The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
11
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sequence length |
60
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structure length |
60
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Chain Sequence |
RQGFVPAAYVKKLDSGTGKELVLALYDYQEKSPREVTMKKGDILTLLNSTNKDWWKVEVN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
The order of secondary structure elements does not determine the structure of a protein but does affect its folding kinetics.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Cytoskeleton
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| source organism |
Gallus gallus
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| molecule keywords |
ALPHA-SPECTRIN
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| total genus |
11
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| structure length |
60
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| sequence length |
60
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 1996-02-29 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1E6G A; 3QWY A; 1XOV A; 2JS0 A; 2RPN A; 2HBW A; 1SSH A; 1W70 A; 4OMQ A; 2KE9 A; 2LJ1 A; 5I11 A; 1LCK A; 4QT7 A; 2DA9 A; 2RNA A; 5FWC A; 1JU5 C; 3THK A; 4GLM A; 2LJ0 A; 1OPK A; 2M51 A; 4M4Z A; 2L0A A; 1B07 A; 2PZ1 A; 2DF6 A; 3M0U A; 1A0N B; 2YUQ A; 2FRY A; 1BB9 A; 1HSQ A; 1AZG B; 2HSP A; 1YCS B; 2D0N A; 4OMN A; 1RLQ C; 2G6F X; 3H0H A; 3M0S A; 1NYF A; 2K7A A; 3VS3 A; 2GGR A; 2DM1 A; 4J9H A; 2AKK A; 2ED1 A; 2KGT A; 2CSQ A; 2NUZ A; 1K0X A; 2F2W A; 2RF0 A; 1WLP B; 1G83 A; 1QWF A; 1YWP A; 2DBK A; 1QWE A; 4CC4 B; 2RQW A; 2K6D A; 2VWF A; 1WXU A; 4HVW A; 1YWO A; 1ZUK A; 1NEB A; 1UHF A; 2FO0 A; 2NWM A; 2H8H A; 2A37 A; 1SRL A; 3UA7 A; 1M8M A; 1CKA A; 2EKH A; 4F16 A; 1UJY A; 1MUZ A; 2J06 A; 1M30 A; 4LN2 A; 2J6K A; 1QKX A; 2F2V A; 2DMO A; 3VS7 A; 1UG1 A; 4IIO A; 3UF4 A; 4AFS C; 2LQN A; 1UDL A; 2J6F A; 2EPD A; 4RTX A; 1OPL A; 2LCS A; 1ZBJ A; 2DLP A; 1AEY A; 2EW3 A; 2K9G A; 2RQV A; 1K76 A; 1M3A A; 1PKT A; 2OI3 A; 1GFC A; 2D8J A; 4J9F A; 2BZX A; 1VA7 A; 2CH4 W; 3LH5 A; 2YDL A; 4HCK A; 3VS1 A; 2EBP A; 2M0Y A; 2KXD A; 3NHN A; 2OAW A; 2DX1 A; 1BU1 A; 2JS2 A; 4ORZ A; 2FRW A; 2V1R A; 3UA6 A; 1FYN A; 2GNC A; 5IHN A; 3SEM A; 1VYU A; 1K1Z A; 2JMA A; 2JTE A; 2C0O A; 2HCK A; 2YSQ A; 2LJ3 A; 2LNH B; 5FW9 A; 4A63 B; 2AZV A; 3TSW A; 2P4R A; 2RQR A; 2ENM A; 1OV3 A; 1GRI A; 4IIM A; 4JZ3 A; 1UE9 A; 1VYT A; 1HD3 A; 1T3S A; 2B86 A; 1NEG A; 4AFZ C; 1AZE A; 2KT1 A; 2EYW A; 4J9E A; 2BZ8 A; 1UJ0 A; 1UUE A; 3EG2 A; 2RQU A; 1JEG A; 1YNZ A; 2PTK A; 2RMO A; 2KNB B; 5IHI A; 4JZ4 A; 2O9S A; 2EYZ A; 3C0C A; 2FEI A; 5FWB A; 1UEC A; 2KYM A; 2KEA A; 1GFD A; 1WDX A; 4OMM A; 3M0P A; 4K11 A; 3H41 A; 2RQT A; 2KXC A; 2KRN A; 2FPD A; 4ESR A; 1U3O A; 2MIO A; 1TUD A; 4RTY A; 2O2O A; 1GBR A; 3EG1 A; 1X2Q A; 1KFZ A; 3EG0 A; 2DL8 A; 1ZX6 A; 1OEB A; 5I22 A; 4OML A; 4LE9 A; 2CUB A; 5ECA A; 4D8K A; 2DNU A; 4DEX A; 1JO8 A; 3REA B; 1NYG A; 1X43 A; 3CQT A; 2A28 A; 1W6X A; 1X6B A; 2DL4 A; 2CT3 A; 4EIK A; 1T0J A; 2DL7 A; 3EG3 A; 4JPB W; 3REB B; 4CC3 A; 3RBB B; 2EVR A; 3FJ5 A; 1AWJ A; 3TVT A; 2E5K A; 3I5R A; 3QWX X; 2IIM A; 2CH4 A; 1V1C A; 1K4U S; 2EYY A; 2D1X A; 1VYV A; 1JXO A; 1PRL C; 1GCP A; 2X3W D; 2O9V A; 4CC2 A; 4OMO A; 4R0K A; 3UAT A; 3I9Q A; 4J9C A; 1UHC A; 4AFU C; 2O31 A; 2K2M A; 2PNI A; 1H8K A; 1WXT A; 2C0T A; 2DE0 X; 1QCF A; 2CDT A; 2EQI A; 1SPK A; 2A36 A; 2JMC A; 1Y57 A; 2AZS A; 3GBQ A; 1WIE A; 1AOJ A; 1Z9Z A; 1WX6 A; 1E6H A; 1X69 A; 3VRZ A; 4D8D A; 1CSK A; 1BBZ A; 4JJD A; 1T0H A; 2O88 A; 2L3S A; 1X6G A; 1J3T A; 1CKB A; 4AG2 C; 1SHG A; 3JV3 A; 1SEM A; 1N5Z A; 2BZY A; 2SRC A; 1B3Q A; 2CUD A; 4E6R A; 1SHF A; 1ABQ A; 3PVQ A; 1MV3 A; 3H0F A; 1YN8 A; 2D8H A; 3ZL7 C; 2ROL A; 1PHT A; 5IXF A; 1UFF A; 4HVU A; 3I35 A; 4JJB A; 4DEY A; 1GCQ C; 5GJW B; 1IO6 A; 1U06 A; 2I0N A; 2AKL A; 2K79 A; 5EC7 A; 2FPF A; 3M0Q A; 4F14 A; 1QKW A; 2OJ2 A; 2EYX A; 4JJC A; 1M3C A; 1I0C A; 2K3B A; 3R6N A; 1PWT A; 1JXM A; 2AK5 A; 3EHQ A; 1SRM A; 2BTT A; 4Z89 A; 1TUC A; 2DRK A; 1K0S A; 1WYX A; 1OOT A; 1ARK A; 2L2P A; 1Y0M A; 1K9A A; 2YUP A; 1AWO A; 3KFV A; 2DIL A; 4WCI A; 2DL3 A; 2KT8 A; 4Z88 A; 2YUN A; 2L3Q A; 4RTW A; 1PRM C; 2MCN A; 4AFQ C; 2EGC A; 3EHR A; 5L23 A; 3RNJ A; 1S1N A; 2C0I A; 3TSZ A; 1T3L A; 2F2X A; 1WI7 A; 2GBQ A; 4Z8A A; 4J9G A; 2ROT A; 3VRY A; 1ZUU A; 3A98 A; 2JXB A; 2KRO A; 1X2K A; 1KIK A; 2MOX A; 1YP5 A; 3NGP A; 2KYB A; 4RTZ A; 1PNJ A; 2RN8 A; 4LNP A; 3VS4 A; 2J7I A; 1NLP C; 3EGU A; 2ECZ A; 3ULR B; 2W0Z A; 4LUE A; 2YUO A; 1I07 A; 2KRM A; 4X1V A; 2VKN A; 1ZLM A; 3VS0 A; 1BK2 A; 1AWX A; 1GCQ A; 1TG0 A; 2ED0 A; 1W1F A; 5IH2 A; 1AD5 A; 2DJQ A; 4HXJ A; 4FSS A; 1WA7 A; 2YT6 A; 3VS5 A; 1UTI A; 1M3B A; 1WFW A; 2A08 A; 2HEQ A; 3VS2 A; 2LP5 A; 5HCK A; 2V1Q A; 4AG1 C; 2FPE A; 4Y92 A; 3PVL A; 4F17 A; 2L3P A; 4J9B A; 2GTJ A; 4OMP A; 2LZ6 B; 4J9D A; 4RTV A; 2KBT A; 2QDL A; 1FMK A; 4HVV A; 4ZNX A; 1NM7 A; 3NPF A; 2GQI A; 2DVJ A; 2ESW A; 3SHW A; 2J05 A; 1AVZ C; 1WXB A; 4J9I A; 1G2B A; 1ZUY A; 4RUG A; 4RTT A; 4RTU A; 5IXB A; 1NLO C; 3I5S A; 2W10 A; 2SEM A; 1E7O A; 1ABO A; 4LUD A; 1RI9 A; 2LQW A; 5IHK A; 2KR3 A; 3H0I A; 3NMZ C; 2JW4 A; 4KRT A; 1RUW A; 1JQQ A; 2JT4 A; 2LX7 A; 1QLY A; 1H92 A; 1ZSG A; 2CRE A; 4CC7 A; 2ABL A; 3U23 A; 1I1J A; 1UGV A; 1GBQ A; 4GBQ A; 2CT4 A; 2LMJ A; 2JM8 A; 1M27 C; 1GL5 A; 2EGA A; 1H3H A; 2VVK A; 1NG2 A; 2DYB A; 2GTO A; 2KRS A; 2DRM A; 1KSW A; 1X27 A; 1KJW A; 2HDA A; 2JM9 A; 3VS6 A; 1PKS A; 5GJV B; 3PE0 A; 2EGE A; 1EFN A; 2CSI A; 2FG0 A; 2DBM A; 1U5S A; 2J6O A; 2DL5 A; 3O5Z A; 1AWW A; 3IQL A; 3M0T A; 1Z9Q A; 1RLP C; 1MV0 B; 1HJD A; 2XMF A; 3M0R A; 2X3X D; #chains in the Genus database with same CATH topology 4C92 C; 4PLI A; 5I21 A; 3G4S Q; 1XQH A; 2HQE A; 2JS0 A; 2HBW A; 1SSH A; 4LD9 K; 2LJ1 A; 4M7A D; 5FU6 B; 1UGS B; 2XG8 D; 2DA9 A; 5GAN 7; 1JU5 C; 1TUG B; 3R6O A; 4BD3 A; 1SG5 A; 2FL7 A; 4J6Y A; 4CRI A; 5KYW A; 4C5I A; 5D6W A; 4M4Z A; 2L0A A; 3MEU A; 4M75 A; 1M90 U; 1VQK T; 1VQ8 Q; 1A0N B; 3OS2 A; 3QYH B; 4OB1 B; 3G6E Q; 1S72 A; 3MP1 A; 5KCO A; 4EMH A; 1NYF A; 2GGR A; 5LJ5 h; 4DOW A; 2DM1 A; 2R5M A; 4BUG A; 1BIB A; 1VQ7 Q; 2LQK A; 1JJ2 P; 2KGT A; 4DQ2 A; 2DZ9 A; 2RF0 A; 1VQ9 A; 3FRN A; 4M75 F; 2DBK A; 2EYQ A; 2K6D A; 5KYY A; 2VWF A; 3LX7 A; 1NEB A; 1UHF A; 4C8Q A; 4M7D D; 1SRL A; 5CKE A; 1Q86 U; 2RJF A; 1VQ5 T; 1IB8 A; 1WHG A; 5CAI A; 2CZ0 B; 3J81 E; 1PCX A; 1R0B G; 2NYS A; 2DMO A; 1TXQ A; 1YJN A; 3AHU A; 3CCM Q; 1KQS S; 2J6F A; 3DLM A; 1OPL A; 2LCS A; 1VQL Q; 2K9G A; 1D0Y A; 1PKT A; 4XTW A; 2WSF E; 4C8Q F; 1YJ9 T; 3CCV Q; 4J9F A; 1WHK A; 1I81 A; 4OGE A; 2A7Y A; 2COW A; 1BI2 A; 2RJC A; 2LCC A; 4A54 A; 2Y4X A; 4OP0 A; 1VQ4 T; 4KH0 B; 1VQO T; 5FRN A; 3NHN A; 3CCR A; 4FW2 A; 2RHY A; 4VUB A; 2DX1 A; 3OYG A; 3EFO A; 1B34 A; 1OYX A; 1QP2 A; 1BU1 A; 2FRW A; 4M75 E; 1FX7 A; 2VC8 A; 2XID A; 3H9N A; 3SEM A; 2JMA A; 3OYL A; 3BFM A; 1K8A C; 5GAM g; 4A63 B; 2V8K A; 3OYH A; 4M77 C; 2RQR A; 2DER A; 1OV3 A; 1VQK A; 5GMK h; 5KCH A; 1UE9 A; 5LJ3 d; 3FEO A; 4PL6 A; 2QG9 B; 1KG1 A; 4IKF A; 2KMT A; 1M90 R; 3M53 A; 2RQU A; 1JEG A; 2KNB B; 3CCS T; 4A53 A; 5KE2 A; 3OSS C; 3C0C A; 4C8Q E; 3GNG A; 4OF1 A; 1M1K R; 1XTD A; 2KYM A; 2KEA A; 1WDX A; 5GAO p; 2CP7 A; 4RCB A; 2CS7 A; 3CC7 Q; 3H41 A; 3CMA Q; 1ZQ1 A; 4ESR A; 4M78 A; 1ACM B; 5GAM e; 3GF5 A; 5GAN 2; 2DJZ A; 2E70 A; 2QI2 A; 1VQ6 A; 3LGF A; 1JO8 A; 1KQS P; 1QCO A; 1NYG A; 1X43 A; 3C4S A; 1W6X A; 1Q86 R; 2DL4 A; 3HFO A; 3MP8 A; 3CME T; 3EG3 A; 3UWN A; 1AWJ A; 3TVT A; 4JS5 A; 3WXM B; 4EPC A; 5HKC A; 4M7D B; 2CH4 A; 2CP6 A; 2EQJ A; 1VYV A; 3H6Z A; 1GCP A; 3JB9 G; 2EAY A; 1VQM Q; 5GAM h; 1UHC A; 3BDU A; 1Q86 C; 1WXT A; 2CDT A; 3LWH A; 1YHQ A; 3CXC P; 2EQI A; 3PIP A; 1WHL A; 2A36 A; 1Y57 A; 3QDR B; 5FU7 C; 1WIE A; 1AOJ A; 1Z9Z A; 1WX6 A; 1E6H A; 3G6E T; 1NZ9 A; 5A0G A; 4JJD A; 4IUP A; 4PJO C; 1J3T A; 5GAN g; 1CKB A; 2HAX A; 1SHG A; 2DZC A; 3JV3 A; 2X9H A; 2BZY A; 2SRC A; 3GP8 A; 1VQ7 T; 1ABQ A; 4B9W A; 3DKM A; 1OZ3 A; 2QA4 A; 3A8M B; 4MMK A; 4OVA A; 2WSE E; 2MWO A; 1UFF A; 3I35 A; 4JJB A; 2AIR B; 4PNO A; 1NBE B; 1I5L A; 2QQ9 A; 1KD1 U; 3V7R A; 3SWN B; 3V8J A; 3M5A A; 1DJ7 B; 3CCL Q; 3VV0 A; 4MDW A; 3TEE A; 1I0C A; 1UGP B; 3OS0 A; 3EHQ A; 3CBP A; 3C94 A; 1F1B B; 2DRK A; 1JB0 E; 5GAN e; 1N6A A; 1OOT A; 3QZ9 B; 2L2P A; 4FU6 A; 1VQL T; 5J39 A; 3QII A; 3KFV A; 2DIL A; 2RK2 A; 3JCM W; 3KXT A; 1WJR A; 4WTO B; 3CCV T; 1PRM C; 1N9S A; 4AFQ C; 2RA2 A; 2DYI A; 3RUX A; 4J7I A; 4XTY A; 3DLL A; 2RK1 A; 2XDD A; 1WZO A; 1T3L A; 2F2X A; 4MZP A; 4Z8A A; 4NL3 A; 3CME A; 3OY9 A; 2EIF A; 3A98 A; 3CCU T; 4DBQ A; 1KIK A; 1LPL A; 2FYK A; 5LJ5 j; 1OUL A; 2CZ6 B; 4PJJ A; 2K3Y A; 2HBP A; 1NLP C; 3EGU A; 5GAN h; 2DXT A; 3G4S A; 2LCL A; 2XK0 A; 4LUE A; 2VKN A; 3VS0 A; 3I56 T; 1Q7Y U; 2E65 A; 4C5E A; 1W1F A; 4PK4 A; 4HXJ A; 4KUI A; 4LDW A; 1UGR B; 4F04 B; 2DTH A; 2JNG A; 1VQ8 A; 1WFW A; 1RAE B; 2A08 A; 1KHC A; 3EH2 A; 3VS2 A; 2LP5 A; 5HCK A; 5A2Q E; 3G6E A; 3TU4 K; 1RAH B; 4Y92 A; 5CKD A; 3PVL A; 1D3B B; 1QMC A; 2GTJ A; 2LZ6 B; 2O4X B; 3S3M A; 2FZK B; 1VQ7 A; 1NM7 A; 3X20 B; 3SHW A; 1M1F A; 4J9I A; 1G2B A; 4RUG A; 4RTT A; 2L3R A; 3X25 B; 4N0A A; 2OTJ T; 2SEM A; 1WPY A; 3CMA T; 2XIC A; 5IHK A; 4BDZ A; 3SWN C; 1X6O A; 4M75 G; 4KRT A; 2BKD N; 3CC4 T; 1JQQ A; 2LX7 A; 2RHX A; 2HL5 C; 1Y96 A; 1H92 A; 4BE0 A; 1NJI U; 3CCM A; 1I1J A; 2YRC A; 2JM8 A; 1KD1 R; 4KGZ B; 3G71 Q; 3JB9 J; 1VQL A; 2GTO A; 2KRS A; 1X27 A; 2NUT A; 1KJW A; 1WJS A; 1PKS A; 2EGE A; 3CCV A; 4OB0 B; 4BE2 A; 5GMK l; 1U5S A; 1NPP A; 1IGU A; 2OAU A; 1VQ5 Q; 4RCC A; 1TU0 B; 3M0T A; 3OSV A; 5GMK j; 1WQ7 A; 4ELZ C; 4DA4 A; 1KD1 C; 4EMG A; 1M5Q 1; 1UEB A; 2MF2 A; 1FWZ A; 4LDY A; 2CYZ B; 2GFA A; 2QTX A; 1W70 A; 4OMQ A; 5GAM f; 2KE9 A; 4M77 D; 1D1B A; 3JB9 F; 4C0D B; 2CZ1 B; 4D6W A; 2RNA A; 4M7A G; 4GLM A; 1W4S A; 1YJ9 Q; 3N5B B; 2DTO A; 3M0U A; 2DF6 A; 4C92 B; 4LXC A; 4J8O A; 1AZG B; 5GAO r; 5GAN 4; 1YCS B; 2D0N A; 2MWP A; 4OMN A; 2QEX Q; 1RLQ C; 5GAN 5; 3L2Q A; 1MMA A; 1G3Y A; 4UC4 A; 4X9C A; 1R0C B; 1R77 A; 1ZSZ A; 1VQ4 Q; 1VQO Q; 5A0D A; 1Q7Y R; 3MCA B; 4EMK B; 7AT1 B; 3CBM A; 3WVD B; 2NUZ A; 4BI4 A; 2RHZ A; 1G83 A; 1BCO A; 1MNE A; 3HFN A; 3RMQ A; 4N4G A; 1HYO A; 3L2Z A; 1YWP A; 4IUT A; 1WXU A; 3CPW S; 4XTX A; 2X4Y A; 2E12 A; 1G3S A; 5GAN 3; 4A4E A; 2NWM A; 2H8H A; 3L2W A; 2QGG A; 6AT1 B; 2QYZ A; 3CC7 A; 2EKH A; 4F16 A; 4BB7 A; 4LN2 A; 1KK7 A; 3CMA A; 1Y7X A; 1Q7Y C; 3PT9 A; 5HK0 A; 3MKD A; 2DTI A; 5LL6 S; 4BAC A; 4E7S A; 1ZBJ A; 2DLP A; 4J6X A; 2RQV A; 2ZPB B; 1M3A A; 3CCS Q; 2E6N A; 2D8J A; 4JRI A; 3RR6 A; 1MND A; 4R55 A; 4E7K A; 2E3H A; 2IPO B; 1QVG A; 1K9M U; 2ZAE A; 2CH4 W; 1VOM A; 1TH7 A; 2K4Y A; 1NJI R; 2YDL A; 2QTV A; 4HCK A; 4F7U B; 1TWB A; 1VQP Q; 2EBP A; 1Q81 U; 2OTL T; 2KXD A; 2NUP B; 4PJO D; 4M78 G; 2OAW A; 1M2V A; 3RKW A; 1MMN A; 4V2S A; 4PFZ A; 5GAN f; 3OB9 A; 9ATC B; 4A4F A; 2RI2 A; 2Y4Y A; 1ZA1 B; 2CKK A; 2JS2 A; 4ORZ A; 2KI7 A; 3GLX A; 3EG9 A; 2LVM A; 1NJI C; 1K1Z A; 2C0O A; 2HCK A; 3EAE A; 2LJ3 A; 3UPU A; 3TSW A; 4L6V 5; 3RKX A; 1K73 U; 3FDR A; 4IUV A; 1U8R A; 1B7T A; 2E41 A; 1D1C A; 3SD4 A; 4KUL A; 1RL2 A; 1HD3 A; 5GMK m; 2E1H A; 1NEG A; 1AZE A; 1AT1 B; 4J9E A; 5CVI A; 1UUE A; 3EG2 A; 2FB7 A; 4M77 B; 3QJ6 A; 2PTK A; 1NPR A; 2RMO A; 3EGD B; 1SF9 A; 3QZ5 B; 4EMK C; 4PKC C; 3OYE A; 5IHI A; 1D0X A; 5J3B A; 1EIF A; 2D9T A; 3CCL A; 4XK8 E; 4OMM A; 1M1K U; 2JUF A; 4FYY B; 1IGQ A; 3CPW P; 2E10 A; 2RQT A; 2KXC A; 4DBF A; 3JCM d; 1RAA B; 2D0Q B; 5EG2 A; 3G1J A; 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