d; 4IUP A; 3G7Z A; 2M02 A; 1Q81 U; 2X9H A; 1ARK A; 1AVZ C; 4QW2 A; 2A7Y A; 3HRS A; 4M77 C; 5KYU B; 8ATC B; 4FT4 A; 4C8Q E; 3M56 A; 5LJ3 e; 1SPK A; 1NJI C; 5J3B A; 1BK2 A; 1RAE B; 1OQK A; 1QKW A; 2KVQ G; 2JW4 A; 4A53 A; 1U5S A; 5CCA A; 4C0D C; 2KYM A; 1UGR B; 2F2X A; 2KGT A; 4OMP A; 5IH2 A; 3BE3 A; 3M9Q A; 2CSI A; 2LQN A; 2FB7 A; 2DXC A; 2YHT A; 3VS2 A; 4MDX A; 3QPH A; 4J9D A; 4HCK A; 1WJS A; 5GAO q; 1RLQ C; 3QSU A; 2KT1 A; 3INZ A; 2L89 A; 2CZ6 B; 3FLG A; 1AZG B; 3M4Y A; 2M1H A; 2CP2 A; 3JB9 H; 1W2B P; 2PQW A; 5FU7 B; 3CCJ Q; 3UWN A; 3OW2 A; 3D7S B; 3I55 Q; 2ATC B; 1M1K U; 2AIR B; 3F70 A; 1RLP C; 2P0Q A; 2RD1 A; 2XDD A; 5GAN 6; 4C5H A; 1TG0 A; 2Z0W A; 5HK3 A; 3G4S T; 2YUQ A; 4DBQ A; 2YRV A; 2XD0 A; 1Q86 C; 3JCM h; 4ZTJ A; 2F2V A; 1UUE A; 3L2Q A; 1WGS A; 2DVJ A; 3OYC A; 3MJX A; 1QMC A; 3MP8 A; 5GAO l; 3CD6 T; 1X6B A; 4XTZ A; 3VV0 A; 2EYW A; 3V7R A; 1SRL A; 2GQI A; 2M51 A; 3A98 A; 3BDU A; 2DIL A; 1BYM A; 1Q81 R; 1Y7X A; 2K5L A; 1YJN Q; 2ZGW A; 4WTO B; 1Q95 G; 2QYZ A; 3G6E T; 1UGP B; 3JCM P; 4FYW B; 1QCN A; 1QLY A; 2OTL Q; 2LVM A; 4Z8A A; 4WCI A; 4LNP A; 3QZ9 B; 1QW1 A; 4HVW A; 3ASK A; 2ABL A; 4QVZ A; 4C0Z A; 2DL7 A; 1OI1 A; 4HXJ A; 3NHN A; 1OU8 A; 3L1A A; 2BZX A; 5CKB A; 2QA4 Q; 3REA B; 4LUD A; 3M59 A; 4C92 F; 1KHC A; 3CEY A; 3CC2 Q; 1PWT A; 4LD9 K; 1VYV A; 2RH2 A; 1K0S A; 3CXC P; 3OY9 A; 1XNI A; 2O2O A; 4PLL A; 2H3E B; 2PU9 B; 5KYN A; 2OTJ T; 1Z9Q A; 2DTO A; 2EGA A; 1K0X A; 3CCR Q; 3JCM J; 1BB9 A; 2LT1 A; 3VS0 A; 2M9U A; 1M8V A; 1W1F A; 1QQJ A; 3E2U A; 3NTK A; 5I2M A; 4ZGE B; 4XK8 E; 4J9H A; 2EYX A; 2KT8 A; 2DAQ A; 5GAN f; 3EFO A; 1UFF A; 2JMA A; 2OI3 A; 1K8A U; 5CIU A; 2XIC A; 1E6G A; 3I35 A; 2X4Y A; 2Y4X A; 2KR3 A; 1W2B S; 4EMK B; 3BY7 A; 3G6E A; 2FRY A; 2RQU A; 2RQV A; 4LDU A; 2VC8 A; 1WHG A; 3OYA A; 1RUW A; 5KH6 A; 1ABQ A; 2RHZ A; 4FM4 B; 4M77 B; 3HTR A; 3LX7 A; 3OB9 A; 4E7L A; 2RF0 A; 1XQH A; 2NLU A; 3P8H A; 2MWO A; 1QVF A; 4BI8 B; 1R0B G; 2QQS A; 2OJ2 A; 3ZBD A; 3LGL A; 4BY6 C; 3VUZ A; 1UGV A; 1OOT A; 1SSH A; 5LL6 S; 3V8L A; 3E19 A; 2FRW A; 1MV0 B; 1IB8 A; 1HJD A; 1KD1 U; 4PNO A; 3CCQ A; 4DEX A; 4Z02 A; 2HSE B; 2CZ1 B; 2NYS A; 3ZL7 C; 4QQG A; 2LT4 A; 3E1S A; 2HQH A; 5CO7 A; 2CP0 A; 4FL6 A; 4PFO A; 1BBZ A; 1HK9 A; 4RTX A; 3DLM A; 1IHW A; 1S1N A; 4X9D A; 4O6J A; 1UEC A; 3VUB A; 1ZSZ A; 1PRM C; 2E64 A; 1SEM A; 3HRT A; 4IUT A; 1YIT Q; 4M78 E; 4X1V A; 1TXQ A; 2HEQ A; 2PNI A; 5KCO A; 2D9T A; 1JU5 C; 2RM4 A; 4JZ3 A; 2PVG B; 2CKK A; 2E4H A; 4E47 A; 5I11 A; 4HA8 A; 3M0P A; 4M78 C; 3LWI A; 2RPN A; 1TTH B; 3ULR B; 2DEQ A; 3FJP A; 2GFA A; 1U8R A; 1PHT A; 2GGR A; 3CXC S; 3EG3 A; 1BIB A; 1ZSZ B; 2QEX Q; 1WXT A; 1NJI U; 3UAT A; 2L5Q A; 2COW A; 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2V8K A; 4F7U B; 1Y71 A; 5GAN 4; 2EGE A; 1NE8 A; 4IIM A; 5CQX A; 2OX7 A; 2ZPG B; 2ESW A; 4M7D C; 4BUG A; 4ZTF A; 2HQX A; 2KY9 A; 2FZK B; 1D0Y A; 2RHY A; 2L2P A; 4BI3 A; 1RAB B; 4K11 A; 5I2S A; 2HQE A; 1Z9Z A; 2ZPI B; 1GFC A; 5GAM j; 4BY6 B; 3R6N A; 1WXU A; 4BE1 A; 2RN8 A; 1WQW A; 1NEB A; 3UA6 A; 4QQ6 A; 1R8O B; 4XQ3 A; 2QQB A; 1Y07 A; 2DO3 A; 1FWZ A; 2HBW A; 3V8J A; 1QVP A; 2FPD A; 2RQW A; 4QVD A; 2EGC A; 3HKS A; 4AFZ C; 3Q1J A; 1VQ6 A; 3LYI A; 1YP5 A; 3PNW C; 1D1C A; 5HCK A; 5IHI A; 3EGU A; 1OZ2 A; 1Q86 R; 1G3Y A; 1H3Z A; 3CPW S; 4J9E A; 5KE2 A; 4OML A; 3EGX A; 2DBM A; 4AFQ C; 1BI2 A; 4DBR A; 1C6V X; 1SRM A; 2L0A A; 5GAM f; 4KUL A; 1ACM B; 2F2W A; 1HSQ A; 2L3Q A; 2ZPE B; 2AKL A; 2KMT A; 5LJ5 h; 2KAF A; 2RJF A; 2YLB A; 2D8J A; 1I5L A; 3M57 A; 3M0Q A; 4AFU C; 2DD5 A; 3UDC A; 4E6R A; 2K3Y A; 3AHU A; 3CCV T; 1MND A; 1VQ9 T; 2CS7 A; 5A0G A; 3EHQ A; 1H8K A; 3BDL A; 4BD3 A; 1EZZ B; 4PJO F; 3TEE A; 4NL3 A; 2MIO A; 1GBR A; 1WYX A; 3G6E Q; 2DRK A; 5GJV B; 2FZG B; 4RTY A; 4J83 A; 4XAX B; 1KK7 A; 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