The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
19
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sequence length |
95
|
structure length |
95
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Chain Sequence |
PSSNGPLEGTRGKLKNKPRDRGTSPPQRAVEEFDDGEKVHLKIDPSVPNGRFHPRFDGQTGTVEGKQGDAYKVDIVDGGKEKTIIVTAAHLRRQE
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structures of deacylated tRNA mimics bound to the E site of the large ribosomal subunit
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
23S ribosomal rna
|
| molecule tags |
Ribosome
|
| total genus |
19
|
| structure length |
95
|
| sequence length |
95
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2003-08-27 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | Ribosomal protein L21 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1VQK Q; 1VQ4 Q; 1VQ8 Q; 1QVG P; 3CCR Q; 1YI2 Q; 3CC7 Q; 1K73 R; 1Q82 R; 1VQO Q; 3CCL Q; 3I55 Q; 1Q81 R; 3CME Q; 2QEX Q; 3CMA Q; 1KC8 R; 1VQ5 Q; 1VQ7 Q; 1VQ9 Q; 1JJ2 P; 3CXC P; 3CCJ Q; 1VQM Q; 1M90 R; 2QA4 Q; 1NJI R; 3CD6 Q; 1YHQ Q; 1QVF P; 3CC2 Q; 2OTJ Q; 3CCM Q; 3G4S Q; 3CCS Q; 1KD1 R; 1W2B P; 2OTL Q; 1VQP Q; 1VQN Q; 1M1K R; 1KQS P; 3CCV Q; 3CPW P; 1N8R R; 3G6E Q; 1VQL Q; 3CCU Q; 1YJW Q; 1S72 Q; 1YJ9 Q; 3CCQ Q; 1K8A R; 1K9M R; 3OW2 P; 3I56 Q; 1YJN Q; 1Q7Y R; 1Q86 R; 3CC4 Q; 3G71 Q; 1YIT Q; 1YIJ Q; 3CCE Q; 1VQ6 Q; #chains in the Genus database with same CATH topology 3OMC A; 2XD0 A; 1OU9 A; 2DO3 A; 1YIT A; 3CME Q; 3I9Q A; 1VQ8 A; 2FL7 A; 4L5G A; 2FPF A; 3CXC P; 1TTH B; 2I2L A; 4M7A G; 2DBK A; 4PJO E; 2P84 A; 4X1V A; 4QW2 A; 4ANJ A; 2J05 A; 3VV0 A; 4C92 F; 3GF5 A; 1K8A R; 1TG0 A; 3VS3 A; 1N27 A; 4DBF A; 2RF0 A; 2QGF B; 2KRS A; 3L2V A; 2EJF A; 4XTZ A; 1X27 A; 3O8V A; 2QA4 Q; 5I2S A; 2KK4 A; 5IN1 A; 5LJ5 g; 4J8O A; 1W2B P; 1VQN Q; 3MKD A; 3H9N A; 4XU1 A; 4EMK C; 2OTJ T; 2VV5 A; 4RCB A; 2ENM A; 3OY9 A; 2DXT A; 3G71 Q; 4M78 D; 4BDY A; 1G3T A; 4M77 D; 4LDX A; 4LDU A; 2OJ2 A; 1ABO A; 4KUL A; 4KGV B; 1NJI R; 2EYX A; 4KUD K; 2CH4 W; 3OYN A; 2QDL A; 4M7A C; 5ECA A; 2QG9 B; 2RHI A; 3OYI A; 1QVG S; 4F14 A; 4ELZ C; 4XTV A; 3CXC A; 4J9E A; 1B34 B; 2BE9 B; 2L3R A; 1Y07 A; 3I5R A; 3JCM J; 3E9G A; 2NUT A; 3EH2 A; 3RKY A; 1KSW A; 4JS4 A; 3VRY A; 1D1A A; 2CDT A; 8ATC B; 2RHZ A; 3CME T; 1FMV A; 3GP8 A; 2V8K A; 1QVF P; 2H3J A; 3JV3 A; 1BKB A; 4IKF A; 5IHK A; 2JTM A; 2EJ9 A; 4AG2 C; 2OTL T; 1G83 A; 1H3Z A; 4N0A A; 3JCM b; 2YUQ A; 4QVC A; 1R8O B; 2FB7 A; 2LQN A; 2GF7 A; 3L2W A; 2RN8 A; 3EFO B; 2JNG A; 1W2B A; 1KQS S; 1MMA A; 2G3R A; 3LH0 A; 2RNA A; 2QA4 T; 3X26 B; 1X01 A; 1UTI A; 5FRM A; 2JW4 A; 3CCQ Q; 2QGG A; 2YRC A; 4DEY A; 2X9H A; 1KD1 C; 2D8H A; 5GMK l; 2AKL A; 5HK3 A; 3CCR Q; 5LJ5 f; 2A0F B; 4M7D E; 1OI1 A; 3CCL Q; 5GAM d; 1WX6 A; 4RTY A; 1MMG A; 1LOJ A; 1VQ7 A; 2YDL A; 1PRM C; 4JZ4 A; 2ZPE B; 1B3Q A; 1NG2 A; 2X51 A; 2DER A; 2M1H A; 1NZ9 A; 4DOV A; 2XK0 A; 3ASK A; 5L23 A; 5GAM j; 2DFU A; 2IG0 A; 1WZO A; 4MDX A; 2LRQ A; 4Y92 A; 5GAN d; 5D6Y A; 4M77 A; 2DE0 X; 1QVF A; 2QTX A; 2HMA A; 4RKU E; 1VQ9 A; 3UT1 A; 1I81 A; 4M75 D; 3QII A; 1OYX A; 1YCY A; 3TEE A; 1UGR B; 3ME9 A; 4Q5W A; 5GAO r; 5GAN j; 1PWT A; 2JT4 A; 1YJN Q; 3NTK A; 5HY6 A; 5CIU A; 1Q86 R; 4NL3 A; 4R56 A; 3OYE A; 2H8H A; 1TUG B; 4BE1 A; 4N4H A; 1Q7Y C; 3CMA Q; 1Y96 B; 1IXD A; 2K5I A; 3HPW A; 3X28 B; 4FCY A; 5CKD A; 3M0P A; 1FMW A; 2SEM A; 3Q1J A; 2GQI A; 1WHJ A; 2M0O A; 4QQ6 A; 1IGU A; 1ARK A; 3EGD B; 2DA9 A; 3C0C A; 4L6V 5; 1I07 A; 2FRW A; 4DBH A; 2AKK A; 4M77 F; 3CCR T; 3CCJ Q; 4C8Q B; 2XIC A; 4OMM A; 4EIK A; 4X9D A; 3JB9 F; 3SWN B; 4A4F A; 4XK8 E; 3C94 A; 4FU6 A; 1WXU A; 5KYN A; 2HSP A; 1IGQ A; 2WSE E; 3MEW A; 3GNF B; 2I0N A; 2RQW A; 3L2Q A; 5KYU B; 1B7T A; 4GBQ A; 2FZK B; 2QAZ A; 5DM7 R; 3CPW S; 2NUZ A; 1MHN A; 5FU7 C; 4HT8 A; 2VB6 A; 1AZE A; 1JO8 A; 2DTH A; 5FU6 B; 4C92 E; 3OA6 A; 2LCL A; 1WXB A; 3PFS A; 4HCZ A; 3M0U A; 3JCM c; 4C8Q G; 4HCB A; 2DZ9 A; 2ED0 A; 2E65 A; 1SRL A; 2DBM A; 4J9I A; 3MP6 A; 2DF6 A; 3CMA T; 3CQT A; 3VU3 C; 4A63 B; 4M75 A; 2VKN A; 4RMO A; 1QCO A; 1G2B A; 2EYZ A; 2NLU A; 4J9B A; 4ORZ A; 2LNH B; 4J7I A; 3I56 A; 2K5F A; 3BW1 A; 3VRZ A; 5GAM f; 1X43 A; 2CSI A; 1HD3 A; 2CZ1 B; 2MK5 A; 3CCJ T; 2DTI A; 3ULR B; 2J6O A; 2RI2 A; 4JJC A; 4BUG A; 1OOT A; 1VQL Q; 2ROT A; 5KYY B; 2DIQ A; 2VYT A; 4BE0 A; 1G5V A; 1VQP T; 3M53 A; 2BZ8 A; 2W10 A; 4MZP A; 5GAN f; 2DMO A; 5CK9 A; 4AMC A; 3RES A; 4C8Q C; 2IVW A; 1M4Z A; 2LMJ A; 3SWN C; 2QEX A; 2R5A A; 3QYH B; 4M75 F; 5KYX B; 1VYV A; 5KYW B; 2A3L A; 4ZNX A; 3CCS A; 8AT1 B; 3HL8 A; 2MI6 A; 2DXC A; 1ZBJ A; 1M1G A; 1P92 A; 1Q82 U; 3A8L B; 4FSX A; 3M0Q A; 3QZ5 B; 4HVU A; 3FC3 A; 4J9D A; 2KXD A; 3HRS A; 1VQ4 T; 1WQ7 A; 4JDS A; 3NPF A; 3REA B; 5GMK i; 3TQ7 P; 1MND A; 1GL5 A; 2JTE A; 1UGV A; 5FU6 C; 2KR3 A; 2A08 A; 4A4K A; 2ROL A; 2M0Y A; 1PRL C; 1K8A U; 2WSC E; 2DYI A; 3L2Z A; 3CCM T; 2DJZ A; 2MWO A; 3RNJ A; 3KXT A; 3OS0 A; 4BI4 A; 1N8R C; 1YBY A; 2C06 A; 2K7A A; 2LNV A; 1JJ2 P; 4KH0 B; 4RCC A; 2RJD A; 1SHG A; 1Z9Q A; 2V8I A; 1Q81 C; 2K5L A; 2XDD A; 4JLI A; 1M1F A; 3DKM A; 2HBW A; 2E4H A; 5IXB A; 1WJR A; 3HFO A; 1TXQ A; 5DLQ E; 2DTO A; 3SD4 A; 1VIE A; 2KVQ G; 1K73 R; 1VQO Q; 4X34 A; 2DAQ A; 1NJI U; 3BDU A; 2L3Q A; 1HSQ A; 3TCJ A; 4O6J A; 4JRQ A; 2RPN A; 1ZSZ A; 2ZZD A; 3DLM A; 5CR2 A; 1SG5 A; 4LD6 A; 4ELY C; 2FG0 A; 2VAS A; 5LJ3 d; 2FO0 A; 2QTV A; 1VA7 A; 2QK0 A; 2ZGW A; 2CH4 A; 1YJ9 T; 2LVM A; 4QVZ A; 4HCK A; 1IO6 A; 4FL6 A; 1YI2 T; 1GCQ C; 2QQB A; 4PL6 A; 2E10 A; 1N9R A; 4A4H A; 4A53 A; 5A0L A; 5LJ3 j; 4R0K A; 1MMD A; 3VKI A; 3BFM A; 4PJO C; 2K9G A; 4KRT A; 1Q95 G; 4QQD A; 4F16 A; 2CYZ B; 2MWP A; 3QXE B; 1YIJ Q; 4M78 E; 1JJ2 A; 2DEQ A; 1NE8 A; 2E5Q A; 2DD5 A; 5GAN 2; 2EQU A; 4M77 E; 2LCC A; 2HDA A; 1D3B B; 1C6V X; 1OV3 A; 1EZZ B; 3SHW A; 4EMK A; 2XDP A; 1RAA B; 1X69 A; 2JXB A; 4NL2 A; 3CCV Q; 3OBW A; 4RTU A; 4CC7 A; 1O9S A; 1G3S A; 2OI3 A; 4DQ2 A; 3UF4 A; 2WSF E; 4E7I A; 1T3S A; 4XU3 A; 4B6M A; 3G4S A; 3OYL A; 3G7Z A; 1M1K C; 5FRN A; 1VQ6 Q; 1WA7 A; 3EH1 A; 1D0Z A; 2ZPF B; 4FYY B; 5D6X A; 3MCA B; 1SSH A; 4HVW A; 1UFF A; 5C0M A; 4JS5 A; 5IXF A; 4XU2 A; 2Y4Y A; 2GNC A; 2M51 A; 3THK A; 2YWW A; 5GAO q; 4IUP A; 5GAM h; 1CKB A; 4F7U B; 3LWH A; 1OX9 A; 4JJN K; 5HKC A; 2COZ A; 2DYB A; 4EMH A; 3CPF A; 1G8X A; 3CXC S; 1A0N B; 4OB1 B; 2K4Y A; 4FT2 A; 4BD3 A; 3AT1 B; 4LDW A; 3JCM W; 3I55 Q; 2XID A; 1VQ5 Q; 2DVJ A; 4ESR A; 4C0D C; 1K76 A; 1RI0 A; 1D1C A; 1S1N A; 3H6Z A; 1WGS A; 1LNX A; 2EYW A; 2RHY A; 5GAN h; 1RAC B; 1M8V A; 4AFZ C; 2OAU A; 1M90 C; 4Z8A A; 2AHJ B; 1AZG B; 3QZ9 B; 1YN8 A; 4Z88 A; 5GAM e; 3ZEH A; 3CC4 T; 3M59 A; 4X9C A; 4F7U G; 1M90 R; 3BDL A; 2KE9 A; 2LX7 A; 1RAB B; 2QQS A; 5J3B A; 2CP2 A; 2DL8 A; 1Q7Y U; 1YJW Q; 1U06 A; 2KBT A; 5GAN e; 1BCO A; 2ZPI B; 1S72 T; 2DL4 A; 2V1Q A; 1HYO A; 1Q82 R; 2KI7 A; 3H0H A; 4UC4 A; 4M7D C; 2YSQ A; 5IAY A; 2A28 A; 4M75 E; 1R0C B; 3E9F A; 3HFN A; 3CEY A; 3FJP A; 1YHQ T; 5LJ3 f; 2NUP A; 1M3A A; 2D9T A; 3G6E T; 4JRP A; 3JCM h; 3EG2 A; 1TH7 A; 3VS0 A; 1K9M C; 4C92 B; 3H8Z A; 4ZN3 A; 1QVF S; 1MV3 A; 3OS1 A; 3QPH A; 4OMF B; 4EMG A; 3VS6 A; 1JEG A; 1RLP C; 3MP1 A; 1VQ5 T; 2DVE A; 3G4S Q; 2QDY B; 2LQK A; 2K3B A; 2LQW A; 2CZ7 B; 4DA4 A; 2YXY A; 5CQY A; 3CCU A; 2YT6 A; 2QQA A; 2EAY A; 3INZ A; 2EW3 A; 3WXM B; 2AIR B; 5GAO m; 3QYG B; 3JCM e; 1SKU B; 3LGL A; 2EYQ A; 2XG8 D; 3OYK A; 1ABQ A; 3JB9 D; 1PKT A; 5GMK j; 4OGC A; 3VUB A; 3WVE B; 4C92 G; 2F2X A; 2KEA A; 1YJW T; 4XTX A; 1WQW A; 2RM4 A; 2L8D A; 2F69 A; 4WCI A; 2P0P A; 3HP9 A; 4FIB A; 3LWI A; 1VQK A; 1U8R A; 3PVQ A; 2D8J A; 4HXJ A; 3CD6 Q; 2VVK A; 3H41 A; 2PNI A; 1T0J A; 1KC8 C; 2ECZ A; 1ACM B; 1WHK A; 5I22 A; 2NWM A; 3M55 A; 2RH2 A; 1TU0 B; 2JM8 A; 3FDR A; 3SDZ A; 3CCE Q; 3HRT A; 2QQ9 A; 2B86 A; 2FVU A; 1U3O A; 2LZ6 B; 1VYU A; 1PCX A; 2KMT A; 4HVV A; 1JXM A; 2BE7 D; 3LLR A; 5CKB A; 1NEG A; 4BI8 B; 1VQP A; 3JAM E; 1VQN T; 1BI2 A; 2ZAE A; 1V29 B; 4C92 C; 2RO0 A; 1YIT Q; 3U23 A; 1VQ8 Q; 2CZ0 B; 3EGX B; 3JCM V; 4A54 A; 2EKH A; 3G71 T; 2YUN A; 3HRU A; 1OUL A; 2CT4 A; 1IHV A; 2J6F A; 4RG2 A; 4HKE A; 2L0A A; 2NUT B; 1KD1 R; 1AWO A; 3GNG A; 4E7K A; 4OB2 B; 5CAI A; 4HA8 A; 5I21 A; 2K2V A; 1WLP B; 2LX9 A; 3VUZ A; 2O31 A; 1M8M A; 2ZPH B; 1QVG P; 3D7S B; 1QWF A; 3FJ5 A; 2R5M A; 2YUP A; 1AD5 A; 3F70 A; 2CS7 A; 4F7U E; 2DXB A; 2ZPG B; 1NLO C; 3ZBD A; 3A8H B; 2K57 A; 2X3X D; 3EG0 A; 3CCM A; 2HD0 A; 4C0Z A; 2DEU A; 1X6O A; 3MEA A; 4C8Q A; 2E6Z A; 4J5Y A; 4IUT A; 3SWN A; 1K73 U; 4II1 A; 3L1A A; 3OSS C; 3A8M B; 1PD1 A; 3V7S A; 4D6W A; 2K6D A; 3VS5 A; 3OYF A; 1IZ6 A; 3M56 A; 4PJN A; 2BUD A; 2LT4 A; 3RKW A; 1ZA1 B; 1M2V B; 2KYB A; 4PLI A; 1D1B A; 4PFZ A; 1Q7Y R; 4J9C A; 1SF9 A; 3CCQ T; 2JVV A; 2MMP A; 4RTX A; 1EX4 A; 1R77 A; 4A4G A; 3NTI A; 1W4S A; 1MMN A; 1AWW A; 5LJ3 h; 2R58 A; 1HJD A; 3CCL T; 1CKA A; 3PMI A; 4M78 B; 1W70 A; 4MDW A; 2DXU A; 1AEY A; 1OQK A; 3FRN A; 4M77 B; 2DM1 A; 1AHJ B; 4OMQ A; 3CC2 A; 2MF2 A; 1QVG A; 2P0K A; 1ZBX A; 1UUE A; 1FX7 A; 1NM7 A; 3G1J A; 3JCM P; 4C8Q F; 4JLG A; 2YRV A; 2PVG B; 1WHH A; 2P0Q A; 2YLC A; 2RHU A; 5GAN 6; 4E47 A; 4J6W A; 2HL5 C; 3OYA A; 5C6S A; 4OGE A; 2RI3 A; 1VQM A; 2D0N A; 4DOW A; 1TWB A; 2GBQ A; 5LJ3 e; 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2JOY A; 3JB9 I; 3QJY A; 3P8D A; 3OYM A; 3REB B; 4M75 G; 2EIF A; 4PFO A; 2E12 A; 1E6H A; 1YHQ A; 1N8R R; 2JJ9 A; 4RTW A; 3P8H A; 1FWZ A; 1W1F A; 2OAW A; 4PK4 A; 1ZUK A; 2PUO B; 1VQL T; 5GAN 8; 1KIK A; 4FYV B; 2CP3 A; 2DL5 A; 1QCN A; 3O5Z A; 1Q81 R; 2DNU A; 5KH6 A; 3I35 A; 1OPK A; 2O88 A; 2EVR A; 2ESW A; 2RJE A; 2Y90 A; 3CBP A; 1IHW A; 4K11 A; 2OTJ A; 1YCS B; 2HZY A; 4RTT A; 3I56 Q; 2GTJ A; 3FB9 A; 3TVT A; 3C12 A; 1TOV A; 3P8B B; 2EJG A; 2QQR A; 4OF1 A; 4ZGD B; 1TUD A; 4M7D A; 2E3H A; 2K79 A; 1PG5 B; 4CC3 A; 2VWF A; 2HKN A; 1QW1 A; 1UHF A; 1WYX A; 3MJX A; 2M16 A; 5A0D A; 1BB9 A; 4M75 C; 3PE0 A; 4CRI A; 2A7Y A; 1D09 B; 4LDV A; 1LPL A; 1B07 A; 5LL6 S; 1M30 A; 1Y0M A; 4HT9 A; 2KGT A; 4O5V A; 3KFV A; 2QEX Q; 3URG A; 5GAN 4; 3PVL A; 5GAO p; 3CME A; 3ER0 A; 4IIM A; 2D6F A; 4E7J A; 1YP5 A; 2F5T X; 3PNW C; 2DPP B; 1TS9 A; 3CCS Q; 2KT1 A; 2DIL A; 2OTL A; 1KJW A; 3UA7 A; 1GBR A; 2HKQ B; 1GFD A; 4AFU C; 4LE9 A; 1VIF A; 4E2F B; 3UDC A; 4M7D F; 3OMG A; 2V8J A; 2C0O A; 4M7A A; 2DL3 A; 3OYG A; 1VQO T; 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