The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
19
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sequence length |
95
|
structure length |
95
|
Chain Sequence |
PSSNGPLEGTRGKLKNKPRDRGTSPPQRAVEEFDDGEKVHLKIDPSVPNGRFHPRFDGQTGTVEGKQGDAYKVDIVDGGKEKTIIVTAAHLRRQE
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structures of deacylated tRNA mimics bound to the E site of the large ribosomal subunit
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
23S ribosomal rna
|
| molecule tags |
Ribosome
|
| total genus |
19
|
| structure length |
95
|
| sequence length |
95
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2003-08-27 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | Ribosomal protein L21 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2OTJ Q; 1YI2 Q; 1S72 Q; 1YHQ Q; 2QEX Q; 3CC4 Q; 3I56 Q; 3G6E Q; 1VQN Q; 1NJI R; 1VQ7 Q; 3G71 Q; 1YJW Q; 2OTL Q; 1YIJ Q; 3CCL Q; 3CCU Q; 2QA4 Q; 3CCJ Q; 1W2B P; 3CCM Q; 1VQ5 Q; 3CCS Q; 1KD1 R; 3CC7 Q; 3CC2 Q; 3OW2 P; 3I55 Q; 1K9M R; 3CPW P; 3CCQ Q; 1YJ9 Q; 1M1K R; 1Q7Y R; 1Q82 R; 1Q86 R; 1KQS P; 3CCV Q; 3CME Q; 1YIT Q; 1VQ4 Q; 3CXC P; 1Q81 R; 3CCR Q; 3CD6 Q; 1K73 R; 1N8R R; 1VQ9 Q; 3CCE Q; 3G4S Q; 3CMA Q; 1QVF P; 1M90 R; 1VQO Q; 1VQM Q; 1VQK Q; 1YJN Q; 1VQL Q; 1VQP Q; 1VQ6 Q; 1KC8 R; 1JJ2 P; 1QVG P; 1K8A R; 1VQ8 Q; #chains in the Genus database with same CATH topology 5GAN d; 3V8J A; 1B3Q A; 3JCM g; 2OTJ A; 1QVG A; 1MGQ A; 2K2M A; 2C06 A; 2ECZ A; 2K2V A; 1VQ4 A; 1WFW A; 4O5V A; 3CCE A; 3CQT A; 1FYN A; 1BI2 A; 4RUG A; 2EGA A; 1EX4 A; 3JCM f; 3TU4 K; 4M78 F; 2LX7 A; 1Y96 A; 3CC4 Q; 3C94 A; 1S72 A; 1VQ5 Q; 1Q7Y U; 2QQ9 A; 2GQI A; 1MNE A; 5IXB A; 4FYX B; 4YTL A; 3JB9 D; 4KUI A; 3EGU A; 4M78 C; 4B6M A; 2CP2 A; 2ROL A; 1K9M C; 2DFU A; 2RHX A; 1IGQ A; 1J3T A; 1UG1 A; 2CT3 A; 3I5S A; 3VS4 A; 2BKD N; 3JB9 H; 3VS7 A; 3M54 A; 2D9T A; 3MPU B; 4C8Q E; 1TS9 A; 2RF0 A; 1VQ7 A; 4CC2 A; 2OAU A; 3QPH A; 2E12 A; 2OAW A; 5FLX E; 1WZO A; 1LPL A; 4M75 F; 5GAN 3; 2KGT A; 2F2W A; 4F7U G; 3MP1 A; 2YUO A; 2M9U A; 3G4S Q; 2K79 A; 2BZX A; 4J7I A; 5GAN 4; 1RL2 A; 2NUT B; 1ZSZ A; 1QKW A; 4M75 C; 9ATC B; 2M0Y A; 1HD3 A; 1TUC A; 2BE9 B; 3M59 A; 2OTJ T; 3VV0 A; 1K9M R; 2K7A A; 1Q81 U; 4X1V A; 1K73 U; 4E7J A; 4A53 A; 3LWH A; 4GLM A; 1VQ4 T; 3CD6 A; 4BY6 B; 4KH0 B; 1KIK A; 1D3B A; 4AG2 C; 4E7S A; 3LWI A; 1H64 1; 1M1F A; 2QTX A; 1VQK A; 2QTV A; 3V7S A; 5GMK m; 2D8J A; 1YFN A; 1OZ3 A; 1FMV A; 4A4G A; 1ZSG A; 2QA4 Q; 3V8L A; 1S72 T; 1YWO A; 4HVU A; 2FZC B; 5LL6 S; 5KH6 A; 3TEE A; 4C5I A; 1BI1 A; 3OYK A; 4LD9 K; 1OU9 A; 1TTH B; 4FW2 A; 4FYV B; 2LNH B; 2VVK A; 1OV3 A; 2RK2 A; 3ZEH A; 3DB3 A; 2AZV A; 4ZGE B; 1RI0 A; 2VYT A; 2DYB A; 1TWB A; 3ZBD A; 2F1L A; 1Q82 U; 3CCM A; 1VQ7 T; 1Q95 G; 1BU1 A; 5CKF A; 5L23 A; 1NJI C; 2DMO A; 2EW3 A; 1VQ9 Q; 3M56 A; 4J7F A; 3OBW A; 1YIT T; 1Q86 C; 1KC8 U; 2XD0 A; 3JV3 A; 1IB8 A; 4PJO G; 5GAO p; 2MPX C; 4M7A C; 3L2W A; 1JXM A; 2QK0 A; 4J9D A; 2QEX A; 3QZ5 B; 2LRQ A; 4LNP A; 1WHH A; 4Z89 A; 1M9S A; 1JRI A; 4AG1 C; 3VUZ A; 4M77 F; 2HKN A; 3TRE A; 3JCM d; 1X75 C; 1VQO Q; 2BTT A; 1R0B G; 2XK0 A; 1VQK T; 1VQ6 A; 2R5A A; 4M77 C; 3CXC S; 2LT4 A; 2HSP A; 2FEI A; 2DO3 A; 4E7K A; 1GXI E; 5KE2 A; 4LDU A; 1AZG B; 5KYU B; 2O01 E; 3I55 A; 1Q86 R; 2IIM A; 3SB2 A; 2E6Z A; 1QKX A; 4C8Q D; 1M90 U; 2YHT A; 1QVF P; 2NUP A; 2F2X A; 3CMA A; 1RLP C; 4JJN K; 2AK5 A; 1OZ2 A; 4LUD A; 1JQQ A; 4M78 G; 4BI3 A; 1N5Z A; 4ZTJ A; 3OYA A; 2NUZ A; 2ABL A; 2JMC A; 2A3L A; 3FB9 A; 1QVF S; 4C0G A; 5I2S A; 4J5Y A; 4OML A; 1MMA A; 1X01 A; 2J05 A; 1LNX A; 1MV3 A; 1G5V A; 1KJW A; 3LYI A; 1X43 A; 2DIG A; 2PVD B; 3EFO B; 4LDX A; 2DET A; 2OX7 A; 3OS0 A; 3JCM e; 5HCK A; 1OPK A; 1C1A A; 1FX7 A; 3G6E Q; 2O9S A; 2CP0 A; 2DTH A; 2E5Q A; 3CC4 A; 2QEX T; 4E7H A; 2KAF A; 2I0N A; 1VQ5 A; 2ESW A; 4PL6 A; 4M75 G; 1HK9 A; 1PSF A; 1TG0 A; 4HVV A; 3OYN A; 1MV0 B; 3LH5 A; 1UGR B; 2VGN A; 4C92 D; 1YCS B; 4ZGJ B; 2L5Q A; 1EZZ B; 4JS5 A; 2X9H A; 1YI2 Q; 2EFI A; 1G3W A; 2F2V A; 2KRN A; 1VQP T; 1AZE A; 4PJO E; 2GBQ A; 3CCS Q; 4JLI A; 2RQU A; 3CCQ Q; 1SG5 A; 2LCS A; 1PHT A; 3S3M A; 1D0Y A; 3CCV Q; 4XTU A; 5IH2 A; 4XQ3 A; 3RNJ A; 2LZ6 B; 3OSV A; 1WNL A; 2FG0 A; 4OB3 B; 1TUG B; 5CKE A; 4FCY A; 2LJ1 A; 2YRV A; 3G4S A; 3A5Z B; 5AYF A; 4DOW A; 3CMA T; 2CZ6 B; 3TSZ A; 1IRX A; 3KUF A; 2LQW A; 2ZPG B; 4IUT A; 5KYU A; 3G71 Q; 1CKB A; 1O9S A; 5KYX B; 1V1C A; 1UEC A; 4ZGD B; 2CH4 A; 2RO0 A; 2XKO C; 2DIQ A; 3L2Z A; 2X3W D; 3OW2 A; 1VIF A; 1R0C B; 2QI2 A; 5GAN 2; 1OEB A; 2ROT A; 2HQE A; 2XDD A; 3A8M B; 4HT8 A; 3CC4 T; 2QA4 A; 3VUB A; 1VQ5 T; 2C0O A; 4M7A G; 3CCR Q; 1W4S A; 3JSC A; 3QZ9 B; 1F1B B; 4OMO A; 1M5Q 1; 4N0A A; 1FMW A; 1K8A U; 4J6W A; 1RAF B; 5KE3 A; 1C0M A; 4BI4 A; 1NZ9 A; 2CRE A; 3RES A; 5C6S A; 2EAY A; 4J9F A; 1XTD A; 2RQV A; 3OYJ A; 5KYW A; 3EGX A; 1G3S A; 5I2M A; 3H8Z A; 3FEO A; 4M77 G; 3OYC A; 2VV5 A; 5DY9 A; 3JCM X; 4GBQ A; 1VQ9 A; 4AMC A; 1H8K A; 5FWC A; 4A4K A; 3M0R A; 3JCM P; 2EYQ A; 4JRI A; 3GIB A; 4HKE A; 3QSU A; 1VYU A; 2WSC E; 3DKM A; 4OMP A; 4R56 A; 1WLP B; 1QCO A; 2YLB A; 2FRW A; 3CPW P; 2KK4 A; 1KHI A; 4QKU A; 2DXT A; 2E4H A; 1LVK A; 2V1R A; 2L0A A; 1G3T A; 1AVZ C; 1UUE A; 4E6R A; 1NYG A; 4RTX A; 4XU1 A; 2RI2 A; 1VQL Q; 1VQO A; 1JJ2 P; 1WHK A; 3VRZ A; 1UE9 A; 1NE8 A; 5ECA A; 4HXJ A; 1PG5 B; 8AT1 B; 2DZC A; 4EPC A; 1Z9Q A; 2QA4 T; 2CUB A; 4DEX A; 1M4Z A; 5C0M A; 4XTY A; 1Y0M A; 4M77 B; 4N4G A; 2YUP A; 4PJO D; 1GCP A; 5GJW B; 2AHJ B; 1PD1 A; 4XU2 A; 1GL5 A; 3EGD B; 3H0F A; 1GBR A; 4CC3 A; 2M1H A; 4OB0 B; 3QBY A; 2LP5 A; 3NTI A; 2K5I A; 2QQR A; 2PVG B; 3MEU A; 3QJY A; 1WIE A; 2EQJ A; 4DBQ A; 4ZTF A; 4BY6 C; 4C5E A; 2YUQ A; 4JZ3 A; 1U8R A; 2JW4 A; 4C0D B; 1M8V A; 2W10 A; 1SF9 A; 2X35 A; 4EMK B; 1VQ9 T; 2CGH A; 2CZ7 B; 1YWP A; 3OYB A; 3CCL Q; 1TU0 B; 3EH2 A; 5LJ5 e; 3CC2 A; 3OS1 A; 2EJG A; 2DNU A; 1RAH B; 4DQ2 A; 3UT1 A; 2L8D A; 5AT1 B; 1I5L A; 1WYX A; 3OYD A; 4P5N A; 2ZPB B; 1T0H A; 2CP5 A; 1VQO T; 4NS5 A; 2PTK A; 3FRN A; 2JS2 A; 3E19 A; 2BIV A; 1YI2 A; 1W2B P; 3U23 A; 3CCM Q; 3V8K A; 1Y96 B; 3CCS A; 4KUL A; 3PVL A; 3I9Q A; 4PJN A; 2COZ A; 3CCQ A; 5I11 A; 4AFZ C; 1IRE B; 3CCV A; 3A98 A; 2FRY A; 2GTJ A; 4AFU C; 3GOX A; 4PK4 A; 1BI0 A; 3HHT B; 3T9N A; 3LX7 A; 2P4R A; 1W2B S; 1NEG A; 3CXC A; 2LTO A; 4HT9 A; 3JCM W; 2VC8 A; 2LJ3 A; 4LUE A; 2QQS A; 1K0S A; 2EYW A; 4PJJ A; 3X25 B; 2DJZ A; 3QO3 A; 2ED1 A; 4KGX B; 2LC4 A; 3M0S A; 2ZZD A; 3GF5 A; 1Q7Y C; 3ZFJ A; 1QLY A; 1AOJ A; 2PVO B; 1VQ8 Q; 2E64 A; 5EG2 A; 2J7I A; 3C4S A; 3BDU A; 2LCC A; 2XG8 D; 3REA B; 1ZSZ B; 1D1B A; 5GAM g; 3I55 Q; 2RQR A; 3G6E T; 1AWW A; 1AEY A; 2EVR A; 2PU9 B; 3ULR B; 2QGG A; 5CCA A; 3CCR A; 1BIA A; 2RJE A; 1ZQ1 A; 1UFF A; 5DLO A; 3BW1 A; 2ZPH B; 4RG8 A; 1D3B B; 1KK7 A; 2KRO A; 2DA9 A; 2HCK A; 3A8H B; 4B9X A; 2XID A; 5GAM f; 1YI2 T; 2CS7 A; 1YJ9 Q; 3SFM A; 1Q7Y R; 3DLL A; 3O8V A; 1SRM A; 5D7U A; 3CCS T; 5LJ3 e; 5CIU A; 1JB0 E; 5FU6 B; 3CCQ T; 4JZ4 A; 4N0A C; 3RMS A; 3CCV T; 4C8Q B; 2M16 A; 1VQM Q; 3OYF A; 1N9S A; 4ZNX A; 1K73 C; 4XTV A; 4BAC A; 1GRI A; 2JZ2 A; 4J8O A; 4DBF A; 1VYV A; 4WCI A; 1QMC A; 2X4X A; 2RNA A; 2OTL A; 4M7A D; 2QQA A; 2MOX A; 2DXB A; 3G71 T; 3GLX A; 1TH7 A; 2EWN A; 4M7D E; 1JXO A; 1QP2 A; 2P0P A; 4FL6 A; 3FDR A; 4PNO A; 4XU0 A; 1ZHI A; 5KCO A; 2KQW A; 5DM7 R; 1WHG A; 4J83 A; 1T3S A; 3R6N A; 1VQL A; 1JO8 A; 2DF6 A; 1JBM A; 1WDX A; 5HK0 A; 1WHJ A; 2H3J A; 4C5G A; 3DLM A; 3PVQ A; 2F5K A; 2ED0 A; 2VXE A; 3AT1 B; 2Z0W A; 4KRT A; 5GAN e; 3URG A; 2JMA A; 1Q81 R; 4Z02 A; 2K4Y A; 3EG1 A; 3QG1 A; 1K73 R; 5CKB A; 2GGR A; 4Z8A A; 2E10 A; 1Q82 C; 3CCR T; 4M4Z A; 2YT6 A; 4HCZ A; 1M1G A; 5CAI A; 3RKY A; 1H3Z A; 1K4U S; 4MZT A; 1UJ0 A; 3BE3 A; 1SPK A; 2L3Q A; 1KC8 C; 2ZCF B; 3CC7 Q; 1KQ1 A; 4IKF A; 2X51 A; 1QWE A; 3GNG A; 2JUF A; 2DXU A; 4RG2 A; 3X20 B; 2K5F A; 3CPF A; 4XTZ A; 2AZS A; 3M0T A; 4J6X A; 2DZ9 A; 2BZY A; 2ZPI B; 2R58 A; 3CCE T; 5GMK e; 3WXM B; 2NUP B; 2XDP A; 2H8H A; 1SSF A; 1VA7 A; 1WHL A; 2PNI A; 1RAI B; 3CCL A; 4X9C A; 4C92 E; 4IUU A; 1Q82 R; 3VS0 A; 4C8Q A; 2RA2 A; 1E7O A; 2ATC B; 3JCM V; 3HRS A; 5A2Q E; 1BYM A; 2DKG A; 1KC8 R; 3SWN A; 1PNJ A; 1NLP C; 5GMK i; 4JS4 A; 3TQ7 P; 3VS6 A; 2KVQ G; 4XTW A; 5I22 A; 1YJW Q; 1IHW A; 2JTE A; 2KYB A; 3L2U A; 4CI0 C; 1ABO A; 3BFM A; 5I21 A; 3VS3 A; 2WAC A; 3HPW A; 3OMC A; 2HSE B; 3P8B B; 2RI5 A; 1X2K A; 2CP3 A; 4J9G A; 1IZ6 A; 4QQ6 A; 3OY9 A; 3M9Q A; 1D1C A; 5GAM d; 2MIO A; 3MET A; 3M5A A; 2L2P A; 2RD1 A; 2EQU A; 3MEW A; 4D8K A; 2KRM A; 1GCQ A; 4IUQ A; 3CME Q; 1NEB A; 4ATO A; 3REB B; 3S6W A; 1M90 R; 3JCM h; 5D6W A; 3JB9 F; 4UC4 A; 3CD6 T; 5FWB A; 4M7D D; 1BIB A; 2DEU A; 4HVW A; 4F7U E; 1SKU B; 4B9W A; 3L2V A; 1VQ8 A; 1GFC A; 2E70 A; 3S3O A; 4NL3 A; 2VB6 A; 4BB7 A; 2JVV A; 3R6O A; 1KQ2 A; 4L6V 5; 3CCL T; 3IQL A; 3BDL A; 1OI1 A; 4XAX B; 2J6O A; 4R0K A; 1I1J A; 2E3I A; 3RMQ A; 3EG9 B; 1B34 B; 2LDM A; 2D0N A; 1YJN Q; 3LGL A; 1PKS A; 5GAN 7; 4MZP A; 1MHN A; 2DTI A; 3MEV A; 3H41 A; 3PE0 A; 4OB1 B; 5GAM e; 4C0D C; 2VGM A; 3PTA A; 4EMK C; 3VS5 A; 2EIF A; 3FLG A; 3CCM T; 3TSW A; 1YJ9 A; 3V7C A; 4R55 A; 4ZN1 A; 2KY9 A; 4IUV A; 3L1A A; 3UAT A; 2DBK A; 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2RQT A; 3OYY A; 2YDL A; 2DVJ A; 1BKB A; 4OGC A; 4CC7 A; 4X9D A; 2CP7 A; 5FU6 C; 1NPR A; 3HRU A; 2O9V A; 5GAO q; 3P8D A; 4C8Q C; 2F5T X; 1YJW A; 1PM3 A; 4FSS A; 5CKD A; 4EDU A; 1YCY A; 2HD0 A; 2LT1 A; 1Y07 A; 1G83 A; 1H3H A; 3RKW A; 2EQI A; 3PMI A; 4L5G A; 4OMN A; 2QQB A; 4M75 E; 3G4S T; 2EBP A; 1QCF A; 3QHS A; 3WVD B; 5EC7 A; 1E6H A; 2LJ0 A; 2OTL Q; 1IO6 A; 4J6Y A; 2NLU A; 3E9F A; 5J26 A; 3P8H A; 1M1K R; 4FT2 A; 2PUK B; 2VXF A; 3VS1 A; 4JJC A; 1S1N A; 3INZ A; 3CME A; 2HZY A; 4A54 A; 2YRC A; 4E47 A; 2K9G A; 6AT1 B; 3SHW A; 1SRL A; 3CPW S; 5LJ5 h; 2RHU A; 2CSI A; 1UGV A; 3M4G A; 1GCQ C; 2A7Y A; 1X27 A; 4J9H A; 4AFQ C; 4RMO A; 3SD4 A; 2RMO A; 1JJ2 S; 3C12 A; 4PJM A; 3RUX A; 2EYZ A; 4QVC A; 2V8K A; 4N4I A; 2RPN A; 2JM9 A; 4HCC A; 2K3B A; 3UA7 A; 1N8R U; 2ZAE A; 1TXQ A; 1YJN A; 5HKC A; 4RTZ A; 3JCM J; 2DPP B; 4BUG A; 3X26 B; 4JJD A; 3UPU A; 3BY7 A; 2HL5 C; 5A0L A; 3OA6 A; 2DL3 A; 1YJW T; 1YIT Q; 1U1S A; 1PWT A; 2R5M A; 3QXE B; 1I4K 1; 4OMM A; 1YN8 A; 3PFS A; 1O75 A; 3V7R A; 4M7A E; 1RLQ C; 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