The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
10
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sequence length |
61
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structure length |
61
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Chain Sequence |
MGPREVTMKKGDILTLLNSTNKDWWKVEVNDRQGFVPAAYVKKLDSGTGKELVLALYDYQE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Cytoskeleton
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| source organism |
Gallus gallus
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| publication title |
The order of secondary structure elements does not determine the structure of a protein but does affect its folding kinetics.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
ALPHA-SPECTRIN
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| total genus |
10
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| structure length |
61
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| sequence length |
61
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 1996-02-29 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1VYT A; 1SHF A; 3UA7 A; 2YUN A; 2MOX A; 2JXB A; 1UE9 A; 2LQW A; 2KYM A; 1PRM C; 1M30 A; 3UF4 A; 4JJB A; 2A28 A; 2J7I A; 2RN8 A; 2DRM A; 2ED0 A; 1BU1 A; 4KRT A; 2MCN A; 2DE0 X; 2A08 A; 1AWJ A; 1NLO C; 2DM1 A; 2YSQ A; 1M27 C; 2V1Q A; 1QKX A; 4F17 A; 2GQI A; 2HEQ A; 2JMC A; 2NWM A; 3NHN A; 2YUO A; 4QT7 A; 3NGP A; 1E6G A; 4K11 A; 2DVJ A; 1WYX A; 2L3P A; 2FPE A; 3KFV A; 2GGR A; 2ROL A; 2JS2 A; 1YP5 A; 1M3B A; 1KJW A; 2F2V A; 3M0R A; 2KRO A; 4OMP A; 3SEM A; 1GFD A; 3M0Q A; 1QWF A; 4RTY A; 2CT3 A; 1RLP C; 2F2W A; 2KT1 A; 3VS0 A; 2J06 A; 2EGE A; 2HDA A; 5IXB A; 2GTJ A; 2X3X D; 3VS2 A; 1WXU A; 2ABL A; 2X3W D; 1K4U S; 1W1F A; 1PHT A; 2FG0 A; 1TUC A; 1UUE A; 2K7A A; 1GCQ C; 1UTI A; 3IQL A; 4FSS A; 1GFC A; 1HSQ A; 2XMF A; 1CKA A; 4J9H A; 2BZ8 A; 1MV3 A; 1SPK A; 4J9F A; 1I0C A; 2KT8 A; 2RQV A; 1QWE A; 2K2M A; 2KR3 A; 4HXJ A; 2ECZ A; 2W0Z A; 2KYB A; 3H0I A; 4GBQ A; 4EIK A; 2YT6 A; 3A98 A; 3C0C A; 4E6R A; 2B86 A; 3VS1 A; 3M0T A; 2QDL A; 2V1R A; 1AZG B; 4HVW A; 3PVQ A; 3QWY A; 1ZUK A; 4RTW A; 1HJD A; 1SEM A; 2RQT A; 1X6G A; 3VS3 A; 2I0N A; 2RQR A; 2KEA A; 2SEM A; 4OMQ A; 3REA B; 2D1X A; 1WDX A; 2GBQ A; 4OMO A; 1WA7 A; 3ULR B; 3O5Z A; 4D8K A; 1K76 A; 4AFS C; 2CSQ A; 1CKB A; 2L3Q A; 4AFQ C; 1UHC A; 2JS0 A; 2DIL A; 2OI3 A; 1J3T A; 2EVR A; 2FRW A; 4F14 A; 2FRY A; 3M0P A; 2GTO A; 1YN8 A; 1JEG A; 3VRZ A; 1KIK A; 2M0Y A; 4J9C A; 3VS4 A; 1BK2 A; 1U3O A; 2KRM A; 1B3Q A; 1MV0 B; 1AVZ C; 2K79 A; 1AEY A; 5IHN A; 1M8M A; 4CC3 A; 2M51 A; 2EYX A; 2ROT A; 3H41 A; 4RTZ A; 5ECA A; 1OEB A; 1WFW A; 5FW9 A; 2DLP A; 1RUW A; 2DL8 A; 2A36 A; 1X69 A; 2FO0 A; 1ABO A; 3EGU A; 1GL5 A; 2L0A A; 1NYF A; 4AFU C; 1OOT A; 2DX1 A; 2OJ2 A; 1X6B A; 3JV3 A; 4Z8A A; 1SHG A; 5FWC A; 2J05 A; 4AG2 C; 1NEB A; 3M0S A; 2A37 A; 2DL7 A; 1PRL C; 4OML A; 1RLQ C; 2RPN A; 4ESR A; 5GJW B; 1UGV A; 4RTV A; 4RUG A; 1K9A A; 2KGT A; 2L3S A; 4A63 B; 2C0T A; 5IHI A; 2EQI A; 1AWO A; 2CDT A; 1E6H A; 2FPF A; 1G83 A; 2L2P A; 4OMM A; 1YWO A; 1ZUY A; 2K3B A; 2LJ3 A; 2VVK A; 1WX6 A; 2E5K A; 1JQQ A; 1X27 A; 2AK5 A; 2KRN A; 2KNB B; 2VKN A; 3EG1 A; 2D0N A; 1K0S A; 1T0J A; 1U5S A; 4J9D A; 2AZV A; 2K6D A; 1Y57 A; 2EGC A; 1M3A A; 2O31 A; 1E7O A; 2DYB A; 2EW3 A; 1UJY A; 1I07 A; 3VRY A; 1N5Z A; 3H0F A; 2KRS A; 1MUZ A; 4F16 A; 1GCQ A; 4J9E A; 5FWB A; 1AD5 A; 2CRE A; 4M4Z A; 1V1C A; 1SSH A; 1YNZ A; 2J6O A; 1H92 A; 1JXO A; 4AG1 C; 1A0N B; 2LMJ A; 4D8D A; 1IO6 A; 1YCS B; 1ABQ A; 1U06 A; 1NEG A; 4ORZ A; 1S1N A; 4X1V A; 2FEI A; 3FJ5 A; 2D8J A; 1XOV A; 2LNH B; 1PKT A; 1UDL A; 2VWF A; 3I5S A; 1OV3 A; 1B07 A; 5I11 A; 2EYZ A; 4RTT A; 1X2Q A; 2H8H A; 5L23 A; 1RI9 A; 1JO8 A; 1AZE A; 1SRM A; 2JTE A; 2GNC A; 3EG3 A; 2AZS A; 1W70 A; 1VYU A; 4LNP A; 2O88 A; 2IIM A; 2DL5 A; 4IIM A; 4CC2 A; 1ARK A; 1YWP A; 4Z88 A; 3NPF A; 2EGA A; 4GLM A; 2CUD A; 1GBQ A; 1CSK A; 1PNJ A; 1PWT A; 1SRL A; 3I9Q A; 2C0I A; 4Z89 A; 2DL3 A; 3EHR A; 1K1Z A; 4R0K A; 2JM9 A; 4JZ4 A; 2HCK A; 2YUQ A; 1UHF A; 2MIO A; 1T3L A; 3U23 A; 1ZX6 A; 2YDL A; 1H8K A; 1EFN A; 3CQT A; 2J6K A; 5GJV B; 1UG1 A; 4JPB W; 3UA6 A; 3EG2 A; 4LE9 A; 2F2X A; 1AOJ A; 2EKH A; 2EYY A; 2NUZ A; 4OMN A; 1OPL A; 3I5R A; 3RBB B; 1K0X A; 4CC4 B; 4Y92 A; 2DBM A; 2EYW A; 1TUD A; 1VA7 A; 3GBQ A; 4JJC A; 1PKS A; 3EHQ A; 2RQW A; 4RTU A; 4HVU A; 1M3C A; 4J9G A; 4LUD A; 3TSW A; 2D8H A; 2JM8 A; 4DEY A; 3VS5 A; 2G6F X; 2RQU A; 3NMZ C; 3RNJ A; 3ZL7 C; 4HCK A; 1AWX A; 4J9B A; 5EC7 A; 1Z9Z A; 1QLY A; 2RMO A; 1NM7 A; 1ZSG A; 3QWX X; 2ESW A; 2LJ1 A; 3VS6 A; 2ED1 A; 1VYV A; 3R6N A; 3SHW A; 4ZNX A; 1H3H A; 2RF0 A; 1UEC A; 2HSP A; 3TVT A; 3M0U A; 3PE0 A; 4J9I A; 2LZ6 B; 2SRC A; 1TG0 A; 1GCP A; 1W6X A; 2KXC A; 2KXD A; 4IIO A; 1ZLM A; 1WIE A; 5IH2 A; 2O2O A; 2OAW A; 2DL4 A; 2DRK A; 1UFF A; 1X43 A; 1Z9Q A; 5I22 A; 1KFZ A; 3THK A; 2RNA A; 1NLP C; 2W10 A; 2PZ1 A; 2DJQ A; 3PVL A; 5HCK A; 2J6F A; 1GBR A; 2DBK A; 2FPD A; 2LP5 A; 4LUE A; 4DEX A; 1G2B A; 2AKK A; 2ENM A; 2EPD A; 2LJ0 A; 2DNU A; 1OPK A; 1WLP B; 4HVV A; 1LCK A; 1QKW A; 2O9S A; 2JT4 A; 2CT4 A; 1KSW A; 1BBZ A; 2BZX A; 1I1J A; 1JU5 C; 5IXF A; 1Y0M A; 4JZ3 A; 2BZY A; 2K9G A; 1T0H A; 1X2K A; 2CH4 W; 4CC7 A; 1GRI A; 2DA9 A; 2LX7 A; 2PNI A; 1NG2 A; 3EG0 A; 2DF6 A; 1JXM A; 2O9V A; 2CH4 A; 5IHK A; 1WXB A; 1BB9 A; 3I35 A; 2BTT A; 2KE9 A; 2KBT A; 2EBP A; 4LN2 A; 1FYN A; 1WXT A; 2CUB A; 4JJD A; 4WCI A; 3REB B; 3UAT A; 1ZUU A; 2DMO A; 2JMA A; 2PTK A; 1HD3 A; 4AFZ C; 3TSZ A; 2CSI A; 4RTX A; 2LCS A; 2LQN A; 1WI7 A; 1FMK A; 1UJ0 A; 1NYG A; 2AKL A; 3VS7 A; 1AWW A; 1QCF A; 3LH5 A; 3H0H A; 1T3S A; 2C0O A; 2HBW A; 1ZBJ A; 2JW4 A; 2P4R A; 2YUP A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2RI5 A; 1QP2 A; 1Q7Y U; 2XIC A; 2YUN A; 4BE2 A; 3JB9 H; 2LQW A; 4PJN A; 5GMK i; 2CZ7 B; 3JCM X; 4BI4 A; 4NS5 A; 2WSC E; 2RN8 A; 3OB9 A; 2YWW A; 2ED0 A; 3M58 A; 4M75 A; 2DM1 A; 3EG9 B; 5DLQ E; 1M27 C; 2BE7 D; 5C6S A; 1QKX A; 1RAC B; 2NWM A; 3SWN C; 2E64 A; 2YUO A; 2YXY A; 4QQG A; 3NFC A; 4K11 A; 3CCS Q; 1YIT T; 1M90 R; 4JRP A; 2E6N A; 2GGR A; 4RKU E; 2DEQ A; 3CMA A; 2JS2 A; 1YP5 A; 4QW2 A; 1YJN A; 2KRO A; 3G1J A; 3F70 A; 1GFD A; 2PU9 B; 2DO3 A; 3QSU A; 4RTY A; 4M77 A; 2ZPF B; 3EGX B; 3MEU A; 1RLP C; 3VS0 A; 1IGU A; 5IXB A; 1KQS S; 2GTJ A; 5GAN 8; 2X3X D; 3D7S B; 3FLG A; 3MP1 A; 2ABL A; 4FYX B; 1W1F A; 5A0D A; 1IB8 A; 4OVA A; 4PFO A; 5GAO n; 5CK9 A; 4P5N A; 2M1H A; 4J9H A; 1CKA A; 2QG9 B; 1VQ6 Q; 1ZHI A; 4VUB A; 4PJO G; 3MET A; 2EIF A; 3CCR Q; 3QPH A; 3C12 A; 4HXJ A; 2W0Z A; 4GBQ A; 4EIK A; 3C0C A; 4PJJ A; 1QVG S; 4JUV A; 2QEX A; 5KE2 A; 3MEV A; 1DJ7 B; 4RTW A; 3GF5 A; 3ME9 A; 2FZC B; 5GMK j; 5FU7 C; 3CPF A; 2KEA A; 2X35 A; 1QMC A; 2H3E B; 1D0X A; 1WA7 A; 3O5Z A; 3I55 A; 3TU4 K; 1C0M A; 1VQL Q; 4PJO C; 2JTM A; 3C95 A; 1VQK Q; 3N5B B; 2JS0 A; 2OI3 A; 2FRW A; 4EMK A; 4F14 A; 1K73 U; 8ATC B; 3OYN A; 3VRZ A; 4E2F B; 2RHX A; 5IAY A; 1BK2 A; 3UPU A; 1MV0 B; 2K79 A; 3JCM b; 1M1K C; 2RM4 A; 1PG5 B; 3CCQ A; 2DLP A; 5J39 A; 3CME A; 1X75 C; 2FO0 A; 4PJL A; 1GL5 A; 2L0A A; 3E9F A; 1NYF A; 4AFU C; 1OOT A; 2EFI A; 4C92 A; 3JV3 A; 4Z8A A; 2DZ9 A; 1LPL A; 3OS1 A; 1VQP T; 1N27 A; 1K9M R; 2E10 A; 1RLQ C; 2PVO B; 4B6M A; 4M77 F; 1YIT Q; 2RD1 A; 3OYM A; 1NBE B; 1AWO A; 2FPF A; 4OMM A; 2LJ3 A; 3MHX A; 1JQQ A; 2AK5 A; 4BI3 A; 2AIR B; 2KRN A; 4PLI A; 4DBF A; 4C5E A; 1T0J A; 1JJ2 S; 4XU0 A; 1U5S A; 2X4W A; 5I21 A; 1Y96 A; 2I2L A; 1YFN A; 1S72 Q; 1K8A U; 1I07 A; 3VRY A; 1N5Z A; 4WTO B; 1PSF A; 2KRS A; 2NUT B; 2RJD A; 3DLM A; 1MUZ A; 4F16 A; 2COZ A; 1VQO T; 2JUF A; 1RAF B; 1SSH A; 1YNZ A; 3GIB A; 3URG A; 4FYV B; 4RCC A; 2R5M A; 4M75 B; 1U06 A; 4ORZ A; 2YRD A; 2V8I A; 3CPW A; 1LVK A; 3E19 A; 1UDL A; 4C8Q A; 2VWF A; 2QGG A; 1I4K 1; 3I5S A; 3PIP A; 1OV3 A; 2QYZ A; 4M77 D; 1M9S A; 1JO8 A; 2RJC A; 1KC8 R; 3EG3 A; 3RKY A; 2QGF B; 2AZS A; 3S6W A; 5LJ3 h; 4LNP A; 2CP2 A; 4DBQ A; 2DL5 A; 4IIM A; 3OMC A; 4CC2 A; 4JJN K; 1TOV A; 3RUX A; 3NPF A; 3L2W A; 3G71 Q; 2DD5 A; 1PWT A; 1SRL A; 2DET A; 4Z89 A; 2K3X A; 3M53 A; 1RAA B; 4JZ4 A; 2JM9 A; 1C1A A; 3CCU T; 2PVG B; 1AHJ B; 2ZGW A; 4E7H A; 4II1 A; 1P92 A; 2J6K A; 3CCJ A; 2QTV A; 2X4X A; 4OB3 B; 1RAI B; 3I5R A; 2EKO A; 1VQ8 T; 3OSS C; 1K0X A; 3R6O A; 3WXM B; 3V8J A; 3H6Z A; 2DBM A; 3G6E A; 1TUD A; 3CCE A; 3CC7 Q; 1XQH A; 3MPU B; 1K9M C; 1YJ9 A; 3QO3 A; 5GAO q; 2BE9 B; 1QVP A; 5GAN 6; 2DJZ A; 4J9G A; 1ZA2 B; 4LUD A; 1QCO A; 4DEY A; 4F7U B; 2RQU A; 2DXT A; 3A8M B; 3NMZ C; 3G7Z A; 1KQS P; 4M77 G; 1IRE B; 4HCK A; 4EMK B; 4M7D B; 1KK7 A; 1NJI R; 4J9B A; 1VQN A; 3JCM d; 3HPW A; 1NM7 A; 2KVQ G; 1ZSG A; 3QWX X; 4M78 B; 2MMP A; 3J81 E; 1VQ4 A; 2GF7 A; 5KYW A; 1H3H A; 3A8H B; 3PE0 A; 5CVI A; 4IUP A; 4IIO A; 1ZLM A; 1H3Z A; 2DZC A; 3OYF A; 3CC2 T; 1MND A; 4C92 B; 4M77 C; 4IUR A; 3BFM A; 4HKE A; 1KFZ A; 3THK A; 1QP3 A; 3RER A; 2LCC A; 4C0D B; 3HP9 A; 3QXE B; 1QVG P; 3PVL A; 1GBR A; 2DBK A; 2FPD A; 1GXI E; 4LUE A; 4XAX B; 2LQK A; 1KQ1 A; 3CC4 T; 1RL2 A; 4M7A B; 4KGZ B; 1VQ7 T; 1M1F A; 4N0A A; 5D6X A; 1LCK A; 1QKW A; 2O9S A; 3EFO A; 2CT4 A; 1M2V B; 1KC8 C; 2K4Y A; 2BZX A; 1ZSZ A; 4KH0 B; 3CD6 Q; 2RHU A; 2KY9 A; 2CH4 W; 2LX7 A; 4HCZ A; 1N8R R; 2DF6 A; 2LCL A; 1X6O A; 1FMV A; 2O9V A; 1UEB A; 1WJQ A; 5IHK A; 2VGN A; 3I35 A; 2OTJ T; 4JDS A; 2VYT A; 4OP0 A; 2LNV A; 1OX8 A; 2HQH A; 4LN2 A; 4PFZ A; 3CCU Q; 3REB B; 2DFU A; 2CZ0 B; 5GAM f; 2EWN A; 1HD3 A; 4LDY A; 1KQS A; 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4E7S A; 2RQT A; 5CQX A; 1X6G A; 3JB9 I; 2I0N A; 1C6V X; 1FXX A; 1R8O B; 2D1X A; 4KBM B; 2XU8 A; 4OMO A; 2QA4 Q; 3UT1 A; 1CKB A; 1VQK T; 3ZFJ A; 1VQ9 Q; 2FRY A; 2GTO A; 1VQL A; 1JEG A; 3QUI A; 5KYU A; 4ELY C; 5M9O A; 1U3O A; 2KRM A; 1B3Q A; 1AVZ C; 1OUL A; 1EX4 A; 1OEB A; 1VQ5 A; 4B9X A; 1RUW A; 2A36 A; 2MK5 A; 5FU7 B; 3G4S Q; 1ABO A; 2DX1 A; 4ANJ A; 4MZM A; 2D9T A; 1SHG A; 4PJO B; 1NEB A; 1IRX A; 2EAY A; 2NUP B; 1M4Z A; 2F5T X; 4LD6 A; 1R0B G; 4BAC A; 3JSC A; 3JCM h; 1VQM T; 4ESR A; 2LT4 A; 2RPN A; 4N4I A; 3C4S A; 3BDL A; 1OYX A; 2KGT A; 2QQA A; 4A63 B; 1W4S A; 3TQ7 P; 1JRI A; 3OQ5 A; 2CDT A; 1YIT A; 1E6H A; 3RES A; 2HQX A; 4ATO A; 2YHT A; 3H9N A; 2K3B A; 4FU6 A; 4BY6 C; 3GOX A; 3VJP A; 1WX6 A; 1KQ2 A; 2L3R A; 2YLC A; 3SFM A; 1TWB A; 2Y4X A; 2KNB B; 2PUK B; 5GAM e; 1HK9 A; 4QQD A; 1K9M U; 2HQE A; 2YRC A; 2K6D A; 2OAU A; 1M3A A; 1Y07 A; 2DYB A; 1S72 T; 5D6Y A; 3M4G A; 3EFR A; 2HZY A; 4E7L A; 2K2V A; 2QQ9 A; 5J3B A; 3QG1 A; 2Y4Y A; 1V1C A; 2XDP A; 2LRQ A; 5GAN f; 1A0N B; 2BKD N; 5AYF A; 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