The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
5
|
sequence length |
60
|
structure length |
60
|
Chain Sequence |
TGEEYIAVGDFTAQQVGDLTFKKGEILLVIEKKPDGWWIAKDAKGNEGLVPRTYLEPYSE
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Solution NMR structure of the SH3 domain of human nephrocystin and analysis of a mutation-causing juvenile nephronophthisis.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Nephrocystin 1
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| molecule tags |
Cell adhesion
|
| source organism |
Homo sapiens
|
| total genus |
5
|
| structure length |
60
|
| sequence length |
60
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2004-01-07 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00018 | SH3_1 | SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2A28 A; 2DVJ A; 2DLP A; 2K6D A; 1WXT A; 4OMN A; 2B86 A; 2EGC A; 1BK2 A; 1FMK A; 1SSH A; 1PRM C; 2LQW A; 1WX6 A; 1XOV A; 2ENM A; 1SHG A; 1U06 A; 4HVV A; 4J9H A; 4JJD A; 2ESW A; 2JM9 A; 4RTU A; 2EPD A; 2PTK A; 3THK A; 2D8J A; 2EYX A; 1RUW A; 2JS2 A; 2DL7 A; 4RUG A; 1AZE A; 1E6G A; 1AD5 A; 2HCK A; 1PKS A; 4A63 B; 2ABL A; 1WA7 A; 2L3P A; 1SPK A; 2BZY A; 2K9G A; 1YN8 A; 4J9D A; 1GBR A; 1HSQ A; 3VS7 A; 2QDL A; 2VVK A; 1T0H A; 1QWF A; 2I0N A; 1WXB A; 3IQL A; 2LP5 A; 3U23 A; 2FO0 A; 2RQV A; 2GNC A; 3I35 A; 2DYB A; 4J9F A; 2EBP A; 4Z89 A; 2F2X A; 2VKN A; 3M0U A; 2EGE A; 2FPF A; 1T0J A; 1ZX6 A; 1QCF A; 3VRY A; 4HVU A; 1B3Q A; 1MUZ A; 2HEQ A; 3JV3 A; 3NHN A; 2RN8 A; 1YWP A; 2LNH B; 3EG3 A; 1RLP C; 1U5S A; 2KT1 A; 5I22 A; 2KRM A; 1LCK A; 2M51 A; 5GJW B; 2DBK A; 1JXM A; 2EVR A; 2RNA A; 1GFC A; 1RI9 A; 1JO8 A; 1ABQ A; 2NUZ A; 2SRC A; 4LUE A; 2DMO A; 1QKX A; 1M30 A; 1Y57 A; 3M0T A; 1B07 A; 3UA6 A; 2YT6 A; 2MOX A; 2NWM A; 2F2V A; 1W70 A; 2GGR A; 2BZ8 A; 1V1C A; 1BB9 A; 3O5Z A; 4Z8A A; 1T3L A; 4R0K A; 5IXB A; 2KT8 A; 1FYN A; 2JW4 A; 4Z88 A; 3LH5 A; 3PVQ A; 2J7I A; 2X3X D; 2AZV A; 1JEG A; 2L3Q A; 2RQR A; 1ZLM A; 1ZUK A; 1I07 A; 5IHK A; 1NLO C; 1ZBJ A; 1UFF A; 2LJ1 A; 3EHR A; 4IIM A; 2BZX A; 1ZSG A; 1OV3 A; 2A37 A; 2DL4 A; 2EYW A; 1VA7 A; 2LZ6 B; 1UG1 A; 4HXJ A; 3ZL7 C; 3H41 A; 3QWY A; 4LNP A; 1JQQ A; 4D8K A; 1G2B A; 2O9S A; 4F16 A; 3A98 A; 4Y92 A; 3EGU A; 1SRL A; 2CSI A; 4OMO A; 2AZS A; 4RTZ A; 1G83 A; 2D1X A; 1UHF A; 1AWO A; 2MCN A; 1W1F A; 2EW3 A; 2F2W A; 1WYX A; 2CRE A; 5FWB A; 4KRT A; 1ZUY A; 1SEM A; 1ARK A; 3I5S A; 1WI7 A; 5IHI A; 2C0T A; 2KYM A; 2JS0 A; 5EC7 A; 2HDA A; 1CKA A; 2L3S A; 2LCS A; 2O88 A; 2RF0 A; 1UEC A; 4EIK A; 2SEM A; 4AFQ C; 2G6F X; 2FEI A; 2KEA A; 2PNI A; 1K1Z A; 2KRO A; 1BBZ A; 3TSZ A; 1M3B A; 1CKB A; 2ROL A; 2JT4 A; 1I0C A; 2L0A A; 5FW9 A; 2LJ3 A; 3M0P A; 2KRN A; 1OPK A; 3I9Q A; 5ECA A; 4D8D A; 2YDL A; 4X1V A; 1GCP A; 2DF6 A; 2KRS A; 3TVT A; 1UJ0 A; 1GCQ C; 1GL5 A; 3EG1 A; 1E7O A; 3M0R A; 3PVL A; 4OML A; 4AFS C; 5GJV B; 1PWT A; 1GRI A; 1VYU A; 3M0Q A; 4WCI A; 1X6G A; 4CC4 B; 1WFW A; 2JXB A; 1BU1 A; 2JMA A; 2LMJ A; 4K11 A; 4LN2 A; 1PHT A; 4GBQ A; 1NM7 A; 4JJB A; 2BTT A; 1I1J A; 1AEY A; 1CSK A; 1OOT A; 1KIK A; 1EFN A; 2CDT A; 2C0O A; 1UHC A; 3I5R A; 1HD3 A; 1YCS B; 2YUO A; 1ZUU A; 3VS5 A; 1PNJ A; 1AWJ A; 2IIM A; 3M0S A; 2EYY A; 4J9E A; 1X2K A; 1UE9 A; 1QWE A; 2CH4 A; 2GTO A; 2KYB A; 2KXD A; 4RTV A; 3VS0 A; 2GBQ A; 1GBQ A; 4F17 A; 2J6K A; 2YSQ A; 1AWW A; 3NPF A; 2J6O A; 1QLY A; 2FRW A; 4GLM A; 1KSW A; 2DL5 A; 2K79 A; 4DEX A; 2ROT A; 2J05 A; 4ESR A; 1Y0M A; 5I11 A; 1WXU A; 2KBT A; 5HCK A; 1QKW A; 2RQT A; 1M8M A; 1OEB A; 1NEB A; 1UGV A; 3H0I A; 3UF4 A; 2EQI A; 1U3O A; 3R6N A; 4OMP A; 2D8H A; 2EYZ A; 2A36 A; 4AG1 C; 1S1N A; 1JXO A; 1KJW A; 2YUQ A; 2CUD A; 2V1Q A; 3EG2 A; 1SRM A; 1TG0 A; 2K7A A; 1M3A A; 1JU5 C; 4JJC A; 2HBW A; 1OPL A; 4RTW A; 1WDX A; 4RTT A; 2D0N A; 1HJD A; 2XMF A; 2KGT A; 2M0Y A; 1YNZ A; 2JMC A; 2O9V A; 2DA9 A; 3VS4 A; 1WIE A; 4QT7 A; 4J9B A; 2C0I A; 1TUC A; 1MV0 B; 2GQI A; 2GTJ A; 4E6R A; 1AWX A; 1X69 A; 2FG0 A; 1MV3 A; 2OJ2 A; 2K2M A; 4F14 A; 1NEG A; 2LX7 A; 1UUE A; 3H0F A; 2V1R A; 3H0H A; 1K9A A; 4M4Z A; 2MIO A; 1KFZ A; 1UJY A; 2AKK A; 4J9I A; 3EHQ A; 5FWC A; 1H8K A; 2EGA A; 3VRZ A; 4JZ4 A; 2ECZ A; 2OI3 A; 3VS3 A; 2FPD A; 1H92 A; 2DM1 A; 2L2P A; 1NYG A; 2J06 A; 2RQU A; 2A08 A; 2O31 A; 2CT4 A; 3RNJ A; 2K3B A; 3NGP A; 2KXC A; 2LJ0 A; 1PKT A; 2FRY A; 4IIO A; 2X3W D; 3EG0 A; 2H8H A; 5L23 A; 2ED1 A; 3QWX X; 1NG2 A; 4AFU C; 1TUD A; 3REA B; 1K0X A; 3UAT A; 3UA7 A; 4LUD A; 4CC7 A; 1M3C A; 1E6H A; 2CUB A; 5IXF A; 4CC2 A; 2AK5 A; 1GCQ A; 4AFZ C; 1AOJ A; 2O2O A; 1M27 C; 2KE9 A; 2KR3 A; 3KFV A; 1AVZ C; 1Z9Z A; 5IHN A; 4OMM A; 2EKH A; 4HVW A; 2PZ1 A; 3FJ5 A; 2CH4 W; 1RLQ C; 1PRL C; 2W10 A; 1NLP C; 1YP5 A; 4J9C A; 2J6F A; 4JZ3 A; 4CC3 A; 1X2Q A; 2RQW A; 2DBM A; 1K76 A; 1NYF A; 2RMO A; 1IO6 A; 4ZNX A; 2YUP A; 2JTE A; 2JM8 A; 3C0C A; 2VWF A; 2KNB B; 1Z9Q A; 2CSQ A; 4HCK A; 5IH2 A; 1YWO A; 2DL8 A; 3VS2 A; 1UTI A; 2DE0 X; 2FPE A; 1K0S A; 1VYV A; 2P4R A; 4LE9 A; 2HSP A; 1J3T A; 3GBQ A; 4AG2 C; 1AZG B; 3CQT A; 4OMQ A; 2DRK A; 2DJQ A; 2ED0 A; 2W0Z A; 1T3S A; 3VS6 A; 3ULR B; 3VS1 A; 2DIL A; 1A0N B; 1H3H A; 1SHF A; 2DNU A; 2LQN A; 1UDL A; 3PE0 A; 3SHW A; 1GFD A; 1K4U S; 1VYT A; 3RBB B; 1N5Z A; 3NMZ C; 1ABO A; 1X6B A; 2CT3 A; 2AKL A; 2DL3 A; 4RTY A; 4DEY A; 1X27 A; 1X43 A; 2YUN A; 4J9G A; 4RTX A; 4JPB W; 2RPN A; 3TSW A; 2DRM A; 3REB B; 1WLP B; 4ORZ A; 2DX1 A; 3SEM A; 4FSS A; 2E5K A; 1W6X A; 2OAW A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1WXT A; 2VB6 A; 3P8H A; 1Y71 A; 5A0D A; 4EMK C; 4M7A D; 2VGM A; 2LQW A; 1PRM C; 5IN1 A; 2E3I A; 2ENM A; 1VQ5 T; 2HAX A; 1LOJ A; 1SHG A; 1O75 A; 1QVP A; 1U06 A; 4M7D G; 3EFR A; 3MP6 A; 4IKF A; 1G5V A; 2JTF A; 2EPD A; 2PTK A; 3G71 Q; 2D8J A; 4C0Z A; 2DL7 A; 3PMI A; 1AZE A; 4XU3 A; 3A8M B; 3HL8 A; 2YRC A; 1E6G A; 2JUF A; 1AD5 A; 1WA7 A; 3OYE A; 2QTX A; 2NLU A; 1RAE B; 2L3P A; 2M0O A; 3X28 B; 1SKU B; 2BZY A; 2K9G A; 4J9D A; 5KYW A; 1OU8 A; 3CXC S; 5CCA A; 1T0H A; 2I0N A; 4A53 A; 3GOX A; 5FU7 C; 2RQV A; 2GNC A; 1TU0 B; 4IUU A; 3CCE Q; 2XKO C; 2DZ9 A; 4C5H A; 3CCR T; 4ZGD B; 2XG8 D; 4J6X A; 2CZ0 B; 3BDL A; 1N8R R; 3E2U A; 2EGE A; 2QA4 Q; 2FPF A; 2QAS A; 4M7D A; 2GQV A; 1B3Q A; 2RN8 A; 1RLP C; 5AT1 B; 1G3Y A; 2EJ9 A; 4RMO A; 1U5S A; 5I22 A; 3JCM f; 1ACM B; 4XAX B; 2RNA A; 1GFC A; 1VQ6 Q; 1JO8 A; 1ABQ A; 2KQW A; 2DMO A; 1QKX A; 3CCU T; 5GAM f; 1G3W A; 2YT6 A; 1RAA B; 5CKD A; 1KD1 U; 5IT9 E; 5GMK e; 3CD6 Q; 2VC8 A; 3CCJ A; 2VYT A; 2FZC B; 3RIR A; 2YLB A; 1BB9 A; 5IXB A; 1YHQ A; 3QJ6 A; 2JW4 A; 3AHU A; 3H6Z A; 3LH5 A; 2KAF A; 4C8Q B; 2OTJ A; 1KC8 U; 3FEO A; 1H64 1; 1R0B G; 5CKH A; 4M78 F; 3M9Q A; 5IHK A; 2X4X A; 1ZBJ A; 1VQ7 Q; 2LJ1 A; 2OTL A; 4IIM A; 5KYX B; 2BZX A; 3CCV T; 1OV3 A; 2A37 A; 2DL4 A; 4M77 D; 1UG1 A; 4HXJ A; 4PJL A; 2LVM A; 3V7R A; 3F70 A; 1D0X A; 3V8K A; 1KD1 C; 2EQM A; 5HY6 A; 3I55 Q; 2KK4 A; 3EGU A; 1I5O B; 1M1K U; 2AZS A; 4O5V A; 2XI9 A; 1AWO A; 5KH6 A; 4C8Q G; 2QGG A; 5FWB A; 1YJW A; 1SEM A; 1ARK A; 2P0Q A; 2HKN A; 5GAN h; 3SDZ A; 1Q81 U; 5EC7 A; 1CKA A; 1KC8 C; 2QEX T; 4EIK A; 3H8Z A; 4AFQ C; 3JB9 J; 2PNI A; 1FMW A; 1K1Z A; 3CXC A; 1GXI E; 1CKB A; 2ZPG B; 4ME7 A; 3M0P A; 5ECA A; 4D8D A; 3CMA A; 4PK4 A; 2LQ8 A; 2YRD A; 4XK8 E; 3MP8 A; 1M1K C; 3JCM P; 1W2B S; 3A8L B; 1V76 A; 4Y28 E; 1WHG A; 3EGX B; 2FL7 A; 5C0M A; 4IUR A; 4K11 A; 1YJ9 Q; 4A4F A; 1VQ9 Q; 2BTT A; 1I1J A; 3HRT A; 1Q81 C; 4C8Q A; 1OOT A; 1EFN A; 3CCM Q; 3CCQ T; 1HD3 A; 4FT2 A; 5GAN g; 5KYX A; 3GF5 A; 1MMD A; 2XHC A; 3QHS A; 1NJI R; 1AT1 B; 3HFO A; 3FRN A; 3VS0 A; 3OS0 A; 2BUD A; 2VXF A; 1AWW A; 3D7S B; 4A4K A; 3CCL A; 3NPF A; 1VUB A; 3EGD A; 3MKD A; 2FRW A; 4GLM A; 2XID A; 4KUI A; 2ROT A; 4ESR A; 1XTD A; 2WSC E; 2RK1 A; 4FT4 A; 1D0Y A; 1QKW A; 1M8M A; 1D1C A; 3WXM B; 4PLI A; 5GAO q; 3NTK A; 3R6N A; 4OB1 B; 4L59 A; 5CVI A; 1Y07 A; 1YIJ Q; 1KJW A; 1FWZ A; 2XU8 A; 1PG5 B; 1TG0 A; 1M3A A; 3P8D A; 3URG A; 2WSE E; 2HBW A; 3L2Z A; 4M7D E; 2LTO A; 1NPP A; 2EWN A; 1HJD A; 1U8R A; 4OB0 B; 1WPY A; 5GAN j; 3SD4 A; 1VQL T; 4QKU A; 2O9V A; 2QTV A; 2DXU A; 3M4Y A; 1WIE A; 1Q86 U; 4J9B A; 4F7U A; 3M5A A; 3EGX A; 2EQJ A; 1IXD A; 1MV0 B; 4BE2 A; 3TU4 K; 3PIO A; 2GTJ A; 1AWX A; 2K2M A; 3VKI A; 2HKQ B; 4F14 A; 1VQN A; 1UUE A; 2V1R A; 2A0F B; 2EJF A; 4LD6 A; 1KFZ A; 1M4Z A; 3GP8 A; 4JUV A; 4N0A A; 3S3M A; 1UEB A; 3FB9 A; 3FLG A; 3CPF A; 3UWN A; 1OX8 A; 2A08 A; 2I2L A; 3KBG A; 1RI0 A; 1PKT A; 2P84 A; 4IIO A; 2X3W D; 4M7A B; 3JCM c; 3CCS A; 3X26 B; 5GAN d; 1OZ3 A; 1TUD A; 3REA B; 2LQK A; 1Q86 C; 2EKO A; 3UAT A; 1W2B A; 3UA7 A; 4LUD A; 1QCO A; 1E6H A; 1BCM A; 3RER A; 5LJ3 h; 4IUT A; 2HL3 A; 4M7D C; 1GCQ A; 4AFZ C; 4C0D B; 2QA4 T; 5IHN A; 4II1 A; 4MDW A; 2CH4 W; 3CC2 A; 2QAZ A; 2HQE A; 1TUG B; 4C8Q D; 1YP5 A; 4MZM A; 3S3N A; 4DQ2 A; 3CXC P; 4CC3 A; 1YJN A; 1YCY A; 3QYG B; 2F69 A; 2H3E B; 4EMG A; 2JM8 A; 3C12 A; 3CCU Q; 1VQ6 T; 2VWF A; 2QXF A; 5GAN 6; 2COY A; 1H3Z A; 2KNB B; 3PIP A; 4FL6 A; 4HCK A; 5IH2 A; 1K73 U; 1UTI A; 2DE0 X; 4N4H A; 1YI2 A; 2FPE A; 4LE9 A; 2EQK A; 2PUK B; 2KI7 A; 4VUB A; 5CKB A; 2YRV A; 3CBO A; 5LJ3 g; 2RD1 A; 4L5G A; 1SHF A; 2LQN A; 3PE0 A; 4M78 D; 4A4H A; 3QSU A; 3JCM b; 4E7K A; 2E6Z A; 3VV0 A; 2CP7 A; 1VQ5 A; 4XU1 A; 2DL3 A; 2F1L A; 3L2Q A; 4DEY A; 1VQ7 T; 2YUN A; 4M7A A; 4B9X A; 3RKW A; 1SG5 A; 3VUB A; 2DX1 A; 2HL5 C; 3SEM A; 1W6X A; 2A28 A; 2BE7 D; 2DLP A; 1K73 C; 1FMV A; 1WHK A; 6AT1 B; 4XTV A; 4EMH A; 4OMN A; 3I55 T; 2DZC A; 2EGC A; 2RI2 A; 1Q82 U; 1FMK A; 1SSH A; 4C92 E; 2AIR B; 2EAY A; 2DER A; 3RDV A; 2PUO B; 2RHZ A; 1WHJ A; 4PJJ A; 4V2S A; 2ESW A; 2K4Y A; 1MMN A; 2JM9 A; 4RTU A; 1R8O B; 1JB0 E; 2EYX A; 1RUW A; 2JS2 A; 2RHY A; 3CCR A; 1B34 B; 2R57 A; 1TH7 A; 4LXC A; 4M77 B; 3RES A; 5LJ3 j; 4ZTJ A; 2R5M A; 3P8B B; 4HCB A; 1GBR A; 2GFA A; 2VVK A; 1QWF A; 3GIB A; 5A0G A; 1SF9 A; 2LP5 A; 2BKD N; 3JCM Q; 2O4X B; 2F5T X; 2FO0 A; 1Q82 C; 3I35 A; 2DYB A; 4Z02 A; 2EBP A; 4PFO A; 1G3S A; 4MMK A; 1I5L A; 2BE9 B; 2DAQ A; 1YJ9 T; 2M9U A; 1YFN A; 4F7U E; 1VQ9 T; 2K5L A; 1BI1 A; 4FU6 A; 2ZPE B; 4XU0 A; 2NUT A; 4JS4 A; 5LJ3 e; 4M77 G; 1ZX6 A; 3RKY A; 1MUZ A; 3CCM T; 3OYL A; 4J6Y A; 3ZBD A; 4JRI A; 1IB8 A; 3J80 E; 2VUB A; 4FW1 A; 4PL6 A; 4C92 C; 4ZN1 A; 2KT1 A; 5LJ3 d; 4MZP A; 1LCK A; 3M58 A; 2PU9 B; 1JXM A; 2EVR A; 4NL3 A; 1RI9 A; 1X75 C; 3I56 A; 1BYM A; 4ATO A; 1W2B P; 3M0T A; 1B07 A; 3OYH A; 4X34 A; 3EAE A; 1OYX A; 3CCV A; 3BW1 A; 4JDS A; 2BZ8 A; 3JCM J; 1V1C A; 3DLL A; 1T3L A; 4R0K A; 3CME A; 2KT8 A; 4Z88 A; 3OYY A; 1VQK A; 1U1S A; 2HQH A; 3LH0 A; 1EIF A; 1EZZ B; 1B34 A; 4D6W A; 1Q7Y R; 3VUZ A; 1D09 B; 4RG2 A; 4E7I A; 4M77 A; 2L3Q A; 1YIJ T; 1D1B A; 2K5F A; 2JNG A; 3OA6 A; 4M75 B; 1XQH A; 2DJZ A; 1VQ4 Q; 5KYY A; 2EIF A; 3QXE B; 5CQY A; 2EYW A; 1VA7 A; 2Y90 A; 3H41 A; 2O4X A; 2QEX A; 1ZA2 B; 3QWY A; 2O01 E; 4LNP A; 2V8J A; 2ZPF B; 1JQQ A; 4A4E A; 4D8K A; 3V8L A; 1VQM T; 2O9S A; 4L6V 5; 4Y92 A; 4ELZ C; 1YHQ Q; 1G83 A; 1X6O A; 2EW3 A; 2X4Y A; 4FCY A; 4GY5 A; 2CRE A; 4NL2 A; 1C0M A; 1ZUY A; 3I5S A; 3X25 B; 4DBF A; 5IHI A; 1M2O A; 4M75 G; 4JJN K; 1WHM A; 2WSF E; 4LDV A; 3CC7 T; 3E9F A; 1BKB A; 1BBZ A; 3QO3 A; 1M3B A; 3LGF A; 2JT4 A; 1I0C A; 5FW9 A; 4E7Z A; 4JLG A; 2DTO A; 1N8R U; 1M9S A; 4X1V A; 1QVF A; 1GCP A; 2ZCF B; 2DEQ A; 3TVT A; 3N5B B; 2QQB A; 5GAN f; 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