The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
12
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sequence length |
58
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structure length |
58
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Chain Sequence |
ETKFVQALFDFNPQESGELAFKRGDVITLINKDDPNWWEGQLNNRRGIFPSNYVCPYN
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structural determinants of peptide-binding orientation and of sequence specificity in SH3 domains.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
SEM-5
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| molecule tags |
Signal transduction protein
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| source organism |
Caenorhabditis elegans
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| total genus |
12
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| structure length |
58
|
| sequence length |
58
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 1995-03-28 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00018 | SH3_1 | SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2KGT A; 5HCK A; 2H8H A; 1X6B A; 5IXF A; 2EQI A; 2DM1 A; 1QWE A; 1G83 A; 1OV3 A; 1PNJ A; 2AZS A; 1MV3 A; 1BK2 A; 2L3Q A; 1X6G A; 2RN8 A; 1FYN A; 2JM8 A; 2LQN A; 4OMN A; 1U3O A; 1M3C A; 3M0Q A; 4ORZ A; 1ZLM A; 2ROL A; 4EIK A; 2JW4 A; 2YUN A; 2YUP A; 1AWW A; 2ABL A; 2FRY A; 4AFU C; 2LMJ A; 1UUE A; 2BTT A; 2CT4 A; 1NG2 A; 2K79 A; 2EW3 A; 4Z8A A; 1T3S A; 1YWO A; 2W10 A; 2AZV A; 3A98 A; 1W1F A; 5L23 A; 2MIO A; 2DJQ A; 4A63 B; 4Z88 A; 1ZBJ A; 1AZG B; 2RQU A; 2JS2 A; 4AFQ C; 3M0P A; 2RMO A; 2LJ1 A; 2D8J A; 2EYW A; 1PRM C; 3M0S A; 1ZSG A; 4Z89 A; 3U23 A; 4CC3 A; 2KRO A; 2DVJ A; 2KEA A; 1CKA A; 3NGP A; 1UFF A; 1T0J A; 2B86 A; 1E6G A; 4JJD A; 4K11 A; 3EG2 A; 1AWJ A; 2DNU A; 2ED1 A; 2CSI A; 2EYZ A; 2DRM A; 2F2X A; 2X3X D; 2LQW A; 4AFZ C; 2L2P A; 4AG1 C; 4WCI A; 2OI3 A; 3SHW A; 1WI7 A; 2CRE A; 1PKS A; 2L3S A; 2GGR A; 1MV0 B; 2YDL A; 2YSQ A; 2FEI A; 5EC7 A; 2GQI A; 1SPK A; 2HEQ A; 3IQL A; 2MOX A; 3REB B; 1JXO A; 2AKL A; 1M8M A; 2KRN A; 4AFS C; 3I5R A; 1PKT A; 2K7A A; 2D1X A; 2GBQ A; 2LZ6 B; 1JQQ A; 2DBM A; 4HCK A; 2XMF A; 1GCQ C; 1QLY A; 2CSQ A; 4F14 A; 2EVR A; 1MUZ A; 1BBZ A; 2KE9 A; 2C0I A; 2O9V A; 3TVT A; 2FG0 A; 1YWP A; 2CDT A; 4LE9 A; 4AG2 C; 5GJW B; 4HVU A; 1NM7 A; 1W70 A; 1GL5 A; 1UJ0 A; 2QDL A; 3H0H A; 5I11 A; 1NEB A; 1CKB A; 2C0T A; 1GBQ A; 2EYX A; 1J3T A; 2OJ2 A; 5FWB A; 4HVV A; 2KXC A; 4D8D A; 5IHK A; 1ZUK A; 2A28 A; 4LUE A; 4E6R A; 1K76 A; 1I07 A; 1PWT A; 1AVZ C; 5IXB A; 2V1Q A; 1KIK A; 2EGE A; 1X2K A; 2J7I A; 1BB9 A; 2LNH B; 2RQW A; 1RUW A; 1SHG A; 4IIM A; 3TSZ A; 1VA7 A; 2BZY A; 1KJW A; 1WX6 A; 3EGU A; 1B3Q A; 1VYT A; 1GBR A; 1K0S A; 5GJV B; 2KR3 A; 1JEG A; 2HCK A; 1A0N B; 3KFV A; 2J6F A; 1XOV A; 4J9E A; 1M27 C; 1I0C A; 2YUQ A; 2KNB B; 1QCF A; 2EPD A; 2JT4 A; 2DL3 A; 2F2V A; 1S1N A; 1T0H A; 1UGV A; 1SEM A; 1I1J A; 1T3L A; 2A37 A; 1VYU A; 5I22 A; 1YN8 A; 1BU1 A; 2BZX A; 2GTJ A; 1FMK A; 2PTK A; 4J9B A; 1X69 A; 2DMO A; 2LP5 A; 1SRM A; 1LCK A; 1NYF A; 4HXJ A; 2J06 A; 2DBK A; 1PHT A; 2VWF A; 2KYB A; 2ESW A; 2V1R A; 4QT7 A; 2FPD A; 3M0T A; 2CH4 W; 4J9G A; 2J6K A; 2DRK A; 3H0F A; 1WYX A; 1JXM A; 1WXT A; 4GLM A; 2JTE A; 1UHC A; 5IHN A; 2PZ1 A; 4HVW A; 2DE0 X; 2DL4 A; 2D8H A; 1JU5 C; 3VS0 A; 2KBT A; 1W6X A; 2EKH A; 3M0R A; 1WXB A; 1G2B A; 4RTV A; 2RPN A; 2JM9 A; 2KRS A; 1V1C A; 1QKW A; 1Y0M A; 2GTO A; 3THK A; 1AD5 A; 4LUD A; 2DX1 A; 2LJ3 A; 2JMC A; 3EG0 A; 3ULR B; 4J9D A; 1K4U S; 4LN2 A; 1M3B A; 3VS6 A; 2PNI A; 1VYV A; 2RNA A; 2LJ0 A; 2RQR A; 1H92 A; 1ZUY A; 1UG1 A; 4RUG A; 2FPF A; 2O2O A; 1ZUU A; 2DL5 A; 4ZNX A; 1N5Z A; 3I35 A; 3C0C A; 1TG0 A; 1SRL A; 1WIE A; 2P4R A; 3M0U A; 1KSW A; 4JPB W; 2FRW A; 3NMZ C; 3JV3 A; 3NPF A; 3H0I A; 2M51 A; 1ABO A; 1UDL A; 2EBP A; 2DYB A; 1TUC A; 2E5K A; 2AK5 A; 1SHF A; 1AWX A; 2BZ8 A; 2W0Z A; 1YCS B; 3PE0 A; 4OMP A; 3PVL A; 4CC7 A; 4DEY A; 3NHN A; 1Y57 A; 2KRM A; 1QKX A; 1AOJ A; 1OEB A; 4GBQ A; 1SSH A; 1M3A A; 5FW9 A; 2ENM A; 3RBB B; 2D0N A; 1TUD A; 1UTI A; 3ZL7 C; 1X2Q A; 4IIO A; 3UAT A; 3QWY A; 1WLP B; 1OPK A; 1EFN A; 4J9F A; 2O31 A; 2MCN A; 1OPL A; 2K9G A; 3EG1 A; 2GNC A; 1E7O A; 1CSK A; 1JO8 A; 2SRC A; 5ECA A; 4FSS A; 3VRY A; 2KXD A; 2RF0 A; 4RTU A; 3SEM A; 1WDX A; 2K2M A; 4RTY A; 3VS4 A; 2HSP A; 2M0Y A; 3EHR A; 3VS7 A; 4D8K A; 1B07 A; 2DIL A; 3CQT A; 1UEC A; 3O5Z A; 1ABQ A; 4ESR A; 2ECZ A; 2LCS A; 1YNZ A; 4F17 A; 1E6H A; 2IIM A; 2NUZ A; 2KT8 A; 4JZ3 A; 2RQV A; 1KFZ A; 3LH5 A; 3VS2 A; 1WFW A; 2JXB A; 3GBQ A; 2OAW A; 4OML A; 2L0A A; 1K9A A; 4RTT A; 5IH2 A; 4J9I A; 1PRL C; 4R0K A; 2JMA A; 2O9S A; 1WA7 A; 5FWC A; 1NYG A; 1H3H A; 3REA B; 4OMO A; 1K1Z A; 1GFD A; 1HSQ A; 4KRT A; 4LNP A; 2J05 A; 2K3B A; 1GCQ A; 2VKN A; 2K6D A; 1IO6 A; 1AWO A; 1HD3 A; 3PVQ A; 3I9Q A; 4F16 A; 2KYM A; 2EGC A; 4RTX A; 2A08 A; 2YUO A; 2DLP A; 3VRZ A; 3EHQ A; 1X27 A; 4Y92 A; 3UA6 A; 2CUB A; 2DF6 A; 2FO0 A; 1UHF A; 4J9C A; 4JJC A; 1WXU A; 2CUD A; 2HDA A; 1M30 A; 1YP5 A; 2HBW A; 1AZE A; 1HJD A; 2CH4 A; 1RI9 A; 4CC4 B; 2DA9 A; 4RTZ A; 1GFC A; 2A36 A; 2EGA A; 2DL7 A; 2RQT A; 1H8K A; 1UE9 A; 1Z9Q A; 1ARK A; 1RLQ C; 1K0X A; 3EG3 A; 2CT3 A; 2ED0 A; 1ZX6 A; 2YT6 A; 4OMQ A; 4RTW A; 1RLP C; 4OMM A; 1QWF A; 2X3W D; 4JJB A; 4M4Z A; 3RNJ A; 1NLO C; 4JZ4 A; 1Z9Z A; 2LX7 A; 1U5S A; 3UA7 A; 1NLP C; 3R6N A; 2JS0 A; 3VS3 A; 2FPE A; 1GRI A; 2EYY A; 3I5S A; 3VS1 A; 2AKK A; 1NEG A; 2KT1 A; 2G6F X; 1GCP A; 1UJY A; 4X1V A; 2L3P A; 3TSW A; 1U06 A; 2O88 A; 2DL8 A; 2C0O A; 2ROT A; 2VVK A; 4CC2 A; 2NWM A; 3VS5 A; 2J6O A; 3FJ5 A; 2I0N A; 5IHI A; 3UF4 A; 4J9H A; 3H41 A; 2SEM A; 2F2W A; 1OOT A; 1X43 A; 1AEY A; 3QWX X; 4DEX A; #chains in the Genus database with same CATH topology 5HCK A; 3BW1 A; 3JCM Q; 2NLU A; 4PKC C; 5KYW B; 2DM1 A; 1AHJ B; 1G83 A; 1OV3 A; 5J39 A; 1B34 B; 4M77 D; 3QZ5 B; 4M75 E; 3CC7 A; 1N8R C; 3VYG A; 1XJW B; 2LVM A; 4C8Q D; 4LDW A; 4OF1 A; 1BCO A; 1RAE B; 2HL3 A; 2HQX A; 4Y28 E; 4AFU C; 3L2Q A; 4J7I A; 1WHH A; 1D1C A; 3JCM g; 2MWO A; 2EW3 A; 2IPO B; 4E7H A; 1YWO A; 2M0O A; 2W10 A; 1JJ2 S; 5L23 A; 1NBE B; 5GAN 4; 2JS2 A; 2GF7 A; 2RMO A; 2RHZ A; 1BIA A; 2LJ1 A; 2RI2 A; 2XDP A; 3M0S A; 3CME A; 1KQS A; 1X6O A; 2KRO A; 3CCR A; 5FU7 B; 2DVJ A; 2LC4 A; 4HCB A; 1R0C B; 2LCC A; 1T0J A; 4JJD A; 3EG2 A; 4A4E A; 1QW1 A; 1K73 C; 2EKO A; 1S72 Q; 2CSI A; 2DRM A; 1BI0 A; 4B9W A; 2OI3 A; 1OQK A; 2CRE A; 4KGZ B; 5CKE A; 1S72 T; 1R8O B; 4M7A B; 5EC7 A; 5HK3 A; 1OZ2 A; 2CGH A; 3LWI A; 1M8M A; 5KYY A; 4AFS C; 3FC3 A; 3MO8 A; 5A0L A; 3M53 A; 1VQ7 A; 1IRX A; 1M2O A; 2D1X A; 1JJ2 A; 3RKW A; 1BKB A; 3NFC A; 4EMK C; 2XMF A; 1GCQ C; 2O01 E; 2MWP A; 1M1K R; 2B8A A; 4PJO C; 4F7U E; 1YHQ Q; 5DY9 A; 1BBZ A; 4PFO A; 2C0I A; 4KUI A; 1NJI C; 3L2Z A; 4QVC A; 3OYD A; 1YJ9 A; 3RMS A; 4M78 G; 2KK4 A; 4NL3 A; 1LJO A; 1YHQ T; 4NL2 A; 4HVU A; 1GL5 A; 1UJ0 A; 1KD1 U; 4O6J A; 3OS0 A; 1VQ6 Q; 2DXB A; 1TSF A; 5FU6 C; 3CEY A; 2RJE A; 5FWB A; 3CPW S; 4F04 B; 4E6R A; 1BI2 A; 3L2V A; 4HCC A; 1M90 C; 4M75 D; 5GAN f; 1VQ6 T; 5GAN 8; 2BUD A; 4HCZ A; 1RAH B; 4A4G A; 1QVG A; 2VAS A; 1YCY A; 1D3B B; 3EGU A; 3TCJ A; 3LH0 A; 2Y90 A; 1B3Q A; 1VYT A; 3A8M B; 4E7I A; 5LL6 S; 2V8K A; 2KR3 A; 3E2U A; 2QEX Q; 2HKN A; 3QPH A; 1A0N B; 3KXT A; 3KFV A; 2DD4 A; 1UGS B; 4N0A C; 2F2V A; 2HL5 C; 5GMK h; 3CBM A; 4DQ2 A; 4KGV B; 1G3S A; 4IUT A; 2E10 A; 2MMP A; 3MEW A; 3P8B B; 1FMK A; 3PIP A; 4M7D A; 4FL6 A; 4BUG A; 1X69 A; 1Y96 B; 4LD9 K; 3A8O B; 4M7D G; 2MF2 A; 4IKF A; 3CPW A; 3CPW P; 1PHT A; 4BI8 B; 3GNG A; 1OU8 A; 4PJM A; 1KC8 R; 3CC7 Q; 2EQK A; 4C92 A; 4LDY A; 1Q86 R; 2J6K A; 4M77 B; 2DRK A; 3H0F A; 3MKD A; 1WXT A; 3OYH A; 2JTE A; 1UHC A; 2Y4X A; 3TRE A; 4C92 G; 3CC7 T; 2DE0 X; 2MI6 A; 5GAM j; 4E7Z A; 2XDB A; 4EDU A; 4C8Q B; 1JU5 C; 3M54 A; 2RHI A; 3DLL A; 5GAN h; 4II1 A; 3C95 A; 3LWH A; 1AD5 A; 2X4J A; 1K9M R; 1QVF S; 6AT1 B; 5LJ5 f; 3CME Q; 1OX9 A; 3M55 A; 2DET A; 2JMC A; 2CP2 A; 4FYW B; 4J9D A; 1K4U S; 1WHK A; 1M3B A; 3VS6 A; 3CCR Q; 2RNA A; 2F5K A; 4XU3 A; 3MCA B; 4MZT A; 1M9S A; 1ZUY A; 4RUG A; 3CME T; 3OS5 A; 3KUF A; 3QYG B; 1WGS A; 1ZUU A; 2K3X A; 4B9X A; 2L5Q A; 3CCR T; 4OB2 B; 3RDV A; 5GAN 3; 1TG0 A; 2FB7 A; 2FRW A; 3H0I A; 4Y91 A; 2M51 A; 4XTW A; 1UDL A; 3LYI A; 3LGL A; 2Z0W A; 2W0Z A; 2BZ8 A; 2DTO A; 3PVL A; 2XKO C; 1QKX A; 2KY9 A; 1Y07 A; 5J26 A; 2D0N A; 1VQ7 Q; 1BI1 A; 1PM3 A; 4OP0 A; 3G6E A; 3QWY A; 3VUZ A; 1WLP B; 4ZGD B; 2KVQ G; 4FW1 A; 3OYA A; 2HSE B; 3JCM e; 4BE0 A; 4A4F A; 1VQ7 T; 2K4Y A; 1OPL A; 1QVF A; 3JCM X; 2HAX A; 1FWZ A; 1CSK A; 1JO8 A; 1KK7 A; 3CXC S; 1YI2 A; 1U1S A; 3JB9 J; 5ECA A; 3VRY A; 5D6Y A; 2RH2 A; 1RAB B; 1WDX A; 2K2M A; 3VS4 A; 1Q7Y R; 4M7D F; 2QI2 A; 2OTL A; 4A53 A; 2CP0 A; 2EJG A; 2ECZ A; 1E6H A; 5CKH A; 2EFI A; 1YJN A; 3X25 B; 1KFZ A; 4N4G A; 2JXB A; 1FMV A; 3FLG A; 4M75 B; 4LDV A; 4C92 F; 1NE8 A; 1K9A A; 1ZQ1 A; 2VYT A; 2K3Y A; 4J9I A; 2JMA A; 2O9S A; 3I55 A; 3M9Q A; 1H3H A; 4L59 A; 2HNI A; 4PJN A; 1IXD A; 2NUP A; 1WJR A; 4EMK A; 1HSQ A; 1GCQ A; 1XTD A; 1VQ4 A; 3L2W A; 4FW2 A; 2K6D A; 4PJO A; 4VUB A; 2XHC A; 1AWO A; 2HBP A; 2CZ6 B; 1UGQ B; 5FLX E; 3HFN A; 4N4I A; 2E41 A; 4PJO G; 2HZY A; 1C0M A; 2DLP A; 3L2R A; 3CXC A; 3EHQ A; 2R5M A; 3ZFJ A; 2DF6 A; 1UHF A; 1WXU A; 2H3E B; 1SKU B; 3JB9 I; 2HBW A; 1AZE A; 1EX4 A; 3M57 A; 5CAI A; 3QG1 A; 4BY6 C; 2CZ1 B; 2A36 A; 3OMC A; 2GFU A; 2RA2 A; 2JTF A; 3OMG A; 1RLQ C; 4ZTJ A; 2VB6 A; 2ED0 A; 4RTW A; 1YBY A; 2VUB A; 3QDR B; 4QVZ A; 4OMM A; 1QWF A; 2X3W D; 5KYX A; 3RNJ A; 3JCM P; 4N0A A; 1Z9Z A; 4N4H A; 4J6X A; 3DB3 A; 3GNF B; 1QP2 A; 2JS0 A; 3OS2 A; 1GRI A; 2D6F A; 3JCM h; 2X4Y A; 1G3W A; 2E6N A; 1VQP A; 3D7S B; 2LQ8 A; 1GCP A; 2COW A; 4OVA A; 3R6O A; 1U06 A; 4C0D C; 2HMA A; 4F7U B; 5GAM f; 1MMG A; 2ZPI B; 1I5L A; 3QHS A; 4CC2 A; 2KI7 A; 2XI9 A; 5GAN g; 2LNV A; 1VIE A; 4J9H A; 1BI3 A; 2ZZD A; 3QWX X; 4DEX A; 2C06 A; 2RJC A; 4BI3 A; 2KGT A; 1N27 A; 3QSU A; 3ZEH A; 4O5V A; 3JB9 G; 3OS1 A; 4M78 C; 5FRM A; 1QWE A; 1PNJ A; 1YIT A; 1BK2 A; 2L3Q A; 4XQ3 A; 3OQ5 A; 2LQN A; 2E4H A; 5CVI A; 2E5Q A; 8AT1 B; 1M3C A; 2DEQ A; 1ZLM A; 2CP5 A; 5LJ3 f; 2JW4 A; 1AWW A; 2M16 A; 2ABL A; 2FRY A; 3CMA A; 3G6E Q; 1UUE A; 3KBG A; 2CT4 A; 4PJO F; 4DBF A; 1I4K 1; 1M1K C; 3G6E T; 2E1H A; 4FM4 B; 3JSC A; 4J7F A; 2DJQ A; 1TH7 A; 1YI2 Q; 2EJ9 A; 4R55 A; 4D6W A; 4EPC A; 4C8Q E; 1EZZ B; 2L89 A; 4DBH A; 2KDS A; 2FHD A; 1K73 U; 2EYW A; 1YI2 T; 2RO0 A; 1I8F A; 2OTL Q; 4XTY A; 2R57 A; 3U23 A; 4CC3 A; 3CCQ A; 5CKF A; 2YLC A; 1M4Z A; 2KEA A; 4P5N A; 1IHV A; 3NGP A; 1UFF A; 1QQJ A; 1RAC B; 2OTL T; 3L2U A; 1E6G A; 2QYZ A; 1YJN Q; 1AWJ A; 2DNU A; 2QGG A; 1YJW A; 1KD1 R; 2Y4Y A; 4MZM A; 4PLL A; 2EJF A; 2X3X D; 4M7D C; 5FRO A; 2NUT B; 4AFZ C; 1YJN T; 3QDF A; 3I55 Q; 4ZN1 A; 5GAN 2; 4OGC A; 2QTX A; 3OYY A; 2DZ9 A; 3OYN A; 1VUB A; 2YSQ A; 2XG8 D; 1VQ4 Q; 1NJI U; 3V8L A; 1JXO A; 5LJ5 g; 3I55 T; 5A0D A; 1VQO A; 4XTZ A; 3GOX A; 4E47 A; 5IAY A; 3OYE A; 1VQ4 T; 2LZ6 B; 1JQQ A; 2DBM A; 4JS5 A; 2R5A A; 1FMW A; 4YTL A; 1U1T A; 1MUZ A; 2LTO A; 3O8V A; 3I56 A; 2QEX A; 3OB9 A; 4PFP A; 4C5G A; 1NPR A; 3SWN C; 4LE9 A; 4AG2 C; 2A0F B; 1NM7 A; 4BD3 A; 3UPU A; 4L5G A; 1NEB A; 1CKB A; 5CQX A; 1ZSZ C; 3JB9 F; 2D0Q B; 1J3T A; 2OJ2 A; 3UT1 A; 4HVV A; 2KXC A; 1Q82 C; 1ZUK A; 5KCO A; 3CCV A; 2QGF B; 1KC8 C; 1AVZ C; 1M1G A; 4QQ6 A; 1Q86 C; 2EGE A; 3RKX A; 4DA4 A; 1X2K A; 2J7I A; 1TXQ A; 1KG1 A; 2RQW A; 2BIV A; 3TSZ A; 1WX6 A; 2CS7 A; 4IUQ A; 3LX7 A; 2DXC A; 4M77 G; 2BE9 B; 1C6V X; 1VQP Q; 2X4X A; 5CIU A; 1JRI A; 3A1P A; 1TTH B; 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